scDataviz

DOI:10.18129 / B9.bioc.scDataviz

scDataviz:单细胞dataviz和下游分析

Bioconductor版本:版本(3.15)

在单个细胞的世界里,包括流式细胞仪、血细胞计数,单细胞RNA-seq (scRNA-seq),和其他人来说,需要提高数据可视化和非技术背景的研究人员甚至分析功能。scDataviz试图融入这个空间,同时满足高级用户。另外,由于scDataviz的方式设计,基于SingleCellExperiment,它有一个“即插即用”的感觉,并立即本身flexibile和超越scDataviz相容性研究。最后,通过ggplot scDataviz生成的图形引擎,这意味着用户可以轻松“添加”功能,这些。

作者:凯文Blighe (aut (cre)

维护人员:凯文Blighe <凯文在clinicalbioinformatics.co.uk >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“scDataviz”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“scDataviz”)

HTML	R脚本	scDataviz:单细胞dataviz和下游分析
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯
版本	1.6.0
Bioconductor自	BioC 3.12 (r - 4.0)(2年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.0),S4Vectors,SingleCellExperiment
进口	ggplot2,ggrepel,flowCore,umap,修拉,reshape2,尺度,RColorBrewer,corrplot、统计、grDevices图形,跑龙套,质量,matrixStats、方法
链接
建议	PCAtools,cowplot,BiocGenerics,RUnit,knitr,kableExtra,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/kevinblighe/scDataviz
BugReports	https://github.com/kevinblighe/scDataviz/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	scDataviz_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	scDataviz_1.6.0.zip
macOS二进制(x86_64)	scDataviz_1.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scDataviz
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ scDataviz
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/scDataviz/
包下载报告	下载数据