2014年10月14日

Bioconductors:

我们很高兴宣布Bioconductor 3.0,包含934个软件包,219包,实验数据和870年最新的注释包。

有114个新的软件包,许多更新和改进现有的包;Bioconductor 3.0兼容3.1 R,并支持Linux上,32位和64位Windows, Mac OS x这个版本包括一个Bioconductor更新Amazon Machine Image。

访问//www.andersvercelli.com对细节和下载。

内容

• 开始使用Bioconductor 3.0
• 新的软件包
• 新闻从新的和现有的包
• 包被释放

开始使用Bioconductor 3.0

更新或安装Bioconductor 3.0:

1. 安装3.1 R。Bioconductor 3.0设计明确了这个版本的R。

2. 按照说明在//www.andersvercelli.com/install/。

新的软件包

有114个新的Bioconductor包在这个版本。

ALDEx2 -微分丰富分析的比较两个或两个以上的条件。例如,单个有机体和meta-RNA-seq高通量测序分析,从体外或选择和选择值序列的选择。使用Dirichlet-multinomial模型推断出从数量丰富,已经优化了实验复制三个或更多。推断抽样变异和计算预期的错误发现率的变异生物和取样使用Wilcox等级测试或韦尔奇学习任务(aldex.ttest)或漠视,和克鲁斯卡尔沃利斯测试(aldex.glm)。报告两个P和罗斯福Benjamini Hochberg校正计算的值。

ASGSCA——包提供了模型的工具和测试多个基因型和多个特征之间的关系,考虑到之前的生物知识。基因,临床路径作为潜在变量纳入模型。该方法是基于广义结构成分分析(GSCA)。

舞会礼服——组装转录组的统计分析工具,包括灵活的微分表达式分析、文本结构的可视化,匹配组装记录注释。

blima——包blima包括几个Illumina公司微阵列数据的预处理算法。它集中到珠级别分析和提供新方法的分位数正常化不同长度的向量。它提供了各种各样的背景校正方法包括背景减法,RMA卷积和背景异常值删除。它还实现了方差稳定珠级别的转换。也有实现的方法进行数据汇总。它还提供了对探测器进行t方法(珠)水平和微分表达式的探测水平测试。

BridgeDbR——使用BridgeDb函数和负载标识符映射数据库R

CFAssay——包提供了函数的线性二次细胞存活曲线和计算实验双向方差分析设计和集落形成试验。

ClassifyR——软件将分类的框架在r .有四个阶段。数据转换、特征选择和预测。变量类型和名称的需求是固定的,但专业变量的函数也可以提供。分类框架是包裹在一个司机循环,反复做交叉验证方案。函数的微分表达式,包括微分可变性,微分分布。附加功能可以由用户,如果他们有更好的执行方法。

compEpiTools——计算表观基因组学发展为分析工具,集成和同步可视化各种跨多个基因组(epi)基因组学数据类型地区多个样本。

CoRegNet——这个包提供了方法来识别活跃转录程序。方法和类导入或推断提供大规模co-regulatory从转录组数据网络。网络编码是模型的特异性转录因子的合作。外部监管证据(TFBS,芯片,…)可以集成评估推断网络和完善它,如果必要的。转录活动的监管机构在网络可以使用他们的影响力的测量来估计一个给定的样本。最后,可以使用交互式UI导航合作监管机构和可视化的网络活动在一个特定的示例或子组样本。拟议的可视化工具可以用来整合基因表达,转录活动,拷贝数状态,样本分类和转录网络包括co-regulation信息。

cosmiq cosmiq是一个工具,液体或气体的预处理——色谱质谱(LCMS / GCMS)数据集中在代谢组学或lipidomics应用程序。改善低丰富的信号检测,cosmiq生成主地图mZ / RT空间的所有获得运行前峰值检测算法。结果是一个更健壮的女士低强度信号的识别和量化相比,传统的方法挑选峰值分别在每个LCMS /模型文件执行。cosmiq包构建在xcmsSet对象结构,因此可以集成与包xcms作为替代预处理步骤。

实现COSNet COSNet——包分类算法。该算法预测节点标签部分标记图。

csaw——检测不同绑定地区ChIP-seq数据与滑动窗口,归一化方法和适当的罗斯福控制。

DEGreport——创建一个HTML报告的微分表达式分析统计数据。它集成了一些DESeq2和磨边机中提到的代码片段,并报告基因根据褶皱的排名列表为每个选定的基因变化意味着和可变性。

derfinder——快速微分表达式分析RNA-seq数据分辨率碱基对

derfinderHelper——辅助计划加快derfinder包当使用多核。

derfinder derfinderPlot——绘制函数

DOQTL DOQTL是一个数量性状位点(QTL)定位映射管道设计的多样性远系小鼠和其他multi-parent远系人群。包读入数据并执行单体型的基因序列重建使用隐马尔科夫模型(HMM)。嗯然后使用的单体型概率执行键映射。当创始人序列可用,DOQTL可以使用单体型重建转嫁创始人序列在基因组和执行关联映射。

DupChecker——荟萃分析已经成为一个流行的高通量基因组数据分析的方法,因为它往往会大大增加检测生物信号或模式的数据集。然而,当使用public-available数据库进行荟萃分析,重复的样本是一个经常遇到的问题,尤其是对基因表达数据。不删除重复会使研究结果值得怀疑。我们开发了一个Bioconductor包DupChecker,有效地识别重复生成MD5指纹样本的原始数据。

EBSeqHMM——EBSeqHMM包实现了隐马尔可夫模型自回归的统计分析命令RNA-seq实验(如时间或空间课程数据)。EBSeqHMM包提供函数来识别基因和亚型非恒定表达谱时间点/职位,和集群成路径表达式。

EnrichmentBrowser——EnrichmentBrowser包实现基本功能富集分析基因表达数据。分析结合了基于集合的优势和基于网络的基因集富集分析以获得高信任度和生物学通路中不同监管表达数据在调查之中。除此之外,包方便的可视化和探索集和途径。

erccdashboard——技术性能指标差异基因表达实验使用外部RNA控制的财团(ERCC)激增比例混合物。

facopy——facopy R包调整癌症CNA协会建模。协会是直接测量感兴趣的基因特性,在基因的情况下,下游的基因簇浓缩分析可以执行由于小说内部处理的数据。软件打开的方式系统地审视在tumoral CNA分布表型的差异,比如那些与肿瘤类型,位置和进展。目前,从11个不同的输出格式的方法分析数据从全基因组外显子组测序和SNP芯片,支持。多个基因组,也支持变更类型和变量类型。

有限元-有限元法可以dentify interactome微分启动子甲基化和微分ex-pression热点,在逆启动子甲基化与基因表达之间的关系。

flowcatchR——flowcatchR是一组工具来分析体内显微镜成像数据,重点跟踪流动的血液细胞。指导的步骤从分割的计算功能,过滤粒子不感兴趣的,也提供了一套工具来帮助检查执行操作的质量(如分割是多好)。小说的主要贡献调查的问题跟踪流动细胞如血管,对粒子进行分类在流动,轧制和附着。这个分类是应用研究的现象,比如止血和血栓形成的研究发展。

flowCHIC——一个包分析流仪数据基于直方图的图像复杂的微生物群落

flowClean——质量控制工具,流式细胞仪数据基于成分数据分析。

flowDensity——这包提供的工具自动顺序控制类似于手动控制策略基于数据的密度。

focalCall——在高分辨率检测基因组焦畸变DNA拷贝数数据

FourCSeq——FourCSeq R包致力于(多路)4 c测序数据的分析。包提供了一个管道检测特定的DNA元素之间的相互作用和识别微分条件之间的相互作用。R始于个人bam的统计分析每个样本作为输入文件。为了获得这些文件,包包含一个python脚本(extdata / python / demultiplex.py)分工库和修剪引物序列。与标准的校准软件所需的bam文件可以生成。

geecc——使用对数线性模型来执行超几何和卡方测试基因设置充实两个(基于列联表)或三个类别(应急数据集)。类别可以差异表达基因,条款,序列长度,GC含量,chromosmal位置,phylostrata,…。

GenomicInteractions - R包处理基因交互数据,如ChIA-PET /高c基因组功能注释,交互信息和生产各种情节/统计数据

GenomicTuples——GenomicTuples定义通用容器来存储基因组元组。它的目标是提供功能基因组的元组坐标,类似于那些用于基因组范围的GenomicRanges Bioconductor包。

GenoView -叠加输入数据/现有的基因组引用允许快速、准确的视觉对比。凝结的GenoView包是一种新型的生物信息学包基因组遗传变异的数据跟踪提供一个全面的视图。它的主要功能是显示数据外显子突变和蛋白质域,这很容易识别潜在的利益的基因位点。

GOexpress——包包含可视化方法从微阵列的基因表达水平或RNA-seq实验,提供了一种聚类分析来确定在基因方面丰富和表达水平最好的聚类预定义的两个或两个以上的组织样本。注释中的基因表达数据集通过biomaRt从运用方案。随机森林框架是用来评估的能力,每个基因集群样本根据感兴趣的因素。最后,去条款是由平均得分排名(或者,分数)各自的基因集,集群的样品。方差分析方法也可以作为一个替代统计框架。

GOsummaries——一个包想象基因本体论(去)富集分析结果等不同引起的基因列表分析聚类和主成分分析。重要的类别是视觉词云,可以结合不同的情节总结底层数据。

groHMM——管道GRO-seq数据的分析。

GSAR——基因分析使用特定替代假说。测试微分表达式,规模和净相关结构。

GSReg -一套方案基因分析基于表达式的可变性。它实现差动保护等级(狄拉克)和基因表达差异分析(EVA)方法。

HDTD——自身内在可变性特征使用生理相关测量数据提供了重要的见解基本生物学问题从细胞类型的身份到肿瘤的发展。对每个人来说,数据测量可以写成一个矩阵与个人的不同的次级样本记录在列的不同表型单位记录行。这种类型的数据集称为转座因子高维数据。HDTD包提供的功能进行统计推断的意思是关系的行和列变量和协方差结构内部和之间的行和列变量。

hiAnnotator - hiAnnotator包含的函数允许用户注释农庄组织与自定义对象的注释。这个包的基本哲学是两个农庄对象(查询&主题)与普通组seqnames(即染色体)并返回相关的注释/ seqnames和行从查询匹配seqnames和行(即基因或cpg岛)。包有三种类型的注释函数计算如果位置查询的方法是:在一个特性,特性,附近或统计特性在定义窗口大小。此外,每个函数配备并行端使用foreach包。此外,包配有包装器函数,发现适当的列需要一个农庄对象从一个公共的数据帧。

hiReadsProcessor - hiReadsProcessor包含的函数允许用户进程LM-PCR产品排序使用任何平台。给定一个excel /多路分解txt文件包含参数和样本的元数据,自动调整功能基因组的适配器和识别产品。基因产品进一步加工的质量控制和丰富量化。

IdeoViz——情节数据与任意沿着染色体基因组间隔表意文字。

IMPCdata——包包含从IMPC数据库数据检索方法。

interactiveDisplayBase——interactiveDisplayBase包包含所需的基本方法为Bioconductor对象生成基于交互式闪亮的显示方法。

烤肉串-包提供了基于功能分析的DNA, RNA,通过基于svm方法和氨基酸序列。核心功能,烤肉串实现序列内核:光谱内核,内核不匹配,有缺口的内核,内核和主题。除了标准的位置无关的功能的有效实现,内核扩展在小说的方法考虑的位置模式的相似性度量。因为内核配方的灵活性,加权程度等其他内核内核或常数权重的加权程度内核转移位置作为特殊情况。一个内核的annotation-specific变体使用注释信息放置在序列与序列中的模式。包允许生成内核在稠密或稀疏矩阵或显式特性表示格式所有可用的内核,可以使用在其他R包中实现的方法。专注于基于SVM方法,烤肉串提供了一个框架,它简化了使用现有SVM实现kernlab, e1071, LiblineaR。二进制和多层次分类以及回归任务可以用在一个统一的方式,而不必处理的不同功能,选择支持向量机的参数,和格式。支持选择hyperparameters,包提供交叉验证,包括分组交叉验证,模型网格搜索和选择功能。简单生物的解释结果,所有支持向量机的包重量计算特性和预测资料显示个人的贡献序列位置的预测结果和显示序列的相关性部分学习的结果和潜在的生物功能。

M3D——这个包识别统计上显著差异甲基化区域的论文认定。它使用内核方法(最大平均误差)来衡量的差异甲基化资料,这些inter-replicate变化有关,而占覆盖配置文件的变化。

MAIT——MAIT包包含函数执行端到端LC / MS代谢组学数据的统计分析。特别强调峰值注释和模块化的功能设计的功能。

MBAmethyl——这个包提供了一个函数重建DNA甲基化从原始测量值。迭代实现了集团融合lars光滑related-by-location甲基化值和约束最小二乘法消除跨多个序列探针关联效应。

mba -包实现了mba算法检测allele-specific从RNA基因表达计数数据,等位基因数在单个位点(SNVs)集成到一个gene-specific ASE,并适当地利用模拟来评估观察ASE的统计学意义。

MEIGOR——全局优化

metabomxtr——这个包返回的函数优化的混合模型的参数估计和日志可能截断数据与正常或对数正态分布。

金属底座,金属底座是一个R包高通量分析的代谢组学数据处理自动化的质量谱反褶积和识别系统(AMDIS) (http://chemdata.nist.gov/mass-spc/amdis/downloads/)。此外,它执行统计假设检验(t)和方差分析(方差分析)。这样做,金属底座大大加快代谢组学数据挖掘过程和生产质量更好的结果。金属底座是使用交互式特性开发的,允许用户与缺乏R知识欣赏它的功能。

metagene——这个包产生metagene情节比较行为DNA-interacting选定组基因/蛋白的功能。预计算的特性(如蛋白质编码基因的转录起始点或增强剂)是可用的。Bam文件是用于提高分辨率。多个组的组合特性和或一组相比bam文件可以在一个单一的分析。引导指令分析是用来比较不同浓缩团体和定位区域的统计资料。

MethylAid——视觉和交互的web应用程序使用RStudio耀眼的包。坏质量检测到样品使用的数组和sample-independent控制出现在和用户可调阈值。深入探索坏质量的样品可以使用几个交互式诊断块执行质量控制探测器出现在数组中。此外,任何用户提供的批处理效应的影响可以探索。

MethylMix——MethylMix是一种算法实现识别超和hypomethylated基因疾病。MethylMix基于测试混合模型来确定甲基化状态和比较其与正常的DNA甲基化状态。MethylMix使用一种新颖的统计,甲基化微分值或DM-value定义为不同的甲基化状态与正常的甲基化状态。最后,匹配的基因表达数据用来识别,除了微分,功能甲基化的国家通过专注于甲基化基因表达变化的影响。

methylPipe——内存效率分析的基础解决DNA甲基化数据在中央人民政府和non-CpG序列上下文。DNA甲基化数据来自任何方法的集成提供基础——或低分辨率的数据。

MGFM——包的目的是检测标记基因微阵列基因表达数据集

miRNAtap——包便于工作流的实现需要microrna的预测,它允许将排名microrna的目标预测来自多个源的网上,总以各种方法可以改善预测的质量高于任何单一来源。目前可用于预测智人,亩肌肉和鼠形(最后一个通过同源性翻译)。

missMethyl——微分可变性正常化和测试数据从Illumina公司的英飞纳姆HumanMethylation450数组。正常化过程subset-quantile within-array正常化(天鹅),它允许英飞纳姆I和II型探测器在一个数组一起正常化。微分变化的测试是基于经验贝叶斯列文的测试版本。

单片眼镜——monocle执行微分表达式和时间序列分析单细胞表达实验。这订单的单个细胞根据进展通过生物过程,提前不知道哪些基因通过这一过程定义的进步。单片眼镜还执行微分表达式分析、集群、可视化、单细胞表达数据和其他有用的任务。设计与RNA-Seq和qPCR数据,也可以与其他类型。

拖把,识别和描述周期性波动的时间序列数据。

MPFE——估计分布的甲基化模式的表项亚硫酸氢盐测序实验non-conversion率和阅读错误率。

mQTL。核磁共振- mQTL。核磁共振分析提供了一个完整的mQTL管道1 h NMR数据。特色包括正常化使用最常用的方法,使用RSPA峰对齐方法,使用SRV和装箱方法降维,mQTL分析动物和人类军团。

MSGFgui——这个包可以执行使用MSGFplus包在一个GUI环境分析。而且它允许用户使用互动情节,调查结果汇总统计和过滤。最后它使当前结果另一个R会话gui,这样用户可以无缝地集成到其他的工作流。

MSGFplus——这个包包含函数执行肽识别使用MS-GF +

从mzIdentML MSnID——提取MS / MS ID数据(利用mzID包)或文本文件。来自多个数据集的排序搜索结果后评估鉴定质量和优化筛选标准来实现识别的最大数量,同时不超过指定的错误发现率。还包含许多公用事业探索MS / MS的结果和评估错过和不规则的酶促分裂,质量测量精度等。

