Baalchip

doi：10.18129/b9.bioc.baalchip

该包适用于生物导体的3.12版；对于稳定的最新版本，请参阅Baalchip。

Baalchip：癌症基因组中等位基因特异性转录因子结合的贝叶斯分析

生物导体版本：3.12

该软件包提供了处理多个CHIP-SEQ BAM文件并检测特定于等位基因的事件的功能。计算单个变体（SNP/SNV）的等位基因计数，实施QC的广泛步骤以删除有问题的变体，并利用贝叶斯框架来识别特定于统计学意义的特定于特定于统计学意义的事件。Baalchip能够说明两个等位基因之间的拷贝数差异，这是癌症样品的已知表型特征。

作者：Ines de Santiago，Wei Liu，Ke Yuan，Martin O'Reilly，Chandra Sr Chilamakuri，Bruce Ponder，Kerstin Meyer，Florian Markowetz

维护者：ins de santiago

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.0”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ baalchip”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Baalchip”）

html	R脚本	使用Baalchip软件包分析Chip-Seq和Faire-seq数据
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	贝叶斯，，，，chipseq，，，，测序，，，，软件
版本	1.16.0
在生物导体中	Bioc 3.4（R-3.3）（4。5年）
执照	艺术2.0
要看	r（> = 3.3.1），基因组机，，，，iranges，，，，rsamtools
进口	基因组签名，，，，GenomeInfodB，，，，多帕尔， 平行，多比，，，，RESHAPE2，，，，秤，，，，结尾，，，，foreach，，，，GGPLOT2，方法，utils，图形，统计
链接
建议	运行，，，，生物基因，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，生物使用
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	baalchip_1.16.0.tar.gz
Windows二进制	baalchip_1.16.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	baalchip_1.16.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/baalchip
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/baalchip
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/baalchip/
软件包下载报告	下载统计