DESeq2

DOI:10.18129 / B9.bioc.DESeq2

此包适用于Bioconductor的3.11版本;有关稳定的最新发布版本，请参见DESeq2．

基于负二项分布的差异基因表达分析

Bioconductor版本:3.11

估计高通量测序计数数据的方差-均值相关性，并基于使用负二项分布的模型检验差异表达。

作者:Michael Love [aut, cre]， Constantin Ahlmann-Eltze [ctb]， Simon Anders [aut, ctb]， Wolfgang Huber [aut, ctb]

维护者:Michael Love

安装

要安装此包，启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“DESeq2”)

超文本标记语言	R脚本	用DESeq2分析RNA-seq数据
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	贝叶斯，ChIPSeq，聚类，DifferentialExpression，GeneExpression，ImmunoOncology，归一化，PrincipalComponent，RNASeq，回归，测序，软件，转录
版本	1.28.1
Bioconductor自	BioC 2.12 (R-3.0)(7.5年)
许可证	LGPL (> = 3)
取决于	S4Vectors(> = 0.23.18),IRanges，GenomicRanges，SummarizedExperiment(> = 1.1.6)
进口	BiocGenerics(> = 0.7.5),Biobase，BiocParallel，genefilter、方法、stats4locfit，geneplotter，ggplot2，Rcpp(> = 0.11.0)它
链接	Rcpp，RcppArmadillo
建议	testthat，knitr，rmarkdown，vsn，pheatmap，RColorBrewer，apeglm，ashr，tximport，tximeta，tximportData，readr，pbapply，气道，pasilla(> = 0.2.10)
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/mikelove/DESeq2
取决于我	DChIPRep，DEWSeq，DEXSeq，FourCSeq，metaseqR2，rgsepd，rnaseqDTU，rnaseqGene，移行细胞癌，XBSeq
进口我	anamiR，Anaquin，微生物，anota2seq，BloodCancerMultiOmics2017，BRGenomics，CeTF，circRNAprofiler，consensusDE，coseq，countsimQC，DaMiRseq，debrowser，DEComplexDisease，反编排，DEGreport，deltaCaptureC，DEsubs，DiffBind，eegc，ERSSA，exomePeak2，GDCRNATools，GeneTonic，GenoGAM，HTSFilter，icetea，理想的，IHWpaper，ImpulseDE2，检查，感兴趣，isomiRs，JunctionSeq，kissDE，MLSeq，马斯喀特，NBAMSeq，ORFik，先驱者，PathoStat，pcaExplorer，phantasus，PowerExplorer，recountWorkflow，regionReport，ReportingTools，Rmmquant，RNASeqR，scBFA，singleCellTK，SNPhood，srnadiff，systemPipeR，TBSignatureProfiler，TimeSeriesExperiment，vidger
建议我	apeglm，biobroom，BiocGenerics，BioCor，BiocSet，篮球选手，CAGEWorkflow，compcodeR，curatedAdipoChIP，curatedAdipoRNA，dearseq，derfinder，diffloop，dittoSeq，EnhancedVolcano，鱼池，fluentGenomics，计，GenomicAlignments，GenomicRanges，Glimma，glmGamPoi，IHW，JctSeqData，miRmine，OPWeight，phyloseq，后代，重新计票，RegParallel，RUVSeq，食物，Single.mTEC.Transcriptomes，subSeq，SummarizedBenchmark，TFEA。芯片，ToPASeq，topconfects，tximeta，tximport，variancePartition，扳手，zinbwave
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	DESeq2_1.28.1.tar.gz
Windows二进制	DESeq2_1.28.1.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	DESeq2_1.28.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DESeq2
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ DESeq2
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/DESeq2/
包下载报告	下载数据