MultiMed——实现排列方法联合校正测试多个介质

mvGST——mvGST提供了独立于平台的工具来识别项(基因)不同活跃(向上或向下)在多个感兴趣的对比。给定矩阵的片面的假定值(行基因,列对比),mvGST使用整合方法结合假定值对所有基因注释每个基因集,然后每个基因集划分为(1)更活跃,不活跃(1),或不显著差异活动(0)在每个感兴趣的对比。与多个感兴趣的对比,每个基因集分配给一个概要文件(在对比)的微分活动。工具也提供了可视化(图形)基因分类设置为给定的概要文件。

mygene——mygene。Info_提供简单易用的REST web服务查询/检索基因注释数据。强调设计的简单性和性能。mygene是一个易于使用的R MyGene包装器来访问。Info_服务。

netbiov——一个包提供了一个有效的大型生物网络可视化

NGScopy——NGScopy提供了一种定量检测拷贝数变化的调用者在下一代测序(门店),包括全基因组测序(WGS),全外显子组测序(韦斯)测序(TPS)和有针对性的面板。调用者可以通过染色体并行使用多个处理器/核心在一台计算机上。

OncoSimulR——功能模拟和策划癌症恶化数据,包括司机和乘客,允许秩序的限制。模拟使用连续时间模型(基于Bozic et al ., 2010年,麦克法兰et al ., 2013)和健身功能的顺序可能限制的积累突变。

oposSOM——这个包将芯片表达数据转换为降低了维数的元数据。它提供了各种sample-centered和团体可视化,样本相似性分析和功能富集分析。底层的SOM聚类算法结合特性,多维标度和降维,以及强大的可视化功能。它使固有的功能表达模块提取和描述数据。

PAA - PAA进口单一颜色(蛋白质)微阵列数据保存在探地雷达的文件格式,esp。ProtoArray数据。预处理(背景校正后,批过滤、正常化)单变量特性预选执行(例如,使用“最小M统计”方法,以下简称“彩信”)。随后,一个多元发现生物标志物进行特征选择的候选人。因此,消除frequency-based向后的方式或合奏可以使用特征选择。PAA提供了一个完整的工具箱的分析工具,包括几种不同的情节为结果检查和评估。

paxtoolsr——包提供了一组基本的R交互功能BioPAX OWL文件和查询途径共用(PC)分子间相互作用数据服务器,由计算生物学中心朗科特林纪念医院癌症中心(MSKCC)。

Pbase——一组类和函数进行调查和理解蛋白质序列数据上下文中的蛋白质组学实验。

pepStat——多肽微阵列的统计分析

pepXMLTab -解析pepXML文件建立一个XML包。包试图从不同的软件处理pepXML文件生成的。输出将peptide-spectrum-matching表格文件。包还提供功能来过滤根据罗斯福psm。

聚酯-这个包可以用来模拟RNA-seq从微分表达式读取和复制实验。阅读可以对齐的方法和用于执行比较微分表达式。

Polyfit——Polyfit是一个附加的包DESeq确保假定值分布是均匀的在区间[0,1]的数据满足零假设的微分表达式,并使用一个adpated Storey-Tibshiran q值计算方法。

proBAMr psm -映射回基因组。包构建山姆从猎枪蛋白质组学数据文件包还提供了函数注释从GTF文件做准备。

pRolocGUI——包pRolocGUI包括功能交互可视化细胞器(空间)蛋白质组学数据的基础上pRoloc, pRolocdata和闪亮的。

proteoQC——这个包创建一个HTML格式QC报告/女士MS-based蛋白质组学数据。这份报告的目的是允许用户快速评估蛋白质组学数据的质量。

PSEA——反褶积基因表达数据的特定人群表达分析(PSEA)。

Pviz——Pviz适应Gviz包蛋白质序列和数据。

quantro——一个数据驱动测试假设的分位数规范化使用对象继承eset等原始数据(例如ExpressionSet, MethylSet)。组级别每个样本的信息(如肿瘤/正常状态)也必须提供,因为测试评估如果有全球用户定义的组间的分布差异。

雨,这个包使用非参数方法在时间序列检测的节奏。它处理离群值,缺失值和优化时间序列由10 - 100测量。预计不承担任何不同的波形优化或检测振荡行为(如生理或细胞周期),如基因组——或者proteome-wide生物测量,例如:微阵列,蛋白质组学质谱或代谢物测量。

regionReport——生成HTML报告等探索一套地区annotation-agnostic表达式的结果分析,在碱基对决议由derfinder RNA-seq数据。

RGSEA——结合引导聚合和基因集富集分析(GSEA) RGSEA分类算法具有高鲁棒性和不过度学习问题。它执行不同exprements尤其是对生成的数据。

riboSeqR——绘图功能,转移检测和解析从核糖体的测序数据分析实验。

Rnits - R / Bioconductor包正常化,曲线及时登记和推理过程的基因表达数据

Rqc——Rqc是一个优化工具用于高通量测序数据的质量控制和评估。它执行并行处理整个文件并生成一个报告,包含一组高分辨率图形。

rRDP——无缝接口RDP分类器(版本2.9)。

RUVnormalize——RUVnormalize旨在从基因表达数据删除不必要的变化当感兴趣的因素没有定义,例如,清理数据集一般使用或进行任何形式的无监督的分析。

RUVSeq——这个包实现了删除不需要的变异RUV)(政府Risso et al .(2014)方法的规范化RNA-Seq读计数之间的样本。

S4Vectors S4Vectors包定义了向量和虚拟类和一组通用函数列表扩展普通的语义向量和列表在r包开发人员可以很容易地实现向量或类似对象的具体子类向量或列表。2021欧洲杯体育投注开户此外,一些低级的具体子类一般利益(例如DataFrame、Rle和支安打)实现S4Vectors包本身(更多的是实现IRanges包和其他Bioconductor基础设施包)。

SemDist——这个包实现方法来计算给定版本的信息吸积基因本体和使用这些数据来计算剩余不确定性,错误信息和语义相似度对于给定的预测集注释和真正的注释的蛋白质功能预测。

seqplots——seqplots策划新一代测序的工具(上天)基础实验的信号跟踪,如从ChIP-seq读取覆盖率、RNA-seq和DNA可访问性化验DNase-seq和MNase-seq等在用户指定的基因特性,如启动子、基因的身体,等。它还可以计算从参考基因组序列图案密度配置文件。数据可视化为平均信号剖面情节,错误估计(标准误差和95%置信区间)显示为字段,或一系列的热图,可以使用层次聚类,分类和集群k - means算法和自组织映射。情节可以准备使用R编程语言或基于浏览器的图形用户界面(GUI)使用闪亮的实现框架。运行软件的双重目的的实现允许本地桌面或部署在服务器上。SeqPlots是有用的探索性数据分析和准备复制,出版质量的情节。软件的其他功能包括协作和数据共享功能,以及储存能力预计算结果矩阵,结合许多测序实验和in-silico生成的跟踪与多个不同的特性。这些二进制文件可以进一步用于生成新组合的情节在飞,运行自动批处理操作或与同事分享,谁能调整自己的绘图参数没有装载实际跟踪和重新计算数值。SeqPlots继电器Bioconductor包装上,主要是对数据输入和BSgenome rtracklayer包参考基因组序列和注释。

seqTools——分析读取长度,phr分数和字母频率和DNA k-mers未压缩和压缩fastq文件。

SGSeq——RNA-seq数据信息已知和小说文本分析的亚型。虽然RNA-seq读取的短长度限制的能力预测和量化完整的成绩单,短的读取数据非常适合个人选择的分析记录事件(如包含或跳过盒外显子)。SGSeq包使预测,量化和可视化的替代从BAM文件记录事件。

shinyMethyl——交互式可视化的工具Illumina公司的450 k数组数据

SigCheck,而基因签名经常用于分类数据(如预测预后的癌症患者),它并不总是清楚最佳的或有意义的(David Venet cf雅克·e·杜蒙特和文森特弯路的论文“大多数随机与乳腺癌相关基因表达特征明显的结果”)。部分基于建议的纸,SigCheck接受一个数据集(作为ExpressionSet)和基因签名,并比较其分类性能(使用MLInterfaces包)反对)随机基因签名相同的长度;b),(相关和不相关的)基因签名;和c)交换数据。

simulatorZ simulatorZ是一个包的目的主要是为了模拟独立的基因组数据集的集合,以及执行培训和验证预测算法。它支持ExpressionSets和SummarizedExperiment对象。

SNPRelate——全基因组关联研究(GWAS)被广泛用于研究疾病的遗传基础和特征,但是他们带来了许多计算的挑战。我们开发了一个R包SNPRelate提供二进制格式单核苷酸多态性(SNP)数据在GWAS利用CoreArray基因组数据结构(GDS)数据文件。GDS格式提供了高效的操作与两位专门为整数,SNP只能占领以来两位。SNPRelate也旨在加速两个关键计算SNP数据使用多核并行计算对称多处理计算机体系结构:主成分分析(PCA)和使用Identity-By-Descent亲缘分析措施。苏格兰民族党格式在这个包也被GWASTools包S4类和通用函数的支持。

specL——specL提供了一个函数生成光谱库可用于MRM SRM工作流女士在蛋白质组学。包提供了一个BiblioSpec读者,一个函数,可以添加蛋白质使用氨基酸FASTA格式的文件信息,并使用创建的导出方法库Spectronaut软件。

ssviz——小RNA序列查看器

斯坦-斯坦(STrand-specic注释基因组数据)实现双向隐马尔可夫模型(bdHMM),用于研究指导基因组进化过程,如基因转录、DNA复制、重组或DNA修复通过整合基因组数据。bdHMMs模型连续观测序列(如芯片或沿着基因组RNA测量)通过一个离散的“定向基因状态”,如反映不同的genome-associated复合物。与标准HMM方法不同,bdHMMs允许集成strand-specific(例如RNA)和非strand-specific数据(例如芯片)。

STATegRa——类和multi-omics数据集成的工具。

开关箱,包提供不同的分类器比较的基础上对功能(TSP),使用各种决策规则(例如,赢得多数原则)。

systemPipeR - R包构建端到端分析管道的自动报告生成下一代序列(上天)应用程序,如RNA-Seq ChIP-Seq VAR-Seq和许多其他人。一个重要特性是支持命令行运行软件,如门店调整器,在单一的机器或计算集群。这包括交互作业提交或批处理提交排队系统的集群。

ToPASeq - 7方法的实现架构RNASeq和微阵列数据通路分析:SPIA, DEGraph, TopologyGSA, TAPPA, TBS, PWEA和单一路径的可视化工具。

tracktables——方法来创建复杂IGV基因组浏览器会话和动态IGV报告的HTML页面。

TSCAN——TSCAN使用户能够轻松地构建和优化pseudotemporal细胞排序以及分析差异表达基因。TSCAN附带了一个用户友好的GUI用闪亮的。更多的功能将在未来。

wavClusteR——推断PAR-CLIP诱导转换和歧视他们从测序错误,单核苷酸多态性,污染物和额外的非实验因素,使用非参数混合模型。wavClusteR解决集群边界在高分辨率和集群提供了稳健估计的统计数据。此外,该计划允许集成RNA-Seq数据估计罗斯福在整个范围的相对频率替换。此外,包提供了后处理的结果和功能导出UCSC基因组浏览器可视化和主题搜索的结果分析。关键功能支持并行多核计算。wavClusteR为PAR-CLIP设计数据分析时,它可以被应用到其他新一代测序数据分析中得到了替换诱导实验过程(例如BisSeq)

新闻从新的和现有的包

包维护人员可以添加新闻文件描述更改他们的包。以下包消息是可用的:

ADaCGH2

2.5.2版本的变化(2014-10-03):

• 帮助纠正“inputToADaCGH”

2.5.1版本的变化(2014-10-03):

• 固定的错误阅读文件当R对象被称为“inputData”

的变化版本2.5.0:

• 撞BioC版本。

affxparser

版本变化1.37.2 (2014-09-28):

• 由于迁移到GitHub进行小的修改。

版本变化1.37.1 (2014-08-25):

• 清理:删除CMD检查指出,最近出现在R版本。

版本变化1.37.0 (2014-04-11):

• 版本号是撞Bioconductor猛击版本,目前BioC v2.15 R (> = 3.1.0)。

ALDEx2

的变化版本0.99.2:

新功能

• aldex。clr到一个类

• 允许输入SummarizedExperiment对象,而不是一个读取数据帧

• 优先使用BiocParallel包多核处理。如果不安装然后BiocParallel平行包使用,如果不包安装,那么使用串行处理

的变化版本0.99.1:

新功能

• 改变条件测试多处理器使用,默认值为FALSE

的变化版本0.99.0:

新功能

• 第一次提交Bioc-devel

注释

1.43版本的变化:

新功能

• blastSequences接受一个参数超时限制等待响应的时间;在交互式会话和超时之后,用户可以选择重试查询。

• blastSequences接受一个参数作为返回值的控制表示,DNAMultipleAlignment、data.frame或XML。

AnnotationForge

* * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 1.8.0系列新闻* * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * *

新功能

o添加支持使orgDb对象/所有NCBI数据库taxIDs哪里有足够的数据(AnnotationHub添加)。这使得对象1100年的生物。

AnnotationHub

的变化版本1.6.0:

新功能

• 添加查询和子集,AnnotationHub =方法

aroma.light

2.1.2版本的变化(2014-09-23):

• 轻微的调整由于迁移到GitHub。

更改版本2.1.1 (2014-09-16):

• 重要的/清理:matrixStats包不再是附带这个包。换句话说,你现在可能需要添加库(matrixStats)脚本。

• 清理:现在进口R。跑龙套(而不是只显示)。

• 固定一些新的R CMD检查笔记。

版本2.1.0的变化(2014-04-11):

• 版本号是撞Bioconductor猛击版本,目前BioC v2.15 R (> = 3.1.0)。

ASGSCA

的变化版本0.99.2:

• 小bioconductor提交问题解决

的变化版本0.99.1:

• 添加真实数据的例子

• 改变biocViews标签

的变化版本0.99.0:

• Bioconductor最初版本。

• 添加新闻文件。

舞会礼服

9.7:新方法用于访问基因和记录名称和id

9.7:开发包(GitHub)现在有特拉维斯CI集成,所以包的是构建/测试与每一个新的推动和状态图像显示在包的README

9.6:ballgownrsem现在可以处理gzip输入文件

9.6:小修复,消除警告/错误R CMD检查

9.5:“子集”功能现在适当的行为如果sampleNames包含“点”字符

9.4:Tablemaker源代码的舞会礼服库(GitHub和BioC svn回购)

9.3:exprfilter功能添加

9.2:ballgownrsem函数添加(现在兼容RSEM输出)

9.2:RSEM槽添加到舞会礼服S4类

9.2:bug修复子集函数

9.2:库大小调整统计现在是CSS正常化(使用吗日志默认FPKM),更可定制的

0.99.1:

9.0:“量”参数添加到构造函数

9.0:单元测试补充道

9.0:装饰图案更新

9.0:在策划一些bug修复功能和统计测试函数Alpha版本,2014年3月30日:

9.0:包宣布

BiocParallel

1.0.0版本的变化

新功能

o为集群经理添加装饰图案部分,AMI o添加bpiterate通用和方法o添加减少bpiterate()添加“reduce.in阿。订单”bpiterate ()

修改

o o更新装饰图案的例子,重组部分允许工人在BiocParallelParam字符或整数o提高bpresume()手册页;添加示例o提高注册()手册页;添加示例o提高默认注册SnowParam: - max 8芯使用detectcores () / mc.cores如果可用o修改.convertToSimpleError NA_character_()将NULL

错误修复

o为BPPARAM解决递归问题列表o修改bpaggregate()来并行地运行

BiocStyle

更改版本1.4.0:

用户可见的变化

• 减价的支持文件

• 添加\ Githubpkg标记命令

biosvd

2.0.4版本的变化:

类别类

• 类EigensystemPlotParam已添加,允许所有plot-related设置中指定这个类的一个对象。

类别的功能

• 故事情节现在提供十可视化功能。这个函数生成一个热图的eigenfeatures化验使用给定的对比的因素(eigenfeatureHeatmap)特性的热图eigenassays使用给定的对比的因素(eigenassayHeatmap),化验的热图的特性与功能分类根据其相关性和两个eigenfeatures (sortedHeatmap),酒吧情节eigenexpression分数的所有eigenfeatures(分数),一个screeplot eigenexpression分数(筛),酒吧情节的eigenexpression分数eigenfeatures没有主导eigenfeature (s) (zoomedFraction)的强度水平选择eigenfeatures整个化验(默认eigenfeatures 1 - 4)(行),强度级别的所有eigenfeatures整个化验(allLines),化验的极坐标图根据其相关性和两个eigenassays (eigenassayPolar)和极坐标图根据他们的相关特性和两个eigenfeatures (eigenfeaturePolar)。

类别的依赖性

• 这个包现在不再取决于ReportingTools。

类别弃用

• 排序函数已被弃用,取而代之的是功能项目。这个函数返回的直角坐标和极坐标中eigensystem投影两个指定eigenfeatures和eigenassays。

BitSeq

版本变化1.10.0 (2014-10-01):

新功能

• 这个版本对应于c++ 0.7.5 BitSeq版本。

• 向parseAlignment添加“unstranded”选项,允许读对与不同的使用方向

• 使除单件parseAlignment(配对读取单配偶对齐)

BridgeDbR

的变化版本0.99.1:

用户可见的明显变化

• 没有变化

新功能

• 新包

错误修复

• 任何更改分类为“修复”(包在积极开发)

CGEN

3.0版本的变化:

用户可见的变化

• 功能得分。测试,GxE。扫描,GxE.scan。分区和GxE.scan.combine补充道。

• snp的功能。日志istic and snp.scan.logistic can now handle imputed genotypes.

