DrugVsDisease

DOI:10.18129 / B9.bioc.DrugVsDisease

这是发展DrugVsDisease版本;稳定版请参见DrugVsDisease．

利用基因集富集分析比较疾病和药物概况

Bioconductor版本:开发(3.16)

该软件包为疾病或药物谱生成差异基因表达的排名列表。输入数据可以从Array Express或GEO下载，也可以从本地CEL文件下载。使用Limma计算差分表达式和相关p值的排序列表。浓缩分数(Subramanian et al。PNAS 2005)被计算为默认药物或疾病概况的参考集，或用户提供的自定义数据集。重要分数的网络可视化以Cytoscape格式输出。

作者:C. Pacini

维护者:j. Saez-Rodriguez

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("DrugVsDisease")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“DrugVsDisease”)

PDF	R脚本	DrugVsDisease
PDF		参考手册

细节

biocViews	聚类，GeneExpression，微阵列，软件
版本	2.39.0
在Bioconductor	BioC 2.12 (R-3.0)(9.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 2.10)，affy，limma，biomaRt，ArrayExpress，GEOquery，DrugVsDiseasedata，cMap2data，qvalue
进口	注释，hgu133a.db，hgu133a2.db，hgu133plus2.db，RUnit，BiocGenerics，xtable
链接
建议
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	DrugVsDisease_2.39.0.tar.gz
Windows二进制	DrugVsDisease_2.39.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	DrugVsDisease_2.39.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DrugVsDisease
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/DrugVsDisease
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/DrugVsDisease/
软件包下载报告	下载数据