2015年4月17日

Bioconductors:

我们很高兴地宣布Bioconductor 3.1，由1024个软件包、241个实验数据包和917个最新的注释包组成。

有95个新软件包，对现有软件包进行了许多更新和改进;Bioconductor 3.1兼容r3.2，支持Linux、32位和64位Windows以及Mac OS x。该版本包括更新的BioconductorAmazon Machine Image而且码头工人的容器．

访问//www.andersvercelli.com有关详细信息和下载。

内容

• Bioconductor 3.1入门
• 新的软件包
• 来自新包和现有包的新闻
• 自上一个版本以来从Bioconductor中删除的包。

Bioconductor 3.1入门

更新或安装Bioconductor 3.1:

1. 安装3.2 R。Bioconductor 3.1是专门为R。

2. 按照以下的说明操作//www.andersvercelli.com/install/．

新的软件包

在这个版本的Bioconductor中有95个新包。

AIMS——这个包包含AIMS实现。它包含了分配五个固有分子亚型(Luminal A, Luminal B, her2富集，Basal-like, Normal-like)的必要功能。分配可以在个体样本上完成，也可以在基因表达数据集上完成。

AnalysisPageServer—AnalysisPageServer是一个模块化的系统，可以通过web共享可定制的R分析。

bamsignals——这个包允许有效地从有索引的bam文件中获取计数向量。它计算给定基因组范围内的读取次数，并计算读取概要和覆盖概要。它还处理成对的端数据。

提供一些功能来检测和纠正DNA甲基化数据中的批处理效应。核心函数“clear”基于潜在因子模型，也可用于预测任何其他包含实数的矩阵中的缺失值。

birte - mRNA分子的表达水平受不同过程的调控，包括转录因子的抑制或激活和microRNAs的转录后降解。biRte利用转录因子、miRNA和可能的其他因子的调控网络，以及mRNA、miRNA和其他可用的表达数据，来预测调控因子对其靶基因表达的相对影响。推理是在使用Markov-Chain-Monte-Carlo的贝叶斯建模框架中完成的。一个特殊的特点是在主动调节器之间进行后续网络逆向工程的可能性。

BrowserViz -来自R的web浏览器中的交互式图形，使用websockets和JSON

BrowserVizDemo——一个BrowserViz子类示例，在浏览器中使用d3绘制xy

BubbleTree - BubbleTree利用同质相关体细胞拷贝数改变(SCNAs)作为肿瘤克隆的标记，提取肿瘤倍性、纯度和克隆性的估计。

canceR -该包是基于cgdsr和其他建模包的用户友好界面，用于探索、比较和分析所有可用的癌症数据(临床数据、基因突变、基因甲基化、基因表达、蛋白质磷酸化、拷贝数改变)，由Memorial-Sloan-Kettering癌症中心(MSKCC)的计算生物学中心托管。

CAnD -对一组祖先比例执行非参数和参数CAnD测试的功能。对于一个特定的祖先亚群体，用户将为每个样本和每个感兴趣的染色体或染色体段提供估计的祖先比例。每个测试将返回每个染色体的p值以及总体的CAnD p值。绘图功能也可用。

Cardinal -实现用于分析质谱成像数据集的统计和计算工具，包括高效预处理、空间分割和分类的方法。

chromDraw是一个简单的包，用于线性和圆形的核型可视化。线性型可视化通常用于核型中染色体结构的展示，圆形可视化用于核型之间的比较。该工具有自己的输入数据格式或基因组范围结构可以作为输入。每个染色体包含块的定义和着丝粒的位置。输出文件格式为*。每股收益和* .。

克隆性-基于同一患者的LOH或全基因组拷贝数谱的肿瘤的克隆性与独立性的统计检验

CODEX -整个外显子组DNA测序数据的归一化和拷贝数变化调用程序。CODEX依赖于使用同一测序管道处理的多个样品的可用性进行归一化，不需要匹配的控制。CODEX中的归一化模型包括专门消除GC含量、外显子长度、靶向和扩增效率以及潜在系统性伪影的偏差的术语。CODEX还包括一个基于泊松似然的递归分割程序，显式建模基于计数的外显子组测序数据。

基因集富集分析是研究支持复杂生物性状的分子机制的一个有价值的工具。由于该方法通常用于整个组学数据集，如转录组，它可能由数据集中基本表示的路径和过程所主导，然而该方法可能会忽略规模较小但高度相关的细胞事件，这些事件可能具有很大的生物学相关性。为了检测这些离散的分子触发器，我们开发了一种工具，共表达基因集富集分析(cogena)，用于聚类差异表达的基因和识别高度相关的分子表达集群。Cogena根据不同的距离指标(如相关性和互信息)为用户提供了一系列的聚类方法，包括分层聚类、基于模型的聚类和自组织映射。cogena获得并可视化聚类后，进行基因集富集。这些基因集可以从分子特征数据库(MSigDB)或用户定义的基因集中获得。通过在表达簇中进行基因集富集，我们发现在组学数据中，与整体相比，在簇水平上分子特征的分辨率有相当大的提高。

彗星- EWAS的可视化结果在基因组区域。除了表型关联的p值，coMET还生成了共甲基化模式图，并提供了一系列注释轨迹。它可以用于其他组的关联扫描，只要数据可以翻译到基因组水平，并且适用于任何物种。

ComplexHeatmap——复杂热图可以有效地可视化不同数据源之间的关联，并揭示潜在的特征。在这里，ComplexHeatmap包提供了一种高度灵活的方式来安排多个热图，并支持自定义注释图形。

conummee -这个包包含一组处理和绘图方法，用于使用Illumina 450k甲基化阵列执行拷贝数变化(CNV)分析。

CopywriteR - CopywriteR通过分析脱靶序列读取从整个外显子组测序生成DNA拷贝数概要。通过利用脱靶序列读取，它允许从WES创建健壮的拷贝数配置文件，具有统一的读取深度和基因组上均匀分布的数据点。

cpvSNP -基因集分析方法将snp水平的关联p值合并到基因集中，为每个基因集计算单个关联p值。这个包实现了两个这样的方法，只需要计算的SNP p值、感兴趣的基因集和一个相关矩阵(如果需要)。一种方法(GLOSSI)需要独立的snp，另一种方法(VEGAS)可以考虑snp之间的相关性(LD)。内置绘图功能可帮助用户可视化结果。

cytofkit -一个集成的细胞计数数据分析管道，能够同时说明细胞的多样性和进展。

diffic -在Hi-C实验中检测不同生物条件下的微分相互作用。提供了用于读取对齐和将数据预处理为交互计数的方法。统计分析基于edgeR，支持归一化和滤波。还有几个可视化选项可用。

diggit -通过diggit算法推断驱动细胞表型的遗传变异

DMRcaller -在两种条件下使用亚硫酸氢盐测序数据，并识别CG和非CG条件下甲基化的差异区域。输入是Bismark生成的CX报告文件，输出是存储为GRanges对象的dmr列表。

边缘包实现了在全基因组基因表达研究中进行差异表达分析的方法。一般研究设计采用最优发现程序和广义似然比检验(相当于f检验和t检验)进行显著性检验。特殊的功能可以帮助分析常见的研究设计，包括时间课程实验。edge还集成了snm、sva和qvalue等软件包，为基因表达分析提供了广泛的工具。

EMDomics - EMDomics算法用于执行有监督的两类分析，以衡量两组间观察到的连续基因组数据的量级和统计显著性。通常数据将是基于数组或基于序列的实验的基因表达值，但其他类型的实验数据也可以分析(例如拷贝数变化)。传统方法如微阵列显著性分析(SAM)和微阵列数据线性模型(LIMMA)使用基于两个分布的汇总统计(均值和标准差)的显著性检验。这种方法缺乏识别组内异质性高水平的组间表达差异的能力。相反，地球移动距离(EMD)算法计算将一个分布转换为另一个分布所需的“功”，从而提供两个分布之间形状总体差异的度量。对样本标签进行排列，为观察到的EMD评分生成q值。

ENCODExplorer——这个包允许用户快速访问ENCODE项目文件元数据，并提供访问帮助函数来查询ENCODE rest api，下载ENCODE数据集并以SQLite格式保存数据库。

ENmix - Illumina HumanMethylation450 BeadChip具有复杂的阵列设计，测量受实验变化的影响。ENmix R包提供了用于低级数据预处理的工具，以提高数据质量。它包含了基于模型的背景校正方法ENmix，以及数组间分位数归一化、数据质量检查、多模态分布cpg探测和数据变化源的功能。为了支持大规模数据分析，该包还为一些常用的数据预处理方法提供了多处理器并行计算包装器，如BMIQ探头设计类型偏差校正和ComBat批处理效应校正。

ensemble bldb—该包提供了创建和使用以抄本为中心的注释数据库/包的函数。数据库的注释是使用它们的Perl API直接从ensemble获取的。功能和数据类似于来自genome icfeatures包的TxDb包，但是，除了从数据库中检索所有基因/转录模型和注释之外，ensemble bldb包还提供了一个过滤器框架，允许检索特定条目的注释，如编码在染色体区域上的基因或lincRNA基因的转录模型。

FISHalyseR - FISHalyseR提供处理和分析数字细胞培养图像的功能，特别是对细胞核内的FISH探针进行量化。此外，它提取每个核和每个探针的空间位置，从而实现空间共定位分析。

FlowRepositoryR—这个包提供了一个从FlowRepository (flowrepository.org)搜索和下载数据和注释的接口。它使用FlowRepository编程接口与FlowRepository服务器通信。

FlowSOM - FlowSOM通过使用自组织映射聚类和最小生成树为细胞术数据提供可视化选项

flowVS -从流式细胞术样本收集的每通道方差稳定通过方差齐性的伯特利特检验。该方法同样适用于微阵列数据。

gdsfmt -这个包为CoreArray基因组数据结构(GDS)数据文件提供了一个高级的R接口，这些数据文件是跨平台可移植的，包括分层结构来存储多个可伸缩的面向数组的数据集和元数据信息。它适用于大规模数据集，特别是那些比可用的随机访问存储器大得多的数据。gdsfmt包提供了专门为小于8位的整数设计的高效操作，因为单个遗传/基因组变体，如单核苷酸多态性(SNP)，通常占用的比特比一个字节还少。数据压缩和解压也支持相对高效的随机访问。它允许并行读取一个GDS文件与包并行支持的多个R进程。

GENESIS - GENESIS软件包为遗传分析中的种群和谱系结构的估计、推断和核算提供了方法。目前的实现提供了执行PC-AiR的功能(Conomos等人，2015年):使用全基因组SNP基因型数据进行主成分分析，在具有相关个体(已知或未知)的样本中进行稳健的种群结构推断。

基因组-基因组间隔的摘要和注释包。用户可以在预先定义的功能区域上可视化和量化基因组间隔，如启动子、外显子、内含子等。基因组间隔表示具有确定的染色体位置的区域，这可能与评分相关，如从HT-seq实验中对齐的读数，TF结合位点，甲基化评分等。该软件包可以使用任何表格基因组特征数据，只要它有基因组间隔位置的最小信息。此外，它可以使用BAM或BigWig文件作为输入。

gespeR -从脱靶混杂RNAi筛选中估计基因特异性表型。每个siRNA的表型是基于靶向基因和非靶向基因建模的，使用正则化线性回归模型。

Ggtree - Ggtree扩展了ggplot2绘图系统，实现了图形语法。Ggtree用于可视化系统发育树和不同类型的关联注释数据。

GoogleGenomics -提供一个R包与谷歌Genomics API交互。

gQTLBase -用于eQTL、mQTL和类似研究的基础设施。

gQTLstats——对eQTL、mQTL、dsQTL等进行高效计算分析。

GreyListChIP -识别输入中有高信号的ChIP实验区域，这些区域在峰值调用期间导致虚假峰值。为了更清晰的ChIP分析，在峰值调用之前删除对齐到这些区域的读取。

gtrellis -基因组级别的网格图可视化受基因组类别(例如染色体)限制的基因组数据。对于每个基因组类别，用轨迹表示的多维数据从不同方面描述了不同的特征。这个包提供了高度的灵活性来安排基因组类别，并在图中添加自定义图形。

HIBAG -它是一个软件包，用于使用SNP数据归咎HLA类型，并依赖于HLA和SNP基因型的训练集。HIBAG可以被已经发布的参数估计的研究人员使用，而不需要访问大型训练样本数据集。它结合了属性套袋(一种集成分类器方法)的概念和单倍型推断的snp和HLA类型。属性套袋是一种利用自举聚合和随机变量选择提高分类器集成精度和稳定性的技术。

免疫聚类-基于流式细胞术数据模型的聚类和元聚类

选择性聚腺苷酸化(APA)是一种重要的转录后调控机制，发生在大多数人类基因中。InPAS是由DaPars算法发展而来的，用于预测和估计mRNA-seq数据的APA和裂解位点。它使用cleanUpdTSeq的力量来调整裂解位点。

IVAS -鉴定影响选择性剪接的遗传变异。

LEA - LEA是一个R包，专门用于景观基因组学和生态关联测试。LEA可以进行种群结构分析和基因组扫描以适应局部环境。它包括从大型基因型矩阵中估计祖先系数和评估祖先种群数量的统计方法(snmf, pca);识别与某些环境梯度或作为生态压力代理变量(lfmm)高度相关的遗传多态性，并控制错误发现率。LEA主要基于优化的C程序，可以根据非常大的数据集的维度伸缩。

LowMACA - LowMACA包是一套简单的工具，通过一致对齐来调查和分析几种蛋白质或pfam结构域的突变概况。您可以使用我们的软件包进行假设驱动的探索性分析，只需提供一组您感兴趣的基因或pfam域。

mAPKL -我们提出了一种混合FS方法(mAP-KL)，它结合了多重假设检验和亲和传播(AP)聚类算法以及Krzanowski & Lai聚类质量指数，来选择一个小而信息量大的基因子集。

MatrixRider -计算整个序列的单个数字，反映了DNA结合蛋白与它相互作用的倾向。DNA结合蛋白必须用PFM基质来描述，例如从Jaspar获得的。

mdgsa -功能是在几个基因组维度上进行基因集分析。包括mirna的方法。

MeSHSim -用于测量MeSH标题和MEDLINE文档的语义相似性

MethTargetedNGS -执行下一步甲基化分析下一代测序数据。

mogsa -该软件包提供了基于多个组学数据进行基因集分析的方法。

msa—这个包为多个序列比对算法ClustalW、ClustalOmega和Muscle提供了统一的R/Bioconductor接口。所有三种算法都集成在包中，因此，它们不依赖于任何外部软件工具，可用于所有主要平台。多序列对齐算法由一个使用LaTeX包TeXshade进行漂亮打印的多序列对齐函数补充。

muscle - muscle执行核苷酸或氨基酸序列的多重序列比对。

NanoStringQCPro - NanoStringQCPro提供了一组质量指标，可用于评估NanoString mRNA基因表达数据的质量，即识别离群值探针和离群值样本。它还为该数据提供了不同的背景减法和归一化方法。它输出标记样本/探测的建议和一个易于共享的html质量控制输出。

netbenchmark -这个包实现了基于基因表达数据的几种基因网络推理算法的基准测试。

nethet -包nethet是一种统计坚实方法的实现，能够从高维数据分析网络异质性。它结合了几个最近的统计创新的实现，这些创新有助于在异构的高维环境中对网络进行估计和比较。特别地，我们提供了在高斯图形模型(微分网络和GGM-GSA;Stadler和Mukherjee, 2013, 2014)，并提供了一种新的基于网络的聚类算法(混合图形套索，Stadler和Mukherjee, 2013)。

OmicsMarkeR—用于“组学”级别数据集的分类和特征选择的工具。它是一个提供多种多变量分类和特征选择技术的工具，同时提供多种稳定性度量和聚合技术。它主要设计用于代谢组学数据集的分析，但有可能扩展到蛋白质组学和转录组学的应用。

PANDA -运行PANDA，这是一种通过组合来自多个互补数据源的信息来发现新网络结构的算法。

parglms——支持glm /GEEs的并行估计，满足分散数据的需求

pmm -并行混合模型(pmm)方法适用于命中选择和交叉比较在多个条件下并行执行的实验中生成的RNAi屏幕。例如，我们可以考虑被RNAi敲除的细胞的测量值或读数，这些细胞被几种病原体感染，或从不同的细胞系生长出来。

podkat—这个包提供了一个关联测试，能够处理非常罕见甚至私有的变体。这是通过考虑变量位置的基于内核的方法完成的。该测试可用于预处理矩阵数据，也可直接用于存储在VCF文件中的变量数据。关联检测可以进行全基因组，全外显子组，或限制在预先定义的兴趣区域。测试由分析和可视化结果的工具补充。

PROPER -这个包提供了基于模拟的方法，用于评估来自RNA-seq数据的差异表达分析的统计能力。

ProtGenerics - Bioconductor蛋白质组学软件包所需的S4通用功能。

pwOmics - pwOmics基于预先分析的用户指定的差异基因/转录本和蛋白质列表，对匹配组学数据集进行基于路径的水平特异性数据比较。对蛋白质组学数据进行单独的下游分析，包括途径识别和富集分析、转录因子识别和靶基因识别，而不是以基因或转录本信息为基础的上游分析，以识别上游转录因子和调控因子。跨平台对比分析提供了数据集成的静态和动态分析工具，可以对单时间点实验和时间序列实验进行综合分析。

QuartPAC -识别蛋白质在整个第四纪结构上的体细胞突变的聚类。

R3CPET -该包提供了一种方法，在给定的cia - pet实验结果中，推断出更可能一起工作以维持染色质相互作用的蛋白质集。

RBM -使用基于重采样的经验贝叶斯方法来评估双色微阵列和RNA-Seq数据集的差异表达。

rcellminer - NCI-60癌细胞系面板作为抗癌药物筛查已经使用了几十年。该面板是作为美国国家癌症研究所(NCI)发展疗法项目(DTP, http://dtp.nci.nih.gov/)的一部分开发的。成千上万的化合物已经在NCI-60上进行了测试，这些化合物已经被许多基因和蛋白质表达、拷贝数、突变等平台广泛表征(Reinhold等，2012)。CellMiner项目(http://discover.nci.nih.gov/cellminer)的目的是集成用于分析NCI-60的多个平台的数据，并为探索NCI-60数据提供一套功能强大的工具。

RCyjs -交互式查看和探索图形，连接R到Cytoscape.js

region - region提供了一个基于可定制排列测试的统计框架，用于评估基因组区域集和其他基因组特征之间的关联。

rGREAT -这个包根据用户的输入构造一个HTTP POST请求，并自动从GREAT web服务器检索结果，使GREAT(基因组区域注释工具富集)分析自动化。

rgsepd - R/GSEPD是R的一个生物信息学包，通过自动化差异表达(使用DESeq2)，然后是基因集富集(使用GOSeq)，最后是一个n维投影，以量化每个样本在哪些方面与两个治疗组相似，帮助R消除转录组样本(RefSeq id的RNA-Seq计数矩阵)的歧义。

Rhtslib -该包提供了用于高通量序列分析的' HTSlib ' C库的1.1版本。这个包主要对希望使用HTSlib的其他R包的开发人员有用。2021欧洲杯体育投注开户使用这个包的动机和说明在vignette, vignette(package= " Rhtslib "， " Rhtslib ")中。

RNAprobR -这个包有助于分析下一代测序数据，其中具有单核苷酸分辨率的位置信息是关键。它允许在表或UCSC兼容的床图文件中应用不同类型的相关规范化、数据可视化和导出。

RnaSeqSampleSize - RnaSeqSampleSize包提供了基于负二项模型的样本量计算方法和用于评估RNA-seq数据差异表达分析的精确检验

RnBeads - RnBeads有助于在基因组尺度上对各种类型的DNA甲基化数据进行综合分析。

RUVcorr - RUVcorr允许对真实和模拟的基因表达数据应用全局去除不需要的变异(脊状版本)。

saps -实现预后特征显著性分析方法(saps)的函数。SAPS为识别与患者生存相关的生物学上重要的基因集提供了一种强大的方法。计算了三个基本统计数据。首先，根据候选基因集的差异表达，将患者分为两个存活组。P_pure为两组无生存差异的概率。接下来，对随机生成的基因集应用相同的程序，并计算P_random作为实现与候选基因集相同显著性的P_pure的比例。最后，通过一致性指数对所有基因进行排序，进行预排序的基因集富集分析(GSEA)，并计算p_rich来表示具有单变量预后意义的基因的候选基因集富集程度。通过计算SAPS_score来总结这三个统计数据，并可选地通过计算随机基因集的SAPS_score来计算q值来估计SAPS_score的显著性。

SELEX-基于SELEX-seq数据量化DNA结合特异性的工具

seq2pathway - seq2pathway是一种用于下一代测序数据功能基因集(或称为通路)分析的新工具，由“seq2gene”和“gene2path”组件组成。seq2基因将基因组区域的序列水平测量(包括snp或点突变坐标)与基因水平得分联系起来，而gene2pathway则将每个样本的基因得分总结为通路得分。seq2基因具有将编码和非外显子区域分配给更大范围的邻近基因的可行性，而不仅仅是最近的一个，从而促进功能非编码区域的研究。基因2通路考虑到与通路外的基因成员相比，通路内基因成员的显著性数量。seq2pathway的输出是定量通路级别评分的一般结构，因此可以功能解释RNA-seq、ChIP-seq、GWAS等数据集，以及从其他下一代测序实验派生的数据集。

seqPattern -可视化寡核苷酸模式和序列基序出现在以公共参考点为中心的大量序列中，并根据用户定义的特征进行排序。

sigsquared -利用二元阈值定义的患者队列的统计特性(生存对数秩检验)，通过对成本函数的优化，sigsquared包可以识别预后不良的患者，减少I型和II型错误。

