abseqR

DOI:10.18129 / B9.bioc.abseqR

这是发展abseqR的版本;稳定版请参见abseqR．

抗体库的Rep-Seq数据集的报告和数据分析功能

Bioconductor版本:开发(3.16)

AbSeq是一个综合的生物信息学管道，用于分析由抗体库生成的测序数据集，abseqR是其软件包之一。abseqR为abseqPy (https://github.com/malhamdoosh/abseqPy)的用户提供绘图和报告功能，并允许他们生成交互式HTML报告，以便于查看和与其他研究人员共享。此外，abseqR扩展了abseqPy，以比较多个表分析并对其输出执行进一步的下游分析。

作者:JiaHong Fong [cre, aut]， Monther Alhamdoosh [aut]

维护者:JiaHong Fong

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("abseqR")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“abseqR”)

PDF	R脚本	abseqR简介
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	MultipleComparison，质量控制，ReportWriting，测序，软件，可视化
版本	1.15.0
在Bioconductor	BioC 3.8 (R-3.5)(3.5年)
许可证	GPL-3 |文件许可证
取决于	R (>= 3.5.0)
进口	ggplot2，RColorBrewer，circlize，reshape2，维恩图，plyr，flexdashboard，BiocParallel(> = 1.1.25),png、网格gridExtra，rmarkdown，knitr，素食主义者，ggcorrplot，ggdendro，情节，BiocStyle，stringr， utils，方法，grDevices，统计，工具，图形
链接
建议	testthat
SystemRequirements	Pandoc (>= 1.19.2.1)
增强了
URL	https://github.com/malhamdoosh/abseqR
BugReports	https://github.com/malhamdoosh/abseqR/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	abseqR_1.15.0.tar.gz
Windows二进制	abseqR_1.15.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	abseqR_1.15.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/abseqR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/abseqR
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/abseqR/
软件包下载报告	下载数据