2015年10月14日

Bioconductors:

我们很高兴宣布Bioconductor 3.2,包含1104个软件包,257包,实验数据和917年最新的注释包。

有80个新的软件包,许多更新和改进现有的包;Bioconductor 3.2兼容3.2 R,并支持Linux上,32位和64位Windows, Mac OS x这个版本包括一个Bioconductor更新Amazon Machine Image和码头工人的容器。

访问//www.andersvercelli.com对细节和下载。

内容

• 开始使用Bioconductor 3.2
• 新的软件包
• 新闻从新的和现有的包
• 包从Bioconductor自上次发布

开始使用Bioconductor 3.2

更新或安装Bioconductor 3.2:

1. 安装3.2 R。Bioconductor 3.2设计明确了这个版本的R。

2. 按照说明在//www.andersvercelli.com/install/。

新的软件包

有80个新的Bioconductor包在这个版本。

ABAEnrichment -包ABAEnrichment旨在测试进行浓缩的一组用户定义的候选基因的表达基因在不同的大脑区域。核心功能的aba_enrich集成了候选基因的表达(平均在捐助者)和大脑的结构信息使用本体,艾伦大脑图集所提供的项目。“aba_enrich”本体浓缩软件接口函数执行统计分析。这个包中提供额外的功能像‘get_expression’和‘plot_expression促进探索表达数据。

acde——这个包提供了一种多变量推理分析方法检测差异表达基因在基因表达数据。它使用人工组件,接近数据的主成分,但准确的解读差异基因表达,识别差异表达基因在控制错误发现率(罗斯福)。描述的方法在这个包的装饰图案或文章的多元方法推理识别差异表达基因在基因表达实验的j·p·阿科斯塔,l . Lopez-Kleine和s·雷斯特雷波(2015年,即将出版)。

AnnotationHubData——这些食谱将各种和越来越多的公共科学数据集轻松使用标准Bioconductor数据结构。

BBCAnalyzer——BBCAnalyzer是可视化的包数量相对或绝对的基地,删除和插入在职位序列比对数据定义为bam文件相比,参考基地。标记的相对基本频率,平均质量检测基地,已知的突变和多态性变异叫另外的数据可能被包括在情节。

biobroom——这包包含转换标准对象由生物信息学方法包,尤其是Bioconductor,将他们整理数据。因此作为补充扫帚包,并遵循相同的整洁,增加反光整理分工方法。整理数据便于重组,重塑和可视化生物信息学分析。

caOmicsV——caOmicsV包提供了可视化的方法将高维癌症基因组学数据包括患者信息,基因表达、DNA甲基化DNA拷贝数变化,SNP /变异矩阵布局或网络布局。

生物网络CausalR——因果推理算法,包括预测,得分,假定值计算和排名

ChIPComp——ChIPComp检测不同绑定锋利的结合位点跨多个条件考虑匹配控制。

CNPBayes——贝叶斯分层混合模型对批处理效果和拷贝数。

CNVPanelizer——这种方法允许使用未匹配正常组织样本的集合。我们的方法使用一个非参数引导二次抽样可用的参考样本估计的分布从目标序列读取计数。受随机森林,这是结合过程次级样本相关的扩增子的每个目标基因。获得的信息使我们能够可靠地基因的拷贝数畸变程度进行分类。

DAPAR——这个包包含一组函数可视化和蛋白质组数据的统计分析。

DChIPRep——DChIPRep包实现了一个方法来评估差异染色质的修改配置文件复制ChIP-Seq研究中描述Chabbert等——http://www.dx.doi.org/10.15252/msb.20145776。

需求,需求预测药物恐鸟到审问和少量细胞与上下文相关的监管网络(N > = 6) compound-induced基因表达特征,阐明特定的蛋白质相互作用网络中特异表达的化合物。

命运——创建和情节扩散地图

DiffLogo——DiffLogo是一个易于使用的工具来可视化主题差异。

DNABarcodes——包提供了一个函数来创建DNA条形码集能够纠正插入,删除,替换错误。现有的条形码可以分析关于最小,最大和平均距离条形码。最后,读,开始(可能突变)条形码可以去复用,即。原始参考条形码,分配给他们。

dupRadar——重复率RNA-Seq数据集的质量控制。

埃尔默-埃尔默旨在使用DNA甲基化和基因表达从大量样本中infere监管元素在主要景观和转录因子网络组织。

EnrichedHeatmap纯度的热图是一种特殊类型的热图浓缩的可视化基因信号在特定目标区域。在这里我们实现丰富的热图ComplexHeatmap包。因为这种类型的热图只是一个正常的热图但通过一些特殊的设置,与ComplexHeatmap的功能,这将是更容易定制的热图以及连接的列表的热图显示不同数据源之间的协调。

erma——软件和数据来支持外遗传性路线图冒险。

eudysbiome——eudysbiome一揽子许可注释微分属有害/无害的基于他们的能力有助于宿主疾病(如表示在文学)或未知的基于模糊属的分类。此外,包统计措施eubiotic(无害的属增加或减少有害属)或dysbiotic(无害的属减少或增加有害属)给定治疗或环境变化的影响(gut-intestinal GI)微生物的微生物相比,参考条件。

(fCI) - f-divergence截止指数,在转录组和蛋白质组学数据,找到度和识别度的分布计算的区别fold-changes control-control和剩余(non-differential)病例对照基因表达率数据。与现有方法相比fCI提供了几个优势。

FindMyFriends——框架做微生物比较基因组学在r包的主要目的是协助创建pangenome矩阵来自相关的有机体的基因按相似性分组,以及对这些数据的分析。FindMyFriends提供了许多新方法做pangenome分析和支持一个基因尺度线性分组算法,从而使创造巨大pangenomes可行。

gcatest——GCAT是全基因组关联研究的联想测验控制下的人口结构特征的一般类。模型。

GeneBreak -复发断点基因检测拷贝数差谱。

genotypeeval——需要gVCF或VCF和报告指标来评估质量的电话。

GEOsearch——GEOsearch是一个可扩展的搜索引擎NCBI地理(基因表达综合)。而不是直接搜索术语,GEOsearch可以找到所有的基因名称中包含搜索词和搜索所有基因的别名名称同时在地理数据库。GEOsearch还提供了其他功能,如总结常见的生物学关键字在搜索结果中。

GUIDEseq -包实现GUIDE-seq分析工作流包括函数获取独特的乳沟事件,估计乳沟站点的位置,即,山峰,合并估计解理+和-链网站,并进行了目标搜索扩展区域的乳沟网站。

吉他的包是专为可视化RNA-related基因组特性对RNA转录的地标,例如转录起始站点,起始密码子,终止密码子和转录终止网站。

hierGWAS——测试单个snp,以及任意大批snp在GWA研究中,使用一个联合模型的snp。弗兰克-威廉姆斯控制的方法,并提供了一个自动的,数据驱动的细化的SNP集群,以较小的团体或单一标记。

HilbertCurve——希尔伯特曲线是一种空间曲线折叠一维轴成一个二维空间,但仍然保持位置。这个计划的目的是提供一个简单的和灵活的方法来可视化数据通过希尔伯特曲线。

iCheck - QC管道和高维数据分析工具Illumina公司mRNA表达数据。

iGC——这个包的目的是识别差异表达基因的拷贝数变化与基因表达和CNA数据样本。

Imetagene——这个包提供一个图形用户界面metagene包。这将允许人们以最小的R体验轻松完成metagene分析。

检查-检查(推理合成、加工、降解率在时间进程实验)分析4 su-seq RNA-seq时间进程的数据以评估合成、加工和降解率通过建模和驴的利率决定成熟的mRNA水平变化。

电离,电离为牛津纳米孔的质量评估提供了工具的奴才数据。它从一组fast5文件提取摘要统计信息并可以使用之前或之后调用。除了标准的总结read-types产生,它提供了一个想象的土地数量指标相对于实验运行时间或空间flowcell表面。

ldblock——为群体连锁不平衡措施定义数据结构。

LedPred——这个包旨在创建一个管理序列的预测模型用于评分未知的DNA序列基于内容的主题,下一代测序(上天)高峰和信号和其他数值序列的分数用监督分类。包包含一个工作流基于支持向量机(SVM)算法映射功能序列,优化支持向量机参数和特征数量和创建一个模型,可以存储并用于未知序列的管理潜力。

lfa - lfa是主成分分析的方法模拟二项数据通过估计潜在的结构在自然参数。

罗拉-提供功能测试集重叠的基因组区域与公众和自定义区域设置(基因组范围)数据库。这让可以做自动浓缩分析基因组区域集,从而促进的解释功能基因组和表观基因组学数据。

餐包集成甲基化和表达数据。它还可以执行甲基化或单独表达分析。包括若干绘图功能以及基于冗余的一个新区域分析分析。单核苷酸多态性对一个地区的影响也可以估计。

metagenomeFeatures——metagenomeFeatures开发用于探索标志基因的分类注释宏基因组序列数据集。包可以用来探索标志基因的分类组成数据库或注释从标志基因序列metagenome实验。

metaX——包提供了一个综合管道质量spectrometry-based代谢组数据分析。它包括阶段峰值检测、数据预处理、标准化,缺失值归责,单变量统计分析,多元统计分析,如PCA和PLS-DA,代谢物识别、路径分析、动力分析、特征选择和建模,数据质量评估。

miRcomp——基于大型microrna的稀释的一项研究中,这个包提供了工具来读取原始放大数据和使用这些数据来评估性能的方法,估计从放大曲线表达式。

mirIntegrator——工具增加信号通路进行路径分析的微rna和信使rna表达水平。

miRLAB——提供工具探索miRNA-mRNA关系,包括流行的microrna的目标预测方法、整体集成单个方法的方法,功能从网络资源获取数据,进行功能验证的结果,和功能富集分析。

motifbreakR——我们介绍motifbreakR,它允许生物学家首先判断是否周围的序列多态性是很好的搭配,其次多少信息是获得或丢失在一个相对于另一个等位基因的多态性。MotifbreakR既灵活和可扩展先前的产品;给予一个选择算法的审讯的基因组从公共资源,用户可以选择图案;这些是1)加权和的概率矩阵,2)log-probabilities, 3)加权的相对熵。MotifbreakR可以预测影响小说或前所述变体在公共数据库,使其适合任务超出了原设计的范围。最后,它可以用来询问任何基因组内策划Bioconductor(目前有22)。

myvariant MyVariant.info是一个综合变量注释资源的聚合。myvariant是查询MyVariant.info包装服务

NanoStringDiff——这个包利用广义线性模型(GLM)负二项家族的描述统计数据和允许多因素设计。NanoStrongDiff合并规模因素,计算出积极的控制和管理控制,和背景水平,从消极的控制,获得的模型框架,使所有提供的标准化信息NanoString nCounter分析仪是充分的利用。

OGSA - OGSA全球估计提供了一种途径放松管制的癌症亚型通过集成的意义估计个人通路成员发现了异常值分析。

OperaMate——OperaMate R是一个灵活的包处理生成的数据PerkinElmer歌剧高内容筛选系统。功能包括数据导入、标准化和质量控制、碰撞检测和功能分析。

Oscope——Oscope统计管道开发识别和恢复基本周期的振荡基因在非同步单细胞RNA-seq实验。Oscope管道包括三个模块:一个正弦模型模块搜索候选人振荡器对;K-medoids集群模块集群候选人振荡器组;和一个扩展的插入模块恢复基本周期为每个振荡器组。

Path2PPI——包来预测途径具体(PPI)网络目标生物体蛋白质间交互作用的质子泵抑制剂只有一个视图的信息是可用的。Path2PPI使用质子泵抑制剂的兴趣从其他的途径建立生物模型预测某种途径在目标生物。Path2PPI只取决于相关蛋白质的序列相似性。

pathVar——这包包含功能找到途径有明显不同的变化比参考基因集。它也发现了重要的类别从这个通道,每个类别是一个集群的基因。基因分为集群级别的可变性。

PGA——这个包提供了构建定制的功能蛋白质数据库基于RNA-Seq数据、数据库搜索、后处理和报告生成。这种定制的蛋白质数据库包括参考数据库(如Refseq或运用)和小说肽序列形式RNA-Seq数据。

奖——无数的高通量研究经常产生大量感兴趣的基因和蛋白质。虽然很难研究和验证。层次分析法(AHP)提供了一个新颖的方法来缩小长名单的候选人优先考虑他们基于如何实现研究目标。层次分析法是一种数学技术组织和分析复杂的决策,涉及多个标准。技术结构元素的层次结构问题,并帮助指定数值代表每个元素的相对重要性权重。数值体重或优先来自每个元素允许用户找到最适合他们的目标选择和他们对问题的理解。

Prostar DAPAR——这个包提供了一个GUI界面。

ProteomicsAnnotationHubData——这些食谱将各种和越来越多的公共蛋白质组学数据集轻松使用标准Bioconductor数据结构。

RareVariantVis——基因变异可以使用许多分析和可视化工具。不幸的是,许多工具为全球审讯的变体是有限的。包RareVariantVis旨在提供基因组变异(尤其是罕见)在全球,每条染色体。可视化是表现在两个方面——标准输出png数据和交互,使用JavaScript d3包。交互式可视化允许分析三/家庭数据,例如在寻找致病变种罕见的孟德尔疾病。

rCGH——综合管道分析和交互可视化基因生成配置文件通过安捷伦和Affymetrix微阵列。作为输入,rCGH支持安捷伦既特征提取文件(. txt),从44到400 k, Affymetrix SNP6.0和cytoScan probeset。txt, cychp。txt和cnchp。txt文件,从底盘或Affymetrix出口电动工具。这个包接管基因组概要分析所需的所有步骤,从阅读的文件分割和基因注释,并提供一些可视化功能(静态或互动),便于资料的解释。输入文件可以在压缩格式,例如bz2或. gz和。

RCy3 Vizualize,分析和探索图形、连接R Cytoscape > = 3.2.1之上。

RiboProfiling——从BAM文件开始,这个包的质量评估提供了必要的功能,阅读起始位置校准,读取cd上的计算,3 'utr和5 'utr,策划的统计数据:对,日志叠化,密码子频率和覆盖评估,主成分分析在密码子覆盖。

rnaseqcomp——一些定量和可视化RNA-seq量化的标准管道。Two-replicate量化为基因,成绩单、连接或与nessasery每个管道外显子的元信息应organizd数字矩阵以进行评估。

ropls——潜变量建模与主成分分析(PCA)和偏最小二乘(PLS)强大的可视化方法,回归,分类,特征选择的组学数据变量的数量超过了样本的数量和变量之间的多重共线性。正交偏最小二乘(OPLS)允许单独模型变化(预测)感兴趣的因素相关和不相关的(正交)的变化。请在执行类似,OPLS有助于解释。这些化学计量学技术成功的应用包括光谱数据,如拉曼光谱、核磁共振(NMR)、质谱(MS)在代谢组学和蛋白质组学,而且转录组数据。除了分数外,载荷重量块,包提供度量和图形来确定最优数量的组件(如R2和Q2系数),检查模型的有效性通过排列测试,检测异常值,并进行特征选择(如变量投影重要性或回归系数)。包可以通过用户界面访问Workflow4Metabolomics.org的在线资源计算代谢组学(建立在银河系环境)。

TCGA RTCGA癌症基因组图谱()数据门户为研究人员提供了一个平台搜索,下载,并分析TCGA生成的数据集。它包含临床信息、基因组特征数据和高级别肿瘤基因组的序列分析。关键是要理解基因组学来提高癌症治疗。RTCGA包提供下载和集成TCGA的种类和体积数据使用的病人条码键,使数据更容易拥有什么。这可能有benefcial影响对科学发展的影响和改善病人的治疗。此外,TCGA RTCGA包转换数据整理表单,方便使用。

RTCGAToolbox——管理数据等大型项目的癌症基因组图谱(TCGA)进一步分析是一个重要的研究项目和耗时的步骤。TCGA等努力,消防带项目,通过web服务和数据预处理数据公开门户网站,但它需要管理,为以下步骤下载并准备数据。我们开发了一个开源的和可扩展的基于R消防带预处理的数据端数据和证明其使用样本案例研究。结果表明,RTCGAToolbox可以提高数据管理TCGA研究人员感兴趣的数据。此外,它可以结合其他分析管道进行数据分析。

sbgr - R客户七桥基因组API。

环保总局-鉴于单细胞RNA-seq数据和真实实验时间的细胞或细胞伪时间排序,环保总局为用户提供了方便的功能分配基因等不同的基因表达模式不变,单调递增和增加然后减少。环保总局然后执行富集分析去分析基因的功能角色相同或相似的模式。

SICtools -这个包是找到SNV / Indel附近两个bam文件之间的差异与关系的一种方式两两比较thourgh每个基地位置在感兴趣的基因组区域。费舍尔的区别是推断测试和欧几里得距离,输入的是基地数(A、T、G、C)在一个特定的位置和读计数indels跨不少于2 bp indel两岸地区。

SISPA——样本(SISPA)是一个集成的基因集分析方法用来定义样本组具有相似基因集富集概要。

SNPhood——到目前为止,成千上万的单核苷酸多态性(snp)发现与复杂的特征和疾病相关。然而,绝大多数的这些变异单核苷酸多态性位于非编码基因的一部分,并可能会影响监管元素,如增强剂和推动者,而不是一个蛋白质的功能。因此,了解遗传性状的分子机制和疾病,研究变得日益重要的影响SNP在附近分子特征如染色质环境或转录因子(TF)绑定。朝着这一目标,我们开发了SNPhood,用户友好性BioconductorR包调查和可视化的本地社区的一组感兴趣的snp门店数据如染色质标记或转录因子结合位点ChIP-Seq或RNA-Seq实验。SNPhood由一组易于使用的函数提取、规范化和总结阅读基因组区域,执行各种数据质量检查,正常使用额外的输入文件,读取计算集群和可视化区域根据绑定模式。周围的地区每个SNP可以被用户定义的方式,允许广泛的分析模式以及特定绑定的详细调查的形状。此外,SNPhood支持与基因型信息集成研究和可视化genotype-specific绑定模式。最后,SNPhood可以用于确定,调查,和可视化allele-specific绑定模式感兴趣的snp。

subSeq -二次抽样的高通量测序计数数据用于实验设计和分析。

SummarizedExperiment SummarizedExperiment容器包含一个或多个化验,每个由一个矩阵像表示对象的数字或其他模式。行通常代表基因组范围的利益和列代表样本。

