2016年5月4日

Bioconductors:

我们很高兴宣布Bioconductor 3.3,包含1211个软件包,293包,实验数据和916年最新的注释包。

有107个新的软件包,许多更新和改进现有的包;Bioconductor 3.3兼容3.3 R,并支持Linux上,32位和64位Windows, Mac OS x这个版本包括一个Bioconductor更新Amazon Machine Image和码头工人的容器。

访问//www.andersvercelli.com对细节和下载。

内容

• 开始使用Bioconductor 3.3
• 新的软件包
• 新闻从新的和现有的包
• 包从Bioconductor自上次发布

开始使用Bioconductor 3.3

更新或安装Bioconductor 3.3:

1. 安装3.3 R。Bioconductor 3.3设计明确了这个版本的R。

2. 按照说明在//www.andersvercelli.com/install/。

新的软件包

有107个新的Bioconductor包在这个版本。

AneuFinder——这个包实现功能CNV的召唤,策划,出口从全基因组单细胞测序数据和分析。

熏肉,熏肉可以用来消除通货膨胀和偏见常常观察表观基因组和transcriptome-wide关联研究。为此培根构造零分布实证使用吉布斯抽样算法通过拟合三分量z分数正常的混合物。

BadRegionFinder——BadRegionFinder与一个坏包识别区域,可接受的和良好的覆盖在bam序列比对数据文件。整个基因组可能被认为是以及一组目标区域。各种视觉和文本类型的输出是可用的。

BasicSTARRseq——基本呼吁STARR-seq峰值数据基于方法中引入“全基因组定量增强活动地图被STARR-seq”阿诺et al。科学。2013年3月1日;339 (6123):1074 - 7。doi: 10.1126 /科学。1232542。Epub 2013年1月17日。

BatchQC——测序和微阵列在多个批次样品通常收集或处理或在不同的时间。这往往会产生技术偏见,在下游分析中可能会导致不正确的结果。BatchQC是一个软件工具,简化批处理预处理和评价通过提供交互式诊断、可视化和统计分析探讨数据批处理变化的程度影响。BatchQC诊断帮助决定是否批处理需要做调整,和如何应用在继续之前修正下游分析。此外,BatchQC交互式地多个常见的批处理效果的方法适用于数据,和用户可以很快看到每个方法的好处。BatchQC开发作为一个闪亮的应用。输出被组织成多个选项卡,和每个选项卡功能的一个重要组成部分批处理效果的数据分析和可视化。BatchQC界面有以下分析组:摘要、微分表达式,中值相关性,热图,循环系统树图,PCA分析、形状、战斗和股东价值分析。

BgeeDB——注释和基因表达数据的一个包从Bgee下载数据库,和TopAnat分析:像浓缩的解剖术语中,映射到基因表达模式。

biomformat——这是一个R包与BIOM格式。这个包包括基本工具阅读biom-format文件、访问和构造子集数据表从biom对象(这是更复杂的比一个表),以及有限的支持写biom-object回到biom-format文件。这个API的设计是为了匹配python API和其他工具包括biom-format项目,但明显味道“R”R用户应该很熟悉。这包括S4的类和方法,以及共同核心函数/方法的延伸。

BioQC - BioQC执行质量控制的高通量基因表达数据基于组织签名

biosigner,特征选择是至关重要的组学数据分析提取限制和有意义的分子签名从复杂和高维数据,并构建健壮的分类器。这个方案实现了一个新方法来评估的相关性的变量预测分类器的性能。的方法与PLS-DA可以并行运行,随机森林,SVM二元分类器。签名和相应的返回“限制”模型,使未来的预测新数据集。一个星系的实现方案可在Workflow4metabolomics.org在线计算代谢组学的基础设施。

cellity -支持向量机的方法来识别和过滤低质量细胞单细胞RNA-seq数据集。

cellTree——这包计算潜在狄利克雷分配(LDA)单细胞RNA-seq数据和模型构建了一个紧凑的树造型单个细胞在时间和空间之间的关系。

芝加哥——捕捉高c数据分析的管道。

chromPlot——包设计可视化沿着染色体基因组数据,纵向染色体按数量排序,最后与性染色体。

CHRONOS——一个包用于有效的途径解开的固有动态属性。MicroRNA-mediated subpathway拓扑提取并利用评估的时间过渡和褶皱的变化活动/小分子核糖核酸基因有关。

CINdex——CINdex包地址高通量基因组分析的重要领域。它允许自动处理和分析实验的DNA拷贝数由6.0 Affymetrix SNP数组生成的数据或类似的高通量技术。计算染色体不稳定性(CIN)指数,可以定量地描述全基因组DNA拷贝数改变染色体不稳定性的措施。这个包不仅计算整体基因组不稳定性,但也带来了不稳定性的拷贝数损益单独在染色体和cytoband水平。

clustComp——clustComp包实现几个比较和可视化的技术不同的聚类结果之间的关系,平面与平面或层次而平坦。这些使用加权bi-graph集群之间的关系显示,节点代表的集群的节点和边缘连接对非空的十字路口;每条边的重量是元素的数量在这个十字路口,通过边缘厚度显示。的最佳布局bi-graph提供的重心算法,最小化加权的口岸。在分层和无等级聚类相比,系统树图是修剪放在不同的高度,选择通过探索树深度优先搜索,从根开始。分支机构决定分割根据得分函数的值,可以的美学bi-graph或基于层次之间的互信息和平坦的集群。之间的映射组各集群采用贪婪算法,并且可以另外形象化。

ClusterSignificance——ClusterSignificance包提供了一些工具来评估如果集群分离不同于随机或交换数据。ClusterSignificance研究集群的两个或两个以上的团体第一,所有的点投影到一维线。集群分离然后得分的概率出现分离是由于机会评估使用排列方法。

承认——单细胞Fluidigm点探测器。

consensusSeekeR——这个包比较基因组位置和基因组范围从多个实验提取共同的地区。分析区域的大小可调的数量以及经验的特性必须出现在一个潜在的区域标记该地区作为一个共识。

contiBAIT——使用链继承数据从多个单一细胞从生物体的基因组组装,contiBAIT一起尚留有未架起桥梁集群重叠群成公认的染色体,和秩序的重叠群在这些染色体。

CountClust——适合会员等级模型(傻子,也被称为混合模型)集群RNA-seq基因表达计数数据,识别特征基因推动集群成员,并提供了一个视觉的集群成员。

CrispRVariants——CrispRVariants提供了分析工具CRISPR-Cas9诱变测序实验的结果,或其他测序实验变异在给定地区感兴趣的。这些工具允许用户定位变异等位基因组合对任何基因位置(如Cas9减少站点),情节等位基因组合并计算突变率与灵活的过滤不相关的变量。

dada2——dada2包提供“OTU选择”功能,而是选择辣子鸡dada2算法准确推断样本序列。dada2管道从去复用fastq文件和删除替换后输出的样本序列和相关的丰度和嵌合错误。分类分类也可以通过RDP的本地实现分类器的方法。

dcGSA——基于Distance-correlation基因为纵向分析基因表达谱。在纵向研究中,基因表达谱收集每一次访问太阳系时,都从每个主题,因此有多种基因表达谱的测量每个主题。dcGSA包可以用来评估感兴趣的基因集和临床结果之间的关系,充分利用纵向性质的基因表达谱和临床结果。

debrowser——生物信息学平台包含互动情节和表基因和地区差异表达研究。允许在交互式可视化表达数据更加深入和更快的方式。通过改变参数,用户可以很容易地发现不同部分的数据,就像从未做过。手动创建,这些情节需要时间。有了这个系统用户可以准备阴谋,无需编写任何代码。微分表达式,现场主成分分析和聚类分析,结果显示在各种散射等情节,酒吧,盒子,马火山,情节和热图。

反编排——秘密所使用的不同数据格式之间的差异基因表达分析工具。

diffloop构造子集——一套工具,可视化,注释,统计分析一个或多个ChIA-PET实验的结果。

DNAshapeR——DNAhapeR超高速的R / BioConductor包,高通量DNA预测形状特性。包允许预测、可视化和编码DNA为统计学习形状特性。

doppelgangR——主要功能是doppelgangR(),以作为最小输入ExpressionSet对象的列表,列表和搜索所有对复制样品。搜索是基于基因组数据(exprs (eset)),表现型/临床数据(pData (eset)),和“吸烟枪”——据说pData中发现的惟一标识符(eset)。

DRIMSeq——包提供了两个框架。一个微分剪接分析不同条件和一个用于sQTL分析。两者都是基于基因组特征的数量(即建模。,transcripts, exons or exonic bins) with Dirichlet-multinomial distribution. The package also makes available functions for visualization and exploration of the data and results.

EBSEA——计算微分表达式基于外显子的基因数量的基因来自RNA-seq测序数据。

哎呀——高效的方案实现了一系列工具来计算网络的功能性质基于牵连的方法。

EGSEA——这个包实现了合奏的基因集富集分析(EGSEA)基因的方法设置测试。

EmpiricalBrownsMethod——结合来自多个统计检验的假定值在生物信息学中很常见。然而,这个过程是依赖假定值的非平凡的。这个包实现实证适应布朗的方法(费舍尔的一个扩展方法)结合相关的假定值适合高度相关的数据集的发现在高通量生物实验。

epivizrData——从Bioconductor服务数据对象通过WebSocket连接。

epivizrServer——这个包提供了对象来管理epiviz WebSocket连接应用程序。其他epivizr包使用这个基础设施。

epivizrStandalone——这个包导入epiviz JavaScript应用基因组数据可视化交互式可视化。epivizrServer的包是用来提供一个web服务器运行完全在r .这个独立的版本允许浏览任意基因组提供基因组注释Bioconductor包。

EWCE——用于确定哪些细胞类型中丰富基因列表。包提供了工具测试充实在简单的基因列表(如人类疾病相关基因)和微分表达式产生的那些研究。包不依赖于任何特定的单细胞转录组数据集和用户定义的数据集可以加载和使用的分析。

ExpressionAtlas——这个包是EMBL-EBI寻找数据集的表达图谱,并下载到R进行进一步分析。每个表达式图谱数据集表示为SimpleList对象每个平台的一个元素。测序数据中包含一个SummarizedExperiment对象,而微阵列数据都包含在一个ExpressionSet或MAList对象。

FamAgg -框架提供基本背景分析和绘图工具以及各种方法来评估大族谱家族聚集性的特点。

flowAI——包能够执行自动或互动质量控制FCS数据获得使用流式细胞仪仪器。通过评估三种不同性质:1)流量,2)信号采集,3)动态范围,使质量控制检测和清除异常。

加菲尔德-加菲尔德是一个非参数描述功能富集分析方法本文加菲猫:GWAS分析监管或功能信息浓缩与LD修正。简单地说,这是一个方法,该方法利用GWAS发现与监管或功能注释(主要从数据编码和表观基因学)找到感兴趣的特性与表型相关。它执行贪婪的修剪的GWAS snp (LD r2 > 0.1),然后基于注释功能信息重叠。接下来,它量化褶皱浓缩(FE)在不同GWAS意义短裤和评估他们的排列测试,虽然小等位基因频率匹配,距离最近的转录起始站点和LD代理(r2 > 0.8)。

genbankr -基因库读取文件。

GenoGAM——这个包允许统计分析的全基因组数据和平滑函数使用广义可加模型的基础上,实现从R-package“mgcv”。它提供ChIP-Seq数据的统计分析方法包括推断蛋白质的入住率,点态和哪些地区差异分析。分散估计和平滑参数是由交叉验证。扩展广义相加模型拟合的整个染色体是通过并行的重叠基因间隔。

genphen——给定一组遗传多态性的单核苷酸多态性poylmorphisms或单一氨基酸和相应的表型数据,通常我们有兴趣量化他们的协会,这样我们可以识别因果多态性。利用统计学习技术,如随机森林和支持向量机,该工具提供的方法估计genotype-phenotype关联。它还提供了可视化的功能让用户直观地检查这些遗传协会研究的结果和方便地选择强度最高的基因型与表型ofassociation。

GenRank——排名基因的方法基于收敛的证据来自多个独立证据层。这个包适应流行了荟萃分析三种方法。

GenVisR -生产高度可定制的出版质量基因组数据的图形主要在群体水平。

ggcyto——专用fority flowSet方法实现,ncdfFlowSet和GatingSet类,包括原料和封闭的流式细胞仪数据可以直接与ggplot绘制。ggcyto包装和一些习惯了层还可以很容易地添加盖茨和人口统计的阴谋。

Glimma RNA-sequencing数据——这个包生成交互式的可视化效果基于输出limma,磨边机或DESeq2。相互作用是建立在流行的静态显示从limma包,为用户提供访问id和样本基因信息。块生成使用d3。js和显示在HTML页面中。

globalSeq——的方法可能是概念化作为测试整体的意义在回归分析中,overdispersed响应变量和解释变量的数量超过了样本容量。

GMRP——执行孟德尔随机化分析多个snp来确定风险因素导致疾病的研究和排除混杂variabels和执行路径分析,构建路径疾病的风险因素。

GSALightning——GSALightning提供了一套快速实现permutation-based基因分析两个示例问题。这个包是特别有用,当测试同时大量的基因集,或者当大量的排列为假定值更准确的评估是必要的。

哈曼,哈曼是一个基于PCA和约束优化技术,最大化的批处理从数据集的影响,与约束过校正的概率(即消除真正的生物信号以及批处理噪声)是由最终用户设置的一小部分。

HDF5Array——这包实现了HDF5Array类HDF5数据集的访问和操纵方便。为了减少内存使用和优化性能,操作一个HDF5Array对象或延迟执行使用一块处理机制。延迟和阻塞处理机制是独立磁盘上的后端通过DelayedArray类和实现。他们甚至在普通数组有时可以提高性能。

iCARE - R包计算个性化的连贯的绝对风险估计。

iCOBRA——这个包提供了性能指标的计算和可视化功能的评估排名和二进制分类(作业)方法。它还包含一个闪亮的申请互动探索的结果。

IHW——独立假设权重(IHW)是一个多个测试过程增加力量的方法相比Benjamini和业务通过数据驱动的权重分配给每一个假设。IHW的输入是一个两列表格的假定值和协变量。协变量可以是任何连续值或分类变量被认为是信息在每一个假设检验的统计特性,虽然是独立的假定值在零假设下。

ImmuneSpaceR——提供了一个方便的API,用于访问数据集内ImmuneSpace (www.immunespace.org),数据仓库和分析平台的人类免疫学项目财团(债)。

InteractionSet——提供了GInteractions InteractionSet ContactMatrix对象和相关的方法来存储和操纵基因交互数据从高c和ChIA-PET实验。

伊索德——这包提供伊索尔德识别印迹基因的新方法。这种方法致力于数据由核糖核酸测序技术。伊索德包实现原始统计方法中描述下面的出版物。

isomiRs -表征的microrna isomiRs,集群和微分表达式。

JunctionSeq——一个实用程序检测和可视化RNA-Seq微分外显子或Splice-Junction使用的数据。

kimod——这个包允许与混合组学数据(转录组、蛋白质组学、晶片、rna-seq数据),引入以下改进:距离选项(数字和/或分类变量)为每个表,引导重采样技术的残差矩阵的方法,使执行的信心椭圆投影的个体,变量和biplot方法项目变量(基因表达)妥协。因为包的主要目的是使用这些技术使数据分析,它包括一个示例数据(即从四个不同的微阵列平台。95年,安捷伦,Affymetrix HGU Affymetrix HGU 133和Affymetrix HGU NCI-60细胞株133 + 2.0)。NCI60_4arrays列出包含NCI-60只有几百的基因微阵列数据随机选择在每个平台保持包的尺寸小。的数据是相同的包omicade4用来实现co-inertia分析。包的引用遵循APA-6th规范的风格。

Linnorm——Linnorm R包分析RNA-seq, scRNA-seq, ChIP-seq计数数据或任何大规模的计算数据。它的主要功能是规范化和转换这些数据集参数测试。参数测试的例子包括使用limma微分表达式分析或微分峰检测或计算皮尔逊相关系数基因相关性研究。Linnorm可以使用原始计数,CPM, RPKM FPKM和TPM。此外,Linnorm提供RnaXSim函数模拟RNA-seq原始微分表达式的评价分析方法。RnaXSim可以模拟伽马RNA-seq数据集,记录正常,负二项或泊松分布。

lpsymphony——这个包是源自Rsymphony_0.1-17凹口。这些包提供一个R接口交响乐团,一个开源的线性规划求解程序用c++写的。这个包和Rsymphony之间的主要区别是,它包括求解程序源代码(交响曲版本5.6),而Rsymphony希望找到头文件和库文件在用户的系统上。因此lpsymphony的目的是提供一个易于安装的界面交响曲。对于Windows,预编译dll包含在这个包中。

LymphoSeq - R包进行高通量测序分析T细胞和B细胞受体的互补决定区3 (CDR3上)序列生成的自适应生物技术“ImmunoSEQ化验。它的输入来自制表符分隔值(. tsv)文件导出ImmunoSEQ分析仪。

mbt, mbt方法由βt Baggerly et al(2003)的方法。相比baySeq(硬城堡和凯利2010年),DESeq(2010年安德斯和Huber)和准确的测试(罗宾逊2007年史密斯,2008)和麦卡锡et al(2012)的漠视,mbt高工作效率,也就是说,它具有高功率,高罗斯福的保守估计和高稳定性。mbt是西装——能够转录组数据,标记数据,SAGE数据(统计数据)小样本或几个复制库。它可以用来识别基因,信使rna亚型或标签两种情况之间的差异表达。

Mergeomics——Mergeomics管道作为一个灵活的框架整合多维omics-disease协会、功能基因组学、规范途径和基因基因相互作用网络产生机械的假设。它包括两个主要部分,1)标记集富集分析(MSEA);2)加权关键驱动因素分析(wKDA)。

metaCCA——metaCCA进行多变量分析的一个或多个GWAS基于单变量回归系数。它允许多元的表型和基因型。metaCCA扩展了典型相关分析的统计方法设置,原始个体层面的记录并不可用,并采用协方差收缩算法实现鲁棒性。

MethPed——儿科肿瘤分类成生物定义亚型具有挑战性和多方面的方法是必要的。为此目的,我们开发了基于DNA甲基化的诊断分类器配置文件。我们提供MethPed作为一个易于使用的工具箱,允许进行研究和临床诊断测试单样品以及大军团小儿脑瘤的子类的预测。当前版本的MethPed可以划分以下肿瘤诊断/子组:弥漫性内在脑桥的神经胶质瘤(DIPG),室管膜瘤,胚胎性肿瘤与多层圆花饰(ETMR)、胶质母细胞瘤(GBM),成神经管细胞瘤(MB) - 3组(MB_Gr3),组4 (MB_Gr3),组WNT (MB_WNT)组嘘(MB_SHH)和Pilocytic星形细胞瘤(PiloAstro)。

miRNAmeConverter -包包含一个S4类翻译成熟microrna的名字不同miRBase版本,检查名称有效性和检测miRBase版本的一个给定的名称(http://www.mirbase.org/)的数据集。

MMDiff2——这个包检测统计上显著差异读浓缩概要文件在不同ChIP-Seq样本。利用形状差异它使用内核方法(最大的差异,多党民主运动)。

multiClust——全转录组的概要文件是用于研究成千上万个基因的表达水平在样本。聚类算法是用来识别模式在这些概要文件来确定临床相关的子组。特征选择是一个关键组成部分的过程。目前,有许多特征选择和聚类方法来确定样本的相关基因并执行聚类。然而,选择合适的方法是困难的最近的研究表明,没有方法是赢家。因此,我们提出一个R-package叫multiClust允许研究人员试验相结合的方法的选择基因选择和集群轻松。此外,使用multiClust,我们目前的价值基因选择和聚类方法的临床相关性聚类的上下文中,特别是临床结果。我们的综合R -包包含:1。一个函数读取在基因表达数据和格式r . 2中适当地进行分析。四种不同的方法来选择基因的数量。固定百分比b。c。聚d。GMM 3。四个基因排序选项顺序基因根据不同的统计标准,CV_Rank b。CV_Guided c。SD_Rank d。聚4。两种方法来确定集群数量。固定统计5 b。差距。两个聚类算法,层次聚类b。k - means聚类6。一个函数来计算每个样本的平均基因表达集群7。关联函数示例集群与临床结果的函数使用:1。 input_file, a function to read-in the gene expression file and assign gene probe names as the rownames. 2. number_probes, a function to determine the number of probes to select for in the gene feature selection process. 3. probe_ranking, a function to select for gene probes using one of the available gene probe ranking options. 4. number_clusters, a function to determine the number of clusters to be used to cluster genes and samples. 5. cluster_analysis, a function to perform Kmeans or Hierarchical clustering analysis of the selected gene expression data. 6. avg_probe_exp, a function to produce a matrix containing the average expression of each gene probe within each sample cluster. 7. surv_analysis, a function to produce Kaplan-Meier Survival Plots of selected gene expression data.

MultiDataSet BRGE实现的(生物信息学研究小组从环境流行病学研究中心的流行病学)MultiDataSet MethylationSet。MultiDataSet设计整合多组学数据集和MethylationSet包含标准化的甲基化数据。这些包包含基类食物和rexposome包。

normalize450K——epigenome-wide研究精确测量是重要的调查在全血样品DNA甲基化,在影响大小预计的规模较小。450 k平台通常是受批处理效果和建议合适的预处理。这个包提供了函数来读取和450 k的正常化。idat”文件。染料的正常化纠正偏见和偏见与信号强度和探针使用本地的甲基化回归。不执行探测类型偏见的调整,以避免权衡beta-values精度的精度。

nucleoSim——这个包可以生成一个覆盖核小体的合成与读取地图区域以及一个合成的地图与正向和反向读取模拟下一代测序。用户选择阅读的三种不同分布定位:正常,学生和制服。

odseq——执行孤立点检测的多序列比对的序列使用引导预定义的距离度量。离群值序列可以使下游分析不可靠或使比对不准确时。这个包实现了OD-seq算法提出的杰尔et al (doi 10.1186 / s12859 - 015 - 0702 - 1)序列对齐,对齐序列的变异使用字符串内核。

OncoScore——OncoScore协会是一个工具来衡量基因癌症生物医学文献中基于引用的频率。PubMed的分数是评价文学通过动态更新的网页查询。

oppar - R实现mCOPA包发布的王et al . (2012)。Oppar提供了癌症离群值剖面分析方法。尽管最初开发检测异常基因在癌症研究中,方法提出了oppar可用于异常剖面分析。此外,为基因集富集提供了工具和途径分析。

PanVizGenerator——PanViz是一个基于JavaScript功能阳极注释pangenomes可视化工具。PanVizGenerator是PanViz的同伴,促进必要的数据预处理步骤中需要创建一个PanViz可视化工作。输出是完全自包含的可视化的收件人不需要R或PanVizGenerator安装。

pbcmc——pbcmc包描述基因表达不确定性评估分类器,a . k . a分子特征,基于排列测试。为了实现这一目标,合成模拟对象通过排列的基因标签。然后,每个合成主题是测试相应亚型分类器构建零分布。因此,分类信心测量可以提供为每个主题,协助医生治疗的选择。目前,只有用于PAM50实现genefu包,但它可以很容易地扩展到其他的分子特征。

pcaExplorer——这个包提供了交互式的可视化功能RNA-seq基于主成分分析的数据集。提供的方法允许快速信息提取和有效的数据探索。一个闪亮的应用程序封装整个分析。

PCAN -表型比较基于共识的一种途径。评估候选基因之间的关系和一组基于额外的基因表型相关候选人(例如通路或网络邻居)。

pqsfinder——这个包的主要功能是检测DNA序列模式可能会折叠成一个分子内G-quadruplex (G4)。与其他方法不同,这个包能够检测序列负责从完美G-runs G4s折叠包含凸起或不匹配,因此比竞争更敏感的算法。

profileScoreDist——正规化和分数分布位置数矩阵。

psygenet2r——包PsyGeNET从数据库检索数据(www.psygenet.org)和执行疾病研究与PsyGeNET和用户的数据。

PureCN——这个包估计肿瘤纯度,拷贝数,杂合性丢失(LOH)和状态的短核苷酸变异(SNVs)。PureCN是专为下一代混合捕获测序(上天)数据,整合与标准体细胞变异检测管道,并支持肿瘤样本没有匹配的正常样本。

QuaternaryProd——QuaternaryProd R包执行因果推理在生物网络,包括String-db等公开的网络。QuaternaryProd是一个免费的替代的商业产品,如Quiagen和Inginuity途径分析。对于一个给定的一组差异表达基因,QuaternaryProd计算上游的监管机构网络的意义通过执行因果推理使用第四纪点积得分统计(第四纪统计),三元点积得分统计(三元数据)和确切概率法。第四纪统计处理签,无符号在网络和模糊边缘。歧义出现未知的因果关系的方向时,或当源节点(如蛋白质)的边缘与冲突的迹象为相同的目标基因。另一方面,使用签署的三元统计提供了因果推理和明确的边缘。第四纪统计上的装饰图案提供了更多的细节,说明了如何使用String-db执行因果推理的一个例子。

QUBIC——这个R包的核心功能是提供well-cited和美观QUBIC算法的实现,旨在提供一个有效的和高效的biclustering能力。这个包还包括以下相关功能:(i)的定性表示输入基因表达数据,通过一个精心设计的离散化方法考虑底层数据属性,可直接用于其他biclustering项目;使用的热图(ii)的可视化识别biclusters支持整体的表达模式分析;(3)bicluster-based co-expression网络说明和可视化,在不同的一对基因之间的相关系数分数提供;及(iv)概括biclusters输出格式和相应的网络可以免费下载,这样用户可以很容易地做后综合功能富集分析(例如大卫)和先进的网络可视化(例如Cytoscape)。

