DMRforPairs

DOI:10.18129 / B9.bioc.DMRforPairs

该软件包适用于Bioconductor的3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见DMRforPairs。

DMRforPairs:使用基于阵列的甲基化谱识别独特样品之间的差异甲基化区域

Bioconductor版本:3.12

DMRforPairs(以前的DMR2+)允许研究人员比较n>=2个独特的样品的甲基化谱。DMRforPairs对n个独特的单个样本进行(两两)比较，将DMRforPairs与其他现有的管道区分开来，因为这些管道通常在单个CpG位点或基于区域的分析中比较样品组。DMRforPairs将感兴趣的区域定义为具有足够的探针彼此靠近的基因组范围。一个区域中的探测可以选择性地注释到相同的函数类。通过比较单个样本之间每个区域的甲基化值来评估差异甲基化，并且(如果差异足够大)对这种差异进行正式的统计显著性测试。

作者:Martin Rijlaarsdam [aut, cre]， Yvonne vd Zwan [aut]， Lambert Dorssers [aut]， Leendert Looijenga [aut]

维护者:Martin Rijlaarsdam

安装

要安装这个包，启动R(版本"4.0")并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("DMRforPairs")

对于旧版本的R，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，启动R并输入:

browseVignettes(“DMRforPairs”)

PDF	R脚本	DMRforPairs_vignette
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释，DNAMethylation，DifferentialMethylation，微阵列，ReportWriting，软件，可视化
版本	1.26.0
在Bioconductor中	BioC 2.14 (R-3.1)(7年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	R (>= 2.15.2)，Gviz(> = 1.2.1),R2HTML(> = 2.2.1),GenomicRanges(>= 1.10.7)，平行
进口
链接
建议
SystemRequirements
增强了
URL	http://www.martinrijlaarsdam.nlhttp://www.erasmusmc.nl/pathologie/research/lepo/3898639/
这取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在您的R会话中使用此包的说明。

源包	DMRforPairs_1.26.0.tar.gz
Windows二进制	DMRforPairs_1.26.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	DMRforPairs_1.26.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/DMRforPairs
源存储库(开发人员访问)	git clone git@git.bioconductor.org:packages/DMRforPairs
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/DMRforPairs/
软件包下载报告	下载数据