SWATH2stats——这个包是为了片OpenSWATH软件的数据转换成可读的格式由其他统计软件包在执行过滤、注释和罗斯福评估。

synlet——从合成致命的RNAi选择点击屏幕上的数据。例如,有两个相同的celllines除了一个基因在一个cellline拆装的。利息是找到基因导致更强的致命效果时拆装的进一步的核。质量控制和实现各种可视化工具。四种不同算法可以用来拿起有趣的支安打。这个包的目的是基于384口井盘子,但可能适用于其他平台通过适当的配置。

TarSeqQC - r的针对性实验方案允许表示这是基于当前包和合并功能做一个质量控制这类实验和测序的快速勘探地区。生成一个xlsx文件作为输出。

TCGAbiolinks - TCGAbiolinks的目的是:1)TCGA促进开放获取的数据检索,ii)使用适当的准备数据预处理策略,3)提供的方法进行不同标准的分析和iv)允许用户下载一个特定版本的数据,从而容易繁殖早期的研究结果。详细,包提供了多种方法进行分析(如微分表达式的分析,识别差异甲基化区域)和可视化的方法(例如,生存的阴谋,火山情节,亮光情节)为了方便开发完整的分析管道。

tra利用- tra利用执行GWAS trait-associated SNP浓缩在基因组分析间隔使用不同的假设检验方法,还提供了各种功能探索和可视化结果。

variancePartition——量化和解释多个源和生物技术基因表达的变化实验。利用线性混合模型来量化基因表达的变化归因于个人,组织,时间点,或技术变量。

XBSeq,我们开发了一种新的算法,XBSeq,建立了统计模型基于假设观测信号是真实表达信号的卷积和测序的声音。映射读取non-exonic地区是测序的噪音,它遵循泊松分布。鉴于从RNA-seq数据可以衡量的观察和噪音信号,真实表达信号,假如由负二项分布,可以划定,因此差异表达基因的准确检测。

新闻从新的和现有的包

包维护人员可以添加新闻文件描述更改包自上次发布。以下包消息是可用的:

acde

的变化版本0.99.0:

新功能

• 第一次提交Bioc-devel

ADaCGH2

版本变化2.9.3 (2015-05-30):

• 需要固定的注意(开罗)。

• 固定失败ffbase而不是出口min.ff和max.ff的变化

2.9.2版本的变化(2015-05-07):

• 在引用删除错误的{}。

2.9.1版本的变化(2015-04-30):

• 添加了引用文件(没有上传到svn回购)

• 在pSegement.Rd中添加一个引用

affxparser

版本变化1.41.7 (2015-09-14):

• 鲁棒性:明确进口核心R功能。

版本变化1.41.6 (2015-07-29):

• 更新的BiocViews字段描述。

版本变化1.41.5 (2015-06-17):

• 新的维护者地址(在各个领域)。

版本变化1.41.4 (2015-05-26):

• 新的维护者地址。

版本变化1.41.3 (2015-05-13):

• 可用性:删除GNU提供的要求。

版本变化1.41.2 (2015-05-05):

• 错误修复/鲁棒性:readCelHeader()和readCel()核心转储R / affxparser如果试图读取多渠道玻璃纸文件(问题# 16)。现在生成一个错误。多渠道玻璃纸文件(例如公理)由affxparser不支持。感谢凯文·迈克劳林(美国劳伦斯利弗莫尔国家实验室)报告。

• 错误修复/鲁棒性:readCelHeader()和readCel()腐败的玻璃纸可以核心转储文件R / affparser(问题# 13 & # 15)。现在生成一个错误。由于Benilton卡瓦略(大学Estadual德坎皮纳斯,圣保罗,巴西)和马尔特俾斯麦(马丁·路德大学Halle-Wittenberg)报告。

版本变化1.41.1 (2015-04-25):

• 内存错误:本机函数R_affx_GetCHPEntries()和R_affx_ReadCHP()不平衡保护()/解除()。此外,本机R_affx_GetCHPGenotypingResults()有两个non-PROTECT (): ed的用法mkString ()。感谢东北大学托马斯Kalibera报告。

版本变化1.41.0 (2015-04-16):

• 版本号是撞Bioconductor猛击版本,目前BioC v3.2 R (> = 3.3.0)。

AllelicImbalance

版本1.8.0的变化:

新功能

• 基因型访问器需要参考和替代等位基因的信息

• 基因型setter需要参考等位基因的信息

• 参考分数现在通过分数(ASEset top.allele.criteria =“ref”)

• 为一种更健壮的性能单元测试目前覆盖最重要的计算,如如分数,具体计算频率、总结,mapbias和阶段。

注释

1.47版本的变化:

已经

• probesByLL现已倒闭;使用AnnotationDbi:: select ()。

• blastSequences支持多个序列查询;使用= " data.frame”输出。

• 改善blastSequences策略检索结果,查询相应的API状态每10秒后初始估计的处理时间。

AnnotationDbi

1.31版本的变化:

新特性和API的变化

• 列()和keytypes()的返回值。

• ls()在Bimap选项返回键()ed顺序排序,默认情况下* *

  • 1.30。x系列新闻* * *

AnnotationHub

的变化版本2.1.26:

用户可见的明显变化

• seqinfo(农庄组织)支持的所有基因组GenomeInfoDb现在包含seqlengths。

AnnotationHubData

版本1.0.0的变化:

错误修复

• 在Windows上运用食谱发现gtf文件。

的变化版本0.0.214:

新功能

• 增加了vcf文件从以下对人类基因组的构建“human_9606 / vcf clinical_vcf_set /”,“human_9606_b141_GRCh37p13 / vcf /”,“human_9606_b142_GRCh37p13 / vcf /”,“human_9606_b142_GRCh37p13 / vcf clinical_vcf_set /”

• 为每个基因组构建,可用,以下VCF all.vcf文件格式是可用的)。广州all_papu.vcf b)。广州common_all.vcf c)。广州clinvar.vcf d)。广州e) clinvar_papu f) common_and_clinical common_no_known_medical_impact g)

• 的用户可以参考http://www.ncbi.nlm.nih.gov/variation/docs/human_variation_vcf/ VCF文件类型格式

antiProfiles

1.9.1版本的变化:

• 添加消息文件

• 添加代码来计算表达式从而minelik变化测量,NAR 2014 et al。

aroma.light

版本变化2.99.0 (2015-10-06):

• 没有变化。

舞会礼服

2.1.1版本的变化:

• 在texpr bug修复,eexpr iexpr, gexpr方法;他们不再与single-replicate对象崩溃

• 小的文档说明

BaseSpaceR

biobroom

版本1.0.0的变化:

• 整理方法DESeq2 limma,磨边机,qvalue和MSnSet对象。

BiocInstaller

的变化版本1.20.0:

错误修复

• 当调用update.packages biocLite()使用lib.loc

BiocStyle

版本1.8.0的变化:

• R为Bioconductor减价模板HTML和PDF文档

• 建议“rmarkdown”作为默认引擎.Rmd文档

• 简化使用“rmarkdown”——不需要包括一个独立的代码块调用“BiocStyle::减价”了

• 功能促进包容.Rmd文档编译日期和包版本的文档标题

biocViews

的变化版本1.37.2:

新功能

• 添加新函数recommendPackages寻找包与一组biocViews标记。

BrowserViz

的变化版本1.9.8:

错误修复

• 重大(3 x)加速。5000个节点,6000 -边缘图像传输从R Cytoscape大约20秒。

bsseq

1.5版本的变化:

• 新功能strandCollapse unstranded正向和反向链数据崩溃。

• 更新read.bismark()来支持胞嘧啶报告文件;支持两种格式。其他一些小更新(主要是内部)read.bismark ()。大大提高了文档的功能,特别重视俾斯麦的文件格式版本之间的差异。

相机

的变化版本1.25.3:

错误修复

• 解决并行处理与雪

的变化版本1.25.2:

用户可见的变化

• 禁用Rmpi支持和在Windows上使用

的变化版本1.25.1:

错误修复

• 修复igraph导入的方法,因为它还导出一组函数。解决了错误”错误x美元会员:美元运营商没有定义这个S4类”

红衣主教

1.1.0版本的变化:

错误修复

• 固定错误格式化m / z标签影响R 3.2.2

• 删除依赖“字段”,因为“地图”坏了窗户

ChIPpeakAnno

3.3.8版本的变化:

• 更新的文档

3.3.7版本的变化:

修正错误

• 解决这个问题在创建linux平台的小插曲。

3.3.6版本的变化:

新功能

• 添加新函数featureAlignedSignal、featureAlignedDistribution featureAlignedHeatmap pie1

• 添加新的数据集热。斑点,wgEncodeTfbsV3

• 更新annoGR类

• 更新小插曲

3.3.5版本的变化:

新功能

• 删除所有RangedData

• 添加annoGR类

• 更新小插曲

3.3.4版本的变化:

新功能

• 从MACS2 toGRanges narrowPeak。

• 由reagioneR计算重叠峰的p值

• 更新文档

3.3.3版本的变化:

新功能

• mergePlusMinusPeaks

3.3.2版本的变化:

新功能

• 更新引用

3.3.1版本的变化:

新功能

• 添加新的引用

ChIPseeker

的变化版本1.5.11:

• 删除省略参数enrichPeakOverlap功能和扩展它来支持农庄对象< 2015-10-08,清华> +见https://support.bioconductor.org/p/73069/

• 固定问题,https://github.com/GuangchuangYu/ChIPseeker/issues/13 < 2015-10-05,我的>

• 更新地理信息,现在包含< 2015-09-24,清华> > 18000床文件信息

的变化版本1.5.10:

• dropAnno函数,例如。把最近的基因注释,远离TSS (> 10 k)。< 2015-09-17,清华> +见https://github.com/GuangchuangYu/ChIPseeker/issues/9 +添加参数distanceToTSS_cutoff enrichAnnoOverlap

• 使用基础::plotDistToTSS代替构造子集数据子集内geom_bar < 2015-09-17,清华> +见https://github.com/hadley/ggplot2/issues/1295 +子集参数层将被删除ggplot2的下一版本。

更改版本1.5.9之后:

• 错误的固定enrichAnnoOverlap < 2015-08-26,结婚>

• 改变参数的顺序。矩阵的顺序。通过in upsetplot to meet the change of UpSetR pkg <2015-08-26, Wed>

的变化版本1.5.8:

• 更好的实现getFirstHitIndex。< 2015-07-29,结婚> +由Herve页面。+见https://support.bioconductor.org/p/70432/ # 70545。

1.5.7版本的变化:

• 添加vennpie参数在upsetplot < 2015-07-20,我的>

• < 2015-07-20,星期一> csAnno upsetplot函数对象

1.5.6版本的变化:

• 更新引用信息< 2015-07-09,清华>

• 床的床上文件+ 1转变坐标系从0开始< 2015-07-07,星期二>

1.5.5版本的变化:

• seq2gene基因组区域与基因的多对多映射。< 2015-06-29,我的>

1.5.4版本的变化:

• 添加pseudocount enrichPeakOverlap防止0 pvalue < 2015-05-22,星期五>

1.5.3:更正版本的变化

• 限制型心肌病格式转换的小插图Rnw < 2015-05-17,太阳>

1.5.1版本的变化:

• 小虫固定在getChrCov < 2015-04-27,我的>

ClassifyR

更改版本1.4.0:

• 加权投票模式,使用一个观测距离最近的类的交叉点密度补充道。

• 包括Bartlett测试选择函数。

• 新的类SelectResult。rankPlot selectionPlot可以另外处理SelectResult对象的列表。现在所有特征选择函数返回一个SelectResult对象或列表让你参考。

• priorSelection是一个新的选择函数使用特征选择在之前的交叉验证新数据集分类。

• 新的加权投票模式,重量是x值的距离最近的两个密度的交叉点。用于预测与倾斜功能。

cleanUpdTSeq

版本是1.7.2变化:

• 更新文档

1.7.1上版本的变化:

错误修复

• 更新作者列表。

clonotypeR

版本1.8.0的变化:

新功能

• 添加了一个“private_clonotypes”功能。

clusterProfiler

的变化版本2.3.8:

• dropGO函数< 2015-09-24,清华> +见https://github.com/GuangchuangYu/clusterProfiler/issues/26

• use_internal_data = TRUE enrichKEGG例子来加速编译的装饰图案和防止错误当网络不可用< 2015-09-23,结婚>

2.3.7版本的变化:

• 臭虫固定排序pvalue compareClusterResult。compareCluster < 2015-09-16,结婚>(有趣= groupGO),没有pvalue,使用计数排序

• use_internal_data = TRUE enrichKEGG gseKEGG证明,装饰图案由于问题https://github.com/GuangchuangYu/clusterProfiler/issues/20 < 2015-08-26,结婚>

2.3.6版本的变化:

• merge_result函数< 2015-07-15,结婚>

• 添加引用ChIPseeker < 2015-07-09,清华>

• 添加的功能分析门店数据的部分装饰图案< 2015-06-29,我的>

• 更新装饰图案< 2015-06-24,结婚>

2.3.5版本的变化:

• 从剂量进口dotplot < 2015-06-21,太阳>

版本2.3.4的变化:

• 虫子在getGeneSet固定。去< 2015-06-16,星期二>

2.3.3版本的变化:

• 将装饰图案从Rnw限制型心肌病格式< 2015-05-17,太阳>

2.3.2版本的变化:

• 错误的固定build_Anno < 2015-05-07,清华>

• 添加plotGOgraph函数< 2015-05-05,星期二>

2.3.1版本的变化:

• 删除导入RDAVIDWebService < 2015-04-29,结婚>

• 更新buildGOmap < 2015-04-29,结婚>

• 删除导入KEGG。db < 2015-04-29,结婚>

CNVPanelizer

的变化版本0.99.12:

• 添加的选项来计算背景的计算,然后替换的意思是用中位数和sd疯了

的变化版本0.99.11:

• 计算统计数据基础上比日志转换

的变化版本0.99.10:

• 修复策划和单一样本错误

的变化版本0.99.9:

• 添加修复不一致

• 删除CheckSignificance文档功能不可用

• 解决小插图图不一致的引导

• 增加版本号

的变化版本0.99.8:

• 小修理bioconductor提交

的变化版本0.99.7:

• 特异性改进错误修复

• 提高代码样式

• 添加文档

的变化版本0.99.6:

• 初始Bioconductor释放BUG修复

• 添加所需的进口在名称空间中

• 提高代码样式

• 添加文档

• 删除不必要的文件

codelink

的变化版本1.38.0:

• 固定的错误阅读Codelink文件选项类型=“原始”或类型=“常态”。

• 现在readCodelinkSet()接受“路径= "作为参数,使阅读文件从一个目标目录。

cogena

版本变化1.2.0 (2015-09-01):

• 更新数据集范例。

• 添加药物基因集和anlaysis重新定位。

compEpiTools

1.3.4版本的变化:

• 更新以下函数+ GR2fasta:更新函数处理的限制农庄将不会削减。

v1.3.3变化:

• 更新以下函数+ GRannotate GRangesInPromoters getPromoterClass:函数创建更新从txdb如何检索记录的一致性。

1.3.2版本的变化:

• 更新以下函数+ GRcoverageSummit: BAM文件基点网现在可以选择修正基于控制文件的BAM(减去控制基点网,正火后的库大小),之前寻找的最大覆盖位置(峰会)。

ComplexHeatmap

1.5.1版本的变化:

• oncoPrint:有默认图形类型的变化小于2。

• anno_ *:摆脱延迟加载

文案

版本变化2.0.6 (2015-06-15):

• 固定的另一个错误造成检查是否所有co-analyzed bams映射到相同的参考基因组

版本变化2.0.5 (2015-06-10):

• 固定一个错误造成检查是否所有co-analyzed bams映射到相同的参考基因组

2.0.4版本的变化(2015-06-05):

• 固定一个错误plotCNA导致混合在策划的染色体

版本变化2.0.3 (2015-05-06):

• 包括MAD-values文案日志文件

更改版本2.0.2 (2015-04-24):

• 固定在某些情况下,错误消息的错误抛出,本文件不协调有序

2.0.1版本变化(2015-04-18):

• 实现重置文案的原始工作目录在退出函数

• 修正R依赖3.2版

• 更新描述文件

• 固定计算错误导致失败劳动部首次发布(2.0版本)

COSNet

1.3.2版本的变化:

• 修改文件的标题和描述字段描述cerrect包的引用的标题。

• 修改的字段标题文件COSNet-package。Rd用户可见的变化BUG修复计划

csaw

的变化版本1.3.14:

• 添加clusterFDR()函数来计算集群的罗斯福DB的窗口。

• 添加checkBimodality()函数来计算双峰性得分区域。

• 修改规范化(),asDGEList()允许手动库大小的规范。

• 从normalizeCounts(),()正常化normOffsets S4方法()。

• 修改默认的参数规范strandedCounts(),以避免错误。

• 转向限制染色体时警告从错误中指定extractReads ()。

• 修改extractReads()与改进的扩展支持阅读和配对阅读提取。

• 添加标准化期权filterWindows()当使用控制样本。

• 固定的错误比例在filterWindows过滤()。

• 允许correlateReads()接受paired-end规范提取数据时。

• 添加maximizeCcf()函数来估计平均片段长度。

• 添加支持strand-specific重叠detailRanges ()。

• 保留信息的保真度增加了BAM文件从dumpPE ()。

• 修改链规范参数profileSites(),允许报告的个人资料。

• 删除参数=规范从wwhm ()。

• 转向RangedSummarizedExperiment约定所有相关功能。

• 切换为scanBam mapqFilter()当过滤质量的映射。

• 添加测试之前未测试的功能。

• 轻微的更新文档,用户指南。

customProDB

的变化版本1.8.2:

更新的功能

• PrepareAnnotationEnsembl更新功能。R和PrepareAnnotationRefseq。由于不同的更新包

dagLogo

版本是1.7.2变化:

新功能

• 添加html文档

• 定制x轴是氨基酸的物理位置

• 更新的文档

错误修复

• 任何更改分类为“修复”(包在积极开发)

1.7.1上版本的变化:

新功能

• 任何更改分类为“新特性”(包在积极开发)

错误修复

• 更好的布局序列的标志。

飞镖

的变化版本1.17.1:

• 一些微小的变化值在函数DoDART和DoDARTCLQ。

DChIPRep

的变化版本0.99.5:

• 改变qplot()调用标准评估基于调用使用ggplot ()

的变化版本0.99.4:

• python脚本帮助装饰图案已经切换到静态了

的变化版本0.99.3:

• 更新了python脚本是可执行的

• python脚本帮助装饰图案现在是“活”

• 添加-测试test_dataInput.R空和有缺陷的输入

• 小补丁测试和源代码

的变化版本0.99.2:

• 更新通用包帮助

• 装饰图案的小补丁

• 更新newsfile

的变化版本0.99.1:

• 固定的拼写错误的文档

• 澄清维度计算表的装饰图案

• 添加额外的检查数据导入功能

的变化版本0.99.0:

• 最初的重击版本

ddCt

的变化版本1.24.0:

• 现在支持QuantStudio (LifeTechnologies)输出文件

• “依赖”的所有包都没有明确“进口”。这个脚本的作用取决于ddCt可能显式地加载库(如RColorBrewer和Biobase)使用功能。

• ColMap现在只是只包含三个槽:样本,探测器和Ct。

• 类“CSVReader”现在改名为“TSVReader”因为它支持而不一样的文件,而不是以逗号分隔的文件

• 一个直接的方式将data.frame InputFrame对象记录。看到的例子(InputFrame)”。

deepSNV

版本变化1.99.3 (2013-07-25):

更新

• 一些变化海鸥装饰图案

• 重命名参数π。基因和π。backgr makePrior ()

修正

• 固定错误bf2Vcf()当没有变异

版本变化1.99.2 (2013-07-11):

更新

• 更新的引用

• 添加详细的选项bam2R抑制输出

• 改变模式()“整数”loadAllData值()

修正

• 固定的错误当只有一个变体叫做bf2Vcf ()

版本变化1.99.1 (2013-06-25):

更新

• 使用knitr漂亮的小插曲

• 包括海鸥装饰图案

修正

• 删除固定问题bf2Vcf ()

• makePrior()添加背景在所有网站

版本变化1.99.0 (2013-04-30):

更新

• 海鸥新算法

• 通过总结包括VCF输出(deepSNV、价值=“VCF”)

DEGreport

1.4.0:07-03-2015曾淡水沼泽lorena.pantano@gmail.com修复一些文本在装饰图案,和清洁取决于国旗

deltaGseg

的变化版本1.9.0:

• 函数名包changepoint (multiple.mean的变化。规范- > cpt.mean)

derfinder

v1.3.3变化:

用户可见的明显变化

• 带回来的“mc。输出文件的参数用于指定输出文件的论点SnowParam ()。在https://stat.ethz.ch/pipermail/bioc-devel/2015-May/007531.html网站上看到更多的细节

1.3.2版本的变化:

用户可见的明显变化

• 弃用功能与强调他们的名字赞成camelCase功能。这样做是为了简化方案。

1.3.1版本的变化:

用户可见的明显变化

• 大大增加的速度假定值计算步骤。有关详细信息,请参阅https://github.com/lcolladotor/derfinder/issues/29。

derfinderHelper

1.3.1版本的变化:

新功能

• https://github.com/leekgroup/derfinderHelper目前正在与新Bioconductor镜像同步。这是:https://github.com/Bioconductor-mirror/derfinderHelper。

derfinderPlot

1.3.4版本的变化:

用户可见的明显变化

• tMatrix下降(),因为它是一个令人困惑的情节,也导致构建错误。

v1.3.3变化:

新功能

• 添加了tMatrix()函数使用一个农庄对象之间有一个感兴趣的变量计算t统计量箱子的基因组。对于每一个本,感兴趣的变量的值从本区域重叠。相反,我们使用t统计量的相关性,因为并不是所有的箱子会有相同数量的地区。这种类型的情节类似于互动情节为嗝数据。

1.3.2版本的变化:

新功能

• 添加了vennRegions()函数可视化多少重叠区域外显子,内含子、基因间区域,没有一个或几个组。

1.3.1版本的变化:

用户可见的明显变化

• 弃用功能与强调他们的名字赞成camelCase功能。这样做是为了简化方案。

DESeq2

的变化版本1.10.0:

• 添加plotMA标定参数()。

• 添加normTransform()对于简单log2 (K / s + 1)变换,K是一个计数和s是一个大小的因素。

• 包含交互设计时,DESeq()将使用betaPrior = FALSE。这使得系数更容易解释。

• 独立的过滤将不再那么贪婪,使用一个阈值滤波器的最低分位数,拒绝的数量在1 SD的最大值。看到了什么?结果。

• 总结()和plotMA()()将使用“α”的结果。

DiffBind

的变化版本1.16.0:

• 卷起的修正

• dba。plotHeatmap返回行顺序结合位点

diffHic

的变化版本1.1.17:

• 重命名规范化()normOffsets ()。

• 添加库大小规格normOffsets DIList方法(),asDGEList ()。

• 固定的错误在plotPlaid病理设置(),plotDI (), rotPlaid (), rotDI ()。

• 优化的c++代码connectCounts (), squareCounts ()。

• 流线型的各种R实用程序中使用所有的功能。

• iter_map补充道。py本月/ python,迭代映射DNase高c数据。

• 添加了neighborCounts()函数,同时读计数和浓缩的计算。

• 添加了enrichedPairs排除(),在当地社区提供一个禁区。

• 在rotPlaid切换默认颜色(),plotPlaid()为黑色。

• 添加划分()函数来识别基因组隔间。

• 添加domainDirections()函数来帮助识别领域。

• 修改correctedContact()允许距离校正和报告直接映像的概率。

• 修改marginCounts()函数进行适当single-end-like治疗高c数据。

• 扩展clusterPairs()从多个DILists合并本双。

• 改报告范围直接从boxPairs(),添加支持最小边界框输出。

• 修改consolidatePairs()接受索引向量更模块化。

• 大本对添加引用的论点,filterDirect()和filterTrended ()。

• 方便添加filterDiag()函数过滤(附近)对角本配对。

• 细微的变化preparePairs()诊断报告当dedup = FALSE,和未配对阅读。

• 添加选择基于距离阈值来定义无效的preparePairs嵌合体()。

• 更新文档,测试和用户指南。

• 添加diffHic纸进入引文。

剂量

的变化版本2.7.12:

• 输出的数据帧enrichMap通过无形的,所以图像信息可以被其他工具,如。Cytoscape。< 2015-09-30,结婚>

的变化版本2.7.11:

• 检查是否输入geneList排序< 2015-09-22,星期二>

• 订单第一次跟着showCategory构造子集在barplot < 2015-09-08,星期二> + https://support.bioconductor.org/p/71917/ 71939

• 固定在EXTID2NAME bug, keytype TAIR拟南芥和ORF疟疾< 2015-08-26,结婚>

的变化版本2.7.10:

• 在作者列表中添加乔凡尼达尔奥廖贡献者。< 2015-07-21,星期二>

• 更新NCG cancergenes_4.9.0_20150720由乔凡尼达尔奥廖数据版本。https://github.com/GuangchuangYu/DOSE/pull/8 < 2015-07-21,星期二>

• geneInCategory可能简化向量乘以R在非常罕见的情况下,违反的假设在S4验证检查列表。这个问题是固定的。< 2015-07-19,太阳>

2.7.9版本的变化:

• 添加引用ChIPseeker < 2015-07-09,清华>

• 添加“疾病分析门店数据”部分装饰图案< 2015-06-29,我的>

• 装饰图案从Rnw转换为限制型心肌病< 2015-06-24,结婚>

的变化版本2.7.8:

• 为enrichResult dotplot < 2015-06-21,太阳>

2.7.7版本的变化:

• 加快利用sample.int代替示例< 2015-06-04,清华>

• 种子= FALSE添加到控制reproduciblility gsea函数。结果重现性好,显式地设置种子= TRUE > < 2015-06-04,清华

  • 由弗拉德,参见https://github.com/GuangchuangYu/DOSE/pull/5/ Guangchuang修改

改变2.7.6版:

• 臭虫固定在cnetplot传奇由弗拉季斯拉夫•Petyuk < 2015-05-28,清华>

2.7.5版本的变化:

• 更新装饰图案< 2015-05-15,星期五>

第2.7.4版本的变化:

• 更新置换测试pvalue = (K + 1) / (N + 1)而不是K / N,所以p值永远不会0 < 2015-05-12,星期二>

2.7.3版本的变化:

• 添加setType槽gseaResult < 2015-05-15,星期二>

• 添加宇宙和geneSets槽enrichResult < 2015-05-05,星期二>

2.7.2版本的变化:

• 添加vertex.label。字体参数enrichMap < 2015-04-27,我的>

2.7.1版的变化:

• 更新NCG描述enrichNCG < 2015-04-22,结婚>

DSS

的变化版本2.8.0:

• 添加函数来检测DML通用实验设计。

dupRadar

的变化版本0.99.3:

文档

• 第一次释放Bioconductor

• 新闻文件是补充道。

easyRNASeq

2.5.6版本的变化:

• 移植版本2.4.5 - 2.4.7变化

• 添加一个函数来创建合成记录

• 弃用功能fetchAnnotation和knowOrganisms现已倒闭

• 出口“:”、“seqlevels”、“seqlevels < -”和“seqnames < - - - - - -”

2.5.5版本的变化:

• 从发布版本2.4.4移植了

2.5.4版本的变化:

• 2.4.3移植从发布版本

2.5.3版本的变化:

• 2.4.1移植从发布版本

• 适应genomeIntervals API的变化(改变seq_name seqnames和胁迫的方法农庄和配偶)。

2.5.2版本的变化:

• Bioc。API的变化

2.5.1版本的变化:

• Bioc。API的变化

的变化版本2.5.0:

• Bioc。猛击3.2版本

EBImage

的变化版本4.12.0:

新功能

• “平滑”参数的仿射函数允许关闭双线性过滤图像边界

用户可见的明显变化

• 弃用的…灰度形态功能;使用常见的函数“扩张”,“侵蚀”,“开放”、“关闭”,“whiteTopHat”、“blackTopHat”和“selfComplementaryTopHat”过滤二进制和灰度图像

• “调整”不再执行双线性过滤图像边界,以防止图像边缘与背景的融合图像时高档;切换在图像边界使用双线性抽样函数参数“平滑= TRUE”

• “floodFill”和“fillHull”保存存储模式

性能改进

• 所有形态操作使用有效Urbach-Wilkinson算法(快3倍相比实现)

• “旋转”:执行无损90/180/270度旋转通过禁用双线性过滤

错误修复

• 重新实现Urbach-Wilkinson算法用于执行灰度形态变换

• 进行像素级精度的改善空间线性变换:“仿射”、“调整”,“旋转”和“翻译”

• 显示(…方法=“光栅”)”:单通道彩色图像的显示

• “drawCircle”:纠正x - y偏移量

• “平衡”:对于单值直方图发出警告并返回它的参数

• “嘘”:接受图像“colorMode =颜色”包含不到三颜色通道

• “图像”:纠正图像帧的处理

• “medianFilter”:过滤器尺寸检查

• “正常化”:规范化平面的图像时,参数“单独”设置为“FALSE”

• “reenumerate”:纠正处理的图像没有背景

• “stackObjects”:纠正处理空白图片没有任何对象

• “瓷砖”:重置dimnames

EBSeq

1.9.3版本的变化:

• 正确的拼写错误GetDEResults帮助文件。

• 包括额外的规范化的方法。

1.9.2版本的变化:

• 固定一个错误时,可能会出现错误输入矩阵sizeFactors参数

1.9.1版本的变化:

• 问答seqction添加装饰图案来解决常见的问题

EDASeq

2.3版本的变化:

• 添加功能基因长度和GC-content getGeneLengthAndGCContent来计算。

• 更新后的装饰图案。

边缘

2.1.1版本的变化:

• 添加了主持群野生的似然比检验

• 权重可以输入到odp /轻轨交通,允许它为RNA-Seq工作较低的实验样品

• 添加函数apply_jackstraw

• 固定错误build_study

刨边机

的变化版本3.12.0:

• 新论点tagwise estimateDisp(),允许用户不估计tagwise分散体系。

• estimateTrendedDisp()性能更稳定,不返回负面趋势分散估计。

• 新DGEList plotMD方法、DGEGLM DGEExact和DGELRT对象平均差的情节(又名马情节)。

• readDGE()现在承认HTSeq风格元基因。

• 删除的野生glmLRT ()。

• 新参数对比diffSpliceDGE(),允许用户指定的测试对比。

• glmTreat()返回logFC和新。补logFC输出表中。

• 新方法实现glmTreat()来提高测试的权力。

• 新kegga DGEExact方法和DGELRT对象执行KEGG通路分析IDs使用Entrez基因的差异表达基因。

• 新dimnames < - DGEExact和DGELRT对象的方法。

• 错误修复DGEGLM dimnames < -方法对象。

• 用户指南的更新。三个老案例研究取而代之的是两个新的全面的案例研究。

ENmix

的变化版本1.2.0:

• 删除函数QCfilter

• 大量修改函数QCinfo

• 添加一个参数是否preprocessENmix

EnrichedHeatmap

的变化版本0.99.3:

• anno_enrich:摆脱延迟加载

• 由locfit平滑

的变化版本0.99.2:

• 空可以添加到热图列表

的变化版本0.99.1:

• 正确使用执行()现在

的变化版本0.99.0:

• 第一个版本

ensembldb

1.1.9版本的变化:

错误修复

• 固定一个图放置问题,可能会导致一个错误在某些系统上使用最近TexLive分布。

1.1.6版本的变化:

错误修复

• 修复一个缺陷在lengthOf导致一个错误如果没有提供过滤器。

1.1.5版本的变化:

新功能

• 实现了一个闪亮的web应用程序/记录/搜索基因外显子使用注释的EnsDb注释的包(函数runEnsDbApp)。

更改版本1.1.4:

新功能

• 添加促进剂的方法。

更改版本1.1.3:

用户可见的明显变化

• 添加方法ensemblVersion返回包的基础上运用版本。

• 添加方法getGenomeFaFile AnnotationHub检索查询基因组FaFile匹配的运用版本EnsDb对象。

1.1.2版本的变化:

用户可见的明显变化

• 添加示例来构建一个使用AnnotationHub EnsDb的装饰图案和匹配的基因组序列。

• 添加一个例子对于获取的基因序列,成绩单和外显子的装饰图案。

错误修复

• 固定一个bug ensDbFromGRanges和ensDbFromGtf基因组构建版本没有即使提供。

变化的1.1.1版:

用户可见的明显变化

• 滤波器参数在所有函数支持现在也提交一个过滤器对象,不仅过滤对象的列表。

ensemblVEP

的变化版本1.10.0:

新功能

• 80年VEPParam78类支持运用

epivizr

1.6.1版本的变化:

• 转换为查询缓存的范围从“GIntervalTree”“GNCLists”

erccdashboard

1.3.5版本的变化:

用户可见的明显变化

• 帮助文件更新

BUG修复和小改进

• 添加警告如果sample1Name或sample2Name包含空格或特殊字符。

1.3.4版本的变化:

用户可见的明显变化

• 没有一个

BUG修复和小改进

• 固定allReps labelReps赋值

• 固定的错误重复行名称数组数据

• 固定的警告不正确的样品名称

v1.3.3变化:

用户可见的明显变化

• 更新dynRangePlot——函数可以现在情节都有或没有复制复制标签

BUG修复和小改进

• 添加警告initDat函数不正确的样品名称和失踪1:1 userMixFileß控制

• 设置的最低版本要求ggplot2 gridExtra

1.3.2版本的变化:

用户可见的明显变化

• 装饰图案是更新,包括使用网格。安排收视率

• 多图功能是弃用和删除从包中,函数是grid.arrange所取代

BUG修复和小改进

• 更新erccROC、estLODR maSignal tableGrob应对变化gridExtra包

1.3.1版本的变化:

用户可见的明显变化

• 版本递增发展1.3.1。

BUG修复和小改进

• 更新描述文件、新闻文件和.gitignore文件

exomePeak

1.9.2版本的变化:

• 纠正褶皱的变化计算blt,林

1.9.1版本的变化:

• RMT工具综合提取RNA methylome组合来自多个MeRIP-Seq数据集,RMT。看到了吗

• 3作者:张贾孟,林和丽安

• 刘添加另一个引用(2015)

FGNet

3.4版本的变化:

• 添加参数的downloadFile fea_david()来选择是否将分析结果保存到当前目录中

• 大卫现在需要https。这导致一些系统错误。(希望如此)的临时解决方案是在本地安装一些证书。看到RDAVIDWebService帮助:https://support.bioconductor.org/p/70090/ # 72226

FindMyFriends

的变化版本0.99.0:

• 提交Bioconductor

啪嗒啪嗒地响

1.7.3版本的变化:

• 头即样本名称添加到输出表(使用output.type =时创建的“表”)

• 正确的小bug时关于山姆文件头存在(见samio。cpp第一次测试linecount totalnumread替换)

flowcatchR

更改版本1.4.0:

新功能

• 添加细节上的小插图dockerflow提议,flowcatchR在哪里提供预配置的码头工人的容器中

错误修复

• penaltyFunctionGenerator: simmetric罚函数现在正确地计算

其他的笔记

• LazyData:正确的描述

• 特拉维斯更新。yml使用本机R集成

• 装饰图案:强化结构,增强可读性和可用性;删除rgl钩是不习惯

• 文档:轻微的更新和改进

FlowRepositoryR

变化的1.1.1版:

新功能

• 支持数据集搜索(新功能:flowRep.search)。

flowType

的变化版本2.7.0:

• bug修复,使分区矩阵出来正确使用超过一个阈值时。

gdsfmt

的变化版本1.6.0:

• 版本号是Bioconductor撞发布3.2版本

GeneNetworkBuilder

1.11.1版本的变化:

• 更新的文档

《创世纪》

变化在2.0.0版本:

• PC-Relate添加功能。PC-Relate提供模范自由估计遗传亲缘最近的样本。它可以用来估计亲属关系系数,IBD分享概率,使用全基因组单核苷酸多态性数据和近亲繁殖系数。PC-Relate占人口结构(祖先)在样本个体通过使用祖先代表主成分(pc)提供准确亲缘估计由于只有最近的家庭(血统)结构。

• 《创世纪》现在gdsfmt导入包。

geNetClassifier

1.9.3版本的变化:

• 更新兼容igraph 1.0

1.9版本的变化:

• 添加引用

• GenesRanking帮助:如何创建一个GenesRanking对象基于分数提供了另一种算法

• 多个消息和警告的改进

• 错误修复:0差过滤器现在返回原始矩阵

genomation

的变化版本1.1.27:

改进和错误修正

• 固定extimating ylim plotMeta策划等级

的变化版本1.1.26:

新功能和特性

• 新功能patternMatrix寻找k-mer或脉宽调制矩阵发生在一个给定的基因组DNA序列或windows指定。这取决于BioString和seqPattern R包。

的变化版本1.1.25:

改进和错误修正

• 更快的指定颜色的热图heatMatrix和multiHeatMatrix功能

的变化版本1.1.24:

改进和错误修正

• 固定一个bug multiHeatMatrix 1.1.19后发生版本

的变化版本1.1.23:

改进和错误修正

• 固定一个bug plotMeta 1.1.19后发生版本

的变化版本1.1.22:

新功能和特性

• 的新论点multiHeatMatrix clust。矩阵定义了矩阵用于集群

的变化版本1.1.21:

改进和错误修正

• 提高阅读paired-end对齐得分矩阵函数。为了避免重复读取从GenomicAlignments: readGAlignmentPairs读删除了重复的id(假设读有独特的id)。

的变化版本1.1.20:

改进和错误修正

• 测试更多的例子(删除\不该{}从负责读取数据,例子如readBed,包括进\不该{}只有那些缓慢的部分例子,例如plotMeta (。。)

的变化版本1.1.19:

新功能和特性

• 算术、指示器和逻辑操作以及构造子集ScoreMatrix, ScoreMatrixBin和ScoreMatrixList对象。新功能在“ScoreMatrix-class”和“ScoreMatrixList-class”记录在帮助页面。

• 评论功能注释的例子或\不使用{}。

的变化版本1.1.18:

新功能和特性

• 特拉维斯CI的集成

的变化版本1.1.17:

改进和错误修正

• Bioconductor Git-SVN桥改善rtracklayer:进口()函数,它没有更多的“asRangedData”参数。

1.1.16版本的变化:

改进和错误修正

• 用于scoreMatrix问题readBam()()来读取bam文件。阅读paired-end读取极为缓慢,因为行代码负责检查如果从一对伴侣不计算两次,例如当伴侣映射到两个不同的窗口。现在我们允许这样做。固定的错误阅读单头读取。

1.1.15版本的变化:

改进和错误修正

• 修复bug plotMeta()当色散= NULL smoothfun并不是零

的变化版本1.1.14:

改进和错误修正

• 改善检查矩阵匹配的ncols heatMeta()和plotMeta ()

1.1.13版本的变化:

改进和错误修正

• 添加新的参数cex。传说plotTargetAnnotation()来指定大小的传奇。

• 改变ScoreMatrixBin当noCovNA = TRUE()运行得更快

• 检查不仅.bw而且.bigWig .bigWig大佬文件的扩展ScoreMatrix()和ScoreMatrixBin ()

1.1.12版本的变化:

改进和错误修正

• 为从rtracklayer进口gffToGRanges现在是一个包装器

1.1.11版本的变化:

改进和错误修正

• plotMeta函数错误修复。这个错误发生在策划meta-profile当色散= NULL。由Katarzyna Wreczycka实现。

的变化版本1.1.10:

改进和错误修正

• 改变heatMatrix()和plotMeta()——分散,smoothfun和clustfun参数从默认错误为NULL。

1.1.9版本的变化:

改进和错误修正

• ScoreMatrix函数错误修复。错误发生时RleList对象(“目标”参数)和农庄对象(“windows”参数)没有相同的染色体排序。在这种情况下,返回的得分矩阵是正确的但行排序没有对应行排序提供在windows的论点。

的变化版本1.1.8:

改进和错误修正

• 装饰图案的变化,更新AnnotationHub的例子中,由于克里斯托弗底部由Katarzyna Wręczycka实现。

1.1.7版的变化:

改进和错误修正

• meta-plots扩展能力;增添了新的参数plotMeta(),使显示分散区间乐队在集中趋势(均值或中位数),平滑。由Katarzyna Wręczycka实现。

1.1.6版本的变化:

改进和错误修正

• heatMatrix()和multiHeatMatrix()可以visualizate得分矩阵/集群通过使用矩阵不仅kmeans,但自定义聚类函数(clustfun论点)。由Katarzyna Wreczycka实现。

1.1.5版本的变化:

改进和错误修正

• 装饰图案的变化,显式的调用GenomicRanges: countOverlaps,多亏了克里斯托弗的底部

更改版本1.1.4:

改进和错误修正

• scoreMatrix, scoreMatrixBin和ScoreMatrixList paired-end BAM阅读文件。配对阅读被视为碎片。由Katarzyna Wręczycka实现。

更改版本1.1.3:

改进和错误修正

• 函数从文本文件中读取数据从data.table重写::从文件中读readr ():: read_delim()和现在他们可以读取压缩文件从一个URL

• 改变readBed (), readNarrowPeak (), readBroadPeak()和gffToGRanges()的参数;现在他们都有跟踪。行参数可以是假的,“汽车”或一个整数表示第一行跳过。零。基础参数添加到readBed()告诉范围在床上文件是否在0或基于坐标系统。由Katarzyna Wręczycka实现。

1.1.2版本的变化:

改进和错误修正

• scoreMatrixList()运行在并行使用并行::mclapply ()。由Katarzyna Wręczycka实现。

变化的1.1.1版:

新功能和特性

• 我们在BioC

改进和错误修正

• readGeneric()和所有的函数,从文本文件中读取数据快由于使用data.table::从文件中读()。由Katarzyna Wręczycka实现

genomeIntervals

的变化版本1.25.3:

• 改变了“c”函数从一个S3method使用S4通用。

的变化版本1.25.2:

• 固定宽度函数来处理正确的左端间隔

的变化版本1.25.1:

• 改变readGff3使用间隔默认关闭。实现两项子功能只实现阅读gff3作为碱基对特性(没有零长度的间隔,即right-closed间隔)或允许零长度的间隔,即间隔的吗,当开始=结束)

• 弃用的seq_name访问器支持BiocGenerics seqnames

• 添加了一个访问器宽度——类似于IRanges功能

• 添加强制GRangesList RangedData

• 编辑的文档(手册页)和名称空间使用roxygen2代

的变化版本1.25.0:

• Bioc 3.2版本重击

GenomicAlignments

的变化版本1.6.0:

新功能

• 添加strandMode () getter和setter GAlignmentPairs对象针对以下文章:https://support.bioconductor.org/p/65844/看? strandMode获得更多信息。

• readGAlignment *()函数现在允许重复seqnames BAM头。

• 为GAlignmentsList对象添加“覆盖”的方法。

• 链setter现在GAlignmentsList对象限制的方式(只有链(x) <——“+”或“-”或“*”)的支持。

用户级的重大变化

• 现在summarizeOverlaps()返回一个RangedSummarizedExperiment对象(新的SummarizedExperiment包中定义的),而不是一个“老”SummarizedExperiment对象(GenomicRanges包中定义的)。

• 稍微修改连接的行为()GAlignmentPairs对象,返回的范围现在有“真正的链”设置。看到了什么?连接和文档的真实。链的论点GAlignmentPairs对象的手册页获得更多信息。

• 添加“真实。链姓()和()的参数为GAlignmentPairs对象getter。

弃用,已经

• 反对左右()和()为GAlignmentPairs对象getter和setter链()。

• 反对的转化。链的争论姓()和()getter GAlignmentPairs对象。

• 反对“order.as.in。查询的参数为GAlignmentPairs对象“grglist”方法。

• 反对“order.as.in。查询的参数“rglist GAlignmentsList对象的方法(这个概念并不为这些对象定义,参数被忽视)。

• 被弃用后在BioC 3.1中,“mapCoords”和“pmapCoords”方法现在已经不复存在。应该使用mapToAlignments ()。

• readGAlignment BioC 3.1中后被弃用FromBam()函数现在已经不复存在。每个人都说“让我们所有使用readGAlignment()函数,而不是!(无FromBam后缀)。是的!”

错误修复

• 各种修复grglist /农庄组织/ rglist /范围GAlignmentsList对象的方法:——尊重雪茄信息手册页(声称)。——恢复”drop.D。范围的论点“grglist”方法(误了弃用初BioC 3.2开发周期)。
  • “drop.D。范围的论点“rglist”方法现在(被忽视)。——处理空列表元素。

GenomicFeatures

1.22版本的变化:

新功能

• 添加coverageByTranscript()和pcoverageByTranscript ()。看到了什么? coverageByTranscript以获取更多信息。

• 各种改进makeTxDbFromGFF():现在支持的格式=“自动”自动检测文件的格式。——现在支持命名特点dbxref标签(如GeneID)。这已经被证明有用当从NCBI进口人造石铺地面。

• 改进的坐标映射方法:——支持回收当长度(成绩单)= = 1并行映射功能。——添加pmapToTranscripts范围,GRangesList pmapFromTranscripts,范围,GRangesList方法。

• 还说“taxonomyId makeTxDbFrom *()函数的参数。

• 改进makeTxDbPackage():添加“pkgname”参数makeTxDbPackage()来让用户覆盖自动生成包的命名。——支持person对象的维护者”和“作者”参数makeTxDbPackage ()。

• 传递给makeTxDb chrominfo的向量()现在可以融合NAs和non-NAs。

用户可见的明显变化

• 2显著变化makeTxDbFromGRanges()和makeTxDbFromGFF ():
  • 现在还进口记录类型pseudogenic_transcript和pseudogenic_exon。——他们通常把“gene_id”和“(tx |外显子| cd] _name”列的名称标签。现在,他们也会推断出这些列的ID标签名称标签时失踪。

• 提高处理的circ_seqs的论点makeTxDbFromUCSC (), makeTxDbFromGFF(),和makeTxDbFromBiomart():没有更恼人的警告当没有DEFAULT_CIRC_SEQS匹配字符串的seqlevels TxDb对象的。

• 2小改变makeTxDbFromBiomart():——现在滴不必要的染色体信息在导入一个不完整的记录数据集。——现在返回一个TxDb对象的完整数据集字段设置为“不”当makeTxDbFromBiomart()与用户提供的“过滤器”。

• makeTxDbPackage()现在包括数据源的默认包名(非UCSC和BioMart数据库)。

• 下面的坐标映射方法:发生了改变——mapToTranscripts()现在报道映射位置对转录开始网站无论链。——改变的忽视。链从真,假的默认所有坐标映射方法的一致性与其他功能已经有了的忽视。链”的论点。名字匹配mapFromTranscripts()现在完成seqnames (x)和名称(成绩单)。——pmapFromTranscripts *,现在GRangesList方法返回一个GRangesList对象。他们也不再使用“未映射”seqname地图上未标明的范围。——删除uneeded ellipisis从各种坐标映射方法的参数列表。

• 改变行为的seqlevels0 () getter所以它一直打算做什么。

• 成绩单()返回的记录的顺序发生了变化:现在他们保证在相同的顺序返回的GRangesList对象exonsBy ()。

• 成绩单()代码改进和加速,外显子(),cd (), exonsBy(),和cdsBy()提取器。

• 为了避免信息丢失(并使其可逆makeTxDbFromGRanges()),现在TxDb对象的“asGFF”方法传播“exon_name”和“cds_name”列农庄组织对象。

弃用,已经

• BioC 3.1中被弃用后,现已倒闭makeTranscriptDb *()函数。

• BioC 3.1中被弃用后,‘exonRankAttributeName’,‘gffGeneIdAttributeName’,‘useGenesAsTranscripts’,‘gffTxName’,“物种”的论点makeTxDbFromGFF()现在已经不复存在。

• 删除sortExonsByRank()(已经在BioC 3.1)。

错误修复

• 修复bug在fiveUTRsByTranscript()和threeUTRsByTranscript()提取器当TxDb对象“用户定义”seqlevels和/或定义的一组“活动/活动”seqlevels。

• 修复bug在isActiveSeq () setter当TxDb对象seqlevels“用户定义”。

• 解决许多问题与seqlevels () setter TxDb对象。特别是让“seqlevels (x) < - seqlevels0 (x)的成语TxDb对象。

• 修复bug在makeTxDbFromBiomart()时用它来检索数据,不提供cds_length属性(例如plants_mart_26 sitalica_eg_gene数据集)。

GenomicFiles

的变化版本1.6.0:

错误修复

• dimnames < -正确更新的名字

GenomicInteractions

更改版本就开始:

新功能

• InteractionTrack类策划与Gviz交互

• plotAvgViewpoint策划总结围绕一组相互作用的特性

• summariseByFeaturePairs:总结所有成对的两个特性之间的相互作用

用户级的重大变化

• annotateInteractions明显更快

• 数据导入了更严格和更一致的在不同的文件格式。荷马交互文件现在有数据导入之前丢弃。

错误修复

• 单视点绘制(plotViewpoint)

• 是多少。dt, is.pt

• calculateDistances

• 一些进出口的问题

GenomicRanges

的变化版本1.22.0:

新功能

• 支持强制之间来回一个农庄对象和一个特征向量(或因素)与元素格式“chr1:2501 - 2800”或“chr1:2501 - 2800: +”。

• 添加设备操纵基因变量:bindAsGRanges (), mcolAsRleList(),和binnedAverage ()。看到了什么? genomicvars以获取更多信息。

• 为GRangesList对象添加“狭窄”的方法。

• 增强这些农庄()构造函数。如果“范围”的论点是不提供构造函数所得2步骤:1。创建初始农庄对象”(seqnames,“农庄”)”。2。然后这个农庄对象更新根据其他参数是提供给农庄组织()的调用。由于这种增强,农庄(x)现在相当于”(x,“农庄”)例如农庄()可以直接在一个特征向量代表范围,data.frame,或对任何对象强制农庄组织支持。

• 添加的忽视。链的论点“范围”和“减少”GRangesList对象的方法。

• 添加强制从SummarizedExperiment RangedSummarizedExperiment(也可以通过updateObject ())。见下面的第一项弃用和已经部分获取更多信息。

• 现在subsettable GNCList对象。

• “覆盖”方法现在接受“转变”和“重量”作为Rle提供。

用户级的重大变化

• 改变行为的“*”链之前()/遵循()来模拟“ignore.strand = TRUE”。

• 重新审视“pintersect”方法农庄#农庄,GRangesList #农庄,农庄# GRangesList:——清洁他们的语义。——添加”drop.nohit。默认范围的参数(假)。——如果drop.nohit。范围的是假的,返回的对象现在有一个“点击”添加元数据列,指示元素的x的相交与相应的元素“y”。

• binnedAverage()现在对待“numvar”好像是在基因组的位置设置为0,这不是设置(通常当“numvar”并不能横跨整个染色体,因为它的失踪后0)。

• 农庄()构造函数没有更多,导致提供的元数据列的名称(例如,如果列“_tx_id”)。

• makeGRangesFromDataFrame()现在接受”。“在链列(视为

• GNCList()构造函数现在传播元数据列。

• 删除“seqnames RangesList对象的方法。

弃用,已经

• SummarizedExperiment类GenomicRanges弃用,取而代之的是2中定义新类中定义新的SummarizedExperiment包:SummarizedExperiment0 RangedSummarizedExperiment。在BioC 2.3中,SummarizedExperiment类将被删除从GenomicRanges包和SummarizedExperiment0类将更名为SummarizedExperiment。为了促进这个转变,胁迫方法添加到强迫从旧SummarizedExperiment新RangedSummarizedExperiment(强制执行当调用updateObject()在旧SummarizedExperiment对象)。

• makeSummarizedExperimentFromExpressionSet()和相关的东西搬到新的SummarizedExperiment包。

• 构成了rowData访问器BioC 3.1中被弃用后,现在已经与rowRanges访问器(取代)。

• BioC 3.1中被弃用后,GIntervalTree对象和“intervaltree”算法findOverlaps()现在已经不复存在。

• 被弃用后在BioC 3.1中,mapCoords()和pmapCoords()现在已经不复存在。

错误修复

• 2调整构造子集通过一个GenomicRanges:提高速度当子集的对象是一个SimpleList(例如SimpleRleList)。——解决问题当GenomicRanges下标是空的。

genotypeeval

的变化版本0.99.0:

• 基因泰克和HLI genotypeeval在使用。

• genotypeeval提交Bioconductor。

GEOquery

2.36:新功能*新,快软格式解析(莱昂纳多伽马)*打开单元测试在特拉维斯CI *测试覆盖度量添加Bug修复*默认的下载方法不再假定旋度是安装在linux * GSEMatrix解析从文件缓存现在发现gpl

ggtree

的变化版本1.1.20:

• 固定错误geom_tiplab当x包含NA崩溃(例如,删除功能)< 2015-10-01,清华>

• 固定在% add2% bug,如果节点可以使用节点,否则使用标签< 2015-09-04,星期五>

• 臭虫固定的子视图考虑aes映射x和y的< 2015-09-03,清华>

• 更新装饰图案通过添加r8示例< 2015-09-02,结婚>

• r8类定义,参见http://loco.biosci.arizona.edu/r8s/ < 2015-09-02,结婚> +添加r8示例文件+阅读。r8,解析器函数
  • 增强方法+情节,得到的。树,得到。字段、groupOTU groupClade、scale_color gzoom和显示方法

• 虫固定在增强。multiPhylo, df美元转换。id =因素水平名称(multiPhylo_object) < 2015-09-02,结婚>

• 更新scale_x_ggtree支持日期作为轴< 2015-09-01,星期二>

• 添加mrsd参数为用户指定的最近的抽样日期时间树< 2015-09-01,星期二>——删除“time_scale”参数。

• 定义“raxml”类raxml引导分析结果< 2015-09-01,星期二> +见http://sco.h-its.org/exelixis/web/software/raxml/hands_on.html +阅读。raxml,解析器函数+情节,得到的。树,得到。字段、groupOTU groupClade、scale_color gzoom和显示方法+巩固。raxml方法

• 臭虫固定在edgeNum2nodeNum jplace解析jplace文件< 2015-09-01,星期二>

的变化版本1.1.19:

• 使用增强而不是巩固。phylo巩固。multiPhylo,以便multiPhylo野兽/ codeml或其他支持对象的列表。< 2015-08-31,我的>

• 支持multiPhylo对象,应该使用+ facet_wrap或+ facet_grid < 2015-08-31,我的>

• 删除依赖EBImage和phytools安装过程的加速ggtree < 2015-08-31,星期一> +这两个包是不常用的,并且在需要的时候将被自动装载。

的变化版本1.1.18:

• 布局名称更改“矩形”,“倾斜”,“圆”/“粉丝”phylogram和进化分枝图(如果分支。长度= '没有')“连根拔起”是没有改变。< 2015-08-28。星期五>

• 实现geom_point2、geom_text2 geom_segment2支持构造子集< 2015-08-28,星期五>见https://github.com/hadley/ggplot2/issues/1295

• 更新geom_tiplab根据geom_text2 geom_segment2 < 2015-08-28,星期五>

• 添加geom_tippoint, geom_nodepoint和geom_rootpoint < 2015-08-28,星期五>

的变化版本1.1.17:

• 虫子在rm.singleton固定。newick通过添加支持科学记数法的分支长度< 2015-08-27,清华>

• 固定在gheatmap bug,除去ggtree继承aes < 2015-08-27,清华>

• 添加“宽度”参数add_legend,现在用户可以指定宽度的传奇酒吧< 2015-08-27,清华>

• 添加“colnames_position”参数gheatmap,现在colnames可以显示在顶部的热图< 2015-08-27,清华>

• theme_transparent使背景透明的< 2015-08-27,清华>

• 子视图添加ggplot对象(子视图)到另一个ggplot对象(mainview) < 2015-08-27,清华>

1.1.16版本的变化:

