methylGSA

DOI:10.18129 / B9.bioc.methylGSA

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见methylGSA．

利用差异甲基化结果的基因集分析

Bioconductor版本:3.12

甲基gsa的主要功能是甲基glm和甲基rra。methylGSA实现逻辑回归，调整探针数量作为协变量。methylRRA通过鲁棒秩聚合调整每个基因的多个p值。有关更详细的帮助信息，请参阅小插图。

作者:徐仁[aut, cre]，裴芬宽[aut]

维护人员:徐仁

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("methylGSA")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“methylGSA”)

超文本标记语言	R脚本	methylGSA: DNA甲基化数据集的基因集分析
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DNAMethylation，DifferentialMethylation，GeneRegulation，GeneSetEnrichment，通路，回归，软件
版本	1.8.0
在Bioconductor	BioC 3.8 (R-3.5)(2.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (>= 3.5)
进口	RobustRankAggreg，ggplot2，stringr统计数据,clusterProfiler，missMethyl，org.Hs.eg.db，reactome.db，BiocParallel，GO.db，AnnotationDbi，闪亮的，IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19，IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b4.hg19
链接
建议	knitr，rmarkdown，testthat，enrichplot
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/reese3928/methylGSA
BugReports	https://github.com/reese3928/methylGSA/issues
全靠我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	methylGSA_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	methylGSA_1.8.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	methylGSA_1.8.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/methylGSA
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/methylGSA
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/methylGSA/
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