HTSeqGenie

DOI:10.18129 / B9.bioc.HTSeqGenie

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见HTSeqGenie．

一个NGS分析管道。

Bioconductor版本:3.12

库执行NGS分析。

作者:Gregoire Pau, Jens Reeder

维护者:Jens Reeder < Reeder。Jens在gene.com>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("HTSeqGenie")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“HTSeqGenie”)

PDF	R脚本	HTSeqGenie
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	软件
版本	4.20.0
在Bioconductor	BioC 2.11 (R-2.15)(8.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.0.0)，gmapR(> = 1.8.0),ShortRead(> = 1.19.13),VariantAnnotation(> = 1.8.3)
进口	BiocGenerics(> = 0.2.0),S4Vectors(> = 0.9.25),IRanges(> = 1.21.39),GenomicRanges(> = 1.23.21),Rsamtools于(> = 1.8.5),Biostrings(> = 2.24.1),chipseq(> = 1.6.1),hwriter1.3.0(> =版本),开罗(> = 1.5.5),GenomicFeatures(> = 1.9.31),BiocParallel，平行，工具，rtracklayer(> = 1.17.19),GenomicAlignments，VariantTools(> = 1.7.7),GenomeInfoDb，SummarizedExperiment、方法
链接
建议	TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，LungCancerLines，org.Hs.eg.db
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	HTSeqGenie_4.20.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/HTSeqGenie
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/HTSeqGenie
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/HTSeqGenie/
软件包下载报告	下载数据