chroGPS

DOI:10.18129 / B9.bioc.chroGPS

这个包是3.10版本的Bioconductor;有关稳定的、最新的发布版本，请参见chroGPS。

chroGPS2:表观基因组图的生成、可视化和差异分析

Bioconductor版本:3.10

我们提供直观的地图可视化，分析和比较遗传元素之间的关联基于他们的表观遗传学轮廓。该方法基于多维尺度，包括处理高维数据集的并行实现。我们提供了几个合理的距离度量和调整程序，以消除在合并不同技术或遗传背景下获得的数据时通常观察到的系统性偏差。我们还提供功能和方法，以执行差异分析的表观基因组图在因子和基因水平。

作者:Oscar Reina, David Rossell

维护者:奥斯卡·雷纳<奥斯卡。雷纳在irbbarcelona.org >

安装

要安装此包，请启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!2、安装BiocManager::install("chroGPS")

有关较旧版本的R，请参阅适当的Bioconductor释放。

文档

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browseVignettes(“chroGPS”)

PDF	R脚本	手册为chroGPS库
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ChIPSeq,ChIPchip,聚类,DataRepresentation,表观遗传学,HistoneModification,ImmunoOncology,软件,可视化
版本	测试盒框
Bioconductor自	BioC 2.11 (R-2.15)(7.5年)
许可证	GPL (> = 2.14)
取决于	R (> = 3.2.0),GenomicRanges,IRanges、方法、Biobase,质量、图表、数据、changepoint
进口	集群DPpackage,ICSNP,椭圆,素食主义者
链接
建议
SystemRequirements
增强了	平行,XML,rgl,gplots,pheatmap,ChIPpeakAnno,org.Dm.eg.db,caTools,情节
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	chroGPS_2.4.0.tar.gz
Windows二进制	chroGPS_2.4.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	chroGPS_2.4.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/chroGPS
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ chroGPS
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/chroGPS/
包下载报告	下载数据