为RNA R4RNA——一个包完全分析,包括完全的可视化弧图,便于比较和注释的序列和结构。弧图另外可以投射到多重序列比对评估完全保护和共变,用数值方法计算统计。

补偿,补偿计算和情节概要文件创建的短序列信号读取来自下一代测序技术。提供的资料是sumarized曲线资料或者热图概要文件。目前,收回支持基因组配置文件块读取来自ChIP-Seq和RNA-Seq实验。包使用ggplot2和ComplexHeatmap图形曲线和设施的热图分别覆盖配置文件。

RGraph2js -发电机的网页显示交互式网络/图形可视化与D3js、jQuery和拉斐尔。

RImmPort——RImmPort包简化了访问ImmPort数据分析R环境。它提供了一个基于标准的接口ImmPort研究专有格式的数据。

腐烂——Reproducibility-Optimized计算检验统计量(腐烂)微分测试组学数据。

SC3——交互式工具单细胞RNA-Seq数据的聚类分析。

嘘——一组工具进行各种分析单细胞RNA-seq基因表达数据,关注质量控制。

scde——scde包实现了一组统计方法分析单细胞RNA-seq数据。单细胞RNA-seq scde适合个人误差模型的测量。这些模型可以用于评估组织的细胞之间的微分表达式,以及其他类型的分析。scde包还包含宝塔框架的应用途径和基因集overdispersion分析来识别和描述假定的细胞亚种群基于转录签名。整个微分表达式分析方法详细以下出版物:“贝叶斯方法单细胞微分表达式分析”(西尔伯斯坦Kharchenko PV, L, Scadden DT,自然方法,doi: 10.1038 / nmeth.2967)。整个族群的方法识别和描述在下面详细的预印:“通过通路和基因转录的异质性特征集overdispersion分析”(J粉丝,Salathia N,刘R, Kaeser G,荣智健Y,赫尔曼·J,燕麦饼干F,风扇JB,张K,春J, Kharchenko PV,自然方法,doi: 10.1038 / nmeth.3734)。

食物——这个包实现各种低级单细胞RNA-seq数据的分析。方法提供了特异性正常化偏见,细胞周期阶段,转让和检测高度变量和显著相关的基因。

击打——这个包构建Epimods框架,有助于发现加权子网(“模块”)Illumina公司英飞纳姆27 k数组使用SpinGlass算法,实现在iGraph包。我们已经创建了一个类基因中心与假定值相关联的注释和效应的大小和分数从任何研究人员之前统计结果发现功能模块。

SpidermiR - SpidermiR的目的是:我从GeneMania)促进开放获取网络数据检索数据,2)准备的数据使用适当的基因命名法,3)microrna的数据在一个特定的网络的整合,(四)提供不同的标准分析和v)允许用户可视化结果。的包提供了多种方法详细查询,准备和下载网络数据(GeneMania)和集成验证和预测microrna的数据(Pharmaco-miR mirWalk, miR2Disease miRTar,德娄·米兰多拉,戴安娜,米兰达,PicTar和TargetScan)和使用标准的分析(igraph)和可视化方法(networkD3)。

splineTimeR——这包提供的功能基因表达差异基因表达分析的时间进程的数据。自然三次样条回归模型。识别基因可能会进一步被用于通路富集分析和/或时间的重建协会相关的基因调控网络。

sscu——包可以计算选择在细菌物种的密码子使用。第一和最重要的是,选择的密码子使用的包可以计算强度偏差(sscu)基于保罗夏普的方法。的方法考虑背景突变率,和只关注密码子与环球转化优势菌种。因此sscu指数在不同物种之间具有可比性。此外,detainled最优密码子(选择的密码子)信息可以计算optimal_codons函数,所以用户会有一个更准确的选择方案对于每一个密码子。此外,我们添加了一个函数optimal_index包。函数s指数也有类似的数学公式,但关注估计GC-ending最优密码子的数量为4和6的高表达基因密码子框。的功能考虑背景突变率,可比年代指数。然而,由于GC-ending集最优密码子可能是不同的在不同的物种,不同物种之间的指数不能相比。

SwathXtend——它包含了效用函数积分谱库对片片生成的数据和统计数据分析。

tofsims——这个包提供了一个管道进口ToF-SIMS 2 d图像数据的处理和分析。Iontof和Ulvac-Phi进口原料或预处理数据支持。质量校准,rawdata挑选峰值和峰值集成存在。一般funcionality包括数据装箱、缩放、图像构造子集和可视化。一系列多元工具ToF-SIMS社区常见的实现(PCA, MCR,乘加、延长)。接口到bioconductor图像处理包EBImage提供了图像分割功能。

transcriptR - RNA被测序类型的差异影响结果测序的概要文件。mRNA-seq富含读取数据来源于外显子,虽然GRO - nucRNA, chrRNA-seq展示大量广泛的报道其实和intronic地区。的存在intronic读入GRO-seq类型的数据可以使用它来计算识别和量化所有新创连续区域分布在基因组转录。然而,这种类型的数据是更具挑战性的解释和mRNA-seq相比常见的做法。主要记录检测问题的一个挑战同时密集基因的转录,这需要正确划分为单独转录单位。R包transcriptR结合RNA-seq数据和ChIP-seq数据转录起始点的组蛋白修饰,活跃的(tss),如,H3K4me3或H3K9/14Ac克服这一挑战。使用这种方法的优点,例如,基因注释,这种方法是数据驱动的,因此能够同时处理小说和特定事件。此外,集成芯片,RNA-seq数据允许识别所有已知的转录起始点的和新颖的活动在一个给定的样本。

tximport——进口转录水平丰富,估计计数和记录长度,并总结了矩阵用于下游能够分析包。加权平均记录长度,sample-specific转录丰度估计,是一个矩阵,可以用作抵消能够数的不同表达。

Uniquorn——这包允许用户识别癌症细胞系。癌症细胞系误认和交叉污染reprents癌症研究人员的一个重大挑战。识别是至关重要的,这个包的框架基于位置/体细胞和生殖系突变位点/变化。输入格式vcf / vcf。广州和文件必须包含一个癌症细胞系样本(即一个单一的成员/基因型/ gt vcf文件中的列)。实现的方法是优化下一代全外显子组和全基因组dna测序技术。

新闻从新的和现有的包

包维护人员可以添加新闻文件描述更改包自上次发布。以下包消息是可用的:

ADaCGH2

2.11.2版本的变化(2016-04-29):

• 很高兴现在是在看,而不是进口,它给warnigns和笔记。

2.11.1版本的变化(2016-03-29):

• 装饰图案的变化,以避免Windoze构建问题?

• 名称空间的变化

affxparser

的变化版本1.43.2:

• 版本撞Bioconductor

版本变化1.43.1-9000 (2016-04-05):

• WINDOWS:包现在编译与gcc-4.6.3工具链以及新老gcc-4.9.3工具链,介绍了R (> = 3.3.0)。由于吉姆·海丝特和丹特南鲍姆求助。

版本变化1.43.1 (2016-02-28):

• 固定一个bug相关包括< R。h >和走读生C,由布莱恩·里普利。

版本变化1.43.0 (2015-10-23):

• 版本号是撞Bioconductor猛击版本,目前成为BioC v3.3 R (> = 3.3.0)。

AllelicImbalance

的变化版本1.10.0:

新功能

• minFreqFilt和minCountFilt

用户可见的明显变化

• Phase2Genotype函数现在治疗阶段0作为裁判等位基因等位基因和第一阶段选择。

AnnotationDbi

的变化版本1.34.0:

新功能

• 出口ALIAS2EG符号名称空间的青蛙,蚊子、黑猩猩和猕猴OrgDbs

• 如何使用EnsDb部分添加到装饰图案

修改

• 工作代码库和导出功能-分手geneCentricDbs文件中代码re-name和出口选择()函数使用AnnotationForge和GenomicFeatures re-name和导出功能注释所使用的包在AnnotationForge建筑商

• 移库(RSQLite)从dbFileConnect ()

• 修改为新标识符在Bioconductor 3.3包含了单元测试

• 使用elementNROWS()而不是elementLengths ()

• 修改mapIds()保存数据类型从select()返回

• 减少AnnDbPkg-checker的时间。理查德·道金斯的例子

错误修复

• 错误修复的select()和mapIds()当有很多:许多映射

• 错误修复test_generateExtraRows单元测试。

AnnotationForge

的变化版本1.14.0:

新功能

• 构建“别名”表OrgDbs sqlite数据库的青蛙,黑猩猩,恒河和蚊子

修改

• 更新AnnDbPkg模板引用选择()接口人

• 工作makeOrgPackageFromNCBI: - tax id时错误早在gene_info没有找到。广州——“rebuildCache”参数添加到控制重复下载-删除旧的代码和注释更新手册页

• 添加包含和PROSITE手册页NCBICHIP和NCBIORG包模板

• 允许通过目录位置在wrapBaseDBPackages ()

• 改变执照的格式;报告AnnotationDbi的当前版本

• 修改appendArabidopsisGenes(),以检查null gene_id”

• DBI添加到“显示”;负载DBI_dbconn手册页

• 负载SQLite小插曲;不再从AnnotationDbi自由:dbFileConnect ()

AnnotationHub

更改版本测试盒框:

新功能

• 添加新的状态代码“4”和“5”“状态”的mysql表;“status_id”字段改为“4”删除所有记录

• 泛型添加getRecordStatus ()

• 泛型添加包()

• 创建“中心”虚拟类——添加新.Hub()基本构造函数所有的中心——添加getAnnotationHubOption()和setAnnotationHubOption()——促进通用缓存()——添加getHub () getter AnnotationHubResource类——添加getUrl (), getCache(),获取当前日期()getter -出口尽可能少的db helper

• 添加“EpigenomeRoadmapNarrowAllPeaks”和“EpigenomeRoadmapNarrowFDR”类

修改

• 区分广义和狭义峰值文件EpigenomeRoadmapFileResource调度类

• 不使用缓存AnnotationHub SQLite连接——最初介绍了所以可能关闭如果需要,但是创造复杂性——相反,打开/关闭连接在单个查询(不是一个性能问题)——公开中心,缓存,代理在构造函数AnnotationHub——文档dbconn Hub-method, dbfile, Hub-method .db_close

• snapshotDate现在使用时间戳(最后一个日期的任何行修改)而不是rdatadateadded

• .require失败而不是发出警告——单元测试.require()——同时,缓存(中心(假))不创造虚假的错误

• 工作记录和删除biocVersion - .uid0()被record_id重组和不再组织——返回元数据记录与biocVersion字段< =当前biocVersion而非精确匹配与当前版本——元数据是不返回删除记录

错误修复

• 解决httr进步()()错误通过禁用进度条

AnnotationHubData

的变化版本1.2.0:

新功能

• 添加makeEnsemblTwoBit ()

• 添加hubError (), hubError < -泛型和方法

• 创建“HubMetadata”类的继承自“AnnotationHubMetadata”

修改

• 出口ensemblFastaToTwoBitFile ()

• 修改由于httr变化:头():——AFAICT httr::头()1.1.0和更高的只接受https,不是ftp——使用xml2而不是XML解析(httr > = 1.1.0依赖变化)

• 食谱:工作——清理ChEA和Gencode——不出口tracksToUpdate ();断了,不习惯——reorg手册页;结合运用Fasta和TwoBit单独的手册页

• 工作updateResources():——将数据插入之前S3元数据在db -隔离pushResources()和pushMetadata从updateResources()()——注意:表观基因组单元测试失败是由于糟糕的url。如果没有固定的配方需要改变。

• 更新makedbSNPVCF()来查看新clinvar位置

错误修复

• 修复bug在makedbSNPVCF()配方相关基因和标记

antiProfiles

1.11.1版本的变化:

• 使用子集计算从matrixStats包。

aroma.light

3.1.1版本的变化(2016-01-06):

• 包需要R (> = 2.15.2)。

• 清理:robustSmoothSpline()不再生成消息”.nknots.smspl()现在出口;用它代替n.knots ()”R (> = 3.1.1)。

版本变化3.1.0 (2015-10-23):

• 版本号是撞Bioconductor猛击版本,目前成为BioC v3.3 R (> = 3.3.0)。

bamsignals

1.3版本的变化:

• Bioconductor版本(3.3)的新功能

• 片段长度过滤:过滤的配对阅读结束对最小和最大TLEN TLEN字段

• SAMFLAG过滤:过滤掉与一组特定SAMFLAG读取,例如1024年标志着光学复制错误修复

• 扩展路径为相对路径,例如解决“~”/home/$用户在UNIX中

BasicSTARRseq

版本1.0.0的变化:

• 为检测提供了函数getPeaks显著峰值STARR-seq与两个不同的二项式模型数据。

BatchQC

版本1.0.0的变化:

• 总结和样本诊断

• 微分表达式使用LIMMA情节和分析

• 主成分分析和情节来检查批处理效果

• 热图的基因表达

• 中位数相关情节

• 循环系统树图集群和彩色的批处理和条件

• 分布曲线的形状分析基于HTShape包

• 批量调整使用战斗

• 代理变量分析使用上海广电的包

• 函数来生成模拟RNA-Seq数据

BgeeDB

版本变化0.99.6 (2016-04-28):

• 在format_data Bug修复功能。

版本变化0.99.4 (2016-04-26):

• Affymetrix数据错误修复。

版本变化0.99.3 (2016-04-22):

• 添加了Affymetrix下载数据。

版本变化0.0.4 (2016-03-20):

• 添加loadTopAnatData函数。

版本变化0.0.1 (2016-03-13):

• 添加topAnat脚本。这个函数产生一个topAnatObject,准备用于基因集富集检测使用topGO功能包

bigmemoryExtras

的变化版本1.17.0:

• 包括annotatedDataFrameFrom Biobase-related所有内容已被删除。这意味着BigMatrix对象可以不再被添加到eSet / ExpressionSet GenoSet对象。尝试新的SummarizedExperiment, eSet替换。

Biobase

2.31版本的变化:

新功能

• 选项卡完成eSet类的实现

• 头和尾巴。AnnotatedDataFrame方法介绍

BiocStyle

变化在2.0.0版本:

• 新Bioconductor乳胶的风格。有关详细欧洲杯2021体育彩票信息,请参阅包小插曲。

biomformat

的变化版本0.3.13:

用户可见的变化

• 添加make_biom函数。从标准R数据表创建biom对象(年代)。

的变化版本0.3.12:

用户可见的变化

• 没有用户可见的变化。未来所有的兼容性的变化。

错误修复

• 单元测试的变化与即将到来的R版本和新testthat。

• 这个解决问题4:https://github.com/joey711/biom/issues/4

的变化版本0.3.11:

用户可见的变化

• 没有用户可见的变化。未来所有的凹口兼容性的变化。

错误修复

• 澄清README.md许可证和项目

• 添加待办事项。html, README。html和待办事项。由凹口md .Rbuildignore(请求)

• 移动biom-demo.Rmd来小插曲/

• 更新本月/新闻(这)官方格式文件

• 删除预构建装饰图案在包构建HTML,重建。这个更新装饰图案中的构建日期之类的东西,但也确保了用户看到装饰图案的结果代码,只是与他们的包的副本。

的变化版本0.3.10:

用户可见的变化

• 这些改变不会影响任何包的行为。

• 一些顶级的文档已经更改,以反映GitHub上的新发展位置。

错误修复

• 只是小修小补凹口相容性

• 这个地址的问题1:https://github.com/joey711/biom/issues/1

的变化版本0.3.9:

用户可见的明显变化

• 速度改进稀疏矩阵

新功能

• 的biom_data解析函数现在使用一个矢量化(matrix-indexed)赋值而解析稀疏矩阵。

• 非官方的基准估计几100 x加速。

的变化版本0.3.8:

用户可见的明显变化

• 第一个发布版本发布在凹口

BioQC

变化在1.1版本中5:

• 添加c级Wilcoxon-Mann-Whitney等级的实现和测试

• 文档和小品文准备Bioconductor提交更新。

biosigner

的变化版本0.99.12:

方案修改

• 欢迎来到biosigner包从组学数据集特征选择

• 包实现了一种新的包装方法检测对PLS-DA很重要的功能,随机森林,或SVM二元分类

• 包包含“diaplasma”质代谢组学的数据集(从1和2型糖尿病患者血浆样品)

• 请查看细节的装饰图案和包使用的方法

• 相应的出版目前正在审查。

的变化版本0.99.11:

错误修复

• 在装饰图案(S4 ropls方法由于开关)

的变化版本0.99.10:

方案修改

• grDevices,图形,在描述统计,跑龙套进口

的变化版本0.99.9:

方案修改

• 装饰图案更新

的变化版本0.99.8:

方案修改

• 添加进口以下函数名称空间:abline箭头轴盒箱线图dev.new dev.off头部图像布局中多行文字par pdf矩形尾巴标题var

• 定义getAccuracyMN和getSignatureLs访问器

的变化版本0.99.7:

方案修改

• 额外的单元测试沉默test_biosign_randomforest(因为moscato2 Windows 2008平台)上的错误

的变化版本0.99.6:

方案修改

• 单元测试在test_biosign_randomforest沉默,test_biosign_predict(因为moscato2 Windows 2008平台)上的错误

的变化版本0.99.5:

方案修改

• 导入包的名称空间固定

• S4的使用方法(而不是S3)

的变化版本0.99.4:

方案修改

• 修正错误的test_biosign_plsdaF测试函数

的变化版本0.99.0:

方案修改

• 设置版本号为Bioconductor 0.99.0

biovizBase

的变化版本1.19.1:

新功能

• 紧缩方法支持现在EnsDb对象和相关过滤对象。

BiRewire

3.1版本的变化:

新功能

• birewire.rewire。引入了dsg为了重新连接直接签署网络(dsg)。此外取样器例程,分析、视觉监控和相似性已经写为了有相同的功能包对双边的dsg也无向图。

错误修复

• birewire.sampler。一式两份的文件创建超过所需的non-sparse写作过程:固定在3.1

BrowserViz

的变化版本1.9.8:

错误修复

• 重大(3 x)加速。5000个节点,6000 -边缘图像传输从R Cytoscape大约20秒。

版本1.8.0的变化:

新功能

• setNodeOpacityRule,控制节点填充颜色、边框和/或标签;插入和查找模式都支持

• getNodeSize

• saveImage现在支持pdf png和svg格式

• setDefaultEdgeFontSize

• getAdjacentEdgeNames

用户可见的明显变化

• 改变方法名称:布局- > layoutNetwork版本- > pluginVersion,获得/ setPosition - > / setNodePosition

• 名称空间现在进口四个方法从图形包,有利于包开发者使用RCytoscape: edgemode, addNode, addEdge,要求由罗伯特·飞行。2021欧洲杯体育投注开户

错误修复

• 改变getNodePosition node.name.delimiter消除regex令牌,从“:。:““::”saveLayout现在有可选的第三个参数,“timestamp.in.filename”

• 固定在setNodeLabelDirect bug。现在多个节点,一个标签。

• setCenter现在投x, y CyRPC数字之前发出

bsseq

1.7版本的变化:

• 修复一个错误阅读格式中的多个样本与俾斯麦“cytosineReport”。

相机

的变化版本1.27.2:

错误修复

• 解决进口描述,以避免igraph覆盖xcms::集团()

红衣主教

v1.3.3变化:

错误修复

• 构造子集的S4 Binmat对象的一部分行现在是一个错误

• 提供非容积m / z值“readImzML”现在是一个错误

• 的元素“imageData”,不能“结合”或缺少一个或多个对象现在降至与预警结果,而不是失败

• 移动单元测试在“int /测试”“测试/ testthat”

1.3.2版本的变化:

新功能

• 还说“image3D方法绘制3 d图像

• 还说“batchProcess批预处理的方法

1.3.1版本的变化:

用户可见的明显变化

• 添加的质量。准确性和单位。控制精度的参数m / z准确性阅读时的“imzML处理

• “reduceDimension函数。本“现在需要论证“单位”价值的ppm”或“mz’,和新相应的违约

错误修复

• 固定错误在阅读“加工”imzML格式导致质谱重建的顺序弄错了

• 改进的速度访问Hashmat稀疏矩阵的列

• 在“pixelApply”和“featureApply”,长度为零的返回值不再返回列表当“.simplify = FALSE”

• “peakAlign函数。diff '现在应该更多的内存效率

1.3.0版本版本的变化(2015-12-16):

新功能

• 添加实验Binmat类来处理磁盘矩阵

• 添加实验支持3 d文件从基准数据集

• 添加实验支持绘制3 d图像

• 添加实验对“加工”imzML格式的支持

用户可见的明显变化

• 添加的附加。只有readImzML和readAnalyze的论点

错误修复

• 在绘制三维图像片固定错误z维度

• 修复大型imzML文件无法读取中由于字节偏移量被存储为整数;他们现在存储为双打。

• 带标签固定错误3 d绘图和混合标签

• 固定的错误具有独特的m / z特性名称高质量的决议

cellity

版本变化0.99.2 (2016-02-22):

• 包准备Bioconductor提交。

冠军

的变化版本1.9.8:

• 让冠军包适合450 k数组和史诗数组。

• 最新版本更新BMIQ正常化。

• 添加的冠军。refbase reference-based细胞比例检测和校正功能。

• 添加冠军reffree函数做reference-free ewa。

• 了冠军。套索函数,但冠军。DMR函数,结合检测DMR bumphunter算法和探针套索算法。

• 更新新版本的故事。

ChIPpeakAnno

的变化版本3.5.18:

• 修复的bug featureAlignedSignal当特性包含链信息。

的变化版本3.5.17:

• 修复bug getEnrichedGO /路径重新编码时数据库如reactome数据库并不是唯一的。

的变化版本3.5.16:

• 修复警告在windows取代之前的进口

的变化版本3.5.15:

• 不做log2 featureAlignedSingal变换

的变化版本3.5.14:

• 删除NA对featureAlignedDistribution

• 为featureAlignedSingal处理NA和无限的价值

3.5.13版本的变化:

• 把消息当featureAlignedSignal seqlevels不相同

的变化版本3.5.12:

• summarizeOverlapsByBins添加新的功能。

的变化版本3.5.11:

• 干净的输出findEnhancers

的变化版本3.5.10:

• 添加新函数findEnhancers

• 规范化的输出为binOverFeature基因区域

• 修改文档以避免超时错误

的变化版本3.5.9:

• 合并peaksNearBDP和bdp功能。

• 改善oligoSummary。

• 更新文件。

的变化版本3.5.8:

• 改变toGRanges从函数方法

• 更新文件。

3.5.7版本的变化:

• 测试从RUnit testthat变化

• 添加新函数addMetadata

• 改变annoPeaks的输出和参数

• 简单的annotatePeakInBatch参数输出

• 允许bdp函数接受农庄注释

• 为binOverFeature函数添加误差棒的功能

• 删除日志文件在情节makeVennDiagram函数

• 添加私有函数trimPeakList

• annoPeaks和annotatePeakInBatch更新文档

3.5.5的变化版本:

• 更新文档修复错误快速入门。

• 改变annoPeaks的默认值。

• 更新annoGR类修复错误:相同(colnames (classinfo) colnames())是不正确的

3.5.2版本的变化:

• 更新文档修复windows上的错误(进口有重大影响的错误)

• 避免addGeneIDs的输出因素

3.5.1版本的变化:

• 新功能更新文档

• toGRanges可以接受连接对象

• 添加annoPeaks函数

• 添加xget函数

• 更新peakPermTest算法更合理的结果。

• 添加oligoSummary函数

• 添加IDRfilter函数

• 添加reCenterPeaks函数

ChIPQC

版本是1.7.2变化:

• 数据对象转换为DiffBind兼容性

1.7.1上版本的变化:

• 保持兼容DiffBind的变化

ChIPseeker

的变化版本1.7.15:

• 更新地理数据< 2016-03-21,我的>

的变化版本1.7.14:

• list_to_dataframe与数据帧,不同colnames < 2016-03-10,清华>

的变化版本1.7.13:

• 支持与自定义注释山峰地区通过传递TxDb = user_defined_GRanges annotatePeak < 2016-03-06,太阳>

的变化版本1.7.12:

• 固定的R检查< 2016-03-05,坐>

• 实现list_to_dataframe模仿自民党和删除自民党依赖< 2016-03-05,坐>

的变化版本1.7.11:

• 固定问题测试列表中covplot介绍1.7.9 < 2016-03-02,结婚>

的变化版本1.7.10:

• 确定基因ID类型如果TxDb不包含相应的元数据< 2016-03-01,星期二> +固定的https://github.com/GuangchuangYu/ChIPseeker/issues/28

的变化版本1.7.9:

• covplot支持GRangesList < 2016-02-24,结婚>

• 更新ReactomePA引文信息< 2016-02-17,结婚>

的变化版本1.7.8:

• 固定错误的山峰上游或者下游最后基因注释< 2016-01-20,结婚> +由迈克尔·克鲁格+见https://github.com/GuangchuangYu/ChIPseeker/pull/24

1.7.7版本的变化:

• 臭虫固定在新引入的参数“重叠”。解决NA问题。< 2016-01-13,结婚>

的变化版本1.7.6:

• annotatePeak介绍“重叠”参数,默认情况下重叠=“TSS”,只有重叠TSS将报道最近的基因。如果重叠=“所有”,那么基因重叠峰将被报告为最近的基因,无论重叠在TSS地区或不是。< 2016-01-12,星期二>

• 缺陷发现重叠峰的固定链信息。< 2016-01-12,星期二> +见https://github.com/GuangchuangYu/ChIPseeker/issues/23

1.7.5版本的变化:

• 添加目的、sameStrand ignoreOverlap, ignoreUpstream和ignoreDownstream annotatePeak < 2016-01-10,太阳> +见https://github.com/GuangchuangYu/ChIPseeker/issues/17

• 臭虫固定在峰值方向< 2016-01-10,太阳> +见https://github.com/GuangchuangYu/ChIPseeker/issues/22

1.7.4版本的变化:

• 停止如果csAnno对象的输入列表没有名称属性+见https://github.com/GuangchuangYu/ChIPseeker/issues/21 + plotAnnoBar + plotDistToTSS

• [covplot] xlim现在不仅限制数据的窗口,而且设置图形对象的限制< 2015-12-30,结婚> +见https://github.com/GuangchuangYu/ChIPseeker/issues/20

1.7.3版本的变化:

• 固定的R检查< 2015-12-29,星期二>

版本是1.7.2变化:

• 使用geom_rect代替geom_segment covplot < 2015-11-30,我的>

• 默认打开低参数(= 1)到特定的低截止的覆盖信号< 2015-11-29,太阳>

• 固定covplot与RleViews没有一个特定的染色体< 2015-11-29,太阳>

• addFlankGeneInfo现在与水平= "基因" < 2015-11-19,清华> +见https://github.com/GuangchuangYu/ChIPseeker/issues/18

1.7.1上版本的变化:

• 固定从TxDb提取ID类型对象,因为元数据(TxDb)的变化。现在使用grep来提取。< 2015-10-27,星期二>

• 添加副参数设置窗口的vennpie upsetplot由用户请求< 2015-10-26,星期一> +参见http://ygc.name/2015/07/28/upsetplot-in-chipseeker/评论- 19470

• getBioRegion函数< 2015-10-20,星期二> +见https://github.com/GuangchuangYu/ChIPseeker/issues/16

的变化版本1.7.0:

• BioC 3.3分支

clonotypeR

的变化版本1.10.0:

其他的变化

• 小元数据更新。

clusterProfiler

的变化版本2.99.2:

• 添加在enrichKEGG keyType参数、enrichMKEGG gseKEGG和gseMKEGG < 2016-05-03,星期二>

• search_kegg_species函数< 2016-05-03,星期二>

• bitr_kegg函数< 2016-05-03,星期二>

的变化版本2.99.1:

• go2ont函数< 2016-04-28,清华> + https://www.biostars.org/p/188863/

• go2term函数< 2016-04-21,清华>

• 出口buildGOmap < 2016-04-08,星期五>

• 固定enrichDAVID据https://support.bioconductor.org/p/72188/ < 2016-04-08,星期五>

的变化版本2.99.0:

• 版本撞,准备发布版本3。< 2016-03-29,星期二> + KEGG通路和模块支持所有物种列入KEGG网站。+去支持所有物种可以在线访问的OrgDb AnnotationHub +用户定义/通过浓缩器& GSEA支持自定义注释

2.5.6版本的变化:

• 编写自己的代码来解析KEGG休息而不是使用KEGGREST包< 2016-03-10,清华> +由于KEGGREST不能工作的问题与HTTP代理的网络密码+见:http://guangchuangyu.github.io/2015/02/kegg-enrichment-analysis-with-latest-online-data-using-clusterprofiler/评论- 2561443364

2.5.5版本的变化:

• maxGSSize paramter < 2016-03-9,结婚>

• 更新显示的方法compareClusterResult < 2016-03-06,太阳>

• 固定的R检查< 2016-03-06,太阳>

• 更新ReactomePA引文信息< 2016-02-17,结婚>

2.5.4版本的变化:

• 添加use_internal_data = FALSE参数在gseKEGG < 2016-01-19,星期二>

• 固定缺陷简化为生物提取OrgDb GOSemSim不一致。< 2016-01-05,星期二>

• 更新装饰图案< 2015-12-29,星期二>

• 重新设计的内部函数< 2015-12-20,太阳>

2.5.3版本的变化:

• enrichMKEGG和gseMKEGG功能支持浓缩KEGG模块分析< 2015-12-03,清华> +见https://github.com/GuangchuangYu/clusterProfiler/issues/37

2.5.2版本的变化:

• 方面与compareCluster结果< 2015-11-03,星期二> +见https://github.com/GuangchuangYu/clusterProfiler/issues/32

2.5.1版本的变化:

• 阅读。格林尼治时间浓缩器格林尼治时间函数解析文件,GSEA < 2015-10-28,结婚>

• gofilter filt结果在特定水平去< 2015-10-23,星期五>

• 简化函数< 2015-10-21,结婚> +见https://github.com/GuangchuangYu/clusterProfiler/issues/28

的变化版本2.5.0:

• BioC 3.3分支

cn

3.3版本的变化:

错误修复

• 修复一个缺陷引起的“格式”咩咩的一步

新功能

• 添加成对全基因组对齐管道

• 添加一个新类“GRangePairs”

cogena

1.5.2版本的变化(2016-03-31):

• 更新装饰图案

1.5.1版本的变化(2015-10-30):

• 添加gmtlist2file函数

版本变化1.5.0 (2015-10-14):

• Bioconductor 3.2开发

ComplexHeatmap

的变化版本1.9.7:

• 添加传奇()函数产生不同类型的传说更加灵活。

的变化版本1.9.6:

• color_mapping_legend ()有蜱虫在连续的彩条

的变化版本1.9.5:

• 添加一个部分的装饰图案展示如何调整列名的位置当有底部的注释。

• 固定一个错误字符NA值不能与na_col分配

• 额外的字符“在”和“标签”传说将自动被删除

• 所有参数的传递make_layout ()都是显式地把画()而不是使用…

的变化版本1.9.4:

• 热图有形的可以设置为光栅图像如果过于巨大的行数

1.9.3版本的变化:

• 图形参数正确回收行注释

• 如果只有一个行分裂后,不会有系统树图

• 添加范围选项densityHeatmap ()

• 当差距设置主要的热图,其他heatmps也调整自己差距值,它

• 固定一个错误,当rownames / colnames并不完整,系统树图是损坏的

• alter_fun现在支持添加图形网格的网格

• 添加show_pct选项oncoPrint ()

• 添加column_order在densityHeatmap ()

1.9.2版本的变化:

• 运用的例子anno_link ()

1.9.1版本的变化:

• 热图身体的宽度计算正确设置为一个固定的单位

• 没有系统树图nrows row-slice是1

• 添加anno_link ()注释功能

• 底部的注释是附在底部边缘的热图如果有额外的空格

• 可以通过“设置颜色NANA“在注释

• row_dend_reorder和column_dend_reorder将真正的默认情况下再次

• 优化方法中指定na_col热图注释

• 纠正错误的窗口名称decorate_ *功能

承认

更改版本1.0.0 (2016-04-28):

新功能

• 细胞检测和信号估计模型使用Fluidigm C1系统产生的图像。

• 我们这个模型应用于一组海拉细胞表达荧光细胞周期的记者。

• 伴随CONFESSdata包中可用的数据集。

cosmiq

1.5.1版本的变化:

用户可见的变化

• 添加Dockerfile

COSNet

1.5.1版本的变化:

• 添加描述文件链接的URL字段corresponfing GitHub数据用户可见的变化BUG修复计划

csaw

的变化版本1.5.10:

• 作为S4恢复正常化()方法返回一个RangedSummarizedExperiment对象。

• 修改asDGEList()使用任何可用的规范化输入对象中的数据。

• 广义S4 SummarizedExperiment对象上的应用方法。

• 删除了救援。ext选择体育处理,保持一致的总额计算。

• 快速删除。体育选项pe数据处理,有利于提高违约处理。

• 删除dumpPE(),它不需要快。体育选项。

• 删除makeExtVector()支持列表/ DataFrame规范。

• 现在windowCounts()和regionCounts()计算和存储意味着PE长度尺寸和阅读。

• 小修理correlateReads end-of-chromosome行为()。

• 修改checkBimodality(),宽度参数在windowCounts像ext ()。

• extractReads()的。读体育数据现在返回GRangesList = TRUE。

• 添加了controlClusterFDR (), clusterWindows()和consolidateClusters()函数自动化控制集群级别的罗斯福。

• 添加保护NA combineTests集群id的值(),getBestTest (), upweightSummits ()。

• 现在CIGAR-aware所有阅读提取方法,并将忽略soft-clipped部分对齐。

dagLogo

1.9.3版本的变化:

• 捕捉正确错误当biomaRt服务器不响应文件。

1.9.2版本的变化:

• 改变fetchSequence接受序列。

1.9.1版本的变化:

• 更新测试testthat

dcGSA

的变化版本0.99.0:

• 摘要dcGSA正在评审过程中,发布时更新这里。

DChIPRep

的变化版本1.1.8:

• summarizeCountsPerPosition已得到改进和错误的硬编码选项现在可以集。这个改进的版本是由塞巴斯蒂安·吉布(http://sebastiangibb.de/)。

1.1.7版的变化:

• 添加新函数importData_soGGi直接导入本文件在R

1.1.6版本的变化:

• 添加引用文件包含的信息PeerJ预印本BUG修复

• 要求(mgcv)添加到examplse从从devtools plotProfiles通过检查()

• 还添加了mgcv建议

1.1.5版本的变化:

错误修复

• bug修复,Herve页面

更改版本1.1.4:

错误修复

• bug修复,Herve页面

更改版本1.1.3:

错误修复

• 修正了错误的预览样本装饰图案中的注释表

• 修正了错误的引用runTesting函数的帮助

• 出口做了小修改语句roxygen文档

1.1.2版本的变化:

错误修复

• 改变了书目标准rmarkdown。这应该解决装饰图案编译问题。

变化的1.1.1版:

错误修复

• 修正了文献查询的装饰图案中试图解决通过knitcitations DOI:: citep()和经常会导致一个编译错误Bioconductor服务器。

1.1.0版本的变化:

• 初始Bioc猛击释放

deepSNV

版本变化1.99.3 (2013-07-25):

更新

• 一些变化海鸥装饰图案

• 重命名参数π。基因和π。backgr makePrior ()

修正

• 固定错误bf2Vcf()当没有变异

版本变化1.99.2 (2013-07-11):

更新

• 更新的引用

• 添加详细的选项bam2R抑制输出

• 改变模式()“整数”loadAllData值()

修正

• 固定的错误当只有一个变体叫做bf2Vcf ()

版本变化1.99.1 (2013-06-25):

更新

• 使用knitr漂亮的小插曲

• 包括海鸥装饰图案

修正

• 删除固定问题bf2Vcf ()

• makePrior()添加背景在所有网站

版本变化1.99.0 (2013-04-30):

更新

• 海鸥新算法

• 通过总结包括VCF输出(deepSNV、价值=“VCF”)

反编排

版本1.0.0的变化:

最初版本的包

• 转换器功能之间的‘DESeqDataSet’和‘DGEList DESeq2和磨边机包对象,分别。

• S4的通用“DGEList”“RangedSummarizedExperiment”对象的构造函数和一个相应的方法。

derfinder

的变化版本1.5.39:

错误修复

• 默认annotateRegions()现在忽略了链

的变化版本1.5.37:

用户可见的明显变化

• 用户指南装饰图案现在有一个短节解释如何使用derfinder微分绑定与ChIP-seq数据分析。

的变化版本1.5.27:

用户可见的明显变化

• 添加平滑参数对于单级方法基于bumphunter包的功能。这些参数是用于识别不同界ChIP-seq峰值。

的变化版本1.5.13:

错误修复

• 固定railMatrix()的灵活性定义集群用于装载有重大影响的文件。现在,您可以使用“BPPARAM。railChr”将优先于“file.cores”。同样,如果“文件。核= 1 l’,则将使用默认SerialParam(),这是1.5.11之前可用的实现。

的变化版本1.5.11:

用户可见的明显变化

• 现在coverageToExon (), regionMatrix()和railMatrix()可以把一个“L”的参数长度等于样本的数量相同情况下不是所有的样品都有阅读的长度。

• railMatrix()有一个新的参数称为“文件。核心的控制有多少核心用于加载大佬文件。理论上这允许使用railMatrix与“BPPARAM ()。自定义”等于BatchJobsParam()提交1工作/染色体,然后“文件。核心的确定核心阅读文件的数量。这是一个高度实验性的特性。

更改版本1.5.9之后:

用户可见的明显变化

• 把旧的入门和先进的小插曲。我们认为新的片段更清晰。特别是,他们做得更好在强调regions-level表达之间的差异和单级的统计量实现DER Finder方法RNA-seq数据。

的变化版本1.5.8:

用户可见的明显变化

• 添加一个用户指南装饰图案这解释了几乎每一个细节你会想知道作为一个用户。

1.5.7版本的变化:

用户可见的明显变化

• 添加了一个快速启动装饰图案。

1.5.6版本的变化:

新功能

• 介绍了railMatrix()而产生类似的输出regionMatrix()但更快和更少的内存密集型。它实现了从大佬文件中提取所需要的信息。

derfinderPlot

的变化版本1.5.8:

错误修复

• plotRegionCoverage()用来考虑链区域的发现重叠区域的成绩单。这不是一个问题,单从derfinder他们链*默认情况下,它是一个问题与困地区时使用它。

• plotCluster()现在也会忽略链寻找邻近地区。

1.5.4版本的变化:

用户可见的明显变化

• 如果它不是NA只使用距离plotRegionCoverage ()

DESeq2

的变化版本1.12.0:

• 添加DESeqDataSetFromTximport()使用tximport进口数量。

• 添加威仕特威仕特()快速包装。

• 添加支持IHW假定值调整。

的变化版本1.11.42:

• IHW-results-aware更新汇总()。

• 小改变安装μ值提高适应稳定当数量非常低。推理对高数的基因不受影响。

• 星系脚本本月/脚本/ deseq2。R移动到星系回购。

的变化版本1.11.33:

• 改变“filterFun”API适应IHW:独立假设权重结果(),看到小插图示例代码。由于Nikolaos Ignatiadis, IHW包的维护者。

的变化版本1.11.18:

• 添加了一个威仕特()函数,这是一个快速包装varianceStabilizingTransformation ()。加速是通过构造子集少数基因估计的分散的趋势。

1.11.5版本的变化:

• 添加的功能导入估计从tximport计数和平均记录长度补偿,使用DESeqDataSetFromTximport ()。

命运

变化在版本1.1 (2015-11-27):

• 等级相关距离和余弦距离来实现

• 添加updateObject方法

DEXSeq

的变化版本1.17.28:

• 添加支持估计褶皱变化利率与连续变量。

• 并行时降低了内存的使用

DiffBind

变化在2.0.0版本:

• 功能的变化

  • 改变默认分析方法DESeq2更为保守的正常化

  • 指定DESeq方法过时了(赞成DESeq2);改变文档和相应的装饰图案。

  • 改变默认的罗斯福阈值为0.05

  • bNot参数添加到dba。对比删除!默认的对比

  • 从dba删除bReturnPeaksets参数。plotVenn(默认情况下)

  • 改变bCorPlot缺省为FALSE(不再自动聚类热图)

• 内部变化

  • 版本号为2.0

  • 更新装饰图案

  • 删除allvectors美元向量;替换为合并(没有得分矩阵)美元绑定

  • 升级peaksort使用原地peakOrder

  • 优化峰合并内存使用

  • 改变从princomp PCA方法()prcomp ()

  • maxGap实现合并

  • 包括一些单元测试使用的开端testthat包。

• 错误修复

  • 在检索SummarizedExperiment修复bug

  • 修复bug当没有峰值

  • 在非标准染色体修复bug的名字和染色体的秩序

  • 修复bug在称为逻辑向量

  • 确保装载纸样不将散列作为注释字符。

  • 腭化符号文件路径现在接受。

  • 空格条目的样表(警告)。

  • 功能添加到满足BiocCheck importFrom统计数据。

diffHic

1.3.5版本的变化:

• 弃用DIList InteractionSet对象的对象和方法支持。

• 现在marginCounts()返回一个RangedSummarizedExperiment垃圾箱。

• 添加了max。rotPlaid高度参数()和rotDI()函数。

• 添加了diClusters因果集群级别罗斯福控制()函数。

• 为方便注释添加了annotatePairs()函数(集群)的相互作用。

• 固定一个bug plotPlaid()当交互空间是空的。

• 固定一个bug preparePairs()在地图上未标明的嵌合段整个对导致的损失。

• 更新用户指南、文档和测试。

diffloop

版本1.0.0的变化:

• Bioconductor最初版本。

• 添加新闻文件。

• 修复文档。

• 改进的自动绘图等不同的颜色

• 增强循环注释

DMRcate

版本是1.7.2变化:

• 主要的变化。WGBS管道现在实现DSS代替limma回归一步。450 k管道是相同的,但由于轻微的化妆品预期的变化过渡到史诗数组。

• DMR.plot()已经完全重写,现在为hg19 Gviz和内置的文本注释,hg38 mm10。

• dmr现在排名的史都华牌转换limma和DSS派生罗斯福组成CpG的网站。

DNAshapeR

的变化版本0.99.7:

• 改进的序列编码过程的性能。

的变化版本0.99.6:

• 纠正BioView条款的描述。

的变化版本0.99.5:

• R依赖版本升级到3.3。

• 添加importFrom方法名称空间。

的变化版本0.99.4:

• 脱字符号包添加到建议描述。

的变化版本0.99.3:

• 固定的警告从R CMD检查。

• 评估更多的装饰图案的块。

的变化版本0.99.1:

• 添加文档normalizeShape函数。手动输入现在也可用于大多数non-exported函数。

• 添加引用条目。

的变化版本0.99.0:

• 在encodeSeqShape归一化参数。R改为正常化。

• y轴情节范围plotShape现在可以由用户定义。

• 完成方案文档。

• DNA形状特征矩阵返回默认encodeSeqShape现在规范化。

DOQTL

1.07版本的变化:

新功能

• scanone补充道。协会执行全基因组关联映射。

• 添加calc.genoprob2向前/向后算法运行一次集群参数估计。

变化

• 固定的错误在协会。地图的sdp没有以正确的顺序。

• 改变协会。地图使用桑格VCF文件而不是我们自定义的SNP文件。

剂量

2.9.7版本的变化:

• barplot接受x和colorBy参数如dotplot < 2016-04-13,结婚>

• gsfilter函数限制结果用最小的和最大的基因集大小< 2016-03-31,清华> +见https://github.com/GuangchuangYu/clusterProfiler/issues/46

2.9.6版本的变化:

• 添加maxGSSize参数超几何测试< 2016-03-09,结婚>

• 添加在GSEA maxGSSize参数分析。< 2016-03-09,结婚> + GSEA默认的500是相当标准的分析。如果geneset +通常

  500年,被称为重要的概率GSEA显著上升。

• 固定的R检查< 2016-03-05,坐>

• 更新ReactomePA引文信息< 2016-02-17,结婚>

2.9.5版本的变化:

• 颠覆阴谋enrichResult对象< 2016-01-22,星期五>

2.9.4版本的变化:

• 臭虫固定在伸缩类别大小enrichMap < 2016-01-10,太阳> + gseResult setSize使用

的变化版本2.9.3:

• 更新enrichMap类别规模大小< 2016-01-04,我的>

• 更新显示enrichResult方法和gseaResult < 2015-12-29,星期二>

2.9.2版本的变化:

• 重新设计内部函数< 2015-12-20,太阳>

2.9.1版本的变化:

• GSEA:测试单独双峰< 2015-10-28,结婚>

• 添加NES列在GSEA结果< 2015-10-28,结婚>

• 使用NES ES的计算假定值。< 2015-10-28,结婚>

• 重复基因在enrich.internal id是不允许的。添加独特的删除重复的ID。< 2015-10-20,星期二> +见https://github.com/GuangchuangYu/clusterProfiler/issues/27

的变化版本2.9.0:

• BioC 3.3分支

easyRNASeq

2.7.7版本的变化:

• 2.6.3移植版本的变化

改变2.7.6版:

• 2.6.2移植版本的变化

2.7.5版本的变化:

• 改变Bioc核心开发

第2.7.4版本的变化:

• 改变Bioc核心开发

2.7.3版本的变化:

• 改变Bioc核心开发

2.7.2版本的变化:

• 移植2.6.1变化

2.7.1版的变化:

• Herve更新更改的名称空间

的变化版本2.7.0:

• 原始Bioconductor 3.2版本

2.6.3版本的变化:

• 更新维护人员处理

2.6.2版本的变化:

• 固定的问题gff3合成记录的一代。几个mRNA行每mRNA保持和其他特性的特征选择是失败比mRNA(例如tRNA或microrna的)

• 延长了SimpleRNASeq装饰图案

2.6.1的变化:

• 升级的依赖关系

• 介绍了新装饰图案(SimpleRNASeq)结构

• 固定一个美容问题

• 纠正手册页

• 固定的问题从gtf文件合成记录的一代。感谢Sylvain Foisy报告这一个。

EBImage

的变化版本4.14.0:

新功能

• “边界”参数“filter2()的指定行为在图像边界

• 现在“嘘”方法返回一个(列表)“直方图”对象(s) (http://stackoverflow.com/q/33831331/2792099和http://stackoverflow.com/a/35838861/2792099)

• ' colormap()的函数映射一个灰度图像使用调色板颜色

性能改进

• “as.raster。形象”:提高性能通过不更换彩色图像的图像两次和改进支持少于3频道

错误修复

• 固定的图像对象的“日志”方法(https://support.bioconductor.org/p/74236/)

• “仿射”:固定的处理图像包含一个alpha通道(https://support.bioconductor.org/p/74876/)

• 保留NA的形态学操作:“扩张”、“侵蚀”,“开放”,“关闭”、“whiteTopHat”,“blackTopHat”、“selfComplementaryTopHat”(https://support.bioconductor.org/p/77295/)

• 解决潜在的不安全的代码用C函数的仿射()(感谢托马斯Kalibera)

• medianFilter。c:使用适当的舍入而不是截断在浮动int胁迫

EBSeq

1.11.1版本的变化:

• 固定一个缺陷在光大通信()可能会导致错误当执行同种型DE测试1样本与多个样本。

刨边机

的变化版本3.14.0:

• estimateCommonDisp estimateDisp (), (), estimateTrendedDisp (), estimateTagwiseDisp (), splitIntoGroups()和equalizeLibSizes()现在S3通用函数。

• 的默认方法estimateGLMTrendedDisp()和estimateGLMTagwiseDisp()现在只返回分散估计不是一个列表。

• 为DGEList对象添加炒股方法。

• 显式导入R核心包。

• 新基尼()函数来计算基尼系数。

• 泊松新观点。开往glmQLFTest ()。如果这是真的(默认),返回的假定值glmQLFTest()永远不会低于将获得一个似然比测试NB分散等于零。

• 新参数样本DGEList ()。需要为每个样本数据帧中包含的信息。

• 现在glmFit()防止零库大小和无限的偏移值。

• glmQLFit.default()现在避免传递一个空设计.residDF ()。

• cpm.default()现在输出矩阵相同的维度作为输入,即使输入0行或列。

• DGEList()会弹出一个警告消息,当检测到零lib.size。

• Bug修复calcNormFactors(方法=“TMM”)当两个库有相同数量但lib.sizes已经不平等。

• CRISPR-Cas9屏幕案例研究添加到用户的指导和重命名尼日利亚约鲁巴语的案例研究。

EmpiricalBrownsMethod

的变化版本0.99.2:

• 增加伤害的方法

的变化版本0.99.1:

• 拼写纠正

的变化版本0.99.0:

• 包发布

ENCODExplorer

1.3.0版本版本的变化:

新功能

• 安静的参数添加到queryEncode和searchEncode功能。

• 数据集添加了路线图。

• 更新了encode_df对象编码数据库的最新变化。

错误修复

• 解决一个错误导致get_schemas函数失败,因为一个目录添加编码数据库模式。

• 解决一个错误searchEncode函数由编码REST API的变化引起的。

ENmix

1.7.5版本的变化:

• 添加函数rcp探测类型偏差纠正

1.7.3版本的变化:

• 错误修复功能rm.outlier

的变化版本1.6.0:

• 提高并行计算的代码

• 添加一个函数freqpoly

EnrichedHeatmap

1.1.7版的变化:

• 添加传说,传说在装饰图案()函数

1.1.5版本的变化:

• normalizeToMatrix:修改默认的修剪为0

• makeMatrix:w0模式可以处理重叠信号

更改版本1.1.4:

• 错误的颜色区域设置25%对应的线的颜色的光。

• 支持光栅图像的热图的身体

更改版本1.1.3:

• 当constructin参数名称是错误的ht@layout graphic_fun_list美元

• 添加row_order选项EnrichedHeatmap ()

• normalizeToMatrix ()支持自定义平滑函数

• 不可能有上游或下游的热图

• 平滑函数可以自我界定的

1.1.2版本的变化:

• normalizeToMatrix ():可以传递给更多的选择locfit: locfit ()

• anno_enrich ():排除NA值

变化的1.1.1版:

• 添加getSignalsFromList ()总结信号矩阵的列表

• 出口copyAttr ()

EnrichmentBrowser

的变化版本2.1.15:

• 轻微的修改在奥拉的超几何假定值计算根据http://mengnote.blogspot.de/2012/12/calculate-correct-hypergeometric-p.html

的变化版本2.1.14:

• 适应GGEA也处理第二列入库单

的变化版本2.1.12:

• SPIA适应处理non-kegg基因集

2.1.10版本的变化:

• 医学本科生中包括EmpiricalBrownsMethod sbea方法

ensembldb

的变化版本1.3.20:

错误修复

• 方法记录、基因等不导致一个错误当列指定不存在于数据库和回报。类型是农庄。

• 删除transcriptLengths方法实现使用一个来自GenomicFeatures ensembldb赞成。

的变化版本1.3.19:

错误修复

• ensDbFromGRanges(因此ensDbFromGtf, ensDbFromGff和ensDbFromAH)从74年版本支持现在运用GTF文件格式和之前。

的变化版本1.3.18:

新功能

• 基于外显子的新ExonrankFilter过滤索引/等级。

的变化版本1.3.17:

错误修复

• 使用setdiff /而不是psetdiff / pintersect相交。

的变化版本1.3.16:

错误修复

• 固定失败的测试。

的变化版本1.3.15:

新功能

• GRangesFilter现在支持农庄长度> 1。

• GRangesFilter seqlevels方法。

• exonsByOverlaps和transcriptsByOverlaps新方法。

的变化版本1.3.14:

新功能

• seqlevelsStyle getter和setter方法改变使简单集成EnsDb对象与基于UCSC的包。supportedSeqlevelsStyle方法列出可能的值。全球ensembldb选项”。seqnameNotFound”允许适应行为的映射函数当seqname不能正确映射。

• 添加了一个seqlevels EnsDb对象的方法。

用户可见的明显变化

• 添加一个例子来提取记录序列直接从一个EnsDb对象装饰图案。

• 添加示例使用EnsDb对象与装饰图案UCSC的染色体的名字。

错误修复

• Seqinfo基因,成绩单和外显子包含现在只有seqnames返回的农庄,并非所有的数据库。

1.3.13版本的变化:

新功能

• EnsDb:新“隐藏”槽储存额外的属性和方法updateEnsDb更新对象实现。

• 新方法“transcriptLengths EnsDb创建一个类似data.frame比相同的命名函数GenomicFeatures包中。

错误修复

• fiveUTRsByTranscript threeUTRsByTranscript返回错误utr对一些特殊情况的cd开始和结束在相同的外显子。这是固定的。

的变化版本1.3.12:

新功能

• 从GFF3 ensDbFromGff和ensDbFromAH函数构建EnsDb对象文件或直接从AnnotationHub ressources。

• getGenomeFaFile现在还检索“亲密”运用释放Fasta文件如果没有可用的匹配版本。

用户可见的明显变化

• 删除参数“冗长”ensDbFromGRanges ensDbFromGtf。

• 更新部分的装饰图案。

• 再次删除方法extractTranscriptSeqs GenomicRanges由于一些兼容性问题。

错误修复

• 避免错误的cd开始/结束位置定义运用gtf文件之外的开始或结束密码子的cd。

1.3.11版本的变化:

错误修复

• “选择”方法返回现在也keytype从数据库列。

1.3.10版本的变化:

新功能

• 实现方法列,钥匙,从AnnotationDbi keytypes, mapIds并选择。

• 方法条件BasicFilter < - < -和价值。

更改版本就开始:

用户可见的明显变化

• 闪亮的应用程序现在可以返回搜索结果。

1.3.7版本的变化:

用户可见的明显变化

• 一些小装饰图案的变化。

错误修复

• 固定在一个单元测试问题。

1.3.6版的变化:

错误修复

• 固定ensDbFromGRanges bug。

1.3.5版本的变化:

新功能

• 添加GRangesFilter启用过滤使用(单!)农庄组织对象。

• 更好的可用性和兼容性与染色体的名字:SeqnameFilter和GRangesFilter同时支持运用和UCSC的染色体的名字,如果选项设置为TRUE返回ucscChromosomeNames染色体/ seqnames UCSC的格式。

用户可见的明显变化

• 添加方法BasicFilter对象的“价值”。

错误修复

• 成绩单、基因外显子返回现在的结果按seq的名字,开始协调。

1.3.4版本的变化:

新功能

• 添加extractTranscriptSeqs EnsDb对象的方法。

用户可见的明显变化

• 添加一个部分描述使用ensembldb Gviz的装饰图案。

• 固定的装饰图案符合“Bioconductor风格”。

• 参数use.names exonsBy补充道。

错误修复

• 指定固定错误getGeneRegionTrackForGviz只有染色体。

• 固定一个内部问题构造子集seqinfo。

v1.3.3变化:

新功能

• 添加方法对Gviz getGeneRegionTrackForGviz使使用EnsDb数据库。

错误修复

• cdsBy, fiveUTRsForTranscript和threeUTRsForTranscript不再抛出一个错误如果没有被发现但返回NULL,产生一个警告。

1.3.2版本的变化:

新功能

• 实现方法cdsBy fiveUTRsForTranscript threeUTRsForTranscript EnsDb。

1.3.1版本的变化:

错误修复

• 确保方法外显子基因和转录返回列相同的顺序提供参数的列返回。“data.frame”或“DataFrame”类型。

ensemblVEP

的变化版本1.12.0:

新功能

• 添加对运用释放82的支持

• 添加支持运用relase 84

修改

• elementLengths改名为- > elementNROWS S4Vectors

• 马克作为windows上的支持;运用释放84需要tabix

epivizr

变化在2.0.0版本:

• 将套接字连接和数据服务代码包以外的新包。

• 使用新的“epivizrServer”和“epivizrData”包。

• 移动独立包装“epivizrStandalone”。

• 使用简化的“情节”和“可视化”界面添加图表。

的变化版本1.9.4:

• “useCookie”URL参数设置为FALSE,这样空工作区启动

epivizrData

999.999版本的变化:

• 这个消息文件只是一个占位符。版本999.999是不存在的。请阅读新闻在Github: < URL: https://github.com/epiviz/epivizrData >

epivizrServer

999.999版本的变化:

• 这个消息文件只是一个占位符。版本999.999是不存在的。请阅读新闻在Github: < URL: https://github.com/epiviz/epivizrServer >

FamAgg

的变化版本0.99.9:

错误修复

• 修复Vignette和添加引用。

• 小的修改主要装饰图案和一个遗留问题从git / svn合并冲突。

的变化版本0.99.8:

新功能

• FAData构造函数识别*。ped和*。fam公司文件和进口他们的血统信息正确。

• 出口的方法出口血统信息从FAData ped或fam公司文件。

• 添加方法getFounders getSingletons。

用户可见的明显变化

• 创始人现在由NA在列“父亲”和“母亲”。这个固定的潜在问题当id字符串,而不是数字。

• 加列家族的概率测试的结果。

• genealogicalIndexTest:修剪成rm.singletons重命名参数。

• 删除删除参数方法计算每个统计。

• 需要格式化您所需要和听故事。

错误修复

• 在FAData改善血统的验证信息。

• (构造子集现在确保父亲或母亲IDs不可以在列“id”将NA。

• 集团的名字不再下降时设置派系(对象)< -价值。

的变化版本0.99.6:

新功能

• 蒙特卡罗模拟来评估的意义家族发病率和家庭标准化发病率。

• 新的FAIncidenceRateResults对象及其方法。

• 新的FAStdIncidenceRateResults对象及其方法。

• 新功能factor2matrix因素转化为一个矩阵。

用户可见的明显变化

• 装饰图案:扩展内容和适应使用Bioconductor风格。

• 亲属关系的结果和测试现在,除了假定值,也按亲属关系。

错误修复

• 固定的一些问题在文档中。

的变化版本0.99.5:

用户可见的明显变化

• github库相关的一些变化。

• 添加了一个readme.org文件。

的变化版本0.99.4:

用户可见的明显变化

• 重命名genealogicalIndex方法到genealogicalIndexTest遵循命名约定结束测试使用所有方法模拟评估signifcance水平。

的变化版本0.99.3:

新功能

• 为亲属组分层抽样测试。

错误修复

• 固定一个bug plotPed与可选的标签。

• 固定一个bug familialIncidenceRate: self-self亲属并不排除在外。

的变化版本0.99.2:

用户可见的明显变化

• 装饰图案精简。

的变化版本0.99.1:

用户可见的明显变化

• 固定pdf导出的装饰图案。

错误修复

• 删除Haplopaint要求检查在包加载这导致错误在某些系统。

的变化版本0.99.0:

用户可见的明显变化

• 提高了装饰图案。

• 固定的几个问题在文档中。

FindMyFriends

1.1.11版本的变化:

• 改进:各种速度提升

• 解决矩阵和S4Vectors名称空间冲突

的变化版本1.1.10:

• 特点:新类pgSlim处理pangenomes没有参考序列数据

• 错误修复:safeAAread / safeDNAread将返回错误的序列当fasta文件的数量超过2000

1.1.9版本的变化:

• 核心小组分类特点:阈值现在可以设置(默认为1)

• 改进:只有调查邻居组织改变了在neighborhoodMerge迭代。

的变化版本1.1.8:

• 错误修复:装饰图案错误由于reutils问题

1.1.7版的变化:

• 特点:cdhitGrouping创建初始分组基于cdhit算法

• 特点:neighborhoodSplit现在改进分割作为最后一步通过合并高度相似的组共享基因组或下游

• 特点:gpcGrouping现在可以使用CD-Hit precluster

• 特点:现在关键算法报告进度和时间信息

• 功能:自定义linearKernel函数,它接受一个上层相似性阈值来加速比较。

• 特点:更新装饰图案,重点推荐工作流

• 改进:高性能pcGraph、neighborhoodSplit pgMatrix方法

• 改进:pgMatrix现在返回sparseMatrix更低的内存占用

• 改进:不再存储在pgInMem pangenome矩阵

• 错误修复:删除zerolength基因在pangenome创造。

• 错误修复:批处理访问fasta文件以避免“太多的开放连接”的错误

1.1.6版本的变化:

• 跳过一些长时间运行的示例和测试来减少检查时间

1.1.5版本的变化:

• 错误修复:.fillDefaults现在正确地提前提取帧

更改版本1.1.4:

• 修复进口进口BiocGenerics, S4Vectors IRanges

更改版本1.1.3:

• 小的优化代码

• getRep现在名字基因的组名

• transformSim现在sparseMatrix而不是矩阵对象——避免强迫大型稀疏矩阵,矩阵的格式

变化的1.1.1版:

• 修复bug影响pangenomes超过100基因组GPC使用时自动创建树。

1.1.0版本的变化:

• 添加kmerSplit方法

flowCore

的变化版本1.37.6:

read.FCS

• 支持跨参数/ FCS,不同位宽渠道

• 支持FCS使用大整数(即uint32 > R integer.max)

write.FCS

• 修复一些错误,这个API现在更有用

gdsfmt

版本1.8.0的变化:

• 版本号是Bioconductor撞发布3.3版本

的变化版本1.7.18-1.7.22:

新功能

• LZMA压缩算法可在GDS系统(LZMA LZMA_RA)

• 更快的实现变长字符串:默认字符串变成字符串存储到文件中,而不是以null结尾的字符串长度(新GDS数据类型:dStr8, dStr16和dStr32)

公用事业公司

• 提高阅读速度的字符(+ 18%)

• 显著提高随机存取的字符

• 正确解释变量因素digest.gdsn ()当digest.gdsn (…,action="Robject"),因为因素不是整数

的变化版本1.7.0-1.7.17:

新功能

• digest.gdsn ()创建哈希函数摘要(如md5、sha1, sha256 sha384, sha512),要求包消化

• 新功能summarize.gdsn ()

• 显示()显示内容预览

• 定义C宏CoreDEF.h‘COREARRAY_REGISTER_BIT32’和‘COREARRAY_REGISTER_BIT64’

• 新的C函数GDS_R_Append ()和GDS_R_AppendEx ()在R_GDS.h

• 可以有效地连接(即压缩块。ZIP_RA LZ4_RA)

• v1.7.12:添加一个新的数据类型:packedreal24

• 定义C宏CoreDEF.h“COREARRAY_SIMD_SSSE3”

• v1.7.13:GDS_Array_ReadData (),GDS_Array_ReadDataEx (),GDS_Array_WriteData ()和GDS_Array_AppendData ()返回void *而不是无效在R_GDS.h

• v1.7.15:GDS_Array_ReadData ()和GDS_Array_ReadDataEx ()允许开始= NULL或长度=零

• v1.7.16:新的C函数GDS_Array_AppendStrLen ()在R_GDS.h

公用事业公司

• 粘贴(…,9月= " ")取而代之的是paste0 (…)(要求

  = R_v2.15.0)

• 提高随机存取ZIP_RA LZ4_RA,例如,在装饰图案的例子,+ 12% ZIP_RA LZ4_RA 1.7倍加速

弃用,已经

• bit25 bit17…,就,…,bit31, sbit17,…, sbit23, sbit25,…, sbit31弃用,而不是建议使用数据压缩

错误修复

• v1.7.7:修复一个潜在的问题在第一个参数未初始化的价值传递给“LZ4_decompress_safe_continue”(由valgrind检测)

• v1.7.14:解决“seldim”的问题assign.gdsn ():“seldim”应该允许零向量

的变化版本1.6.0-1.6.2:

• 版本号是Bioconductor撞发布3.2版本

• 的属性。修剪=FALSE’ inprint.gdsn.class ()默认情况下新功能

• diagnosis.gds ()返回详细的数据块信息错误修复

• v1.6.2:这可能是一个罕见的错误(即。,stop the program when getting Z_BUF_ERROR), now the GDS kernel ignores Z_BUF_ERROR in deflate() and inflate(); see http://zlib.net/zlib_how.html for further explanation

genbankr

的变化版本0.99.9:

用户面对变化

• 使用genbankr和genbankr版本现已列入TxDb通过makeTxDbFromGenBank创建的对象。

修正

• 新闻现在most-recent-first顺序文件条目。

的变化版本0.99.7:

主要用户面对变化

• gene_id现在取自locus_tag当存在(在任何给定类型的特征)和基因目前仅用作备份当locus_tag不在该类型的所有功能。

用户可见的变化

• gene_synonym添加到组属性,认为多值,总是作为CharacterList返回列(没有警告)。

修正

• 迈克尔·劳伦斯作为第二作者补充说。

的变化版本0.99.6:

用户可见的变化

• 添加支持创建GenBankRecord TxDb对象的对象

• 添加支持readGenBank和parseGenBank genpept文件

修正

• 修复bug,部分没有被正确地传递下来的时候在readGenBank指定电话。

的变化版本0.99.5:

主要用户可见的变化

• 搬到股份,模型可以为空序列槽,类名称改为GenBankRecord。删除方法,为旧类等

• parseGenBank现在接受ret.anno ret.seq控制序列和注释是否解析。

• 改变重复条目处理注释字段在一个特性。目前已知的多值字段(db_xref和EC_number)总是CharacterList返回。其他人返回CharacterList以防重复条目,与一个警告。

修正

• 正确地支持的情况下任意注释出现不止一次在一个特性。

• 解决回归问题处理基因库文件没有ret.seq时序列信息是正确的

• 解决问题在测试期间不被调用适当的检查

• 更多信息时错误消息不存在的文件名传递给readGenBank或parseGenBank。

• 修复错误时所有变异特性文件中缺少/替换(VRanges alt是一个强制性的字段)。

的变化版本0.99.4:

修正

• 修复小文档错误南瓜检查警告

的变化版本0.99.2:

用户可见的变化

• 版本号跳Bioconductor提交过程的一部分

• 增加了可运行的例子(大多数)帮助文件

• 钩成Bioconductor测试利用现有的单元测试

• 添加fastpass提取序列,seq的形式。惟一的参数parseGenBank, getSeq GBAccession和GenBankFile类的方法

修正

• 修复一些访问器方法GenBankFull不称之为注释()来访问时段之前抓住GenBankAnnot对象。

genefilter

的变化版本1.54.0:

弃用,已经

• 移除过时anyNA ();与基地::anyNA

• 移除过时allNA ()

GeneNetworkBuilder

的变化版本1.13.3:

• 把析构函数

的变化版本1.13.2:

• 崩溃的调试窗口

的变化版本1.13.1:

• 改变int我unsigned int我修复警告

genomation

v1.3.3变化:

改进和错误修正

• 固定与数字阅读基因组文件元数据列(readTableFast转换他们的数值为正整数)

1.3.2版本的变化:

改进和错误修正

• 股读入paired-end BAM文件推断取决于链的第一对齐。这是一个默认设置readGAlignmentPairs strandMode参数的函数。

• 增添了新的论证ScoreMatrix, ScoreMatrixBin和ScoreMatrixList函数库。大小指示总数一致读BAM文件标准化。

• 删除参数从ScoreMatrix滞留,ScoreMatrixBin和ScoreMatrixList功能

1.3.1版本的变化:

改进和错误修正

• 根据变化的行为readr: read_delim(),如转换”。“0 readTableFast()改变

GenomicAlignments

版本1.8.0的变化:

新功能

• 添加从GAlignments胁迫或GAlignmentPairs DataFrame, GAlignmentsList GAlignmentPairs。

用户级的重大变化

• 用DESeq2代替DESeq summarizeOverlaps示例中(迟做总比不做好)。

弃用,已经

• BioC 3.2中被弃用后,左右()和()getter和setter链()GAlignmentPairs对象现在已经不复存在。

• 被弃用后在BioC 3.2中,“反转。链的争论姓()和()getter GAlignmentPairs对象现在已经不复存在。

• 被弃用后在BioC 3.2中,“order.as.in。查询的参数GAlignmentPairs对象的“grglist”方法早已作古。

• 被弃用后在BioC 3.2中,“order.as.in。查询的参数“rglist”和“grglist”方法GAlignmentsList对象是现已倒闭。

• 删除“mapCoords”和“pmapCoords”方法(已经在BioC 3.2)。

• 删除readGAlignment * FromBam()函数(已经在BioC 3.2)。

错误修复

• seqnames () setter GAlignments对象现在符合seqnames () setter农庄组织对象。

GenomicFeatures

1.24版本的变化:

新功能

• 添加mapRangesToIds()和mapIdsToRanges()基因组范围映射到IDs,反之亦然。

• 支持makeTxDbFromUCSC (“hg38”、“knownGene”)(被“GENCODE v22”跟踪)。

• 添加pmapToTranscripts、GRangesList GRangesList方法。

用户可见的明显变化

• 重命名“val”论点的成绩单(),外显子(),cd()和()的基因提取器- >“过滤器”。瓦尔斯的观点仍然可用,但是弃用。

• 重命名的“过滤器”论点makeTxDbFromBiomart()和makeTxDbPackage() - >“过滤器”。

• 当分组记录由外显子或cd, transcriptsBy现在()返回一个GRangesList对象“exon_rank”信息(如一个内在的元数据列)。

• 成绩单没有外显子(如从GeneDB GFF3文件),makeTxDbFromGRanges()现在推断外显子的cd。

• 的成绩单没有外显子和cd(比如从miRBase GFF3文件),makeTxDbFromGRanges()现在推断的外显子记录。

• makeTxDbFromGRanges()和makeTxDbFromGFF()现在支持人造石铺地面/ GTF文件与一个(或两者)的以下特性:GTF——文件和只包含线类型的记录,但没有transcript_id标签(不清楚这是有效的GTF但有些用户正在与这类文件)。——据报道,文件中的每个记录在自己的重叠群和跨度(开始= 1)但没有链记录报告。现在makeTxDbFromGRanges()设置链“+”所有这些记录。

• makeTxDbFromGRanges()现在microrna的类型的识别特征,miRNA_primary_transcript, SRP_RNA, RNase_P_RNA, RNase_MRP_RNA, misc_RNA antisense_RNA和反义转录本。现在也承认类型transposable_element_gene基因的功能。

• makeTxDbFromBiomart()现在默认指向运用集市而不是中央市场服务。

• 添加一些常用的替代名称(水户,线粒体、dmel_mitochondrion_genome Pltd, ChrC, Pt,叶绿体,氯、2 um)线粒体和叶绿体基因组DEFAULT_CIRC_SEQS。

弃用,已经

• 删除makeTranscriptDb *()函数(已经在BioC 3.2)。

• 删除‘exonRankAttributeName’,‘gffGeneIdAttributeName’,‘useGenesAsTranscripts’,‘gffTxName’,“物种”论点makeTxDbFromGFF()函数(已经在BioC 3.2)。

错误修复

• 努力改进启发式用于makeTxDbFromGRanges()用于检测输入的格式(GFF3或GTF)农庄对象“x”。

GenomicInteractions

1.5.3:更正版本的变化

新功能

• 集成新的InteractionSet包提供了新功能包括更多的重叠方法和转换到其他类来存储基因组交互数据。看到InteractionSet文档以了解更多的细节。

用户级的重大变化

• InteractionSet集成后,距离计算完成不同和一些距离可能相差1 bp。

弃用,已经

• “annotateAnchors”被弃用,取而代之的是“annotateRegions”。

GenomicRanges

的变化版本1.24.0:

新功能

• 添加gpo类,一个容器来存储一组“基因组的位置”(即基因组范围的宽度1)。即使一个农庄对象可以使用,使用gpo对象可以更节约内存,尤其是当对象包含长跑相邻的位置。

• 添加一些“invertStrand”方法来支持链反演的“滞留”对象(即任何对象链()getter和setter)。例如invertStrand()作用于农庄,GRangesList GAlignments, GAlignmentPairs GAlignmentsList和RangedSummarizedExperiment对象。

• 添加”。无序”方法GenomicRanges对象(由皮特Hickey)。

• 基地:等级()获得了一个新的关系。方法= "最后"的选项和基础::订单()一个新论点(“法”)3.3 R。因此如此“排名”和“秩序”GenomicRanges对象的方法。

• 为GenomicRanges对象添加“selfmatch”方法。

• 为GRangesList对象添加“联盟”方法。

用户级的重大变化

• 删除旧SummarizedExperiment类从GenomicRanges包中定义的(这个类现在SummarizedExperiment包)。

• 以下通用函数从GenomicRanges包移到SummarizedExperiment包:- SummarizedExperiment exptData”exptData < -”——rowRanges rowRanges < -”——colData colData < -”——assayNames assayNames < -“——化验分析< -“化验,化验< -

• 重命名“pintersect”和“psetdiff”方法GRangesList对象- >“相交”和“setdiff”不改变他们的行为(他们仍然做mendoapply(相交,x, y)和mendoapply (setdiff, x, y),分别)。是名不副实的旧名字(有关更多信息,请参见svn提交消息提交113793)。

• 删除所有setops省略号(…)方法,除了:——“punion”方法签名农庄# GRangesList;——“pintersect”和“psetdiff”方法签名GRangesList # GRangesList;——“pgap”农庄组织对象的方法。

• 使用DESeq2 DESeq的小插曲(迟做总比不做好)。

弃用,已经

• 删除GIntervalTree类和方法(已经在BioC 3.2)。

• 删除mapCoords()和pmapCoords()(已经在BioC 3.2)。

GenomicTuples

1.5版本的变化:

• 新findOverlaps GTuples GTuples-method当类型=“平等”给10 - 100 x使用data.table加速。

• 被弃用后从GenomicRanges BioC 3.1, mapCoords()和pmapCoords()现在已经不复存在。

• BioC 3.1中被弃用后,“intervaltree”算法findOverlaps()早已作古。

genoset

的变化版本1.27.0:

• 现在GenoSet对象继承RangedSummarizedExperiment(交易所)而不是分野。使用eSet的交易所API而不是(如colnames而不是sampleNames和化验而不是assayData)。包括annotatedDataFrameFrom Biobase-related所有内容已被删除。这意味着BigMatrix对象可以不再被添加到eSet / ExpressionSet GenoSet对象。

genphen

变化在版本1.0 (2016-01-01):

介绍

• 偶尔添加额外的功能。

• 这个消息文件报告的变化已经包了。

要做

• 添加实际例子genphen一直使用。

• 实现多核执行。

• 实现genphen直言表型。

GenVisR

的变化版本0.99.20:

• 为新代码引入0.99.19 Bug修复

的变化版本0.99.19:

• 选择添加自定义的基因/样本在瀑布阴谋

• 瀑布添加特定的装饰图案

的变化版本0.99.18:

• 在cnSpec小bug修复

的变化版本0.99.17:

• 添加新特性允许函数导出数据,grob或情节

的变化版本0.99.15:

• lohView fo文档添加新的功能

的变化版本0.99.10:

• 更新的文档

的变化版本0.99.0:

• 发展版本——准备释放

ggbio

的变化版本1.19.1:

新功能

• autoplot方法支持现在EnsDb对象和相关过滤对象。

ggtree

的变化版本1.3.16:

• geom_treescale()支持家庭参数< 2016-04-27,结婚> + https://github.com/GuangchuangYu/ggtree/issues/56

• 更新增强。phylo与phylo缺失值的边缘长度< 2016-04-21,清华> + https://github.com/GuangchuangYu/ggtree/issues/54

• 支持通过textConnection (text_string)作为文件< 2016-04-21,清华> +由凯西邓恩casey_dunn@brown.edu+ https://github.com/GuangchuangYu/ggtree/pull/55 issuecomment - 212859693

的变化版本1.3.15:

• geom_tiplab2支持参数hjust < 2016-04-18,我的>

• geom_tiplab和geom_tiplab2支持使用geom_label2通过几何学=“标签”< 2016-04-07,清华>

• geom_label2支持构造子集< 2016-04-07,清华>

• geom_tiplab2添加提示标签的圆形布局< 2016-04-06,结婚>

• 使用阴谋plot_env美元访问ggplot2参数< 2016-04-06,结婚>

• geom_taxalink连接相关类群< 2016-04-01,星期五>

• geom_range添加HPD呈现进化推理的不确定性范围< 2016-04-01,星期五>

的变化版本1.3.14:

• geom_tiplab与NA价值观,兼容崩溃< 2016-03-05,坐>

• 更新theme_tree2由于https://github.com/hadley/ggplot2/issues/1567 < 2016-03-05,坐>的问题

• 抵消工作= FFALSE对齐与annotation_image函数< 2016-02-23,星期二> +见https://github.com/GuangchuangYu/ggtree/issues/46

