qvalue

DOI:10.18129 / B9.bioc.qvalue

错误发现率控制的q值估计

生物导体版本:发布(3.13)

该包获取一个由许多假设同时测试产生的p值列表，并估计它们的q值和局部FDR值。测试的q值测量了当该特定测试被称为显著性时所产生的假阳性的比例(称为假发现率)。局部FDR度量了在给定检验p值的情况下，零假设为真的后验概率。各种不同的地块是自动生成的，允许人们做出合理的意义切断。最近有几个数学结果显示了该软件估计的q值的保守精度。该软件可应用于基因组学、脑成像、天体物理学和数据挖掘等领域。

作者:John D. Storey [aut, cre]， Andrew J. Bass [aut]， Alan Dabney [aut]， David Robinson [aut]， Gregory Warnes [ctb]

维护:John D. Storey ， Andrew J. Bass

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!require ("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

有关较旧版本的R，请参阅适当的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的软件包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“qvalue”)

PDF	R脚本	qvalue包
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯
版本	2.24.0
Bioconductor自	BioC 1.6 (R-2.1)或更早(> 16年)
许可证	LGPL
取决于	R (> = 2.10)
进口	样条函数,ggplot2、网格reshape2
链接
建议	knitr
SystemRequirements
增强了
URL	http://github.com/jdstorey/qvalue
取决于我	anota,CancerMutationAnalysis,ChimpHumanBrainData,DEGseq,DrugVsDisease,r3Cseq,webbioc
进口我	Anaquin,anota,anota2seq,冠军,clusterProfiler,derfinder,剂量,边缘,epihet,erccdashboard,EventPointer,鱼池,IHWpaper,InTAD,metaseqR2,methylKit,现代艺术博物馆,msmsTests,MWASTools,netresponse,normr,OPWeight,过去的,RiboDiPA,RNAsense,Rnits,SDAMS,风景,signatureSearch,SSPA,subSeq,synapter,触发,webbioc
建议我	biobroom,LBE,maanova,PREDA,RNAinteractMAPK,RnBeads,RnBeads,SummarizedBenchmark,swfdr
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	qvalue_2.24.0.tar.gz
Windows二进制	qvalue_2.24.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	qvalue_2.24.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/qvalue
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ qvalue
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/qvalue/
包下载报告	下载数据