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此包适用于Bioconductor 2.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见GenomicRanges．

基因组间隔的表示和操作

Bioconductor版本:2.12

在分析高通量测序数据(又称NGS数据)时，有效存储基因组注释和比对的能力发挥着核心作用。该包定义了用于存储基因组间隔的通用容器，以及用于存储参考基因组比对的更专门的容器。

作者:P. Aboyoun, H. Pages和M. Lawrence

维护者:Bioconductor Package维护者< Maintainer at Bioconductor .org>

安装

要安装这个包，启动R并输入:

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文档

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browseVignettes(“GenomicRanges”)

PDF		介绍基因组范围
PDF	R脚本	GenomicRanges用例
PDF	R脚本	重叠编码
PDF	R脚本	概述summarizeOverlaps
PDF		summarizeOverlaps-modes.pdf
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释，遗传学，HighThroughputSequencing，测序，软件
版本	1.12.5
在Bioconductor	BioC 2.6 (R-2.11)(6年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(>= 2.10)，方法，BiocGenerics(> = 0.5.4),IRanges(> = 1.17.33)
进口	方法，utils，统计，BiocGenerics，IRanges
链接	IRanges
建议	AnnotationDbi(> = 1.21.1),Biostrings(> = 2.25.3),Rsamtools(> = 1.11.24),BSgenome，rtracklayer，GenomicFeatures，VariantAnnotation，刨边机，DESeq，DEXSeq，EatonEtAlChIPseq(> = 0.0.3),leeBamViews，pasilla，pasillaBamSubset，org.Sc.sgd.db，TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm3.ensGene，seqnames.db，BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer2，BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3，RUnit，消化
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我	annmap，biomvRCNS，BiSeq，BSgenome，bsseq，bumphunter，卡斯珀，cheung2010，嵌合体，chipseq，cn.mops，CSAR，DASiR，deepSNV，DESeq2，DiffBind，DREAM4，dsQTL，easyRNASeq，EatonEtAlChIPseq，ensemblVEP，epigenomix，exomeCopy，fastseg，基因组，GenomicFeatures，genoset，GGtools，ggtut，gmapR，gwascat，HiTC，htSeqTools，IlluminaHumanMethylation450kprobe，minfi，MMDiff，parathyroidSE，平，QuasR，r3Cseq，Rcade，Repitools，RIPSeeker，Rsamtools，rSFFreader，RSVSim，rtracklayer，segmentSeq，seqbias，ShortRead，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20090506，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20100427，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20101109，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20110815，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20111119，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20120608，SomatiCA，SplicingGraphs，TransView，VariantAnnotation，VariantTools
进口我	AnnotationHub，ArrayExpressHTS，biovizBase，BiSeq，篮球选手，chipseq，ChIPseqR，copynumber，DESeq2，DEXSeq，epigenomix，FunciSNP，GenomicFeatures，genoset，ggbio，gmapR，Gviz，HTSeqGenie，HTSFilter，leeBamViews，MEDIPS，methyAnalysis，MethylSeekR，MinimumDistance，MMDiff，NarrowPeaks，诊断，oligoClasses，图片，prebs，QuasR，Repitools，rnaSeqMap，Rsamtools，rSFFreader，rtracklayer，segmentSeq，ShortRead，SNPchip，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20090506，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20100427，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20101109，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20110815，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20111119，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20120608，SomatiCA，SplicingGraphs，三层，VanillaICE，VariantTools，waveTiling
建议我	BeadArrayUseCases，BiocGenerics，IRanges，methylumi，海市蜃楼，NarrowPeaks，Repitools，RnaSeqTutorial
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

包的来源	GenomicRanges_1.12.5.tar.gz
Windows二进制	GenomicRanges_1.12.5.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard)	GenomicRanges_1.12.5.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/Bioconductor-mirror/GenomicRanges/tree/release-2.12
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/GenomicRanges/
软件包下载报告	下载数据