metagenomeFeatures

DOI:10.18129 / B9.bioc.metagenomeFeatures

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见metagenomeFeatures。

标记基因序列分类注释的探索

Bioconductor版本:3.12

metagenomeFeatures被开发用于探索标记基因宏基因组序列数据集的分类注释。该包可用于探索标记基因数据库的分类学组成或标记基因宏基因组实验中的注释序列。

作者:Nathan D. Olson, Joseph Nathaniel Paulson, Hector Corrada Bravo

维护者:Nathan D. Olson

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("metagenomeFeatures")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“metagenomeFeatures”)

超文本标记语言	R脚本	' metagenomeFeatures '类和方法。
超文本标记语言	R脚本	探索感兴趣的分类群的序列和系统发育多样性。
超文本标记语言	R脚本	利用宏基因组特征检索特征数据。
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释，ImmunoOncology，基础设施，宏基因组，微生物组，测序，软件
版本	2.10.0
在Bioconductor	BioC 3.2 (R-3.2)(5.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.5)，Biobase(> = 2.17.8)
进口	Biostrings(> = 2.36.4),S4Vectors(> = 0.23.18),dplyr(> = 0.7.0),dbplyr(> = 1.0.0),stringr(> = 1.0.0),lazyeval(> = 0.1.10),RSQLite(> = 1.0.0),magrittr(>= 1.5)，方法(>= 3.3.1)，晶格(> = 0.20.33),猿(> = 3.5),解读(> =测试盒框)
链接
建议	knitr(> = 1.11),testthat(> = 0.10.0),rmarkdown(> = 1.3),devtools(> = 1.13.5),ggtree(> = 1.8.2),BiocStyle(> = 2.8.2),phyloseq(> = 1.24.2),forcats(> = 0.3.0),ggplot2(> = 3.0.0)
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/HCBravoLab/metagenomeFeatures
BugReports	https://github.com/HCBravoLab/metagenomeFeatures/issues
全靠我
进口我	greengenes13.5MgDb，ribosomaldatabaseproject11.5MgDb，silva128.1MgDb
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	metagenomeFeatures_2.10.0.tar.gz
Windows二进制	metagenomeFeatures_2.10.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	metagenomeFeatures_2.10.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/metagenomeFeatures
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/metagenomeFeatures
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/metagenomeFeatures/
软件包下载报告	下载数据