NEM.

DOI：10.18129 / b9.bioc.nem.

此套餐适用于Biocumonds 3.10版;对于稳定的最新版本版本，请参阅NEM.。

（动态）嵌套效果模型和确定性效果传播网络重建表型层次结构

生物导体版本：3.10

包装'NEM'允许从扰动效果的嵌套结构重建途径的特征。它需要输入（1.）一组靶向靶向的途径组分，和（2.）这些扰动的表型读数（例如基因表达，蛋白质表达）。输出是表示表型层次结构的定向图。

作者：Holger Frohlich，Florian Markowetz，Achim Tresch，Theresa Niederberger，Christian Bender，Matthias Maneck，Claudio Lottaz，Tim Beissbarth

维护者：Holger Froehllich

安装

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if（！percennamespace（“biocmanager”，squilly = true））install.packages（“biocmanager”）biocmanager ::安装（“nem”）

对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。

文件

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BROWSEVIGNETTES（“NEM”）

PDF.		Markowetz-论文-2006.PDF
PDF.	r script.	嵌套效果模型 - 果蝇免疫反应中的一个例子
PDF.		参考手册

细节

Biocviews.	生物信息学那graphsandnetworks.那微阵列那网络投机那途径那软件那系统生物学
版本	2.60.0
在生物导体中以来	BIOC 1.9（R-2.4）（13.5岁）
执照	GPL（> = 2）
依靠	r（> = 3.0）
进口	靴子那E1071.那图形，图形，grdevices，方法，RBGL.（> = 1.8.1），rcolorbrewer.，统计数据，utils，rghrachviz那Statmod.那Plotrix.那林马
链接到
建议	BioBase.（> = 1.10）
系统要求
加强	domc.那雪， 平行
URL.	http://www.biocadiond.org.
取决于我	LPNET.
进口我	BIRTE.那epinem那MNEM.那oncosimulr.
建议我	rbiopaxparser.
链接给我
建立报告

包档案包

跟随2021年欧洲杯比分预测 在r会话中使用此包的说明。

源包	nem_2.60.0.tar.gz.
Windows二进制文件	nem_2.60.0.zip.（32-＆64位）
Mac OS x 10.11（El Capitan）	nem_2.60.0.tgz.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/nem.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondion.org：包装/ nem
包短网址	https://biocumon.org/packages/nem/
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