食物

DOI:10.18129 / B9.bioc.scran

这是发展版本的食物;稳定的发布版本,请参阅食物。

单细胞RNA-Seq数据分析的方法

Bioconductor版本:发展(3.17)

实现各种各样的功能解释单细胞RNA-seq数据。方法是提供转让细胞周期阶段,高度变量和显著相关基因的检测,识别标记基因,在常规单细胞分析工作流和其他常见的任务。

作者:亚伦Lun (aut (cre),卡斯滕巴赫(aut), Kim Jong Kyoung[所有],安东尼奥Scialdone(施)

维护人员:亚伦Lun < infinite.monkeys.with。键盘在gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“残渣”)

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文档

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browseVignettes(“残渣”)

HTML	R脚本	用食物来分析scRNA-seq数据
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	聚类,GeneExpression,ImmunoOncology,归一化,RNASeq,测序,SingleCell,软件,转录组
版本	1.27.1
Bioconductor自	BioC 3.3 (r - 3.3)(6.5年)
许可证	GPL-3
取决于	SingleCellExperiment,天窗
进口	SummarizedExperiment,S4Vectors,BiocGenerics,BiocParallel,Rcpp、数据、方法、效用,矩阵,刨边机,limma,igraph,statmod,DelayedArray,DelayedMatrixStats,BiocSingular,咆哮,metapod,dqrng,beachmat
链接	Rcpp,beachmat,黑洞,dqrng,天窗
建议	testthat,BiocStyle,knitr,rmarkdown,HDF5Array,scRNAseq,dynamicTreeCut,ResidualMatrix,ScaledMatrix,DESeq2,单片眼镜,Biobase,pheatmap,嘘
SystemRequirements	c++ 11
增强了
URL
取决于我	OSCA。先进,OSCA。基本、OSCA.intro OSCA。multisample OSCA。工作流,SingleRBook
进口我	基础知识,BASiCStan,BayesSpace,BioTIP,celda,ChromSCape,CiteFuse,恐龙,火焰,IRISFGM,msImpute,mumosa,pipeComp,scDblFinder,scDD,scTreeViz,SingleCellSignalR,singleCellTK,猎犬,spatialHeatmap
建议我	APL,后面;,咆哮,CellTrails,clusterExperiment,命运,dittoSeq,ExperimentSubset,fcoex,ggspavis,Glimma,glmGamPoi,HCAData,iSEEu,miloR,Nebulosa,nnSVG,PCAtools,schex,司康饼,天窗,simpleSingleCell,SingleCellMultiModal,单,飞溅,关注的焦点,TabulaMurisData,tidySingleCellExperiment,transformGamPoi,TSCAN,伶盗龙,“航行者”号
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	scran_1.27.1.tar.gz
Windows二进制	scran_1.27.1.zip
macOS二进制(x86_64)	scran_1.27.1.tgz
macOS二进制(arm64)	scran_1.27.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scran
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/残渣
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/scran/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/scran/
包下载报告	下载数据