错误修复

• snp的函数。日志istic checks that the snp variable is used in main.vars or int.vars.

计划

• 下一个版本会有一个新的瓦尔德测试函数。

嵌合体

的变化版本1.7.10:

新功能

• 融合由fusionCatcher生成的数据可以导入。

1.7.1上版本的变化:

新功能

• 融合由Rsubread生成的数据可以导入。

chipenrich

1.3.4版本的变化:

包裹的特性

• broadenrich新方法,可在chipenrich函数用于基因集富集在广泛的基因组区域,如基于峰值产生的组蛋白修饰ChIP-seq实验。

• 方法chipenrich broadenrich可用在多核版本(在每个平台Windows除外)。用户选择核心当调用chipenrich函数的数量。

• 山峰从编码财团.broadPeak或.narrowPeak下载文件直接支持。

• 山峰从modENCODE财团,请全部下载。人造石铺地面或轮回。gff3文件也直接支持。

• 支持d .腹(dm3)基因组和浓缩测试从所有三个分支(GOBP, GOCC, GOMF)。

• 新基因集Reactome (http://www.reactome.org)为人类,小鼠和大鼠。

• 组蛋白的新例子的数据集,基于hg19 peaks_H3K4me3_GM12878。

ChIPQC

1.1.2版本的变化:

• 大补丁修复/手册页

ChIPseeker

的变化版本1.1.21:

• 使用数据。表,而不是data.frame优化covplot < 2014-10-06,我的>

的变化版本1.1.20:

• 更新存储seqinfo annotatePeak信息< 2014-09-30,星期二>

• 修改runValue (x)酸式焦磷酸钠(x, runValue) < 2014-09-30,星期二>

的变化版本1.1.19:

• 实现csAnno S4对象< 2014-09-28,太阳>

• 修改情节为csAnno实例函数< 2014-09-28,太阳>

• 实现vennpie函数< 2014-09-28,太阳>

的变化版本1.1.17:

• 反对plotChrCov新函数covplot < 2014-08-18,我的>

• 添加新的paramter装备和xlim covplot < 2014-08-18,我的>

1.1.16版本的变化:

• 优化plotChrCov,运行时间大幅减少< 2014-08-15,星期五>

1.1.15版本的变化:

• 删除un-mappable峰防止失败峰注释< 2014-08-14,清华>

的变化版本1.1.14:

• 臭虫固定在plotDistToTSS < 2014-08-14,清华>

1.1.13版本的变化:

• 改变TranscriptDb TxDb根据GenomicFeatures < 2014-07-29,星期二>

1.1.12版本的变化:

• 臭虫固定在plotChrCov < 2014-07-21,我的>

的变化版本1.1.10:

• 臭虫固定在计算距离峰值结束< 2014-06-18,结婚>

1.1.9版本的变化:

• annotatePeak添加水平参数,默认设置为“文本”。现在annotatePeak将注释的山峰在转录水平除了用户指定级别=“基因”< 2014-06-16,我的>

• 添加annotatePeak addFlankGeneInfo参数。如果它设置为true,所有功能在flankDistance将注释。< 2014-06-16,我的>

的变化版本1.1.8:

• bug固定时峰重叠特性< 2014-06-11,结婚>

• 优化了重叠峰的特点< 2014-06-11,结婚>

• 更新plotAnnoPie,独立派和传说,防止标签重叠< 2014-06-12,清华>

1.1.7版的变化:

• 臭虫固定在计算distanceToTSS < 2014-06-03,星期二>

1.1.6版本的变化:

• 添加chainFile参数在enrichAnnoOverlap enrichPeakOverlap支持不同版本的基因组比较< 2014-06-01,太阳>

• 固定在peakHeatmap.internal2颜色错误,plotAnnoBar < 2014-06-02,我的>

• 更新小插曲< 2014-06-02,我的>

1.1.5版本的变化:

• 出口getPromoters和getTagMatrix < 2014-05-31,坐>

• 重命名plotAvgProf plotAvgProf2实施基于tagMatrix plotAvgProf < 2014-05-31,坐>

• 实现可视化的热图tagHeatmap tagMatrix或列表tagMatrix < 2014-05-31,坐>

• 实现洗牌功能来生成一个随机的芯片数据基于一个真正的一个< 2014-05-31,坐>

• 实现enrichPeakOverlap calcuate重要芯片实验基于基因组协调< 2014-05-31,坐>

• 实现enrichAnnoOverlap计算重要的芯片实验基于他们最近的基因注释< 2014-05-31,坐>

• 结合地理数据库挖掘重要的芯片重叠数据< 2014-05-31,坐> + getGEOspecies总结收集到的数据由基因组物种+ getGEOgenomeVersion总结搜集数据版本+ getGEOInfo提取基因组信息查询+ downloadGEObedFiles下载特定基因组的所有床上的文件版本+ downloadGSMbedFiles下载床文件输入GSM的列表。

更改版本1.1.4:

• annotatePeak注释列输出的函数,如果外显子/内含子,输出变化的Transcript_Name / GeneID,外显子。total_no。' < 2014-05-14,结婚>

更改版本1.1.3:

• 臭虫固定时元数据(TranscriptDb)包含NA < 2014-04-30,结婚>

• 支持ID类型的运用在annotatePeak (Entrez支持)< 2014-04-30,结婚>

1.1.2版本的变化:

• 实现plotChrCov < 2014-04-25,星期五>

• 实现plotAvgProf和peakHeatmap < 2014-04-24,清华>

变化的1.1.1版:

• 输出现在annotatePeak包含染色体长度的信息< 2014-04-22,星期二>

• 重新实现plotAnnoPie使用普通的饼图而不是pie3D < 2014-04-21,我的>

cisPath

的变化版本1.5.8:

• 文档的改进

1.5.7版本的变化:

• 修正一个错误

1.5.6版本的变化:

• 修正一个错误

1.5.5版本的变化:

• 改进

1.5.4版本的变化:

• 改进

1.5.3:更正版本的变化

• 方法被添加到PPI数据格式(SIF格式)从PINA2下载。

1.5.2版本的变化:

• 修正一个错误

1.5.1版本的变化:

• 修正一个错误

切肉刀

版本变化1.3.8 (2014-09-28):

• 使用标题“标题:”字段的描述文件。

版本变化1.3.7 (2014-05-08):

• 创建一个IRangesList使用分裂而不是拉普兰人在cleavageRanges AAStringSet-method是超过两倍。

1.3.6版的变化(2014-05-03):

• 添加cleavageRanges字符的方法,AAString AAStringSet。

• 裂开,AAString返回一个AAStringSet代替一个AAStringSetList对象。

• 修复的返回值cleavageSites AAStringSet。

1.3.5版本的变化(2014-04-30):

• 解决分辨力cleavageSites AAStringSet。

1.3.4版本的变化(2014-04-30):

• 添加cleavageSites字符的方法,AAString AAStringSet。

v1.3.3变化(2014-04-28):

• 避免重复消化肽导致休速度改善和休内存减少(删除修复1.1.8,部分手写原始算法)。

• 删除记忆测试和“memoryThreshold”的论点(失败在不同的平台上,使用“新”不再重要了乳沟算法)。

• 改变默认的“独特”的参数“独特= TRUE”。

1.3.2版本的变化(2014-04-25):

• 介绍简单的记忆测试和“memoryThreshold”参数避免荒谬的计算大量的“missedCleavages”和肽的组合。

1.3.1版本的变化(2014-04-25):

• 添加“定制”参数允许用户定义自己的乳沟规则。

Clomial

版本变化1.1.9 (2014-07-26):

• 增加质量控制的情况只有1样本提供。

1.1.7版的变化(2014-04-24):

• 函数Clomial.generate.data()现在可以测序误差模型。

更改版本1.1.2 (2014-04-18):

• 一些bug修正关于忽略样本。

• 一些bug修正关于并行运行时加载保存结果。

• 一些拼写错误固定文件的人。

• 更高效的作业提交。

• 函数compute.errors()现在是出口,并可以访问用户。

改变版本1.1.0 (2014-03-11):

• Bioconductor批准。

clonotypeR

更改版本1.4.0:

错误修复

• 小包装修正(名称空间,等等)。

clusterProfiler

的变化版本1.99.0:

• 设置版本1.99.0并将发布版本下BioConductor 2.0.0版本。< 2014-09-03,结婚> +在2.0.0版本中,包被扩展以支持约20的物种和KEGG分析。+支持基因集富集分析算法的去KEGG。+ enrichMap可视化支持。

• 大约20种KEGG分析支持。< 2014-09-03,结婚>

• 更新人文件表明enrichGO现在支持超过20种< 2014-09-03,结婚>

的变化版本1.13.3:

• 添加keepGOlevel、keepGOterm excludeGOlevel excludeGOterm,没有出口< 2014-08-28,清华>

的变化版本1.13.2:

• 实现gseGO和gseKEGG基因集富集分析< 2014-07-31,清华>

• 从剂量进口enrichMap < 2014-07-31,清华>

• 添加相应的部分《天方夜谭》中< 2014-07-31,清华>

的变化版本1.13.1:

• 更新文件根据人的变化roxygen2(版本4.0.0)< 2014-05-16,星期五>

compEpiTools

版本1.0.0的变化:

• 实现以下功能:初始版本+ GRbaseCoverage + GRcoverage + GRcoverageInbins + GRcoverageSummit + GRenrichment + countOverlapsInBins + stallingIndex + TSS + distanceFromTSS + GRangesInPromoters + GRmidpoint + GRannotate + GRannotateSimple + makeGtfFromDb +增强剂+ matchEnhancers + topGOres + simplifyGOterms + findLncRNA + getPromoterClass + heatmapData + palette2d + heatmapPlot + plotStallingIndex + GR2fasta + overlapOfGRanges + GRsetwidth + unionMaxScore + GRanges2ucsc + ucsc2GRanges

CompGO

更改版本1.1.3:

• 添加在plotZScores情节绝对值的z得分的能力()

• 固定装饰图案包括Abs()策划

1.1.2版本的变化:

• 出于演示目的包括静态的一幕。一些步骤在我们的管道需要写入磁盘,或使用一个注册邮件,很难包括动态编译的装饰图案。用装饰图案,能够显示管道中的每个步骤的有用程度的细节比有一个动态的但不表达。

• 装饰图案包括使用示例数据集从他(2011)贯穿整个管道,说明分析的主要步骤,并提供一个有用的模板。

变化的1.1.1版:

• 功能添加到情节differentially-enriched KEGG使用软件包pathview通路

• 添加交互式绘图函数来生成许多列表比较,利用主成分分析和系统树图块

• 增加了几个示例数据集从他请全部文件,a (2011)。

cosmiq

的变化版本0.99.1:

用户可见的变化

• rt减少编译时间窗口decreasse整个一幕

COSNet

的变化版本0.99.5:

• 修改了第一节的小插曲。用户可见的变化BUG修复计划

CRISPRseek

1.3.10版本的变化:

新功能

• gRNAs自动输出到床上视图在UCSC基因组浏览器的文件

的变化版本1.3.8:

新功能

• 添加calculategRNAefficiency计算gRNA乳沟效率使用DoenchNBT2014预测物流模型

1.3.7版本的变化:

新功能

• 添加searchDirection compare2Sequences允许搜索一个对其他许多许多序列搜索

• 添加异常处理没有compare2Sequences gRNA发现错误

1.3.5版本的变化:

错误修复

• TopN offtarget总分有时失踪序列包含gRNAs少于6 offtargets v1.3.3

v1.3.3变化:

新功能

• 寻找非目标是超过10 gRNAs搜索时快得多

• 增加了新的可选参数orgAnn offTargetAnalysis

• 添加基因ID和可选的基因符号在不相干的输出文件

• 添加gRNA目标地区,GC含量gRNA和Ts的数量在过去4份gRNA(不包括PAM序列)在汇总输出文件中

csaw

版本1.0.0的变化:

• 新包csaw新创检测ChIP-seq微分绑定的数据。

腰带

2.7.1:修正:-固定cuffData fullname的参数::*矩阵()方法,它应该做什么。——添加fpkmSCVPlot showPool的参数。当经验值为真时,平均值和标准偏差与cross-replicate决心在所有条件。这将随时有n < 2复制/条件。——添加统计= "身份" expressionBarplot遵守ggplot 0.9.3执行。csScatter——“标签”参数是现在的工作,因为它应该。你可以通过向量的gene_short_name标识标签和这些将具体要求在散点图上红色文本。——添加repFpkmMatrix()和()方法复制CuffFeature对象。-删除不必要的连接优化检索速度的几个关键的查询。——固定错误csVolcano矩阵,迫使ylimits c(0, 15)新特点:-添加csNMF CuffData和CuffFeatureSet对象()方法来执行非负矩阵因子分解。 As of now, it’s merely a wrapper around the default settings for NMFN::nnmf(), but hope to expand in the future. * Does not adjust sparsity of matrices after output, must be done by user as needed. - Added csPie() method for CuffGene objects. Allows for visualization of relative isoform, CDS, and promoter usage proportions as a pie chart by condition (or optionally as stacked bar charts by adding + coord_cartesian() ). - Added ‘method’ argument to csCluster and csHeatmap to allow custom distance functions for clustering. Default = “none” = JSdist(). You can now provide a function that returns a ‘dist’ object on rows of a matrix. - Added varModel.info tracking for compatibility with cuffdiff >=2.1. Will now find varModel.info file if exists, and incorporate into database. - dispersionPlot() method added for CuffSet object. This now appropriately draws from varModel.info and is the preferred visualization for dispersion of RNA-Seq data with cummeRbund. - Added diffTable() method to CuffData and CuffFeatureSet objects to allow a ‘one-table’ snapshot of results for all Features (CuffData) or a set of Features (CuffFeatureSet). This table outputs key values including gene name, gene short name, expression estimates and per-comparison fold-change, p-value, q-value, and significance values (yes/no). A convenient ‘data-dump’ function to merge across several tables. - Added coercion methods for CuffGene objects to create GRanges and GRangeslist objects (more BioC friendly!). Will work on making this possible on CuffFeatureSet and CuffFeature objects as well. - Added pass-through to select p.adjust method for getSig (method argument to getSig) - Added ability to revert to cuffdiff q-values for specific paired-wise interrogations with getSig as opposed to re-calculating new ones (useCuffMTC; default=FALSE) Notes: - Removed generic for ‘featureNames’. Now appropriately uses featureNames generic from Biobase. As a consequence, Biobase is now a dependency. - Added passthrough to as.dist(…) in JSdist(…) - Added ‘logMode’ argument to csClusterPlot. - Added ‘showPoints’ argument to PCAplot to allow disabling of gene values in PCA plot. If false, only sample projections are plotted. - Added ‘facet’ argument to expressionPlot to disable faceting by feature_id. - shannon.entropy now uses log2 instead of log10 to constrain specificity scores between 0 and 1.

customProDB

1.5.5版本的变化:

错误修复

• 修复一个缺陷在OutputNovelJun.R函数

1.5.4版本的变化:

错误修复

• 修复一个缺陷,小说”——“链结编码序列,在OutputNovelJun.R函数

1.5.3:更正版本的变化

错误修复

• 修复一个缺陷,OutputNovelJun.R ID映射函数

dagLogo

1.3.6版的变化:

新功能

• 为fetchSequence函数添加测试文件

错误修复

• 任何更改分类为“修复”(包在积极开发)

1.3.4版本的变化:

新功能

• 任何更改分类为“修复”(包在积极开发)

错误修复

• fetchSequences():当使用蛋白质组对象从AAStringSet创建列2和3的序列数据帧不包含预期的值。

• testDAU():返回的数量()函数NA字母失踪在给定矩阵;导致在后台nan矩阵和错误在dagLogo()策划。改变计数丢失的字母()返回0。

• 修正的错误dagLogo ()

v1.3.3变化:

新功能

• 向测试添加背景噪音

• 列标签相对于锚时画的标志

错误修复

• 任何更改分类为“修复”(包在积极开发)

deepSNV

版本变化1.99.3 (2013-07-25):

更新

• 一些变化海鸥装饰图案

• 重命名参数π。基因和π。backgr makePrior ()

修正

• 固定错误bf2Vcf()当没有变异

版本变化1.99.2 (2013-07-11):

更新

• 更新的引用

• 添加详细的选项bam2R抑制输出

• 改变模式()“整数”loadAllData值()

修正

• 固定的错误当只有一个变体叫做bf2Vcf ()

版本变化1.99.1 (2013-06-25):

更新

• 使用knitr漂亮的小插曲

• 包括海鸥装饰图案

修正

• 删除固定问题bf2Vcf ()

• makePrior()添加背景在所有网站

版本变化1.99.0 (2013-04-30):

更新

• 海鸥新算法

• 通过总结包括VCF输出(deepSNV、价值=“VCF”)

1.11.1版本的变化:

修正

• 在总结报告正确的表(…,价值=“VCF”);感谢大卫Gacquer。

DEGreport

0.99.12:09-04-2014曾淡水沼泽lorena.pantano@gmail.com正确的createReport医生

0.99.11:09-02-2014曾淡水沼泽lorena.pantano@gmail.com添加ncores创建报告

0.99.10:08-16-2014曾淡水沼泽lorena.pantano@gmail.com除去小插曲BIOMART由于WINDOWS未知的构建问题

0.99.9:08-02-2014曾淡水沼泽lorena.pantano@gmail.com贝叶斯推理增加并行化

0.99.4:05-19-2014曾淡水沼泽lorena.pantano@gmail.com编码风格*替换选项卡通过4空间* *清理函数添加单元测试

derfinder

的变化版本0.99.0:

新功能

• 准备提交Bioconductor。

derfinderHelper

的变化版本0.99.0:

新功能

• 准备提交Bioconductor。

• 添加测试和装饰图案。

derfinderPlot

的变化版本0.99.0:

新功能

• 准备提交Bioconductor。

• 添加测试和装饰图案。

用户可见的明显变化

• plotOverview()和plotCluster()现在可以情节弗兰克-威廉姆斯调整假定值如果计算derfinder:: mergeResults ()

DESeq2

的变化版本1.6.0:

• DESeq()和结果()获得“并行”的论点。

• 结果()得到一个“addMLE”的论点。

• 结果()得到一个“测试”参数,构造瓦尔德测试后DESeq使用似然比()运行测试。

• 结果()的论点“格式”农庄或GRangesList结果。

• 新plotCounts()函数。

• 少离群值调用从库克的距离为分析样本和许多条件。

• 更健壮的β先验方差和日志折叠收缩变化。

DiffBind

的变化版本1.12.0:

• 主要bug修复!

