生物导体版本:版本(3.13)
该包装使用户能够识别癌细胞系。癌细胞系错误识别和交叉污染对癌症研究人员的挑战为重大挑战。该识别是至关重要的,在该软件包的框架中,基于体细胞和种系突变/变化的位置/位点。输入格式为vcf/vcf.gz,文件必须包含一个癌细胞系样本(即VCF文件中的单个成员/基因型/GT列)。实施方法针对下一代外显子组和整个基因组DNA测序技术进行了优化。RNA-seq数据也很可能工作,但尚未经过严格测试。面板seq将需要手动调整阈值
作者:Raik Otto
维护者:'raik otto'
引用(从r内,输入引用(“独立”)
):
要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.1”)并输入:
if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ kityorn”)
对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放。
要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:
browsevignettes(“独立”)
html | R脚本 | 独立小插图 |
参考手册 | ||
文本 | 消息 |
生物浏览 | 2021年欧洲杯 ,,,,2021年欧洲杯 ,,,,2021年欧洲杯 ,,,,2021年欧洲杯 ,,,,2021年欧洲杯 |
版本 | 2.12.0 |
在生物导体中 | Bioc 3.3(R-3.3)(5年) |
执照 | 艺术2.0 |
要看 | R(> = 3.5) |
进口 | Stringr,,,,r.utils,,,,writexls,统计多帕尔,,,,foreach,,,,基因组机,,,,iranges,,,,变体 |
链接 | |
建议 | 测试,,,,尼特,,,,rmarkDown,,,,生物基因,,,,运行 |
系统要求 | |
增强 | |
URL | |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。
源包 | iniquorn_2.12.0.tar.gz |
Windows二进制 | iniquorn_2.12.0.zip |
MacOS 10.13(高山脉) | Uniquorn_2.12.0.tgz |
源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/uniquorn |
源存储库(开发人员访问) | git clone git@git.bioconductor.org:包装/独立 |
包装短URL | //www.andersvercelli.com/packages/uniquorn/ |
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