rtracklayer
DOI:
10.18129 / B9.bioc.rtracklayer
这个包是3.7版本的Bioconductor;有关稳定的最新发布版本，请参见rtracklayer．
R接口的基因组注释文件和UCSC基因组浏览器
Bioconductor版本:3.7
用于与多个基因组浏览器交互的可扩展框架(目前内置UCSC)和操作各种格式的注释轨道(目前内置GFF, BED, bedGraph, BED15, WIG, BigWig和2bit)。用户可以向/从支持的浏览器导出/导入曲目，以及查询和修改浏览器状态，例如当前视图。
作者:Michael Lawrence, Vince Carey, Robert Gentleman
维护者:Michael Lawrence
引用(来自R，输入引用(“rtracklayer”))：
安装
要安装这个包，启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.andersvercelli.com/biocLite.R”)biocLite(“rtracklayer”)
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档，启动R并输入:
browseVignettes(“rtracklayer”)
细节
| biocViews |
注释，DataImport，软件，可视化 |
| 版本 |
1.40.6 |
| 在Bioconductor中 |
BioC 2.2 (R-2.7)(10.5年) |
| 许可证 |
artist -2.0 +文件许可 |
| 取决于 |
R(>= 3.3)，方法;GenomicRanges(> = 1.31.8) |
| 进口 |
XML(1.98 > = 0),BiocGenerics(> = 0.25.1),S4Vectors(> = 0.17.25),IRanges(> = 2.13.13),XVector(> = 0.19.7),GenomeInfoDb(> = 1.15.2),Biostrings(> = 2.47.6),zlibbioc，RCurl(> = 1.4 2),Rsamtools(> = 1.31.2),GenomicAlignments(>= 1.15.6)， tools |
| 链接 |
S4Vectors，IRanges，XVector |
| 建议 |
BSgenome(> = 1.33.4),humanStemCell，微(> = 1.1.1),genefilter，limma，org.Hs.eg.db，hgu133plus2.db，GenomicFeatures，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，RUnit |
| SystemRequirements |
|
| 增强了 |
|
| URL |
|
| 这取决于我 |
BSgenome，CAGEfightR，ChIPComp，chipseqDB，ChIPSeqSpike，CoverageView，腰带，EatonEtAlChIPseq，exomePeak，geneXtendeR，GenomicFiles，groHMM，吉他，HelloRanges，IdeoViz，igvR，liftOver，MethylSeekR，r3Cseq，地区，RIPSeeker，测序，连接工具 |
| 进口我 |
AnnotationHubData，annotatr，ATACseqQC，舞会礼服，BiSeq，分歧点，BSgenome，篮球选手，卡斯珀，CexoR，ChIPanalyser，chipenrich，chipenrich.data，ChIPseeker，ChromHeatMap，chromswitch，cn，彗星，CompGO，consensusSeekeR，contiBAIT，conumee，customProDB，位深蓝，derfinder，DEScan2，diffloop，DMCHMM，dmrseq，ensembldb，erma，esATAC，FourCSeq，FunciSNP，FunciSNP.data，genbankr，geneAttribution，geneLenDataBase，GeneStructureTools，genomation，GenomicFeatures，GenomicInteractions，genotypeeval，ggbio，GGtools，gmapR，哥特，gQTLBase，GreyListChIP，Gviz，gwascat，hiAnnotator，HiTC，HTSeqGenie，InTAD，IsoformSwitchAnalyzeR，karyoploteR，MACPET，MADSEQ，MEDIPS，metagene，methyAnalysis，methylKit，motifbreakR，MotifDb，NADfinder，normr，ORFik，Pbase，PGA，plyranges，proBAMr，PureCN，qsea，QuasR，美国广播公司，重新计票，recountWorkflow，收回，地区，Repitools，RGMQL，RiboProfiling，RNAprobR，咆哮，seqplots，seqsetvis，sevenC，SGSeq，soGGi，srnadiff，SVM2CRM，TFBSTools，trackViewer，transcriptR，tRNAscanImport，TSRchitect，VariantAnnotation，VariantTools，wavClusteR，wiggleplotr |
| 建议我 |
高山，AnnotationHub，BiocFileCache，biovizBase，ChIPpeakAnno，CINdex，compEpiTools，CrispRVariants，dsQTL，埃尔默，epivizrData，FDb.FANTOM4.promoters.hg19，GenomicAlignments，GenomicRanges，GeuvadisTranscriptExpr，goseq，InPAS，interactiveDisplay，metaseqR，methylumi，miRBaseConverter，MotIV，MutationalPatterns，NarrowPeaks，OrganismDbi，PasillaTranscriptExpr，图片，平，pqsfinder，R453Plus1Toolbox，林格，rMAT，RnBeads，RSVSim，签名者，similaRpeak，三层，TSSi，TVTB |
| 链接到我 |
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| 构建报告 |
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包档案
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