DMRforPairs

1.1.1版的变化(2014-05-06):

• 出版描述DMRforPairs在BMC生物信息学被接受。包的引用信息已经更新。时请使用此更新参考引用DMRforPairs: Rijlaarsdam MA Zwan YGvd, Dorssers LC, Looijenga LH。DMRforPairs:确定独特的样本之间的差异甲基化区域使用基于数组的甲基化配置文件。BMC生物信息学。2014(新闻)。

DOQTL

的变化版本0.99.1:

新功能

• 添加有限支持异构股票老鼠。

• assoc。情节添加关联映射图上面应变分布模式。

变化

• rankZ固定NA值相关的错误。

的变化版本0.99.0:

新功能

• 阅读。vcf读取桑格SNP vcf文件。

• assoc。地图背景桑格snp在基因组和执行协会的映射。

• 固定的错误在亲属关系。每个染色体聚合氯化铝的亲属为无法正确计算。

• 改进的基因在gene.plot布局算法。

变化

• scanone返回假定值和log10(假定值)。

• doqtl。阴谋情节LOD或log10(假定值)。

剂量

2.3.6版本的变化:

• 添加可读参数在simplot < 2014-10-09,清华>

2.3.5版本的变化:

• 实现enrichMap < 2014-07-28,结婚>

版本2.3.4的变化:

• 返回ggplot2对象gseaplot < 2014-07-21,我的>

2.3.3版本的变化:

• geneSim只能接受一个基因ID向量和执行mgeneSim GOSemSim < 2014-06-23,我的>

• 更新人文件< 2014-06-23,我的>

2.3.2版本的变化:

• 臭虫固定在scaleNodeColor < 2014-06-08,太阳>

2.3.1版本的变化:

• 升级文件根据roxygen2人(版本4.0.0)。< 2014-05-16,星期五>

easyRNASeq

的变化版本2.1.15:

• 删除一个明显不必要的要求。

的变化版本2.1.14:

• 固定一个丢失的文档链接和丢失对象的文档以及两个物体的移动(DataFrame SimpleList)通用IRanges S4Vectors

的变化版本2.1.13:

• Bioconductor核心团队更改基础包

的变化版本2.1.12:

• Bioconductor核心团队更改基础包

2.1.11版本的变化:

• 固定更IRanges - > S4Vectors进口变化。

• 轻松的BAM头所以字段的验证。感谢约翰(藏Jianhua),发现问题并提供解决办法。在发行2.0.9变化一样。

2.1.10版本的变化:

• Bioconductor Iranges - > S4Vectors核心变化

2.1.9版本的变化:

• 从版本2.0.7移植变化

的变化版本2.1.8:

• 从发布版本2.0.5和2.0.6移植的变化

2.1.7版本的变化:

• 改为使用roxygen 4.0.0

• 纠正一个依赖关系不匹配。难倒我了为什么它不工作v2.1.6…

2.1.6版本的变化:

• 纠正一个依赖关系不匹配。

2.1.5版本的变化:

• 2.0.3一样变化和适应依赖IRanges S4Vectors

2.1.4版本的变化:

• 一些从Bioc随意修改。

2.1.3版本的变化:

• 2.0.2变化一样

2.1.2版本的变化:

• 完成之前的提交

2.1.1版本的变化:

• 变化一样2.0.1

版本2.1.0的变化:

• 没有,Bioc新的重击分支

EBImage

的变化版本4.8.0:

新功能

• 大津阈值方法(由菲利普·a·Marais比勒陀利亚大学、南非)

• 支持dimnames图像对象

• bg。坳参数的仿射变换

• “reenumerate“参数”rmObjects”

• “名字”论点“readImage”

• ”。为图像对象数组的方法

• ”。nativeRaster”功能

用户可见的明显变化

• 性能改进“形象”、“selectChannel”,“结合”和“reenumerate”

• 使用更有效的“nativeRaster”表示“displayRaster”

• 清洁的输出显示图片的方法;打印正确的对象类名称和dimorder(如果设置)

• “readImage”形象dimnames设置为相应的文件名

• “filter2”和“仿射”返回同一个类的对象作为输入

• 更名为“getNumberOfFrames”“numberOfFrames”

错误修复

• 处理字符数组的维度

• 绘制网格线的“displayRaster”

• 传递“readImage”的“…”的参数

EBSeq

1.5.4版本的变化:

• 一个额外的数值逼近一步实现EBMultiTest()函数,以避免下溢。下溢可能是由于大量的样本。一个缺陷在EBMultiTest()是固定的。错误将导致错误时就是需要数值近似1基因/同种型。

1.5.3:更正版本的变化

错误修复

• 固定一个错误可能会产生NA FC估计当没有复制。

1.5.2版本的变化:

新功能

• 额外的数值逼近一步是在光大通信中实现()函数,以避免下溢。下溢可能是由于大量的样本。

EDASeq

1.99版本的变化:

• “exprs”和“exprs <——“现在弃用:使用“计数”和“计数< -”(兼容DESeq类)。

• “计数”现在访问原始计数(即使正常化)和“normCounts”访问规范化。

• 添加槽“normalizedCounts”SeqExpressionSet类:现在归一化函数归一化计数保存新槽同时保持原来的数量“计数”。

• 添加选项“MDPlot”可视化控制基因在红色。

• withinLaneNormalization现在betweenLaneNormalization总是存储规范化normalizedCounts槽计数,即使使用抵消= TRUE。

• 增加了一个新的方法plotPCA主成分分析(PCA)的阴谋。

• 更新了装饰图案,以反映这些变化。

• 描述和命名空间清理。

刨边机

的变化版本3.8.0:

• 新goana DGEExact和DGELRT对象()方法来执行基因本体分析IDs使用Entrez基因的差异表达基因。

• 新功能diffSpliceDGE (), topSpliceDGE()和plotSpliceDGE()检测差外显子的使用和显示结果。

• treatDGE()的新函数,测试相对于指定log2-FC阈值。

• glmQLFTest()分成三个功能:glmQLFit(拟合)quasi-likelihood漠视,glmQLFTest()来执行quasi-likelihood野生和plotQLDisp策划quasi-likelihood乳液()。

• processHairpinReads()重命名为processAmplicons()和允许双端数据。

• glmFit()现在商店新。补从之前的系数。数= 0以及收缩系数。

• 现在有一个min.row estimateDisp ()。和参数来防止所有零。

• APL计算estimateDisp()使用安装hot-started值从先前的分散,避免不连续APL风景。

• adjustedProfileLik修改()开始接受系数。glmFit()现在开始传递系数mglmOneGroup ()。

• S3 calcNormFactors()现在是一个泛型函数。

• SAGE数据集从Zhang et al(1997)不再包含在刨边机包。

EnrichmentBrowser

的变化版本0.99.8:

新功能

• 最初版本的EnrichmentBrowser包

ensemblVEP

的变化版本1.6.0:

新功能

• 运用77年添加VEPParam77类来支持

epivizr

的变化版本1.3.20:

• 独立模式,介绍了一种与减少功能epiviz现在包括epivizr的一部分。epiviz web应用程序运行在本地使用httpuv的http服务器

• 添加和删除seqinfo(例如,染色体信息)任何epiviz会话

1.3.11版本的变化:

• 添加消息文件

• 更新文档“幻灯片”功能

1.3.10版本的变化:

• 改变默认的“幻灯片”显示所有范围

更改版本就开始:

• 还说“heatmapChart便利功能

的变化版本1.3.8:

• 固定错误“startEpiviz”无法正确发送“seqName”参数

1.3.7版本的变化:

• 固定错误“EpivizBpData”,“元数据”信息发送错误的格式

1.3.6版的变化:

• 改变槽使用列表“EpivizDeviceMgr”环境中,以避免崩溃RStudio由于经理检查对象

1.3.5版本的变化:

• 在Windows上失败优雅daemonization请求

• 不赞成“代理”的论点“startEpiviz”

1.3.4版本的变化:

• 升级到Epiviz v2 webapp

erccdashboard

的变化版本0.99.4:

BUG修复和小改进

• 更新saveERCCPlots、描述文件和引用文件。

的变化版本0.99.1:

BUG修复和小改进

• 固定错误erccROC和estLODR代码只使用从ERCCs假定值编码前缀“ERCC-00”而不是“ERCC -”,在某些情况下,可能会发现内生成绩单命名前缀。

的变化版本0.99.0:

新功能

• 版本设置为0.99.0 Bioconductor提交

问题

• CMD检查仍然花费的时间太长(> 5分钟),可能由于基础的微分表达式测试包。这将是难以改变的。

的变化版本0.9.12:

BUG修复和小改进

• 减少安装时间缩短了一幕

• 固定userMixFile。因子缺陷

• 更新名称空间吸引mgcv和nlme包功能

问题

• CMD检查仍然花费的时间太长(> 5分钟),可能由于基础的微分表达式测试包。这将是难以改变的。

的变化版本0.9.11:

BUG修复和小改进

• 添加几个例子功能包括“dontrun”以减少安装时间

• 命名空间包含gplots更新

exomePeak

1.4.1版本的变化(2014-07-02):

• 固定的错误:有时床文件不能正常显示

• 添加“新闻”部分

• 添加参考信息

FGNet

3.0版本的变化:

新功能

• 图形用户界面(GUI)

• 新的有限元分析工具:topGO和计(GSA)

• 情节基因表达(上/下)功能网络(因为重击。版本2.1)

• plotGoAncestors, plotKegg

接口更改

• 函数重命名或更换:

• toMatrix / adjMatrix: fea2incidMat

• plotMetagroupsDistance: clusterDistance

• query_gtLinker & getResults_gtLinker: fea_gtLinker & fea_gtLinker_getResults

• query_david & getResults_david: fea_david & format_david

• report_gtLinker & report_david: FGNet_report

• intersectionNetwork:现在包含在functionalNetwork

啪嗒啪嗒地响

更改版本就开始:

• (预处理)定义的极端边界段(第一个和最后一个),看到readgroup.cpp calculateBound

1.3.7版本的变化:

• 解决不可移植的国旗问题,看到Makevars

1.3.5版本的变化:

• 解决编译课题小牛(使用铿锵声),看到Makevars。

1.3.4版本的变化:

• 适当考虑‘S’,‘X’和‘=’字符(软剪裁,严格的不匹配和匹配)的雪茄山姆文件

1.3.2版本的变化:

• 解决小虫子图施工

• 更新优化解算器进行改装。更准确和更快的!

• 从垃圾邮件删除警告(继续…)

flowBin

变化的1.1.1版:

文档

• 轻微的修复文件错误或不完整的人。

flowcatchR

版本变化0.99.4 (2014-10-03):

新功能

• 最终的修复。在Bioconductor接受现状。

的变化版本0.99.3:

新功能

• 代码的变化适应最新的开发版本的EBImage(添加了新功能的框架类)。

的变化版本0.99.2:

新功能

• /添加文档更新。

的变化版本0.99.1:

新功能

• 改编后的第一轮复习。

的变化版本0.99.0:

新功能

• 初始提交Bioconductor。

flowCore

的变化版本1.31.15:

弃用

• “filterSet”和“工作流”是由“flowWorkspace:: GatingSet”弃用

• 更新装饰图案通过使用“GatingSet”

增强

• 支持的溢出在read.FCS` besides the existing keywords (“SPILL”, “spillover”)

• 支持阅读(read.FCS)坏FCS flowJo导出的文件,不遵循严格的标准

• 支持“ncdfFlowList”“findTimeChannel”功能

flowType

tripwire版本的变化:

• 保持向后兼容性,允许用户指定方法=“阈值”作为资本或小写。

flowViz

的变化版本1.29.30:

错误修复

• 当xyplot罕见的细胞修复错误

• 错误当xyplot罕见的细胞

增强

• 加快xyplot通过二次抽样数据

• 支持多个xyplot覆盖

flowWorkspace

的变化版本3.11.32:

增强

• 轴信息存储在“轴”槽供plotGate GatingSet”类

• 允许不同的订单colnames流数据合并多个GatingSet的成“GatingSetList”时

• 添加隐藏节点支持

• 注释和布尔节点隐藏在“控制树”

• 包装的getNodes逻辑到c++加速

• 添加“flowJoTrans”函数来构造flowJo-type biexponentioal转换函数

• 添加多个覆盖支持plotGate方法

• 添加原料。规模参数plotGate

• 添加“子集”S3功能子集GatingSet / GatingSetList基于“pData”

• 添加“长”格式输出“getPopStats”方法

• “GatingSet”添加“变换”方法将流与GatingSet并保存相关数据转换功能在“GatingSet”

• 添加一些内部函数(merge-GatingSet.R)来处理合并“GatingSets”

focalCall

版本变化0.99.3 (2014-10-06):

改进

• 固定的单元测试

• 改变了列名CNVset示例数据

版本变化0.99.2 (2014-10-06):

改进

• 添加初始单元测试

• 固定缩进.Rd文件

• 添加这个消息文件

• 改变了所有硬编码列数字的名字列

• 添加示例BierkensCNA.Rd

• 改变名称示例数据(“BierkensCNA”)

• 固定的命名空间的文件

版本变化0.99.1 (2014-10-02):

改进

• 改变了F为假

• 固定/值部分手册页

• 所有手册页添加可运行的例子

• 更新描述文件

版本变化0.99.0 (2014-04-14):

释放

• 初始提交的版本

gCMAP

1.9.2版本的变化:

• 错误修复:更新geneIndex方法接受symbols2indices和从limma id2indices函数,根据limma版本。

GeneAnswers

的变化版本2.8.0:

新功能

• 添加新函数getListGIF与ListGIF web服务器(http://listgif.nubic.northwestern.edu)。ListGIF提供了快速分析解决识别过多从列表中查询基因生物医学概念。结果是呈现先。

错误修复

• Reactome超链接已经固定。

GeneNetworkBuilder

1.7.1上版本的变化:

新功能

• 任何更改分类为“新特性”(包在积极开发)

错误修复

• 固定没有匹配功能缺陷在Mac OS X小牛

genomeIntervals

1.21.1版本的变化:

• 移植版本1.20.1变化

的变化版本1.20.1:

• 添加了一个参数readGff3函数使平静。

• 纠正一些R CMD检查警告

GenomicFeatures

1.18版本的变化

新功能

o添加extractUpstreamSeqs ()。o makeTranscriptDbFromUCSC()现在支持“flyBaseGene”表(果蝇基因跟踪)。o makeTranscriptDbFromBiomart()现在知道如何获取序列长度的运用植物db。o makeTranscriptDbFromGFF()现在更加宽容的坏链信息。

用户可见的明显变化

o取代玩具TxDb UCSC_knownGene_sample。sqlite hg19_knownGene_sample(基于hg18)。sqlite(基于hg19)和使用hg19代替hg18例子(单元测试)。o重命名TranscriptDb类- > TxDb。o现在当GTF文件处理与外显子TxDbs inferreed排名,如果外显子在不同的染色体,我们扔出成绩单(因为我们不可能猜正确外显子排名)。

弃用,已经

o extractTranscripts()和extractTranscriptsFromGenome()现在已经不复存在。o轻视sortExonsByRank ()。