SIMAT -这个包提供了在选定离子监测(SIM)模式下采集的GC-MS数据分析的管道。该工具还通过使用优化算法为感兴趣的目标选择适当的片段提供了指导。这是通过考虑来自用户提供的库的重叠峰值来实现的。

similaRpeak -这个包计算分配ChIP-Seq配置文件之间相似程度的度量。

细胞分化过程是通过一个连续的分级中间细胞状态来实现的，这些状态可能会被单细胞RNA序列捕获。现有的用于从单细胞数据评估细胞状态层次结构的计算方法可以在一个通用工作流下形式化，该工作流由i)评估细胞间相似性的度量(与降维步骤结合或不结合)和ii)图构建算法(可选地使用细胞聚类步骤)组成。Sincell R包实现了一个方法论工具箱，允许在这样的框架下灵活的工作流程。此外，Sincell还贡献了新的算法，为单细胞RNA序列中的随机因素提供统计支持的细胞状态层次结构。提供了图形表示和功能关联测试来解释层次结构。

skewr - skewr包是一个工具，用于可视化Illumina人类甲基化450k串串芯片的输出，以帮助质量控制。它创建了一个包含9个地块的面板。其中6个图代表了由485,577个总探针的三个子集中的一个给出的甲基化强度或未甲基化强度的密度。这些子集包括i型红、i型绿和II型。其余三个分布给出了这三个子集的beta值的密度。9个图中的每一个都可选地显示“rs”SNP探针和与印迹基因相关的探针的分布，作为位于x轴上方的一系列“标记”标记。

soGGi - soGGi包提供了一个工具集，用于从BAM和bigWig文件以及PWM、rlelist、GRanges和GAlignments Bioconductor对象中创建信号或motif出现的基因组间隔聚合/汇总图。soGGi允许在概要图对象上和之间进行规范化、转换和算术操作，以及通过GRanges对象和用户提供的元数据对图进行分组和分组。使用GGplot2库创建绘图，以允许对返回的绘图对象进行用户定义的操作。结合在一起，soGGi具有一套广泛的方法来可视化基因组数据的基因组间隔组，如基因、超增强子和转录因子结合事件。

用支持向量机在LiblineaR中实现顺式调控元素的检测。

TIN - TIN包实现了一套基于外显子表达谱的转录组不稳定性分析工具。在剪接因子的背景下研究外显子的使用偏差，以分析转录组的不稳定性与剪接因子表达的相关程度。在转录组不稳定性相关分析中，将数据与备选剪接评分的随机排列和随机基因集的表达进行比较。

TPP -分析不同温度(TR)或化合物浓度(CCR)的热蛋白质组分析(TPP)实验。

TRONCO -基因型水平癌症进展模型描述了在癌症发展过程中积累突变的顺序，例如，体细胞突变/拷贝数变化。这些图形模型有助于理解涉及促进癌症进展事件的因果结构，可能预测癌症基因组进展的复杂模式。重构模型可用于更好地表征基因型-表型关系，并为治疗设计提出新的靶点。TRONCO(转化肿瘤)是一个R包，旨在收集最先进的算法，从横断面数据推断进展模型，即从独立患者收集的数据，不一定包含任何明显的时间信息。这些算法需要一个二进制输入矩阵，其中:(i)每一行表示一个患者基因组，(ii)每一列表示与进展相关的事件(先验选择)，0/1值表示在某个患者中是否存在某种突变。目前，TRONCO的第一个版本实现了CAPRESE算法(癌症进展提取与单边)，以推断可能的进展模型排列成树;病死率。L. Olde Loohuis, G. Caravagna, A. Graudenzi, D. Ramazzotti, G. Mauri, M. Antoniotti和B. Mishra。PLoS One，即将出现。这个小插图展示了如何使用TRONCO从拷贝数变化的CGH数据(分类为染色体臂上的增益或损失)推断卵巢癌进展的树模型。 The dataset used is available in the SKY/M-FISH database.

来自新包和现有包的新闻

包维护人员可以添加新闻文件，描述自上一个版本以来对其包的更改。以下软件包NEWS是可用的:

affxparser

1.39.4(2015-01-18)版本变更:

• 健壮性:' GNU make '是一个系统需求(目前)。

• 鲁棒性:似乎不需要，但包现在是一个好公民，在卸载时执行library.dynlib.unload()。

• 清理:现在使用requireNamespace()而不是require()。

• CLEANUP:本机代码的内部清理。

1.39.3(2014-11-26)版本变更:

• 错误修复:readPgf()和readPgfEnv()在某些系统上读取所有单元(探针集)失败。已经添加了大量的包测试来测试这种情况和其他情况。感谢EMBL德国的Grischa Toedt为这个bug提供的报告、故障排除和补丁帮助。

1.39.2(2014-10-28)版本变更:

• BUG修复:readCdf()和readCdfQc()的参数' units '的范围测试由于拼写错误而从未执行，这意味着它可能会请求超出范围的单位。根据系统的不同，这可能导致核心转储或对超出范围的单元进行随机垃圾读取。

• 鲁棒性:为大多数读函数增加了超出“单元”和“索引”参数范围的包系统测试。

1.39.1(2014-10-26)版本变更:

• 鲁棒性:现在所有的方法如果没有元素被请求，即通过不为NULL的零长度参数' indexes '或' units '给出一个信息性错误消息。以前，这种情况将像NULL一样访问所有值。

• 鲁棒性:现在readCelRectangle()如果参数“xrange”或“yrange”的长度不是2，就会给出一个信息性错误消息。

• 错误修复:readPgf()和readPgfEnv()将给出一个错误，如果参数' indexes '被指定为双精度而不是整数向量。

1.39.0(2014-10-13)版本的更改:

• Bioconductor devel版本的版本号发生了变化，现在是R的BioC v3.1(>= 3.2.0)。

AllelicImbalance

1.6.0版本的更改:

新功能

• 设置相位信息的槽位

• 屏蔽参考基因组的生成

• 参考分数折射率的计算

AnalysisPageServer

在0.99.5版本的更改:

• 首次发布到Bioconductor

• 参见AnalysisPageServer小插图了解介绍。

AnnotationDbi

1.30版本的更改:

新特性和API的改变

• 添加mapIds()，它允许错过mget()的用户从AnnnotationDb对象中提取数据:但没有使用mget()的危险(如果传入错误的键则会失败)

• 将dbconn()和dbfile()方法添加到AnnotationDb派生对象应该始终支持的内容列表中

Bug修复和代码维护

• loadDb()现在在是否附加支持包* * * 1.24方面更加智能。x系列新闻* * *

AnnotationHub

在2.0.0版本的更改:

新特性和API的改变

• AnnotationHub是全新的。我们基本上重写了整个剧本。

• 后端是新的(新的数据库，新的跟踪/路由数据的方式等)。

• 前端是新的(新的AnnotationHub对象、新的方法、新的行为、查找和下载数据的新方法)

• 元数据也得到了清理，变得更加一致/可搜索

• 用于填充这些数据的食谱也被清理了。

• 还有一个新的小插图详细解释了如何使用新的AnnotationHub

自上次以来的改进

• 旧的查找数据的方法(一个巨大的路径树)并不能真正伸缩到我们必须提供访问的数据量。所以我们抛弃了它。现在，您有了许多更好的方法来代替搜索术语。

• 可以使用新的显示方法搜索新的集线器接口，但是它可以也完全从命令行进行搜索。这允许您在示例和脚本中以一种更有利于可重复研究的方式使用它。

• 对于希望向AnnotationHub贡献有价值的新注释资源的用户，现在可以编写一个菜谱并测试它是否适合自己。然后，一旦您对它感到满意，您可以联系我们，我们可以向AnnotationHub添加数据。

aroma.light

2.3.3版本变更(2015-02-18):

• 如果plotDensity()的参数' xlim '或' ylim '的值为NA，则默认为相应的数据极值，例如plotDensity(x, xlim=c(0,NA))。

2.3.2版本变更(2015-02-17):

• 健壮性:增加了包测试。代码覆盖率为76%。

• 清理:使用requestNamespace()而不是request()。

2.3.1版本变更(2014-12-08):

• 更新与2.2.1相同。

2.3.0版本的更改(2014-10-13):

• Bioconductor devel版本的版本号发生了变化，现在是R的BioC v3.1(>= 3.2.0)。

2.2.1(2014-12-08)版本更改:

• 小代码清理。

舞会礼服

1.99.6版本的更改:

• 修复了构造函数中的Bug:当对象中只包含一个样例时，对象将被正确构造。

1.99.5版本的更改:

• 当“time”变量的时间点太少，无法适应自然样条曲线时，澄清文档/警告消息

• 修正了子集函数中的错误:没有出现在子集pData中的因子级别现在被删除

1.99.4版本的更改:

• 修复了绘制单转录基因的错误

1.99.3版本的更改:

• 由于findoverlap的更改而更新单元测试

1.99.2版本的更改:

• Bug修正:" ballgown "函数现在处理输入特性名称包含引号(')的情况。

1.99.1版本的更改:

• Bioconductor 3.0版本。0.99.7版本作为1.0.0版本发布。

bamsignals

在0.99.0版本的更改:

新功能

• 创建bamsignals包，这个包用于从已索引的bam文件高效加载计数数据。

BiGGR

1.3.4版本的更改:

• BiGGR的出版物现在可以在PLoS ONE上找到!使用引用(“BiGGR”)查看如何正确引用BiGGR。

Biobase

在2.27版本的更改:

新功能

• 添加写。AnnotatedDataFrame功能;要求samuel.granjeaud

BiocInstaller

1.18.0版本的更改:

新功能

• biocLite()支持github存储库(隐式地，“包”遵循“维护者/包”约定)

相机

1.23.2版本的更改:

错误修复

• 修复generateRules()中的错误，如果没有明确提供匹配极性的离子

1.23.1版本的更改:

错误修复

• 修复generateRules()中带有空中性添加项的错误

癌症

在0.99.3版本的更改:

• 第78行:仅测试具有mRNA表达的基因配置文件以获得配置文件数据。

• getMutData():第96行更改。globalenv为myGlobalEnv)

• 第7行添加testCheckedCaseGenProf()

0.99.2版本的更改:

• 为RUN.GSEA()函数添加文档

• 移除RSvgDevice的依赖。此包不适用于Windows操作系统。

在0.99.1版本的更改:

• 在文档中添加用户可见的重大更改的示例

• 为RUN.GSEA()函数添加文档

• 移除RSvgDevice的依赖。此包不适用于Windows操作系统。

• 在文档中添加示例

• 包发布

红衣主教

在0.99.6版本的更改:

用户可见的明显变化

• 生物导体候选版本7

• 增加引用红衣主教的引文文件

错误修复

• 在' readAnalyze '和' readMSIData '中，删除了Analyze 7.5头中的端序检查，因为一些ABSciex数据文件指定了错误的头大小，从而修复了位错误交换和文件读取错误的错误。

在0.99.5版本的更改:

用户可见的明显变化

• 生物导体候选版本6

• 为红衣主教的设计和开发增加了新的插图

• 现在使用protgeneric对' spectra '， ' peaks '和' mz '使用泛型

在0.99.4版本的更改:

用户可见的明显变化

• 生物导体候选版本5

• 更新小插图与生物的例子

• 增加了新的引文插图

在0.99.3版本的更改:

用户可见的明显变化

• 生物导体候选版本4

• 在情节和图像方法中，“群体”现在被强制分解

错误修复

• 修正了select方法中子集参数的错误

• 修正了NA在' groups '参数中的绘图和图像方法的错误

0.99.2版本的更改:

用户可见的明显变化

• 生物导体候选版本3

• 调整Windows版本的NIPALS单元测试

在0.99.1版本的更改:

用户可见的明显变化

• 生物导体候选版本2

• 清理biocViews

错误修复

• 修正了在SImageSet被分组时，SImageData的协调性因子级别没有被正确更新的错误

在0.99.0(2014-12-22)版本的更改:

用户可见的明显变化

• 生物导体候选版本1

ChemmineOB

1.6.0版本的更改:

新功能

• 基于OpenBabel 2.3.2编译

ChemmineR

在2.20.0版本的更改:

新功能

• 指纹搜索现在提供e值

• 新的SDF绘图函数，draw_sdf

嵌合体

1.9.2版本的更改:

新功能

• 支持导入tophat-fusion-post生成的融合数据。

• 改进了星星导入功能。

• 融合的注释更加稳健，因为它与特定的基因组释放明显相关。例如，h19使用bsgome . hsapiens . ucsc。hg19和TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene

ChIPpeakAnno

3.0.1版的更改:

错误修复

• 当addGeneIDs的输入不正确时给出错误。

ChIPseeker

1.3.15版本的更改:

• update vignette <2015-03-31, Tue>

1.3.14版本的更改:

• 添加池参数在richpeakoverlap <2015-03-30, Mon>

1.3.13版本的更改:

• 更新nutripeakoverlap以支持nShuffle = 0，现在将只报告覆盖与pvalue = NA <2015-03-29，太阳>

• 为plotAvgProf和plotAvgProf2 <2015-03-29, Sun>添加facet和free_y参数

• 更新文档<2015-03-29,Sun>

• 更新plotAvgProf和plotAvgProf2为完全支持置信区间，参见https://github.com/GuangchuangYu/ChIPseeker/pull/6 <2015-03-29, Sun>

1.3.12版本的更改:

• 为plotAvgProf添加置信区间，参见https://github.com/GuangchuangYu/ChIPseeker/issues/3 <2015-03-26, Thu>

1.3.11版本的更改:

• add citation <2015-03-16, Mon>

1.3.10版本的更改:

• 更新GEO data <2015-03-03, Tue>

1.3.9版本的更改:

• 添加参数genomicAnnotationPriorityfor annotatePeak function <2015-02-27，星期五>

1.3.8版本的更改:

• add DOSE citation <2015-02-13，星期五>

1.3.7版本的更改:

• 修正了plotDistToTSS <2015-02-06，星期五>的错误

1.3.6版本的更改:

• 当峰恰好位于基因末端且接近染色体末端时，在分配基因末端下游时会产生NA并抛出误差。此错误已修复<2015-02-03,Tue>

1.3.5版本的更改:

• 修复了getnearestfeatureindicesanddistance在染色体的最开始或最结束达到峰值<2015-01-30，星期五>的错误

1.3.4版本的更改:

• 修正了在plotDistToTSS <2015-01-28, Wed>中引入dplyr的错误

1.3.3版本的更改:

• 更新小vignette使用BiocStyle::latex() <2015-01-26, Mon>

1.3.2版本的更改:

• 修正了导入问题，以满足AnnotationDbi和S4Vectors <2015-01-22, Thu>的变化

cisPath

1.7.4版本的更改:

• 改进

1.7.3版本的更改:

• 修正一个错误

1.7.2版本的更改:

• 文档的改进

1.7.1版本的更改:

• 了一些改进

ClassifyR

1.2.0版本的更改:

• 更多的分类灵活性，现在与参数调优集成到过程中。

• 新的绩效评估功能，如ROC曲线和绩效图。

• 一些现有的预测函数能够返回类分数，而不仅仅是类标签。

cleanUpdTSeq

1.5.4版本的更改:

新功能

• 导出$和$<-方法的类PASclassifier, modelInfo和featureVector。

错误修复

• 没有被分类为“bug修复”的更改(正在积极开发的包)

1.5.3版本的更改:

新功能

• 没有被分类为“新特性”的更改(正在积极开发的包)

错误修复

• 修复了64位和32位版本输出不同的测试文件中的错误。

1.5.2版本的更改:

新功能

• 没有被分类为“新特性”的更改(正在积极开发的包)

错误修复

• 修复predictTestSet文档中的错误。

1.5.1版本的更改:

新功能

• 添加buildClassifier函数来保存分类器。

• 添加测试文件

• predictTestSet也给出了一个不可见的输出。

• 添加类" modelInfo "， " PASclassifier "和" featureVector "

错误修复

• 没有被分类为“bug修复”的更改(正在积极开发的包)

切肉刀

1.5.3版本的更改(2015-02-02):

• 为UniProt设置taxId=9606。ws在装饰图案。

1.5.1版本变更(2015-01-24):

• 如果解理位点的数目小于允许遗漏的解理数目，则添加测试用例。

Clomial

1.3.2版本的变更(2015-04-04):

• 当总计数为零时的小错误检查。

clusterProfiler

2.1.14版本的更改:

• [rich david]当计算失败而不是抛出错误<2015-03-10，星期五>时，在qvalue列报告NA

2.1.13版本的更改:

• 更新小插图<2015-03-07，周二>

2.1.12版本的更改:

• 用户输入现在支持richher和GSEA函数<2015-04-01,Wed>

• 根据剂量<2015-04-01,Wed>的变化，将use_internal_data参数更改为

2.1.11版本的更改:

• 在vignette <2015-03-31, Tue>中添加bitr的例子

2.1.10版本的更改:

• idType和bitr函数用于翻译生物ID。< 2015-03-20,星期五>

在2.1.9版本的更改:

• 当基因不能被DAVID <2015-03-12, Thu>

• 添加返回NULL当DAVID失败(没有富集发现或错误的ID类型)<2015-03-11,Wed>

在2.1.8版本的更改:

• 执行richdavid <2015-03-07，星期五>

在2.1.7版本的更改:

• set includeAll = TRUE默认<2015-03-03,Tue>

• 在plot(compareCluster) <2015-02-26中增加了includeAll选项，Thu>参考:https://github.com/GuangchuangYu/clusterProfiler/issues/9

• 修正了groupGO <2015-02-26, Thu>中的拼写错误

在2.1.6版本的更改:

• add DOSE citation <2015-02-13，星期五>

在2.1.5版本的更改:

• gseKEGG默认也使用在线KEGG数据。< 2015-02-11 >结婚

• 更改' use. keg .db '参数为' use_internal_data '，当我实现GO分析时使用用户特定的注释数据<2015-02-11,Wed>

2.1.4版本的更改:

• update vignette <2015-02-11, Wed>

• 支持像x ~ y + z的公式，由Giovanni Dall 'Olio贡献<2015-02-11,Wed>

• 添加公式接口<2015-02-11,Wed>

• 由Giovanni Dall 'Olio贡献<2015-02-11,Wed>

2.1.3版本的更改:

• 更新vignettes <2015-01-28, Wed>

• 完全支持在enrichment KEGG中使用在线版本的KEGG，现在默认使用在线版本的enrichment KEGG <2015-01-28, Wed>

• 更新引文<2015-01-28,Wed>

2.1.2版本的更改:

• 支持下载最新KEGG注释数据<2015-01-27,Tue>

• 更新vignette使用BiocStyle <2015-01-27, Tue>

2.1.1版本的更改:

• add BugReports URL <2014-12-17, Wed>

CNAnorm

1.13.1:染色体不是从1开始的

cogena

在0.99.3版本(2015-04-02)的更改:

• 使用makeCluster创建集群以避免从Windows检查错误。

在0.99.2版本(2015-04-01)的更改:

• 根据Bioconductor的编码风格更新缩进。

• 修剪长队。

在0.99.1(2015-03-31)版本的更改:

• 为函数添加可运行的示例。

• 将R版本依赖从2.10更新到3.2。

• 为某些函数添加非空值部分。

在0.99.0(2015-03-27)版本的更改:

• 将cogena提交给Bioconductor。

彗星

在0.99.10(2015-04-10)版本的更改:

• 更新regulationBiomart函数和相关的预计算数据，因为ensemble bl最近更新了他们在Biomart中的这些数据的模式。

• 更新文档(人和小插图)

在0.99.9(2015-03-10)版本的更改:

• 更新snpBiomart和structureBiomart函数以及相关的预计算数据，因为ensemble bl最近为这些数据更新了他们在Biomart中的模式。

• 更新文档(人和小插图)

• 添加compute.pvalue.cormatrix函数，只允许可视化显著水平下的相关性。(使用图书馆心理)

• 添加函数comet。列出组组特征之间的相关性

• 用小写字母代替大写字母

• 根据新功能更新基于shine的web应用

在0.99.8(2015-02-15)版本的更改:

• 修正geneesnameensemble，以便在感兴趣的区域没有ensemble基因时不运行

• 修正与相关矩阵加载有关的误差

• 用带的名称更新了染色体的可视化(与Gviz的更新相关)

• 去除基因和转录本的边界可视化，以帮助不同外显子的可视化

• 更新关于彗星闪亮的网站和轨道颜色的小插图

• 随着Gviz的更新，更新注释轨道，现在coMET可以在Gviz上工作(版本1.10.9，当前版本)

在0.99.7(2014-12-19)版本的更改:

• 更新函数“genesensemble”，“genesnameensemble”，“转录tensembl”和“regulationBiomart”，因为ensemble bl mart更改了GChr37中的字段名

在0.99.6(2014-11-25)版本的更改:

• 在命名空间中添加“import irges and S4Vectors”

• 修复小插图中的错误

0.99.5(2014-11-06)版本的更改:

• 使用Gviz更新注释跟踪，因为Gviz更新了(版本1.11.2，开发版本)

0.99.4(2014-11-05)版本的更改:

• 更新手册和插图

• 修复小虫子

• 使用Gviz的BiomartGeneRegionTrack更新注释轨迹

在0.99.3(2014-10-25)版本的更改:

• 更新曼纽尔和小插图

• 更新函数以创建连接到ensemble bl集市的注释轨道(模式更改)

• 修复小虫子

• 增加定义参考基因组的功能(参见ensemble bl mart模式的变化)

在0.99.2(2014-10-16)版本的更改:

• 更新手动彗星。网络文件

在0.99.1(2014-10-16)版本的更改:

• 在suggest of DESCRIPTION文件中添加包“BiocStyle”

• 将小插图和手册中的文件(信息文件、表达式文件和相关文件)的绝对路径更改为相对路径

0.99.0(2014-09-24)版本更改:

• 此脚本的版本草稿

compcodeR

1.3.1:增加引用文件

ComplexHeatmap

在0.99.4版本的更改:

• 修正了设置时的错误cluster_rows为FALSE，但仍然在行上群集。

0.99.2版本的更改:

• 在小插图中添加两个例子

• 在小插图中添加块标签

在0.99.1版本的更改:

• X和y在cell_fun现在单位对象。

在0.99.0版本的更改:

• 第一个版本

文案

1.99.4(2015-04-08)版本变更:

• 修正了当.bam没有索引时日志记录相关的错误

1.99.3(2015-04-06)版本变更:

• 修正了与测试.bam文件排序模式相关的错误

1.99.2(2015-03-21)版本更改:

• 提供的小插图，允许R CMD检查- no-build小插图在<5分钟

• 修正了影响运行的小错误，其中不是所有的样本都由CopywriteR函数分析

• 包括一个对.bam文件排序的测试

• 改进的错误消息

• 修正了影响样本绘图的小错误

• 修正了同时处理>100个样本时导致错误的小错误

• 增加了对缺少正确的染色体名称前缀的捕获区域床文件的支持

• 修正了影响单样本分析读取计数统计的小错误

1.99.0(2015-03-05)版本更改:

• 发布新版本

• 提高了包装的速度

• 实现了徒劳无功的日志记录。记录器包

• 使用访问器函数替换了直接槽位或字段访问

• 实现文本包装

• 用GRanges对象替换了床文件格式的使用

• 创建注释和实验包

• 在R CMD检查时写好所有注释

• 退出时恢复选项

• 调整版本编号为1.99.0

• 实现了并行计算的BiocParallel

• 名称从编码器更改为撰稿人

• 将行缩短为80个字符

• 添加消息文件

• F改为FALSE

• T改为TRUE

• 添加biocViews

• 更改版本为0.99.0

cpvSNP

在0.99.0版本的更改:

• 软件包提交给Bioconductor

CRISPRseek

1.7.6版本的更改:

新功能

• 添加参数foldgRNA，计算具有gRNA骨干序列的gRNA二级结构的最小自由能(mfe)。此外，总结文件中还包含了gRNA主干二级结构单独与gRNA主干二级结构与gRNA可变区域的mfe差异，以及gRNA主干二级结构与gRNA可变区域的括号符号，以方便gRNA的选择。

1.7.3版本的更改:

新功能

• 在offTargetAnalysis中增加了参数chromToExclude来指定染色体不搜索offtargets，这可以用来排除单倍型块

1.7.1版本的更改:

错误修复

• 只搜索输入序列长于gRNA的gRNA。尺寸+ PAM尺寸

csaw

1.1.28版本的更改:

• 添加了getWidths()， scaledAverage()和filterWindows()，以方便在过滤期间的丰度比较。

• 增加了findMaxima()来从范围数据中识别本地最大窗口。

• 添加了profileSites()来检查指定区域周围的覆盖率配置文件，使用wwhm()从配置文件中猜测理想的窗口大小。

• 更改windowCounts()中的默认窗口宽度为50 bp，默认过滤器为固定计数10。同样，当bin=TRUE时，filter=0被尊重。

• 对于summarizeexperiment的所有操作，从废弃的rowData切换到rowrange。

• 的所有实例宠物的pe '，并将getPETSizes()重命名为getpeszes()。

• 删除冗余救援。readParam()中的pair参数。

• 快速补充道。readParam()中的pe参数，用于快速成对端数据提取。为快速下游提取添加了dump()对成对端BAM文件进行预处理。

• 在getBestTest()、combineTests()中增加了对自定义列规范的支持。

• 在combineTests()中，从报告平均log-FC切换为向上/向下窗口的数量。

• 允许getBestTest()返回输出表中与最佳窗口相关的所有字段。

• 增加了upweightpeaks()来计算有利于高丰度窗口的权重。

• 增加了combineOverlaps()、getBestOverlaps()和summitOverlaps()包装器函数，用于处理Hits对象。

• 增加了consolidateszes()，以合并来自多个窗口大小的DB结果。

• 在detailRanges()中为非人类/鼠标系统添加了自定义键/名称规范支持。

• 在readParam()中增加了对特定于串的读取提取的支持，通过strandedCounts()实现特定于串的计数。

• 为mergeWindows()添加了链感知功能。在extractReads()和detailRanges()中增加了对滞留输入区域的保护。

• 改变了在mergeWindows()中拆分大峰值的算法。

• 在windowCounts()、regionCounts()的exptData中存储计数参数。

• 固定小的不准确性与连续性修正添加normalizeCounts()为nb -黄土。

• 切换到片段中点，用于在windowCounts()中对成对的端数据进行分组。

• 增加了对windowCounts()、regionCounts()、correlateReads()中特定于库的readParam对象列表的支持。

• 增加了makeExtVector()，以支持windowCounts()、regionCounts()库之间的可变读取扩展长度。

• 增加了对extractReads()中的读取扩展的支持。

• 更新用户指南，以反映新的和修改的功能。

• 在inst/doc中增加了sra2bam.sh，以重复生成BAM文件来运行UG示例。

• 清理inst/tests中修改函数的代码，为新函数添加新测试。

腰带

2.9.3: bug修复:-通过添加。rbuildignore引入CHECK错误，现在修复。

2.9.2:版本碰撞让BioC每晚构建抓取提交。

2.9.1: BioC开发版本3.1的版本碰撞

2.8.2: bug修复:-删除了对sqliteCloseConnection()的引用(没有被RSQLite 1.0.0导出)。

2.8.1: bug修复:-为与RSQLite 1.0.0的兼容性做了最小的更改

dagLogo

1.5.1版本的更改:

新功能

• 没有被归类为“新特性”的更改(正在积极开发的包)

错误修复

• 尝试在mart服务器不工作时捕获错误。

飞镖

1.15.3版本的更改:

• 新增DoDARTCLQ。以及之前函数中的一些参数和值的变化。

deepSNV

1.99.3(2013-07-25)版本更改:

更新

• 对shearwater vignette做了一些改动

• 重命名参数π。基因和π。backgr makePrior ()

修正

• 修正了bf2Vcf()在没有变量被调用时的错误

1.99.2(2013-07-11)版本更改:

更新

• 更新的引用

• 为bam2R添加verbose选项以抑制输出

• 将loadAllData()的值的mode()更改为" integer "

修正

• 修正了在bf2Vcf()中只调用一个变量的问题

1.99.1(2013-06-25)版本更改:

更新

• 使用编织为更漂亮的小插图

• 包括海鸥装饰图案

修正

• 修复了bf2Vcf的删除问题

• makprior()为所有网站添加背景

1.99.0(2013-04-30)版本更改:

更新

• 海鸥新算法

• 通过汇总包含VCF输出(deepSNV, value= " VCF ")

DEGreport

1.01.01: 10-17-2014 Lorena Pantanolorena.pantano@gmail.com修复了只有一个基因是deg的错误

derfinder

1.1.18版本的变化:

错误修复

• 更新到qvalue 1.99.0

1.1.17版本的变更:

用户可见的明显变化

• 更改引用信息以引用bioRxiv预印本

错误修复

• 打磨与bumphunter >= 1.7.3的交互

• 更新了默认的集群选项，现在BiocParallel::SnowParam()不再有' outfile '参数。

1.1.16版本的变更:

用户可见的明显变化

• analyzeChr()现在使用来自bumphunter 1.7.3版本(或更高版本)的annotateTranscripts()和matchGenes()。正如在https://support.bioconductor.org/p/63568/上宣布的那样，bumphunter中的这些变化允许直接使用非人类注释。在analyzeChr()中，可以通过改变' txdb '参数来使用不同的组织:可以通过'…'实现更好的控制。例如，通过指定annotateTranscripts()中使用的' annotationPackage '参数。

1.1.15版本的变化:

错误修复

• makegenomic icstate()错误地将区域标记为基因内。正确的名称是intergenic。

1.1.14版本的变化:

错误修复

• 修正了calculatePvalues()的一个重要错误!基本上,在内部maxRegionGap默认情况下一步设置为300而不是0。因此，将区域映射到基因组坐标的过程被打乱了。如果您在此修复之前有结果，您可以尝试使用https://gist.github.com/bf85e2c7d5d1f8197707尽可能地修复结果。基本上，区域将是正确的，但p值将与空区域的可用信息近似。只有重新运行derfinder才能真正修复p值。

1.1.5版本的更改:

新功能

• 引入了extendedMapSeqlevels()函数，用于在有关于感兴趣的物种和命名风格的信息时使用GenomeInfoDb。否则序列名保持不变。如果与' verbose = TRUE '一起使用，当无法使用GenomeInfoDb或必须猜测某些信息时，将打印一条消息。

错误修复

• 修复https://support.bioconductor.org/p/62136

1.1.3版本的更改:

新功能

• loadCoverage()和fullCoverage()现在支持BamFile和BigWigFile对象

错误修复

• 修正了loadCoverage()中输入为BamFileList时的错误。基于bug实现测试。Bug报告在https://support.bioconductor.org/p/62073

derfinderPlot

1.1.6版本的更改:

用户可见的明显变化

• 适用于bumphunter版本>= 1.7.6

1.1.3版本的更改:

错误修复

• 在derfinder 1.1.5中调整了plotCluster()和plotOverview()

DESeq2

1.8.0版本的更改:

• 增加了对DESeq()， estimatedistrisions()和nbinomWaldTest()用户提供的模型矩阵的支持。当用户需要编辑模型矩阵时，这很有帮助。

1.7.45版本的更改:

• 在rlog中增加了一个稀疏数据的测试，大部分是零和一些非常大的计数，这将为备选转换提供警告和建议。

• 增加了plotSparsity()，这将帮助诊断使用rlog的问题:由于许多基因大部分为零和少数非常大的计数，数据不像负二项。

1.7.43版本的更改:

• 在counts()和plotCounts()中增加了' replacement '参数，这样，如果" replaceCounts "中的分析存在，就会被使用。提高了Cook计算中使用的最小离散值，这样在一个异常值组中的其他计数本身就不会得到Cook的极端距离。

1.7.32版本的更改:

• 为results()添加了逻辑，它将清空LFC, Wald统计数据并将p-value设置为1，对于“对比”参数结果表，其中对比组均为零计数。由于大小因素的巨大差异，非零低肝细胞也出现了。

1.7.11版本的更改:

• 增加了对DESeq()， estimatedistrisions()和nbinomWaldTest()用户提供的模型矩阵的支持。

1.7.9版本的更改:

• 增加了DESeq2方法的基因组生物学引文。

• 为estimateSizeFactors引入type= " iterate "，这是一种用于大小因子的替代估计器，即使当所有基因都有一个计数为零的样本时，也可以使用它。详情请参见手册页。

1.7.3版本的更改:

• 修正了两个小错误:DESeq() with parallel=TRUE会删除所有计数为零的行，而不是传播NAs。nbinomLRT()提供了' full '和' reduced '的矩阵，设计为~ 1，矩阵被忽略。

DiffBind

在1.13.5版本的更改:

• 增加对阅读excel格式样本表(.xls， .xlsx扩展名)的支持

1.13.4版本的更改:

• 卷起所有更新

• 更新小插图中DESeq2的引用;修复小插图samplesheet

• 使用systemPiper中的vennPlot

1.13.3版本的更改:

• 修复Makevars以避免gnu特定的扩展

• 将' require '替换为' requireNamespace '以消除关于' require '误用的注释

• 从几个注释中删除非ascii字符

在1.13.2版本的更改:

• 更改戈德的电子邮件地址

1.13.1版本的更改:

• 新:dba的颜色向量列表。dba的plotHeatmap和colos。plotPCA标签

• 修正:在dba中改变分数时导致两个情节的错误。plotHeatmap和dba.plotPCA

diffHic

在0.99.0版本的更改:

• 用于从Hi-C数据中检测微分相互作用的新包困难。

剂量

2.5.12版本的更改:

• 当计算失败时，在qvalue列报告NA，而不是抛出错误<2015-03-09,Thu>

• 更新IC数据<2015-03-08,Wed>

2.5.11版本的更改:

• 实现clusterSim and mclusterSim <2015-03-07, Tue>

2.5.10版本的更改:

• 实现enrichNCG and now gseAnalyzer accept setType = " NCG " <2015-04-01, Wed>见http://ncg.kcl.ac.uk

• 更改所有S3泛型和方法的use_internal_data参数为

2.5.9版本的更改:

• 扩展gseAnalyzer支持use_internal_data参数<2015-03-29,Sun>

在2.5.8版本的更改:

• 保持barplot的顺序，按pvalue和defalt排序<2015-02-11,Wed>

2.5.7版本的更改:

• 修正了插图<2015-02-10,Tue>中的错别字

在2.5.6版本的更改:

• 添加organizmapper以满足richkegg <2015-01-28, Wed>的变化

2.5.5版本的更改:

• 引入use_internal_data参数为clusterProfiler <2015-01-27, Tue>

2.5.3版本的更改:

• update vignette <2015-01-27, Tue>

2.5.1版本的更改:

• add CITATION <2015-01-19, Mon>

DSS

在2.5.0版本的更改:

• 实现了检测差异甲基化区域(DMR)的方法。

easyRNASeq

在2.3.4版本的更改:

• Bioc。API更改:添加了丢失的导入，删除了不需要的导入，添加了丢失的包依赖

• 移除在BiocGenerics中定义的泛型

2.3.3版本的更改:

• Bioc。API的变化

2.3.2版本的更改:

• Bioc。API的变化

2.3.1版本的更改:

• 与版本2.2.1相同

2.3.0版本的更改:

• Bioconductor猛击3.1

EBImage

在4.10.0版本的更改:

新功能

• ' paintObjects '允许控制图像边缘的行为

• 函数返回一个Image对象列表

• 默认的' display '方法可以通过选项设置(" EBImage.display ")

• Image ' print '方法的' short '参数

• ' equalize '函数执行直方图均衡

用户可见的明显变化

• ' translate '像之前一样将图像移动到相反的方向

• ' rotate '返回一个以重新计算的边框为中心的图像

• ”。Image强制子类为Image对象

• ' getFrame '以灰度帧的形式返回彩色图像的各个通道

• ' display '方法默认为' raster '，除非交互式使用

• ' combine '只允许合并相同颜色模式的图像

性能改进

• ' filter2 ':使用' fftwtools '包中的方法计算FFT

• ”。nativeRaster ':现在在C中实现

• ' medianFilter ':双值到整数转换已移动到C代码

• ' hist ':修正了装箱问题，提高了性能

错误修复

• ' medianFilter ':固定的多通道图像处理;保留原始对象类

• ”。nativeRaster ':允许任意数量的颜色通道

• ' display ':将缺失的颜色通道设置为空白

EBSeq

1.7.1版本的更改:

• 在EBSeq 1.7.1中，EBSeq包含了一个新的函数GetDEResults()，该函数可用于在双条件实验中获得目标FDR下的转录本列表。对于具有较低方差和潜在异常值的文本，应用此函数及其默认设置获得的结果将更加稳健。通过使用该函数中的默认设置，在任何给定的分析中识别的基因数量可能与以前的版本(1.7.0或更高级)略有不同。要获得与EBSeq早期版本(1.7.0或更早版本)的结果相当的结果，用户可以在GetDEResults()函数中设置Method= " classic "，或使用原始的GetPPMat()函数。genederresults()函数还允许用户通过预先指定的后褶变化修改阈值以目标基因/异构体。

• 此外，在EBSeq 1.7.1中，EBTest()和EBMultiTest()函数中的默认设置将只删除全部为0的副本(而不是删除版本1.3.3-1.7.0中第75分位数小于10的副本)。为了获得与EBSeq 1.3.3-1.7.0版本生成的结果相似的转录本列表，用户可以在应用EBTest()或EBMultiTest()函数时更改Qtrm = 0.75和QtrmCut = 10。

EDASeq

2.1版的变化:

• 修复了plotPCA中的错误:参数k在SeqExpressionSet方法中没有正确传递。

• 修正了plotQuality:在读取相同BAM/FASTQ文件中不同长度时进行修剪的错误。

刨边机

3.10.0版本的更改:

• 增加了romer()的DGEList方法，允许访问旋转基因集富集分析。

• 新函数dropEmptyLevels()用于从因子中删除未使用的级别。

• topTags()的新参数p.v evalue，允许用户为结果应用p值或FDR截止。

• 新的参数之前。count for aveLogCPM().

• DGEList对象的plotMDS方法的新参数pch。旧的参数col现在被删除了，但是可以使用....传递对DGEList对象的plotMDS方法的各种其他改进，更好地标记坐标轴和防止退化维度。

• treatDGE()被重命名为glmTreat()。它现在可以选择使用似然比检验或拟似然f检验。

• glmQLFit()现在是S3的泛型函数。

• glmQLFit()现在中断输出组件s2。适合三个独立的组件:df。Prior, var。post和var。Prior。

• estimateDisp()现在保护适合的值为零，提供更准确的prior.df估计。

• 当计数矩阵的列名不唯一时，DGEList()现在给出一条消息，而不是一个错误。

• 对用户指南的轻微修改。

• 现在在内部使用requireNamespace()而不是require()来访问建议包中的函数。

EnrichmentBrowser

1.1.1版本的更改:

新功能

• 现在基于limma的功能

• ggea。图:布局的扩展控制

• Ggea: *基于快速边缘重采样的排列p值*基于高斯混合的p值近似*用于边缘选择的扩展控制(一致性阈值，边缘类型，…)

ensembldb

在0.99.17版本的更改:

新功能

• 添加了新的函数ensDbFromGRanges，它从GRanges对象中提供的信息(例如从AnnotationHub检索)构建一个EnsDB数据库。

在0.99.16版本的更改:

用户可见的明显变化

• 为ensDbFromGtf添加参数outfile，允许手动指定数据库文件的文件名。

• ensDbFromGtf现在尝试从ensemble中自动获取序列长度。

错误修复

• 修正了从gtf文件名中提取基因组构建版本的功能。

在0.99.15版本的更改:

新功能

• 元数据方法从元数据数据库表中提取信息。

• 函数从(ensemble) GTF文件生成EnsDb SQLite文件。

在0.99.14版本的更改:

错误修复

• 修正了从ensemble中读取包含'或#的表时的问题。

在0.99.13版本的更改:

用户可见的明显变化

• 添加参数“port”到fetchTablesFromEnsembl，以允许指定数据库的MySQL端口。

在0.99.12版本的更改:

错误修复

• 方法有机体的参数“x”改为“对象”。

ensemblVEP

1.8.0版本的更改:

新功能

• 添加VEPParam78类支持ensemble 78

• 添加' flag_pick '， ' flag_pick_allele '， ' pick_order '和' tsl '标志

修改

• 添加新的biocViews术语

erccdashboard

1.1.1版本的更改:

用户可见的明显变化

• Bioconductor 3.1版本增加到1.1.0。

Bug修复和小的改进

• 更新了新闻文件，描述文件，并改进了小插图中的文档。

FGNet

3.2版的更改:

新功能

• HTML装饰图案

• 二部网络:节点现在是圆形和正方形(只适用于“静态”图)

• 添加参数nCharTerm

• clustersDistance:增加参数' clustermethod '，并设置' average '为默认的聚类方法。

• GO证据:为fea_topGO添加了参数(新的数据对象可用:GOEvidenceCodes)

• 为functionalNetwork添加参数vExprColors。

• 顶点大小现在允许设置每个基因的值。

修正

• fea2incidMat:过滤负值

FISHalyseR

0.99版的变化:

• 多探针支持

• 提高了速度

• 参数现在存储在arguments.txt文件中

啪嗒啪嗒地响

1.5.15版本的更改:

• 纠正readgroup.cpp中糟糕的内存管理(不要对vector使用erase !)

