CAGEfightR

DOI:10.18129 / B9.bioc.CAGEfightR

该软件包适用于Bioconductor的3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见CAGEfightR。

利用Bioconductor对基因表达(CAGE)数据进行Cap分析

Bioconductor版本:3.12

CAGE是一种广泛使用的高通量测定转录起始位点(TSS)活性的方法。CAGE efightr是一个R/Bioconductor包，用于执行CAGE和5'端数据的广泛通用数据分析任务。核心功能包括:导入CAGE TSS (CTSSs)、标签(或单向)聚类识别TSS、双向聚类识别增强子、转录物和基因模型注释、TSS和增强子表达的相关性、TSS形状的计算、作为表达矩阵的CAGE表达的量化以及基因组浏览器可视化。

作者:Malte Thodberg

维护者:Malte Thodberg

安装

要安装这个包，启动R(版本"4.0")并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("CAGEfightR")

对于旧版本的R，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，启动R并输入:

browseVignettes(“CAGEfightR”)

超文本标记语言	R脚本	介绍CAGEfightR
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	注释，报道，DataImport，DataRepresentation，GeneExpression，GeneRegulation，GenomeBrowsers，归一化，PeakDetection，预处理，测序，软件，转录，转录组，可视化
版本	1.10.0
在Bioconductor中	BioC 3.7 (R-3.5)(3年)
许可证	GPL-3 +文件许可证
取决于	R (>= 3.5)，GenomicRanges(> = 1.30.1),rtracklayer(> = 1.38.2),SummarizedExperiment(> = 1.8.1)
进口	pryr(> = 0.1.3),为了(>= 0.2.0)，方法(>= 3.6.3)，矩阵-12年(> = 1.2),BiocGenerics(> = 0.24.0),S4Vectors(> = 0.16.0),IRanges(> = 2.12.0),GenomeInfoDb(> = 1.14.0),GenomicFeatures(> = 1.29.11),GenomicAlignments(> = 1.22.1),BiocParallel(> = 1.12.0),GenomicFiles(> = 1.14.0),Gviz(> = 1.22.2),InteractionSet(> = 1.9.4),GenomicInteractions(> = 1.15.1)
链接
建议	knitr，rmarkdown，BiocStyle，org.Mm.eg.db，TxDb.Mmusculus.UCSC.mm9.knownGene
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/MalteThodberg/CAGEfightR
BugReports	https://github.com/MalteThodberg/CAGEfightR/issues
这取决于我	CAGEWorkflow
进口我
建议我	纳米管
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在您的R会话中使用此包的说明。

源包	CAGEfightR_1.10.0.tar.gz
Windows二进制	CAGEfightR_1.10.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	CAGEfightR_1.10.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/CAGEfightR
源存储库(开发人员访问)	git clone git@git.bioconductor.org:packages/CAGEfightR
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/CAGEfightR/
软件包下载报告	下载数据