gostag

doi：10.18129/b9.bioc.gostag

这是发展Gostag的版本；对于稳定版本，请参阅gostag。

使用GO子树在集合中标记和注释基因的工具

生物导体版本：开发（3.16）

从基因组分析结果得出的基因列表富含生物学信息。例如，从微阵列或RNA-seq分析中差异表达的基因（DEG）在功能上与它们对治疗或状况的反应有关。基因列表的大小可能会变化多达数千个基因，这取决于扰动的稳健性或生物学上的差异差异。通过手动策划每个基因的注释和功能，有系统地将生物学相关性与数百到数千个基因之间关联的方法不切实际。开发了基因的过度代表分析（ORA）来识别生物学主题。鉴于基因本体论（GO）和表明每个类别所适合的类别的基因的注释，本体论类别中基因的过度代表的重要性取决于Fisher的精确检验或根据超细分布进行建模。使用Venn图或其他评估重叠的方法比较少数富集的生物学类别可用于几个样品。但是，有数百种丰富的类别和许多样本，比较很费力。此外，如果样本之间共享了丰富的类别，则试图代表它们的共同主题是高度主观的。Gostag使用GO子树在集合中标记和注释基因。 goSTAG visualizes the similarities between the over-representation of DEGs by clustering the p-values from the enrichment statistical tests and labels clusters with the GO term that has the most paths to the root within the subtree generated from all the GO terms in the cluster.

作者：Brian D. Bennett和Pierre R. Bushel

维护者：Brian D. Bennett

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（decon ='devel'）biocmanager :: install（“ gostag”）的用法

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ gostag”）

html	R脚本	Gostag用户指南
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	聚类，，，，差异性，，，，去，，，，基因表达，，，，基因烯，，，，免疫学，，，，微阵列，，，，rnaseq，，，，软件，，，，可视化，，，，Mrnamicroarray
版本	1.21.0
在生物导体中	Bioc 3.5（R-3.4）（5年）
执照	GPL-3
要看	R（> = 3.4）
进口	AnnotationDbi，，，，Biomart，，，，go.db，图形，备忘录，统计，utils
链接
建议	生物使用，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，测试
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	gostag_1.21.0.tar.gz
Windows二进制	gostag_1.21.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	gostag_1.21.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/gostag
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/gostag
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/gostag/
软件包下载报告	下载统计