• 子视图和插图现在支持注释img文件< 2016-02-23,星期二>

1.3.13版本的变化:

• 添加在treeAnnotation rescale_tree函数的例子。限制型心肌病< 2016-02-07,太阳>

• geom_cladelabel崩溃与< 2016-02-07,太阳> +见https://github.com/GuangchuangYu/ggtree/issues/38

的变化版本1.3.12:

• 交换函数名geom_tree和geom_tree2 < 2016-01-25,我的>

• 解决的问题geom_tree2 < 2016-01-25,星期一> + https://github.com/hadley/ggplot2/issues/1512

• colnames_level参数gheatmap < 2016-01-25,我的>

• raxml2nwk函数转换raxml引导树newick格式< 2016-01-25,我的>

1.3.11版本的变化:

• 解决的问题geom_tree2 < 2016-01-25,星期一> + https://github.com/GuangchuangYu/ggtree/issues/36

• 改变compute_group()在geom_tree2 compute_panel() < 2016-01-21,清华> +固定问题,https://github.com/GuangchuangYu/ggtree/issues/36

• 支持phyloseq对象< 2016-01-21,清华>

• 更新geom_point2 geom_text2和geom_segment2支持setup_tree_data < 2016-01-21,清华>

• 实现geom_tree2层支持复制节点记录通过setup_tree_data函数< 2016-01-21,清华>

• rescale_tree函数尺度改变分支树对象的长度< 2016-01-20,结婚>

• 现在升级set_branch_length,分支可以使用功能新extraInfo槽< 2016-01-20,结婚>

1.3.10版本的变化:

• 消除依赖gridExtra通过实现多图功能而不是使用网格。安排< 2016-01-20,结婚>

• 消除依赖色彩< 2016-01-20,结婚>

• 支持phylip树格式和更新装饰图案phylip例子< 2016-01-15,星期五>

更改版本就开始:

• 优化getYcoord < 2016-01-14,清华>

• 添加“multiPhylo”在“树可视化”插曲< 2016-01-13,结婚>

• viewClade scaleClade,崩溃,扩张,旋转,翻转,get_taxa_name scale_x_ggtree接受输入tree_view =零。这些函数将访问最后的情节如果tree_view =零。< 2016-01-13,结婚> + > ggtree (rtree (30);viewClade(节点= 35)。不需要管。

的变化版本1.3.8:

• 添加树操纵的装饰图案的viewClade < 2016-01-13,结婚>

• 添加viewClade函数< 2016-01-12,星期二>

• 支持obkData对象定义为OutbreakTools < 2016-01-12,星期二>

• 更新小插曲< 2016-01-07,清华>

• 05年之前树注释插曲< 2016-01-04,我的>

• 出口theme_inset < 2016-01-04,我的>

• 插图、nodebar nodepie函数< 2015-12-31,清华>

1.3.7版本的变化:

• 把长描述几个小插曲,+ 00 ggtree < 2015-12-29,星期二> + 01树数据导入< 2015-12-28,星期一> + 02树可视化< 2015-12-28,星期一> + 03树操作< 2015-12-28,星期一> + 04树注释< 2015-12-29,星期二>

1.3.6版的变化:

• MRCA函数向量中寻找最近的共同祖先建议< 2015-12-22,星期二>

• geom_cladelabel:添加栏和标签标注一个进化枝< 2015-12-21,星期一>——删除annotation_clade和annotation_clade2功能。

• geom_treescale:树规模层。(add_legend删除)< 2015-12-21,我的>

1.3.5版本的变化:

• 臭虫固定,阅读。nhx现在使用科学记数法< 2015-11-30,星期一> +见https://github.com/GuangchuangYu/ggtree/issues/30

1.3.4版本的变化:

• 重命名野兽特性名称冲突时保留关键字(标签、分支机构等)< 2015-11-27,星期五>

• get_clade_position函数< 2015-11-26,清华> + https://github.com/GuangchuangYu/ggtree/issues/28

• get_heatmap_column_position函数< 2015-11-25,结婚> +见https://github.com/GuangchuangYu/ggtree/issues/26

• 新罕布什尔州支持NHX (X)通过阅读格式。nhx函数< 2015-11-17,星期二>

• 臭虫固定在extract.treeinfo.jplace < 2015-11-17,清华>

v1.3.3变化:

• gheatmap支持颜色= NULL,那么没有颜色的线画在热图< 2015-10-30,星期五>

• 添加角也为矩形,将供coord_polar布局=“矩形”后()< 2015-10-27,星期二>

1.3.2版本的变化:

• 更新装饰图案,加上猿的例子引导和phangorn祖先序列< 2015-10-26,我的>

• 添加支持猿引导分析< 2015-10-26,星期一>见https://github.com/GuangchuangYu/ggtree/issues/20

• 添加支持的祖先序列推断phangorn < 2015-10-26,星期一>见https://github.com/GuangchuangYu/ggtree/issues/21

1.3.1版本的变化:

• 改变角度角+ 90,标签将会在径向方向< 2015-10-22,清华> +见https://github.com/GuangchuangYu/ggtree/issues/17

• na。rm应该总是传递给层(),固定在geom_hilight geom_text2 < 2015-10-21,结婚> +见https://github.com/hadley/ggplot2/issues/1380

• 匹配的野兽统计与树使用内部节点号代替标签< 2015-10-20,星期二>

Glimma

的变化版本0.99.4:

• 增加了对MD的样品颜色阴谋。

• 添加glMDPlot DESeqResults方法

的变化版本0.99.3:

• 进口p。调整相关的功能。

的变化版本0.99.2:

• 添加测试用例不non-exported函数通过检查。

的变化版本0.99.1:

• 初始创建包。

GOexpress

1.5.5版本的变化:

错误修复

• 函数subEset也删除空水平因素不提参数子集。必要randomForest利益不能空的因素水平。

1.5.4版本的变化:

新功能

• plot_design支持子集参数限制样本的某些子集的阴谋。

1.5.3:更正版本的变化

一般更新

• 澄清GOexpress不是传统的基因集富集分析工具。它是基于排名,而不是浓缩。

1.5.2版本的变化:

错误修复

• 将“名称”列重命名为“namespace_1003””,而不是“namespace_1006”。

1.5.1版本的变化:

一般更新

• 更新维护人员的电子邮件地址。

GOSemSim

的变化版本1.29.2:

• 更新IC数据< 2016-04-21,我的>

的变化版本1.29.1:

• 固定的R检查< 2016-03-05,坐>

石墨

版本变化1.17.6 (2016-04-26):

• 添加从KEGG celegans通路。

版本变化1.17.5 (2016-04-25):

• 更新所有路径数据。

版本变化1.17.4 (2016-04-04):

• Cytoscape 3的支持。

版本变化1.17.3 (2016-04-04):

• 添加buildPathway函数。

gtrellis

1.3.6版的变化:

• 改变格式的新闻

1.3.5版本的变化:

• 添加引用

1.3.4版本的变化:

• 确定正常的染色体更明智

v1.3.3变化:

• 修改后的装饰图案

1.3.2版本的变化:

• 支持“紧凑”模式安排染色体

• 添加自定义函数来添加点/线/…

1.3.1版本的变化:

• 传奇的支持

吉他

的变化版本1.9.4:

• 错误修复

1.9.3版本的变化:

• 质量检查;修订方案概述

gwascat

2.3.6版本的变化:

用户可见的变化

• 现在traitsManh发出xlab连接基因组标记seqnames标签

GWASTools

的变化版本1.17.9:

• 取代ncdf ncdf4

• 反对plinkToNcdf和convertVcfGds(使用SNPRelate函数)

• 添加函数kingIBS0FSCI定义预期IBS0传播完全基于等位基因频率的兄弟姐妹。

的变化版本1.17.8:

• 不计算中所有点qbeta qqPlot如果变薄

的变化版本1.17.7:

• 添加错误处理关闭GdsGenotypeReader和GdsIntensityReader gds文件如果他们不检查的有效性方法

的变化版本1.17.6:

• 使用ZIP_RA作为默认压缩在GDS文件更快访问压缩数据

的变化版本1.17.5:

• bug修复checkImputedDosageFile如果不是写日志文件的缺失值和整个样品丢失的文件

的变化版本1.17.4:

• 错误修复manhattanPlot着色截断点

的变化版本1.17.3:

• 添加支持hard-calling基因型在imputedDosageFile估算基因型的概率

的变化版本1.17.1:

• 改变颜色ibdPlot

HDTD

1.5.2版本的变化(2016-04-18):

• 更新引用文件。

1.5.1版本的变化(2016-03-02):

• 装饰图案只是小修小补。

• 更新代码。

hiAnnotator

1.5.1版本的变化:

• ggplot2更新错误修复。

HIBAG

版本1.8.0的变化:

• 版本号是Bioconductor撞发布3.3版本

的变化版本1.7.0-1.7.7:

• 新功能hlaCheckAllele (),hlaAssocTest (),hlaConvSequence ()和summary.hlaAASeqClass ()

HilbertCurve

1.1.6版本的变化:

• 改变格式的新闻

1.1.5版本的变化:

• 使用新版本的testthat

更改版本1.1.4:

• 添加引用

更改版本1.1.3:

• 修改后的装饰图案

1.1.2版本的变化:

• 装饰图案中添加示例

• 添加hc_polygon ()

• hc_map ():支持边界

• HilbertCurve ():起始位置可以选择,也可以选择第一部分的取向

变化的1.1.1版:

• 添加特定的基因组数据的可视化功能

HiTC

1.15.1版本的变化:

新功能

• 新的saveContactMaps函数

用户可见的明显变化

• 更改默认行为binningC功能使用的间隔而不是值

• 高c颜色现在定义为一个向量,因此,超过三种颜色可以用于梯度

错误修复

• 在导入修复bug。my5C在阅读文件

HTSeqGenie

的变化版本4.1.15:

• 调查一个内存故障由tallyVariants test.callVariantsVariantTools.genotype()的()单元测试

4.1.13版本的变化:

• 修复ngspipe - 191:删除mergeReads和梨引用;改变BioC进口;应该建立在BioC服务器上(但不能现在由于VariantTools: tallyVariants内存问题)

4.1.11版本的变化:

• 固定ngspipe - 182:更新的文档generateSingleGeneDERs()函数生成的突出DEXSeq-ready楔裂外显子的全外显子组,只保留外显子编码区,只保留属于独特基因的外显子。

4.1.10版本的变化:

• 添加prepocessReads简单检查重复的id。注意这将只抓dup在一块。

4.1.9版本的变化:

• 固定一个小故障,防止truncateReads trimReads。只trim5配置参数(没有截断长度)

4.1.8版本的变化:

• 固定ngspipe - 167:添加5 '读与配置参数trimReads修剪。trim5(代码、单元测试、配置检查代码,处理角情况下)

4.1.7版本的变化:

• 固定ngspipe - 150票:清理consolidateByRead readRNASeqEnds并删除

4.1.6版本的变化:

• 固定一个小喇叭(缺乏summary_alignment。标签文件),阻止test.callVariantsVariantTools.genotype ()

• 将加载countGenomicFeatures而不是countGenomicFeaturesChunk genomic_features的加速

• R CMD检查好的

4.1.5版本的变化:

• 固定ngspipe - 172票“GRCH38变体叫缓慢”。自我测试花了1.5小时完成,由于analyzeVariants()阶段的两个test.runPipeline.Exome()测试,每一次持续大概0.6 h。这是由于(1)巨大的错误加载dbSNP数据库所需avgNborCount过滤(只有avgNborCount关键字是“analyzeVariants.postFilters”出现在配置参数。和(2)一个昂贵的瓷砖的基因组,这并不是要求小数据集(读取数量低于100 e6)。现在的自我测试完成需要大约34分钟。

4.1.4版本的变化:

• 添加test.readRNASeqEnds.dupmark()来测试如果readRNASeqEnds()正确处理dup(这种情况;bug ngspipe - 180“忽略Dup期间读取特性计算”是由于markdup是以整个bams虽然以计算是以块)。这个修改关闭ngspipe - 180。

4.1.3版本的变化:

• 过滤掉对齐标记为dup和QC失败之前使用适当的bam国旗特性计算和报道

4.1.2版本的变化:

• 激活阅读GATK-rescaled切边质量

• 桑格移动质量的列表可能的品质,我们不做质量削减真正的桑格。当前和近期的数据来自illuma应该与illumina公司1.5或1.8的范围内,所以我们要确保阅读整理被触发。

改变以下4.4.1版:

• createTmpDir()现在更健壮和重试如果dir已经存在。这是必要的,因为indel调整步骤使用这个函数并行化的染色体。等基因组与很多chromomes / cotigs GRC38(> 200)这固定一个罕见的缺陷。

的变化版本4.1.0:

• 开始新的开发周期

illuminaio

版本变化0.13.1 (2016-01-12):

• 弃用:readBPM()是不赞成的,因为它只是一个存根,从未真正工作。(问题# 5和# 6)

版本变化0.13.0 (2015-10-23):

• 版本号是撞Bioconductor猛击版本,目前成为BioC v3.3 R (> = 3.3.0)。

ImmuneSpaceR

的变化版本0.99.0:

• 提交BioConductor

immunoClust

1.3.3:改变*可选策划FCS的附加参数文件*轻微改变出口meta-cluster特性修正*一维数据集的聚类问题

1.3.1:*元内的归一化步骤变化。clusering过程改进和扩展也影响相关的参数设置

InPAS

1.3.2版本的变化:

错误修复

• 重新运行bpapply覆盖职工去世的时候

1.3.1版本的变化:

• 在phmm抑制错误不需要

检查

更改版本1.1.4:

• 添加功能的比较两个稳态条件

更改版本1.1.3:

• 检查现在是独立于pyhton和HTSeq计数读入intronic其实地区和现在使用GenomicAlignments Rsamtools Bioconductor包功能。由于这一修改检查已经完全包含在R / Bioconductor框架中,因此更complant Bioconductor指南。此外BAM文件可以直接使用,无需耗费时间和内存消耗的BAM - > SAM转换。相关方法的创建注释GTF intronic和其实特性的格式提供给pyhton现在被因此,将可能作为Bioconductor包“compEpiTools”方法引入

1.1.2版本的变化:

• 并行计算现在完全在BiocParallel管理框架。“newINSPEcT”功能和“modelRates”方法采取作为输入参数BPPARAM用于处理并行化。默认情况下,将分配给BPPARAM BPPARAM BiocParallel包()函数,保证可用内核使用的最大数量和使用Linux和MacOS-X分叉的雪包的使用Windows机器。

• 现在已经弃用nCores方法和参数。

变化的1.1.1版:

• 重新inferKBetaFromIntegralWithPre,消失在重击版本1.0.1后(排除)

• 选择最好的模型是现在应用布朗完成测试的双模型,其中至少有一两个有卡方测试低于阈值。这样做,因为如果只有一个速度的动态,所有的模型不涉及率不低卡方和没有比较。这导致布朗假定值1,具体利率(改变方法“ratePvals”)

• 在newINSPEcT,猜测新的利率可以没有假设退化并不发生在脉冲

• 解决了两个问题。一个发生在建模在复制基因估计方差等于零:在这种情况下方差估计的时间内。遇到的第二个问题是在脉冲模型的参数初始化:h1不能零为了评估一个有限的价值。”

• 评估“modelRates”内的装饰图案只在Linux和Dawin并行环境。这样做是为了避免超时Bioc服务器上构建过程。

• 更好的估计利率以防degDuringPulse = TRUE (newINSPEcT功能)。添加控件在newINSPEcT函数输入参数。固定一个错误值的饱和的减免inHeatmap方法(这种变化可能导致不同的聚类的基因顺序的热图)。添加inHeatmap面板参数的方法。

• 固定一个错误“[”方法和unpdated NAMESAPACE和描述文件根据更新的unlist的方法从BiocGenerics出口而不是从GenomicRanges了。

InteractionSet

的变化版本0.99.0:

• 新包InteractionSet,包含基类基因交互数据。

IRanges

的变化版本2.6.0:

新功能

• 增加重组()函数。

用户可见的明显变化

• 从findOverlaps删除算法的参数(),countOverlaps (), overlapsAny (), subsetByOverlaps(),最近的(),distanceToNearest (), findCompatibleOverlaps (), countCompatibleOverlaps (), findSpliceOverlaps (), summarizeOverlaps(),联盟(),IntersectionStrict(),和IntersectionNotEmpty ()。BioC 3.1中的参数添加方便从一个区间树过渡到一个嵌套容器列表实现findOverlaps()和家庭。过渡结束了。

• 恢复“maxgap”特殊意义(从BioC < 3.1)当调用findOverlaps()(或其他家庭成员)与“类型”设置为“中”。

• 没有限制的最大深度动态NCList对象。注意限制仍,仍是100000年当用户影响调用NCList()或GNCList()构造函数。

• 重命名“ignoreSelf”和“ignoreRedundant”findOverlaps的论点,向量,失踪的方法- >的下降。自我”和“drop.redundant”。旧的名字还在但弃用。

• 重命名grouplength () - > grouplengths()(旧名称仍然可用,但是弃用)。

• 修改“replaceROWS”方法IRanges对象,以便替换元素“x”从“价值”的元数据列。看到这个帖子bioc-devel: https://stat.ethz.ch/pipermail/bioc-devel/2015-November/008319.html

• 优化which.min()和which.max(原子)列表。

• 删除所有setops省略号(…)方法,除了对对象的方法。

• 添加“togroup”方法ManyToOneGrouping对象和轻视的默认方法。

• 现代化“秀”的方法范围对象:现在他们显示更像农庄组织对象。

• 强迫从IRanges NormalIRanges现在传播对象时的元数据列迫使已经正常。

• 不再出口CompressedHitsList IRanges包。这似乎并不使用,目前还不清楚,我们需要它。

弃用,已经

• 反对RDApplyParams对象和rdapply ()。

• 反对RangedDataList对象。

• 反对RangedData对象的“减少”的方法。

• 反对GappedRanges对象。

• 反对“ignoreSelf”和“ignoreRedundant”findOverlaps的论点,向量,失踪的方法支持新的“下降。自我”和“下降。冗余的参数。

• 反对grouplength()赞成grouplengths ()。

• 默认“togroup”方法是弃用。

• 删除IntervalTree和IntervalForest类和方法(已经在BioC 3.2)。

• 删除mapCoords()和pmapCoords()泛型(已经在BioC 3.2)。

• 删除所有“updateObject”方法(他们都过时了)。

错误修复

• 修复段错误时调用窗口()Rle对象的长度为0。

• 修复”。分钟”和“哪个。马克斯”方法IntegerList NumericList, RleList对象当“x”是空的或包含空的列表元素。

• 解决零宽度范围不当当调用findOverlaps()(或其他家庭成员)与“类型”设置为“中”。

• 各种修复“countOverlaps”向量方法#失踪。看到svn提交消息116112年提交的细节。

• 解决方法有效性NormalIRanges对象(没有检查任何东西)。

等压线

的变化版本1.17.1:

• 固定的重要bug同位素杂质校正方法。等压线转置矩阵用于同位素杂质校正在此之前修复。量化结果将改变当同位素杂质校正执行错误发现的达里奥Strbenac https://support.bioconductor.org/p/74301/ # 79900)。

烤肉串

的变化版本1.6.0:

• 释放Bioconductor 3.3的一部分

1.5.4版本的变化:

• 进口apcluster方案避免冲突的方法

• 改进和在本月完成了改变历史/新闻和包小插图

1.5.3:更正版本的变化

• 修正预测通过功能权重非常大的稀疏的显式表示

• 适应小插图的模板

• 装饰图案引擎从Sweave knitr

1.5.2版本的变化:

• 在距离权重混合距离加权谱校正,有缺口的内核

• 允许featureWeights getPredictionProfile数值向量的方法

• 修正的情节单一预测剖面没有传奇

• 版权改变注意

• 名称空间修复

1.5.1版本的变化:

• 计算预测新方法与混合模型训练的内核

• 校正与补偿位置特定的内核

• 修正预测主题的内核

• 额外提示kbsvm的帮助页面

版本1.5.0的变化:

• 从版本1.4.0创建猛击分支

limma

的变化版本3.28.0:

• 提高能力和弗莱()的性能。弗莱()有两个新参数,“geneid”和“标准化”。炸的指标参数()现在可以data.frames包含标识符的列表和权重集。期权引入的标准化参数允许炒()是当基因不平等的方差统计上更强大。弗莱()现在接受任何参数,将适合lmFit()或ebay ()。弗莱的“类型”参数()现在一样mroast ()。

• 烤(),mroast(),弗莱相机()和()现在需要设计的矩阵集。以前设计矩阵违约一个拦截列。

• barcodeplot()两个变化:新参数“α”设置半透明的位置酒吧在某些情况下;“分位数”的默认值略有增加。

• kegga()有一些新的参数和现在支持KEGG支持的任何物种。kegga()现在可以接受data.frame注释,这意味着它可以从用户提供的注释工作。

• 新功能getGeneKEGGLinks()和getKEGGPathwayNames()从其他途径注释。kegg网站。

• topKEGG()现在减免相关假定值由通路的基因数量和名称的途径。

• goana()现在支持物种= " Pt "(黑猩猩)。

• plotRLDF()现在产生更完整的输出和输出更完全记录。法律辩护基金现在可以使用它作为一个完整的分析基于训练数据分类。论点“主要”已经被作为一个明确的参数,因为它和其他绘图参数更好传递使用…设施。新参数“ndim”,增加了“阴谋”。第一个允许将所有可能的判别函数,即使只有两个策划完成。第二个允许dicriminant没有情节的函数来计算。

  plotRLDF()现在也使用squeezeVar()来估算出多少类内协方差矩阵是主持。它有新的参数“趋势”和“健壮”选项的经验贝叶斯估计的步骤。它也有新观点的var。之前的允许之前差异提供选择。“df的论点。之前的现在可以一个向量genewise值。

• 新参数的保存。阴谋”轰()。

• diffSplice()现在返回genewise剩余方差。

• removeExt()有新的“9”的论点。

• 略对生产df2改进算法。缩小fitFDistRobustly返回的值()。现在返回tail.p fitFDistRobustly ()。价值,概率。离群值和df2。离群值,以及之前返回值。最低df。通过ebay之前返回值(健康,健壮的= TRUE)可能比以前略小。

• tmixture.vector()现在处理不平等的df在一个更好的方法。这将是在稍微改变时从topTable B-statistics剩余或之前df并非都是平等的。

• 如果提供了目标data.frame read.maimages()通过“文件”的论点,然后read.maimages()现在覆盖其rownames输出同意的列名RGList对象。

• 更明确的处理名称空间。功能需要从grDevices、图形、统计和跑龙套包现在显式导入到名称空间,避免任何可能的掩蔽其他包。alias2SymbolTable alias2Symbol goana()()()现在装载名称空间中去。db org.XX.eg有关生物包。db的加载包。这让用户搜索路径更干净。

• 各种小bug修复和改进错误消息。

餐

1.1版本的变化:

• 添加plotRDAMulti和topRDAhits

• 改善plotRegion

• 改善caseExample和餐小插曲

• 返回一个排序data.frame correlationMethExprs

Mergeomics

变化在0.0版本1:

• 首先介绍作为单独的包

meshr

1.6.1版本的变化:

• 例子在装饰图案简化由于R CMD的超时检查。

金属底座

1.5.1版本的变化:

• 固定错误在ht和固定normalizeByBiomass为了生物量中手动输入。

metagene

tripwire版本的变化:

新功能

• 重构的引导方法提高内存使用量和减少计算时间。

• 添加plot_metagene函数产生一个metagene情节从data.frame避免总是不得不依靠metagene对象。

• 弃用和bin_size params范围。

• 增加了新的章节的小插曲:“管理大型数据集”和“比较概要文件和排列”。

错误修复

• 删除参数与ggplot2 > 2.2.0不再工作。

• 改变了seqlevels检查匹配GenomicAlignments的变化。

• 添加了一个早期检查停止时错误消息和输出清晰的位置在一个农庄大于一个染色体的大小。

metagenomeFeatures

更改版本1.1.2 (2016-03-26):

• 添加mgFeatures类——这类替换metagenomeAnnotation 16 s工作流,并包含数据库信息为用户提供数据库序列id列表。新metagenomeAnnotation-class将被添加到包当一个合适的R原生16 s分类classificaiton方法是可用的。

• 新aggregate_taxa功能聚合MRexperiment对象的用户定义的分类水平,aggretation计数数据由dafault使用金额执行,用户可以通过任何列明智的矩阵运算。

metagenomeSeq

1.13版本的变化:

• 2.0升级支持biom-format vs

• 固定的问题——“MRtable等将报告当用户请求更多的功能比可用“NA行

• 固定在calcZeroComponent s2误判

MethylAid

1.5.2版本的变化:

• 适应minfi版本1.17.8(几乎史诗准备)

methylPipe

3版本的变化:

• 更新或固定以下功能:+ findDMR:更新函数,允许它运行没有数量的处理器规格

1.4.2版本的变化:

• 更新或固定以下功能:+冰毒。统计数据:更新了覆盖在这个函数对象错误

1.4.1版本的变化:

• 更新或固定以下功能:+池。写着:这个新功能添加到池读取每个条件复制到一个单独的文件

missMethyl

1.5.1版本的变化:

• 新基因设置测试函数gsameth()补充说,kegg测试功能添加到gometh ()。

马赛克

的变化版本2.9.9:

错误修复

• generateWig():修复错误的BAM文件格式,产生不必要的假发输出文件中的行。

的变化版本2.9.8:

错误修复

• generateWig construtBins (), (), extractReads ():“readGAlignments”取代了已经“readGAlignmentsFromBam”。

• findSummit extractReads (), (), adjustBoundary (), filterPeak():更多的保障。

• constructBins():修复错误。

2.9.7版本的变化:

错误修复

• mosaicsPeak():修复错误,chrID不见了。

• chrID adjustBoundary():修复这个错误是错误处理。

• generateWig constructBins (), (), extractReads():解决宠物的错误处理的BAM文件数据。

2.9.6版本的变化:

用户可见的明显变化

• export (): aveLogP报告列9“narrowPeak”和“broadPeak”文件格式。

2.9.5版本的变化:

用户可见的明显变化

• 现在extractReads():用户可以选择是否继续read-level数据与参数“keepReads”。

• 对象的输出大小明显减少extractReads (), findSummit (), adjustBoundary(),和filterPeak ()。

• MosaicsPeak类定义修改以反映上述变化。

• 在峰列表,现在,logMinP logAveP(即。,-log10 transformation of minP and aveP, respectively) are reported instead of minP and aveP, respectively.

