Gofuncr

doi：10.18129/b9.bioc.gofuncr

这是发展GoFuncr的版本；对于稳定版本，请参阅Gofuncr。

使用Func的基因本体学富集

生物导体版本：开发（3.16）

GOFUNCR基于本体富集软件func进行基因本体学富集分析。Go-Notations是从有机体DB或ORGDB软件包获得的（默认情况下为“ homo.sapiens”）；该包装包含在包装中，并定期更新（01-May-2021）。GOFUNCR使用超几何测试提供了标准候选与背景富集分析，以及三个其他测试：（i）在排名基因时使用的Wilcoxon rank-sum测试，（ii）在基因时使用的二项式测试与两项计数和（iii）相关的卡方或Fisher的精确测试，该测试用于基因与四个计数相关的情况。为了纠正测试的多个测试和相互依赖性，根据基因相关变量的随机排列计算家庭错误率。GOFUNCR还提供了探索本体学图和注释的工具，以及考虑基因长度或空间聚类的选项。还可以提供自定义基因坐标，注释和本体论。

作者：Steffi Grote

维护者：steffi grote

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version = devel ='devel'）biocmanager :: install（“ gofuncr”）的用法

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Gofuncr”）

html	R脚本	Gofuncr简介
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	去，，，，基因烯，，，，软件
版本	1.17.0
在生物导体中	Bioc 3.7（R-3.5）（4年）
执照	GPL（> = 2）
要看	r（> = 3.4），vioplot（> = 0.2）
进口	RCPP（> = 0.11.5），mapplots（> = 1.5），gtools（> = 3.5.0），基因组机（> = 1.28.4），iranges，，，，AnnotationDbi，Utils，Grdevices，图形，统计
链接	RCPP
建议	同性恋，生物使用，，，，尼特，，，，降价，，，，rmarkDown，，，，测试
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	gofuncr_1.17.0.tar.gz
Windows二进制	gofuncr_1.17.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	gofuncr_1.17.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/gofuncr
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/gofuncr
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/gofuncr/
软件包下载报告	下载统计