TAPseq

DOI:10.18129 / B9.bioc.TAPseq

这个包是3.12版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅TAPseq。

有针对性的TAP-seq scRNA-seq引物设计

Bioconductor版本:3.12

设计引物有针对性的单细胞RNA-seq TAP-seq使用。创建为目标基因序列模板面板和设计使用Primer3 gene-specific引物。可以估计潜在的非标靶。需要安装Primer3和BLASTn工作。

作者:Andreas Gschwind (aut (cre)Lars Velten (aut)Lars斯坦梅茨(aut)

维护人员:Andreas Gschwind <安德烈亚斯。在stanford.edu gschwind >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“TAPseq”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“TAPseq”)

HTML	R脚本	为TAP-seq选择目标基因
HTML	R脚本	TAP-seq引物设计工作流
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	CRISPR,PooledScreens,测序,SingleCell,软件,技术
版本	1.2.0
Bioconductor自	BioC 3.11 (r - 4.0)(1年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 4.0)
进口	方法,GenomicAlignments,GenomicRanges,IRanges,BiocGenerics,S4Vectors(> = 0.20.1),GenomeInfoDb,BSgenome,GenomicFeatures,Biostrings,dplyr,tidyr,BiocParallel
链接
建议	testthat,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38,knitr,rmarkdown,ggplot2,修拉,glmnet,cowplot,矩阵,rtracklayer
SystemRequirements	Primer3(> = 2.5.0),爆炸+ (> = 2.6.0)
增强了
URL	https://github.com/argschwind/TAPseq
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	TAPseq_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	TAPseq_1.2.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	TAPseq_1.2.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/TAPseq
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ TAPseq
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/TAPseq/
包下载报告	下载数据