genphen

DOI:10.18129 / B9.bioc.genphen

此包适用于Bioconductor的3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见genphen．

在全基因组关联研究(GWAS)中，用贝叶斯推理和统计学习量化基因型和表型之间的关联的工具

Bioconductor版本:3.12

遗传关联研究是研究基因型和表型之间关系的重要工具。通过genphen，我们可以联合研究不同类型的多个表型，通过使用混合方法量化不同基因型和每个表型之间的关联，该混合方法使用统计学习技术，如随机森林和支持向量机，以及使用层次模型的贝叶斯推理。

作者:西莫·基塔诺夫斯基

维护者:Simo Kitanovski < Simo。在uni-due.de kitanovski >

安装

要安装此包，启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“genphen”)

PDF	R脚本	genphen概述
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	贝叶斯，分类，FeatureExtraction，遗传学，GenomeWideAssociation，回归，SequenceMatching，测序，软件，SupportVectorMachine
版本	1.18.0
Bioconductor自	BioC 3.3 (R-3.3)(5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 3.5.0),Rcpp(>= 0.12.17)，方法，统计，图形
进口	rstan(> = 2.17.3),管理员平行,foreach，doParallel，e1071，Biostrings，rPref
链接
建议	testthat，ggplot2，gridExtra，猿，ggrepel，knitr，重塑，xtable
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/snaketron/genphen/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	genphen_1.18.0.tar.gz
Windows二进制	genphen_1.17.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	genphen_1.18.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/genphen
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ genphen
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/genphen/
包下载报告	下载数据