Irisfgm

doi：10.18129/b9.bioc.irisfgm

这是发展Irisfgm的版本；对于稳定版本，请参阅Irisfgm。

基于单细胞RNA-seq的基因相互作用网络的综合分析

生物导体版本：开发（3.16）

单细胞RNA-seq数据可用于发现癌症和其他复杂疾病中特定细胞群体中细胞异质性和特征基因。具体而言，功能基因模块（FGM）的研究可以帮助理解基因互动网络和复杂的生物学过程。Qubic2被认为是从SCRNA-SEQ数据识别FGM的最有效工具之一。但是，其可用性仅限于C实施，其应用功率仅受下游分析功能的影响。我们开发了一个名为IRIS-FGM的R软件包（用于功能基因模块分析的集成SCRNA-SEQ解释系统），以使用SCRNA-SEQ数据支持FGM和细胞聚类的研究。由QUBIC2授权，Iris-FGM可以识别共表达和共同调节的FGM，预测类型/簇，识别差异表达的基因并执行功能富集分析。值得注意的是，Iris-FGM还应用了可以在Seurat小插图中轻松使用的seurat对象。

作者：Yuzhou Chang [AUT，CRE]，Qin MA [AUT]，Carter Allen [aut]，Dongjun Chung [aut]

维护者：yuzhou chang

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version = devel ='devel'）biocmanager :: install（“ irisfgm”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Irisfgm”）

html	R脚本	iris-fgm小插图
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	聚类，，，，DataImport，，，，差异性，，，，维度，，，，基因表达，，，，正常化，，，，预处理，，，，Singlecell，，，，软件，，，，可视化
版本	1.5.0
在生物导体中	Bioc 3.13（R-4.1）（1年）
执照	GPL-2
要看	R（> = 4.1）
进口	RCPP（> = 1.0.0），MCL，，，，Anocva，，，，多色，，，，rcolorbrewer，，，，色彩空间，，，，AnnotationDbi，，，，GGPLOT2，，，，org.hs.eg.db，，，，org.mm.eg.db，，，，pheatmap，，，，Adaptgauss，，，，desingle，，，，乱七八糟，，，，矩阵，，，，Seurat，，，，Singlecellexperiment，，，，clusterProfiler，，，，ggpubr，，，，ggraph，，，，Igraph，，，，混音工具，，，，评分，，，，斯克兰，统计，方法，grdevices，图形，utils，尼特
链接	RCPP
建议	rmarkDown
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	Irisfgm_1.5.0.tar.gz
Windows二进制	Irisfgm_1.5.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	Irisfgm_1.5.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/irisfgm
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/irisfgm
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/irisfgm/
软件包下载报告	下载统计