• 修正了当预处理在CIGAR字段中遇到*时可能发生的错误。现在它简单地忽略了读取操作(align.cpp)。

1.5.14版本的更改:

• 修正了读取SAM文件中RG:Z标签时可能发生的错误

• 雪茄域允许H字符

• 更正与拓扑顺序相关的垃圾邮件(prox/project.h)

1.5.12版本的更改:

重大变化

• flip触发器可以在多个核上运行。

新功能

• 2个与并行化相关的新选项:- ' sliceCount '进行预处理的片的数量'。实例文件被切断。当OnlyPreprocess设置为TRUE时，它会创建片，然后你可以在每个片上独立地运行FlipFlop。- mc.cores当sliceCount>1时自动将切片分配到多个核上。当使用给定的预处理时。实例和多个样本，它使用几个核心对涉及多个样本的一些操作。

1.5.11版本的更改:

• 在输出的GTF文件中添加每个预测转录本的分数(在一个基因中)。

1.5.10版本的更改:

重大变化

• 多样本程序同时使用多个样本，以增加统计能力。默认情况下，多样本过程是一个带有群套索惩罚的惩罚似然。您还可以选择在使用池数据之后执行简单的改装。

新功能

• 多样本扩展带来的新特性。新的选项是——“样本”。可选的示例文件(每个示例名称一行)
  • 的输出。同时使用多个样本时的输出类型。当等于" gtf "时，输出对应于具有特定丰度的每个样本的gtf文件。当等于“table”时，输出对应于存储转录本结构的单个GTF文件，以及包含所有样本丰度的相关表。- ' mergerefit '如果TRUE使用一个简单的改装策略而不是group-lasso。默认的错误。

微小的变化

• 稍微改变一下成对端图范式。确保一个异构体是图中唯一的路径，对于单端图来说。

• [parameter]添加delta(损失中的泊松偏移量)参数作为选项，以备微调。

• [参数]截止选项现在对单个和成对都是激活的，默认值是1%。

1.5.8版本的更改:

• 将默认的MinCvgCut值从0.25更改为0.05

1.5.7版本的更改:

• 纠正一个愚蠢的错误(在flipflip . r中)，在成对端情况下计算映射片段的总数

1.5.6版本的更改:

重大变化

• 更快的单端和成对端图形实现

• use_TSSPAS:如果是，则开始/结束容器是没有进入/输出连接的(如果给出注释，则+注释)

微小的变化

• 删除可能重复的类型的安全性检查，因为它被解决到readgroup.cpp/getType中

• 返回minJuncCount的默认值为1(我改变主意了!!)

• 取消1.3.9版本的更改(在readgroup.cpp中calculateBound段的极端边界)(我改变主意了!!)

1.5.5版本的更改:

• 允许更简单的2步运行(预处理+预测)。“OnlyPreprocess”选项只允许执行预处理。它创建两个文件的前缀。实例”和“prefix.totalnumread”。然后运行带有选项预处理.instance= ' prefix的触发器。实例'执行预测(它自动读取prefix.totalnumread中的读取总数)

• [预处理]将默认的minJuncCount从1推到2(足够高的默认?)

• [预处理]对成对端预处理的轻微更改，参见processsam选项(-single-only不再自动)

• 开始在c/cpp代码中使用Rprintf来处理用户消息(继续)

1.5.4版本的更改:

• [预处理]解决雪茄字符' S,X，= '(再次!)的小问题，参见align.cpp

1.5.3版本的更改:

新功能

• [预处理]添加minJuncCount作为一个选项，即需要读的数量，认为一个连接/边界是有效的。

1.5.1版本的更改:

• [预处理]解决可能重复读类型的小问题，参见readgroup.cpp中的getType

flowcatchR

1.2.0版本的更改:

新功能

• addTrajectory:改变了addTrajectory函数的实现，显著增加了计算时间

• 粒子:粒子()的实现现在使用BiocParallel -在性能上的巨大增益!

• snap()函数允许用户与图像交互，显示在Frames/ParticleSet上识别的轨迹的附加信息

• shinyFlow()释放!一个闪亮的应用程序是随软件包一起提供的，文档可用于指导探索数据和参数

• Jupyter/IPython笔记本可在包的安装文件夹中获得-作为进一步分析的模板提供

• 小插图:更新以反映当前的实现和最新的功能

• 进行预处理。帧: extended documentation

• BiocViews:添加了一些更适合包当前状态的术语

• 在github上增加了开发版本的url。积极的开发是在那里进行的，因此请随意发送拉请求/功能愿望(https://github.com/federicomarini/flowcatchR/issues)!

• 增加了存储库与Travis-CI的集成

• 添加轮廓:如果图像是灰度的，使用假颜色来增强检测到的粒子

• plot2d。tracktoryset现在能够绘制一个网格，并帮助从轨迹回溯点

错误修复

• 选择。帧: fixed behaviour in select.Frames when selecting a single frame

• Add.contours:修正了灰度图像Add.contours中的错误，阻止了图像的正确组合。现在正确使用假颜色和艾滋病识别

• 粒子:用于计算粒子，增加了检查是否设置了dimnames。之前它会抛出一个错误，但这有点过度了

• 固定的行为在出口。帧

• 输入错误的固定

• 小插图:修正了拼写错误，修正了预处理步骤中的参数名称

• 阅读。帧:额外检查所有文件是否存在

• 灰度图像现在可以通过选择channel = " all "直接预处理

flowMap

1.5.1版本的更改:

用户可见的变化

• 删除支持计算Friedman- Rafsky (FR)统计量基于排列的p值的函数，包括permutePops()和getfrval精子()。电流释放直接从标准法向曲线计算FR统计值的p值。

• 删除构建多个流式细胞术样品比较参考样本的函数，包括makeRefMap()和makeRefSample()。相反，当前版本鼓励用户生成一个多样本相似的细胞群矩阵，这反过来可以用来决定匹配或不匹配的细胞群

• 删除getSomePops()，它用于在跨样本比较中计算选定的细胞群对。当前版本在跨样本比较中计算所有可能的细胞群对的FR统计数据。

FlowRepositoryR

0.99.2版本的更改:

用户可见的明显变化

• 增加了各种访问方法。

在0.99.0版本的更改:

用户可见的明显变化

• 包括额外的单元测试。

• 版本首次提交给BioConductor。

FlowSOM

在0.99.4版本的更改:

新功能

• 额外的功能来区分不同组的样本

在0.99.0版本的更改:

新功能

• 包的第一个版本

flowType

2.7.0版本的更改:

• 修复了一个小错误，使分区矩阵在使用多个阈值时正确显示。

frma

1.19版本的更改:

• 正确引用添加了基因和外显子ST阵列的frma。

• 修改了frma函数的内部工作方式，以便最终将AffyBatch (affy)对象转换为FeatureSet (oligo)对象作为输入。

• 改变了用户可以通过“输入”将自己的fRMA向量传递给fRMA函数的方式。vec”的论点。以前，用户可以提供部分向量集，其余的向量将从默认的frmavecs包中获得。回想起来，这似乎很有可能导致错误。现在，用户必须要么提供所有他们自己的向量要么使用所有默认的向量。如果以前有人混合过矢量，这仍然可以通过加载各自的frmavecs包并手动创建自己的矢量混合来完成。

• Bug修复:在某些操作系统上，由于语言环境的不同，pm函数(affy)返回的探针顺序与存储在frmavecs包中的顺序不匹配。更新后的frmavecs包现在将包含所有探测的pmindex值和所有探测集的affy id。此外，frma和barcode函数现在检查订单是否匹配。如果顺序不相同，这些函数将尝试重新排列探测以匹配。

• 添加新闻。Rd文件。

gCMAP

1.11.3版本的更改:

• bug修正:wiki2cmap函数现在排除从wikipathways下载的空文件解析。

• bug修正:现在导出go2cmap函数。

• bug修正:reactom2cmap函数目前无效，因为reactom2 .db包被破坏了。

1.11.2版本的更改:

• 修改:修正了mroast_score方法的拼写错误。

1.11.1版本的更改:

• 修正:修正了romer_score方法，以适应limma的romer函数中参数顺序的变化。

1.11.0版本的更改:

• 更改:bios更新的版本碰撞。

gCMAPWeb

1.7.2版本的更改:

• 删除冗余的Rd文件。

1.7.1版本的更改:

• BUGFIXUpdated roxygen标签和指定的导入以更细粒度的方式。

gdsfmt

1.3.0-1.3.10版本的更改:

新功能

• 一个新的参数' visible '被添加到函数中add.gdsn (),addfile.gdsn ()而且addfolder.gdsn ()

• objdesp.gdsn ()返回' encoder '以指示压缩算法

• 添加新功能system.gds ()显示系统配置

• 支持zlib压缩数据的高效随机访问，这些压缩数据由独立的压缩块组成

• 支持LZ4压缩格式(http://code.google.com/p/lz4/)，基于r128的“lz4frame API”

• 允许R RAW数据(解释为8位有符号整数)用read.gdsn (),readex.gdsn (),apply.gdsn (),clusterApply.gdsn (),write.gdsn (),append.gdsn ()

• 一个新的论点目标。节点'被添加apply.gdsn ()，它允许向目标GDS变量追加数据

• apply.gdsn (),clusterApply.gdsn ():实参“as”。允许“逻辑的”和“原始的”

• 更多参数检入write.gdsn ()

• 的返回值中的新组件“trait”和“param”objdesp.gdsn ()

• 添加新的数据类型:packedreal8, packedreal16, packedreal32

• 函数中的新参数' permute 'setdim.gdsn ()

用户可见的明显变化

• v1.3.5:添加一个R Markdown小插图

错误修复

• 只是小修小补

• v1.3.2:修复https://github.com/zhengxwen/gdsfmt/issues/7

• V1.3.3:小的修复，'同步。gds同步gds文件

• v1.3.4:修复https://github.com/zhengxwen/gdsfmt/issues/6

• v1.3.5:修复https://github.com/zhengxwen/gdsfmt/issues/8

GeneNetworkBuilder

1.9.1版本的更改:

新功能

• 没有被归类为“新特性”的更改(正在积极开发的包)

错误修复

• 更新的作者的名字。

《创世纪》

在0.99.4版本的更改:

• 修正了pcairPartition()中divMat对角线归零的小错误

在0.99.0版本的更改:

• 创世纪的初始版本。包含执行PC-AiR的功能。

geNetClassifier

1.6.1版本的更改:

• 装饰图案更新

• 增加了斯皮尔曼和肯德尔相关性(argument correlationMethod)

genomation

在0.99.9版本的更改:

改进和bug修复

• 用knitrBootstrap构建的小插图

在0.99.8版本的更改:

改进和bug修复

• 增加了生物信息学引文

• Vignette被转换为HTML格式

• 将测试从test_that改为RUnit

在0.99.0.2版本的更改:

改进和bug修复

• multiHeatMatrix()在common.scale=TRUE时正常工作

0.99.0.1版本的更改:

新的功能和特性

• readBed()函数将床文件作为GRanges对象读入R

改进和bug修复

• readGeneric,readFeatureFlank,read*函数参数“删除”。不寻常”是固定的

0.99版的变化:

新的功能和特性

• 新的绘图功能的可视化ScoreMatrix和ScoreMatrixList multiHeatMatrix, heatMatrix, metaHeat和metaPlot

• ScoreMatrix构造函数可以处理各种输入，包括BAM和wig

genomeIntervals

1.23.2版本的更改:

• 端口版本1.22.2-1.22.3的变化

1.23.1版本的更改:

• 端口版本1.22.1的变化

1.23.0版本的更改:

• Bioc 3.1版本

1.22.3版本的更改:

• 修正了文档修饰问题

1.22.2版本的更改:

• 修正了一个漂亮的打印问题，如果格式(包括空格)

1.22.1版本的更改:

• 修正了writeGff3函数中坐标格式的问题

GenomicAlignments

1.4.0版本的更改:

新功能

• 所有的“findOverlaps”方法现在都支持“select”等于“last”或“任意”(除了“All”和“first”)。

用户级的重大变化

• 添加mapToAlignments()， pmapToAlignments()， mapfro恶性ments()，和pmapfro恶性ments()作为GAlignments对象的“mapCoords”和“pmapCoords”方法的替换。

• 在summarizeOverlaps()手册页中阐明“片段”的用法。

• 调整GAlignments对象的“show”方法，以显示较长的雪茄的较短版本。

• 当“文件不存在”时，为summarizeOverlaps()添加检查和更多有用的错误消息

弃用,已经

• 已弃用的readGAlignment*FromBam()函数，支持readGAlignments()， readGAlignmentPairs()， readGAlignmentsList()和readGappedReads()。

• 已弃用的" mapCoords "和" pmapCoords "方法。

• 删除Lngap()， Rngap()， introns()和makeGAlignmentsListFromFeatureFragments()函数，以及" ngap "， " map "， " pmap "和" splitaslistreturnclass "方法(在基因组校正1.2.0中已失效)。

错误修复

• 修复了在query_locs_to_ref_locs()中处理' S '时的错误。

GenomicFeatures

1.20版本的更改:

新功能

• 添加makeTxDbFromGRanges()，用于从结构为GFF3或GTF的GRanges对象中提取基因、转录本、外显子和CDS信息，并将这些信息作为TxDb对象返回。

• TxDb对象有一个新列(“transcripts”表中的“tx_type”)，用户可以通过transcripts()提取器的“columns”参数请求该列。当用户从集合中创建TxDb对象(使用makeTxDbFromBiomart())或从GFF3/GTF文件(使用makeTxDbFromGFF())时填充此列，但当用户从UCSC轨道创建TxDb对象(使用makeTxDbFromUCSC())时还没有填充(即它被设置为NA)。然而，似乎UCSC也提供了一些轨道的信息，所以我们计划有makeTxDbFromUCSC()从这些轨道在不久的将来得到它。此外，如果提供了“tx_type”列，低级的makeTxDb()现在也会导入它。

• 添加转录本长度()用于从TxDb对象提取转录本长度。如果用户请求，它还会返回每个抄本的cd和UTR长度。

• extractTranscriptSeqs()现在可以在FaFile或GmapGenome对象上工作(或者，更一般地，可以在任何支持seqinfo()和getSeq()的对象上工作)。

用户可见的明显变化

• 重命名为make转录dbfromucsc ()， make转录dbfrombiomart ()， make转录dbfromgff()，和make转录db () -> makeTxDbFromUCSC()， makeTxDbFromBiomart()， makeTxDbFromGFF()和makeTxDb()。旧的名称仍然可用，但已被弃用。

• makeTxDbFromGFF()的许多变化和改进:-在makeTxDbFromGRanges()之上重新实现它。-基因id标签，如果存在，现在被用来分配一个外部基因id转录本，否则不能连接到一个基因。这是为了兼容FlyBase的一些GFF3文件(参见示例dmel-1000-r5.11.filtered)。GFF包含在这个包中)。-参数“exonRankAttributeName”，“gffGeneIdAttributeName”，“useGenesAsTranscripts”，和“gffTxName”，不再需要，所以他们现在被忽略和弃用。-弃用“物种”参数，改为新的“有机体”参数。

• 对etxdbfrombiomart()的一些调整:-丢弃UTR异常的转录本，并发出警告而不是失败。我们已经开始在dmelanogaster_gene_ensemble数据集中(基于FlyBase r6.02 / FB2014_05)看到这些无望的转录本。有了这个更改，用户仍然可以为dmelanogaster_gene_ensemble创建TxDb，但一些抄本将被删除并发出警告。- BioMart数据异常警告和错误现在显示前3个问题转录本，而不是6个。

• 由genes()返回的元数据列' gene_id '现在是一个字符向量而不是CharacterList对象。

• 使用#前缀代替

  在“show”方法中显示TxDb对象。

弃用,已经

• 已弃用makeTranscriptDbFromUCSC()、makeTranscriptDbFromBiomart()、makeTranscriptDbFromGFF()和makeTranscriptDb()，改为makeTxDbFromUCSC()、makeTxDbFromBiomart()、makeTxDbFromGFF()和makeTxDb()。

• 已弃用TxDb对象上的species()访问器，改用organism()。

• sortExonsByRank()现在无效(在基因组功能1.18中已弃用)

• 删除了extractTranscriptsFromGenome()， extractTranscripts()， determineDefaultSeqnameStyle()(在genome icfeatures 1.18中无效)。

错误修复

• makeTxDbFromBiomart(): -修复了在查询主要的ensemble mart(host= " ensemble bl.org "和biomart= " ensemble bl_mart_ensemble ")时导致下载' chrominfo '数据帧失败的问题。-修复了错误报告代码的问题:当一些抄本未能通过完整性检查时，错误消息显示错误的抄本。更准确地说，许多好的抄本被错误地添加到坏的抄本集合中，并包含在错误消息中。

• extractTranscriptSeqs():修复内部调用exonsBy()在' transcripts '上失败时的错误消息。

GenomicFiles

1.4.0版本的更改:

新功能

• 添加reduceFiles()和reduceRanges()

• 为summarizeOverlaps方法添加' algorithm '参数

• 从Martin中添加REDUCEsampler()

修改

• 反对* FileViews类

• 修改基因组文件类的show()

• 添加“分块”部分到小插图

• 更新装饰图案数据

• 更改REDUCE默认值+来c对于reduceByYield ()

错误修复

• 修复了reduceByRange, genome - files方法的错误

GenomicRanges

1.20.0版本的更改:

新功能

• 添加强制方法在ExpressionSet和summarizeexperiment之间来回切换。

• 为summarizeexperimental添加' assayNames '， ' assayNames<- '

• Assays()支持最多4个维度的数组。

• 添加GNCList()用于将基因组范围对象预处理到GNCList对象中，该对象可用于与findOverlaps()进行快速重叠搜索。GNCList()是GIntervalTree()的替代品，GIntervalTree()使用嵌套包含列表而不是间隔树。与GIntervalTree()不同，GNCList()支持对位于圆形序列上的基因组范围对象进行预处理。对于一次性使用，不建议显式预处理输入。这是因为findOverlaps()或countOverlaps()会处理它，并且做得更好(也就是说，它们只在需要时预处理需要的内容，并在执行过程中释放内存)。

• 所有的“findOverlaps”方法现在都支持“select”等于“last”或“任意”(除了“All”和“first”)。

• 添加absoluteRanges()和relativeRanges()在绝对和相对基因组范围之间来回转换。

用户级的重大变化

• 重命名为' rowData '和' rowData<- ' -> ' rowRanges '， ' rowRanges<- '。旧的名称仍然可用，但已被弃用。

• 对makeGRangesFromDataFrame()的一些改进:-改进用于在输入中查找GRanges列的内部逻辑。-如果没有提供' seqinfo '，那么seqlevel将根据GenomeInfoDb::rankSeqlevels()的输出进行排序。-现在尝试将' df '转换为数据帧(使用' as.data.frame(df) ')，如果它不是数据帧或DataFrame对象。

• 如果没有显式地将元数据cols传递给构造函数，grange()构造函数现在会传播位于' ranges '上的元数据cols。

弃用,已经

• 已弃用' rowData '和' rowData<- '，改为' rowRanges '和' rowRanges<- '。

• 已弃用的mapCoords()和pmapCoords()。它们被来自genomic icfeatures包的mapToTranscripts()和pmapToTranscripts()以及来自genome icalignments包的mapToAlignments()和pmapToAlignments()所取代。

• 弃用GIntervalTree对象。

• 删除“map”和“splitaslistreturnclass”方法(在genome icranges 1.18.0中已失效)。

• 删除makeSeqnameIds()(在genome icranges 1.18.0中无效)。

• 与删除。来自“减少”方法的映射论证(在基因组范围1.18.0中无效)。

错误修复

• 修复GRangesList对象上的' findOverlaps(…，type= " start ") '已经被破坏多年。

• 修复GRanges对象在“忽略”时的自重叠搜索。strand=TRUE '(即' findOverlaps(gr, ignore.strand=TRUE) ')。

GenomicTuples

1.1.14版本的变化:

• 从pdf切换到html小插图。

genoset

1.21.10版本的更改:

新功能

• calcGC获取一个' bases '参数，并以更安全的方式处理' chr '前缀的存在或不存在。

GGtools

5.3版的更改:

• 用于演示cissoc VCF的新VCF提取-总结实验分析

• GGtools仅用于遗留/迁移目的;使用gQTLBase和gQTLstats代替

ggtree

在0.99.28版本的更改:

• 更新浮动表内容<2015-04-08，星期三>

在0.99.27版本的更改:

• bug修正，请参见https://github.com/GuangchuangYu/ggtree/issues/4 <2015-03-07, Tue>

在0.99.26版本的更改:

• update geom_tiplab <2015-03-31, Tue>

• 更新野兽<2015-03-17，图>

在0.99.25版本的更改:

• 执行groupClade <2015-03-13，星期五>

在0.99.24版本的更改:

• 使用“圆形”分段结尾，看起来很好<2015-03-12,Thu>

• 更新vignett <2015-03-11, Wed>

在0.99.23版本的更改:

• mv geom_hilight to hilight <2015-03-11, Wed>

• mv geom_phylopic to phylopic <2015-03-11, Wed>

• 实现collapse和expand for collapse，并展开所选clade <2015-03-11, Wed>

在0.99.22版本的更改:

• 删除beast tip/node标签中的引用<2015-03-10,Tue>

在0.99.21版本的更改:

• 修正了在Windows平台上下载png文件，应该显式设置模式= " wb "。< 2015-03-03 >星期二

在0.99.19版本的更改:

• 对于BEAST推断的时间尺度树，现在用户可以在ggtree函数<2015-02-12,Thu>中使用time_scale=TRUE参数

在0.99.18版本的更改:

• 修正了在gplot中重新排列标签的错误。热图> < 2015-02-12,清华

在0.99.17版本的更改:

• 添加角度和分支。y变量在cladogram布局<2015-02-10,Tue>

在0.99.16版本的更改:

• 修正插图<2015-02-10,Tue>中的错别字

在0.99.15版本的更改:

• 完全支持替换操作符，% <2015-02-09,Mon>

在0.99.14版本的更改:

• 添加实例在groupou手动添加图例<2015-02-09,Mon>。

在0.99.13版本的更改:

• <2015-02-06，星期五>

在0.99.12版本的更改:

• update vignette <2015-02-04, Wed>

• gzoom方法支持所有树对象<2015-02-04,Wed>

• 用于突出显示clade <2015-02-04, Wed>

在0.99.11版本的更改:

• 增加scale_color支持彩色线和基于数值的文本，更新vignette <2015-02-04, Wed>

• 修改了groupou，输出索引可以在geom_text和更新vignette <2015-02-04, Wed>

在0.99.10版本的更改:

• 支持类别变量<2015-02-03,Tue>

• 支持订购节点yscale <2015-02-03, Tue>

在0.99.9版本的更改:

• update vignette <2015-02-02, Mon>

在0.99.8版本的更改:

• 添加。phylopic函数读取在线phylopic并将其转换为grob对象，该对象可用于使用annotation_custom <2015-01-30, Fri>注释ggplot图

在0.99.7版本的更改:

• 为“风扇”和“无根”布局添加角度信息<2015-01-29,Thu>

在0.99.6版本的更改:

• 阅读。beast现在支持诸如{x, y, z} <2015-01-19, Mon>等集合的支持值

• 现在读。beast支持支持值<2015-01-18,Sun>的字符

• 在<2015-01-14,Wed>中添加gzoom和groupOTU的例子

• 实现groupou methods <2015-01-14, Wed>

• export get.offspring.tip <2015-01-14, Wed>

在0.99.5版本的更改:

• move ape and ggplot2 from Depends to Imports <2015-01-12, Mon>

• 得到的。paml_rst和codeml对象<2015-01-08,Thu> . tipsq方法

• 添加gzoom函数，类似于ape <2015-01-07, Wed>中的缩放函数

• 在%<%和%<+%操作符<2015-01-06,Tue>的手册页中添加示例

• 删除«-并更新小插图<2015-01-06,Tue>

• 更新小插图和使用BibTex和CSL参考<2015-01-05,Mon>

• 更新cladogram layout <2015-01-05, Mon>

• 阅读。baseml函数和baseml示例<2015-01-04,Sun>

• 插图<2015-01-04,Sun>中hyphy的绘图方法和hyphy示例

• 合并所有vignettes到ggtree vignette <2015-01-04, Sun>

在0.99.4版本的更改:

• Ggtree现在支持分支。length = " none "只绘制树拓扑<2015-01-03,Sat>

• 得到的。hyphy对象<2015-01-03,Sat> . subs方法

• 显示,。树和得到的。hyphy <2015-01-02，星期五>

• 出口读。hyphy < 2015-01-02,星期五>

• export hyphy class <2015-01-01, Thu>

• 绘制野兽类的方法并得到。树方法的codeml类<2014-12-31,Wed>

• 显示,。字段。codeml类<2014-12-30,Tue>的subs和plot方法

• paml_rst类<2014-12-30,Tue>的plot方法

• 得到的。subs, method for paml_rst class <2014-12-30, Tue>

• 秀,情节,得到。codeml_mlc类<2014-12-29,Mon> . tree和40个方法

• codeml class <2014-12-29, Mon>

• Hyphy课和阅读。hyphy原型<2014-12-27,Sat>

• 更新man文件并添加beast输出的示例文件<2014-12-26，星期五>

• 得到的。树和得到的。野兽类的fields方法<2014-12-26，星期五>

• 阅读。野兽< 2014-12-26,星期五>

• 野兽类和显示方法<2014-12-26，星期五>

• coplot原型< 2014-12-24,结婚>

• 解析翻译矩阵在野兽nexus <2014-12-24, Wed>

• extract beast stats info <2014-12-23, Tue>

在0.99.3版本的更改:

• gplot函数，可以同时查看树和相关矩阵<2014-12-22,Mon>

• 修改小插图显示基于分支位置和打破演化距离尺度<2014-12-22,Mon>

• 标签和注释可以基于分支进行放置。< 2014-12-22,我的>

• jplace和ggtree对jplace的完全支持。< 2014-12-21,太阳>

• 支持ggplot中的无根布局。< 2014-12-21,太阳>

• 在geom_tree中支持风扇、径向、树状图布局。< 2014-12-21,太阳>

0.99.2版本的更改:

• 无根树的布局，实现了' inference Phylogenies '(页578-580)<2014-12-20第34章描述的等角算法，Sat>

• 在ggtree和geom_tree中添加布局参数，现在支持系统图和cladogram <2014-12-20, Sat>

• %<+%函数用于向<2014-12-20,Sat>的树视图插入注释数据

• 更新ggtree-treeAnnotation vignette <2014-12-20, Sat>

在0.99.1版本的更改:

• %<%函数更新树视图与一个新的树<2014-12-19，星期五>

• 在man文件<2014-12-19，星期五>中添加示例

GOexpress

1.1.12版本的变化:

新功能

• 从特征级到本体级的评分和排名的汇总功能也影响pValue_GO对p值的计算。默认行为是使用与go_analyze调用相同的函数，存储在结果对象中。

1.1.11版本的变更:

新功能

• 从特征级到本体级的评分和排名的汇总功能可以从默认的“平均值”覆盖到用户指定的任何功能。函数需要支持一个数值列表作为输入，并返回一个唯一的数值作为输出。

1.1.10版本的更改:

错误修复

• 在调用heatmap_GO()时没有使用heatmap_GO()中的margin参数

1.1.9版本的更改:

拼写错误

• 错误消息中缺少空格字符。

1.1.8版本的更改:

拼写错误

• 西蒙娜·考夫兰，不是西蒙娜·考夫兰。道歉!

1.1.7版本的更改:

错误修复

• 更改从给定的ExpressionSet中缺失的带注释的特征的等级为(ExpressionSet中特征的数量+ 1)而不是max(rank) + 1，以匹配文档和所需的行为。这遵循的逻辑是，给相同的排名R到N个关联评分特征，而下一个特征的排名是R + N。

1.1.6版本的更改:

错误修复

• overlap_GO()对于3组维恩图会崩溃，除非维恩图是使用libray(维恩图)手动加载到工作空间中的。该函数现在将无需手动步骤而正常运行，因为加载GOexpress将立即在工作区中加载VennDiagram(在DESCRIPTION文件中声明为依赖项)。

新功能

• 新函数pValue_GO()允许使用基因标签的排列计算每个本体的p值。这允许用户估计看到GO术语达到特定级别(或分数)的机会。功能花哨的进度条无耻地改编自StackOverflow。

• heatmap_GO现在可以半自动地调整底部和右侧空白的大小，以分别容纳较大的基因标签和样本标签。用户可以使用函数的“margin”参数来控制这些边距。

• 当请求基因名(也是默认值)时，heatmap_GO默认调用现在为那些缺少注释基因名的基因显示基因特征标识符。

• 一个等级。by槽现在由结果对象中的go_analyze()函数创建，以声明用于排序结果表的度量。

• 一个过滤器。声明应用于结果对象的过滤器和截止的GO槽现在通过连续使用subset_scores()函数来创建或更新。如果对先前过滤的结果对象应用了冲突的过滤器和截止，则会显示警告和注释。

• rerank()函数现在支持按p值重新排序。注意，这只适用于上面提到的pValue_GO()函数的输出。

• Rerank()函数现在更新秩。通过结果对象的槽位来声明当前的排序度量。

• subset_scores()函数现在允许按p值过滤。注意，这只适用于上面提到的pValue_GO()函数的输出。

• 与ensemble bl注释版本75及更早版本的向后兼容，其中使用' external_gene_id '，在版本76及之后的版本中被重命名为' external_gene_name '。

• Table_genes()函数默认通过降低分数(相当于增加排名)对基因进行排序。基因特征名称或标识符支持替代过滤器进行排序。

更新的功能

• 允许用户覆盖heatmap_GO中的row_labels。这样可以保留样品的颜色编码，而用更好的描述来标记样品，而不是用表型值。

• 在heatmap_GO()中，如果labRow参数的长度为1，则假定它是表型数据槽中的列的名称。对重新标记子ExpressionSet对象很有用。

一般更新

• 更新了AlvMac训练数据集，包括“RPL36A”，一个注释到相同基因名称的多个ensemble基因标识符的例子。

• 更新了AlvMac示例自定义注释以匹配更新的数据集。

• 更新示例AlvMac_results以匹配更新后的数据集。

• 在运行小插图中的go_analyze()示例之前设置随机种子。希望这能够允许用户进行可重复的测试。

• 在《用户指南》中，加载加载包后，再加载附加数据。

• 在《用户指南》中，新增了关于热图样本的重新标签、p值的使用、使用p值对结果重新排序和划分的章节和示例。为了清晰，新增了子部分。强调使用和生成本地注释，而不是使用当前在线的ensemble bl注释版本。

• 在任何帮助文件和用户指南中，不再有连接到ensemble服务器的代码。

• 帮助使用更一致的代码缩进来分页示例。

1.1.5版本的更改:

错误修复

• 在1.1.5版本中忘记提交闪亮截图的图像文件

1.1.4版本的更改:

新功能

• 可以使用三个新参数为go_analyze函数提供自定义注释:" GO_genes "， " all_GO "和" all_genes "。参见下面的个人描述。

• GO_genes参数允许用户在ExpressionSet中的特征标识符和基因本体标识符之间提供关联。这将跳过所有对ensemble bioart服务器的调用。因此，我们建议在使用“GO_genes”时使用“all_GO”和“all_genes”参数。否则，下游的一些功能可能无法正常工作。例如，expression_plot、expression_profiles和heatmap_GO函数可以用来生成图，尽管缺少基因和基因本体名称。更多细节见下文。

• all_GO参数允许用户提供与基因本体标识符相对应的名称和名称空间(“biological_process”、“molecular_function”或“cellular_component”)。这样就可以根据名称空间对结果表进行后续过滤，并使用基因本体的名称注释热图。

• all_genes参数允许用户提供与ExpressionSet中的特征标识符对应的名称和描述。这使得用与特征相关联的基因名注释表达图成为可能。

更新的功能

• 在go_analyze函数中，eSet参数现在在任何计算之前都被正式检查为ExpressionSet类。如果不是，则函数返回适当的错误消息。

• 当用户给出的名称在ExpressionSet的表现型数据槽中不存在时，导致的错误消息被更新为使用单词“column”，而不是“factor”。

一般更新

• 更新了go_analyze函数的帮助页面，以描述上面描述的新特性，并提供了一个代码示例。

• 使用BiocStyle包来格式化小插图。

• 在小插图中添加了一个新的部分来记录上面描述的新特性。

• 在小插图中增加了一个新的章节，提到使用GOexpress的输出创建闪亮的应用程序。包括一个从原始的AlvMac数据集开发的闪亮的应用程序的截图。

• 在小插图中增加了一个新部分，以突出“子集”参数的可用性，以避免需要额外的ExpressionSet对象来分析或可视化样本的子集。

1.1.3版本的更改:

新功能

• 包含用于生成prefix2dataset表的私有函数。

• 包含用于生成microarray2dataset表的私有函数。

• go_analyze表示在给定数据集中在BioMart数据集中找到的基因特征的数量。这允许用户中断脚本，如果可疑的低数量的映射特征表明使用了错误的BioMart数据集。

更新的功能

• 更新了prefix2dataset表。另外三个物种(“sabaeus Chlorocebus”、“Papio anubis”和“Poecilia formosa”)和另外两个列(“物种”和“样本”)。

• 更新microarray2dataset表。Probeset模式现在是硬编码在包中，但是由构建microarray2dataset表的函数动态定义为平台唯一的(或者不是)模式。没有微阵列平台的物种也包括在NA值的表中。在go_analyze方法中添加了代码，如果用户没有指定表达式数据的来源，则在试图解析这些数据之前忽略它们。

• 在microarray2dataset表中将列“prefix”重命名为“pattern”。

• 禁用手动检查秀丽隐杆线虫和黑腹线虫，因为自动检测正在做完全相同的事情。只有S. cerevisiae需要手动检查“Y”前缀，而不是自动提取的“Y[:LETTERS:]{2}”模式。

• 方法expression_plot_symbol和expression_profiles_symbol现在在产生多个图时返回基因特征标识符列表而不是NULL。这可能会令人困惑，因为当给出无效的基因符号时，它们返回接近匹配的列表，而当仅生成一个序列时，它们返回ggplot。

一般更新

• 代码布局。超过80个字符的代码行被分隔在括号和逗号周围，以使用内置的默认为4个空格字符的缩进。此外，这使代码在许多情况下更具可读性。

1.1.2版本的更改:

一般更新

• 描述文件轻微更正:不适当的“Metagenomics”biocView删除。

1.1.1版本的更改:

错误修复

• ensemble bl BioMart已将列“external_gene_id”更改为“external_gene_name”。相应地重命名我的biomaRt查询，以防止go_analyze()在分析步骤中崩溃。

• 更新了AlvMac_results变量，该变量包含用已弃用的“external_gene_id”注释的样例结果。它现在包含新的“external_gene_name”。

一般更新

• 描述文件轻微修改。

• 根据Dan Tenenbaum的建议，用户指南中关于使用biocLite安装的部分不再进行评估。

GoogleGenomics

1.0.0版本的更改:

新功能

• 本地应用程序、服务帐户和API密钥的身份验证支持。

• 对读取和变量的检索支持。

• 简单的转换为读的GAlignments，变量的grange和vrange。

GOSemSim

1.25.5版本的更改:

• 更新信息内容文件<2015-03-12,Thu>

1.25.4版本的更改:

• 更新小插图，添加剂量引用<2015-02-13，星期五>

1.25.3版本的更改:

• add doi in CITATION <2015-01-28, Wed>

• 更新vignette使用BiocStyle <2015-01-26, Mon>

1.25.2版本的更改:

• add BugReports URL <2014-12-17, Wed>

1.25.1版本的更改:

• import Rcpp <2014-10-23, Thu>

石墨

1.13.2(2015-04-02)版本变更:

• 多物种的路径:参见pathwayDatabases()输出。

• 本机路径id。

• 删除数据库。

• 已弃用对象:biocarta, humancyc, kegg, nci, panther, reactome。

• 已弃用的函数:runClipperMulti, runDEGraphMulti, runTopologyGSAMulti。

gtrellis

在0.99.3版本的更改:

• 修改无限循环时，使助理滴答

0.99.2版本的更改:

• 改变gtrellis_info来gtrellis_show_index

Gviz

1.11.0版本的更改:

新功能

• BiomartGeneRegionTracks现在可以基于一个基因符号，ensemble转录id, Ensebml基因id或ENTREZ基因id创建。

用户可见的明显变化

• bioartgeneregiontracks的流行为。已经查询的区域被缓存，新数据根据需要从Biomart提取。

• 正确处理BiomartGeneRegionTracks中的UCSC基因组标识符。自动映射到ensemble基因组版本和Biomart档案。

错误修复

• 一些重要的修复。

GWASTools

1.13.27版本的更改:

• 为getGenotypeSelection增加了" snpID "和" scanID "参数。

1.13.26版本的更改:

• 为基因型数据对象增加了getScanAnnotation, getSnpAnnotation访问器。

1.13.24版本的更改:

• 增加了基因组构建38的数据表:着丝粒。hg38。RData pseudoautosomal.hg38。RData HLA.hg38。RData, pcaSnpFilters.hg38.RData.

1.13.23版本的更改:

• convertGdsNcdf适用于转置的(样本x snp)基因型文件。

1.13.22版本的更改:

• 从batchChisqTest, batchfishtest和mendelErr中删除“outfile”参数。将输出保存到文件应该发生在函数调用之外。

• batchChisqTest和batchfishtest有snp。包括在单个snp上运行的参数。建议使用带有此参数的batchfishtest来替换已弃用的assoctestfishexact。

1.13.21版本的更改:

• assocRegression替换assocTestRegression。每个函数调用只允许一个模型。

• assocCoxPH替换assocTestCPH。输出格式现在类似于关联回归。

• exactHWE替换gwasExactHWE。

• assocreregression, assocCoxPH和exactHWE包括通过索引选择snp块的选项，以更容易的并行化。

• scan.染色体.filter不再是一个选项;使用setMissingGenotypes在运行其他函数之前过滤数据。

在1.13.9版本的更改:

• 将use.names参数添加到getGenotype和getGenotype selection中

• 向getGenotypeSelection添加order=c(" file "， " selection ")参数

• duplicateDiscordanceAcrossDatasets和dupDosageCorAcrossDatasets将不匹配未映射的snp

1.13.8版本的更改:

• 添加drop=TRUE参数到getVariable，等等。

1.13.7版本的更改:

• 添加dupDosageCorAcrossDatasets。

• 将getGenotypeSelection方法添加到matrixgenotyperader。

1.13.6版本的更改:

• 添加getGenotypeSelection从GDS文件中选择非连续的snp和扫描。

1.13.3版本的更改:

• 修正了imputedDosageFile -对于IMPUTE2，在输出扫描注释中包含来自.samples文件的列。

HDTD

1.1.2版本变更(2015-01-09):

• 描述文件更新。

1.1.1(2014-11-04)版本变更:

• 增加了转置数据函数。

• 更新小插图文件。

• 更新了CITATION文件。

• 更新了核心函数的输出。

• 更新文档。

hiAnnotator

1.1.1版本的更改:

• 为getSitesInFeature添加了allSubjectCols & overlapType参数

HIBAG

1.4.0版本的更改:

• 版本号在Bioconductor发行版本中被更改了

1.3.0-1.3.2版本的更改:

新功能

• 支持人类基因组“hg20”

• 添加新功能hlaGDS2Geno ()支持SNP GDS文件(在R/Bioconductor包SNPRelate中)

• hlaReport ()输出带有标记下格式的文本

用户可见的明显变化

• 如果有的话，使用SSE2和硬件POPCNT指令优化汉明距离的计算

• 硬件POPCNT:与v1.2.4中的实现相比，针对大规模数据的2.4倍加速

• SSE2 popcount实现:与v1.2.4中的实现相比，对大规模数据的速度提高了1.5倍

错误修复

• 修复了大端计算机上的错误(如Solaris SPARC, Apple PowerPC)

• 对离散均匀分布中的随机抽样进行了小修正

• 修复了从其他包调用' requireNamespace(" HIBAG ") '而不是' require(HIBAG) '时的错误

hiReadsProcessor

1.1.3版本的更改:

• 修改了所有bplapply调用

• 移动BiocGenerics和rSFFreader到导入

HiTC

在1.11.4版本的更改:

新功能

• 新的directionalyIndex函数作为TADs检测的第一步

用户可见的明显变化

• 新的forcePairwise方法用于HTClist或HTCexp对象。该方法与力不对称法相反。用于绘制函数。

错误修复

• 成对Hi-C地图的mapC Bug

1.11.3版本的更改:

错误修复

• S. Thomas的setEnvDisplay报告中的Bug。将十进制更改为5，以避免对小染色体的布局大小为0

1.11.1版本的更改:

新功能

• HTCexp对象上的力对称方法的变化。默认值现在是对上映射和下映射求和。

错误修复

• 错误的导入。my5C函数

hpar

1.9.1版本的更改:

• 更新至HPA版本13 <2014-11-15 Sat>

• 使用BiocStyle的小插图<2014-11-15 Sat>

HTSFilter

1.7.1版本的更改:

• 从导入中删除IRanges和genomic icranges(硬编码mcols和colData函数，以在DESeq2管道中使用)-为小插图样式添加BiocStyle建议

illuminaio

0.9.1版本的更改(2015-02-25):

• 修改了读取加密的idat文件以处理VeraCode数据的代码。

在0.9.0版本(2014-10-13)的更改:

• Bioconductor devel版本的版本号发生了变化，现在是R的BioC v3.1(>= 3.2.0)。

immunoClust

1.0.0:第一个版本基本包含了用于获得Soerensen, T.， Baumgart, S.， Durek, P.， Gruetzkau, A.和Haeupl, T.结果的函数和例程。血细胞计数(接受)。”更改:*在c绑定调用中对代码进行了清理和修改，使其可以在R 3.1.2上运行。*牢房里有个虫子。Hclust函数是固定的，不影响一般结果，但会导致具体数字的微小差异。

IMPCdata

1.0.1版本的更改:

特性

• 包允许系统地探索IMPC数据集的多个维度，直到选择了正确的过滤器组合。

• 包帮助从IMPC数据库获取数据集。

• 从IMPCdata包中检索到的数据可以被PhenStat直接使用——一个封装了IMPC统计管道的R包，可在获得。

InPAS

在0.99.7版本的更改:

新功能

• 按上一次CDS补偿，而不是按比率补偿。

在0.99.6版本的更改:

错误修复

• 修复了utr3usageestimate在计算PDUI时的错误

在0.99.5版本的更改:

错误修复

• 通过Gviz::GeneRegionTrack修复了utr3Annotation中多个抄本共享相同抄本名称的错误

在0.99.4版本的更改:

错误修复

• 修复utr3Annotation文档中的bug

在0.99.3版本的更改:

错误修复

• 固定输出范围从短形式到整个3UTR

0.99.2版本的更改:

错误修复

• 运行检查时清除警告。警告:发现“物种”的多个方法表

在0.99.1版本的更改:

错误修复

• 运行BioCheck时出现错误。导入所有应该导入的包。

intansv

1.7.1版本的更改:

笔记

• 修正了svAnnotation中的一个错误。

IRanges

2.2.0版本的更改:

新功能

• 添加NCList()和nriders()，用于将Ranges或RangesList对象预处理为NCList或nriders对象，可以使用findOverlaps()进行快速重叠搜索。NCList()和nectors()是IntervalTree()和IntervalForest()的替代品，它们使用嵌套包含列表而不是间隔树。对于一次性使用，不建议显式预处理输入。这是因为findOverlaps()或countOverlaps()会处理它，并且做得更好(也就是说，它们只在需要时预处理需要的内容，并在执行过程中释放内存)。

• 从Hits中添加强制方法到CompressedIntegerList，到PartitioningByEnd，到Partitioning。

用户可见的明显变化

• 基于重叠的操作(如findOverlaps()、countOverlaps()、subsetByOverlaps()、summarizeOverlaps()、nearest()等)后面的代码进行了重构和改进。-用于查找/计数重叠的底层代码现在基于Alexander V. Alekseyenko和Christopher J. Lee的嵌套遏制列表算法。基于区间树的旧算法仍然可用(但已弃用)。' algorithm '参数被添加到大多数基于重叠的操作中，以让用户在新的(algorithm= " nclist "，默认值)和旧的(algorithm= " intervaltree ")算法之间进行选择。-在新的算法中，由findOverlaps()返回的命中不再是完全有序的(即根据queryHits和subject hits排序)，而是部分有序的(即仅根据queryHits排序)。除此之外，除了下面提到的3种特殊情况外，选择其中一种并不会影响输出，只会影响性能。-查询或主题都可以用NCList()对Ranges对象进行预处理(替换IntervalTree())， nchers()对RangesList对象(替换IntervalForest())， GNCList()对genome icranges对象(替换GIntervalTree())。但是，对于一次性使用，不建议显式预处理输入。这是因为findOverlaps()或countOverlaps()会处理它，并且做得更好(也就是说，它们只在需要时预处理需要的内容，并在执行过程中释放内存)。-在新的算法中，countOverlaps()在Ranges或genomic icranges对象上不会调用findOverlaps()来收集不断增长的hits对象中的所有命中，并只在结束时计算它们。 Instead the counting happens at the C level and the hits are not kept. This reduces memory usage considerably when there is a lot of hits. - When ‘minoverlap=0’, zero-width ranges are interpreted as insertion points and are considered to overlap with ranges that contain them. This is the 1st situation where using ‘algorithm=”nclist”’ or ‘algorithm=”intervaltree”’ produces different output. - When using ‘select=”arbitrary”’, the new algorithm will generally not select the same hits as the old algorithm. This is the 2nd situation where using ‘algorithm=”nclist”’ or ‘algorithm=”intervaltree”’ produces different output. - When using the old interval tree algorithm, ‘maxgap’ has a special meaning if ‘type’ is “start”, “end”, or “within”. This is not yet the case with the new algorithm. That feature seems somewhat useful though so maybe the new algorithm should also support it? Anyway, this is the 3rd situation where using ‘algorithm=”nclist”’ or ‘algorithm=”intervaltree”’ produces different output. - Objects preprocessed with NCList(), NCLists(), and GNCList() are serializable.