• 更新引用< 2015-08-17,我的>

1.1.15版本的变化:

• 开放的文本角度参数annotation_clade / annotation_clade2 < 2015-08-13,清华>

• 支持改变大小add_legend < 2015-08-13,清华>

• reroot phylo和野兽< 2015-08-07,星期五>的方法

的变化版本1.1.14:

• 更新paml_rst只兼容边际祖先序列或共同祖先序列可用< 2015-08-07,星期五>

1.1.13版本的变化:

• 实现annotation_image < 2015-08-01,坐>

• 更好地实现geom_tiplab接受aes映射和汽车添加调整虚线< 2015-08-01,坐>

• 打开group_name参数groupOTU / groupClade用户< 2015-08-01,坐>

1.1.12版本的变化:

• 更新装饰图案根据变化< 2015-07-31,星期五>

• ggtree函数中添加映射参数< 2015-07-31,星期五>

• 延长groupClade树视图上支持操作< 2015-07-31,星期五>

• 延长groupOTU树视图上支持操作< 2015-07-31,星期五>

• 新的实现groupClade & groupOTU < 2015-07-31,星期五>

1.1.11版本的变化:

• annotation_clade和annotation_clade2功能。< 2015-07-30,清华>

• 更好的add_legend实现。< 2015-07-30,清华>

• 添加…theme_tree & theme_tree2接受额外的参数。< 2015-07-30,清华>

• 更好的geom_tree实现。现在我们可以规模与aes(颜色= numVar)树。< 2015-07-30,清华>

的变化版本1.1.10:

• 解决重叠的分支机构布局=“粉丝”| |“辐射”,coord_polar-ized布局。见https://github.com/GuangchuangYu/ggtree/issues/6,由文森特Bonhomme。< 2015-07-22,结婚>

1.1.9版本的变化:

• 更新add_legend传奇对齐文本< 2015-07-06,我的>

• 臭虫固定在内部函数,getChild。df,不应该包括根节点如果选定的节点是根< 2015-07-01,结婚>

• 由180度旋转功能为ratating进化枝和更新装饰图案< 2015-07-01,结婚>

• get_taxa_name函数将返回分类单元的名称向量的选择进化枝< 2015-06-30,星期二>

• 添加装饰图案的翻转功能< 2015-06-30,星期二>

• 翻转功能交换位置的两个选择分支< 2015-06-30,星期二>

的变化版本1.1.8:

• 更新。放置< 2015-06-05,星期五>

• edgeNum2nodeNum转换边数量为EPA / pplacer输出节点数量< 2015-06-04,清华>

• mv scale_x_gheatmap scale_x_ggtree,也支持msaplot < 2015-06-02,星期二>

• 添加面具函数< 2015-06-02,星期二>

1.1.7版的变化:

• 添加装饰图案的msaplot < 2015-05-22,星期五>

• msaplot添加多重序列比对< 2015-05-22,星期五>

1.1.6版本的变化:

• 添加vertical_only参数scaleClade和默认设置为TRUE。只有垂直会默认缩放。< 2015-05-22,星期五>

• 更新add_colorbar & add_legend < 2015-05-21,清华>

• 添加的例子add_legend和gheatmap插曲< 2015-05-18,我的>

• gheatmap实施gplot < 2015-05-18,我的>

• add_legend添加进化距离传奇< 2015-05-18,我的>

1.1.5版本的变化:

• 实现scaleClade < 2015-05-12,星期二>

更改版本1.1.4:

• 更好的性能解析野兽树< 2015-05-11,星期一> +支持野兽树开始“树tree_1 =”和其他形式。+支持文件只包含一个证据的一些节点/建议

• 更新add_colorbar汽车确定位置< 2015-05-04,我的>

• add_colorbar函数< 2015-04-30,清华>

更改版本1.1.3:

• 添加空间之间渣替代(例如K123R / E155D) < 2015-04-30,清华>

• 删除削减线的热图传奇> < 2015-04-30,清华

• 更新装饰图案添加的例子merge_tree < 2015-04-29,结婚>

1.1.2版本的变化:

• 除了解析野兽时间尺度树XXX_year [\ \ d]。,现在支持XXX /年(\ \ d]。< 2015-04-29,结婚>

• 在本月中添加示例文件夹,其中包含示例数据< 2015-04-29,结婚>

• 现在更新gplot rowname热图不会显示< 2015-04-28,星期二>

• 添加换行符替换超过50个字符< 2015-04-28,星期二>

• 支持时间尺度计算分支树< 2015-04-28,星期二>

• 将解析提示序列从mlb和多层陶瓷文件< 2015-04-28,星期二>

• 删除提示。fasfile在阅读。paml_rst rstfile已经包含提示序列< 2015-04-28,星期二>

• scale_color接受用户特定的间隔和输出包含“规模”属性,可用于添加传奇< 2015-04-28,星期二>

• 扩展增强方法支持附加字段< 2015-04-28,星期二>

• 扩展得到。字段的方法来支持附加字段< 2015-04-28,星期二>

• 扩展树类来支持更多的信息通过合并两个树< 2015-04-28,星期二>

• 实现merge_tree函数合并两个树对象到一个< 2015-04-28,星期二>

变化的1.1.1版:

• 小虫固定在提取节点ID的rst文件< 2015-04-27,我的>

• 更新解析野兽时间尺度树支持_year(最初支持_year。\ d +) < 2015-04-27,我的>

• 在< 2015-04-27,星期一>作者添加汤米

girafe

1.21.1版本的变化:

• 取代seq_name方法seqnames seq_name通用的(由于弃用)

GOexpress

1.3.2版本的变化:

错误修复

• 表达式*情节()函数返回错误如果空基因的名字

1.3.1版本的变化:

错误修复

• heatmap_GO()函数不使用时自动调整利润率基因名称或标识符。这导致用户定义的利润率是系统地忽略。

GOSemSim

的变化版本1.27.4:

• 装饰图案从Rnw转换为限制型心肌病< 2015-06-23,星期二>

的变化版本1.27.3:

• 臭虫固定在getSupported_Org < 2015-05-31,太阳>

的变化版本1.27.2:

• 反对“蠕虫”和使用“celegans”代替。

的变化版本1.27.1:

• 添加外部文档< 2015-05-07,清华>

石墨

版本变化1.15.3 (2015-10-07):

• 更新所有路径数据。

• 更具描述性的优势类型。

• 使用“rappdirs”包选择一个目录缓存文件。

GreyListChIP

变化的1.1.1版:

• 改变维护人员的电子邮件。

GSAR

更改版本1.4.0:

• 新的参数返回。权重plotMST2.pathway添加到函数。如果返回。重量= TRUE,权重向量GSNCA发现基因在两类作为第二列返回矩阵。

GSEABase

1.31版本的变化:

用户可见的明显变化

• “h”广泛的支持

错误修复

• (OBOCollection,“graphNEL”)未能包括多个孩子

gtrellis

变化的1.1.1版:

• 打印消息如果输入名称不对应的染色体

• 调用start ()和结束()explictely与GenomicRanges::

• 现在单位轴是正确的

吉他

的变化版本0.99.9:

• 包更名为“吉他”

gwascat

版本2.1.0的变化:

用户可见的变化

• GWAS EMBL的目录数据策划/ EBI现在将使用makeCurrentGwascat: 2015年8月3日更新,comma-space delim。介绍了基因和EFO标签

• 接口实验因素本体(www.ebi.ac.uk / efo)提供:efo.obo。g是一个带注释的graphNEL本体

• 装饰图案gwascatOnt。限制型心肌病介绍

GWASTools

的变化版本1.15.16:

• 添加exactHWE排列参数

的变化版本1.15.15:

• 允许多个情节由基因型不同颜色的配色方案

的变化版本1.15.13:

• pedigreePairwiseRelatedness标识伟大的祖父母/伟大的孙子(GGp)和大伯父的(GAv)

的变化版本1.15.12:

• 允许字符scanID createDataFile

的变化版本1.15.11:

• 添加manhattanPlot坳参数

的变化版本1.15.10:

• createDataFile非限定的值转换为NA。

的变化版本1.15.8:

• alleleFrequency包括扫描与缺失性。

的变化版本1.15.7:

• 添加选项重新排序在vcfWrite样本。

的变化版本1.15.5:

• 添加选项在createDataFile读基因编码的核苷酸。

的变化版本1.15.3:

• 添加βGxE术语assocRegression输出和标准错误。

1.15.2版本的变化:

• 增加病例数和控制assocRegression输出。

1.15.1版本的变化:

• 添加“ci”参数qqPlot函数。

HDTD

1.3.4版本的变化(2015-09-08):

• 更新电子邮件地址的维护者。

v1.3.3变化(2015-07-20):

• 更新后的输出格式的核心功能。

• 固定的小虫子。

1.3.2版本的变化(2015-05-26):

• 描述文件更新。

• 引用文件更新。

1.3.1版本的变化(2015-05-12):

• 描述文件更新。

• 引用文件更新。

• 更新文档。

Heatplus

2.15.2版本的变化:

• 新的集群使邻近集群独特的配色方案

hiAnnotator

1.3.2版本的变化:

• 固定重复featureName列在getSitesInFeature allSubjectCols是正确的。

1.3.1版本的变化:

• plyr换成dplyr

HIBAG

的变化版本1.6.0:

• 版本号是Bioconductor撞发布3.2版本

hierGWAS

的变化版本0.99.3:

• hlr依赖和梅尔·函数

• 固定的计算时,r2 SNP_index =零

HilbertCurve

的变化版本0.99.3:

• 透明度也平均

的变化版本0.99.2:

• 为每个低级函数跳转到顶视图

的变化版本0.99.1:

• 依赖项添加到基础包

的变化版本0.99.0:

• 新版本

hiReadsProcessor

更改版本1.4.0:

• 使用dplyr小计算

HiTC

的变化版本1.13.2:

用户可见的明显变化

• 加载方式的改变相互作用矩阵。在导入期间,lazyload选项将迫使数据存储为三角矩阵。注意一个对称矩阵不是三角的建设。然后,以避免任何错误数据处理,三角矩阵总是转化为对称矩阵之前返回的intdata方法。

• 更新的跟踪显示mapC函数。胶版印刷块相邻的特性

错误修复

• 臭虫固定在使用空的地图时质量控制功能

• 虫固定当策划空矩阵

的变化版本1.13.1:

新功能

• 出口方法getCombinedContacts getCombinedIntervals HTClist对象

用户可见的明显变化

• getCombinedContact现在可以合并为非完整HiTClist HTCexp对象对象。失踪的地图是NA矩阵所取代

• 更新的赋予isComplete、isPairwise getCombinedIntervals高c数据没有染色体内的地图的方法

• 当maxrange mapC函数中的参数设置,所有的地图都显示在相同的规模,这样他们可以互相比较

错误修复

• 臭虫固定与接触mapC地图是空的

• 臭虫固定在seqlevels (HTClist)方法

hpar

1.11.1版本的变化:

• 单元测试< 2015-06-30 >星期二

的变化版本1.11.0:

• 生物3.2版本(猛击)

iGC

版本1.0.0的变化:

• 最初版本

illuminaio

版本变化0.11.2 (2015-09-11):

• 错误修复:readIDAT()现在可以读没有IDAT文件超过127个字符的字符串。

• 错误修复:readIDAT()错误地假定有两个街区RunInfo领域的非加密(v3) IDAT文件。由于戈登Bean (GitHub @brazilbean)报道为上述两个bug和贡献代码。

更改版本0.11.1 (2015-07-29):

• 更新的BiocViews字段描述。

版本0.11.0(2015-04-16):它的变化

• 版本号是撞Bioconductor猛击版本,目前BioC v3.2 R (> = 3.3.0)。

immunoClust

1.1.1:新市区:特点*规范化步骤示例细胞簇的常见meta-cluster模型包括一个主要meta-clustering过程中选择性地激活。变化:*元。我C-binding和返回值被修改的方式的后验概率矩阵Z细胞团属于meta-cluster还计算并返回。BUFIXES: *椭圆位置时不正确的绘图参数子集

InPAS

1.1.9版本的变化:

• 更新文档

的变化版本1.1.8:

错误修复

• 提高distCP网站搜索。

1.1.7版的变化:

错误修复

• 错误“小说远”。

1.1.6版本的变化:

错误修复

• 修复seqlevels风格问题。

1.1.5版本的变化:

错误修复

• 改善limmaAnalyze算法

更改版本1.1.4:

错误修复

• 提高CP的网站调整算法。

更改版本1.1.3:

错误修复

• 缩短CP网站的CPU时间的预测

1.1.2版本的变化:

错误修复

• 更新描述

变化的1.1.1版:

错误修复

• 修复bug在FFT光滑长度3 utr小于光滑的权力

interactiveDisplayBase

1.7版本的变化:

新功能

• .runApp RStudio运行应用程序的“查看器”面板(如果RStudio下的应用程序启动),或在浏览器中。

错误修复

• 应用程序只会在某些版本的闪亮的开始,由于引用“rstudio”或“rstudioapp”搜索路径元素。

IRanges

更改版本测试盒框:

新功能

• 添加“cbind”绑定Rle方法或RleList对象在一起。

• 添加强制RangesList范围。

• 为CompressedAtomicList对象添加“粘贴”方法。

• 为矢量对象添加“扩大”的方法扩大一个向量对象“x”基于列mcols (x)。

• 添加overlapsAny,整数,范围的方法。

• 现在报道”方法接受“转变”和“重量”作为Rle提供。

用户可见的明显变化

• 以下是搬到S4Vectors:——FilterRules东西。——“聚合”的方法。——“分割”方法。

• “和”,“分”,“马克斯”、“意思”,“任何”和“所有”方法CompressedAtomicList对象列表与500 k元素快100倍,为50 k元素快80倍。

• 调整“c”CompressedList对象的方法,以确保它总是返回一个对象的类作为其第一参数相同。

• NCList()构造函数现在传播元数据列。

弃用,已经

• RangedData / RangedDataList没有正式弃用,但现在正式宣布他们的文档所取代的农庄组织/ GRangesList和阻止它们的使用。

• BioC 3.1中被弃用后,IntervalTree和IntervalForest对象和findOverlaps“IntervalTree”算法()现在已经不复存在。

• 被弃用后在BioC 3.1中,mapCoords()和pmapCoords()现在已经不复存在。

• 删除seqapply (), mseqapply (), tseqapply (), seqsplit(),和seqby()(已经在BioC 3.1)。

错误修复

• 修复FactorList当‘压缩= TRUE()构造函数(压缩期间注意水平组合)。

• 对CompressedFactorList修复c()对象(是返回一个CompressedIntegerList对象)。

烤肉串

1.3.4版本的变化:

• 修正的Ubuntu问题realloc linearKernel 0元素的生成内核矩阵稀疏的空

• 校正问题特性的权重和预测资料为位置特定的有缺口的内核

• 校正问题特性的权重和预测档案位置特定主题的内核

• 修正功能权重,通过特征权重预测和预测距离加权内核配置文件

• 更新的烤肉串的引用

v1.3.3变化:

• 新的出口托收kebabsCollectInfo包信息

• 更新的版本依赖Biostrings、XVector S4Vector

• 领先+或-因子校正标签

• 助理型的变化样式表plainnat.bst装饰图案

1.3.2版本的变化:

• 修正的错误在内核列表

• 用户定义的序列内核例子SpectrumKernlabKernel搬到单独的目录

1.3.1版本的变化:

• 误差修正模型选择通过密集LIBSVM进行处理

• 在检查加载SparseM删除问题

1.3.0版本版本的变化:

• 第一次重击1.2.0版本创建的发布版本

KEGGgraph

版本变化1.27.2 (2015-05-25):

• 只有一个子集的进口函数图。它应该解决问题报告:http://stackoverflow.com/questions/30428860/proper-use-of-optional-package-features-and-dependencies。

版本变化1.27.1 (2015-05-04):

• 由于输入的Anders Ellern Bilgrau,错误是固定导致多个graphNEL对象的边缘

mAPKL

变化的1.1.1版:

• 一个新函数,“probes2pathways”已被添加。

• 我已经添加到多个网络重建的方法。“aracne。”和“aracne。m”是包含在“r-package parmigene”。

• 我已经取代了“预处理”功能的类型制作tiff格式图像的jpeg,分辨率= 300 dpi。

metabomxtr

1.3.6版的变化:

• *让小修改参数函数mixnorm *添加mixnorm装饰图案

1.3.1版本的变化:

• *添加mixnorm函数归一化非目标代谢组学研究

metagene

version 2.2.0变化:

• 添加检查,以避免产生相同的矩阵或数据帧时,第一个函数调用后参数仍然是相同的。

• 容量分析在多个(optionnal)中间步骤(add_design produce_matrices和produce_data_frame)。

• 现在支持narrowPeak和broadPeak格式。

• 添加多个getter访问metagene成员现在都是私人(get_params、get_design get_regions, get_matrices, get_data_frame, get_plot, get_raw_coverages get_normalized_coverages。

• 添加了《海军罪案调查处》为噪声去除算法。

• 取代了旧数据集promoters_hg19、promoters_hg18 promoters_mm10和promoters_mm9可以访问数据(promoters_ ? ? ? ?)。

• 添加flip_regions和unflip_regions切换区域定位基于链。

metagenomeFeatures

版本变化0.0.0.9 (2015-09-14):

• 预发布Bioconductor

metagenomeSeq

1.11版本的变化:

• 添加fitFeatureModel——基于特征zero-inflated对数正态分布模型。

• 添加MRcoefs、MRtable MRfulltable支持fitFeatureModel输出。

• 添加在装饰图案。

• 增加了对规范的支持矩阵而不是MRexperiment对象。

• 固定cumNormStat的非默认qFlag选项

metaseqR

版本变化1.9.21 (2015-10-08):

新功能

• 添加一个输出列表成员的主要管道(metaseqr)包含所有处理数据的方式可以很容易地用于下游分析r也包含metaseqr管道调用和参数。

错误修复

• 固定破碎的依赖与删除凹口包夫人这是用于费舍尔假定值的组合。修复是通过复制所需的两个函数从最后夫人存档版本(1.2)。

• 固定make.sample bug。使函数无法使用列表(滨Adamou-Tzani学分)。

• 固定一个非常特殊情况的报告生成的小虫只有一个基因传递多个测试校正截止(谢谢,Martic Reszcko, BSRC亚历山大·弗莱明)。

• 固定问题,费舍尔假定值组合方法(返回所有NA由于不存在假定值的名字vecror)。

• 固定的错误基因与生物型过滤的旗帜。

版本变化1.9.0 (2015-05-27):

