famat

DOI:10.18129 / B9.bioc.famat

代谢和转录组数据的功能分析

生物导体版本:发布(3.13)

Famat是用来收集由用户提供的基因和代谢物列表的数据，并通过一个Shiny应用程序将其可视化。收集的信息是:-包含一些用户的基因和代谢物的路径(通过途径富集分析获得)。-路径内用户元素之间的直接交互。-关于元素的信息(它们的标识符和描述)。-对用户基因进行术语富集分析。这个闪亮的应用程序是由以下信息组成的基因，代谢物，和直接交互之间的路径。-显示列表中哪些元素在路径中的热图(路径是分层结构的)。-利用分子功能和生物过程的富集术语层次。

作者:Emilie Secherre

维护者:Emilie Secherre

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!require ("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

有关较旧版本的R，请参阅适当的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的软件包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“famat”)

超文本标记语言	R脚本	famat
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯
版本	1.1.1
Bioconductor自	BioC 3.12 (R-4.0)(0.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.0)
进口	KEGGREST，MPINet，dplyr，gprofiler2，rWikiPathways，reactome.db，stringr，GO.db，ontologyIndex，tidyr，闪亮的，shinydashboard，shinyBS，情节，magrittr，DT，clusterProfiler，org.Hs.eg.db
链接
建议	BiocStyle，knitr，rmarkdown，testthat，BiocManager
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/emiliesecherre/famat
BugReports	https://github.com/emiliesecherre/famat/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	famat_1.1.1.tar.gz
Windows二进制	famat_1.1.1.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	famat_1.1.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/famat
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ famat
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/famat/
包下载报告	下载数据