• 显示()方法变得更快。

2.9.4版本的变化:

用户可见的明显变化

• 峰列表包含意思(log10 (PP)), summitSignal,峰会。

• 在峰列表中,控制样品和日志的数量比例调整芯片控制计数的测序深度的比率,而不是芯片和控制项之和的比值。

• postProb():返回任意峰地区的后验概率。

• export()变得更快。

• construtBins():计算测序深度和保持这些信息在第一行(评论)的料位文件。

• seqDepth():返回测序深度信息,可以应用于所有BinData MosaicsFit MosaicsHMM MosaicsPeak类对象。

• 覆盖()方法的名字改为readCoverage ()。

错误修复

• findSummit () & adjustBoundary():修复错误,平均点分开的多个峰会报告作为峰会的关系。现在,选择第一个峰会块,然后平均的首次峰会块作为峰会的报道。同时,解决一些小的数值计算问题的峰会地点。

• filterPeak():修复错误,提高芯片控制样本被设置为零当没有在位置控制信号。现在,在这种情况下,控制信号设置为零。

• adjustBoundary():修复错误“覆盖”多个方法表发现在R CMD检查。

的变化版本2.9.3:

用户可见的明显变化

• 装饰图案和帮助文档更新和抛光。

错误修复

• generateWig():修复错误,导出文件中的值是用科学记数法。

• constructBins():修复错误,导出文件中的值是用科学记数法。

2.9.2版本的变化:

错误修复

• extractReads():修复错误当加载read-level数据链错误处理。

• export():修复错误错误要求运行exportReads()不需要。

2.9.1版本的变化:

用户可见的明显变化

• 装饰图案和帮助文档更新和抛光。

错误修复

• adjustBoundary():修复错误,边界是不正确的调整。

的变化版本2.9.0:

用户可见的明显变化

• extractReads (): read-level数据加载和提取读取相应峰值区域。

• findSummit():找到一个峰会在每个峰,根据当地的芯片资料。

• adjustBoundary():调整高峰边界(专为组蛋白修饰的峰值)。

• filterPeak():基于峰值长度和滤波器的峰值信号的优点。

• mosaicsPeakHMM:后解码设置为默认(解码=“后”)。

• 马赛克包现在另外取决于GenomicRanges GenomicAlignments, Rsamtools GenomeInfoDb和S4Vectors包。

错误修复

• 出口():修复错误,导出文件中的值是用科学记数法。

msa

更改版本1.4.0:

• 释放Bioconductor 3.3的一部分

1.3.7版本的变化:

• 修复在msaPrettyPrint()函数

1.3.6版的变化:

• msaPrettyPrint()现在还接受破折号在文件名

• 添加部分约精细打印宽比对包装饰图案

1.3.5版本的变化:

• 显示帮助文本改编的msa()函数

1.3.4版本的变化:

• 添加函数检查和修复名称可能有问题的字符序列,可能导致乳胶错误当使用msaPrettyPrint ()

• 相应的文档的变化

• 小名称空间解决

v1.3.3变化:

• 添加函数转换多重序列比对与其他序列比对包使用

• 相应的文档的变化

1.3.2版本的变化:

• 进一步修正makefile和Makevars文件占构建系统的变化

• 引用信息的更新

1.3.1版本的变化:

• 修复在makefile和Makevars文件占构建系统的变化

1.3.0版本版本的变化:

• 新分支Bioconductor 3.3重击

MSnbase

的变化版本1.19.24:

• 更多的单元测试和bug修复< 2016-04-30坐> < 2016-05-02我>

的变化版本1.19.23:

• 更多的单元测试和bug修复< 2016-04-27结婚> < 2016-04-28 >星期四

的变化版本1.19.22:

• 更多的单元测试< 2016-04-23 >坐在太阳< 2016-04-24 > < 2016-04-26 >星期二

• 删除readIspyData函数< 2016-04-23 >坐

• 固定的错误在错误捕捉跑龙套。mergeSpectraAndIdentificationData < 2016-04-23 >坐

的变化版本1.19.21:

• nadata。R单元测试和bug修复< 2016-04-22 >星期五

的变化版本1.19.20:

• 移动makeNaData2和whichNA(在pRoloc) < 2016-04-21 >星期四

的变化版本1.19.19:

• 新的naplot函数想象缺失值的热图和barplots样本和特征。< 2016-04-04 >星期一

的变化版本1.19.18:

• 修复错误的人< 2016-04-02 >坐

的变化版本1.19.17:

• 写支持mzTab已经下降(writeMzTabData、makeMTD makePEP和makePRT现已倒闭)< 2016-03-18 >星期五

的变化版本1.19.16:

• 添加estimateNoise[频谱

  MSnExp]方法;关闭# 78 < 2016-03-10 >

• 从推荐进口大量的功能包,即图形、统计和utils避免许多“未定义的全局函数或变量”指出R CMD检查< 2016-03-10 >

的变化版本1.19.15:

• 限制readMSData单元测试将仅适用于windows的误差< 2016-03-09 >结婚

• 修复跑龙套的单元测试。colSd (x, na.rm = TRUE)

的变化版本1.19.14:

• 文档改变nQuants param fcol groupBy < 2016-03-02 >结婚

的变化版本1.19.13:

• 固定在bin_Spectrum bug,微博报道谢< 2016-02-16 >星期二

• 添加单元测试错误超过< 2016-02-16 >星期二

• 合并后的应用功能columnwise集团的< 2016-02-16 >星期二

• 在nQuants fcol论点所取代与groupBy签名符合featureCV < 2016-02-16 >星期二

的变化版本1.19.12:

• 从Spectrum1搬极性槽(0.1.0 - > 0.2.0)光谱(0.2.0 - > 0.3.0)超类;还撞Spectrum2类(0.1.0 - > 0.2.0)和MSnExp(0.3.0 - > 0.3.1,跟踪Spectrum2)的变化。写MSnExp和Spectrum2 updateObject方法。< 2016-02-11 >星期四

的变化版本1.19.11:

• 解决useAsDefault trimws通用/方法(见问题# 75)< 2016-02-02 >星期二

• 添加exprs MSnSet-method别名(因为exprs现在出口)< 2016-02-02 >星期二

的变化版本1.19.10:

• 出口exprs fvarLabels, sampleNames(< -) < 2016-01-30 >坐

的变化版本1.19.9:

• 新data.frames trimws方法和MSnSets < 2016-01-29 >星期五

的变化版本1.19.8:

• readMSnSet2现在还接受data.frame作为输入< 2016-01-29 >星期五

• 选择性ggplot2进口< 2016-01-29 >星期五

的变化版本1.19.7:

• 新的pSet和MSnExp对象sampleNames < - < 2015-12-15 >星期二

• 修复bug防止写MS1 mgf(修复meowcat报告的问题# 73)< 2015-12-18 >星期五

的变化版本1.19.6:

• MSnExp feautreNames现在X01 X02 (0 X)后保持ASCII字符的数值排序;由sgibb < 2015-12-14我>

• 更新MSnbase::: subsetBy使用分裂而不是拉普兰人,这使得topN更快。不过这种变化产生的顺序MSnSet(有关详细信息,请参阅问题# 63和背景);由sgibb < 2015-12-14我>

的变化版本1.19.5:

• 合并将请求从lgatto # 67 / featureCV sgibb: featureCV忽视其na。rm论证< 2015-12-12 >坐

的变化版本1.19.4:

• 替代方法MSnSetList名称< 2015-11-24 >星期二

的变化版本1.19.3:

• 新的论点fcol selectFeatureData选择特征变量使用一个向量< 2015-10-28 >结婚

在version 1.19.2变化:

• 新的selectFeatureData函数特征子集数据< 2015-10-24 >坐

的变化版本1.19.1:

• 删除ProtGenerics中的泛型定义的< 2015-10-15 >星期四

的变化版本1.19.0:

• Bioc猛击3.3

MSstats

3.3.11版本的变化:

• 新功能:计算LOD和定量限,1)linear_quantlim, 2) nonlinear_quantlim, 3) plot_quantlim,和两个示例数据集,SpikeInDataLinear, SpikeInDataNonLinear是可用的。

• 更新在dataProcess featureSelection =“优质”

• 允许冒号(“:”)的肽序列

• 修复bug dataProcess”填写不完整的行。如果只有一个功能完整的行,得到运行的问题和特性在dataProcess ID,而不是显示列表。现在,它的工作原理。

• 更改默认为软式小型飞船在dataProcessPlots概要情节和QC阴谋。轴的上限计算了ylimUp = FALSE最大log2正常化后所有蛋白质(强度)+ 3然后四舍五入到最接近的整数。

3.3.10版本的变化:

• dataProcess修复bug

• 当蛋白质的数量ProcessedData美元RunlevelData不同,计算错误发生%失踪,归责。

• groupComparison修复bug

• 当条件之一是完全缺失或其他特殊情况下,.fit.model。单可以处理和输出.fit.model。单身不是try错误。然后输出和残余应安装更新。

3.3.9版本的变化:

• 条件从dataProcessPlots情节:现在条件与运行级别总结情节所吸引强度/条件。

• 从groupComparison ComparisonResult

• 国旗missingness和归责:计算MissingPercentage和ImputationPercentage列改变1)MissingPercentage:强度的测量强度/总数(特征的数量*运行在一种蛋白质的数量)用于比较的条件(从“标签”列)的蛋白质。因此不同的比较(标签)的输出相同的蛋白质可以有不同比例的missingness。2)ImputationPercentage:数量的估算强度/总数的强度条件用于比较(从“标签”列)的蛋白质。因此不同的比较(标签)的输出相同的蛋白质有不同比例的污名。

• 新列,“问题”,显示了特殊情况,如完全失踪一个条件或全部条件的比较。

• VolcanoPlot

• 国旗的蛋白质完全缺失的状况。左边的蛋白质的名字,‘*’将出现在火山的阴谋

3.3.8版本的变化:

• 标准化:总体中位数- >中值中位数。所有工作流MSstats,结果不应该被改变。但是,日志(总和)将结果稍有不同。

• 国旗missingness和非难

• RunlevelData dataProcess包括两个或三个列1)NumMeasuredFeature:大量的测量功能在运行2)缺失比例:数量的测量特性/功能的运行总数3)NumImputedFeature:数量的估算强度在运行。这一列显示只有当用户允许转嫁缺失值。

• 从groupComparison ComparisonResult:一个或两个列将被添加。1)MissingPercentage:测量强度数/总强度(特征的数量*运行在一种蛋白质的数量),蛋白质2)ImputationPercentage:数量的估算强度/强度的蛋白质总数

3.3.4版本的变化:

• 修复bug featureSubset =与基于标签的“优质”的实验。

3.3.3版本的变化:

• 添加新选项,在dataProcess remove_proteins_with_interference = FALSE(默认)。是否允许删除蛋白质是否认为干扰。

3.3.2版本的变化:

• ProteinName = TRUE groupComparisonPlots只显示名字的重要蛋白质,调整位置。ggrepel包使用。

• 改变featureSubset选项“dataProcess”选择高质量的特性。featureSubset =“优质”

• 修复bug为“fillIncompleteRows = TRUE”基于标签的实验。

• 改变“量化”功能。使用从dataProcess运行总结。如果有技术复制,使用中值运行总结为每个主题。

3.3.1版本的变化:

• 修复bug groupComparisonPlots火山情节,logbase = 2。

• 更新所有ggplot2情节

• 更改默认为“cutoffCensored”。现在默认是“minFeature”。

• 将审查的峰值强度,删除功能只有1测量survreg函数。

multiClust

3-2-16版本的变化:

• 包版本推到0.99.6员工Biobase, GEOquery, preprocessCore包在包小插图显示轻微修订

2-13-16版本的变化:

• 包版本改为0.99.5员工选项来指定罗斯福截止在使用自适应GMM方法number_probes函数。更新文档的装饰图案

2-11-16版本的变化:

• 包装改为0.99.4版本修订装饰图案中的代码使用RNA-seq数据的员工解释与包在装饰图案修改代码文档probe_ranking函数

mzID

1.9.1版本的变化:

• 示例文件移动到包装,以避免寄生在windows检查错误

mzR

的变化版本2.5.8:

• 解决编译器警告MacOS的叮当声

2.5.7版本的变化:

• 解决编译MacOS的叮当声

2.5.6版本的变化:

• 修复新windows工具链编译,多亏Kasper丹尼尔·汉森和丹特南鲍姆

2.5.3版本的变化:

• 新pwiz.version()函数返回pwiz端版本(乐)

2.5.2版本的变化:

• 提供预先编译的windows库,再次感谢羌族口(乐)

2.5.1版本的变化:

• 进口增加1.59,由于羌族口(乐)

NOISeq

版本变化2.16.0 (2016-02-11):

• NOISeqBIO已经修改一些复制可用时,计算时间已经彻底删除。

• 基因聚类在NOISeqBIO几个复制可用:这将是完成时的样本总数是9或更少(而不是10或更少)。

• 固定一个错误“生物型检测”情节。失败时的基因样本没有值= 0。

• 纠正一个错误的计算标准偏差NOISeqBIO D统计。

OncoScore

版本变化0.99.0 (2016-03-16):

• 新包OncoScore BioCondictor发布

OncoSimulR

version 2.2.0变化:

• 块基因型。

• 堆叠面积和流情节从马克·泰勒(代码)。

• 模块和上位的例子。

• 根在geneToModule要求删除。

• 更多的测试(重组)

• Miscell。文档和装饰图案的改进和错误修正。

• 添加mutationPropGrowth作为参数。

• 一些小的bug修复和额外的检查用户错误。

的变化版本2.1.6 (2016-04-14):

• 适应今天的变化释放testthat (1.0.0)

2.1.5版本的变化(2016-04-09):

• 添加测试driverCounts,不依赖于OS /编译器。

2.1.4版本的变化(2016-04-09):

• 搬到手动测试依赖于OS /编译器(用于繁殖的随机数流在c++中)。

2.1.3版本的变化(2016-04-04):

• 固定在countDrivers零星的bug

2.1.2版本的变化(2016-03-27):

• 参数BNB_Algo5明确。

• 模块和上位的例子。

• 根在geneToModule要求删除。

• 更多的测试(重组)

• Miscell。改进文档和装饰图案。

更改版本2.1.1 (2016-03-07):

• 添加mutationPropGrowth作为参数。

• 堆叠面积和流情节从马克·泰勒(代码)。

• 块基因型。

• 扩大装饰图案。

OrganismDbi

的变化版本1.14.0:

修改

• 代替www.biomart.org与www.ensembl.org

• 导入“mcols”,从S4Vectors mcols < -

• 遵循名称更改为GenomicFeatures::: .set_group_names ()

• 添加biomaRt rtracklayer“建议”;在单元测试中使用/手册页

• elementLengths改名为- > elementNROWS S4Vectors

• 用requireNamespace替换需要()()

• 调整,以应对“val”- >“过滤器”GenomicFeatures重命名

• 更新单元测试,以反映新的包含数据

• 在单元测试中负载RSQLite;不再从AnnotationDbi自由::dbFileConnect

• 使用新导出的函数从AnnotationDbi select()和建筑相关注释包

PAA

1.5.1版本的变化(2015-10-20):

一般

• 没有变化。

新功能

• plotArray()的新函数。它可以用于视觉检查ProtoArrays以及监测任何预处理方法应用于数据的影响。为了支持策划ProtoArrays之前重复的聚合和模仿ProtoArrays的原始扫描图像,现在loadGPR()支持选项protoarray.aggregation =“没有”。最后,装饰图案已经更新,以描述新功能通过一个模范ProtoArray显示空间的偏见。

改进

• 没有变化。

修改

• 没有变化。

错误修复

• 以来的数据已经导入的错误已固定在PAA v1.3.3,所有的数据集与最新版本的湾区(loadGPR()和保存为RData文件。现在所有的数据集都完成了。

PanVizGenerator

的变化版本0.99.0:

• 提交给Bioconductor

• 添加装饰图案

• 添加panviz R中的方法使用的功能(而不是闪亮的)

• 使基因本体后续下载,而不是包与包

• 检查当前走建筑PanViz的可用性

Path2PPI

更改版本1.1.3:

• 上传的引用文件

1.1.2版本的变化:

• 改变维护者的电子邮件地址

• 小包装装饰图案的变化(如部分安排)

• 更新的引用

变化的1.1.1版:

• 包标题和描述的变化

• 在包装饰图案变化和额外的解释

pathview

的变化版本1.10.2:

• 固定的问题,没有节点映射当一个基因/蛋白质ID映射到多个Entrez ID(如酶IDs): id2eg与unique.map = F的电话。

1.10.1版本的变化:

• reaction2edge函数修正错误,把错误几代谢途径没有多节点反应组(例子包括00072、00100)。

Pbase

的变化版本0.11.3:

• 埃珂叫牌法和撞击替换方法< 2016-02-22我>

的变化版本0.11.2:

• 添加addPeptideFragments;有关详细信息,请参阅# 24(2016-02-07太阳)

的变化版本0.11.1:

• elementLengths改名为- > elementNROWS S4Vectors(新名称反映了真正的语义,旧的名字很快就会被弃用)[r113044 | hpages@fhcrc.org | 2016-01-29 01:22:03 + 0000(星期五,2016年1月29日)]

版本0.11.0:它的变化

• 新Bioc猛击版本

pbcmc

的变化版本0.99.5:

依赖关系

• R(> = 3.3.0)现在(多亏了瓦莱丽Oberchain)补充道。

的变化版本0.99.4:

依赖关系

• 取决于进口和名称空间库被修改后codetoolsBioC建议(多亏了瓦莱丽Oberchain)。

• cowplot用于subjectReport函数作为textGrob更新了代码。

文档

• 文档更新(由于瓦莱丽Oberchain)。

代码

• 只修改根据Bioconductor风格:@中使用访问器功能。-不requiere(.)为每一个类定义在函数原型和有效性。(由于瓦莱丽Oberchain)。

的变化版本0.99.3:

依赖关系

• BiocParallel (> = 1.3.13)已经更新为用户反馈progressbar如果verbose = TRUE置换(多亏了瓦莱丽Oberchain)。

描述

• StatisticalMethod从biocViews被移除。

的变化版本0.99.2:

依赖关系

• R (> = 3. x.y)已经更新到3.2吗

• 进口:BiocParallel已经取代了平行(由于瓦莱丽Obenchain)。

的变化版本0.99.1:

文档和代码

• 应对BiocCheck政策进行小的修改。

• RUnit测试被添加。

的变化版本0.99.0:

文档

• 新闻文件是补充道。

• 第一个功能版本

pcaExplorer

的变化版本0.99.1:

其他的笔记

• 改变了新闻的格式文件

的变化版本0.99.0:

其他的笔记

• 准备提交Bioconductor

钢琴

1.12版本的变化:

• 没有变化

的变化版本1.10.2:

文档

• 更新了装饰图案R代码,以避免错误的调用biomart穿越getBM函数。

1.10.1版本的变化:

错误修复

• 固定一个缺陷在runGSA返回错误的数字向上和向下-调控基因,GSEA方法。

podkat

1.3.1版本的变化:

• 添加缺失readVariantInfo()方法的签名“字符”,“农庄”

• 小精简的源代码readGenotypeMatrix ()

• 更正名称空间的进口

1.3.0版本版本的变化:

• 新分支Bioconductor 3.3重击

聚酯

现在1.99.3:NB函数导出

1.99.3:注意版本1.99.3在GitHub Bioconductor 1.1.0版本。

1.99.2:bug修复片段生成(最后2基地的成绩单没有测序)

pqsfinder

版本1.0.0的变化:

• 新颖的算法识别潜在的分子内G-quadruplex (G4) DNA序列中的模式。

• 支持多个缺陷G-runs像凸起或不匹配。

• 目前提供最准确的结果。

• 高度可定制的检测甚至小说G4类型在未来可能会被发现。

procoil

变化在2.0.0版本:

• 更新模型PrOCoilModel和PrOCoilModelBA训练与更新的数据和最新的方法

• 类和函数的一般设计允许多个预测每运行;,以及一个更精简、更通用的接口如何供应序列和寄存器来预测()。

• 预测和阴谋正在执行的“烤肉”包;这导致了一个主要的性能提升。

• “烤肉”的集成包还允许继承功能的热图()和访问方法,如序列(),基线(),和概要文件()

• 添加了一个安装()方法允许容易提取预测

• 本月的小例子模型文件/ / testModel.CCModel例子

• 简化/简化一些手册页

• 一些修正和更新的手册页和包的装饰图案

• knitr改变装饰图案从Sweave构建引擎

• 删除引用Git-SVN桥

pRoloc

的变化版本1.11.23:

• 新的gomarkers功能添加注释信息空间蛋白质组学数据和伴随新插曲< 2016-04-18我>

• 添加单元测试< 2016-04-20结婚> < 2016-04-21 >星期四

• 移动makeNaData2和whichNA MSnbase < 2016-04-21 >星期四

• 重命名addGoMarkers orderGoMarkers addGoAnnotations和orderGoAnnotations和所有相关的文档。装饰图案也更名为pRoloc-goannotations < 2016-04-21 >星期四

的变化版本1.11.22:

• 修复bug knntlOptimisation允许通过th矩阵与列的< 2016-04-08 >星期五

的变化版本1.11.21:

• 修复bug getParams方法=“max”< 2016-04-07 >星期四

的变化版本1.11.20:

• 更新plotDist签名支持不同类型和pch < 2016-04-05 >星期二

的变化版本1.11.19:

• 更新dunkley2006params < 2016-04-01 >星期五

• 更新dunkley2006params < 2016-04-01 >星期五

的变化版本1.11.18:

• 更新dunkley2006params < 2016-03-30 >结婚

• 更新dunkley2006params < 2016-03-30 >结婚

的变化版本1.11.17:

• 选择进口太阳< 2016-03-20 >

• 选择进口太阳< 2016-03-20 >

的变化版本1.11.16:

• 更新包启动味精< 2016-03-11 >星期五

的变化版本1.11.15:

• 澄清这一点在optim并不反映了最后的作业精度< 2016-03-01 >星期二

的变化版本1.11.14:

• 修复构建错误由于doi / url困惑< 2016-03-01 >星期二

的变化版本1.11.13:

• 新的方法参数添加到knntlOptimisation允许按吴类权重的优化和Dietterich最初的事例TL方法< 2016-02-19 >星期五

• 种子为再现性参数添加到knntlOptimisation < 2016-02-22我>

• 新部分在tl装饰图案描述准备辅助PPI数据< 2016-02-29我>

的变化版本1.11.12:

• 现在的颜色和pch setter无形返回旧值< 2016-02-17 >结婚

利用1.11.11版本的变化:

• 添加错误消息当sampleNames不同数据集之间一个MSnSetList当使用重新映射函数< 2016-02-11 >星期四

的变化版本1.11.10:

• 更新颜色手册页文档改变默认颜色< 2016-02-08我>

的变化版本1.11.9:

• 丽莎的颜色现在是默认。旧的颜色可以访问和设置与获取/ setOldcol < 2016-02-04 >星期四

的变化版本1.11.8:

• 新丽莎关口和改变默认未知坳< 2016-02-03 >结婚

• mrkVecToMat已经更新,这样列顺序反映了fcol的因素水平,而不是调用fcol独特。这种变化意味着类的顺序fcol plot2D之间现在一致和新的可视化应用程序依赖mrkVecToMat。< 2016-02-03 >结婚

的变化版本1.11.7:

• 各种无形的变化。< 2016-01-19 >星期二

的变化版本1.11.6:

• 新的classWeights函数< 2015-12-26 >坐

1.11.5版本的变化:

• highlightOnPlot支持标签= TRUE将featureNames作为标签< 2015-12-21我>

• 选择性ggplot2进口< 2015-12-21我>

• highlightOnPlot也支持向量的特征名称除了类的一个实例FeaturesOfInterest < 2015-12-21我>

的变化版本1.11.4:

• plot2D:镜子电脑即使不是阴谋,解决问题# 68 < 2015-12-18 >星期五

1.11.3版本的变化:

• 更新dunkley2006params使用plant_mart_30 < 2015-12-16 >结婚

• API的变化plot2D:绘制数据,即没有任何转换,方法可以设置为“无”(而不是通过预先计算值方法在较早的版本)。如果对象是一个MSnSet, untransformed值在试验数据绘制。如果对象是一个矩阵与坐标,然后必须通过匹配MSnSet methargs。< 2015-12-16 >结婚

的变化版本1.11.2:

• 内部使用MartInterface绕过biomart.org查询个人集市服务器停机时间< 2015-12-09 >结婚

1.11.1版本的变化:

• 新orgQuants功能和更新getPredictions < 2015-10-13 >星期二

• 反对minClassScore取代getPredictions < 2015-10-19我>

• 添加pRolocVisMethods和检查新应用pRolocGUI < 2015-10-19我>

• 新的fDataToUnknown函数< 2015-10-23 >星期五

• 新部分小插图描述readMSnSet2 < 2015-11-30我>

的变化版本1.11.0:

• Bioc猛击3.3版本

pRolocGUI

1.5.6版本的变化:

• 删除plotMat2D应用程序(关闭问题# 69)< 2016-03-11 >星期五

• 添加包启动味精< 2016-03-11 >星期五

• 从github指导用户安装最新版本

1.5.5版本的变化:

• 依赖于DT > = 0.1.40

1.5.4版本的变化:

• 替换由getStockcol getLisacol(现在丽莎的颜色;自pRoloc版本1.11.9)< 2016-02-16 >星期二

1.5.3:更正版本的变化

• 更新参考文献在装饰图案< 2016-02-09 >星期二

1.5.2版本的变化:

• 更新pca应用< 2016-01-11我>

• 更新后的小插图< 2016-01-12 >星期二

• 修复bug, pca应用更名为主要应用,删除配置文件应用< 2016-01-14 >星期四

• 新的比较应用< 2016-01-30 >坐

• 更新后的小插图< 2016-02-03 >结婚

1.5.1版本的变化:

• 新的闪亮的应用< 2015-10-12我>

• 新出现的< 2015-10-29 >星期四

• 固定缺陷分类和更新示例应用< 2015-11-09我>

版本1.5.0的变化:

• Bioc猛击3.3

ProteomicsAnnotationHubData

1.1.2版本的变化:

• 重大修改的数据准备,现在依靠简单的dcf文件作为输入和中间PAHD对象。< 2015-12-17 >星期四

• 导入阅读。表< 2016-03-29 >星期二

• 取代旋度代码RCurl: getURL < 2016-03-29 >星期二

变化的1.1.1版:

• 手动设置在.ftpfileinfo2 flInfo文件位于S3 < 2015-12-15 >星期二

1.1.0版本的变化:

• Bioc猛击3.3

ProtGenerics

v1.3.3变化:

• 出口mz < -通用的< 2015-10-19 >星期一

1.3.2版本的变化:

• 不是根据BiocGenerics < 2015-10-16 >星期五

1.3.1版本的变化:

• 添加chomatogram通用(MSnbase之前定义)< 2015-10-15 >星期四

1.3.0版本版本的变化:

• Bioc 3.3版本

pwOmics

3.1.1版本的变化:

• 包括静态共识概要文件的功能

• 包括激活/抑制边缘在动态共识网

qcmetrics

1.9.1版本的变化:

• QcMetric对象现在有一个描述插槽,和相关的访问器和替换方法< 2015-11-18 >结婚

QDNAseq

版本变化1.8.0 (2016-04-15):

释放

• Bioconductor 3.3

改进

• segmentBins estimateCorrection (), (), createBins(),和calculateBlacklist()现在支持并行计算(更多细节见小插图)

• callBins()现在也可以使用代替CGHcall达标

• binReadCounts()现在包含参数pairedEnds指定当使用paired-end数据,所以期望方差可以计算正确

• segmentBins()现在允许种子随机数生成指定的再现性

• binReadCounts()支持bam的分块处理文件

• estimateCorrection()现在也只允许纠正GC内容或mappability

错误修复

• applyfilter()和highlightFilters()现在正常工作当使用数值参数剩余

• highlightFilters()不再强调整个染色体的残余过滤器一起丢失,匹配applyfilter的行为()

• getBinAnnotations()现在允许自定义本注释通过路径加载参数,即使一个注释包已经安装

• phenodata文件与单变量现在正确处理

• calculateMappability()现在保留正确的染色体即使bigWigAverageOverBed重整秩序

• calculateBlacklist()现在正确地处理非整数染色体的名字

qpgraph

2.60版本的变化:

用户可见的变化

• 添加了一个函数的第一个版本qpPathWeight()实现路径的权值计算中描述Roverato Castelo, j . r . Soc。爵士。c:。统计,接受。

2.40版本的变化:

错误修复

• 错误修复qpPrecisionRecall()当参数refGraph是graphBAM对象。

2.20版本的变化:

用户可见的变化

• 更新“使用qpgraph估计eQTL网络”的一幕。它包括更详细的模拟说明所涉及的步骤与qpgraph eQTL网络的估计。

错误修复

• 错误修复与蜂巢情节eQTL网络的显示

QUBIC

版本1.0.0的变化:

• 第一个Bioconductor上传

R3CPET

1.4.0:更新:*固定一些进口的问题

RCyjs

的变化版本1.9.8:

错误修复

• 重大(3 x)加速。5000个节点,6000 -边缘图像传输从R Cytoscape大约20秒。

版本1.8.0的变化:

新功能

• setNodeOpacityRule,控制节点填充颜色、边框和/或标签;插入和查找模式都支持

• getNodeSize

• saveImage现在支持pdf png和svg格式

• setDefaultEdgeFontSize

• getAdjacentEdgeNames

用户可见的明显变化

• 改变方法名称:布局- > layoutNetwork版本- > pluginVersion,获得/ setPosition - > / setNodePosition

• 名称空间现在进口四个方法从图形包,有利于包开发者使用RCytoscape: edgemode, addNode, addEdge,要求由罗伯特·飞行。2021欧洲杯体育投注开户

错误修复

• 改变getNodePosition node.name.delimiter消除regex令牌,从“:。:““::”saveLayout现在有可选的第三个参数,“timestamp.in.filename”

• 固定在setNodeLabelDirect bug。现在多个节点,一个标签。

• setCenter现在投x, y CyRPC数字之前发出

ReactomePA

的变化版本1.15.6:

• 固定的问题重复的名字PATHID2NAME < 2016-04-21,清华>

的变化版本1.15.5:

• 添加maxGSSize参数< 2016-03-10,清华>

• 更新ReactomePA引文信息< 2016-02-17,结婚>

的变化版本1.15.4:

• 根据更新的剂量< 2015-12-20,太阳>

的变化版本1.15.3:

• 更新引用信息< 2015-11-24,星期二>

1.15.2版本的变化:

• 更新装饰图案< 2015-11-16,我的>

1.15.1版本的变化:

• 更新装饰图案< 2015-10-28,结婚>

收回

版本变化0.99.4 (2016-04-02):

新功能

• 增加了对大佬的支持文件,极大地提高阅读速度。

• 添加plyr进口减少内存占用一些平均计算。

• 添加另一个情节类型显示相关性平均覆盖率总结基因组区域和相应的控制参数。

• 策划的置信区间概要文件和新添加的相关情节(geom_ribbon)现在是一个选项。

• setter函数现在支持mulitple参数设置。

• 对象切片现在也表现在基因组的位置而不是只参考区域和样本。

• 停止自动宽度的热图和通过控制用户通过使用…也使用…与ggplot情节呈现。

• 移动sumStat和光滑的选项从binParams plotParams作为平滑应该重用/调整补偿对象。sumStat留在binParams用于地区装箱如基因的身体。

• 添加文档recoup_test_data

• 添加小的BAM文件测试preprocessRanges()函数。

• 更新后的小插曲。

错误修复

• 固定的错误当读取从床上阅读文件。GenomeInfoDb用于填补seqinfo GenomicRanges产生的槽。抵免Orsalia Hazapis, BSRC亚历山大·弗莱明。

• 固定的错误当地区“定制”的间隔不固定的宽度。抵免Orsalia Hazapis, BSRC亚历山大·弗莱明。

• 固定缺陷定义的热图排序。

• 固定错误档案在recoupCorrelation当使用平均值的计算/中值,而不是曲线。

更改版本0.4.0 (2016-02-02):

新功能

• 删除bigmemory / biganalytics存储是一个麻烦。

• 添加(几乎)完全补偿对象的可重用性。现在最严重的,内存和耗时的计算只需要执行一次。

• 添加切片/构造子集或收回对象列表。

• 打破了代码的整理文件。

• k - means设计功能更加灵活。

错误修复

• 固定错误颜色的曲线轮廓的单一设计情节。

版本变化0.2.0 (2016-01-28):

新功能

• 添加了一个全球采样因素减少总读和基因组区域的大小快速概述。

• 保险和档案不重新计算时只订购(k - means或其他)的变化。

• 出口kmeansDesign和removeData功能。

• 添加完整的收回的输出列表对象的可重用性。在调用使用这个对象,只有所需的元素根据输入参数的变化重新计算,节省大量的计算时间简单的策划/变更/装箱顺序。

• 减少由两个被覆盖率计算时间

• 转向bigmemory和biganalytics包处理覆盖矩阵。

• 绘图时添加样本构造子集。通过这种方式,资料计算一次,用户可以选择什么阴谋。

• 添加了一个简单的setter和getter容易操作和补偿对象的可重用性。

错误修复

• 固定在某些情节大小标题和曲线的问题

版本变化0.1.0 (2016-01-18):

新功能

• 第一个版本

regionReport

的变化版本1.5.48:

错误修复

• 固定一个bug derfinderReport()的情况下当有显著的地区但不是所有地区都有有限的地区。

的变化版本1.5.43:

用户可见的明显变化

• edgeReport()现在包括两个磨边机具体的情节:一个显示BCV,另一个显示2-dim MDS。也增加了更多的磨边机引用我之前错过了:谢谢你戈登史密斯!

的变化版本1.5.33:

新功能

• 添加了edgeReport()函数用于创建HTML或PDF报告基于磨边机的结果。一起DESeq2Report()现在regionReport支持两个最包用于RNA-seq特性分析。

的变化版本1.5.19:

新功能

• 添加的模板“templatePvalueHistogram”和“templateHistogram”使用renderReport()如果你喜欢直方图情节而不是密度的情节。

的变化版本1.5.12:

新功能

• 添加了DESeq2Report()函数用于创建HTML或PDF报告基于DESeq2结果。这也应该是有用的探索derfinder结果从表示regions-level创建方法。

用户可见的明显变化

• 添加了一个“数字”参数来控制如何圆一些数值变量在所有类型的报告。

• 添加了一个“主题”参数允许设置ggplot2主题情节。

错误修复

• 改善了PDF版本的所有报告通过隐藏代码和缩短表。还添加了一个警告开关设备为pdf输出pdf”,因为它看起来比默认的png。

1.5.6版本的变化:

用户可见的明显变化

• 转而使用rmarkdown代替knitrBootstrap作为默认引擎来创建报告。

rGREAT

v1.3.3变化:

• 文件被改善。

• 测试文件移动到测试/ testthat

1.3.2版本的变化:

• 臭虫固定背景时自备。

1.3.1版本的变化:

• 固定一个错误当基因注释的象征”

• 打印警告当伟大的警告

rhdf5

的变化版本2.16.0:

新功能

• 新访问HDF5文件的文件,处理组和数据集。HDF5组和数据集可以读和写的美元运营商(如h5f一美元)和(操作符可以用于阅读和写作部分的数据集(例如h5d [3,])。

• 新的低水平一般的库函数H5Dget_create_plist实施。

• 删除# include < R。从外部C代码H >。当前R-devel兼容最新的c编译器和

RiboProfiling

1.1.6版本的变化:

• 取代IRanges::。表,因为它不是由IRanges出口了,as.table

• motifSize countShiftReads和codonInfo只能3、6、9

• countShiftReads codonInfo,图案的大小6或9对应overalpping窗户,滑动一次1密码子

• 在countShiftReads motifSize = 6, 2 p区是第一个密码子的这意味着只有读取2 codon-motif第一密码子的统计

• 在countShiftReads motifSize = 9, 3 p区是第二个密码子的这意味着只有读3 codon-motif第二密码子的统计

• RiboProfiling改编。Rnw解释治疗图案的基码(1、2或3),而不是以前的治疗独特的密码子。

• 改变S4Vectors:: elementLengths S4Vectors:: elementNROWS riboSeqFromBAM, aroundPromoter

1.1.5版本的变化:

• 取代GenomicRanges:化验,因为它不是由GenomicRanges出口了,由SummarizedExperiment:化验,importFrom

更改版本1.1.4:

• 取代GenomicRanges:化验,因为它不是由GenomicRanges出口了,化验

更改版本1.1.3:

• “codonInfo”功能修改优化的连续图案1或2的密码子

• getCodons跑龙套,countShiftReads和codonInfo函数修改它允许看序列图案不仅对密码子核苷酸(3),但对其他大小motifSize参数被添加到这些函数来指定数量的核苷酸计算使用和覆盖率。

• 函数“readsToReadStart”取代了“readsToStartOrEnd”这个新函数集中不仅读5”(start)但也读3 '(结束)

• 在riboSeqFromBAM offsetStartEnd添加了一个参数。它指定如果偏移量计算的5或3的阅读。

1.1.2版本的变化:

• 加坡geom_abline函数

变化的1.1.1版:

• 添加RiboSeq biocViews

RnBeads

的变化版本1.3.8:

• 添加年龄预测从450 k和亚硫酸氢数据推理模块

1.3.7版本的变化:

• 二次抽样过滤报告中报告和策划甲基化值分布,以减少内存占用。

1.3.6版的变化:

• 支持Illumina公司史诗数组和相关修正

• 添加了一个白名单和黑名单的部分预处理模块

1.3.5版本的变化:

• 修复在450 k ggplot数组质量控制策划

• 添加一个选项“differential.report。网站的减少运行时跳过微分网站甲基化部分的报告

1.3.4版本的变化:

• 添加支持Illumina公司史诗数组

v1.3.3变化:

• 添加的光滑。概要rnb.plot.locus的参数。概要文件函数

1.3.2版本的变化:

• 改善性能和内存加载期间,qc和预处理的大型bisulfite-derived RnBSets

• 可选参数添加到冰毒()和covg()允许检索部分甲基化,从RnBSets覆盖率信息。特别适合大,基于磁盘的数据集。

• “disk.dump.bigff添加选项。终结器”设置为临时BigFfMat对象终结器

1.3.1版本的变化:

• 添加“删除。地区为RnBSet类”功能

• 总结。分别对每个样本地区现在总结以减少内存消耗大WGBS数据集

• import.skip.object。检查选择的同时保持低内存配置文件加载大数据集

• NA网站(filtering.missing.value.quantile)现在删除,即使他们曾戴面具(filtering.low.coverage.masking)

• 添加“nsites”方法快速提取网站的数量对于大型RnBSet对象无需检索完整的甲基化矩阵

• 添加“hasCovg”方法快速确定覆盖率信息存在于大型RnBSet对象无需检索完全覆盖矩阵

咆哮

的变化版本1.7.6:

错误修复

• 现在正确的使用只读取落在前部分方法countResults也fpkmResults RoarDatasetMultipleAPA对象。

版本是1.7.2变化:

• 新代码有效考虑超过一个单一的APA foreach基因
  • 在积极开发(手册页,小品文和单元测试更新)

• 现在测试执行testthat BUG修复

• 任何更改分类为“修复”

1.7.1上版本的变化:

新功能

• 现在gtf可以包含一个属性表示前后部分的长度在转录组。如果这是省略了基因组上的长度使用(如之前)。请注意,现在每个gtf条目(或他们)都应该拥有它。

错误修复

• 任何更改分类为“修复”

的方式

的变化版本1.99.1:

• 明确提取原始内容修复错误< 2016-04-02 >坐

的变化版本1.99.0:

• 使用REST API

的变化版本1.13.1:

• 包弃用消息< 2015-12-30 >结婚

的变化版本1.13.0:

• Bioc猛击3.3

ROntoTools

变化在2.0.0版本:

• 增加了一个新颖的途径分析方法的基础上,在每个通路基因的主要调控失衡

ropls

的变化版本1.3.20:

新功能

• “opls”现在是一个S4类:请使用访问器如“getScoreMN (oplsModel)”,而不是“oplsModel scoreMN美元”,或“getScoreMN (oplsModel orthoL = TRUE)”而不是“oplsModel orthoScoreMN美元”

• 访问器的完整列表:getLoadingMN getScoreMN, getVipVn, getWeightMN与orthoL参数(所有),除了getSummaryDF, getPcaVarVn getSubsetVi

• 请参见装饰图案和文档的例子

的变化版本1.3.19:

错误修复

• 提交新的文件

的变化版本1.3.18:

新功能

• 系数的方法重命名为“系数”

错误修复

• “methods-opls_class。R的文件重命名为“opls-methods。R”,以确保“opls”类定义之前的方法

的变化版本1.3.17:

错误修复

• 提交新的文件

的变化版本1.3.16:

错误修复

• 提交新的文件

的变化版本1.3.15:

新功能

• 切换到S4类

• 评估代谢组学工作流的装饰图案

的变化版本1.3.14:

新功能

• 情节。opls:当“parAsColFcVn”是一个特征向量,它被转换为一个因素(因此画椭圆默认情况下)

错误修复

• 情节。opls:处理显示当parEllipseL椭圆参数设置为NA(默认)

1.3.13版本的变化:

新功能

• 现在opls:不缩放选项可用

错误修复

• opls:计算矩阵的相关性(当特征的数量< = 100)

的变化版本1.3.12:

新功能

• opls:多级PLS-DA实现(PLS2方法;注释添加到小插图)默认排列数的设置为20(而不是10)预测组件用表表示,“p”(而不是“h”之前)OPLS (- da):简化“modelDF”数据帧(“旋转”行已经抑制)

错误修复

• opls: PCA模型与“圣言”和一个单独的组件

1.3.11版本的变化:

新功能

• opls: opls (- da) vipVn VIP4和orthoVipVn现在计算,描述阿,p和VIP4 Galindo-Prieto et al (2014)

• 情节。opls:面板的变化:黑色/灰色颜色为诊断和其他颜色的分数

1.3.10版本的变化:

错误修复

• 情节。opls:小虫固定(x-score标签和颜色显示的测试样品时“子集”不是零)

更改版本就开始:

新功能

• 装饰图案:小更新

的变化版本1.3.8:

新功能

• 装饰图案:“有些字的警告”部分补充道

1.3.7版本的变化:

新功能

• 装饰图案:默认的数据图。opls包括

1.3.6版的变化:

新功能

• 避免:对象大小现在显示在Mb(而不是字节);微小的修改来处理所有矩阵和数据帧(无论维度,模式,行和列名称)

• 单元测试:新的测试添加到增加测试覆盖率

1.3.5版本的变化:

新功能

• 单元测试:警告消息纠正为了让测试覆盖率Bioconductor页面显示

1.3.4版本的变化:

新功能

• 装饰图案:轻微调整默认排列数单一反应(O)请(- da)模型

v1.3.3变化:

新功能

• 装饰图案:Q2Y计算的详细解释

1.3.2版本的变化:

新功能

• 情节。opls:“plotVc”论点更名为“typeVc”类似于默认的“阴谋”功能

1.3.1版本的变化:

新功能

• opls:现在需要(数字)数据帧或矩阵作为“x”输入矩阵(而不是唯一的)

• 预测:现在需要(数字)数据帧或矩阵作为“newdata”输入矩阵(而不是唯一的)

腐烂

版本1.0.0的变化:

• 添加日志褶皱的变化输出。

• 添加默认绘制腐烂类对象

• 添加支持配对测试

• 更新后的装饰图案

• 错误修复

• 修改为Bioconductor释放

战

版本变化1.27.41 (2016-04-14):

• 函数对系统微阵列数据补充道

Rqc

1.6版本的变化:

新功能

• 支持paired-end读取补充道

用户可见的变化

• 每个文件的热图情节有所改善

Rsamtools

1.23版本的变化:

新功能

• filterBam可以过滤一个源文件到多个目的地通过提供一个向量的目标文件和FilterRules的列表。

• phred2ASCIIOffset()帮助翻译phr编码(整数或字符)ASCII补偿用于连环相撞()

错误修复

• scanBam param seqlevels时()失败早在文件不存在。

• Rsamtools。可为Windows避免空间在文件路径

Rsubread

的变化版本1.22.0:

新功能

• featureCounts()能够读取的数到250 kb。

• 一个参数juncCounts添加到featureCounts()函数来报告数RNA-seq exon-exon连接的数据。

• 一个参数nonSplitOnly添加到featureCounts()函数来计算non-split比对。

• 改进的解析gzip fastq文件一致()和subjunc()对准器。

• 改善屏幕输出和错误报告一致(),subjunc()和featureCounts ()。

RUVSeq

1.5版本的变化:

• 当数据不是整数,只抛出一个警告而不是一个错误。

• 添加一个例子RUV DESeq2。如何使用政府

• 添加量和页面引用。

S4Vectors

的变化版本0.10.0:

新功能

• 添加SelfHits类,子类的代表对象的左和右节点是相同的。

• 添加工具isSelfHit()和isRedundantHit()操作SelfHits对象。

• 添加新组类,夫妻两个平行向量。

• 头()和尾()现在在DataTable对象和表现得像一个普通的矩阵。

• 添加as.matrix.Vector ()。

• 添加“追加”Rle方法/向量(他们促进Rle)。

用户可见的明显变化

• 许多变化冲击类:取代旧的热门类必须按(点击查询)SortedByQueryHits类。
  • 一个新的热门类的打击可以在任何顺序会重新流入SortedByQueryHits的父类。——点击()构造函数得到了新的“sort.by。默认查询的论点是错误的。当sort.by。查询”设置为TRUE时,构造函数返回一个SortedByQueryHits实例,而不是实例。——支安打,SortedByQueryHits之间的双向支持胁迫。从点击到SortedByQueryHits时,按查询。——为打击对象添加“c”方法。——重命名打槽:queryHits从subjectHits - > - > queryLength - > nLnode (nb的左节点)subjectLength - > nRnode (nb的节点)——添加updateObject()方法更新序列化的打击对象从旧(queryHits / subjectHits)新(从/到)的内部表示。——点击对象的“显示”方法现在标签列从/到默认和交换机queryHits / subjectHits标签只有当对象是SortedByQueryHits对象。——新访问器提供了新槽相匹配的名字:从(),(),nLnode (), nRnode ()。 The old accessors (queryHits(), subjectHits(), queryLength(), and subjectLength()) are just aliases for the new accessors. Also countQueryHits() and countSubjectHits() are now aliases for new countLnodeHits() and countRnodeHits().