新功能

• 出口能力添加JSON几个图表Highcharts库用于交互式可视化。

错误修复

• 一个也没有。

metaX

的变化版本0.1.0:

• 第一个发布版本

methylPipe

v1.3.3变化:

• 更新或固定以下功能:+ profileDNAmetBinParallel:固定错误时单负链为分析农庄

1.3.2版本的变化:

• 更新或固定以下功能:+冰毒。调用: coverage is outputted now as an GRanges object + findDMR: coverage threshold is used even for unmethylated cytosines + getCposChr: fixed bug which was ignoring Cytosines at the boundary of genomic ranges on both sides

minfi

1.15版本的变化:

• 添加测试preprocessNoob preprocessFunnorm。

• 外汇preprocessNoob的一些详细的输出。

• 添加non-exported功能.digestVector进行测试。

MLInterfaces

的变化版本1.49.8:

• 使learnerIn3D定制< 2015-07-28 >星期二

的变化版本1.49.7:

• 修复的asNA0传播性能分析功能(实现2014-10-16星期四,对2015-07-28星期二)

的变化版本1.49.1:

• 添加hclustWidget

mogsa

变化的1.1.1版:

新功能

• 更新了moCluster功能,包括以下功能:导出“bootMbpca”、“distMoa”、“moGap”,“softK”、“mbpca”,“moaScore”、“moaCoef”

motifStack

的变化版本1.13.8:

新功能

• 改善plotMotifStackWithPhylog情节。

的变化版本1.13.7:

• 更新的文档

的变化版本1.13.6:

错误修复

• 情节2与motifStack主题函数时修复bug。

的变化版本1.13.5:

新功能

• 提高DNAmotifAlignment的算法。取代了ALLR平均信息内容。

的变化版本1.13.4:

新功能

• 提高DNAmotifAlignment的算法

错误修复

• 任何更改分类为“修复”(包在积极开发)

的变化版本1.13.3:

新功能

• 添加reorderUPGMAtree函数

错误修复

• 任何更改分类为“修复”(包在积极开发)

的变化版本1.13.2:

新功能

• 添加mergeMotifs函数

错误修复

• 任何更改分类为“修复”(包在积极开发)

的变化版本1.13.1:

新功能

• 添加plotMotifOverMotif函数

错误修复

• 任何更改分类为“修复”(包在积极开发)

msa

的变化版本1.2.0:

• Bioconductor 3.2版本的新分支

MSnbase

的变化版本1.17.16:

• 新的默认参数的特性重量在iPQF玛蒂娜·费舍尔(见公关# 65)< 2015-10-07 >结婚

的变化版本1.17.15:

• 修复错误情节人太阳< 2015-08-23 >

的变化版本1.17.14:

• 修复错误归咎于人< 2015-08-17我>

的变化版本1.17.13:

• 部分重写writeMgfData < 2015-05-16 >星期四

• 初始hmap函数< 2015-07-16 >星期四

• 修复bug在策划MS1光谱(关闭问题# 59)< 2015-07-16 >星期四

• 新形象的实现,基于@vladpetyuk的副总裁。misc: image_msnset < 2015-07-25 >坐

• 改变了弃用警告消息读取MzTab数据版本0.9时,使用旧的读者不仅可以获得意外和向后将被保存文件格式兼容性< 2015-07-30 >星期四

的变化版本1.17.12:

• 修正显示MIAPE一些otherInfo NA < 2015-07-15 >结婚时

的变化版本1.17.11:

• 添加单元测试< 2015-07-01 >结婚

• 解决大量列选择在创建MSnSet形式MzTab < 2015-07-01 >结婚

• 新mzTabMode mzTabType快捷访问器模式和类型的mzTab数据< 2015-07-01 >结婚

的变化版本1.17.10:

• 修复URL < 2015-06-30 >星期二

的变化版本1.17.9:

• calculateFragments“neutralLoss”观点是现在(之前是一个合乎逻辑的)列表,看到# 47。< 2015-06-24 >结婚

• 添加defaultNeutralLoss()函数来填补calculateFragments修改“neutralLoss”参数,看到# 47。< 2015-06-24 >结婚

的变化版本1.17.8:

• 强迫IBSpectra MSnSet,根据用户请求< 2015-06-23 >星期二

• 新iPQF combineFeature方法< 2015-06-24 >结婚

的变化版本1.17.7:

• 修复支持identification-only mzTab文件< 2015-06-22我>

的变化版本1.17.6:

• 导出元数据,MzTab-method < 2015-06-19 >星期五

• 取代光谱,MzTab-method psm, MzTab-method < 2015-06-20 >坐

• 变化的意义calculateFragments“修改”的论点。现在修改添加氨基酸或肽的质量。之前更换。太阳< 2015-06-21 >

• calculateFragments收益特性来处理N - / c端修改,见# 47。太阳< 2015-06-21 >

• 更新readMzTabData示例< 2015-06-22我>

的变化版本1.17.5:

• 新的MzTab类来存储一个简单的解析MzTab版本1的数据文件。看到了什么? MzTab细节。< 2015-06-16 >星期二

的变化版本1.17.4:

• 新的FoICollection长度方法实例< 2015-06-06 >坐

• 新的image2函数矩阵对象,像MSnSets方法< 2015-06-10 >结婚

• 形象,MSnSet x和y轴标签样本和特征< 2015-06-10 >结婚

• 固定在purityCorrect bug,达里奥Strbenac报道< 2015-06-11 >星期四

的变化版本1.17.3:

• iTRAQ 8-plex校正因子和杂质矩阵< 2015-05-22 >星期五

的变化版本1.17.2:

• 新的filterZero函数< 2015-05-01 >星期五

的变化版本1.17.1:

• 新的MSnSetList类太阳< 2015-04-19 >

• 新的commonFeatureNames函数< 2015-04-14 >星期二

• 新的compareMSnSets函数< 2015-04-19太阳>

• 分裂和不可分割的MSnSets / MSnSetLists太阳< 2015-04-19 >

的变化版本1.17.0:

• 新的Bioc猛击版本3.2

MSnID

1.3.1版本的变化:

• S4方法“到达”和“蛋白质”ProtGenerics外包

MSstats

的变化版本3.0.12:

• 删除vignetter文件夹删除安装和构建Bioconductor误差

的变化版本3.0.9:

• dataProcess

• 添加选项' cutoffCensored =“minFeatureNRun”。

• summaryMethods = " TMP”:输出会有“more50missing 'column。

• remove50missing = FALSE选择:删除运行已超过50%的失踪的测量。它将影响TMP,审查选项。

• MBimpute:归咎于审查通过生存模型(尾部)截止审查的价值

• featureSubset选项:“所有”、“超越”、“优质”

• 改变默认的。-groupComparisonPlots

• 的热图,logBase = 10,设置了修复bug。

的变化版本3.0.8:

• dataProcess:当censoredInt = " 0 ",强度= 0的作品即使skylineReport = FALSE。

• dataProcess,审查=“0”或“NA”:对于某些运行完全缺失修复bug。

• cutoffCensored = " minRun”或“minFeature”:截止为每个运行或每个特性比最低数量少(99%)。-summaryMethod = " TMP”,审查工作。censoredInt = NA或0,cutoffCensored = 0, minFeature minRun

版本3.0.3的变化:

• skylineReport dataProcess:新选项。天际线MSstats报告,有“截断”列。如果截= = True,移除它们。并保持零值summaryMethod =“地平线”。

• groupComparison:天际线选项,t。测试,val.equal = TRUE,这是没有调整自由度,只是汇集方差。

mzID

1.7.1上版本的变化:

• 从ProtGenerics进口仿制药

• 出口基类

mzR

2.3.3版本的变化:

• 撞到新的Rcpp 0.12.1版本< 2015-09-29 >星期二

2.3.2版本的变化:

• 修复错误/故障山峰,mzRpwiz < 2015-07-31 >星期五

2.3.1版本的变化:

• 更新Rcpp版网站消息指支持< 2015-05-08 >星期五

NanoStringDiff

的变化版本0.99.0:

新功能

• 最初的版本。

nethet

1.1.1:包。添加screen_cvglasso协方差矩阵作为输出。

nondetects

的变化版本1.99.0:

• 添加选择模型的输出参数。

• 添加选择多个归责。

• 为模型添加选项功能。

npGSEA

1.5.1版本的变化:

• 添加论文引用

omicade4

1.9.1版本的变化:

新功能

• 新功能托普瓦

OmicsMarkeR

1.1.0版本的变化:

• 变化:

  • 添加了modelList提供用户目前实现的方法的列表。

  • 详细的参数在fs。稳定,fs.ensembl。稳定,& fit.only。模式已被更改为一个字符选项指示详细输出的程度。

  • 堪培拉添加了稳定与前面的实现并不是与RPT兼容。看到了什么?堪培拉。稳定的更多细节。

  • 实现了更多的测试包更稳定。

OncoSimulR

版本变化1.99.9 (2015-10-08):

• 固定消息文件。

• 空文件删除。

版本变化1.99.8 (2015-10-01):

• 测试“initMutant oncoSimulSample 2“偶尔失败了。

版本变化1.99.7 (2015-09-27):

• initMutant oncoSimulPop和oncoSimulSample可用。

版本变化1.99.6 (2015-09-26):

• 提高测试覆盖率和移除stringsAsfactors从测试。

• 一致的Bozic角落病例的处理。

• Miscell小文档的改进。

版本变化1.99.5 (2015-06-25):

• 固定在initMutant bug,添加测试,和装饰图案部分。

版本变化1.99.4 (2015-06-22):

• 策划真正的发展史。

• 试着randutils,奥尼尔。不会使用gcc - 4.6。

• 在Windows / gcc - 4.6 bool问题。

• 大多数。在测试中。

版本变化1.99.3 (2015-06-19):

• 更多的例子来装饰图案

• 使用Makevars

• 更多的功能plot.fitnessEffects

• 现在将Windoze工作吗?

版本变化1.99.2 (2015-06-19):

• 固定的错误和其他辅修vignett。

版本变化1.99.01 (2015-06-17):

• 许多重大变化:做完了搬到2

• 指定的限制(2)的新方法,允许任意上位相互作用和秩序的影响,和非常大的(超过50000个基因)的基因组。

• 当onlyCancer = TRUE,所有迭代c++。

• 许多测试补充道。

• 随机生成DAG。

• 一些默认值v。1改变。

版本变化1.99.1 (2015-06-18):

• 再次尝试编译与SSTR Windoze。

• 减少与resaveRdaFiles RData对象的大小。

• 尝试编译在Mac:太RNG必须包括所有随机文件。

版本变化1.99.00 (2015-04-23):

• 积累的变化前99.1.2 99.1.14:

• 变化的中间版本1.99.1.14 (2015-04-23):

• 现在事情还好(我搞砸了回购)

• 变化的中间版本99.1.13 (2015-04-23)

• 添加几滴= FALSE。,他们的缺席导致一些奇怪的崩溃边缘案例。

• 增加版本做出明确的用于肛门。立方氮化硼。

• 变化的中间版本99.1.12 (2015-04-22)

• 删除大量的未使用的转换助手和增加了更多的严格的检查和测试的检查。

• 变化的中间版本99.1.11 (2015-04-18)

• 测试转换助手现在真的工作。

• 变化的中间版本99.1.10 (2015-04-16)

• 添加转换帮手作为单独的文件。

• 添加测试转换的帮手。

• 添加generate-random-trees代码(单独的文件)。

• 现在更严格偏序集格式和转换。

• 变化的中间版本99.1.9 (2015-04-09)

• 添加零突变为当我们耗尽可变位置,由于不清楚如何使用BNB然后。

• 变化的中间版本99.1.8 (2015-04-03)

• extraTime补充道。

• 变化的中间版本99.1.7 (2015-04-03)

• endTimeEvery移除。现在使用minDDrPopSize如果必要的。

• 变化的中间版本99.1.6 (2015-03-20)

• untilcancer和oncoSimulSample一起工作

• 变化的中间版本99.1.5 (2015-03-20)

• 使用untilcancer分支

• 变化的中间版本99.1.4 (2014-12-24)

• 添加计算分钟出生比率/ /突变突变和死亡。

• 变化的中间版本99.1.3 (2014-12-23)

• 固定段错误时只打墙的时间和采样一次。

• 变化的中间版本99.1.2 (2014-12-16)

• 只采样一次

openCyto

1.7.1上版本的变化:

增强

• 新的API: add_pop函数允许用户控制方法应用于GatingSet无需编写完成csv模板

PAA

v1.3.3变化(2015-07-14):

一般

• 没有变化。

新功能

• 没有变化。

改进

• 没有变化。

修改

• 没有变化。

错误修复

• 错误在loadGPR()函数固定(由于错误的正则表达式没有进口一些数据行从gpe文件在PAA版本1.3.2 1.3.1 - >错误并没有相关的1.3.0版本版本及以上)。

1.3.2版本的变化(2015-06-22):

一般

• 更新最新的R版本已发布的几天前(2015-06-18)。

• 由R-3.2.1

新功能

• 没有变化。

改进

• 没有变化。

修改

• 1.3.1纠正新闻文件的版本(错误的版本号为最后更新的新闻文件)。

错误修复

• 没有变化。

1.3.1版本的变化(2015-06-17):

一般

• 可选那么使用rlm正常化(ProtoArrays)所使用的函数normalizeArrays (), plotNormMethods()和plotMAPlots()已经完全重新实现为了修复一些错误和简化的使用这些函数(细节:见下文)。

• 由R-3.2.0

新功能

• 没有变化。

改进

• 由于修改EListRaw对象ProtoArrays normalizeArrays功能的使用(),plotNormMethods()和plotMAPlots()简化因为一些过时的观点已被移除(见“修改”)。Esp,提供第二个controls-specific EListRaw对象控制数据和信息太复杂,有一些用户混淆。现在所有控制spot-specific数据和信息存储与探测特定数据和信息在一个扩展EListRaw对象。

修改

• 一方面,参数的控制。elist”、“探地雷达。路径”、“目标。路径”和“contr.names”了normalizeArrays功能(),plotNormMethods()和plotMAPlots ()。另一方面,“控制”的观点已经添加到函数normalizeArrays (), plotNormMethods()和plotMAPlots ()。

错误修复

• 由于重新实现的可选那么使用rlm正常化(ProtoArrays)所使用的函数normalizeArrays (), plotNormMethods (), plotMAPlots(),所有的bug报告的用户从版本1.0.0是固定的。

pandaR

的变化版本3.2.0:

• 初始版本的pandaR熊猫算法实现了基因调控网络推理从基因表达,主题和蛋白质相互作用数据序列。

• 包括函数构造子集由两部分构成的网络和离散化TF-gene edgeweights。

• 利用igraph库显示一个子集感兴趣的基因调控网络。

pathview

1.9.3版本的变化:

• pathview可以接受多个通路的矢量id、用户数据和地图/渲染到所有这些途径在一个电话。

• 一个额外的列”。映射”添加到pathview输出data.frames显示所有基因/复合id映射到每个节点。

• 添加geneannot。地图作为ID或基因注释的泛型函数映射。

• sim.mol。与所有主要的基因数据生成数据ID类型中所有19种残暴,不只是人类。

• 下载。kegg现在让用户选择xml, png或文件类型为每个输入通道下载。与此同时,它使用KEGG REST API而不是古典KEGG下载链接。所有潜在的途径包括一般途径可以下载。

• 解决冗余进口从图包。

• 从XML包导入特定的而不是所有功能。

1.9.1版本的变化:

• 解决安装错误由于最近的变化在KEGGgraph包。

Pbase

的变化版本0.9.1:

• 更新分裂方法解决构建误差< 2015-10-13 >星期二

的变化版本0.9.0:

• Bioc猛击3.2

PECA

1.5.2版本的变化(2015-08-07):

添加功能

• PECASI——微分之间的拼接两组样本在Affymetrix外显子阵列的研究。

PGA

的变化版本0.1.0:

• 第一个发布版本

PhenStat

2.3.1版本的变化:

新功能

• 新添加输出格式:JSON格式。在odr以JSON格式输出应用JSONOutput与PhenTestResult对象作为参数。

兼容性问题

• Box-Cox转换在默认情况下是关闭的。为了swithc testDataset()函数的参数“transformValues”必须设置为TRUE。

phyloseq

的变化版本1.13.6:

错误修复

• droplevels建议采样数据https://github.com/joey711/phyloseq/pull/476

• DESeq2迁移到https://github.com/joey711/phyloseq/pull/533

• extend_metagenomeSeq功能https://github.com/joey711/phyloseq/pull/533

• 与先前版本相关的bug距离增加,主要是在测试和装饰图案

的变化版本1.13.5:

用户可见的变化

• 帮助避免神秘的错误由于名称冲突距离通过与外部加载包距离一个正式的S4 phyloseq方法。

• 改进的文档距离功能和下游过程所依赖

• 迁移支持的方法列表记录,导出列表对象,调用distanceMethodList。

• 改进的距离单元测试和详细的检查,分派工作给准确预期的距离矩阵distanceMethodList中定义的所有方法。

• 改善JSD doc、性能代码,弃用不必要的平行论点JSD

的变化版本1.13.4:

错误修复

• psmelt错误如果用户还加载原始的“重塑”计划,将在调用的函数名称冲突融化。psmelt现在显式地调用reshape2:融化为了避免混淆。https://github.com/joey711/phyloseq/pull/489

• 解决以下注意…:::调用代码包的名称空间。包几乎从不需要使用:::为自己的对象:“JSD.pair”

钢琴

1.10版本的变化:

• 没有变化

podkat

更改版本1.1.3:

• 进一步解决重量()方法的签名“AssocTestResultRanges”

1.1.2版本的变化:

• 解决重量()方法的签名“AssocTestResultRanges”

变化的1.1.1版:

• 修复filterResults()方法签名的农庄

1.1.0版本的变化:

• 新分支Bioconductor 3.2重击

聚酯

现在1.99.3:NB函数导出

1.99.3:注意版本1.99.3在GitHub Bioconductor 1.1.0版本。

1.99.2:bug修复片段生成(最后2基地的成绩单没有测序)

pRoloc

的变化版本1.9.7:

• 新的SpatProtVis可视化类< 2015-08-13 >星期四

• 添加链接到解释的支持/不确定可靠性得分tl插曲< 2015-09-02 >结婚

的变化版本1.9.6:

• 更新REAMDE TL ref

• 更新参考文献lopims文档< 2015-07-30 >星期四

的变化版本1.9.5:

• 更新文档< 2015-07-15 >结婚

的变化版本1.9.4:

• 添加引用TL纸和链接lpSVM代码< 2015-07-06我>

• highlightOnPlot抛出一个警告和无形返回NULL,而不是一个错误当没有特性的< 2015-07-08 >结婚对象

• highlightOnPlot论证< 2015-07-10 >星期五有一个新的标签

1.9.3版本的变化:

• 澄清错误当没有注释参数提供< 2015-05-11我>

• 支持matrix-encoded标记< 2015-05-19 >星期二

• 新的默认addLegend:电池= " n " < 2015-05-20 >结婚

• getMarkers现在支持矩阵标记< 2015-05-20 >结婚

• getMarkerClasses现在支持矩阵标记< 2015-05-20 >结婚

• markerMSnSet unknownMSnSet现在支持矩阵标记< 2015-05-20 >结婚

• sampleMSnSet现在支持矩阵标记< 2015-05-23 >坐

• 更新标记并添加酵母uniprot id < 2015-05-27 >结婚

• plot2D支持预计算dim-reduced数据矩阵作为方法参数,以避免重新计算< 2015-05-27 >结婚

1.9.2版本的变化:

• 丽莎的颜色< 2015-05-08 >星期五

1.9.1版本的变化:

• 新的plot2Ds函数叠加两个数据集在同一PCA情节(2015-04-17星期五)

• 再生biomart setAnnotationParams所使用的数据(2015-04-24星期五)

• 新的setStockcolGui函数通过一个简单的接口手动设置默认颜色(2015-04-29结婚)

• 新的move2Ds函数产生两个MSnSets之间过渡的电影(2015-04-29结婚)

• 功能转换到ids /条款。看到了什么? goTermToId详情< 2015-05-08 >星期五

的变化版本1.9.0:

• 新的Bioc猛击版本3.2

pRolocGUI

1.3.2版本的变化:

• 修复检查警告和错误< 2015-07-20我>

1.3.1版本的变化:

• 新的plotMat2D函数< 2015-05-20 >结婚

• 修复在pRolocVis查询搜索,由pierremj < 2015-05-27 >结婚

• pRolocVis有新方法参数< 2015-05-29 >星期五

1.3.0版本版本的变化:

• 猛击Bioc 3.2

Prostar

的变化版本0.99.0:

• 第一次提交Prostar Bioconductor

ProteomicsAnnotationHubData

的变化版本0.99.3:

• 删除.get1方法和指向相关AnnotationHub文件< 2015-10-09 >星期五

的变化版本0.99.2:

• 使用AnnotationHub:: query()而不是手工构造子集< 2015-09-02 >结婚

的变化版本0.99.1:

• 提交Bioc(发行1292)< 2015-08-25 >星期二

的变化版本0.99.0:

• 第一个版本PXD000001与数据

ProtGenerics

变化的1.1.1版:

• 新mz < -泛型函数< 2015-10-01 >星期四

1.1.0版本的变化:

• Bioc猛击3.2版本

PWMEnrich

4.5.1版本的变化:

• 日志(假定值)转换回假定值为人类使用chi-sq分布版本4:

• 新算法对人类的背景

• 新功能:toPWM(),烤瓷和项目组合管理系统

pwOmics

的变化版本1.1.10:

• 包括阈值参数为“readTFdata”功能

• 改变STRINGdb版本10

变化的1.1.1版:

• 重命名一致同意的动态分析

• 调整小插图工作流图

QDNAseq

的变化版本1.6.0:

释放

• Bioconductor 3.2

改进

• 染色体()不再试图返回染色体名称为整数向量,而是返回一个特征向量

错误修复

• 图()和calculateMappability()现在工作也为其他染色体的名字除了数字和“X”,“Y”,“太”

的变化版本1.4.2 (2015-08-20):

错误修复

• createBins()正确选择染色体时忽略了线粒体DNA。请注意,线粒体DNA只是忽略它叫做“chrMT”时,“chrM”、“太”,或“M”

1.4.1版本的变化(2015-06-30):

改进

• correctBins()现在过滤掉箱丢失的黄土校正估计

qpgraph

2.40版本的变化:

错误修复

• 错误修复qpPrecisionRecall()当参数refGraph是graphBAM对象。

QuasR

的变化版本1.10.0:

新功能

• qExportWig获得createBigWig论点,现在可以创建直接要人文件

• qQCReport现在也生产基地质量块bam-file项目由bam抽样读取文件

• qCount, qProfile qExportWig获得了includeSecondary参数包括/排除次要比对而计算

qvalue

2.1.1版本的变化:

• 处理NA值

• 升级绘图函数

R3CPET

1.2.0:更新:*依赖从DAVIDQuery包,因为它将deprected删除。*固定一些bug DAVIDQuery功能和集成R3CPET。*更新Readme。Rd文件。*更新HPRD。RData Biogrid。RData新igraph类。*一些微小的变化。

RCyjs

的变化版本1.9.8:

错误修复

• 重大(3 x)加速。5000个节点,6000 -边缘图像传输从R Cytoscape大约20秒。

ReactomePA

的变化版本1.13.5:

• 添加支持飞(黑腹果蝇)< 2015-09-22,星期二>

的变化版本1.13.4:

• 更新装饰图案< 2015-08-19,结婚>

的变化版本1.13.3:

• 添加引用ChIPseeker < 2015-07-09,清华>

• 添加“门店数据通路分析”部分的装饰图案< 2015-06-29,我的>

• 装饰图案从Rnw转换为限制型心肌病< 2015-06-29,我的>

的变化版本1.13.2:

• 使其他生物为viewPathway弗拉季斯拉夫•Petyuk < 2015-05-28,清华>见https://github.com/GuangchuangYu/ReactomePA/pull/1

的变化版本1.13.1:

• 更新enrichMap和viewPathway < 2015-05-13,结婚>

地区

的变化版本1.1.8:

新功能

• 添加新功能permTest使用多个评价函数与一个随机过程。这给显著加速当比较单一区域与多个其他功能设置

• 创建了一个新的createFunctionsList()函数,给定一个函数和一个值列表,创建咖喱函数的列表(e。g与一个参数预先分配到每个给定值)

性能改进

• 完全重写randomizeRegions()导致10到100倍加速

错误修复

• 多个小bug修复

regionReport

的变化版本1.3.8:

用户可见的明显变化

• 现在renderReport()和derfinderReport()显示曼哈顿情节为假定值变量(假定值,核反应能量,弗兰克-威廉姆斯调整假定值)。

1.3.7版本的变化:

新功能

• renderReport()现在有“densityTemplates”通过哪些用户可以自定义参数假定值的密度块变量和连续变量。这个地址http://f1000research.com/articles/4-105/v1大卫罗宾逊的请求

1.3.6版的变化:

新功能

• 添加了一个装饰图案与一个例子从bumphunter结果报告。

1.3.5版本的变化:

用户可见的明显变化

• 合并将请求https://github.com/leekgroup/regionReport/pull/7

• 添加“模板”参数renderReport和derfinderReport定制knitr模板使用

• 包装代码with_wd函数在一个临时目录中,评估的目录,但返回到原始目录的用户中断或错误(on.exit)

1.3.4版本的变化:

新功能

• 报告现在有一个助理的链接文件用于参考。这个地址http://f1000research.com/articles/4-105/v1 reflist Karthik Ram的子弹数量4点。

v1.3.3变化:

新功能

• 现在使用derfinderPlot:: vennRegions()来显示基因状态的维恩图。需要derfinderPlot 1.3.2或更高版本。

• derfinderReport()现在有一个“significantVar”参数,允许用户选择确定假定值显著区域,罗斯福调整假定值,或者弗兰克-威廉姆斯调整假定值(如果弗兰克-威廉姆斯调整假定值不存在,那么使用罗斯福调整假定值相反,警告)。

1.3.2版本的变化:

用户可见的明显变化

• 弃用功能与强调他们的名字赞成camelCase功能。这样做是为了简化方案。

1.3.1版本的变化:

错误修复

• 固定renderReport()和derfinderReport()所以他们会打开正确的URL时互动()= = TRUE和用户knitrBootstrap版本GitHub 0.9.0安装而不是最新版本。

rGREAT

1.1.6版本的变化:

• 可以选择的版本

1.1.5版本的变化:

• 小文件的变化

更改版本1.1.4:

• 微小的变化来调整github镜像

更改版本1.1.3:

• 错误消息提取从现在的伟大。

• 的默认值bgChoicedepeneds上gr

1.1.2版本的变化:

• 依赖项添加到基础包

变化的1.1.1版:

• enrivonment的插槽GreatJob内部对象初始化submitGreatJob

rhdf5

的变化版本2.14.0:

新功能

• 改进处理错误消息:HDF5错误消息是简化和转发到R。

• 当读取整数价值数据,尤其是64 -整数和32位无符号整数溢出值现在取而代之的是NA和在这种情况下抛出警告。

• 强迫HDF5-integers R-double时,会显示一个警告当整数精度丢失。

• 新的低水平一般的库函数H5Dget_storage_size实施。

错误修复

• 栈内存分配在堆上而不是阅读大型数据集从吉米·贾(由于补丁)。

• 一些错误已经固定的阅读大的64位整数和32位无符号整数。

• 错误是固定的阅读HDF5包含软链接的文件。

RiboProfiling

的变化版本0.99.7:

• 在riboSeqFromBAM函数捕获。输出跑龙套的方法调用:

的变化版本0.99.6:

• codonPCA功能prcomp kmeans称为统计数据::

的变化版本0.99.5:

• 添加@return printPCA.R roxygen评论

• 更新包IRanges BSgenome.Mmusculus.UCSC。mm10之前检查。

的变化版本0.99.4:

• 非空覆盖率值定义的比例最好的表达了信用违约掉期。

• 新功能:readsToReadStart -它构建的农庄对象阅读基因组的位置开始

• 缩写代替加上

• 修正的阅读开始报道(readStartCov)反向链

• 标题在标题中描述

• 在装饰图案错误修正。

• 风格不一致解决:= <取代-命名参数外周围没有空间”=“当使用命名参数的功能。:somefunc (a = 1, b = 2)周围空间二元操作符的空间毕竟逗号使用camelCase变量和函数名ORFrelativePos - > ORFrelativePos

• 取代1:seq_len (x)的长度(长度(x))

• 取代1:nrow (x) seq_len (nrow (x))

• 尾随空格换成这个命令:“找到。f类型路径”。/ * R - exec perl - pe的s / + / /美元“{}\;”

• countsPlot、histMatchLength plotSummarizedCov:不再直接打印图表。相反,他们返回一个列表的图表。

• 取代“阶级()”测试的“继承”或“是”。

• codonPCA函数不再打印PCA图sequantially。5 PCA图返回,再加上PCA的分数。

• 新功能printPCA打印5 PCA codonPCA产生的情节。

• 文件现在可以在本月的BAM / extdata ctrl_sample.bam。它是用于testriboSeqFromBAM testthat

的变化版本0.99.3:

• 回调函数riboSeq_fromBam无限循环的

的变化版本0.99.2:

• 修改了装饰图案:小说明文本的修正。

• 添加testthat测试以下功能:test-aroundPromoter。R, test-riboSeq_fromBAM。R, test-readStartCov.R

• 介绍了4空间制表

• > 80行字符的比例下降到2%

• 添加进口提出方案或方法的名称空间

• 新的R版本:3.2.2和bioconductor包更新

的变化版本0.99.1:

• 添加biocViews:测序,覆盖、对齐、质量控制,软件,PrincipalComponent

• 添加testthat测试以下功能:test-aroundPromoter。R, test-riboSeq_fromBAM。R, test-readStartCov.R

• 介绍了4空间制表

• > 80行字符的比例下降到2%

• 添加进口提出方案或方法的名称空间v.0.99.0最初版本。

RNAprobR

1.1.2版本的变化:

错误修复

• 固定一个bug bedgraph2norm()通过添加的忽视。链= " FALSE "的缺乏可能会产生错误的结果。

MISC

• 添加引用

RnBeads

1.1.9版本的变化:

• 过滤报告修复时不进行归一化

• 结合修正(RnBSet RnBSet)和BigFf矩阵

的变化版本1.1.8:

• 纠正覆盖率统计数据样本汇总表:网站和NA中不再被认为是甲基化值覆盖率统计数据(一个区别如果一些报道阈值应用)

• 改进方法性别预测。预测性别也包含在导出的注释表

1.1.7版的变化:

• 改进为RnBiseqSets mergeSamples函数

• 一些更多的内存清理

1.1.6版本的变化:

• 基于区域差异甲基化水平只有现在支持

• 小更新微分甲基化报告生成

• 使用disk.dump.bigff性能改进和次要的修正

• 性能改进(更多的内存清理)

1.1.5版本的变化:

• 新选项:disk.dump。bigff ff包的使用包装器类来避免他们INT_MAX问题

更改版本1.1.4:

• 从bioconcuctor修复并行环境设置

更改版本1.1.3:

• 在数据加载一些补丁

• 修复在并行环境设置

1.1.2版本的变化:

• 新的注释包格式

• 支持过滤可交叉反应的探针在英飞纳姆450 k数据集

• 改进的日志在Mac上

的方式

的变化版本1.11.6:

• 修复失败的单元测试< 2015-07-02 >星期四

1.11.5版本的变化:

• 添加测试脚本< 2015-06-30 >星期二

• 更多的单元测试< 2015-06-30 >星期二

的变化版本1.11.4:

• 修复错误的(“(女士,女士:123)”,“CVParam”)并添加单元测试< 2015-06-19 >星期五

1.11.3版本的变化:

• 新的charIsCVParam函数检查是否一个字符代表一个有效简历参数< 2015-06-16 >星期二

的变化版本1.11.2:

• 单元测试< 2015-06-15我>

1.11.1版本的变化:

• 新的字符CVParam强迫方法< 2015-06-15我>

的变化版本1.11.0:

• Bioc猛击3.2

ropls

1.1.11版本的变化:

新功能

• 消息格式更新

的变化版本1.1.10:

新功能

• opls:请模型可以建立单变量为“x”数据

1.1.9版本的变化:

新功能

• opls:默认排列数设为10(而不是100)作为妥协,使快速计算和第一个暗示模型的意义

• opls:最大数量的组件在自动模式下(predI = NA或orthoI = NA)设为10(而不是15)

• 情节。opls: bug修正的单没有排列测试组件模型

的变化版本1.1.8:

用户可见的明显变化

• sacurine数据集名称简化:元数据样本的名字现在“年龄”、“身体质量指数”,“性别”而不是“ageVn”,“bmiVn”,和“genderFc”;variableMetadata现在的名字‘msiLevel’,‘hmdb’,‘chemicalClass’,而不是‘msiLevelVn’,‘hmdbVc’,‘chemicalClassVc’

1.1.7版的变化:

新功能

• 控制,以避免过度拟合加强了:我)设置默认的排列数100(而不是0)和ii)改变默认的情节(“摘要”)包括“置换”和“概述”图形

1.1.6版本的变化:

新功能

• .sinkC参数添加到opls和阴谋。opls方法:星系集成所需的消息

1.1.5版本的变化:

新功能

• 当前实现只支持两级分类

更改版本1.1.4:

新功能

• 重命名槽opls对象:rotationMN - > weightStarMN

更改版本1.1.3:

新功能

• 小有关默认绘制椭圆选择的内部变化和检查之间的兼容性子集大小和交叉验证

1.1.2版本的变化:

错误修复

• 次要的内部变化

变化的1.1.1版:

用户可见的明显变化

• 包装修改(但不是算法)与其他机器学习包是一致的:“opls”现在是一个类和“打印”、“阴谋”,“预测”、“总结”,“上”、“系数”和“残差”方法是可用的(见小插图)

• 重命名方法:roplsF - > opls

• 重命名参数testVi - >现在“子集”这表明指标的培训(而不是测试)的观察

• 价值观:tMN - > scoreMN中性粒细胞- > loadingMN wMN - > weightMN bMN - >系数rMN - > rotationMN varVn - > pcaVarVn tOrthoMN - > orthoScoreMN pOrthoMN - > orthoLoadingMN wOrthoMN - > orthoWeightMN

• 新的(S3)方法的对象类的opls打印汇总图预测残差拟合系数

rpx

1.5.1版本的变化:

• 单元测试< 2015-06-30 >星期二

• 出口和文档pxnodes < 2015-06-30 >星期二

版本1.5.0的变化:

• Bioc版本3.2(猛击)

Rqc

1.4版本的变化:

新功能

• 自定义模板支持添加

• 读取频率结果和情节(rqcReadFrequencyPlot)补充道

• 每个文件上表示读取补充道

• 顶部1读取补充道

• 每个文件的热图情节(rqcFileHeatmap)补充道

• 检查点功能添加(实验)

用户可见的变化

• BPPARAM参数取代了工人的论点

• 文件信息表添加到默认的报告模板

• 函数rqcReadWidthPlot,轴改为比例(%)

• 几乎所有的土地使用colorblid方案

Rsamtools

1.21版本的变化:

用户可见的明显变化

• 连环相撞增添query_bins arg给strand-sensitive周期本行为;cycle_bins更名为left_bins;允许负值(包括负)指定垃圾箱end-of-read基于距离。

• mapqFilter允许规范映射质量过滤阈值

• PileupParam()现在正确地遵循samtools min_base_quality = 13, min_map_quality = 0(此前,值被指定为0和13,分别)

• 支持在bam解析“B”标记文件头。

错误修复

• 段错误范围迭代引入1.19.35,固定在1.21.1

• BamViews并行评估与BatchJobs端需要命名参数

Rsubread

的变化版本1.20.0:

新功能

• 快速排序的输入在featureCounts bam文件。

• 分数计算featureCounts multi-mapping读取。

• 检测复杂indels Subread和Subjunc对准器。

• 包括候选人的位置以读要面向一步提高映射性能。

• 新配方paired-end读取映射,考虑paired-end距离、数量的subread票和不匹配的数量基础。

rtracklayer

1.30版本的变化:

新功能

• 添加readGFF(),一个快速和灵活的人造石铺地面/ GTF解析器实现c .看到了什么? readGFF获得更多信息。

用户可见的明显变化

• import.gff()现在使用readGFF()内部使它快至少5倍在大多数用例和显著减少内存占用。

RUVSeq

1.3版本的变化:

• RUV *方法:新参数“isLog”政府提供对数尺度,如果计数normalizedCounts也将在对数尺度。

• 固定一个缺陷:ε是现在从修正项中删除。

• 新功能makeGroups RUVs scIdx矩阵。

sbgr

更改版本1.0.0 (2015-05-01):

• 初始版本

• 小企业的所有api支持平台

• 第一个小插图添加

seq2pathway

的变化版本1.1.8:

• 使用Sys.info()而不是sessionInfor()来提取平台信息

• 避免使用“\”R

• 添加了一个参数“本体”函数FisherTest_GO_BP_MF_CC ()

