loci2path

DOI:10.18129 / B9.bioc.loci2path

这是发展loci2path的版本;稳定版请参见loci2path．

Loci2path:基于组织特异性表达QTLs的基因组间隔调控注释

Bioconductor版本:开发(3.16)

loci2path对感兴趣的基因组区域的eqtl进行统计严格的富集分析。利用基因型-组织表达(GTEx)项目提供的eQTL集合和来自MSigDB的途径集合。

作者:徐天磊

维护者:徐天磊<天磊。徐在艾莫利大学>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("loci2path")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“loci2path”)

超文本标记语言	R脚本	loci2path
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	BioCarta，报道，FunctionalGenomics，GeneExpression，GeneSetEnrichment，遗传学，测序，软件
版本	1.17.0
在Bioconductor	BioC 3.7 (R-3.5)(4年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.5.0)
进口	pheatmap，wordcloud，RColorBrewer，data.table，方法，grDevices，统计，图形，GenomicRanges，BiocParallel，S4Vectors
链接
建议	BiocStyle，knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/StanleyXu/loci2path
BugReports	https://github.com/StanleyXu/loci2path/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	loci2path_1.17.0.tar.gz
Windows二进制	loci2path_1.17.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	loci2path_1.17.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/loci2path
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/loci2path
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/loci2path/
软件包下载报告	下载数据