EnrichmentBrowser

DOI:10.18129 / B9.bioc.EnrichmentBrowser

此包适用于Bioconductor的3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见EnrichmentBrowser．

集合与网络富集分析相结合的结果实现无缝导航

Bioconductor版本:3.12

richmentbrowser包实现了基因表达数据的丰富分析的基本功能。该分析结合了基于集合和基于网络的富集分析的优点，以获得高置信度的基因集和在研究的表达数据中被差异调节的生物通路。此外，该软件包还促进了这些集合和路径的可视化和探索。

作者:Ludwig Geistlinger [aut, cre]， Gergely Csaba [aut]， Mara Santarelli [ctb]， Mirko Signorelli [ctb]， Marcel Ramos [ctb]， Levi Waldron [ctb]， Ralf Zimmer [aut]

维护者:Ludwig Geistlinger

安装

要安装此包，启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“EnrichmentBrowser”)

PDF	R脚本	EnrichmentBrowser手册
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression，GeneExpression，GeneSetEnrichment，GraphAndNetwork，ImmunoOncology，微阵列，网络，NetworkEnrichment，通路，RNASeq，ReportWriting，软件，可视化
版本	2.20.7
Bioconductor自	bio 3.0 (R-3.1)(6.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	SummarizedExperiment，图
进口	AnnotationDbi，BiocFileCache，BiocManager，GSEABase，GO.db，KEGGREST，KEGGgraph，Rgraphviz，S4Vectors，SPIA，刨边机，石墨，hwriter，limma、方法、pathview，安全
链接
建议	所有，BiocStyle，ComplexHeatmap，DESeq2，ReportingTools，气道，biocGraph，hgu95av2.db，geneplotter，knitr，msigdbr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/lgeistlinger/EnrichmentBrowser/issues
取决于我
进口我	GSEABenchmarkeR，PathwaySplice
建议我	ToPASeq
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	EnrichmentBrowser_2.20.7.tar.gz
Windows二进制	EnrichmentBrowser_2.20.7.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	EnrichmentBrowser_2.20.7.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/EnrichmentBrowser
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ EnrichmentBrowser
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/EnrichmentBrowser/
包下载报告	下载数据