• 换位的对象现在传播元数据列。

• 重命名elementLengths () - > elementNROWS()(旧名显然是一个用词不当)。为了向后兼容旧的名字仍然工作但弃用(现在它只是一个“别名”elementNROWS ())。

• 重命名比较()- > pcompare ()。为了向后兼容旧名称仍然工作,但仅仅是一个“别名”pcompare()和弃用。

• Rle()通用的一些重构和方法:——把省略从通用的参数列表。——派遣“值”。——“值”和“长度”的论点现在有明确的默认值逻辑(0)和整数(0)。——“检查”方法没有更多的论点,但是新低级(non-exported)构造函数new_Rle(),现在应该用什么代码,需要这个功能。

• 优化构造子集的Rle对象由一个Rle下标:下标不再解码(即扩展成一个普通的向量)。这样可以减少内存的使用,使构造子集更快如它可以100 x倍或更多如果下标的长距离跑有很多(如成千上万)。

• 修改“replaceROWS”方法,以便替换元素“x”从“价值”的元数据列。看到这个帖子bioc-devel: https://stat.ethz.ch/pipermail/bioc-devel/2015-November/008319.html

• 从参数列表中删除省略的“头”和“尾巴”矢量对象的方法。

• 电脑()(并行组合)现在只返回一个列表对象如果提供的对象是一个列表对象之一,否则返回一个普通的列表。

• 矢量对象的“as.data.frame”方法现在前锋row.names的论点。

• 出口“parallelSlotNames”方法。

弃用,已经

• 反对elementLengths()赞成elementNROWS ()。新名字反映出真正的语义。

• 反对比较()赞成pcompare ()。

• BioC 3.2中被弃用后,“ifelse Rle方法现在已不存在的对象。

• 矢量对象的删除“聚合”的方法从一开始就未登记的坏主意。

错误修复

• 在“as.data.frame”方法修复2长期存在的缺陷列表对象:
  • 必须始终返回一个普通data.frame(时返回一个DataFrame use.outer。mcols '是真的),——当“x”的名字和“group_name.as。因素”是真的,返回group_name坳的水平必须相同的独特(名称(x))”(在“x”的空列表元素的名字并没有出现在“水平(group_name)”)。

• 修复和改善elementMetadata / mcols setter方法为GenomicRanges矢量对象这样的具体方法,GAlignments和GAlignmentPairs对象不再需要被移除。注意,这个变化也修复设置elementMetadata / mcols SummarizedExperiment对象与零或一个普通的数据帧,这是打破直到现在。

• 修复错误匹配,任何,Rle方法时提供“nomatch”不是NA。

• 修复findMatches Rle表()。

• 修复,DataTable-method显示所有行如果< = nhead + ntail + 1

嘘

版本变化0.99.3 (2016-02-29):

• 包添加到Bioconductor

• Bioc-submission分支与主合并

版本变化0.99.2 (2016-02-21):

• 包准备Bioconductor提交。

SeqArray

的变化版本1.11.19-1.11.22:

• 利用官方的C APIR_GetConnection ()加速文本导入和导出,要求R (> = v3.3.0);替代版本(向后兼容R_v2.15.0)也可以在github (https://github.com/zhengxwen/SeqArray/releases/tag/v1.11.18)

• ~ 4 x加速的连续版本seqVCF2GDS (),seqVCF2GDS ()可以并行运行

• 变量“注释/格式”应该是二维像的故事。

的变化版本1.11.0-1.11.18:

• 重写seqSummary ()

• 一个新的小插图文件与Rmarkdown格式(取代SeqArray-JSM2013.pdf)

• 错误修复的seqBED2GDS ()如果基因型的总数> 2 ^ 31(整数溢出)

• 修补缺陷seqMerge ()如果染色体和立场并不是唯一的

• seqStorage.Option ()重命名为seqStorageOption ()

• 新功能seqDigest ()

• seqVCF.Header ()重命名为seqVCF_Header (),seqVCF.SampID ()重命名为seqVCF_SampID ()

• seqSetFilter():“桑普。选取v1.11.12以来弃用,请使用的样本。选取的相反

• 加速阅读基因型与SSE2(+ 13%)和AVX2 (+ 23%)

• 新功能seqSystem ()

• 允许“美元剂量”seqGetData ()和seqApply ()等位基因的剂量参考

• 加速seqSetFilterChrom ()并允许选择多个区域

• 新方法\ S4method {seqSetFilter} {SeqVarGDSClass,农庄}()和\ S4method {seqSetFilter} {SeqVarGDSClass, GRangesList} ()

• ”。是“在seqApply ()允许连接的对象(创建的文件,gzfile等)

• seqSummary seldim美元(f,“基因型”)返回一个向量与3的整数倍性,#选择样本,#的变体),而不是2的整数

的变化版本1.10.0-1.10.6:

• 版本号是Bioconductor撞发布3.2版本

• 解决内存问题seqAlleleFreq ()当裁判。所有ele’ is a vector

• seqSetFilter ()允许在“桑普数值向量。选取’和‘variant.sel”

• seqSummary ()回报倍数性和参考

• seqStorage.Option ()控制/数据压缩的格式

• seqVCF2GDS ()允许提取部分的VCF文件通过“开始”和“数”

• seqMerge ()结合多个GDS文件相同的样本

• 出口与VariantAnnotation兼容的方法

• 一个新的论点”。useraw”seqGetFilter ()

• 一个新参数的允许。重复的seqOpen ()

• 修复一个缺陷在seqParallel ()(https://github.com/zhengxwen/SeqArray/issues/11)和优化其性能

• “gdsfile”可能是零seqParallel ()

SeqVarTools

的变化版本1.9.11:

• 加弗斯回归测试选项

• 错误修复refFracPlot: het明显不同于0.5绘制三角形,中间线

的变化版本1.9.10:

• duplicateDiscordance跨两个GDS文件可以计算不整合基于异质结合体/状态而不是基因型

的变化版本1.9.9:

• duplicateDiscordance跨两个GDS文件可以匹配位置或位置和等位基因,能够重新编码基因型如果th引用另一个数据集是等位基因等位基因的其他数据集

的变化版本1.9.8:

• duplicateDiscordance和alternateAlleleDetection需要SeqVarData对象;都可以在一个主题匹配。id而不是sample.id

的变化版本1.9.4:

• alleleDosage回报分别列出每个等位基因的剂量

1.9.2版本的变化:

• 补充道。变体选择duplicateDiscordance两个gds文件

sevenbridges

1.1.16版本的变化:

新功能

• 完全支持API V2,用户友好的电话

• CWL草案2 + R发生器,直接创建JSON / YAML的工具

• 5小插曲添加综合教程和参考

• 以下三个例子是本月/码头工人cwl应用例子

• 身份验证配置文件维护多个平台和用户帐户

• 适用于多个七桥支持平台

• 更多的功能,如任务钩子函数易于自动化

版本1.0.0的变化:

• 初始版本

• 小企业的所有api支持平台

• 第一个小插图添加

SGSeq

的变化版本1.6.0:

• 新装饰图案

• 添加predictVariantEffects()预测的影响带注释的蛋白质编码转录剪接变体

• SGVariants和SGVariantCounts类的变化。与以前版本的实例创建SGSeq必须更新。

• 替换函数访问分析数据有两个通用函数计算()和FPKM ()

• 支持BamFileLists样本信息

• 改变行为的注释()函数当分配基因的名字

• 改变行为的min_denominator论点analyzeVariants()和getSGVariantCounts ()。specfied最低数已达到在事件的开始或结束。

• 相邻的外显子不再导致convertToTxFeatures警告()

• 弃用遗产类TxVariants TxVariantCounts

• Bug修复和其他改进

SigCheck

2.4版本的变化:

• 改变主要情节使用log10 (p)和X轴

• 添加sigCheckPlot nolegend参数

• 添加标题sigCheckPlot参数

• 更新nkiResults数据对象。

• 部分添加到小插图解释如何从MSigDB得到签名。

sincell

1.3.1版本的变化:

• 固定错误照样IMC算法,允许细胞在同一集群联系彼此之间,而不是保持增长

SNPRelate

的变化版本1.6.0:

• 版本号是Bioconductor撞发布3.3版本

的变化版本1.5.0-1.5.2:

• 修复的问题snpgdsVCF2GDS ()如果样本。id有空白

• 错误修复的snpgdsPCASampLoading ()当输入SeqArray GDS文件

• 改善snpgdsGetGeno ()

specL

的变化版本1.5.10-13:

用户UNVISIBLE更改

• 添加specLSet类支持cdsw方法

• 改变Rmd5装饰图案风格

• cdsw添加测试用例

• 介绍新的cdsw装饰图案的方法

更改版本1.5.9之后:

用户UNVISIBLE更改

• read.biliospec添加测试用例

1.5.5版本的变化:

用户可见的变化

• 添加RT预测小插图文件

1.5.4版本的变化:

用户UNVISIBLE更改

• 改变了名称空间和阅读。3.3检查bibliospec docu避免警告

1.5.3:更正版本的变化

用户UNVISIBLE更改

• 添加sqlite文件peptideStd RData

1.5.2版本的变化:

用户UNVISIBLE更改

• 找到所有信号有两个或两个以上in-silico碎片离子。

• 只保留最近的碎片离子;如果有更多的第一

spliceSites

的变化版本1.15.0:

• 改变了功能dnaRanges和write.annDNA签名

• 进一步解释计算在装饰图案HBond BUG修复

SummarizedExperiment

的变化版本1.2.0:

新功能

• 构成了rowData”添加的参数SummarizedExperiment()构造函数。这允许用户在施工时提供行数据。

• SummarizedExperiment()构造函数和化验()setter现在都采取任何矩阵像对象只要结果SummarizedExperiment对象是有效的。

• 支持r / cbind SummarizedExperiment对象的操作与任意维度的分析(基于一个补丁皮特Hickey)。

• 添加”。无序为RangedSummarizedExperiment对象”的方法。

• 零colnames SummarizedExperiment施工期间()的支持。

• readKallisto()早期警告当文件需要的名字。

• 基地:等级()获得了一个新的关系。方法= "最后"的选项和基础::订单()一个新论点(“法”)3.3 R。因此如此“排名”和“秩序”RangedSummarizedExperiment对象的方法。

用户可见的明显变化

• 构成了rowData()再次引入访问器(在BioC defunt 3.2)作为mcols别名(),使它的首选方法访问行数据。现在有一个愉快的构成了rowData和colData对称。

• 重命名类- > SummarizedExperiment SummarizedExperiment0。

• 改进的装饰图案。

• 删除updateObject为“老”SummarizedExperiment对象()方法。

弃用,已经

• exptData()早已作古,应该使用元数据()。

错误修复

• 在“排序”的方法修复bug RangedSummarizedExperiment对象时的忽视。链= TRUE”(参数被忽视)。

• 修复bug时2 r / SummarizedExperiment cbind操作对象:- r / cbind的化验没有名字将只返回第一个元素。见https://stat.ethz.ch/pipermail/bioc-devel/2015-November/008318。html - r / cbind的化验与名字不同的顺序将停止与化验必须有相同的名称()()

• 修复方法有效性SummarizedExperiment对象报告错误的数字当关口的nb化验(x)不匹配的行nb colData (x)。

• 测定colnames()必须同意colData rownames ()

• 修复bug,化验(se withDimnames = TRUE)下降的dimnames第三和高阶维度的分析。感谢皮特Hickey捕捉这和提供一个补丁。

• 几次要构成了rowData()调整到setter与mcols使它表现一致()/ elementMetadata () setter矢量对象。

SWATH2stats

的变化版本1.1.17:

文档

• 新闻更新文件

1.1.16版本的变化:

错误修复

• 错误修复test_convert.R

1.1.15版本的变化:

文档

• 添加引用的《公共科学图书馆·SWATH2stats刊物之一

的变化版本1.1.14:

文档

• import_data:小文档的变化

• 定义几个函数的函数脚本

1.1.13版本的变化:

文档

• assess_fdr_byrun、assess_fdr_overall filter_mscore_fdr:添加句子对FFT手册页

• 小插曲:添加/更改标题

错误修复

• 描述:添加knitr表明VignetteBuilder,添加R > = 2.10.0视情况而定

1.1.12版本的变化:

新功能

• column.runid sample_annotation:删除选项。

• assess_fdr_byrun assess_fdr_overall:添加选项设置的范围与n.range策划

文档

• SWATH2stats_example_script Spyogenes数据:添加示例脚本和S。化脓性链球菌数据

1.1.11版本的变化:

新功能

• plot_correlation_between_samples:从统计进口软木函数包和重新排序y轴。

的变化版本1.1.10:

错误修复

• 罗斯福过滤测试:由于mscore4assayfdr修复bug修复

1.1.9版本的变化:

文档

• 更新装饰图案

弃用,已经

• 删除功能:filter_all_peptides

错误修复

• mscore4assayfdr: bug修复

的变化版本1.1.8:

错误修复

• 添加功能,没有更新

1.1.7版的变化:

新功能

• 添加功能:count_analytes, plot_correlation_between_samples、plot_variation plot_variation_vs_total transform_MSstats_OpenSWATH。

• filter_mscore_requant重新命名为filter_mscore_freqobs

错误修复

• sample_annotation: Bug修复,报道在不同的条件而不是文件名错误。

• assess_fdr_overall:修正水平列名称从“id”过渡到“transition_group_id”

• assess_fdr_byrun:修正水平列名称从“id”过渡到“transition_group_id”

• 情节。fdr_cube:添加na。rm = TRUE来绘制功能

1.1.6版本的变化:

错误修复

• 修正为Wolski等装饰图案的印刷错误。

1.1.5版本的变化:

错误修复

• assess_fdr_byrun Bug修复,也引入版本在同一时间。它修复问题标签在某些情况下正确运行。

更改版本1.1.4:

错误修复

• 在test_convert Bug修复。

变化的1.1.1版:

新功能

• 提高了分解()的函数,还与不同数量的数据转换/前体可以使用超过6

• 添加测试分解。R和convert4pythonscript.R

1.1.0版本的变化:

新功能

• SWATH2stats BioC 3.3的开发版本

synapter

的变化版本1.13.1:

• 更新调用nQuants MSnbase容纳变化

• 已经synapterGUI < 2016-02-29我>

的变化版本1.13.0:

• Bioc猛击3.2

TarSeqQC

1.1.6版本的变化:

代码

• 改变summaryIntervals为了让探索池水平,有用当目标涉及几个PCR测序池。

• plotAttrPerform方法补充道。这个函数产生一个ggplot图说明相对间隔和累积频率特性的属性。如果面板有几个游泳池,然后为每个池提到的图显示了结果。

1.1.2版本的变化:

代码

• buildFeaturePanel变化以减少运行时间。pileupCounts不叫,因此堆积矩阵不是建造。相反,覆盖率和其他人Rsamtools和IRanges使用方法。

• readPercentages和plotInOutFeatures方法被添加以探索实验的效率。

• biasExploration和plotMetaDataExpl添加为了执行偏差来源探索。第一个允许gc含量,特征长度或其他来源分布探索。第二个实现一个阴谋每个源的属性分配偏差四分位数或组是探索。

装饰图案

• 英语校正和整合新方法

变化的1.1.1版:

代码

• setter和初始化函数,例子中被更新,以缩短运行时间(只有互动)。由于诉Obenchain

装饰图案

• 运行时间减少使用TarSeqQC数据而不是从零开始构建myPanel示例。由于诉Obenchain

1.1.0版本的变化:

文档

• 撞后创建的所有包的版本号3.2分支

TCGAbiolinks

的变化版本1.1.26:

• 错误修复:TCGAprepare IlluminaHiSeq_miRNASeq平台没有考虑所有文件类型

的变化版本1.1.25:

• 错误修复:TCGAquery_maf错误如果只有一个表被发现。

的变化版本1.1.24:

• 错误修复:Genome_Wide_SNP_6类型参数是不工作。

的变化版本1.1.23:

• 错误修复:logFC结果从TCGAanalyze_DEA方法“glmLRT”considerent组的字母顺序排列,而migth诱导用户错误

的变化版本1.1.22:

• Bug修复:当检查数据的完整性,体现与论点头= T被读,但它应该是假的。

的变化版本1.1.21:

• 改进:TCGADownload检查数据的完整性。

的变化版本1.1.20:

• 错误修复:TCGAanalyze_Preprocessing子集是不正确的,以防有离群值。

的变化版本1.1.19:

• 错误修复:准备“IlluminaGA_DNASeq”的数据平台和TCGAquery_maf一些文件有问题。

的变化版本1.1.18:

• 更新lgg和gbm子类型信息。来源:https://doi.org/10.1016/j.cell.2015.12.028

的变化版本1.1.17:

• 将批处理信息添加到包中。batch.info对象供用户和TCGAprepare automtically summarizedExperiment对象的信息

• TCGAvisualize_starburst新参数:圆,画的圆圈的阴谋

• 数据库更新

1.1.16版本的变化:

• 错误修复:subsetByOverlaps被撤SummarizedExperiment包TCGAbiolinks不应该导入它

• 小补丁文件

• TCGAanalyze_DMR现在在cvs文件保存结果

1.1.15版本的变化:

• ggplot2 updat打破了包。一些小的修正,但函数TCGAvisualize_profilePlot不是做sjPlot还没有更新。

• 小补丁文件

的变化版本1.1.14:

• 改变TCGAvisualize_Heatmap:着色列的病人可能会给错误的结果,如果病人有多个hetamap样本。解决,我们添加了使用的可能性,我们添加了一个警告示例列如果有多个样本病人和病人列使用。

1.1.11版本的变化:

• 更新的引用

的变化版本1.1.10:

• 从IlluminaHiSeq_RNASeqV2 TCGAPrepare: bug修复bt.exon_quantification文件平台

• 数据库更新TCGAbiolinks 1.1.8

• TCGAvisualize_Heatmap现在使用的热图+包和计算z-cores

• TCGAvisualize_profilePlot组分布可视化子组的分布

• 数据库更新

• 从版本1.0:在某些情节和TCGAprepare_elmer小bug修正,改进文档。TCGAbiolinks 0.99.2——第一个版本的特性

• TCGAanalyze_DEA差异表达分析(DEA)使用磨边机的包。

• TCGAanalyze_DMR差异甲基化区域分析

• TCGAanalyze_EA浓缩的基因片段的分析去[BP、MF、CC]和途径。

• TCGAanalyze_EAcomplete富集分析基因本体论(去)[BP、MF、CC]和途径

• TCGAanalyze_Filtering过滤mRNA转录和microrna的选择一个阈值。

• TCGAanalyze_LevelTab添加相关信息度基因从DEA平均值的两个条件。

• TCGAanalyze_Normalization正常化mRNA转录并使用EDASeq microrna的包。

• TCGAanalyze_Preprocessing数组的数组强度相关(AAIC)和相关定义例外的箱线图

• TCGAanalyze_survival创造了生存分析

• TCGAanalyze_SurvivalKM生存分析(SA)单变量kaplan meier(公里)的方法。

• TCGAbiolinks样本* TCGA的下载数据

• TCGA TCGAdownload下载的数据* * TCGAquery的输出使用参考

• 从* TCGAquery TCGAintegrate过滤普遍样品平台相同的肿瘤

• TCGAinvestigate发现大多数研究TF在pubmed相关特定癌症,疾病,或组织

• TCGAprepare读取数据从三级实验和准备为下游分析为SummarizedExperiment对象。

• TCGAquery TCGA *开放获取数据的搜索还提供最新版本的文件。

• TCGAquery_clinic临床信息

• TCGAquery_clinicFilt过滤器使用临床数据样本

• TCGAquery_MatchedCoupledSampleTypes检索多种组织类型相同的病人。

• TCGAquery_samplesfilter过滤* TCGAquery的示例输出

• TCGAquery_SampleTypes检索多种组织类型不一样的病人。

• TCGAquery_Version显示摘要(版本、日期、数量的样品,尺寸数据)的所有版本的数据对于一个给定的肿瘤和平台。

• TCGAsocial发现凹口上的下载包的数量或BIOC和在网站上找到的问题(“bioconductor.org”,“biostars.org”,“stackoverflow)。

• TCGAvisualize_EAbarplot barPlot完整富集分析

• 箱线图TCGAvisualize_meanMethylation意味着甲基化

• TCGAvisualize_PCA主成分分析(PCA)的阴谋

• TCGAvisualize_starburst创建的亮光情节

• TCGAvisualize_SurvivalCoxNET生存分析与单变量Cox回归包(dnet)

TEQC

3.11.1版本的变化:

• 错误修复“reads2pairs”:当有染色体/叠连群没有任何映射读取,这些将被自动删除

TFBSTools

3.3版本的变化:

错误修复

• 适应runMEME使用meme 4.10。x版本。

• 修复run_MEME科学记数法

• MEME wrappe更好的错误处理

的变化版本1.9.4:

新功能

• 添加从IUPAC字符串转换矩阵

• toPWM, toICM PFMatrixList工作

错误修复

• 修复seqLogo错误当每个基本相同的频率在某些网站。多亏了利兹。

• 解决数据库接口处理重复JASPAR2016中的某些TFBS /丢失的记录。

• 在某些情况下修复强势形式方法失败。

tigre

的变化版本1.24.2:

错误修复

• R-3.2.4兼容性更新

的变化版本1.24.1:

错误修复

• 修复目标排名当数据没有差异

trackViewer

的变化版本1.7.9:

• 修复bug,外面传说写。

的变化版本1.7.8:

• 修复错误的文档。

• 更新棒棒糖的阴谋。

1.7.7版本的变化:

• 添加蒲公英情节功能。

的变化版本1.7.6:

• 添加对棒棒糖的传奇情节。

1.7.5版本的变化:

• 在节点中添加标记的棒棒糖。

1.7.4版本的变化:

• 更新文档。

1.7.3版本的变化:

• 棒棒糖加Y轴阴谋。

版本是1.7.2变化:

• 添加一个棒棒糖的阴谋!

1.7.1上版本的变化:

• 为优化调整字形大小风格与主题。

• 为geneModelFromTxdb添加基因符号如果可能的话。

TransView

1.15.1版本的变化:

错误修复

• 从S4Vectors代替IRanges进口

TRONCO

更改版本测试盒框:

• 新的统计数据用于模型的信心通过交叉验证例程。基于最小生成树提取的新算法。

tximport

的变化版本0.99.0:

• 准备Bioconductor包提交。

的变化版本0.0.19:

• 添加summarizeToGene爆发能够总结的步骤,所以它可以由用户在列表的转录水平矩阵产生的吗tximport与txOut = TRUE。

的变化版本0.0.18:

• 改变了观点gene2tx来tx2gene。这个顺序是更直观:成绩单与基因和匹配geneMap论点的鲑鱼和旗鱼。

Uniquorn

版本变化0.99.15 (2016-05-03):

小更新统计

• 只是小修小补数据

版本变化0.99.14 (2016-05-03):

重大更新统计

• 取代了绝对和相对截止与p核反应能量基于二项分布

版本变化0.99.13 (2016-04-08):

固定的单元测试

• 进一步更新测试套件

版本变化0.99.12 (2016-04-08):

固定的单元测试

• 更新测试套件

版本变化0.99.11 (2016-04-01):

固定的单元测试

• 在单元测试中固定的错误

版本变化0.99.10 (2016-03-30):

添加单元测试

• 添加单元测试功能

版本变化0.99.9 (2016-03-29):

改进的文档

• 小文档修正。

版本变化0.99.8 (2016-03-25):

固定的错误

• 一般错误修复。

版本变化0.99.7 (2016-03-24):

固定的错误

• 有关输出CL识别bug修复。

版本变化0.99.6 (2016-03-23):

固定的错误

• 有关数据解析CellMiner数据bug修复。

版本变化0.99.5 (2016-03-22):

固定的错误

• 固定一个错误导致错误的宇宙CLP CL突变权重的计算。

版本变化0.99.4 (2016-03-16):

添加功能

• 最少的匹配所需的突变之间的积极预测查询和训练样本现在可以手动调整identify_vcf_file的函数使用的参数“miminum_matching_mutations”

版本变化0.99.3 (2016-03-02):

固定的错误

• 固定vigniette

版本变化0.99.2 (2016-03-02):

固定的错误

• 移动消息。理查德·道金斯从‘Uniquorn’到‘Uniquorn /本月’

版本变化0.99.1 (2016-03-02):

固定的错误

• 固定的新闻节

• 固定的单元测试

• 固定装饰图案:取代了github-dependent安装biocLite安装

版本变化0.99.0 (2015-01-27):

新功能

• 识别癌症细胞系

• 显示包含哪些癌症细胞系

• 显示为选定的癌细胞突变是注释行

• 显示哪些mutaitons总体包括在内

• 解析癌症细胞系定制数据- >添加自己的样品和确认这些

variancePartition

1.1.7版的变化:

• GPL许可证

1.1.6版本的变化:

• 把包从依赖进口

• 为了清楚起见,取代= < -例子和部分地区的装饰图案

• 停止在示例集群解决错误在Windows机器上

1.1.5版本的变化:

• 停止集群解决错误在Windows机器上装饰图案

更改版本1.1.4:

• 修复Bioconductor检查错误

更改版本1.1.3:

• 添加细节装饰图案

• 修复ggplot2兼容性问题

1.1.2版本的变化:

• 添加细节装饰图案

变化的1.1.1版:

• 添加plotPercentBars()为基因的一个子集vizualize方差分数

• 添加ESS()来计算有效的样本大小

• 解决x。标签参数在plotStratifyBy ()。以前,这种说法并不正确使用

VariantAnnotation

的变化版本1.20.0:

新功能

• 添加SnpMatrixToVCF ()

• 从斯蒂芬妮Gogarten添加补丁支持“PL”genotypeToSnpMatrix ()

修改

• 移动getSeq XStringSet-method VariantAnnotation BSgenome

• 更新filterVcf装饰图案

• 删除“主”出口

• 工作readVcf (): - 5 x加速readVcf(至少在一种情况下),不使用“= =”比较列表字符(字符列表被强迫,这是昂贵的巨大的vcf)——避免relist.list ()

• 更新summarizeVariants()遵守新的SummarizedExperiment rownames要求

• 已经VRangesScanVcfParam()和restrictToSNV ()

• 使用elementNROWS()而不是elementLengths ()

• togroup (x)现在只作用于一个ManyToOneGrouping对象替换togroup (x,…)调用与togroup (PartitioningByWidth (x)…)当“x”是一个类似对象,不是ManyToOneGrouping对象。

• 有效性下降断言altDepth alt时必须NA NA有vcf在野外使用例如“*”alt,但包括深度

• 出口PLtoGP ()

• VariantAnnotation RangedData-free 100%

错误修复

• 在src / Makevars.win使用短的路径名

的变化版本1.18.0:

修改

• 已经VRangesScanVcfParam ()

• 已经restrictToSNV ()

错误修复

• scanVcf、性格,方法缺失忽略空白数据行。

• 在Windows上构建路径为C代码健壮。

VariantFiltering

1.8版本的变化:

用户可见的变化

• 改变人类的违约VariantFilteringParam()和更新文档MafDb包装上反映更新包(短)1000人基因工程的名称。

• 序列本体(所以)注释从https://github.com/The-Sequence-Ontology/SO-Ontologies已经更新到最新版本的数据可用的4月,2016年。

• 分析方法(autosomalDominant()等)现在接受一个参数称为“svparam”需要一个对象由“ScanVcfParam()函数从VariantAnnotation包。这允许一个用参数表示的VCF读取文件。例如,如果一个人想分析一组特定的基因组范围。

• 分析方法(autosomalDominant()等)现在接受一个参数称为“使用”,允许用户选择其中三个简单的策略来处理缺失的基因型。进一步的信息,请参阅相应的帮助页面。

• 没有消息从AnnotationDbi:: select()方法给出了1:1,1:许多或:1当抓取注释结果。

错误修复

• 几个修正包括处理transcript-centric注释锚定在运用基因标识,避免查询一个人类列在处理人类以外的生物时,正确地识别影响个人在常染色体隐性杂合的分析。

• 添加方法来处理新的ExAC MafDb包,支持用户查询等位基因频率的位置。

wavClusteR

的变化版本2.5.0:

• 固定在plotSubstitutions bug。感兴趣的过渡类型不正确地强调了在某些情况下。感谢夏洛特Sonenson指出这一点。

• 装饰图案迁移到Rmarkdown。

xcms

的变化版本1.47.3:

• 在单元测试中禁用并行处理导致超时BioC构建机器上

的变化版本1.47.2:

错误修复

• 解决问题在getEIC xcmsSet对象由阿兰。史密斯在问题# 7,并添加一个RUnit测试用例来测试(测试。在runit.getEIC.R翻译)。

• 改变了一些不必要的警告消息。

用户可见的变化

• 在单元测试中禁用并行处理*迁移从ncdf - > ncdf4依赖性

自上次发布包删除

没有从发布包。

17包标记为过时,在下一个版本中被删除。

一个包,sevenbridges sbgr,改名为。

弃用的包:

• AffyTiling
• caFlowQ
• cellHTS
• DASiR
• DAVIDQuery
• GenoView
• inSilicoDb
• inSilicoMerging
• jmosaics
• metaX
• MMDiff
• neaGUI
• Rolexa
• RWebServices
• SJava
• SomatiCA
• 铲