ORFik

DOI:10.18129 / B9.bioc.ORFik

这是发展ORFik版本;稳定的发布版本,请参阅ORFik。

在基因开放阅读框架

Bioconductor版本:发展(3.17)

R包分析转录和翻译功能通过操纵序列数据和门店数据像Ribo-Seq RNA-Seq TCP-Seq和笼子。是广义的任何记录地区可以分析,正如它的名字暗示它是由调查核糖体模式的开放阅读框(orf),因为它主要的用例。ORFik极其快速的通过使用c++,数据。表和GenomicRanges。包允许重新分配开始CAGE-Seq记录使用的数据,自动转移RiboSeq读,发现整个基因组的开放阅读框架等等。

作者:哈Tjeldnes (cre aut, dtc) Kornel Labun (aut (cph),米甲Swirski[所有],Katarzyna Chyzynska[施,dtc], Yamila托雷斯Cleuren施,解说,Evind瓦伦(黑色,曾经)

维护人员:哈Tjeldnes < hauken_heyken hotmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“ORFik”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“ORFik”)

HTML	R脚本	数据管理
HTML	R脚本	ORFik概述
HTML	R脚本	ORFik_Annotation_Alignment
HTML	R脚本	Ribo-seq管道
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	对齐,报道,DataImport,FunctionalGenomics,ImmunoOncology,RNASeq,RiboSeq,测序,软件
版本	1.19.2
Bioconductor自	BioC 3.7 (r - 3.5)(4.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 3.6.0),IRanges(> = 2.17.1),GenomicRanges(> = 1.35.1),GenomicAlignments(> = 1.19.0)
进口	AnnotationDbi(> = 1.45.0),Biostrings(> = 2.51.1),biomaRt,biomartr,BiocGenerics(> = 0.29.1),BiocParallel(> = 1.19.0),BSgenome,cowplot(> = 1.0.0),data.table(> = 1.11.8),DESeq2(> = 1.24.0),置(> = 0.9.2),GenomeInfoDb(> = 1.15.5),GenomicFeatures(> = 1.31.10),ggplot2(> = 2.2.1),gridExtra(> = 2.3),httr(1.3.0 > =版本),jsonlite、方法(> = 3.6.0),R.utils,Rcpp(> = 1.0.0),Rsamtools(> = 1.35.0),rtracklayer(> = 1.43.0),统计数据,SummarizedExperiment(> = 1.14.0),S4Vectors(> = 0.21.3)、工具、跑龙套,xml2(> = 1.2.0)
链接	Rcpp
建议	testthat,rmarkdown,knitr,BiocStyle,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/Roleren/ORFik
BugReports	https://github.com/Roleren/ORFik/issues
取决于我	RiboCrypt
进口我	TFHAZ
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	ORFik_1.19.2.tar.gz
Windows二进制	ORFik_1.19.2.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	ORFik_1.19.2.tgz
macOS二进制(arm64)	ORFik_1.19.3.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ORFik
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ORFik
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/ORFik/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/ORFik/
包下载报告	下载数据