• RleViewsList()构造函数现在对它的' rleList '参数重新排序，以便它的名称与' rangesList '参数上的名称匹配。

• breakInChunks()的小改动:-添加' nchunk '参数。-现在返回一个PartitioningByEnd对象而不是PartitioningByWidth对象。-现在接受' chunksize '的0如果' totalsize '是0。

• 在CompressedRleList对象上使用unique()时，加速速度提高300倍或更多。

• 在SimpleRleList对象上执行unlist()时，加速20倍或更多。

• 感动了RleTricks。Rnw vignette to the S4Vectors package.

弃用,已经

• 已弃用的mapCoords()和pmapCoords()。它们被来自genomic icfeatures包的mapToTranscripts()和pmapToTranscripts()以及来自genome icalignments包的mapToAlignments()和pmapToAlignments()所取代。

• 已弃用的IntervalTree和IntervalForest对象。

• seqapply()， seqby()， seqsplit()等现在已失效(已在IRanges 2.0.0中弃用)。

• 删除了map()， pmap()和splitaslistreturnclass()(在IRanges 2.0.0中无效)。

• 与删除。从reduce()方法映射的argunment(在iranges2.0.0中无效)。

错误修复

• findOverlaps,Vector,missing方法现在通过…接受额外的参数，例如可以指定' ignore。当在grange对象上调用它时(在此之前，' findOverlaps(gr, ignore.strand=TRUE) '会失败)。

• PartitioningByEnd()和PartitioningByWidth()构造函数现在检查，当' x '是一个整数向量时，它不能包含NAs或负值。

等压线

1.13.0版本的更改:

• calcumulativeprobxgreaterthany()由A. Stukalov贡献，用于计算重复的累积p值

• Bioconductor版本增量

烤肉串

1.1.9版本的更改:

• 引入密集LIBSVM 3.20作为密集核矩阵支持，为用核矩阵进行训练提供了可靠的方法

• 新访问器折叠和CrossValidationResult的性能

• 从CV结果显示中删除折叠性能

• 在inst/examples/UserDefinedKernel中使用新导出isUserDefined的用户自定义序列内核

• 用位置偏移量校正特定位置核的误差

• 用梯形规则计算AUC

• 改变自动模式在CV，网格搜索，模型选择

• 检查谱和gappy对核的非负混合系数

• Windows上的构建警告被删除

• 增加定义的性能参数为二进制和多类分类的小插图

• 更新帮助页中的引用文件和参考部分

1.1.8版本的更改:

• 为ModelSelectionResult类创建新的访问器selGridRow, selGridCol和fullModel

• 由于LiblineaR 1.94-2的变化，改变了特征权重的命名

• 删除Linux中的GCC警告

1.1.7版本的更改:

• LiblineaR的变化-升级到LiblineaR 1.94的功能LiblineaR的参数标签被重命名为target

• 修正性能参数的型号选择

• 频谱、gappy对和motif核中大量序列稀疏显式表示向量长度溢出的误差修正

• 交叉验证中AUC的误差修正

• 帮助页的微小更改

• 小的变化在插图

1.1.6版本的更改:

• 位置特定核训练的误差修正和特征权重的计算

• 将核转换为字符进行距离加权的误差修正

• 核矩阵的谱、gappy对和motif核的误差修正-在极少数情况下，核值中缺少最后一个特征

• 修正线性内核中的Windows构建问题

• Windows上的构建警告被删除

• 帮助页的微小更改

• 小的变化在插图

1.1.5版本的更改:

• 显示预测剖面热图的新方法

• 函数linearKernel的扩展，可选地返回一个稀疏核矩阵

• 3类以上线性函数特征权重计算的修正

• KBModel类的新访问器SVindex

• 头部/尾部稀疏显式表示的子集修正

• 预测剖面分段的误差修正

• 错配内核中的错误修正

• 基序核中基序的唯一性检查

• 帮助页的微小更改

• 将小插图的名称Rnw改为小写

• 小的变化在插图

1.1.4版本的更改:

• 增加了两个帮助页面

1.1.3版本的更改:

• 修复了适应变化的Biostrings/S4Vectors API

1.1.2版本的更改:

• 对不匹配内核的轻微C代码更改

• 修正MCC

• 为二进制分类增加了新的类ROCData和新的函数computeROCandAUC

• ROCData的新绘图功能，用于绘制二进制类的ROC

• AUC作为交叉验证的附加性能参数和网格搜索的性能目标

1.1.1版本的更改:

• 校正与因子标签的交叉验证

• 在kernlab的kebabs模型中存储prob模型的修正

• 删除未使用函数的叮当警告

1.1.0版本的更改:

• 从第一个正式版本1.0.0开始创建的第一个devel版本

KEGGprofile

1.9.3版本的更改:

• 修复了一个convertId函数的例子，这是由生物艺术数据库的更新引起的。谢谢丹。

1.9.1版本的更改:

• 修复pathway_min设置为1时的错误。诺伯特•奥尔表示感谢。

limma

3.24.0版本的更改:

• Limma综述文章(Ritchie et al，核酸研究，2015)现已发表，并成为Limma的主要引文。用户指南、帮助文件和引文中的引用已更新，以参考本文。

• 平均差图的新函数plotMD()。这将接管plotMA()函数的功能。

• Mdplot()有新的参数columns和main。

• plotWithHighlights()的参数' pch '， ' cex '和' col '重命名为' hi。pch”、“嗨。cex’ and ‘hi.col’. Improved help page for plotWithHighlights().

• 为EList、MAList和MArrayLM对象删除plot()方法。使用plotMD()。

• 当基因之间的异方差很小时，新函数fry()提供了mroast()的快速版本。

• 对mroast()输出的微小更改使FDR值永远小于p值，即使在使用中间p值时也是如此。

• Camera ()， roast()， mroast()和romer()现在会在没有使用…中的任何参数时发出警告。

• romer()现在是S3的泛型函数。当使用“mean”或“floormean”集统计信息时，romer()的速度提高。

• topGO()现在可以一次性按几个p值列对基因本体结果进行排序，使用列中的最小值。现在的默认设置是使用结果中找到的所有p值列对结果进行排序，而不是只根据第一列进行排序。

• Goana()有新的参数“plot”和“covariate”。plot参数允许用户查看基因显著性值的任何估计趋势。帮助文件goana。Rd and goana.MArrayLM.Rd are consolidated into one file.

• plot密度()有一个新的参数' legend '，允许用户重新定位图例。

• voomWithQualityWeights()有一个新的参数' col '，允许用颜色编码样本权重的barplot。

• 对plotMDS()的改进和bug修复。plotMDS现在存储“axislabel”，这取决于用于计算距离的方法，并使用它来生成更有信息的轴标签。当距离都为零或者一个或多个维度是简并的时候，plotMDS现在会捕获问题。还有，一个bug当基因。select = " common "和top=nrow(x)已经修复。

• predFCm()的参数已经重新命名。旧的参数' VarRel '被逻辑参数' var. indie .of.fc '取代。旧的参数“prop”被“all.de”替换。新论点的prop.true.null。method `将method传递给propTrueNull()。

• vennDiagram()现在用指定的颜色填充圆。

• plotMA()现在有一个elelstraw对象的方法。

• voomWithQualityWeights()现在将示例权重存储在输出的EList对象中。存储在$weights中的值没有变化，它们仍然是观察权重和样本权重的组合。

• nec()和neqc()现在删除背景Eb值，如果它们存在于elelstraw对象中。

• 在用户指南中编辑的致谢。

• 修复了帮助页面中大量引用的url。

• 对低级C代码的改进。

• 在函数调用中加载建议包时，require()的用法尽可能地转换为requireNamespace()。使用'::'调用建议包中的函数。

• 如果eBayes()或treat()尚未在拟合的模型对象上运行，topTable()现在会给出一条信息错误消息。

• 当将Genas()应用于系数相关性是基因特异性的拟合模型时，会给出错误信息。

• 修复了3.21.16版本中使用NextMethod()引入的plot密度的MAList方法中的一个错误。

LowMACA

在0.99.4版本的更改:

• 自定义perl命令添加到方法设置和对齐序列错误修复:

• 添加onLoad检查:->如果" clustalo "不在PATH中，将引发警告->如果clustalo版本不是1.2。如果没有安装用于perl的XML:Simple和LWP模块，则会引发警告

• 检查已添加的clustalo系统调用的退出状态

在0.99.3版本的更改:

• alignSequences现在可以在web模式下运行。不需要clustalo，但限制设置为2000个序列，并且需要一个电子邮件地址。此外，系统中还必须安装perl

• 新的lowmaca构造函数现在能够检查所有可能的基因符号，即使它们不是蛋白质编码基因，或者它们没有映射到LowMACAAnnotation包中

• 在创建LowMACA对象(' newLowMACA '函数)时，在氨基酸序列中添加从U(硒半胱氨酸)到a的转换，以修复.Trident_Score函数的问题

• 修改检查有效性功能，以便在带宽中接受' auto '

• ' protter '方法现在与Windows OS兼容

• 在newLowMACA构造函数中添加了一个检查，以防止用户输入多个pfam ID条目

0.99.2版本的更改:

• 修改“lfm”方法，以接受不同的阈值p值或q值和保存评分

• 只有在' alignSequences '方法或' setup '方法中提供了路径，> clustalOmega输出文件才会被保存

• 在' lmPlot '中，如果模式是' gene '，并且只分析一个序列，则在图中表示域，没有标识图和三叉戟分数

• 方法“paths”已经被移除，所有的选项现在都可以通过“lmParams”方法访问

MeSHDbi

1.3.2版本的更改:

• 添加引用

1.3.1版本的更改:

• 由于Hadley的RSQLite规范，dbBeginTransaction被更改为dbBegin

metagenomeSeq

1.9版的变化:

• 增加了fitTimeSeries公式选择的灵活性

• 增加了精子分析的可读性

• 修复了plotClassTimeSeries的默认值(include = c(" 1 "，…))

• 添加fitTimeSeries装饰图案

• 删除交互显示到命名空间-移动到建议

• 固定的排序MRtable,MRfulltable前四列

• 修改df估计通过责任

• 将fitMeta重命名为fitLogNormal——一个更合适的名称

metaMS

1.3.5版本的更改:

• 在GCresults数据文件中包含xset对象

1.3.4版本的更改:

• 优化alignmentLC函数

1.3.3版本的更改:

• 代码中的各种小更改(仅是美学上的)

1.3.2版本的更改:

• 更改LC设置，显式包括retcor参数

• 修正了当数据文件存储到多个子文件夹时峰值表导出的LC错误

1.3.1版本的更改:

• 更改了LC设置，以便将retcor算法正确地传递给底层XCMS函数

• 更改了LC管道，以便实际使用所有用户定义的设置

metaseqR

1.5.31(2015-03-05)版本变更:

新功能

• 增加了对正向和反向RNA-Seq库准备协议的支持。感谢澳大利亚辛迪加文医学研究所的本·埃尔斯沃斯。

• 增加了每基因模型长度Reads (rpgm)测量，其中基因模型长度是外显子长度或基因长度的总和(取决于计数)。类型参数)。

错误修复

• 修正了baySeq 2.0.50代码中一个bug导致基于baySeq的分析崩溃的问题。

1.5.21(2015-01-09)版本变更:

新功能

• 没有一个

错误修复

• 修正了当直接使用get时关于注释检索的小错误。某些基因组(如猪)的注释功能。感谢合成基因组公司的Rathi Ryan。

1.5.15(2014-12-22)版本变更:

新功能

• 小代码改进

错误修复

• 引入了针对人类GRC37 (hg19)的ensemble模式中不断变化的修正(希望是健壮的)。但是它增加了注释检索时间

• 修正了输入计数是data.frame和count的问题。输入外显子，在包升级时引入。感谢奥地利加文医学研究所的本·埃尔斯沃思。

• 将“==”替换为“all”。当meta.p= " weight "时，检查权重之和是否为1。当然，这是正确的比较方法。感谢澳大利亚辛迪加文医学研究所的本·埃尔斯沃斯。

• 修正了当前版本edgeR GLM和glmFit中使用…的bug。

1.5.2(2014-12-30)版本更改:

新功能

• 增加了参数exclude。列表，以提供从任何分析中排除样本的可能性，例如在初步metaseqr运行后，一些样本质量不合格的情况下。当恢复之前的分析时，它是有用的，这样就不会重复从外显子构建基因模型。

错误修复

• 没有一个

1.5.1(2014-10-31)版本变更:

新功能

• 支持猪基因组(Sus scrofa, susScr3在UCSC)

错误修复

• 没有一个

MethylAid

1.1.10版本的更改:

• 为MethylAidData添加了作为参考数据集显示的功能

1.1.9版本的更改:

• 如果样品的数量不是>25，则每个样品加着色

1.1.5版本的更改:

• restructered ui。R

1.1.4版本的更改:

错误修复

• 固定异常检测使用所有质量控制图使用初始化方法

1.1.3版本的更改:

• 添加选项/功能来显示后台数据

1.1.2版本的更改:

• 将过滤阈值从闪亮的应用程序移动到R作为可视化参数

minfi

1.13版本的更改:

• read.450k。当提供了targets时，Exp支持参数base。感谢Brent Pedersenbpederse@gmail.com感谢您注意到这一点并提供初始修复。

• 修改了read.450k.exp的默认行为。如果使用read.450k创建的targets参数调用。表中，您不应该给它一个基本参数(这总是多余的)。

• 一些命名空间导入修复。

• 添加getgenomic icratiosetfromgeo直接从GEO读取并创建一个基因组比值集。感谢Tim Triche编写原始函数。

• makeGenomicRatioSetFromMatrix补充道。这个函数将矩阵转换为基因组比率集。需要提供450K特性id，或者在矩阵的行名中提供。

• 添加makegenomic icratiosetfrommatrix将矩阵转换为基因组比率集。这对于读入带有beta值的文件并将其转换为可以直接传递给bumphunter和blockFinder的对象非常有用。

• readGEORawFile用于读取GEO上作为补充材料提供的原始强度文件。这些文件包括未甲基化和甲基化信号。新函数返回一个genomics icmethylset，允许您无缝应用minfi预处理函数。

• readTCGA是makegenomic icratiosetfrommatrix的包装器，它读取TCGA格式的文件。该函数非常特定于这种格式。

• 少量编码修复，包括一些命名空间问题，缺少pData<-方法，用requireNamespace()替换require()。

• cpgCollapse现在适用于genome icratiosets，因为当传递给它一个genome icratioset时，它不再试图总结CN数据。

• estimateCellCounts现在只适用于2种单元格类型。

• 不同的名称空间修复。

• 增加了Shan Andrews的gaphunter功能。我们欢迎单霁辉作为特约作者。

missMethyl

1.1.10版本的更改:

• 这个版本的软件包包含了对450K阵列执行SWAN归一化、RUV归一化和差异甲基化分析、差异变异性分析和基因本体测试的功能。

1.1.3版本的更改:

• 增加gometh函数进行基因本体分析。

1.1.2版本的更改:

• 新增功能执行RUV归一化和差异甲基化分析。

mogsa

在0.99.4版本的更改:

新功能

• 根据Graphite包的更新来更新prepGraphite函数

单片眼镜

1.1.5版本的更改:

• 在解决了HSMMSingleCell中与VGAM更新相关的Bioconductor构建问题后，我们已经转移到HSMMSingleCell中不同的数据布局，这导致了小章节中的一些更改。

1.1.1版本的更改:

• 修正了一个在responseMatrix()中发生的错误，当你没有任何基因失败的VGAM拟合

motifStack

1.11.8版本的更改:

新功能

• 没有被归类为“新特性”的更改(正在积极开发的包)

错误修复

• 修复背景值没有名称的错误。

1.11.7版本的更改:

新功能

• 没有被归类为“新特性”的更改(正在积极开发的包)

错误修复

• 修复readPWM中的bug

1.11.6版本的更改:

新功能

• 没有被归类为“新特性”的更改(正在积极开发的包)

错误修复

• 修复motifCircos在输入r.pfm和r.pfm2时的错误

1.11.5版本的更改:

新功能

• 导出类的$和$<-方法

错误修复

• 没有被分类为“bug修复”的更改(正在积极开发的包)

在1.11.4版本的更改:

新功能

• 添加函数getRankedUniqueMotifs和pfm2pwm

错误修复

• 没有被分类为“bug修复”的更改(正在积极开发的包)

1.11.3版本的更改:

新功能

• 添加函数motifPiles

错误修复

• 没有被分类为“bug修复”的更改(正在积极开发的包)

1.11.2版本的更改:

新功能

• 导出功能highlightCol

• 添加函数motifCircos

错误修复

• 没有被分类为“bug修复”的更改(正在积极开发的包)

1.11.1版本的更改:

新功能

• 没有被归类为“新特性”的更改(正在积极开发的包)

错误修复

• 请修改帮助文件的格式，避免行数超过90个字符

msa

1.0.0版本的更改:

• 作为Bioconductor 3.1的一部分，首次正式发布

MSGFgui

1.1.2版本的更改:

• 更新到Bootstrap 3以使用闪亮的0.11

MSnbase

1.15.18版本的更改:

• 修复Windows i386上test_MSnExp::readMSData单元测试失败的问题。[2015-04-14 Tue]

• @vladpetyuk pr# 50修复合并功能bug [2015-04-14 Tue]

1.15.17版本的更改:

• 将ttm10段落和图添加到演示插图[2015-04-09 Thu]

1.15.16版本的更改:

• 支持TMT10 plex [2015-04-08 Wed]

1.15.15版本的更改:

• 在单元测试中使用串行并行量化[2015-04-02 Thu]

1.15.14版本的更改:

• 新的msnset数据，在各种例子中使用，而不是在itraqdata实验中反复量化[2015-04-01 Wed]

1.15.13版本的更改:

• 改进nbavg归责描述并添加示例[2015-03-22 Sun]

• reduce compareSpectra示例时序[2015-03-30 Mon]

1.15.12版本的更改:

• 梯度有序分数的平均邻域归责[2015-03-21 Sat]

1.15.11版本的更改:

• 更新畸形描述[2015-03-20星期五]

1.15.10版本的更改:

• 更新compareSpectra man [2015-03-19 Thu]

