GreyListChIP

DOI:10.18129 / B9.bioc.GreyListChIP

此包适用于Bioconductor的3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见GreyListChIP．

灰色列表——基于芯片输入的屏蔽伪影区域

Bioconductor版本:3.12

识别输入中高信号的ChIP实验区域，在峰值调用过程中导致虚假峰值。为了更清晰的ChIP分析，在峰值调用之前删除对齐到这些区域的读取。

作者:Gord Brown

维护者:戈登布朗<戈登。布朗在cruk.cam.ac.uk >

安装

要安装此包，启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“GreyListChIP”)

PDF	R脚本	从输入库生成灰列表
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐，ChIPSeq，报道，DifferentialPeakCalling，GenomeAnnotation，预处理，测序，软件
版本	1.22.0
Bioconductor自	BioC 3.1 (R-3.2)(6年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(>= 4.0)，方法，GenomicRanges
进口	GenomicAlignments，BSgenome，Rsamtools，rtracklayer，质量平行,GenomeInfoDb，SummarizedExperiment统计,跑龙套
链接
建议	BiocStyle，BiocGenerics，RUnit
SystemRequirements
增强了	BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19
URL
取决于我
进口我	DiffBind
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	GreyListChIP_1.22.0.tar.gz
Windows二进制	GreyListChIP_1.22.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	GreyListChIP_1.22.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GreyListChIP
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ GreyListChIP
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/GreyListChIP/
包下载报告	下载数据