netDx

DOI:10.18129 / B9.bioc.netDx

此包适用于Bioconductor的3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见netDx．

基于网络的患者分类器

Bioconductor版本:3.12

netDx是一种从异构患者数据构建患者分类器的通用算法。该方法将数据转换为特征级别的患者相似度网络。特征选择识别对每个类具有预测价值的特征。采用标准度量方法，提供了通用预测器设计和性能评价方法。netDx本机将分子数据分组到通路级别的特征中，并与Cytoscape连接以实现通路主题的网络可视化。具体方法请参见:Pai等人(2019)。netDx:使用综合患者相似度网络进行可解释的患者分类。分子系统生物学，15,e8497

作者:Shraddha Pai [aut, cre]，菲利普·韦伯[aut]，艾哈迈德·沙阿[aut]，卢卡·朱迪斯[aut]，雪莉·惠[aut]，露丝·伊瑟林[aut]，胡萨姆·卡卡[aut]，加里·巴德[aut]

维护者:Shraddha Pai < Shraddha。Pai at utoronto.ca>

安装

要安装此包，启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("netDx")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“netDx”)

超文本标记语言	R脚本	01.建立二元预测器并查看性能、顶级特征和综合患者相似度网络
超文本标记语言	R脚本	02.构建三向分类器(N-way;N>2)从多组学数据
超文本标记语言	R脚本	03.从稀疏遗传数据构建分类器
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	BiomedicalInformatics，分类，网络，软件，SystemsBiology
版本	1.2.2
在Bioconductor公司	BioC 3.11 (R-4.0)(1年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 3.6)
进口	ROCR，pracma，ggplot2，RCy3，glmnet，igraph，reshape2，并行，统计，效用，MultiAssayExperiment，图形，grDevices，方法，BiocFileCache，GenomicRanges，bigmemory，doParallel，foreach，combinat，rappdirs，GenomeInfoDb，S4Vectors，IRanges，RColorBrewer，嘘，netSmooth，clusterExperiment，Rtsne，httr
链接
建议	curatedTCGAData，TCGAutils，rmarkdown，testthat，knitr
SystemRequirements
增强了
URL	http://netdx.org
全靠我
进口我
建议我
给我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	netDx_1.2.2.tar.gz
Windows二进制	netDx_1.1.4.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	netDx_1.2.2.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/netDx
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/netDx
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/netDx/
软件包下载报告	下载数据