Rmmquant

DOI:10.18129 / B9.bioc.Rmmquant

此包适用于Bioconductor的3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见Rmmquant．

RNA-Seq多重映射读取量化工具

Bioconductor版本:3.12

RNA-Seq目前被常规使用，它提供了基因转录的准确信息。然而，该方法不能准确估计重复基因的表达。以前使用过几种策略，但它们都提供了有偏差的结果。使用Rmmquant，如果读取映射在不同的位置，该工具检测到对应的基因是重复的;它合并了基因，创造了一个合并的基因。然后，根据输入基因和合并的基因计算模糊读取数。Rmmquant是广泛使用的工具finoverlaps和featucounts的临时替代品，它们以一种不受影响的方式处理多映射读取。

作者:Zytnicki Matthias

维护者:Zytnicki Matthias < Matthias。在inra.fr zytnicki >

安装

要安装此包，启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("Rmmquant")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“Rmmquant”)

超文本标记语言	R脚本	Rmmquant包
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneExpression，软件，转录
版本	1.8.1
Bioconductor自	BioC 3.8 (R-3.5)(2.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.6)
进口	Rcpp(> = 0.12.8)、方法S4Vectors，GenomicRanges，SummarizedExperiment，devtools，TBX20BamSubset，TxDb.Mmusculus.UCSC.mm9.knownGene，org.Mm.eg.db，DESeq2，BiocStyle
链接	Rcpp
建议	knitr，rmarkdown，testthat
SystemRequirements	c++ 11
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	Rmmquant_1.8.1.tar.gz
Windows二进制	Rmmquant_1.8.1.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	Rmmquant_1.8.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Rmmquant
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ Rmmquant
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/Rmmquant/
包下载报告	下载数据