coexnet

doi：10.18129/b9.bioc.coexnet

Coexnet：从微阵列数据构建共表达网络的R软件包

生物导体版本：版本（3.13）

从GEO数据集（.cel Files）作为AffyBatch对象提取基因表达矩阵。另外，可以使用两种不同的方法（VSN和RMA）进行归一化过程。摘要（从多探针到一个基因传递）使用两个不同的标准（样品表达数据的最大值和中位数）和基因的过程使用两种方法（SAM和ACDE）差异表达分析。可以使用两种不同的方法（Pearson相关系数（PCC）或共同信息（MI）构建共表达网络的构建，并使用图理论方法选择阈值。

作者：Juan David Henao [AUT，CRE]，Liliana Lopez-Kleine [AUT]，Andres Pinzon-Velasco [AUT]

维护者：Juan David Henao

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.1”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ coexnet”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ coexnet”）

PDF	R脚本	标题
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯
版本	1.14.0
在生物导体中	Bioc 3.6（R-3.4）（3.5岁）
执照	LGPL
要看	R（> = 3.6）
进口	副词，，，，siggenes，，，，地球，，，，VSN，，，，Igraph，，，，ACDE，，，，生物酶，，，，林玛，图形，统计，utils，StringDB，，，，总结性特征，，，，模丝，，，，rmarkDown
链接
建议	运行，，，，生物基因，，，，尼特
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	coexnet_1.14.0.tar.gz
Windows二进制	coexnet_1.14.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	coexnet_1.14.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/coexnet
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/coexnet
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/coexnet/
软件包下载报告	下载统计