魅力

doi:10.18129/b9.bioc.Charm

该包适用于生物导体的3.9版;对于稳定的最新版本,请参阅魅力

来自魅力微阵列的DNA甲基化数据的分析

生物导体版本:3.9

该软件包实现了使用Nimblegen微阵列和MCRBC协议生成的DNA甲基化数据的分析工具。它发现样品之间差异化甲基化区域,计算甲基化百分比,并包括阵列质量评估工具。

作者:马丁·阿里(Martin Aryee),彼得·穆拉卡米(Peter Murakami),哈里斯·贾菲(Harris Jaffee)

维护者:peter Murakami

引用(从r内,输入引用(“魅力”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.6”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ charm”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“魅力”)

PDF R脚本 魅力小插图
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 DNAMETHYLATY,,,,微阵列,,,,软件
版本 2.29.0
在生物导体中 Bioc 2.6(R-2.11)(9。5年)
执照 LGPL(> = 2)
要看 r(> = 2.14.0),生物酶,,,,SQN,,,,字段,,,,rcolorbrewer,,,,GeneFilter
进口 BSGENOME,,,,生物酶,,,,奥利戈(> = 1.11.31),寡群(> = 1.17.39),ff,,,,预处理,方法,统计,生物弦,,,,iranges,,,,siggenes,,,,NOR1MIX,,,,gtools,grdevices,图形,utils,林玛, 平行,SVA(> = 3.1.2)
链接
建议 Charmdata,,,,bsgenome.hsapiens.ucsc.hg18,,,,公司
系统要求
增强
URL
取决于我 Charmdata
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 charm_2.29.0.tar.gz
Windows二进制 charm_2.29.0.zip
Mac OS X 10.11(El Capitan) charm_2.29.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/charm
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:包装/魅力
包装短URL //www.andersvercelli.com/packages/charm/
软件包下载报告 下载统计

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