MotifBreakr.

DOI：10.18129 / b9.bioc.motifebreakr.

用于预测单核苷酸多态性在转录因子结合位点的破坏性的包装

Bioconductor版本：释放（3.13）

我们介绍了MotifeBreakr，它允许生物学家首先判断围绕多态性的序列是否是良好的匹配，并且在第二个地方，在多态性相对于另一个等位基因中获得或丢失多少信息。MotifBreakr既灵活且可扩展为先前的产品;提供有关用户可以选择的公共来源的基因组询问基因组的算法;这些是1）加权和概率矩阵，2）对数概率和3）由相对熵加权。MotifBreakr可以预测新颖或前面描述的公共数据库中的变体的影响，使其适用于其原始设计范围之外的任务。最后，它可以用于询问在生物导体内静音的任何基因组（当前有22）。

作者：Simon Gert Coetzee [Aut，Cre]，Dennis J. Hazelett [Aut]

维护者：Simon Gert Coetzee

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.1”）并输入：

if（！percennamespace（“biocmanager”，squilly = true））install.packages（“biocmanager”）biocmanager ::安装（“motifebreakr”）

对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。

文件

要查看系统中安装此包版本的文档，请启动r并输入：

BROWSEVIGNETTES（“MOTIFBREXR”）

HTML.	r script.	MotifBreakr：介绍
PDF.		参考手册

细节

Biocviews.	2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯
版本	2.6.0
在生物导体中以来	BIOC 3.2（R-3.2）（5.5岁）
执照	GPL-2
依靠	R（> = 3.5.0），网格，motifdb.
进口	方法，编译器，grdevices，gr那stringr.那生物根系那S4Vectors.（> = 0.9.25），绞喉那genomeinfodb.那Genomicranges.那生物仪器那bsgenome.那rtracklayer.那VariantAnnotation.那生物相投那Motifstack.那GVIZ.那MatrixStats.那tfmpvalue.那概括分析
链接到
建议	bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19.那snplocs.hsapiens.dbsnp.20120608.那snplocs.hsapiens.dbsnp142.grch37.那kn那RAMAMAMDOW.那bsgenome.drerio.ucsc.danrer7.那生物焦
系统要求
加强
URL.
Bugreports.	https://github.com/simon-coetzee/motifbreakr/sisues.
取决于我
进口我
建议我
链接给我
建立报告

包档案包

跟随2021年欧洲杯比分预测 在r会话中使用此包的说明。

源包	motifbreakr_2.6.0.tar.gz.
Windows二进制文件	motifbreakr_2.6.0.zip.
Macos 10.13（高塞拉）	motifbreakr_2.6.0.tgz.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/motifebreakr.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondudard.org：包/ motifbreakr
包短网址	https://biocumon.org/packages/motifebreakr/
包裹下载报告	下载统计信息