chipenrich

DOI:10.18129 / B9.bioc.chipenrich

这是发展chipenrich版本;稳定版请参见chipenrich．

ChIP-seq峰值数据的基因集富集

Bioconductor版本:开发(3.16)

chip - enrichment和poly - enrichment使用来自ChIP-seq实验的峰进行基因集富集测试。该方法对基因长度、基因周围序列的可映射性等混杂因素进行了经验校正。

作者:Ryan P. Welch [aut, cph]， Chee Lee [aut]， Raymond G. Cavalcante [aut]， Kai Wang [cre]， Chris Lee [aut]， Laura J. Scott [ths]， Maureen A. Sartor [ths]

维护者:Raymond G. Cavalcante

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("chipenrich")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“chipenrich”)

超文本标记语言	R脚本	chipenrich_vignette
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ChIPSeq，表观遗传学，FunctionalGenomics，GeneSetEnrichment，HistoneModification，ImmunoOncology，回归，软件
版本	2.21.0
在Bioconductor	BioC 2.13 (R-3.0)(9年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.4.0)
进口	AnnotationDbi，BiocGenerics，chipenrich.data，GenomeInfoDb，GenomicRanges， grDevices，网格，IRanges，晶格，latticeExtra，质量、方法、mgcv，org.Dm.eg.db，org.Dr.eg.db，org.Hs.eg.db，org.Mm.eg.db，org.Rn.eg.db平行,plyr，rms，rtracklayer，S4Vectors(>= 0.23.10)，统计，stringr,跑龙套
链接
建议	BiocStyle，devtools，knitr，rmarkdown，roxygen2，testthat
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	chipenrich_2.21.0.tar.gz
Windows二进制	chipenrich_2.21.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	chipenrich_2.21.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/chipenrich
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/chipenrich
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/chipenrich/
软件包下载报告	下载数据