• ExpressionSet <-> MSnSet胁迫[2015-03-19 Thu]

在1.15.9版本的更改:

• 使用s4vector的isEmpty泛型[2015-03-10 Tue]

1.15.8版本的更改:

• 改进了演示小插曲的归责部分[2015-03-05 Thu]

1.15.7版本的更改:

• 导入protgeneric [2015-02-28 Sat]

• 选择性进口MALDIquant [2015-03-02 Mon]

1.15.6版本的更改:

• 添加强度列到calculateFragments输出;关闭#47;1 [2015-02-02 Mon]

• 为calculateFragments添加方法参数，允许用户选择最高/最近的峰值或公差范围内的所有峰值;关闭#47;2 [2015-02-09 Mon]

• 在calculateFragments中添加neutralLoss参数，计算水和氨的损失;关闭#47:3 [2015-02-19 Thu]

• imputeLCMD和norm的新归责方法[2015-02-09 Mon]

• 小插图更新[2015-02-09星期一]

• 归责单元测试[2015-02-24 Tue]

1.15.5版本的更改:

• 更新依赖于mzID >= 1.5.2 [2015-01-28 Wed]

• 重写addIdentificationData并更改其签名[2015-01-28 Wed]

• 添加方法addIdentificationData，它使用文件名(字符)、mzID对象和data.frames在MSnExp和msnset上工作;看到# 42;关闭# 45;(2015-01-28结婚)

• 在小插图中增加一个关于MSmaps的部分[2015-02-02 Mon]

• MSmap有一个新的zeroIsNA参数，将映射的所有0值设置为NA。这简化了生成的plot3D图形。(2015-02-02 Mon)

1.15.4版本的更改:

• 部分重写readMgfData [2015-01-19 Mon]

• [2015-01-20 Tue]

• 使用Biocstyle[2015-01-23星期五]

• 用requireNamespace替换require[2015-01-23星期五]

1.15.3版本的更改:

• plot,Spectrum2,character添加基于肽序列的片段离子[2014-11-20 Thu]

• 更新上面的小插图[2014-11-20 Thu]

• 注释并行代码在量化人[2015-01-09星期五]

1.15.2版本的更改:

• 合并sgibb的pull请求导出重载方法[2014-11-02孙]

• 更新MSnSet的有效性，检查exprs(.)是否是一个矩阵[2014-11-12 Wed]

• 修复MSmap示例错误(缺少标题提取)[2014-11-18 Tue]

1.15.1版本的更改:

• 修复了id文件没有spectrumFile信息的错误(参见问题#39)，并且当用来创建MSnExp/MSnSet和mzid文件不同时返回一个警告(而不是一个错误)。

1.15.0版本的更改:

• 为Bioc 3.1开发版本

MSnID

1.1.6版本的更改:

• 为“网格”类型的优化添加了显式mc.cores参数

• 修复了POSIX上的基名修剪

1.1.5版本的更改:

• 从mzIdentML文件读取数据后，总是将spectrumFile和databaseFile修改为basename。

1.1.4版本的更改:

• 正在追赶mzID包1.5.3版本的更改

1.1.3版本的更改:

• 更新数据、文档和单元测试，以反映mzID的最新变化

1.1.2版本的更改:

• Id_quality和evaluate_filter可以有多个level参数值。默认情况下，这三个都是:“PSM”，“肽”和“接入”。两个方法的返回值都切换为矩阵。

• 劳伦特·盖托(Laurent Gatto)为撰稿人

1.1.1版本的更改:

• 修复不当PSM

• 使用mzR:: psm通用

1.1.0版本的更改:

• 创建3.0版本分支后碰撞版本。

mzID

1.5.3版本的更改:

• 使用“location”属性而不是“name”在扁平的data.frame中创建spectrumFile/databaseFile列。

mzR

2.1.12版本的更改:

• 删除建议中多余的biocgeneric [2015-03-01 Sun]

• 合并KK的Makefile生成windows pwiz库[2015-03-01 Sun]

2.1.11版本的更改:

• 使用来自BiocGenerics (fileName, score)和ProtGenerics的泛型[2015-02-28 Sat]

2.1.10版本的更改:

• 为CDF后端添加instrumentation info()和runInfo()(关闭第22期)

• 添加预编译libpwiz。a减少Windows上的编译时间(关闭第21个问题)，感谢KK

在2.1.9版本的更改:

• 修复pep_XML序列化器中OSX的编译器警告

在2.1.8版本的更改:

• 修复在unix上使用netcdf.h在非标准位置构建的问题

在2.1.7版本的更改:

• 修复score分段错误(见问题#18)并删除ListBuilder的使用。

• 更新单元测试以反映新的评分代码。

在2.1.6版本的更改:

• 在psms中添加一个acquire - num列(关闭第17期)[2015-02-05 Thu]

在2.1.5版本的更改:

• 调用get3Dmap时不要打印' 1 '到控制台[2015-01-29 Thu]

• 增加pms输出的序列长度(关闭第19期)[2015-02-04 Wed]

2.1.4版本的更改:

• mzIdentML版本1.1只支持[2015-01-23星期五]

2.1.1版本的更改:

• 消除对faahKO的依赖

nethet

0.99.5:第一个Bioconductor-devel发布。

NetPathMiner

1.3.1版本的更改:

• 修正了一个错误SBML2igraph(代谢)。

npGSEA

1.3.8版本的更改:

• 调整了Jessica L. Larson的邮件

1.3.7版本的更改:

• 缩放X以获得单位方差现在是可选的(并且是当前的默认值)

1.3.6版本的更改:

• X和Y的缩放现在是可选的(并且是当前的默认值)

1.3.5版本的更改:

• 将Beta近似的最小p值设置为默认值

1.3.4版本的更改:

• 对XG和Y的值增加了一些检查

1.3.3版本的更改:

• 将epsilonBetaAdj=FALSE作为默认选项。

1.3.2版本的更改:

• 将Beta近似的最小p值设置为默认值，但允许通过main函数中的' epsilonBetaAdj '参数进行更改。

1.3.1版本的更改:

• 增加了一个要求，每个治疗组至少有两次观察。

• 为Beta近似设置一个最小p值，使其永远不会返回0值

益生元

1.32版本的更改:

用户可见的变化

• 固定装饰图案

• 增加了对通用数组的初始支持

• 使用BiocGenerics的normalize定义

omicade4

1.7.1版本的更改:

新功能

• mcia将返回“$mcoa”中的成对RV系数

• 更新参考

PAA

1.1.1版本变更(2015-03-13):

错误修复

• 函数batchAdjust()中的Bug被删除。因为参数“mod”没有作为参数传递给sva的函数ComBat()，所以在最新版本的sva中会抛出错误并停止执行。这已被纠正。

pandaR

3.2.0版本的更改:

• pandaR的初始版本实现了PANDA算法，从基因表达、序列motif和蛋白质-蛋白质相互作用数据进行基因调控网络推理。

• 包括划分二部网络和离散tf -基因边权的函数。

• 利用图解库显示感兴趣的基因调控网络。

Pbase

在0.6.13版本的更改:

• 更新生物艺术查询以反映变化[2015-04-06 Mon]

在0.6.12版本的更改:

• 修正轨道图的填充[2015-03-07 Sat]

在0.6.11版本的更改:

• 制图heler函数文档[2015-02-28 Sat]

0.6.10版本的更改:

• 绘制辅助函数[2015-02-28 Sat]

• 固定肽组[2015-02-28 Sat]

0.6.9版本的更改:

• 固定连接肽分裂以支持肽达到> 2外显子[2015-02-27星期五]

• 支持更多蛋白质编码生物类型[2015-02-27星期五]

• 重写和简化proteinCoverage;关闭#19[2015-02-27星期五]

0.6.8版本的变化:

• 固定分裂外显子结范围[2015-02-26 Thu]

0.6.7版本的变化:

• 重叠外显子连接的肽的基因组坐标现在被正确地分割，而不是跨越外显子并相应地分组。(2015-02-26清华)

0.6.6版本的变化:

• 更新映射插图并使用对齐来识别正确的文本[2015-02-25 Wed]

0.6.5版本的变化:

• 参见mapToGenome[2015-02-20星期五]

• calculateHeavyLabels, isCleaved, proteotypes和proteinCoverage现在是一个功能[2015-02-20星期五]

• 为Pbase:::pplot()添加了访问器，并相应地更新Pbase-data vignette [2015-02-21 Sat]

0.6.4版本的更改:

• [2015-02-19 Thu]

• 新增use.names参数ot etrid2gel [2015-02-19 Thu]

• mapToGenome，蛋白质，GRangesList(删除GRanges)使用名称为一对多映射和文档在映射小插图[2015-02-19 Thu]

0.6.3版本的更改:

• Pbase-data vignette新图[2015-02-14 Sat]

• mapaptogenome新章节[2015-02-14 Sat]

0.6.2版本的更改:

• 添加uniprot发布到p元数据[2015-02-14 Sat]

• 增加了元数据更新方法[2015-02-14 Sat]

0.6.1版本的更改:

• [p]mapToGenome方法[2015-02-14 Sat]

在0.6.0版本的更改:

• 修正了视频中的错字[2015-02-12 Thu]

• 新的etrid2grl函数将integrbl抄本标识符转换为GRangesList对象[2015-02-13星期五]

• 初始mapToGenome功能[2015-02-13星期五]

• 使用最新的UniProt版本和添加acols(p)$ENST重新生成p数据[2015-02-13星期五]

pdInfoBuilder

1.32版本的更改:

错误修复

• 修正RSQLite 1.0.0的依赖更改

用户可见的变化

• 现在可以使用GenericArray来适应对自定义cdf的oligo支持

PhenStat

2.1.3版本的更改:

新功能

• 在需要连续数据时应用Box-Cox转换。转换值显示在输出函数中。如果进行转换，基因型效应将被转换回原始尺度。

• 对分类数据采用了新的统计方法-逻辑回归。

• 创建了新的函数boxplotSexGenotypeBatchAdjusted()，允许评估批处理效果。

• 主要架构变化:类PhenList和PhenTestResult现在是S4类。为这些类提供了不同的新方法。

• PhenTestResult对象包含用于分析的数据集analysedDataset()，包括原始值、转换值(如果已应用转换)和调整为批处理效果的值。

兼容性问题

• vectorOutput()有一个新的元素用于增加了其长度的转换值。

plethy

1.5.10版本的更改:

• 修改' BuxcoDB '对象的' show '方法，以利用可用的元数据

1.5.7版本的更改:

新功能

• 增加了生成类似于AnnotationDbi的SQLite包的能力

聚酯

1.2.3:更改示例染色体22序列数据集的URL /检查时不测试与互联网连接相关的内容

1.2.2:修复了带有位置偏差的片段起始位置模拟的错误

1.2.1:主要重构:-减少包装器函数(simulate_experiment和simulate_experiment_countat)的参数数量-通过添加几个内部助手函数缩短包装器函数的源代码

1.2.1:添加了几个新功能:-表达中的GC偏差-可用的经验片段长度分布模型-片段步骤中的位置偏差-可用的经验错误模型-可用的自定义库大小因子-增加了simulate_experiment_empirical函数，作为从数据集获得丰度的模拟实验的快速方法

prebs

1.7.1版本的更改:

• 介绍了一种新的参数求和方法。它用于选择微阵列汇总模式:RPA或RMA。缺省值为RPA。

ProCoNA

1.4.1版本的更改:

• 在命名空间中导入库

pRoloc

1.7.13版本的更改:

• 用donttest代替dontrun [2015-04-09 Thu]

1.7.12版本的更改:

• 不要在Windows上运行knntl示例来减少检查时间和超时[2015-04-08 Wed]

1.7.11版本的更改:

• 修复splth，关闭第49期[2015-04-06 Mon]

1.7.10版本的更改:

• 改变小插图工作在zin1:使用12个随机th行。详情见第49期。在1.7.11版本修正。[2015-04-03]星期五

1.7.9版本的更改:

• 更新tl vignette [2015-04-02 Thu]

• 依赖于最新(1.5.8)pRolocdata [2015-04-02 Thu]

1.7.8版本的更改:

• 更新tl vig [2015-04-02 Thu]

• 更新getParams文档[2015-04-02 Thu]

1.7.7版本的更改:

• 重命名θ。knntl分数。分数(2015-03-24星期二)

1.7.6版本的更改:

• 增加了θ电感传输基础设施[2015-02-05 Thu]

• [2015-02-06星期五]

• 重命名getClasses为getMarkerClasses[2015-02-06星期五]

• 添加创建GO MSnSet的基础设施[2015-02-07 Sat]

• 固定ml小插曲[2015-02-16 Mon]

• 新增filterZeroRows函数[2015-03-10 Tue]

• hpa数据部分[2015-03-10周二]

• [2015-03-10星期二]

• 反对getRegulari [z

  s] edParams(2015-03-11结婚)

1.7.5版本的更改:

• 修复小片段:运行bibtex和pdflatex两次和打印错误[2015-02-03 Tue]

1.7.4版本的更改:

• 使用默认的Sweave调用构建小图[2015-01-24 Sat]

1.7.3版本的更改:

• 使用Biocstyle[2015-01-23星期五]

• 用requireNamespace替换library[2015-01-23星期五]

1.7.2版本的更改:

• plot2D增加了t-SNE方法[2015-01-14 Wed]

• 更新命名空间导入[2015-01-14 Wed]

1.7.1版本的更改:

• 更新小插图与标记。源自[2014-10-30]星期四

• 更新ml测试[2014-10-30 Thu]

1.7.0版本的更改:

• 新的开发版本，Bioc 3.1

pRolocGUI

1.1.5版本的更改:

• 更新失败的单元测试[2015-04-03星期五]

1.1.4版本的更改:

• 修复R_HOME错误[2015-02-26 Thu]

1.1.3版本的更改:

• 不需要GNU make [2015-02-11 Wed]

1.1.2版本的更改:

• 修复FoIs和多个数据集的错误(由Harriet Parsons报道)[2015-02-06星期五]

1.1.1版本的更改:

• 用最新的安装说明更新README[2014-10-14周二]

• 输入数据缺失值的处理和过滤[2014-10-21 Tue]

proteoQC

1.3.2版本的更改:

• 更新描述文件

1.3.1版本的更改:

• 更新函数labelRatio

• 更新装饰图案

ProtGenerics

在0.99.3版本的更改:

• proprogeneric [2015-03-16 Mon]

0.99.2版本的更改:

• 更新描述为bioccontribution::clean [2015-03-03 Tue]

在0.99.1版本的更改:

• 添加新闻文件[2015-02-27星期五]

在0.99.0版本的更改:

• 将protgeneric添加到Manifest中

qcmetrics

1.5.1版本的更改:

• 使用Biocstyle[2015-01-23星期五]

QDNAseq

1.2.4版本变更(2015-01-21):

其他

• 更新包维护者

1.2.3版本变更(2015-01-20):

错误修复

• createBins()现在也适用于基因组信息库不支持的物种(如犬属狼疮家犬)

1.2.2版本更改(2014-12-23):

改进

• applyFilters()现在忽略它不存在的染色体的剩余过滤器(而不是总是过滤掉整个染色体)

1.2.1版本变更(2014-11-01):

改进

• 在噪声测量中添加一个星号，以澄清它不是一个常规的标准偏差或方差，而是首先用平均值进行缩放(因此平均值为1.0，方差和1/N之间的关系成立，其中N是每个垃圾箱的平均读取次数)。

• 明确在segmentBins()中使用log2/√转换

qpgraph

在2.20版本的更改:

用户可见的变化

• 更新了“使用qpgraph估计eQTL网络”的小插图。它包括更详细的模拟，说明了使用qpgraph估计eQTL网络所涉及的步骤。

错误修复

• 修复了用蜂巢图显示eQTL网络的错误

QuartPAC

在0.99.0版本的更改:

• QuartPAC包的第一个版本。

• 在将聚类结果扩展到季度数据时，目前支持iPAC、GraphPAC和SpacePAC包。

QuasR

1.8.0版本的更改:

出版

• 一篇描述QuasR包的论文已经发表(参见引用(“QuasR”):Gaidatzis D. et al.，生物信息学，2014。doi: 10.1093 /生物信息学/ btu781

新功能

• 开始实现对BiocParallel的支持，允许QuasR也在批处理集群上运行(目前支持仅限于qQCReport)

qvalue

1.99版的更改:

qvalue包的更新包括

• 删除TCLTK的使用

• 在绘图函数中使用ggplot2

• 一个更新的装饰图案

• 向量化代码的部分

• 函数名更改

• 包括当地的FDR估计

R3CPET

2015.02.1:

r3Cseq

1.13.1版本更改(2015-01-26):

• 修复了函数“export3Cseq2bedGraph”中的bug

• 修复了getViewpoint函数的bug

• 修复了函数" export3CseqRawReads2bedGraph "中的bug

• 将“mm10”和“rn5”基因组添加到包中

Rbowtie

1.7.9版本的更改:

新功能

• 更新了蝴蝶结到1.1.1版本(目前不使用长索引功能，将蝴蝶结对齐和蝴蝶结构建重命名为蝴蝶结和蝴蝶结构建)

ReactomePA

1.11.9版本的更改:

• 在TERM2NAME中使用mapIds而不是mget。当pathID已过时/已弃用时，mapIds将不会抛出错误。< 2015-04-10,星期五>

1.11.8版本的更改:

• 根据https://support.bioconductor.org/p/63024/#66438，修改gsePathway为仅测试路径。< 2015-04-09 >星期四

1.11.7版本的更改:

• 根据DOSE <2015-04-01, Wed>的变化，将use_internal_data参数更新为

1.11.6版本的更改:

• 根据DOSE <2015-03-31更新，Tue>在enrichment pathway的内部功能中增加use_internal_data参数。

1.11.5版本的更改:

• Sun>在getGeneSet中添加use_internal_data参数。

1.11.2版本的更改:

• remove import org.Hs.eg.db <2015-01-22, Thu>

1.11.1版本的更改:

• 修复一些路径没有名称<2014-11-17,Mon> ## > get(" 5493857 "， reactomePATHID2EXTID) ##1" 510850 " " 523328 " " 282187 " " 282188 "…## > get(" 5493857 "， reactomePATHID2NAME) ## Error in .checkKeys(value, Lkeys(x)， x@ifnotfound): ## value for " 5493857 " notfound - >这不是ReactomePA中的一个bug，而是reactoma .db的一个问题，请参考:- > https://support.bioconductor.org/p/63024/ . #

红色的

1.15.0版本的更改:

• 提高应用的可靠性。

• 为回调函数实现了新的兼容性检查。

• 修复与某些MS-Windows规范相关的客户端-服务器问题。

regionReport

1.1.9版本的更改:

新功能

• 引入了renderReport()，它为任何基因组区域集创建一个简单的探索性报告。它允许用户通过使用子文件进一步定制报表。

• 你现在可以在renderReport()和derfinderReport()上使用' output_format '高级参数来输出PDF文件而不是HTML文件。交互式表将丢失，只显示前20行。

1.1.8版本的更改:

用户可见的明显变化

• 适合与bumphunter >= 1.7.6工作

1.1.7版本的更改:

新功能

• 当运行derfinderReport()时，用户现在可以从rmarkdown::render()中控制' output_format '和' clean '选项

1.1.3版本的更改:

错误修复

• 修改derfinder 1.1.5中的derfinderReport()

ReportingTools

2015-3-27版本变更:

• Jessica L. Larson的更新邮件

rGREAT

在0.99.5版本的更改:

• 由于分析依赖于互联网连接，请跳到下一个版本以强制重建生物导体上的小插图。

在0.99.4版本的更改:

• 从GREAT检索类别和相应的本体

rgsepd

在0.99.15版本的更改:

错误修复

• 修复了传递给goseq的基因ID系统的错误。

在0.99.12版本的更改:

新功能

• 展开用户手册，以阐明如何执行图和聚类。

在0.99.11版本的更改:

错误修复

• 修复了ProcessAll基数消息中的错误。

• 在PCA周围捕获错误。

• 当LIMIT$HARD时，热图基因列表现在尊重Annote_Filter文件。

• 清理了HMA没有行时的警告。

• 修正了PCA中关于princomp特征的非负定协方差的错误:用prcomp()替换所有实例。

在0.99.10版本的更改:

错误修复

• 修正了G$LIMIT$baseMean中的错误，并解释了小插图中的命名约定。

在0.99.4版本的更改:

用户可见的明显变化

• 2014秋季用DESeq2替换DESeq

rhdf5

2.12.0版本的更改:

新功能

• 文件名用normalizepath展开。

• 实现了新函数h5set_extent。

• 实现了新的低级函数H5Sset_extent_simple。

错误修复

• 为未提交的数据类型写入数据类型名称时出现分段错误。

Risa

1.9.1: 1。添加引用信息。2.调查文件的标识现在避免编辑器备份文件(忽略像“i_Investigation~”这样的文件)修正了调查文件没有被完全读取的问题，因为较高行中的列数大于前五行(如read.table所使用)4。将inst/doc移动到自r3.1.0以来所需的vignettes文件夹。在Depends 6中导入的包。删除了' library '或' require '对Depends已经附加的包的调用。修正了全局变量没有可见的绑定。

RNAprobR

在0.99.4版本的更改:

新功能

• BED2txDb现在使用rtracklayer函数import()来加载BED文件。

RnaSeqSampleSize

在0.99.8(2015-04-12)版本的更改:

