cn

DOI:10.18129 / B9.bioc.CNEr

CNE检测和可视化

生物导体版本:发布(3.12)

保守非编码元素集的大规模识别和高级可视化。

作者:葛谭

维护人员:getan

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("CNEr")

有关较旧版本的R，请参阅适当的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的软件包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“cn”)

超文本标记语言	R脚本	CNE识别和可视化
超文本标记语言	R脚本	成对的全基因组比对
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯
版本	1.26.0
Bioconductor自	BioC 2.14 (R-3.1)(7年)
许可证	GPL-2 |文件许可证
取决于	R (> = 3.4)
进口	Biostrings(> = 2.33.4),DBI(> = 0.7),RSQLite(> = 0.11.4),GenomeInfoDb(> = 1.1.3),GenomicRanges(> = 1.23.16),rtracklayer(> = 1.25.5),XVector(> = 0.5.4),GenomicAlignments(> = 1.1.9)、方法S4Vectors(> = 0.13.13),IRanges(> = 2.5.27),readr(> = 0.2.2),BiocGenerics、工具、平行reshape2(> = 1.4.1),ggplot2(> =魅惑,poweRlaw(> = 0.60.3),注释(> = 1.50.0),GO.db(> = 3.3.0),R.utils(> = tripwire),KEGGREST(> = 1.14.0)
链接	S4Vectors,IRanges,XVector
建议	Gviz(> = 1.7.4),BiocStyle,knitr,rmarkdown,testthat,BSgenome.Drerio.UCSC.danRer10,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38,TxDb.Drerio.UCSC.danRer10.refGene,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,BSgenome.Ggallus.UCSC.galGal3
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/ge11232002/CNEr
BugReports	https://github.com/ge11232002/CNEr/issues
取决于我
进口我	TFBSTools
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	CNEr_1.26.0.tar.gz
Windows二进制	CNEr_1.26.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	CNEr_1.26.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CNEr
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ cn
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/CNEr/
包下载报告	下载数据