ALDEx2

DOI:10.18129 / B9.bioc.ALDEx2

考虑样品变异的差异丰度分析

生物导体版本:发布(3.13)

对两种或两种以上条件进行比较的差异丰度分析。用于分析来自标准RNA-seq或元RNA-seq分析的数据，以及从体外序列选择中选择和未选择的值。使用狄利克雷多项式模型从计数中推断丰度，对三个或更多的实验重复进行优化。该方法基于Wilcoxon秩和检验和Welch's t检验(通过aldex.ttest)、Kruskal-Wallis检验(通过aldex.kw)、广义线性模型(通过aldex.glm)或相关检验(通过aldex.corr)，推断生物和抽样变异来计算预期错误发现率。所有测试报告p值和benjami - hochberg修正的p值。

作者:Greg Gloor, Andrew Fernandes, Jean Macklaim, Arianne Albert, Matt Links, Thomas Quinn, Jia Rong Wu, Ruth Grace Wong, Brandon Lieng

维护者:Greg Gloor

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("ALDEx2")

有关较旧版本的R，请参阅适当的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的软件包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“ALDEx2”)

超文本标记语言	R脚本	ANOVA-Like差异表达工具用于高通量测序数据
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯
版本	1.24.0
Bioconductor自	BioC 3.0 (R-3.1)(6.5年)
许可证	文件许可证
取决于	方法、统计数据zCompositions，Rfast
进口	BiocParallel，GenomicRanges，IRanges，S4Vectors，SummarizedExperiment，乘
链接
建议	testthat，BiocStyle，knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/ggloor/ALDEx_bioc
BugReports	https://github.com/ggloor/ALDEx_bioc/issues
取决于我	omicplotR
进口我
建议我	propr
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	ALDEx2_1.24.0.tar.gz
Windows二进制	ALDEx2_1.24.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	ALDEx2_1.24.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ALDEx2
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ALDEx2
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/ALDEx2/
包下载报告	下载数据