Hiccompare

doi：10.18129/b9.bioc.hiccompare

这是发展Hiccompare的版本；对于稳定版本，请参阅Hiccompare。

Hiccompare：多个HI-C数据集的联合归一化和比较分析

生物导体版本：开发（3.16）

Hiccompare提供了多个HI-C数据集中关节归一化和差异检测的功能。Hiccompare以染色体特异性染色质相互作用矩阵的形式在处理的HI-C数据上运行。它接受三列表分隔的文本文件，以稀疏的矩阵格式存储染色质相互作用矩阵，可从多个来源获得。Hiccompare旨在使用户能够对不同生物学状态中细胞基因组的3维结构进行比较分析。“ HICCOMPARE”与其他试图比较HI-C数据的软件包有所不同，因为它在此方面起作用。以染色质相互作用矩阵格式而不是预处理的测序数据进行处理的数据。此外，“ Hiccompare”提供了一种非参数方法，用于与两个HI-C数据集之间的联合归一化和去除偏差，以进行比较分析。“ Hiccompare”还提供了一种简单但可靠的方法，用于检测HI-C数据集之间的差异。

作者：John Stansfield ，凯伦·克雷斯韦尔（Kellen Cresswell），mikhail dozmorov

维护者：John Stansfield ，mikhail dozmorov

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version ='devel'）biocmanager :: install（“ hiccompare”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Hiccompare”）

html	R脚本	hiccompare用法小插图
PDF		参考手册
文本		消息
文本		执照

细节

生物浏览	嗝，，，，正常化，，，，测序，，，，软件
版本	1.19.0
在生物导体中	Bioc 3.6（R-3.4）（4。5年）
执照	麻省理工学院 +文件执照
要看	r（> = 3.5.0），dplyr
进口	Data.Table，，，，GGPLOT2，，，，栅格，，，，MGCV，统计互动集，，，，基因组机，，，，iranges，，，，S4VECTORS，，，，生物比较，，，，QDNASEQ，，，，克恩斯门茶，方法，utils，图形，pheatmap，，，，gtools，，，，RHDF5
链接
建议	尼特，，，，rmarkDown，，，，测试，，，，多希克科姆
系统要求
增强
URL	https://github.com/dozmorovlab/hiccompare
BugReports	https://github.com/dozmorovlab/hiccompare/issues
取决于我
进口我	多希克科姆，，，，光谱，，，，Tadcompare
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	hiccompare_1.19.0.tar.gz
Windows二进制	hiccompare_1.19.0.zip（仅64位）
MacOS 10.13（高山脉）	hiccompare_1.19.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/hiccompare
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/hiccompare
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/hiccompare/
软件包下载报告	下载统计