doqtl.

DOI：10.18129 / b9.bioc.doqtl.

此套餐适用于Biocumonds 3.8版;对于稳定的最新版本版本，请参阅doqtl.。

在小鼠中的基因分型和QTL测绘

生物导体版本：3.8

Doqtl是一种定量特质基因座（QTL）映射管道，专为多样性郊区小鼠和其他多父郊商扩展群体设计。包在基因分阵列中的数据中读取数据，并使用隐藏的马尔可夫模型（HMM）进行单倍型重建。然后使用来自HMM的单倍型概率来执行链接映射。当创始人序列可用时，DOQTL可以使用单倍型重建将创始人序列赋予DO基因组并执行关联映射。

作者：Daniel Gatti，Karl Broman，Andrey Shabalin，Petr Simecek

维护者：Jax.org的Daniel Gatti

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“3.5”）并输入：

if（！percennamespace（“biocmanager”，squilly = true））install.packages（“biocmanager”）biocmanager ::安装（“doqtl”）

对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。

文件

要查看系统中安装此包版本的文档，请启动r并输入：

BROWSEVIGNETTES（“DOQTL”）

PDF.	r script.	QTL使用多样性分离小鼠映射
PDF.		参考手册
文本		消息

细节

Biocviews.	遗传性那遗传学那HiddenmarkovModel.那SNP.那软件
版本	1.18.0.
在生物导体中以来	BIOC 3.0（R-3.1）（4.5岁）
执照	GPL-3.
依靠	r（> = 3.0.0），bsgenome.mmusculus.ucsc.mm10那Genomicranges.那VariantAnnotation.
进口	注释那annotationtools.那生物雕那BioBase.那生物根系那CORPCOR.那多达齐全那Foreach.那FPC.那HWRITER.那绞喉那迭代器那蒙链那qtlrel.那回归那RHDF5.那RSAMTOOLS.那运行那XML.
链接到
建议	mugaexampledata.
系统要求
加强
URL.	http://do.jax.org.
取决于我
进口我
建议我
链接给我
建立报告

包档案包

跟随2021年欧洲杯比分预测 在r会话中使用此包的说明。

源包	doqtl_1.18.0.tar.gz.
Windows二进制文件	doqtl_1.18.0.zip.（32-＆64位）
Mac OS x 10.11（El Capitan）	doqtl_1.18.0.tgz.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/doqtl.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondion.org：包/ doqtl
包短网址	http://biocidodder.org/packages/doqtl/
包裹下载报告	下载统计信息