GenomicInteractions

DOI:10.18129 / B9.bioc.GenomicInteractions

用于处理基因组交互数据的工具

生物导体版本:发布(3.13)

用于处理基因组交互数据的工具，如ChIA-PET或Hi-C，用交互信息注释基因组特征，并产生图和摘要统计。

作者:Harmston, N.， Ing-Simmons, E.， Perry, M.， Baresic, A.， Lenhard, B.。

维护者:Liz Ing-Simmons < Liz。在gmail.com ingsimmons >

安装

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如果(!安装BiocManager::install("GenomicInteractions")

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文档

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browseVignettes(“GenomicInteractions”)

超文本标记语言	R脚本	chiapet_vignette.html
超文本标记语言	R脚本	GenomicInteractions-HiC
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯
版本	1.26.0
Bioconductor自	BioC 3.0 (R-3.1)(6.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.5),InteractionSet
进口	Rsamtools，rtracklayer，GenomicRanges(> = 1.29.6),IRanges，BiocGenerics(> = 0.15.3),data.table，stringr，GenomeInfoDb，ggplot2、网格gridExtra、方法、igraph，S4Vectors(> = 0.13.13),dplyr，Gviz，Biobase，图形，统计，效用，grDevices
链接
建议	knitr，rmarkdown，BiocStyle，testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/ComputationalRegulatoryGenomicsICL/GenomicInteractions/
取决于我
进口我	CAGEfightR，HiCDCPlus
建议我	芝加哥，埃尔默，sevenC
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	GenomicInteractions_1.26.0.tar.gz
Windows二进制	GenomicInteractions_1.26.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	GenomicInteractions_1.26.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GenomicInteractions
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ GenomicInteractions
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/GenomicInteractions/
包下载报告	下载数据