1.1.6版本的变化:

• 纠正python为Linux用户路径

• 激活R帮助文件和小品文的演示代码

• 改变了维护者

更改版本1.1.4:

• 更新确切概率法使用老鼠基因背景。

• 取代mm10 GENCODE数据库V3和V4 seq2pathway.data

1.1.2版本的变化:

• 添加引用

更改版本1.0.2中:

• 添加参数UTR3 runseq2gene函数

SeqArray

的变化版本1.10.0:

• 版本号是Bioconductor撞发布3.2版本

SeqVarTools

的变化版本1.7.9:

• 添加更多的选项返回不同等位基因的剂量

1.7.7版本的变化:

• 添加方法来计算等位基因和情节参考分数

的变化版本1.7.6:

• HWE方法返回额外的列和允许排列的基因型

1.7.5版本的变化:

• 添加SeqVarData类结合样本注释与GDS对象

1.7.4版本的变化:

• HWE工作biallelic INDELs SNVs

1.7.3版本的变化:

• 添加duplicateDiscordance两个数据集的方法

• 添加alternateAlleleDetection

SGSeq

更改版本1.4.0:

• 添加importTranscripts()进口人造石铺地面的注释格式

• 添加plotCoverage()的可视化每个基站覆盖和结读过

• 添加predictVariantEffects()预测带注释的蛋白质编码转录剪接变异的影响

• findSGVariants()现在可以处理更复杂的基因模型

• SGVariants列closed5p现在closed3p指个体拼接变异而不是他们属于拼接事件

• Bug修复和其他改进

ShortRead

1.27版本的变化:

用户可见的明显变化

• fastqFilter允许多个输入的文件写到一个“目的地”。

• readAligned (BAM)文件已经失效。QA和相关方法移除。

• srapply删除

sincell

的变化版本1.1.01:

• paramether tsne。θsc_DimensionalityReductionObj已添加到函数

• 函数sc_InSilicoCellsReplicatesObj一直扩展到包含此类噪声模型生成后,负二项分布(NB)。对于每一个基因,NB的色散参数可以估计在三种替代方式允许不同类型的估计(例如用户提供的技术噪声)。看到文档sc_InSilicoCellsReplicatesObj()函数。

SNPhood

版本变化0.99.0 (2015-08-07):

• 各种错误修复

SNPRelate

更改版本1.4.0:

• 版本号是Bioconductor撞发布3.2版本

specL

1.3.7版本的变化:

用户UNVISIBLE更改

• getProteinPeptideTable——添加

1.3.5版本的变化:

用户UNVISIBLE更改

• 阅读。bibliospec -修正

1.3.4版本的变化:

用户可见的变化

• 添加Witold Wolski维护者

用户UNVISIBLE更改

• 阅读。bibliospec——取代旧代码通过使用mcmapply(循环)

• 添加时间meassurements read.bibliospec

v1.3.3变化:

用户可见的变化

• 情节:specLSet吸引α圈iff情节(…,艺术= TRUE)

用户UNVISIBLE更改

• .mascot2psmSet buxfix

• 重命名列的名字spectronaut outpu irt_or_rt红外热成像

1.3.2版本的变化:

用户可见的变化

• 补充说,科学分析和研究中心(序列特定保留计算器)函数

• 添加一个引用文件

1.3.1版本的变化:

用户可见的变化

• 添加因数cdsw

用户UNVISIBLE更改

• 修改为genSwathIonLib单元测试

subSeq

版本1.0.0的变化:

• 最初版本的subSeq包来子样品(或downsample) RNA-Seq实验。

supraHex

1.7.3版本的变化:

新功能

• 允许函数“visHexMulComp”用户输入的行数和列一个矩形网格在飞机被放置

版本是1.7.2变化:

新功能

• 添加一个新的函数“visHexAnimate”动画的多个组件飞机supra-hexagonal网格

synapter

的变化版本1.11.2:

• 修复bug引入1.11.1当强迫从Synapter MSnSet对象,有关详细信息,请参阅这篇文章在支持论坛https://support.bioconductor.org/p/71087/ < 2015-09-27太阳>

1.11.1版本的变化:

• 避免错误当一些fcols失踪当强迫Synapter MSnSet对象——有关详细信息,请参阅这篇文章在支持论坛https://support.bioconductor.org/p/71087/ < 2015-09-07我>

systemPipeR

1.3版本的变化:

概述

• systemPipeR R / Bioconductor包来构建和运行自动化分析工作流广泛的下一代序列(上天)应用程序。重要特性包括一个统一的工作流接口在不同门店应用程序,自动报告生成,并支持R和命令行运行软件,如门店调整器或峰值/变量调用者,在本地计算机或计算集群。有效地处理复杂的样本集和实验设计是通过持续实现样本注释的基础设施。

• 最重要的增强即将发布的包如下所示。

总会在工作流

• 增加了新的端到端工作流3其他门店应用领域:- Ribo-Seq和polyRibo-Seq ChIP-Seq VAR-Seq之前的版本RNA-Seq systemPipeR只包括一个完整的工作流程。

• 添加数据包“systemPipeRdata”与一个命令生成systemPipeR工作流环境(genWorkenvir)包含所有参数文件和所需样本数据快速测试和运行工作流。这种变化也将允许更多的代码示例的评价小插曲包构建/测试过程中比在过去这是可能的。

• 大约20包添加了新功能。预处理程序一些示例:读函数支持SE和PE读取-并行化选项的详细FASTQ质量报告阅读分配块中所有可用功能基因组注释(见? featuretypeCounts)——可视化的报道趋势记录总结为任意数量的记录(见? featureCoverage) -功能预测uORFs / sORFs和使用这些表达式分析——微分表达式/绑定分析包括现在DESeq2以及磨边机

• 添加了额外的命令行参数模板软件,包括但不限于:BWA-MEM, GATK, BCFtools MACS2

• 采用R减价为主要装饰图案。未来的计划是提供对所有工作流的报告模板格式:乳胶/ PDF和R_Markdown / HTML。

WORFLOW框架

• 简化复杂的分析工作流程的设计。工作流可以包含任意数量或R和/或命令行步骤

• 改进的工作流自动化和单机器和计算机集群并行化。这也包括现在许多额外的并行工作流小品文的例子。

TargetSearch

的变化版本1.26.0:

用户可见的明显变化

• TargetSearch现在取决于“ncdf”而不是mzR。

错误修复

• 解决潜在的潜在皮尔逊相关错误时,标准偏差为零。如果是这样的话,更换产生的NA /南零。

• 修复R检查警告。

TarSeqQC

的变化版本0.99.9:

代码

• 修改pileupCounts为了考虑链计数

• 情节变化的方法。从gridExtra arrangeGrob cowplot包被plot_grid改变形式。

• 更新包装饰图案。

的变化版本0.99.8:

代码

• 修改在pileupCounts buildFeaturePanel为了过程重叠功能。

• 包装策划的例子。

的变化版本0.99.7:

代码

• 修改在pileupCounts buildFeaturePanel为了过程重叠功能。

• 修改bedFile建筑为了消除重复的特性基于重复开始,结束,染色体的定义。

的变化版本0.99.6:

代码

• pileupCounts作为一个函数的定义TargetExperiment S4的方法。

• 适应和优化buildFeaturePanel pileupCounts和bplapply使用的方法。

的变化版本0.99.4:

描述文件

• 修改Rsatmools版本的依赖。

的变化版本0.99.3:

代码

• 修改在buildFeaturePanel和summarizePanel并行计算的正确实现。

的变化版本0.99.2:

代码

• BiocParallel而不是平行包用于并行计算。

的变化版本0.99.1:

文档

• 示例数据被编译使用Bioconductor 3.2包。

的变化版本0.99.0:

文档

• 新闻文件是补充道。

移行细胞癌

1.9.3版本的变化:

• 改变默认值。设置的考试。方法=“DESeq2”时默认值分析多群而不复制数据。

• 添加“makeFCMatrix”函数生成的foldchange矩阵用于“simulateReadCounts”功能。

• 函数使用fondchange模拟度矩阵添加到“simulateReadCounts”功能。

TEQC

3.9.1版本的变化:

• 新参数“plotchroms”函数的铬。barplot”,允许指定染色体(和他们的期望的顺序),应当包括在阴谋

• 错误修正关于“TEQCreport”中使用“抵消”基地

TFBSTools

版本是1.7.2变化:

新功能

• 新类TFFMFirst并为下一代TFBSs TFFMDetail。

• 小说TFFM序列的标志。

错误修复

• runMEME修复bug,它总是返回网站积极链序列。

泛太平洋伙伴关系

的变化版本1.9.9:

• CCR-part重大更新:现在可以同时和情节多个实验。

• 现在可以执行指定的比较不同的实验。他们的“比较”列中指定配置表。

• TR-part:假设检验现在分离结果表的创建。因此,引入了一个新的函数(tpptrAnalyzeMeltCurves) - >看到装饰图案。

• CCR-part:曲线拟合及策划现在由单独的功能- >看到装饰图案。

• 错误修复

• 介绍了颜色编码在excel列属于不同的实验输出。这需要openxlsx版本> =测试盒框。

• CCR工作流现在只返回规范化测量如果正常化实际上是执行。总是返回修改的测量和显示后缀“普通的”。

• 数据导入的文件一样现在忽略了报价,这样蛋白质注释字段可以包含单”或“字符。

• 现在支持任意数量的情节颜色熔化曲线或剂量反应曲线。

1.2.5版本的变化:

• CCR-part:褶皱变化现在可以规范化的最低温度在tppccrNormalizeToReference导入的功能。这将确保永远是介于0和转换后的值
  1. 当正常化的最低浓度,这个值是0,添加一个小的常数(1 e15汽油),防止除零。

• nonZeroCols CCR-import:参数可以为空,如果不需要额外的过滤。

• CCR输出:简化过滤,“passed_filter”列现在显示错误,即使不能用于拟合蛋白质(而不是NAs)。

• CCR输出:简化过滤,“passed_filter”列现在显示错误,即使不能用于拟合蛋白质(而不是NAs)。

• CCR输出:列归一化结果从“规范化”改名为“median_normalized”来区分新引入归一化值最低浓度。

• Excel导出:列只不同颜色的实验中,当实验的数量> 1。

• Excel导出:列只不同颜色的实验时,实验的数量> 1。

• Excel导出:相对路径图工作现在TR - CCR的部分

• 数据导入错误修复:惟一标识符现在正确地对待了。

• 错误修正为Excel输出:布尔列条目只有转化为“是”/“不”non-missing值。

• 错误修复在TR-QC情节:不要试图创建Tm差分直方图如果只有一个实验。

• 错误修复TR正常化:fixedReference再次论证工作

• 错误修复TR-QC情节:不要试图阴谋minSlope与Tm-diffs如果没有有效的Tm-diff值是可用的。

更改版本1.1.4:

• 曲线参数“a”和“b”现在报道analyzeTPPTR和tpptrCurveFit的输出。

更改版本1.1.3:

• 固定问题QC-plot代由于gridExtra包更新:在grid.arrange适应高度参数

1.1.2版本的变化:

• 最近更新的gridExtra包到2.0.0版本需要一个小的修复,以确保成功策划融化曲线和参数表。

变化的1.1.1版:

• 修正在配置表从. csv文件导入:1。现在可以处理不同类型的delimitors (“;”,“\ t”,“,”) 2。导入后自动删除空行

1.1.0版本的变化:

• 重击的变化将被提升为版本号

trackViewer

1.5.6版本的变化:

• 更新文档。

• 为优化风格与主题添加新功能。

1.5.5版本的变化:

新功能

• 移除interactiveViewer包。

错误修复

• 任何更改分类为“修复”(包在积极开发)

1.5.4版本的变化:

新功能

• parse2GRanges函数来解析文本到农庄

错误修复

• 任何更改分类为“修复”(包在积极开发)

1.5.3:更正版本的变化

新功能

• 出口importData RleList函数导入数据。

错误修复

• 任何更改分类为“修复”(包在积极开发)

1.5.2版本的变化:

新功能

• 添加农庄运营商:+,-,*,/

• 出口parseWIG函数。

错误修复

• 任何更改分类为“修复”(包在积极开发)

触发

1.15.1版本的变化:

• 微小的变化,固定检查错误

TRONCO

的变化版本2.0.0-16:

• 释放

variancePartition

的变化版本0.99.8:

• 提高警告/错误当设计矩阵接近或完全奇异

的变化版本0.99.7:

• 添加新类varPartResults存储结果fitExtractVarPartModel()和fitExtractVarPartModel()——用户不会注意到任何变化,只有后端是不同的

• 允许计算调整刑事法庭除了刑事法庭。

• 添加分类变量时警告被建模为固定效应

• 修复变系数模型的方差计算分数

• 添加getVarianceComponents()返回差异从lm()或lm()模型

• showWarnings = FALSE抑制警告消息

• 添加fitVarPartModel fxn参数评估模型适合任何函数

的变化版本0.99.6:

• 更新描述信息

的变化版本0.99.5:

• 残差优雅地处理缺失数据并返回一个矩阵

的变化版本0.99.4:

• 例如数据集添加文档

• 转换calcVarPart()从S3 S4函数调用

• 修复拼写错误在装饰图案

的变化版本0.99.3:

• fitVarPartModel()和fitExractVarPartModel()使用S4代替S3调用

的变化版本0.99.2:

• 重命名。varParFrac, sortCols

• 支持ExpressionSet

• 改变选择plotStratifyBy () # Bioconductor之前提交

的变化版本0.99.0:

• 初始版本

VariantAnnotation

的变化版本1.16.0:

新功能

• 支持REF和ALT值”。”、“+”和“-”predictCoding ()

• 返回款非翻译作品人物在VARCODON predictCoding()的输出

• 添加“冗长”选项readVcf()和朋友

• writeVcf()写道“fileformat”标题行

• readVcf()转换REF和ALT值“*”和“我””和“。”

修改

• VRanges默认使用‘*’链

• 强迫“alt”为predictCoding DNStringSet, VRanges-method

• 细节添加到文档的忽视。predictCoding链”()

• 是健壮的单一requrested信息列在vcf文件不存在

• 取代旧SummarizedExperiment类从与新新的RangedSummarizedExperiment GenomicRanges SummarizedExperiment包

• 返回链intronic变异的“主题”locateVariants ()

错误修复

• writeVcf()不重复标题行分块

• 删除额外的标签信息后没有格式的数据

• filteVcf()支持的参数范围

VariantFiltering

1.6版本的变化:

用户可见的变化

• 更新PhastConsDb对象的分数()方法,使10倍更快的检索是指phastCons分数在基因组的间隔。

• 添加了两个新的注释区域编码为fiveSpliceSite threeSpliceSite绑定affyinity的得分,如果评分矩阵。

错误修复

• 修复PhastConsDb对象的分数()方法,这是影响multiple-nucleotide范围从无序序列的输入农庄组织对象的名字。

• 固定snpid2maf()方法,当解码MafDb变异与房颤的价值观的有效数字从95年开始。

xcms

的变化版本1.45.7:

用户可见的变化

• 禁用Rmpi支持和在Windows上使用

的变化版本1.45.6:

新功能

• j . Rainer实现[方法,允许一个xcmsSet子集。

错误修复

• 固定的一个问题。xcmsSet that did not split the phenoData properly. Added some details to the documentation of xcmsSet-class.

的变化版本1.45.5:

用户可见的变化

• xcmsSet sampclass方法将返回的内容列的“类”data.frame phenoData插槽,或者如果不存在,所有因素的交互data.frame(列)。

• sampclass < -方法取代“类”专栏的内容在phenoData data.frame。如果提交data.frame,列的交互计算并存储到“类”专栏。

错误修复

• 固定一个错误导致的错误消息当没有输入文件可用于xcmsSet函数。

的变化版本1.45.4:

错误修复

• 固定xcmsSet levelplot方法中的缺陷。

的变化版本1.45.3:

新功能

• xcmsSet现在允许phenoData AnnotatedDataFrame。

• 新xcmsRaw名额:mslevel:存储提交xcmsRaw mslevel参数。- scanrange:存储提交xcmsRaw scanrange参数。

• 新xcmsSet名额:mslevel:存储mslevel论证xcmsSet方法。- scanrange:跟踪xcmsSet scanrange参数的方法。

• xcmsRaw:新方法- levelplot:类似于图像方法,情节m / z vs RT的颜色强度。- mslevel:返回的值.mslevel插槽。对下游的兼容性,该方法返回NULL如果对象没有相同的命名槽。
  • profinfo:相同的功能作为xcmsSet profinfo方法。- scanrange:返回的值scanrange插槽。对下游的兼容性,该方法返回NULL如果对象没有相同的命名槽。
• xcmsSet:新方法- getXcmsRaw:返回一个xcmsRaw对象的一个或多个文件xcmsSet,最终应用保留时间校正等。- levelplot:类似于图像方法,情节m / z vs RT的颜色强度。允许除了强调确定峰值。- mslevel:返回的值mslevel插槽。对下游的兼容性,该方法返回NULL如果对象没有相同的命名槽。- profMethod: profMethod xcmsRaw方法相同的功能。- profStep: profStep xcmsRaw方法相同的功能。- scanrange:返回的值scanrange插槽。对下游的兼容性,该方法返回NULL如果对象没有相同的命名槽。

用户可见的变化

• xcmsSet更新显示方法显示也对mslevel和scanrange信息。

• 阐述了一些文档条目。

• rtrange和mzrange xcmsRaw方法plotEIC使用默认情况下完整的RT和m / z范围。

• 添加参数“lty”和“添加”为xcmsRaw plotEIC方法。

• getEIC不指定mzrange返回完整的离子色谱m / z范围(即基本色谱峰)。

错误修复

• 检查如果phenoData data.frame或AnnotatedDataFrame抛出一个错误。

• xcmsSet getEIC方法对水锁质量纠正文件的一个子集文件没有评估指定的文件是否被纠正。

的变化版本1.45.2:

错误修复

• xcms分裂()函数接受因素现在xcmsSet短于样本的数量,密切关注更标准的分裂()的行为

的变化版本1.45.1:

新功能

• plotrt现在允许卡扎菲是一个向量的颜色定义,retcor方法的情节一样。

• 添加方法访问phenoData美元列eSet / ExpressionSet喜欢的方式。

• 允许使用“平行”包xcmsSet和fillPeaks.chrom并行处理的功能。

• 感谢j . Rainer !

xps

3.2版本的变化:

版本xps-1.29.1

• 更新自述文件

yaqcaffy

的变化版本1.29.1:

• 更新电子邮件地址< 2015-05-26 >星期二

自上次发布包删除

在这个版本没有包被移除。