SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20120608

DOI:10.18129 / B9.bioc.SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20120608

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该软件包适用于Bioconductor的3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20120608。

智人SNP定位(dbSNP Build 137)

Bioconductor版本:3.12

从NCBI dbSNP Build 137中提取的智人SNP位点和等位基因。本包使用的源数据文件由NCBI于2012年6月7-8日创建，包含参考基因组GRCh37.p5的snp。警告:请注意，GRCh37。p5基因组是GRCh37的补丁版本，但补丁不会改变1-22,X, Y, MT染色体。GRCh37本身与UCSC的hg19基因组相同，除了线粒体染色体。因此，该包中的snp可以“注入”到BSgenome.Hsapiens.UCSC中。hg19，他们会在正确的位置着陆，但这次注射会排除chrM(即没有任何东西会按这个顺序注射)。重要提示:此软件包已弃用。请使用基于最新dbSNP BUILD的SNPlocs数据包(例如BUILD 144或BUILD 149)。您可以从R中调用BSgenome::available. snp()来获取可用SNPlocs数据包的列表。

作者:Herve Pages

维护者:H. Pages

安装

要安装这个包，启动R(版本"4.0")并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20120608")

对于旧版本的R，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

PDF		参考手册

细节

biocViews	AnnotationData，遗传学，Homo_sapiens
版本	0.99.11
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 2.10)，IRanges，GenomicRanges，BSgenome(> = 1.25.6)
进口	方法,跑龙套,IRanges，GenomicRanges，BSgenome
链接
建议	Biostrings，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19(> = 1.3.19)
SystemRequirements
增强了
URL
这取决于我
进口我
建议我	motifbreakR
链接到我

包档案

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源包	SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20120608_0.99.11.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20120608/
软件包下载报告	下载数据