错误修复

• 修复了optimize_parameter函数实例中由于更新heatmap3包而导致的错误。谢谢丹。

在0.99.7版本(2015-04-06)的更改:

错误修复

• 修复了一个convertId函数的例子，这是由生物艺术数据库的更新引起的。谢谢丹。

在0.99.5(2015-04-06)版本的更改:

用户可见的明显变化

• 读计数小于1的基因有轻微变化;

在0.99.4版本的更改:

新功能

• 改进了用户友好的web界面

错误修复

• Bug修正:基于分布的样本大小估计的最大样本大小;

• Bug修正:保持所有函数名称一致;

用户可见的明显变化

• 根据Bioconductor审稿人的意见进行其他改进;

在0.99.3(2014-11-23)版本的更改:

用户可见的明显变化

• 新参数:countFilterInRawDistribution, selectedGeneFilterByCount;

• 根据Bioconductor审稿人的意见进行其他改进;

0.99.2版本的更改:

用户可见的明显变化

• 小插图被切换到BiocStyle;

• 根据Bioconductor审稿人的意见进行其他改进;

在0.99.1(2014-10-19)版本的更改:

用户可见的明显变化

• 参数用于确定minAveCount以下基因的功率;

• BiocCheck的一些建议得到了改进;

在0.99.0(2014-10-16)版本的更改:

用户可见的明显变化

• Bioconductor提交。

RnBeads

在0.99.22版本的更改:

• 合并了生物导体的并行处理要求。“平行。Disable现在是parallel.teardown

在0.99.20版本的更改:

• RnBeads不再建议illuminahumanmethylation450 .db。

在0.99.19版本的更改:

• 修正了代理变量(SVA)计算中没有考虑到模型中其他调整变量的错误(与空模型相比)

• 更新的基因座配置文件，以配合最新版本的Gviz

• 甲基化差异报告现在包含了组大小的信息

• 包含了站点数量与数据集中每个样本的覆盖率百分比的图表(rnb.plot.num.sites.covg)

• 当覆盖率直方图启用时，Bisulfite-seq QC报告现在包含一个附加的汇总统计信息和图

在0.99.18版本的更改:

• 类构造函数的实现(S4构造函数不再可用)

• 分析现在可以从存储在硬盘上的RnBSet(使用save.rnb.set)通过rnb.set.dir数据类型开始

• 新的IDAT加载程序，基于illuminaio包

• 西瓜归一化方法包装器中的多个修复

• 修正了refreeewas包装器

• 更新了Houseman, 2012年基于参考的方法实现

• rnbset现在知道创建它们时使用的版本

• 对报告和文档的各种其他错误修复和改进

在0.99.17版本的更改:

• 修复了Bioconductor 3.0的一致性问题

• 修正了一个与测序数据没有覆盖屏蔽有关的错误

• 其他各种修正

在0.99.16版本的更改:

• 通过标记preanalysis.script增强了基于xml的分析

• 优化了测序数据集的加载

• 增强的区域剖面图。增加区域站点分布图

• 位点概况现在可以在探索报告中为自定义床文件中指定的区域和作为基因符号列出的基因生成

• 改进的细胞类型异质性推断(不再排除细胞类型)

• 增加了对limma配对差异甲基化的更多支持

• 一些功能被重命名为:merge。样本- > mergeSamples add.pheno - > addPheno, add.region。subsegments->addRegionSubsegments，以及所有操作在Report上的函数

• 增加了向科学计算集群提交RnBeads的助手类。当前的实现包括Sun Grid Engine

• 默认管道现在使用ff功能并将中间对象保存到报告目录中

• 一些小错误修正

在0.99.15版本的更改:

• **加载模块被重命名为导入**预过滤，归一化和后过滤模块被总结在一个新模块中:预处理**批处理和概要文件模块已总结在一个新的模块进行探索性分析**导出模块已被重命名为轨道和表**相应的选项名称已更改**查看网站上的概述图或小图快速概述新模块结构

• 现在可以使用add()函数连接多个rnbset

• 一个RnBSet中的多个样本可以使用merge.samples()函数合并

• 性别预测可以在Infinium 450k数据集上执行

• 协变量调整的微小更新

• 组织异质性估计的最新进展

• 使用refreeewas调用差异甲基化位点现在支持成对设计

• 多个小错误修复和性能改进

• 小插图和文档更新

在0.99.13版本的更改:

• 增加了注释推理的新模块

• 增加了对细胞类型异质性的校正

• 增加股东价值分析功能

• 一些小错误修正

• 更新了小插图和其他文档

在0.99.12版本的更改:

• 支持俾斯麦覆盖文件加载

• 增强了加载步骤的文档和日志记录

• 一些小错误修正

• 更新了小插图和其他文档RnBeads 0.99.11

• 为单个基因组提供数据包

• 性能:使用磁盘转储时的磁盘空间使用情况，集群计算距离矩阵时的子站点设置选项，PCA和MDS

• 地区subsegmentation

• 区分甲基化p值的默认方法是limma

在0.99.10版本的更改:

• 性能改进

• 选项保持大矩阵在硬盘驱动器而不是主内存

• 过滤模块的重构。部分过滤步骤在规范化之前执行，其他步骤在规范化之后执行

• 规范化方面的改进:支持更多的方法

• 一些情节的表面变化

在0.99.9版本的更改:

• 配对分析中的bug修复

• 亚硫酸氢盐测序的实用性

在0.99.8版本的更改:

• 集成了新的归一化方法

• 改进了rnb.run.analysis的参数

• 改进了示例注释表的解析

• 配对分析(测试阶段)

• 网络服务安装

• 多个修正

在0.99.7版本的更改:

• 支持Infinium 450k数据的后台减法和BMIQ规范化

• 支持所有对样品组的差异甲基化分析

在0.99.6版本的更改:

• 轨迹概要文件

• 支持并行计算

在0.99.0版本的更改:

• 许多其他功能包括亚硫酸氢盐测序模式，小鼠基因组，数据导出，…

rpx

1.3.1版本的更改:

• 更新小插图以反映px示例中的新文件，并避免下载原始数据[2015-03-31 Tue]

Rqc

1.2版本的更改:

新功能

• 新增研究设计元数据系统(组ID，链等)

• 增加了修剪步骤的统计数据

• 每个样本平均质量箱线图增加

• 每周期增加平均质量主成分分析(PCA)图

• 过度表示的测序读取图已添加

用户可见的变化

• RqcResultSet类将数据存储为频率表

• 将BPPARAM参数添加到rqc和rqcQA函数中

错误修复

• 内存使用情况改善

• 输入文件验证系统

• Rqc不依赖于X11来生成图

• Rqc的报告器可以为超过10个文件生成图

• 修正了与重塑依赖相关的错误

• 修正了与表格功能相关的错误

Rsamtools

1.19版本的更改:

用户可见的明显变化

• FaFile接受一个不同的索引文件

• 支持雪茄> 32767个字符

• 配偶对使用按目标长度计算的pos值和mpos值进行配对，方便在圆形染色体上表示配偶。

• scanBam不再翻译mapq ' 255 '到' NA '

错误修复

• 文件迭代的段错误，在1.19.35中引入，在1.19.44中修复

• scanBam正确解析' = '和' X '

RUVcorr

在0.99.1版本的更改:

• 修正了手册中的拼写错误。

在0.99.0版本的更改:

• 提交给Bioconductor的初始版本。

RUVSeq

1.1版的更改:

• 修正了插图中的错别字

• 矩阵的RUV*方法现在支持日志数据

SeqArray

1.7.1-1.7.5版本的更改:

• 修复了如果位置> 2^31获得基因型的错误

• 添加一个选项' ignore.chr。函数' seqVCF2GDS '的前缀'

• ' seqVCF2GDS '忽略INFO或FORMAT变量，如果它们没有预先定义

• 在函数' seqSetFilter '中添加一个新的动作' push+set '

• 修复了从其他包调用' requireNamespace(" SeqArray ") '时的错误

SeqVarTools

1.5.1版本的更改:

• 使用VariantAnnotation中现有的isSNV泛型，而不是重新定义

• 使用BiocStyle的小插画

SGSeq

1.2.0版本的更改:

• 将类txvariables重命名为sgvariables

• 将类TxVariantCounts重命名为SGVariantCounts

• 将findtxvariables()重命名为findsgvariables ()

• 将getTxVariantCounts()重命名为getSGVariantCounts()

• 并行化现在由一个单核参数控制

• predictTxFeatures()的参数max_complexity控制跳过有问题的区域

• getBamInfo()不再作为analyzeFeatures()的一部分运行

• getSGVariantCounts()现在支持从BAM文件获取计数

• Bug修复和其他改进

ShortRead

1.25版的变化:

用户可见的明显变化

• srapply是已经

• 已弃用BAM文件的readAligned();使用GenomicAlignments:: readGAligned代替。

错误修复

• 解析旧的bowtie、soap和solexa导出文件格式时关闭打开的文件。

• 不要让R内存在处理旧的蝴蝶结文件格式/创建外部指针时过早释放。

• writeFastq,FastqFile服从'压缩'参数;模式必须由调用者指定(通常Mode = " a ")

SigCheck

在2.0.0版本的更改:

• 主要的修改。生存分析，S4对象等。

SIMAT

在0.99.3版本的更改:

• 导出单个函数而不是模式[2015-03-12 Thu]

0.99.2版本的更改:

• 软件包根据Bioconductor审稿人的评论进行更新[2015-03-01 Wed]

在0.99.1版本的更改:

• 包根据Bioconductor审稿人的评论进行更新[2015-02-11 Wed]

在0.99.0版本的更改:

• SIMAT包已创建[2015-01-27 Tue]

SNPRelate

1.1.0-1.1.11版本的变更:

• 修复snpgdsVCF2GDS当' method= " biallelicel .only "时的错误

• 为R实现添加' snpgdsVCF2GDS_R '

• 修复' snpgdsBED2GDS '如果' family=TRUE '的错误

• ' snpgdsGDS2BED '允许GDS的文件名

• 提高“snpgdsSlidingWindow”

• 添加一个选项' ignore.chr。函数' snpgdsVCF2GDS '的前缀'

• 一个新函数snpgdsHWE

• v1.1.5:添加' Fst估计'到小插图

• v1.1.6:修复了从其他包调用' requireNamespace(" SNPRelate ") '时的错误

• v1.1.7:如果只需要顶部特征值，snpgdsPCA使用' DSPEVX '来计算特征值和特征向量，而不是' DSPEV '(对计算速度的显著提高)

• v1.1.8:原来的Rnw小插图被一个R Markdown小插图所取代

• v1.1.9:一个新函数' snpgdsPED2GDS '

specL

1.1.17版本的变更:

用户UNVISIBLE更改

• 删除genSwathIonLib函数中的文件参数

1.1.16版本的变更:

用户UNVISIBLE更改

• 增加了genSwathIonLib的单元测试

1.1.15版本的变化:

用户UNVISIBLE更改

• 在specLSet绘图方法中增加了圆绘图

• 在genSwathIonLib方法中添加break参数

1.1.14版本的变化:

用户UNVISIBLE更改

• LinkedTo Rcpp;添加c++ STL下限函数，用于确定重叠的q1和q3 SWATH窗口

1.1.13版本的变化:

用户可见的变化

• 固定的手册页

1.1.12版本的变化:

用户可见的变化

• 提高包装饰图案

1.1.11版本的变更:

用户可见的变化

• 修改了genSwathIonLib的默认参数

• 添加内容到小插图

1.1.10版本的更改:

用户可见的变化

• 添加generate.consensus

1.1.9版本的更改:

用户可见的变化

• specLSet“摘要”情节的新功能

用户UNVISIBLE更改

• 重构merge.specLSet;由group_id合并

• 增加了merge.specLSet的单元测试

1.1.8版本的更改:

用户可见的变化

• 将annotateProteinID重命名为annotation .protein_id

• 在情节上增加了图形。specLSet方法

用户UNVISIBLE更改

• 重构合并

1.1.7版本的更改:

用户可见的变化

• 为bibliospec对象引入峰值图

• 为bibliospec对象引入LCMS映射

• 装饰图案的化妆品

1.1.6版本的更改:

用户可见的变化

• 介绍specL_bibliospec摘要方法

1.1.5版本的更改:

用户可见的变化

• specLSet合并功能

• 研究specLSet总结方法

• specLSet合并功能

• 研究specLSet总结方法

1.1.4版本的更改:

用户可见的变化

• specLSet类的summary方法

• specLSet类的summary方法

用户UNVISIBLE更改

• 对不包含iRT肽的数据进行单元测试

• 对不包含iRT肽的数据进行单元测试

1.1.3版本的更改:

用户可见的变化

• 重命名写。Spectronaut, write.spectronaut

• 写。spectronaut写文件名

• 在包插图中增加了基准部分

• 重命名写。Spectronaut, write.spectronaut

• 写。spectronaut写文件名

• 在包插图中增加了基准部分

1.1.2版本的更改:

用户可见的变化

• 在group_id iff中使用modSeq

• 在group_id iff中使用modSeq

1.1.1版本的更改:

用户可见的变化

• 简化modsequence，例如，与peakView V2.0兼容的AAAMASATTM[+16.0]LTTK

• 简化modsequence，例如，与peakView V2.0兼容的AAAMASATTM[+16.0]LTTK

SRAdb

1.21.11(2015-03-22)版本变更:

• 修正了listSRAfile函数的错误。

1.21.8版本的更改(2014-12-12):

• 增加fastq表到数据库

• 改写getFastqInfo函数

• Fastq文件可以通过getFastqFile或getSRAfile下载

• 为SRR999999上的SRR访问的fastq ftp地址添加

supraHex

1.5.1版本的更改:

新功能

• 修复批处理算法，允许处理包含多个零项的输入数据

synapter

1.9.5版本的更改:

• 更新qvalue::plot的交叉引用。Synapter手册页中的qvalue;关闭#86[2015-03-31星期二]

1.9.4版的更改:

• 使用biocstyle[2015-01-23星期五]

• 使用requireNamespace[2015-01-23星期五]

1.9.3版本的更改:

• 筛选定量最终肽和Pep3D数据中强度值不匹配的条目;详见#42。(2014-11-26结婚)

1.9.2版本的更改:

• 只建议tcltk和tcltk2，因为gui现在已弃用[2014-11-21星期五]

1.9.1版本的更改:

• 禁用synatperGUI [2014-11-10 Mon]

• 引导问题到Bioc支持网站[2014-11-10 Mon]

1.9.0版本的更改:

• Bioc 3.1的新开发版本

TargetSearch

1.24.0版本的更改:

错误修复

• 在“RIcorrect”函数中增加“Window”参数的说明。

移行细胞癌

1.7.13版本的更改:

• 修复' . testbsamseq '中的bug。

• 修复' simulateReadCounts '中的bug。

• 重写R代码。

• ' fit0 '和' fit1 '参数更改为' full '和' reduced '， ' DESeq。Test的参数被删除。

• 在limma包中添加了“嘭”来进行DEG鉴定。

• “测试。配对两组比较的方法'可从' edger '、' deseq '、' deseq2 '、' bayseq '和' voom '中选择。

• 更改tcc$simulation$trueDEG的表达模式。' 0 '表示非DEG， ' 1 '表示DEG，该字段只使用' 0 '和' 1 '。

• '群'的论点在'情节。移行细胞癌’ function has changed to ‘group’.

TFBSTools

1.5.0版本的更改:

新功能

• searchSeq现在工作在DNAStringSet上。DNAStringSet中的名称将被用作SiteSet中的seqname。

• 更友好的输出在data.frame或GRanges从SiteSet, SiteSetList等。

• reverseccomplement现在适用于XMatrix。

• 更快地实现searchPairBSgenome

泛太平洋伙伴关系

1.0.0版本的更改:

• 用于分析热蛋白质组分析实验的TPP包的第一个版本。

trackViewer

1.3.4版本的更改:

新功能

• 没有被归类为“新特性”的更改(正在积极开发的包)

错误修复

• 提高importScore的效率

1.3.3版本的更改:

新功能

• 如果需要可以翻转x轴吗

错误修复

• 提高交互式查看器的效率

1.3.2版本的更改:

新功能

• 没有被归类为“新特性”的更改(正在积极开发的包)

错误修复

• 修复importScore当format== " BigWig "时的错误

1.3.1版本的更改:

新功能

• 添加新的功能plotGRanges快速查看GRanges数据

• 添加范围当importScore

错误修复

• 没有被分类为“bug修复”的更改(正在积极开发的包)

unifiedWMWqPCR

1.3.1版本的更改:

用户可见的明显变化

• 更新引文信息。

• 更新软件包的帮助页面。

VariantAnnotation

1.14.0版本的更改:

新功能

• gVCF支持:-使用writeVcf()写入的END头缺失- expand()处理 ' REF '值

• 在INFO报头字段中支持' Type=Character '

• 为expand()添加' row.names '参数

• 在readVcf()手册页中添加“有效使用”部分

• info(…，row.names=) - anyduplicate()比any(duplicate()更便宜)-在不需要时使用row.names=FALSE，例如show()

• 添加genotypeCodesToNucleotides ()

• 在isSNP函数族中增加对gvcf的支持

• 添加VcfFile和VcfFileList类

• 支持' Type=Character '不指定长度(.)

• 添加isDelins()从罗伯特卡斯特罗

• 添加Thomas Sandmann的makeVRangesFromGRanges()

修改

• VCFHeader支持:- SAMPLE和PEDIGREE报头字段现在被解析
  • meta(VCFHeader)返回DataFrameList而不是DataFrame - show(VCFHeader)在meta - fixed(VCFHeader)中显示外部列表名称，如果存在则返回' ALT '和' REF '

• ' ALT '在expandedVCF输出是DNAStringSet，而不是*List

• 删除.listCumsum()和. listcumsumshift()助手

• 添加多个INFO字段单元测试从Julian Gehring

• 添加额外的expand()单元测试

• 修改readVccfAsVRanges()使用ScanVcfParam()作为'参数';反对VRangesScanVcfParam

• 用mapToTranscripts()替换mapCoords()

• 在locateVariants()和predictCoding()中将' CDSID '输出从整数更改为IntegerList

• 添加readVcf,角色,任何,任何;删除readVcf,性格,ScanVcfParam

• 用rowRanges()替换rowData()访问器

• 将' rowData '参数替换为' rowRanges '(构造SE, VCF类)

• 用extractTranscripts()替换getTranscriptSeqs()

错误修复

• readVcf()正确处理Seqinfo类作为' genome '

• 允许的忽视。通过mapCoords()

• writeVcf()不再忽略没有基因型字段的行

• expand()正确处理-小于所有INFO字段被选中- VCF只有一行-只有一个INFO列

• 不要在非*File对象上调用path()

• vrange的split (relist)现在产生一个CompressedVRangesList

• predictCoding()现在忽略零宽度范围

VariantFiltering

1.4版的更改:

用户可见的变化

• 基因组序列不再固定于特定的人类基因组，可以通过BSgenome包进行参数化

• 在变量上的拼接点强度的计算现在是参数化的(用户可以输入他/她自己的拼接点矩阵)，是可选的，默认情况下是禁用的，因为计算非常密集，用户必须确定他/她想要计算它。

• PhastConsDb和MafDb支持已经更新。旧的PhastConsDb和MafDb注释包可能不能与这个新版本的VariantFilering一起工作。用户还必须升级这些注释包。

• 分析函数unrelatedindividual ()， autosomalRecessiveHomozygous()等现在可以在输入VCF文件上流，以减少内存占用。

• 不再支持多个单样本VCF文件。用户必须始终提供一个单一的多样本VCF文件。

• 在内部，包现在使用vranges类来存储变量，现在也可以在这个容器中检索变量。

• 现在，索引被分别注释为插入和删除。增加了Delins的注释(先删除后插入)。

• 增加了使用xtrasnplc注释非snv的支持。*包。

• 添加了将BAM文件关联到结果VariantFilteringResults对象的支持。

• 通过Gviz包和对相关BAM文件的支持增加了一些基本的变量可视化功能。

• 在基因组、编码和蛋白质层面增加了HGVS注释。

• 为序列本体术语添加注释。

• 更改了VariantFilteringResults对象的显示，并添加了一个summary()方法，该方法返回一个data.frame来统计特征注释的变量，该变量可以是BioC/VariantAnnotation功能或Sequence Ontology功能。

• 更新了CEU三人组的示例VCF文件，以包含更小的变体子集，但使用GATK管道的最新版本调用。添加了相应BAM文件的一个子集，在一些被调用的变量的1Kb区域周围有对齐的读取。

• 将IRanges/FilterRules机制集成到过滤功能中，支持添加特定于用户的过滤器。

错误修复

• 修复了一些与变体、注释和基因组序列之间的序列样式匹配相关的错误。

xcms

1.43.3版本的更改:

错误修复

• 当文件未找到时，给出更详细的错误消息

1.43.2版本的更改:

错误修复

• 使用protgeneric，适配xcms peaks()

1.43.1版本的更改:

新功能

• 函数plotQC()，用于绘制RT和m/z上的各种QC图

xps

3.2版的更改:

版本xps-1.27.1

• add SystemRequirements GNU make

自上一个版本以来已删除的包。

以下软件包不再在Bioconductor中:

asmn, COPDSexualDimorphism, DNaseR, flowFlowJo, flowPhyto