Timirgen

doi：10.18129/b9.bioc.timirgen

这是发展Timirgen的版本；对于稳定版本，请参阅Timirgen。

时间敏感的microRNA-mRNA集成，分析和网络生成工具

生物导体版本：开发（3.16）

Timirgen（Time Incorpated miR-MRNA的网络生成）是一个新型的R包，它可以在功能上分析和整合时间过程miRNA-MRNA差异表达数据。该工具可以在r或导出结果中生成小型网络，从而在Cytoscape或Pathvisio中产生更详细的网络构建和假设的产生。该工具是为希望深入到时间序列多OMIC数据集的研究人员创建的。在减少数据方面，Timirgen比许多其他工具更进一步。在这里，在整个时间过程中，可能会将数十万个潜在的miRNA-mRNA相互作用降低为少数高置信度miRNA-mRNA相互作用，影响信号通路。

作者：Krutik Patel [AUT，CRE]

维护者：krutik patel

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（decon ='devel'）biocmanager :: install（timirgen“）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Timirgen”）

html	R脚本	Timirgen
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	聚类，，，，网络，，，，途径，，，，软件，，，，时间科，，，，可视化，，，，mirna
版本	1.7.0
在生物导体中	Bioc 3.12（R-4.0）（1。5年）
执照	GPL-3
要看	r（> = 4.1），mfuzz，，，，多亚sayExexperiment
进口	Biomart，，，，clusterProfiler，，，，dplyr（> = 0.8.4），freqprof，，，，gtools（> = 3.8.1），GPLOTS，，，，ggdendro，，，，gghighlight，，，，GGPLOT2，图形，grdevices，Igraph（> = 1.2.4.2），RCY3，，，，readxl，，，，RESHAPE2，，，，rwikipathways，，，，秤，统计花花公子（> = 1.0.2），Stringr（> = 1.4.0）
链接
建议	生物管理器，，，，KableExtra，，，，尼特（> = 1.27），org.hs.eg.db，，，，org.mm.eg.db，，，，测试，，，，rmarkDown
系统要求
增强
URL	https://github.com/krutik6/timirgen/
BugReports	https://github.com/krutik6/timirgen/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	timirgen_1.7.0.tar.gz
Windows二进制	timirgen_1.7.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	timirgen_1.7.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/timirgen
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/timirgen
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/timirgen/
软件包下载报告	下载统计