RGMQL

DOI:10.18129 / B9.bioc.RGMQL

此包适用于Bioconductor的3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见RGMQL．

R/Bioconductor的基因组查询语言

Bioconductor版本:3.12

这个包将基因组查询语言(GMQL)功能引入到R环境中。GMQL是一种高级的声明性语言，用于管理生物医学目的的异构基因组数据集，使用简单的查询处理基因组区域及其元数据和属性。GMQL采用为大数据高效设计的算法，使用云计算技术(如Apache Hadoop和Spark)，允许GMQL在现代基础设施上运行，以实现可扩展性和高性能。它允许从本地和远程的不同数据源创建、操作和提取基因组数据。我们的RGMQL函数允许利用R惯用范式进行复杂的查询和处理。RGMQL包还提供了一组丰富的辅助类，允许复杂的输入/输出管理和排序，例如:ASC, DESC, BAG, MIN, MAX, SUM, AVG, MEDIAN, STD, Q1, Q2, Q3(以及许多其他类)。注意，许多RGMQL函数不是在R环境中直接执行的，而是延迟到真正执行时才执行。

作者:Simone Pallotta, Marco Masseroli

维护者:Simone Pallotta

安装

要安装此包，启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("RGMQL")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“RGMQL”)

PDF	R脚本	RGMQL: R/Bioconductor的基因组查询语言
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport，ImmunoOncology，基础设施，网络，SingleCell，软件
版本	1.10.0
在Bioconductor公司	BioC 3.7 (R-3.5)(3年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.4.2)，RGMQLlib
进口	httr，rJava，GenomicRanges，rtracklayer，data.table跑龙套,plyr，xml2、方法、S4Vectors，dplyr统计数据,胶水，BiocGenerics
链接
建议	BiocStyle，knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	http://www.bioinformatics.deib.polimi.it/genomic_computing/GMQL/
全靠我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	RGMQL_1.10.0.tar.gz
Windows二进制	RGMQL_1.10.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/RGMQL
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/RGMQL
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/RGMQL/
软件包下载报告	下载数据