塞文

doi：10.18129/b9.bioc.sevenc

这是发展Sevenc的版本；对于稳定版本，请参阅塞文。

CTCF基曲线的芯片seq相关性捕获计算染色体构象捕获

生物导体版本：开发（3.16）

染色质循环是真核基因组的重要特征，可以在调节靶基因的近距离物理附近中带来调节序列，例如增强子或转录因子结合位点。在这里，我们提供了Sevenc，它是使用ChIP-Seq和序列基序信息的蛋白质结合信号的R软件包来预测染色质环路事件。结合接近环锚的蛋白质的交联导致两个锚点处的芯片seq信号。这些信号在CTCF图案对以及它们彼此之间的距离和方向上使用，以预测它们是否相互作用。所得的染色质环可用于将增强子或转录因子结合位点（例如芯片seq峰）与调控靶基因相关联。

作者：乔纳斯·伊本·塞勒姆[AUT，CRE]

维护者：jonas ibn-Salem

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（decon ='devel'）biocmanager :: install（“ sevenc”）的用法

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Sevenc”）

html	R脚本	塞文（Sevenc）简介
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	注解，，，，chipseq，，，，芯片，，，，分类，，，，覆盖范围，，，，DNA3STRUCTURE，，，，DataImport，，，，表观遗传学，，，，功能基因组学，，，，嗝，，，，回归，，，，软件
版本	1.17.0
在生物导体中	Bioc 3.7（R-3.5）（4年）
执照	GPL-3
要看	r（> = 3.5），互动集（> = 1.2.0）
进口	rtracklayer（> = 1.34.1），生物基因（> = 0.22.0），GenomeInfodB（> = 1.12.2），基因组机（> = 1.28.5），iranges（> = 2.10.3），S4VECTORS（> = 0.14.4），readr（> = 1.1.0），purrr（> = 0.2.2），Data.Table（> = 1.10.4），引导（> = 1.3-20），方法（> = 3.4.1）
链接
建议	测试，，，，生物使用，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，基因组间，，，，COVR
系统要求
增强
URL	https://github.com/ibn-salem/sevenc
BugReports	https://github.com/ibn-salem/sevenc/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	sevenc_1.17.0.tar.gz
Windows二进制	sevenc_1.17.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	sevenc_1.17.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/sevenc
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/sevenc
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/sevenc/
软件包下载报告	下载统计