错误修复

o Bug修复和改进makeTranscriptDbFromBiomart (): (a)修复长期Bug的代码负责推断utr将返回信用违约互换的信用违约掉期跨越所有非编码外显子的成绩单。(b)解决的问题是防止函数提取cd信息运用真菌最近添加到数据集,运用后生动物,运用植物,运用原生生物数据库。(c)使代码负责提取信用违约互换更健壮的利用新属性(genomic_coding_start和genomic_coding_end)添加运用74年发布(2013年12月),并通过添加更多的健康检查。

GenomicFiles

的变化版本1.2.0:

新功能

• 添加包/解压仿制药和方法

• 添加GenomicFiles类

• 添加reduceByFile / reduceByRange GenomicFiles类方法期望‘文件’的性格和“范围”一个农庄

• 移动yieldReduce()从Rsamtools GenomicFiles和重命名reduceByYield ()

• 让画眉山庄或GRangesList @rowData GenomicFiles类

修改

• 删除未使用的.FileList, VCFFileViews和FaFileViews类

• 添加检查减速机使用时总结= FALSE

• 清理小插图介绍

• 改变减速器()签名的单参数reguardless“迭代”的价值

• 返工reduceByYield()与其他reduceBy *函数参数的一致性

GenomicRanges

1.18.0版本的变化

新功能

o添加使用。mcols的arg GRangesList对象的“范围”的方法。<——“o”化验方法可以调用withDimnames参数。o添加mapCoords()通用和方法(更换地图())。o添加农庄,GenomicRanges方法。o添加链< - GRangesList,全球替换字符方法(即。,所有链成为“价值”)。阿加调整,GRangesList-method。o添加DelegatingGenomicRanges类和如何扩展GenomicRanges装饰图案。o文档构造子集命名类似对象农庄下标。

用户级的重大变化

o修改“秀”方法农庄和GRangesList对象所以他们打印1条线的总结seqinfo组件。o删除as.data.frame GRangesList-method;使用as.data.frame,列表。o“修剪”方法仅供GenomicRanges修剪球出界线范围在非圆序列的长度不是NA。这种行为符合GenomicRanges有效性的方法。o改变侧面(),调整()和开始/结束/宽度setter:——不再修剪结果范围时呼吁一个农庄——警告GenomicRanges有效性方法当球出界线范围出具非圆序列的长度不是NA注意这种行为现在是一致的()的转变。o加快GenomicRanges对象的验证了1.2 x。o加快削减()1.2 x GenomicRanges对象。o提高警告当GenomicRanges对象包含球出界线范围。o在HOWTO:小插曲——分裂“如何阅读BAM文件到R”到3 HOWTO -分裂的如何准备一个读表数RNA-Seq差异基因表达的3 HOWTO——分裂如何提取DNA序列的基因区域的成2 HOWTO,使个人HOWTO部分单一HOWTO部分o遵循TxDb TranscriptDb类的重命名。 o Replace references to plantsmart21 with plantsmart22.

弃用,已经

o已经映射()(跳过弃用)。替换为mapCoords ()。

错误修复

o [cr]绑定,SummarizedExperiment尊重派生类的方法。o化验(se withDimnames = TRUE) < -价值不再试图访问一个槽“withDimnames”。o cbind和rbind SummarizedExperiment-methods尊重派生类o GRangesList对象的“范围”的方法不应该传播内部默认元数据列。现在o农庄()构造函数的顺序保存seqlevels由用户提供。o确保tileGenome()断点不延长结束过去的基因组。o修复GenomicRanges对象的“显示”方法当“showHeadLines”全球选项设置为Inf. o (rc)绑定,SummarizeExperiment-methods现在比较所有元素。o删除“= =”、“< =”方法GenomicRanges对象(不需要)。

genoset

的变化版本1.19.27:

新功能

• rangeMeans为数字na。rm参数,使用时间na少50%。rm = FALSE and少25%时间na.rm = TRUE。

的变化版本1.19.7:

新功能

• 函数的版本介绍rangeMeans家族,IRanges密切相关::viewMeans家庭功能。这些新功能需要RleDataFrame和IRanges(或矩阵)的行范围和计算汇总统计。这些是很有用的摘要平均DNA拷贝数或覆盖的基因,通过样本。这些函数不同视图*,他们更多的时间效率和提供了一个简化的参数返回一个矩阵,而不是一个列表。

的变化版本1.19.0:

新功能

• 这个版本介绍RleDataFrame类。这个类扩展SimpleRleList DataFrame。它存储长度,Rle对象的集合。与AtomicList特性,它的行为就像一个矩阵。例如,log2 (x) - 1的工作原理。我们也有行和列的数目和手段。像viewMeans rangeSampleMeans功能。这个对象可以用来存储的数据在多个样本的基因组,像覆盖或DNA拷贝数。它可以用作一个assayDataElement genoset(或任何eSet)。

• segTable和segPairTable显著更快。叠加data.frames segTable (RleDataFrame堆栈= TRUE)论点现在是瞬时的。

弃用,已经

• 以前我们使用DataFrame存储Rle对象的集合。这种做法现在已经弃用。同样,colMeans DataFrame现在已经弃用。

GGBase

的变化版本3.27.5:

• clipPCs现在regressOut SummarizedExperiment工作实例

gmapR

版本1.8.0的变化

新功能

o GmapGenomes可以由任何文件支持rtracklayer(2位现在的作品,以及fasta)。o统计文件的密码子的BAM给定一组记录结构。这种情况发生在阅读层面,即。,一个密码子中观察到一个人阅读。o统计BAM x标记链的文件(推断的转录,而不是链对齐)。

GOexpress

的变化版本0.99.17:

错误修复

• NAs被引入后的平均分数和排名的微阵列数据的分析(方差分析和randomForest) ExpressionSet方面没有相关功能。问题不是在任何情况下发现RNA-Seq数据的进行分析。这是造成问题在subset_scores函数和随后的情节,如主要标题由多个行和NAs。相关条款没有probesets现在平均得分为0和数据集的平均秩等于最大+ 1。

的变化版本0.99.16:

一般更新

• 包括共同参与的生成和分析数据用于测试包。

的变化版本0.99.15:

一般更新

• 最近更新的手册页GO_analyse描述添加槽在结果变量子集。

的变化版本0.99.14:

错误修复

• 的方差分析方法GO_analyse方法引入ExpressionSet以来被打破了,释放0.99.4。

更新的功能

• 子集参数也被添加到GO_analyse方法。这允许识别的基因聚类组的子集,在跨度为一个子集,等在绘制整个数据集的表达谱,如果需要的话。

一般更新

• 更新的手册页GO_analyse只允许运行一个例子。这节省时间在CMD检查,而使手册页更简单易读的。

的变化版本0.99.13:

更新的功能

• 表达情节都更新到一个默认ylim范围最小值和最大值对应的表达式值在整个ExpressionSet发现。这是为了避免mis-interpretation样品组之间的振幅变化,本文建议:鲁吉尔,N.P.Droettboom, M。伯恩,体育(2014)。十个简单规则更好的数据。e1003833 PLoS计算生物学。

的变化版本0.99.12:

更新的功能

• 所有表达情节有新的理由更控制:xlab允许用户更改默认标题为轴,ylim允许用户覆盖Y轴的上下边界。

一般更新

• 更新的手册页AlvMac、AlvMac_results microarray2dataset, prefix2dataset。取代了乳胶描述语句详细列明的语句让人在一个终端窗口页面更具可读性。

• 移动post_analysis脚本和工具箱脚本之间的功能。从现在开始,只能出现在用户访问函数post_analysis脚本,而工具包应该包含称为内部的方法。

• 用户指南更新将用户重定向到新的支持网站Bioconductor而不是bioc-devel邮件列表。

的变化版本0.99.11:

新功能

• 新subEset()方法的一个子集ExpressionSet给出一个列表项名称列名称的phenoData槽和项值向量的值对应于样品保留(例如列表(时间= c (2 h、6 h))将保留样品与价值“2 h”或“6 h”的“时间”列phenoData槽)。

更新的功能

• 所有相关的可视化方法添加了一个参数与一个给定的样本子集的阴谋,这些设置的值对于一个给定的列phenoData(使用上面描述的新函数subEset)。

• 实例分析结果从“raw_results”改名为“AlvMac_results”,所以它现在可以加载运行数据(AlvMac_results)。新名字是更具体的计划。

的变化版本0.99.10:

一般更新

• 取代\ \价值部分格式的手册页:AlvMac。理查德·道金斯,microarray2dataset。理查德·道金斯,prefix2dataset。理查德·道金斯,raw_results。Rd避免空值部分,推荐的Bioconductor包追踪。希望它不需要一个非空\格式部分…

• 限制额度不超过80多个人物和缩进的四个空格字符。

的变化版本0.99.9:

更新的功能

• 文章分析功能都得到更多的健康检查来验证“结果”参数包含所需的插槽的GO_analyse()输出和参数指向一个表型数据列是有效的列名。

错误修复

• expression_plot_symbol expression_profiles符号使用的默认值col.palette colourF而不是转发的用户定义一个expression_plot和expression_profiles功能。

一般更新

• 交叉引用添加UsersGuide指着用法的例子的因素和数值表达式的情节

的变化版本0.99.8:

一般更新

• 重新保存R数据文件包减少磁盘大小。没有更多的警告在R CMD检查。

• 参考GitHub的README文件中删除。描述文件的连接是如果用户感兴趣。

的变化版本0.99.7:

更新的功能

• 固定的错误代码heatmap_GO使其崩溃的任何其他数据集示例数据集。

的变化版本0.99.6:

更新的功能

• expression_profiles_symbol()方法被失踪的“指数”参数选择独自情节功能标识符。

的变化版本0.99.5:

新功能

• expression_profiles()方法情节单个样本的表达谱系列,而不是分组样本系列由expression_plot功能。

• expression_profiles_symbol()方法情节单个样本的表达谱系列使用基因名称而不是运用基因标识符。

更新的功能

• overlap_GO可以打印到屏幕上,如果文件名参数设置为零(默认)。

• heatmap_GO, cluter_GO plot_design可以调整标题字体和包装多行上的文本。

• expression_plot expression_plot_symbol可以东方X轴标签在给定角度。

• 取代返回(零)时停止()声明没有找到匹配密切家庭的基因名称expression_plot功能。

一般更新

• 用户指南的更新。

• 用户指南的贡献者更新列表和描述。

的变化版本0.99.4:

更新的功能

• 使用ExpressionSet代替数字矩阵和AnnotatedDataFrame命名。更好的一致性与其他Bioconductor包。

一般更新

• Bioconductor审查后实施修正要求。包括拼写错误、一致的术语通过包代码和元,额外的信息在帮助文件中,没有提及GitHub作为备用安装选项,使用箭头符号而不是等号赋值。

• 80个字符限制线,使用4空间附表。

• 修正过时的文档。

的变化版本0.99.3:

更新的功能

• 传说中的文本大小的控制两个表达式情节人物。更新相应的帮助文件。

• 更新装饰图案与新节“统计数据”。

• 完成清洁短于80行代码文件的列。

• 帮助文件的清理线短于80年列。

• 启用过滤的原始结果的平均分数。

的变化版本0.99.2:

更新的功能

• 元数据线路的序言Sweave文件

的变化版本0.99.1:

更新的功能

• 实现Sweave一幕。

• 取代所有消息被猫()()语句使装饰图案Sweave输出完整的消息。

• 更新了F为假

• 更新无效biocViews(错误)

• 日期字段添加适当的引用()方法。

的变化版本0.99.0:

更新的功能

• 更换了所有的猫()声明消息()来匹配Biocondcutor指南。

GOSemSim

的变化版本1.23.2:

• 快IC-method实施,由Alexey Stukalov < 2014-09-27,坐>

的变化版本1.23.1:

• 添加支持物种coelicolor和刚< 2014-09-03,结婚>

GOsummaries

的变化版本1.99.3:

变化

• 撞1.99.3的版本号

1.1版本的变化:

• 在云词添加支持自定义数据(见gosummaries功能)

• 现在可以显示基因而不是在gosummaries类别(见show_genes参数。MArrayLM gosummaries。prcomp和gosummaries.matrix)

• gosummaries添加功能。矩阵,在矩阵的MDS表示数据和表达矩阵,然后为每个MDS组件发现最相关的特性。

1.0版本的变化:

新功能

• 第一个版本的包

的变化版本0.99.3:

新功能

• 更新后的小插图biocStyle

• 形式现在GOsummaries会住在Bioconductor这版本取代凹口1.1版

的变化版本0.99.2:

新功能

• 重新格式化代码Bioconductor

• 改进的装饰图案

石墨

版本变化1.11.4 (2014-10-01):

• 更新Biocarta KEGG, NCI HumanCyc,豹和Reactome数据。

GSAR

版本1.0.0的变化:

• 这是第一个版本的GSAR R包。

• 包提供了两个示例非参数多变量统计方法来测试特定的替代假设零假设。

• GSAR取决于包igraph处理图形对象的类igraph和使用一些功能。

• 新功能和未来变化将在后续版本。

Gviz

的变化版本1.9.0:

新功能

• 新的CustomTrack类允许用户定义的绘图功能。

用户可见的明显变化

• collapseTranscripts参数现在提供更多的控制类型的崩溃。

gwascat

的变化版本1.9.8:

用户可见的变化

• makeCurrentGwascat有新的参数,useHg38seqinfo altseqinfo。这些地址的文本版本的目录服务由NHGRI hg38地址。两个快照的数据是可用的,创造了2014年9月8日,一个直接hg38 (gwrngs38数据)和其他liftOver hg19地址(gwrngs19)

GWASTools

的变化版本1.11.33:

• 允许在GDS文件获得子节点的变量(例如,getVariable (GdsReader“snp.annot /战”))。

• 添加getNodeDescription GdsReader方法。

• 添加的例子从叮铃声和VCF格式装饰图案。

的变化版本1.11.32:

• imputedDosageFile取代ncdfImputedDosage gdsImputedDosage

的变化版本1.11.31:

• setMissingGenotypes取代ncdfSetMissingGenotypes gdsSetMissingGenotypes

的变化版本1.11.22:

• convertNcdfGds convertGdsNcdf将转换文件和任何变量名(不仅仅是基因型)

的变化版本1.11.21:

• 固定错误vcfWrite为ID列代码丢失的数据输出

• 数据清理小插图使用createDataFile代替ncdfCreate ncdfAddData

• 数据清理小插图使用snpgdsOpen和snpgdsClose

的变化版本1.11.20:

• 固定错误assocTestCPH当没有Y染色体的数据

的变化版本1.11.19:

• convertNcdfGds不会写整个snp和注释文件示例

• createDataFile取代ncdfCreate ncdfAddData

的变化版本1.11.18:

• 从卡尔·福尔补丁允许使用开放gds GdsReader和GdsGenotypeReader对象构造函数

的变化版本1.11.17:

• 删除重复的从ncdfImputedDosage .probToDosage函数。R源文件

的变化版本1.11.16:

• 扩大duplicateDiscordanceAcrossDatasets匹配选项

的变化版本1.11.15:

• 允许截断qqPlot数值或真实

的变化版本1.11.14:

• 添加pasteSorted函数

的变化版本1.11.13:

• 失踪的等位基因代码,返回字符作为NA基因型

的变化版本1.11.12:

• 错误修复在assocTestRegression一块只包含1 SNP

利用1.11.11版本的变化:

• 添加vcfCheck函数比较VCF文件GenotypeData对象

的变化版本1.11.10:

• 错误修复在gwasExactHW一块只包含1基因型

的变化版本1.11.9:

• 改变颜色的BAF情节所以点可以更容易区分

的变化版本1.11.8:

• 添加vcfWrite ref.allele选项可以选择A或B,作为参考每个SNP等位基因

的变化版本1.11.7:

• 添加vcfWrite函数写从GenotypeData VCF文件对象

的变化版本1.11.6:

• qqPlot bug修复,manhattanPlot当请求薄当垃圾箱只有1点

1.11.5版本的变化:

• 添加manhattanPlot pointsPerBin参数

的变化版本1.11.4:

• 添加可选manhattanPlot thinThreshold参数和qqPlot功能

1.11.3版本的变化:

• 更新为新的gdsfmt gdsSubset阅读。gdsn语法(也改变了在发布版本)

1.11.1版本的变化:

• 添加qqPlot ylim参数。

HDTD

版本变化0.99.4 (2014-10-01):

• 引用文件更新。

版本变化0.99.3 (2014-09-25):

• 介绍了有关样本大小的警告消息。

• 装饰图案文件更新。

版本变化0.99.2 (2014-08-12):

• 更新的核心功能的输出。

版本变化0.99.1 (2014-05-14):

• Bioconductor录取。

版本变化0.99.0 (2014-04-17):

• 提交Bioconductor。

hiAnnotator

的变化版本0.99.9:

• metadatacol bug修复

的变化版本0.99.8:

• plotdisFeature()获得一个几何学参数。

的变化版本0.99.7:

• 文档的整理

的变化版本0.99.6:

• 使用农庄::makeGRanges排序()。

的变化版本0.99.5:

• 文档的变化。

的变化版本0.99.4:

新功能

• plotdisFeature()函数来绘制边界距离分布特性。

• 包括网站。ctrl恭维网站数据集数据集。

的变化版本0.99.3:

新功能

• makeGRanges()继承的总功能makeRangedData()和一个选项来关闭字符转换因素。

弃用,已经

• 函数resizeRangedData () & makeRangedData()只使用GenomicRanges-derived已被删除的对象。

错误修复

• 改善seqinfo makeGRanges插槽数量方法()

hiReadsProcessor

0.99.0:添加的例子几乎所有功能

0.99.0:移除Subread支持

HiTC

的变化版本1.9.5:

新功能

• normLGF函数现在可以应用内部和inter-chromosomal地图

用户可见的明显变化

• 访问联系地图现在总是执行使用染色体的名字如ygi /图诚科技,即接触rownames / colnames地图

• setGenomicFeatures方法的更新和改进速度

错误修复

• 赋予isComplete方法的更新

• 更新导入功能

的变化版本1.9.4:

新功能

• 冰正常化现在可以应用于HTCexp和HTClist对象

• 新方法HTClist-class:赋予isComplete isPairwise, forcePairwise forceSymmetric

• 新方法HTCexp-class: forceSymmetric

• 新方法(而不是出口)HTClist-class: getCombinedIntervals getCombinedContacts

用户可见的明显变化

• binningC方法的更新。提高速度和内存使用。binningC函数现在可以应用于高c数据(或任何已经被数据)。最终的目标是要使从一个高分辨率(例如40 kb)映射到一个低分辨率(例如1 mb) aggregationg和加法的垃圾箱。

• 现在更新的importC / exportC函数基于一个新的格式(interactor1 / interactor2 /计数+床文件列表)。推荐这种格式来存储稀疏数据,因为只导出/导入非null值。

• 更新import.my5C /出口。m5C功能。只有现在支持矩阵格式。列表的格式,请参阅importC / exportC功能。

错误修复

• 臭虫固定在划分方法

1.9.3版本的变化:

新功能

• getRestrictionFragmentsPerChromosome

用户可见的明显变化

• 更新的输出总结方法添加seqlevels扶少团团员

• 速度提高;seqlevels

• 更新导入。my5C函数

错误修复

• 在构造函数HTCexp修复bug。只有染色体内数据可以力是对称的

• 修复bug HTClist总之函数对象

• 修复bug mapC功能,以防空矩阵(只有零值)

HTSeqGenie

的变化版本3.15.3:

• 并行化Indel染色体重组

的变化版本3.15.2:

• 使用二进制tree-reduce算法合并保险。为一个大WGS这减少了运行时从12 h 2 h。

的变化版本3.15.1:

• 开始下一个开发周期

• 删除count_transcripts和count_ncRNA_nongenic QA

3.14.1版本的变化:

• 3.14.1释放

• 固定金丰fragmentLength NA错误发现

illuminaio

9.7.2变化(2014-10-02):

• 现在在GitHub上。

版本的变化是0.7.1 (2014-09-21):

• 现在的装饰图案中读取从IlluminaDataTestFiles GenomeStudio示例文件包,而不是互联网。

• 更新的引用。

• 添加引用装饰图案。

版本变化0.7.0 (2014-04-11):

• 版本号是撞Bioconductor猛击版本,目前BioC v2.15 R (> = 3.1.0)。

IMPCdata

版本1.0.1的变化:

特性

• 包允许系统地探索IMPC数据集的多个维度,直到正确的过滤器组合被选中。

• 包装有助于从IMPC数据库获得数据集。

• 检索的数据从IMPCdata包可以直接被PhenStat - R包封装了IMPC统计管道,可以在< URL: //www.andersvercelli.com/packages/release/bioc/html/PhenStat.html >。

inSilicoMerging

的变化版本1.10.0:

• 方法DWD移除,因为DWD包被凹口存档

IRanges

2.0.0版本的变化

新功能

o添加mapCoords()和pmapCoords更换地图()和()pmap ()。o RangesList添加强制从列表。阿加片,任何方法作为一种方便切片((x,“Rle”),…)。o添加mergeByOverlaps ();就像基地:合并是有道理的。o添加overlapsAny,向量,失踪的方法。

用户可见的明显变化

o注释,DataTable,向量,来袭,Rle,列表,SimpleList, DataFrame类新S4Vectors包。o移动isConstant (), classNameForDisplay(),和低级参数检查助手isSingleNumber (), isSingleString(),等等……新S4Vectors包。o重命名类- > ManyToOneGrouping分组。重新定义分组类的父所有分组(正式最通用的一种分组)。通用o改变splitAsList ()。o在rbind DataFrame方法,不再强迫组合列的类列在第一个参数。o不会从data.frame DataFrame row.names属性。o不再在[[<名称有效,DataFrame方法。o使集合操作范围而不是IRanges调度; they usually return an IRanges, but the input could be any implementation. o Add '...' to splitAsList() generic. o Speed up trim() on a Views object when trimming is actually not needed (no-op). o Speed up validation of IRanges objects by 2x. o Speed up "flank" method for Ranges objects by 4x.

弃用,已经

o已经映射()和pmap ()。o reduce()参数”。映射”早已作古。o splitAsListReturnedClass()早已作古。o轻视seqapply (), mseqapply (), tseqapply (), seqsplit(),和seqby ()。

错误修复

o修复rbind DataFrame方法当第一列是一个矩阵。o修复区间树代码中的内存泄漏。o修复处理findOverlaps minoverlap > 1的(),所以它的表现更加一致和尊重“maxgap”,作为记录。o修复findOverlaps IRanges方法选择=“最后”。o修复子集,向量法与零mcols处理对象(x)(例如Rle对象)。o修复内部辅助rbind.mcols () DataFrame(和潜在的其他表)。o范围,现在SimpleRleList方法返回一个SimpleRangesList CompressedRangesList(而不是)。o使侧面()工作范围对象的长度为0。

烤肉串

版本1.0.0的变化:

• 第一次正式发布Bioconductor 3.0的一部分

KEGGprofile

的变化版本1.7.6:

新功能

• 新功能:下载最新的通路/基因从KEGG网站的链接。

1.7.5版本的变化:

新功能

• 变化的例子。

1.7.4版本的变化:

新功能

• 改进的文档和示例。

1.7.3版本的变化:

新功能

• 改进的web界面。

版本是1.7.2变化:

新功能

• 新功能plot_pathway_cor:变压器组在每个通道之间的相关性和比较与其他基因的相关性。

1.7.1上版本的变化:

新功能

• 复合数据也支持;web界面的参数被修改。

limma

的变化版本3.22.0:

• 新功能goana()和topGO()提供基因本体分析不同基因从一个线性模型。测试包括的能力调整基因长度或丰度偏差的微分表达式检测,类似于goseq包。

• diffSplice改进。diffSplice()现在计算西梅斯调整假定值推断基因水平,除了外显子群野生t水平和基因水平。topSplice()现在有三种排序方法(“西梅斯”,“F”或“t”),“西梅斯”现在成为默认。diffSplice()还有一个新参数“健壮”给访问经验贝叶斯方差适度强劲。

• plotExons()的新函数绘制log-fold-changes给定基因外显子。

• voomWithQualityWeights()的新函数允许用户估计样本质量权重或允许异方差性治疗组之间做一个RNA-seq分析。

• 改进arrayQualightyWeights ()。现在有一个新的论点“var.design”允许用户模型变化,治疗组或其他协变量。

• 改进策划voomaByGroup ()。

• barcodeplot()现在可以画不同的权重的不同的基因集。

• 改进烤()和mroast ()。所做的方向(向上和向下)测试烤()现在使用原来的旋转和他们相反的迹象,有效地增加一倍数量的有效转动没有额外的计算成本。现在做明确的两面正面测试旋转而不是最小的片面的假定值翻倍。两面正面假定值现在被称为“UpOrDown”烤()的输出。现在两个函数使用一个快速近似t统计量转换成z得分,使函数更快当旋转的数量或基因的数量很大。对比参数现在可以可选地是一个字符串给设计矩阵的列名称。

• zscoreT()可以使用快速近似代替精确计算越慢。

• symbols2indices()重命名为ids2indices ()。

• 改进removeBatchEffect ()。它现在可以考虑重量和其他参数影响的线性模型。它现在可以接受任何参数,将接受lmFit ()。removeBatchEffect的行为()提供与设计也发生了变化,现在是一致的与lmFit()当造型批次添加剂效果。以前批的调整是在设计矩阵定义的治疗水平。

• plotWithHighlights()的新函数,现在用作plotMA低级函数()和情节limma数据对象()方法。

• 米的定义和一个轴的MA-plot单通道数据发生了微妙的变化。以前所有数组的轴是平均数据集-这是自定义MA-plots介绍了2003年4月为单通道数据。现在人工数组是由平均另所有数组绘制。平均差图是由指定的数组和人工数组。这种变化保证了从独立的数据计算和人工指定数组,并确保MA-plot将减少一个正确的平均差情节时只有两个数组的数据集。

• plotMDS()现在可以选择情节样品用符号代替文本标签。它不再有“上校”的论点,而不是由…。

• 文氏图()现在支持任意数量的不同颜色的圆圈圈。以前这是只支持三集。

• getEAWP()现在将找到一个权重矩阵ExpressionSet对象如果它存在。

• 更新helpMethods ()。

• 大量更新两个RNA-seq案例研究用户的指南。在这两种情况下,短期已经重新读取数据,不管是。

• 改进许多Rd文件。许多字的条目已经修改。许多使用和示例行被重新格式化,以避免排长队。

• biocViews关键字更新。

• 构造子集列MArrayLM对象不再子集设计矩阵。

• 错误修复的阅读。maimages:默认值为“引用”没有被正确设置源= "安捷伦。意思是"或源= " agilent.median”。

• Bug修复topTableF()和topTable ()。Amean值的排序时有时不正确的排序由f统计量和利物浦或p。值滤波器被设置。

• 错误修复read.ilmn()当9月= "、"。

MBAmethyl

的变化版本0.99.1:

• 一个包准备好重新提交。

MEIGOR

0.9.4:新功能:vns_default函数、MEIGO vns_optset, get_VNS_settings rosen10

0.9.4:大量的清理与一些新的其他函数原型:例如,CeSSR, rvnds_hamming rvnds_local。R, ssm_localsolver.R

meshr

1.0.4版本的变化:

• 故障修复(< NA >行与网使用。db和org.MeSH.XXX.db)

1.0.3版本的变化:

• 文档的改进

更改版本1.0.2中:

• 文档的改进

版本1.0.1的变化:

• 文档的改进

金属底座

0.99版本的变化

o函数干净。修正重命名为MetReport

阿生的函数。山峰被移除。

o提高速度和错误消息。

o MetReport现在可以直接提取的区域和/或基峰AMDIS报告。

o MetReportNames新功能允许用户从一个AMDIS提取样本的丰度报告仅根据样本的名字。

o buildLib新功能允许用户一个AMDIS库转换为一个csv文件的格式要求的金属底座。

o ht功能允许用户调整假定值为多个比较。

metagenomeSeq

变化在版本1.7 (2014-05-07):

• 添加函数plotBubble

• 增加了并行(多核)fitPA选项,fitDO

• 固定的错误fitMeta当useCSSoffset = FALSE和模型矩阵ncol = = 2

• (1.7.10)更新默认分位数估计低(5)估计

• (1.7.10)添加简短描述如何做多个组比较

• (1.7.15)的输出fitZig (eb)现在的结果limma:: ebay代替limma:: ebay

• (1.7.16)plotMRheatmap允许任何统计排序(不仅仅是sd)

• (1.7.18)fitTimeSeries包括倍系列丰富不同时间间隔的方法

• (1.7.20)固定小虫OTU水平时间序列分析和plotClassTimeSeries补充道

• (1.7.26)添加警告/修复如果任何样品在cumNormStat是空的

• (1.7.27)添加了一些单元测试

• (1.7.29)interactiveDisplay添加到名称空间(通过浏览器显示函数允许交互式探索/块)

metaseqR

1.3.5版本的变化(2014-09-30):

新功能

• 分析基于保存基因模型现在更快。

• 添加分析也能够节省耗时的部分当count.type =“基因”。

错误修复

• 固定的问题从UCSC RMySQL依赖当使用注释。然而,解决与使用RSQLite过程有点长。

1.3.4版本的变化(2014-09-03):

新功能

• 增加了对hg38的支持

错误修复

• 固定更多的问题发生的变化biomaRt属性更新的生物。

• 固定缺陷导致事故报告时没有基因是通过罗斯福阈值成对比较。

v1.3.3变化(2014-08-21):

新功能

• 增加了检索/外显子基因注释UCSC的能力或通过连接RefSeq UCSC基因组浏览器公共SQL数据库。每个地区的GC-content检索通过BSgenome包。

• 添加细节有关的基因数量时返回的每个算法进行综合分析。

错误修复

• 固定小错误警告日志级别。

• 固定问题发生的变化biomaRt属性更新的生物。

1.3.2版本的变化(2014-05-05):

新功能

• 函数合并属于不同亚型的外显子的一组“虚拟”用来建造单个基因外显子模型与独特的外显子

• 简化了使用read2count ()

错误修复

• “外显子”模式的主要错误,夸大了某些基因的读许多亚型

• 小虫在参数检查,不允许不保存基因外显子模式的模型

MethylAid

的变化版本0.99.9:

错误修复

• 固定使用所有质量控制图异常值检测使用一个初始化方法

MethylMix

版本变化0.99.1 (2014-08-08):

• 这是第一个版本BioConductor MethylMix。我们包括两个数据集测试MethylMix:胶质母细胞瘤和乳腺癌数据集。我们有一个小插曲,使用一个乳腺癌的例子显示MethylMix的功能。

methylPipe

版本1.0.0的变化:

• 实现以下功能:初始版本+ mCsmoothing + findPMDs + plotAnnoBar + mapBSdata2GRanges + findDMR + consolidateDMRs + getCpos + profileDNAmetBin + plotMeth + BSprepare +冰毒。电话+ GElist-class + GEcollection-class + BSdataSet-class + BSdata-class

MGFM

的变化版本0.99.2:

• 查找替换的选择

的变化版本0.99.1:

• 一些改进

的变化版本0.99.0:

• 敲定BioConductor释放

minfi

1.11版本的变化:

• 更新的引用。

• 添加dropLociWithSnps方便排除特定的甲基化位点。

• 为简单的印刷内容添加getAnnotationObject注释对象。

• 1.10导入到1.11的变化。

• 修正了bumphunter称bumphunter包在一个错误的方式。

• 添加getOOB getSnpBeta便利的函数来访问OOB探针和苏格兰民族党调查。

• read.450k。单现在部队列命名幻灯片的性格。

• 新手背景校正法是目前throguh preprocessNoob。

• 一个现在可以供应排列排列分析使用。这是有用的情况下,一切的总数排列很小,一个想利用他们所有人或在哪些情况下要保证平衡,例如,在病例和控制。

• bumphunter方法现在可以创建空分布用引导的方法。

• 固定一个手册页的问题。

• GitHub URL添加描述。

• 功能正常化现在支持背景校正由新手(见preprocessNoob);这是推荐的(和新的默认)。

missMethyl

的变化版本0.99.9:

• 这个版本的包在矩阵计算公式并适当地处理多余参数。

的变化版本0.99.7:

• 增加了新的功能,contrasts.varFit。

的变化版本0.99.6:

• 修改getLeveneResiduals

的变化版本0.99.5:

• 修改了varFit函数接受DGEList RNA-Seq微分变化检测的数据对象。

的变化版本0.99.4:

• 第一个版本包包含函数的执行天鹅正常化和微分可变性分析DNA甲基化数据从Illumina公司的英飞纳姆HumanMethylation450 beadchip。

单片眼镜

0.99.6:plot_genes_jitter、plot_genes_in_pseudotime plot_genes_positive_cells现在接受一个新的参数,labe_by_short_name,帮助控制面

0.99.6:orderCells()现在接受根细胞的名字,所以你可以修复的开始拟时间轨迹

0.99.6:CellDataSet对象接受VGAM论证家庭用于表达式值的分布(如negbinomial ())

0.99.6:降维,策划,模型拟合和微分analyis例程现在承认CellDataSet表达家庭和改变他们的行为当表达式计算的基础。允许绝对的分析,而不是相对的,单细胞表达数据。

0.99.5:最后从BioC列入开发分支

0.99.4:装饰图案的变化

0.99.3:orderCells()现在接受root_cell_name参数指定排序树的根。

0.99.3:各种修复容纳BioConductor构建系统和编码标准。由于Sonali Arora寻求帮助。

0.99.0:最初版本

马赛克

的变化版本1.99.4:

用户可见的明显变化

• 输入错误的装饰图案是固定的。

的变化版本1.99.3:

错误修复

• mosaicsFit():不匹配功能,帮助固定。

的变化版本1.99.2:

用户可见的明显变化

• mosaicsFit():集bg =“rMOM”违约。

• 帮助文档是抛光和更新。

• 装饰图案是更新。

的变化版本1.99.1:

用户可见的明显变化

• mosaicsFitHMM () & mosaicsPeakHMM (): Hidden-Markov-Model-based马赛克模型拟合及峰值的召唤,分别识别广泛的山峰,如组蛋白的修改。

• 添加新类的MosaicsHMM方法显示(),图()&估计()。

• mosaicsFit():引入了一个新的“反式”的论点。

• mosaicsFit():模型拟合的稳定性和鲁棒性都得到了改善。

• 波兰的帮助文档constructBins (), generateWig(),和mosaicsRunAll ()。

• 正确处理> = R 3.0进行测试。

错误修复

• constructBins()和export():使用正确的基床文件(一个基础的转变)。

• 反映了变化,马赛克包取决于Rcpp包。

motifStack

的变化版本1.9.9:

新功能

• 为plotMotifStackWithRadiaPhylog添加轴的距离

错误修复

• 任何更改分类为“修复”(包在积极开发)

的变化版本1.9.8:

新功能

• 任何更改分类为“新特性”(包在积极开发)

错误修复

• 修复bug画帆布当plotMotifStackWithRadiaPhylog以外的主题

的变化版本1.9.7:

新功能

• 改变了图案的位置当plotMotifStackWithRadialPhylog指数。

错误修复

• 任何更改分类为“修复”(包在积极开发)

的变化版本1.9.6:

新功能

• 当plotMotifStackWithRadialPhylog增加图案的大小。

错误修复

• 任何更改分类为“修复”(包在积极开发)

的变化版本1.9.5:

新功能

• 改变默认plotIndex plotMotifStackWithRadialPhylog时错误的。

错误修复

• 任何更改分类为“修复”(包在积极开发)

的变化版本1.9.4:

新功能

• 当plotMotifStackWithRadialPhylog重塑索引号。

错误修复

• 任何更改分类为“修复”(包在积极开发)

1.9.3版本的变化:

新功能

• 当plotMotifStackWithRadialPhylog添加索引号。

错误修复

• 任何更改分类为“修复”(包在积极开发)

1.9.2版本的变化:

新功能

• 任何更改分类为“新特性”(包在积极开发)

错误修复

• 在测试中使用motifDB修复bug。

MSGFgui

的变化版本0.99.6:

• 固定模态视觉故障设置框

的变化版本0.99.5:

• 另一个闪亮的服务器功能的重构后丹的(特南鲍姆)的建议

的变化版本0.99.4:

• 解决与新版本的mzR名称空间冲突

的变化版本0.99.3:

• 重构的代码的一部分

• 如何使用mzR变化。现在连接开启和关闭时原始数据是必要的

• 解决命名空间

• 添加警告RStudio用户潜在的问题由于mzR问题

的变化版本0.99.1:

• 小修改文档,装饰图案和测试

的变化版本0.99.0:

• 提交Bioconductor

MSGFplus

的变化版本0.99.3:

• 修复的文档

的变化版本0.99.2:

• 添加介绍装饰图案

• 增加了sessionInfo装饰图案

• 删除调用库(MSGFplus)测试

的变化版本0.99.1:

• 装饰图案样式和代码更新

的变化版本0.99.0:

• 提交Bioconductor

• 更新MS-GF v10072 +

MSnbase

的变化版本1.13.16:

• 宽度一般如果non-existant(2014-09-03结婚)

• 解决非法S4方法警告(2014-09-27坐)

的变化版本1.13.15:

• msMap (msMap) < -方法(2014-08-12星期二)

• 错误在MIAPE男人[2014-08-29]星期五

的变化版本1.13.14:

• 修复xic例子[2014-08-08]星期五

• 进口晶格,ggplot2(取决于)和建议rgl(2014-08-09坐)

• MSmap基础设施(2014-08-09坐)

的变化版本1.13.13:

• 解决问题readMSnSet2没有fdata (2014-07-28 Mon)

的变化版本1.13.12:

• 不要从IRanges进口宽度(2014-07-23结婚)

• 战再次填充槽(2014-07-23结婚)

的变化版本1.13.11:

• 删除Vennerable:维恩从例子和描述(2014-06-19清华)

的变化版本1.13.10:

• 新的averageMSnSet函数生成平均MSnSets列表。(2014-06-17星期二)

• 新的非参数变异系数函数(2014-06-17星期二)

• 使用/进口IRanges:宽度(2014-06-18结婚)

的变化版本1.13.9:

• 新列入helper函数(2014-06-16 Mon)

• compfnames MSnSet特性的差异比较和文档名称(2014-06-16 Mon)

• 建议Vennerable (compfnames例子)和roxygen2(生成rd) (2014-06-16 Mon)

的变化版本1.13.8:

• 添加推荐biocView[2014-06-05]星期四

的变化版本1.13.7:

• Bug跟踪链接(2014-05-26 Mon)

的变化版本1.13.6:

• 新的isEmpty谱方法实例(2014-05-14结婚)

• removePeaks不试空光谱(2014-05-14结婚)

• isEmpty单元测试(2014-05-14结婚)

的变化版本1.13.5:

• 出口.get.amino。酸功能(2014-05-08清华)

• removePeaks质心数据(2014-05-08清华)

• 添加新的get.atomic导出函数。质量(2014-05-08清华)

• 光谱[2]原型集重心默认= FALSE(而不是逻辑())(2014-05-08清华)

• fnamesIn还支持y =“data.frame”(2014-05-14结婚)

• 使用BiocParallel并行支持;平行的论点换成BPPARAM(2014-05-14结婚)

的变化版本1.13.4:

• 文档区别可追踪和non-traceable FeaturesOfInterest实例(2014-04-30结婚)

• 忽略补考长度> 1(2014-04-30结婚)

的变化版本1.13.3:

• FeaturesOfInterest[2014-04-29]星期二

的变化版本1.13.2:

• 添加compareSpectra比较谱对象(2014-04-09结婚)

• 添加本谱方法对象(2014-04-09结婚)

• 重建本月/ extdata / msx。rda为R 3.1和2.24 Biobase【2014-04-13。孙】

• 添加图、光谱谱法(2014-04-14 Mon)

• 添加calculateFragments、性格、频谱和calculateFragments性格,失踪的方法(2014-04-15星期二)

• 忽略object@更新readMSData测试单元。classVersion失败与R / Bioc最新版本(2014-04-15星期二)

• formatRt转换从mm:证券交易委员会sec和单元测试(2014-04-17清华)

• 更新nprot / npsm.prot / npsm.pep / npep。prot特征变量和相关人/测试/参数默认值(2014-04-17清华)

的变化版本1.13.1:

• 添加前体的方法Spectrum2正常化方法(2014-04-08星期二)

• 添加平滑MSnExp和光谱类(2014-04-10清华)

• 添加pickPeaks MSnExp和光谱类(2014-04-10清华)

• 更新显示,MSnExp > 2时只显示第一个/最后一个文件(2014-04-11星期五)

的变化版本1.13.0:

• 新的Bioc猛击版本3.0

MSnID

的变化版本0.99.3:

• Rcpp回“依赖”

的变化版本0.99.2:

• 更新Rcpp依赖

• 更新联系信息匹配bioc-devel邮件列表

的变化版本0.99.1:

• 更新依赖mzID版本

的变化版本0.99.0:

• 小bug修复

• 添加单元测试滤波器优化和评估non-tryptic,错过了分裂

• 版本撞Bioconductor提交

的变化版本0.1.0:

• 第一个发布版本

MultiMed

的变化版本0.99.1:

• MultiMed——一个包进行测试多个生物介质simultaneosly——现在可以!

mvGST

的变化版本0.99.3:

其他的变化

• 移除suppressWarnings从情节()调用的interactiveGraph(),并使箭头是“没有”——为了避免琐碎的警告不确定的角的长度为零的箭头

• 清理使用开关()函数调用graphCell()和generateGeneSets()函数

的变化版本0.99.2:

错误修复

• 增加p.adjust部分。微球有更好的错误捕获和限制条款去名字rawp(匹配集中水平方法)

其他的变化

• 添加suppressWarnings()绘制调用interactiveGraph(为了避免琐碎的警告绘制边缘太短,可以发生在的数量去调用graphCell)方面大

• 嵌套的if / else语句更新函数调用“开关”

• 改变了许多人的“猫”函数调用“消息”或“警告”

• ”“循环更健壮的通过使用‘seq_along’,‘seq_len’,‘seq.int’

的变化版本0.99.1:

其他的变化

• 修改描述字段描述文件

• 重新排序()行名称空间文件导入为了避免以下两个Bioconductor警告:警告:多个方法表发现“不可分割的”警告:取代先前的进口“IRanges::不可分割的”当加载“GenomeInfoDb”(mvGST不叫“不可分割的”以任何方式)

的变化版本0.99.0:

其他的变化

• 2014年8月提交Bioconductor 8

的变化版本0.1.3:

新功能

• 添加包装饰图案

• graphCell更加灵活与背景的颜色图表元素的兴趣。

• p.adjust。同声传译更灵活控制弗兰克-威廉姆斯在用户提供的弗兰克-威廉姆斯(而不是自动0.05)。

• 实现minsize和最大容量限制的参数大小的基因集的兴趣。

错误修复

• N /一个

其他的变化

• N /一个

的变化版本0.1.2:

新功能

• 添加示例对象数据(mvGSTsamples)

错误修复

• 编辑pickOut函数来妥善处理non-multivariate概要文件(即。,结果。表只有一列,或只有一个感兴趣的对比)

其他的变化

• 清理包依赖关系描述和命名空间的文件

• 清理一些.Rd文件(特别是例子)

的变化版本0.1.1:

新功能

• 默认的方法占基因名称翻译问题现在方法= 2。

• 参数“对比”和“gene.names”“profileTable”现在是可选的。信息可以传递给“profileTable”论点的行和列的名字“pvals”。

• 函数的pickOut现在返回一个数据帧的描述和假定值为每个对比测试以及ID。

• 函数“graphCell”现在有一个可选的参数,允许用户输入返回从“pickOut”作为唯一的参数。

错误修复

• “profileTable”1维的输出配置文件现在显示正确。

其他的变化

• 小帮助文件的澄清。

• “pvals”现在是“profileTable”。第一个参数

mzID

1.3.6版的变化:

• 巨大的重组文档

• 固定一个错误时,会抛出一个错误空mzID对象被夷为平地

• 重组的单元测试,所以他们符合“新”指导方针和检查期间被调用

1.3.5版本的变化:

• 错误修复

1.3.4版本的变化:

• 错误修复

v1.3.3变化:

• removeDecoy添加方法,去除假mzID或mzIDCollection对象的特定信息从而减少它的大小。

• 添加正式getter方法从mzID和mzIDCollection对象中提取特定的信息

• 现在所有的属性名称解析初始尽管inconsitency模式版本之间。控制由于现在使用safeName参数在扁平和getter方法

• 大幅清理文档

1.3.2版本的变化:

• 固定错误由于R的变化type.convert(),将导致精确的数字被报道为字符串

1.3.1版本的变化:

• 固定的错误,会导致错误的文件没有修改搜索参数

mzR

的变化版本1.99.4:

• 不要运行pwiz示例(2014-10-05太阳)

的变化版本1.99.3:

• 修改单元测试和使用建议会议中描述Bioc unittest指南[2014-10-02]星期四

的变化版本1.99.2:

• 撞到新的Rcpp 0.11.3版本

的变化版本1.99.1:

• annoucning pwiz装饰图案,它将成为默认端Bioc 3.1(2014-09-25清华)

• 添加一个虚拟关闭pwiz后端,以避免破坏代码正确关闭前斜坡后端(2014-09-21太阳)

• 不使用ListBuilder psm data.frame和修复segfautls,通过乐(2014-09-27坐)

的变化版本1.99.0:

• 新的mzid pwiz端和支持,由羌族口GSoC 2014的一部分。

• 使用BiocStyle装饰图案(2014-08-26星期二)

NarrowPeaks

1.9.2版本的变化:

新功能

• 在getBindingProfiles纠正错误。R关于chromosome-name处理。

• wig2CSARScore修改。c增加最大。染色体数量允许在假发文件中。

• 包修改标题从“ChIP-Seq使用功能的变化分析PCA统计”,“Shape-based分析变异的ChIP-Seq使用函数PCA统计”

ncdfFlow

的变化版本2.11.39:

增强

• 更新的样品槽的ncdfFlowList类“字符”命名的整数的加快查找速度

• 取代“强迫”与“ncdfFlowList”构造函数方法

• 更新“ncdfFlowList”类的有效性检查

• 添加的子集。ncdfFlowList’ and ‘subset.ncdfFlowSet’ S3 functions to subset the ncdfFlowSet/ncdfFlowList based on ‘pData’

• 包装“[[“逻辑到c++加速

• 添加“save_ncfs”和“load_ncfs”功能保存/加载从磁盘/ ncdfFlowSet对象。

NetPathMiner

1.1.6版本的变化:

• plotCytoscapeGML:一个新的函数出口网络阴谋GML文件,Cytoscape 3.0兼容性。

• getGetsetNetworks现在可以返回pathway-class对象,使用石墨包,它允许快速架构geneset分析。

• getGenesets现在可以导出文件格式格林尼治时间的结果,容易被大多数GSEA解析包。

• Bug修复KGML信号网络建设。

更改版本1.1.3:

• Bioconductor稳定版本的开发分支

npGSEA

1.1.2版本的变化:

• 轴标签添加到情节

• “z”改为“柯伐合金”npGSEA函数

• 增加了一个新的函数的pValues返回所有适当的假定值对于一个给定的npGSEAResult对象

• 增加了一个新的功能槽npGSEAResult对象,betaHats。这个向量包含betaHats对于每一个基因的基因集。用户现在可以看到每一个基因的个体贡献的测试数据。

变化的1.1.1版:

• 固定一个错字β近似属性访问器

OncoSimulR

版本变化0.99.2 (2014-07-14):

• 一直在.Rd文件使用缩进。

版本变化0.99.1 (2014-07-14):

• 微小的变化BioConductor提交:

• 扩展描述

• 微小的变化,装饰图案

• 改进的偏序集的文档

版本变化0.99.0 (2014-06-26):

• 第一个版本提交BioConductor。

openCyto

的变化版本1.3.17:

增强

• 更健壮的csv解析

• 注册为quadGate.seq包装器函数

• 解析子样品的论证“gating_args”列在csv模板浇注前允许二次抽样数据。

• 通过从quantileGate…分位数函数

• 添加方法multipleFitlerResult

• 支持多维度框架的不以为然的x, y和渠道。

错误修复

• 修复bug,停止。在参数控制不承认部分或完整路径

PAA

版本1.0.0的变化:

一般

• 第一个发布版本。

pathview

1.5.4版本的变化:

• 调整运行时消息转换为3类:一致信息(进度),注意和警告。

• 包括路径。hsa的数据,人类通路的完整列表从KEGG ID /名称,作为帮助用户指定当调用pathview目标路径。

• 更新korg包含超过80个新添加的物种,如羊、苹果、橘子等Pathview现在可以处理3050个物种。

• 调整7 pathview函数参数的定义:离散,限制,垃圾箱,。dirs,反式。有趣,低,中,高。这些曾经是两个逻辑的列表元素与“基因”和“cpd”的名字。它们可以是向量的两个或一个元素(s)。这使得pathview现在更容易使用。

• Vigette已经格式化:添加一个引用部分,和一些示例用户数据解读R,修复几个拼写错误。

PhenStat

变化在2.0.0版本:

新功能

• 两个新的统计方法实现RR(参考范围+)和特遣部队(时间固定效应),可以从testDataset()函数与相应的论证方法将RR和TF。

• 额外的生物效应测量补充道:百分比变化summaryOutput()和vectorOutput功能。

• 新功能添加到显示数据集的分析路径:recommendMethod ()

• 函数实现RR方法:rrt ()。

• 功能实现方法:特遣部队TFDataset()创建数据集适合TF, startTFModel (), finalTFModel创建模型和适合它。

• 变化函数summaryOutput()——附加信息和清晰的布局。

COMPTABILITY问题

• vectorOutput()有额外的元素,这增加了它的长度。

• 函数boxplotSexGenotypeBatch()方法现在已被淘汰和替换与scatterplotSexGenotypeBatch ()。

• 附加参数(phenotypeThreshold)与默认值0.01添加到summaryOutput()函数

错误修复

• 至关重要的bug修复。这些是详细的在<网址:https://github.com/mpi2/stats_working_group/issues?q = % 3 aissue + % 3尖}GitHub软件跟踪工具。>

phyloseq

的变化版本1.9.15:

错误修复

• phyloseq_to_deseq2增加了一个不必要的pseudocount吗1数矩阵。不再。

• 最初描述https://github.com/joey711/phyloseq/issues/387

的变化版本1.9.14:

错误修复

• 距离错误的转换方法DPCoA Rao距离结果。现在修好了。

• 最初描述https://github.com/joey711/phyloseq/issues/390

的变化版本1.9.13:

用户可见的变化

• 距离函数现在支持“wunifrac”选项UniFrac (…、加权= TRUE)

• 距离函数regexpr-matching weighted-UniFrac的变异范围,unweighted-UniFrac方法的选择

• 距离函数regexpr-matching类型参数选择范围

• 提出在https://github.com/joey711/phyloseq/pull/384

的变化版本1.9.12:

错误修复

• psmelt现在正确地处理single-OTU数据的函数

• 与https://github.com/joey711/phyloseq/issues/338

• 基于https://github.com/joey711/phyloseq/pull/373

的变化版本1.9.11:

用户可见的变化

• 更健壮的plot_ordination行为与清晰的警告/错误消息。

• 坐标自动检查/分配给OTU或样品

• 通过尝试计算OTU或样本加权平均坐标素食:wascores,如果需要的话

• 物种通过加权平均素食:wascores现在支持phyloseq:: scores.pcoa

• 与https://github.com/joey711/phyloseq/pull/364

的变化版本1.9.10:

用户可见的变化

• 巨大的速度/内存UniFrac计算(通过改进UniFrac或距离)

• 添加单元测试的正确性UniFrac结果(未检测到错误。结果从pycogent)

• 搬所有的单元测试测试/ testthat凹口推荐的维护者和testthat doc

的变化版本1.9.9:

用户可见的变化

• plot_net快,弹性的网络图与改进的违约

• https://github.com/joey711/phyloseq/pull/353

的变化版本1.9.8:

用户可见的变化

• 太默认情况下还包括其他修正,富兰克林·德兰诺·罗斯福。

• 解决了问题59

的变化版本1.9.7:

错误修复

• 现在需要ggplot2 1.0.0版本

• 修复bug在ggplot 1.0优惠phyloseq装饰图案

• 解决了发行347

的变化版本1.9.6:

用户可见的变化

• 新sortby论点plot_richness函数。

• 由一个或多个类离散x alpha-diversity措施

• 解决了发行342

• 解决/合并343年拉

的变化版本1.9.5:

用户可见的变化

• microbio_me_qiime现在函数处理第一个参数的字符串研究数字。这是除了数值研究号码,已经支持。

的变化版本1.9.4:

错误修复

• rarefy_even_depth ()函数不再执行一个方向。

• 以前总是强迫OTU-by-sample取向。

• 解决问题320 https://github.com/joey711/phyloseq/issues/320

1.9.3版本的变化:

用户可见的变化

• 大规模修订plot_tree ()

• plot_tree现在使用的psmelt函数

• 所有可供审美反是映射。

• plot_tree实质性的速度提高

• 使用本机ape-package C代码树计算

• 非常高效。data.table综合图形数据传递给ggplot2

• 额外的参数:treetheme和证明

• tree_layout——新用户提供功能

• 为构建替代从phyloseq数据树。

• 313年和331年问题解决的基础问题

• https://github.com/joey711/phyloseq/issues/313

• https://github.com/joey711/phyloseq/issues/331

1.9.2版本的变化:

错误修复

• 大文件导致import_usearch_uc()错误。错误在paste0 (readline (ucfile)崩溃=“\ n”):结果将超过2 ^还有字节

• 解决327年问题:https://github.com/joey711/phyloseq/issues/327

1.9.1版本的变化:

错误修复

• 错误的psmelt造成不必要的误差与空组件phyloseq数据集。

• 解决319年问题:https://github.com/joey711/phyloseq/issues/319

钢琴

的变化版本1.6.0:

新功能

• 添加了一个函数writeFilesForKiwi()的无缝集成,使输出一组基因分析与钢琴猕猴桃python提供的基于网络的可视化工具。

plethy

1.3.1版本的变化:

新功能

• 添加“retrieveMatrix”方法

• 添加“tsplot”方法

• 添加“mvtsplot”方法

重要用户可见的变化

• 删除依赖“批处理”包

• 出口“proc.sanity”

• 添加依赖ggplot2

plgem

的变化版本1.37.1:

• 小的变化:员工biocViewsGeneExpression”和MassSpectrometry”移动Biobase和质量依靠的进口的

聚酯

9.1版本的变化:

• 修复阅读中输出fasta文件名称是不正确的

• 更新后的装饰图案

• 添加biocViews

• 0.99.0固定编码风格包提交,版本,匈牙利瑞士比分2014年7月18日

prebs

1.5.3:更正版本的变化

• paired_ended_reads引入新的参数。数据包含paired-ended读取时,这个参数应该被设置为TRUE。否则,这两个读配偶将被视为独立的单位。

• ignore_strand引入新的参数。如果设置为真,那么阅读的链来计算重叠时被忽略。如果你使用strand-specific RNA-seq协议,您应该将其设置为FALSE,否则设置为TRUE。

pRoloc

的变化版本1.5.19:

• 添加视频标签描述(2014-10-07星期二)

的变化版本1.5.18:

• 2014年国际海报(2014-01-02清华)

的变化版本1.5.17:

• 修复的替换之前的进口MLInterfaces:情节pRoloc装船时的警告,使用特定importFrom(2014-09-27坐)

的变化版本1.5.16:

• 新pRolocGUI节(2014-08-15星期五)

• 新信息自由节(2014-08-16坐)

的变化版本1.5.15:

• svmOptσ违约改变从10 ^(2:3)到10 ^(3:2)[2014-08-15]星期五

• xxxOptimisation,最好的参数(s)验证分类运行现在随机最好而不是使用第一个参数(见pRoloc变化:::getBestParam有样本参数违约为TRUE)[2014-08-15]星期五

• 当计算macroF1分数(xval和验证),NAs设置为0(通过MLInterfaces:::。macroF1 (…, naAs0 = TRUE))。宏F1不会NA(当意味着F1的计算),但降低了。这避免了有NA宏观F1时1(或更多)架势(s) (s)结束了NA(也设置为0)精密(s)或召回(s)(2014-08-15星期五)

的变化版本1.5.14:

• 添加标题plotDist数据(2014-08-13结婚)

的变化版本1.5.13:

• 没有一个

的变化版本1.5.12:

• 支持mirrorX / mirrorY highlightOnPlot[2014-07-22]星期二

的变化版本1.5.11:

• 删除plot2D异常值参数(2014-07-10清华)

• 修复subsetAsDataFrame keepColNames和编写单元测试(2014-07-11星期五)

的变化版本1.5.10:

• 别名lopims4函数(2014-07-01星期二)

更改版本1.5.9之后:

• 出口单步骤lopims (2014-06-23 Mon)

• 改述分类器参数优化proceudres (2014-06-23 Mon)

的变化版本1.5.8:

• nndistx_matrix函数添加到允许使用查询矩阵在计算资讯距离(2014-06-18结婚)

• nndist [x] _[矩阵

  msnset)现在可以使用专家nndist方法(2014-06-18结婚)

• markerSet unknownSet更名为markerMSnSet和unknownMSnSet[2014-06-19]星期四

• 功能sampleMSnSet和testMSnSet添加(2014-06-19清华)

• 修复pRoloc keepColNames::: subsetAsDataFrame - fcol总是重新命名为“标记”[2014-06-19]星期四

1.5.7版本的变化:

• 添加推荐biocView[2014-06-05]星期四

1.5.6版本的变化:

• addMarkers有一个新的mcol参数设置标记特征变量标签(2014-05-29清华)

1.5.5版本的变化:

• 取代MSVBAR:: rmultnorm mvtnorm:: rmvnorm自前已被删除从凹口,不要进口(2014-05-21结婚)

• Bug跟踪(2014-05-26 Mon)

1.5.4版本的变化:

• testMarkers得到一个错误的论点(2014-05-14结婚)

• plotDist现在ylim论点(2014-05-21结婚)

1.5.3:更正版本的变化

• 导入所有MLInterfaces(2014-04-30结婚)

• 新参数optim secion毫升装饰图案(2014-05-05 Mon)

• 各种毫升拼写错误和pRolocmakers人更新(2014-05-06星期二)

1.5.2版本的变化:

• 在plotDist,…现在传递给迈特林,而不是情节和有一个新的lty参数(2014-04-17清华)

• 新的highlightOnPlot函数,使用感兴趣的新特性基础设施(2014-04-29星期二)

1.5.1版本的变化:

• 新dunkley2006 pdunit对象创建mclust 4.3(2014-04-08星期二)

• addMarker还接受fcol和addMarkers单元测试(2014-04-14 Mon)

版本1.5.0的变化:

• Bioc猛击3.0

pRolocGUI

的变化版本0.99.12:

• 添加视频标签描述(2014-10-07星期二)

的变化版本0.99.11:

• 添加截图README(2014-09-05星期五)

• 修复bug当次的特性不存在

• 移动数据选项卡

的变化版本0.99.10:

• 更新的自述(2014-09-04清华)

• 删除旧的R代码文件(2014-09-04)

的变化版本0.99.9:

• 修复Windows上的装饰图案错误(Dan Tenenbaum)[2014-08-26]星期二

的变化版本0.99.8:

• 选择并显示多个特性的兴趣pRolocVis和pRolocComp(2014-08-13结婚)

的变化版本0.99.7:

• 显示特性的元数据,而不是蛋白质名称时徘徊(2014-07-27星期二)

• 更好的功能突出(2014-07-27星期二)

• 只有一个装饰图案(2014-07-27星期二)

的变化版本0.99.6:

• 支持镜像PCA的情节pRolocComp[2014-07-22]星期二

的变化版本0.99.5:

• 更新最新knitcitations版本和修复装饰图案(2014-07-15星期二)

的变化版本0.99.4:

• 添加函数pRolocComp[2014-06-24]星期二

的变化版本0.99.3:

• 多个对象可以通过使用一个列表传递给pRolocVis[2014-06-03]星期二

• 提高查询搜索(提交并选择复选框)(2014-06-02 Mon)

• 添加单元测试helper函数和添加手动单元测试(2014-06-03星期二)

的变化版本0.99.2:

• 改变访问和赋值对象pRolocGUI_SearchResults .GlobalEnv[2014-05-30]星期五

的变化版本0.99.1:

• 修复biocViews[2014-05-27]星期二

• misc重构(2014-05-27星期二)

的变化版本0.99.0:

• Bioc提交

proteoQC

的变化版本1.1.10:

• 固定的错误在装饰图案

1.1.9版本的变化:

• 添加函数“proteinGroup”

的变化版本1.1.8:

• 更新功能“chargeStat”

• 更改文件名称

1.1.7版的变化:

• 添加新函数的计算标记效率

1.1.6版本的变化:

• 更新装饰图案

1.1.5版本的变化:

• 添加函数“chargeStat”

更改版本1.1.4:

• 修复一些错误在装饰图案

更改版本1.1.3:

• 支持MS / MS搜索没有修改

1.1.2版本的变化:

• 改变了分裂的图

• 修复一些错误在装饰图案

变化的1.1.1版:

• 修复一个小错误

1.1.0版本的变化:

• 支持mz [X]毫升格式文件

• 添加identification-independent指标

PSEA

版本1.0.0的变化:

新功能

• 最初版本

qcmetrics

1.3.1版本的变化:

• 使用“元数据和元数据S4Vectors < - (2014-06-16 Mon)

1.3.0版本版本的变化:

• 新的重击版本,Bioc 3.0

QDNAseq

版本变化1.2.0 (2014-10-14):

释放

• Bioconductor 3.0

改进

• 除了log2 segmentBins()支持另一个转换选择:sqrt (x + 3/8),稳定方差

• 情节()可以跳过策划的部分和调用通过指定doSegments = FALSE和doCalls = FALSE

• exportBins床()也支持文件

错误修复

• exportBins()保存碱基对位置固定的符号,而不是科学

的变化版本1.0.5 (2014-06-13):

错误修复

• 修复一个缺陷引起的包matrixStats改变madDiff()从S4 0.9.4 S3方法版本,发布于2014-05-23

1.0.4版本的变化(2014-05-23):

错误修复

• getBinAnnotations()固定后被改变Bitbucket都坏了

1.0.3版本的变化(2014-05-23):

改进

• 添加exportBins()导出到一个文件

• 开关PNG图形的装饰图案

更改版本1.0.2 (2014-05-15):

改进

• 图()荣誉xlab和xaxt用户指定的值

• 情节()允许省略标准差和标签的数据点的数量

• 提高诊断消息

版本1.0.1的变化(2014-04-17):

错误修复

• smoothOutlierBins()正确地忽略了垃圾箱过滤掉

qpgraph

2.00版本的变化:

用户可见的变化

• qpGraph()函数取代了一个类的对象被称为qpGraph构造函数实现的功能qpGraph()函数提供。然而,几个参数已经改变,它返回一个对象qpGraph新定义的类。有关更多信息,请参考其手册页。

• 删除方法qpCItest()和qpEdgeNrr ()“smlSet”对象作为输入。

• 增加了一个新的(第一版)小插图显示新功能估计eQTL从创始的基因组数据网络。

新功能

• 新功能,eQTLnetworkEstimate()、对象类、eQTLnetwork,和相应的方法来减轻eQTL网络从创始的基因组数据的估计使用高阶条件独立最近的一篇论文中描述的病重,Roverato和Castelo (2014)。

错误修复

• 错误修复在qpEdgeNrr()当使用参数限制。Q和修复。问和输入“data.frame”或“ExpressionSet”。

• 错误修复计算边际协方差与失踪的观察。

• 错误修复在qpAnyGraph ()

Rbowtie

1.4.1版本的变化:

新功能

• 领结更新到版本1.0.1(修补1.5.2/1.5.3编译在OS X 10.9)

RDAVIDWebService

1.3.1版本的变化:

错误修复

• DAVIDGODag错误是固定的。现在,以防pvalueCutoff值低于每个值出现空goDag返回(由于Ulrik Stervbo)

1.3.0版本版本的变化:

微小的变化

• 第二次撞y x.y版本。z在创建2.14版本分支。

ReactomePA

的变化版本1.9.4:

• 添加gseaplot函数< 2014-07-31,清华>

1.9.3版本的变化:

• 从剂量进口enrichMap < 2014-07-31,清华>

1.9.2版本的变化:

• 更新roxygen版本4 < 2014-06-09,我的>

1.9.1版本的变化:

• TERM2NAME的bug修复。Reactome < 2014-04-21,我的>

红色的

的变化版本1.14.0:

• 改进的界面相容性为一些Java平台(回调函数)。

RefNet

的变化版本1.1.8:

新功能

• 一个简单的应用程序在本月/应用程序目录

regionReport

的变化版本0.99.0:

新功能

• 准备提交Bioconductor。

用户可见的明显变化

• 装饰图案和更新包使用最新版本的这个包依赖的包。

• 改名为包derfinderReport regionReport和generateReport () derfinderReport ()。在未来我们将添加另一个报告一般农庄组织对象。

• 简化derfinderReport()的调用通过使用先进的参数。

• 添加了特拉维斯的集成。

Rgraphviz

2.9版本的变化:

• 固定的Graphviz C代码中的缺陷体现在以下选项给GCC”-Wformat -Wformat-security -Werror = format-security -D_FORTIFY_SOURCE = 2”,这是Ubuntu 12.04。报道了弗拉基米尔•Zhurovvzhurov2@uwo.ca,引导珊veseshan@gmail.com和崇唐tangc3@unr.edu。

RGSEA

的变化版本0.99.2:

错误修复

• 正确的新闻文件格式

的变化版本0.99.1:

新功能

• 添加新功能:RGSEAsd () RGSEApredict () RGSEAfix ()

• 添加了一个装饰图案来解释RGSEA的功能

• 为RGSEA添加单元测试。

rhdf5

的变化版本2.10.0:

新功能

• 添加支持HDF5属性列表。

• 添加属性列表参数H5Dcreate H5Dopen。

• 新功能h5readAttributes实现读取所有HDF5一个对象的属性。

• 新功能h5version实施。

• 添加到h5createDataset fillValue参数。

• 新的低水平一般的库函数H5Lcreate_external、H5Fis_hdf5 H5Fget_filesize, H5Fget_name, H5Pcreate, H5Pcopy, H5Pget_class, H5Pclose, H5Pclose_class, H5Pset_char_encoding, H5Pset_create_intermediate_group, H5Pset_chunk_cache, H5Pset_layout, H5Pset_chunk, H5Pget_chunk, H5Pset_deflate, H5Pset_fill_value, H5Pset_fill_time H5Pset_alloc_time, H5Pequal实现。

• 支持并行让(使- j)

用户可见的变化

• 警告高水平函数所示(h5read、h5write等),如果一个开放HDF5处理指定文件名已经存在。

错误修复

• 误差在h5write 0-length对象,由于自动确定块大小

• 现在在h5createDataset错过大小参数信息正确显示

• 检查打开的文件标识符在h5read和h5ls现在只有在打开的文件搜索文件名,组和数据集。

• 作业已经正确的指针在H5Pset_fill_value目标类型(void *)

咆哮

1.1.2版本的变化:

新功能

• 新代码来处理实验装置与自然的治疗和控制之间的配对样本。用户必须定义配对,以及随之而来的独立测试结合费舍尔的假定值的方法。方法纠正这些假定值(同时获得的单样本设置)考虑还添加了多个测试问题。

错误修复

• 任何更改分类为“修复”

的方式

版本是1.7.2变化:

• 删除(暂时)allIds(“走”)作为目前返回非法消息示例修复测试误差(2014-10-07星期二)

• 更新roxygem内联文档修复错误生成Rds(2014-10-07星期二)

1.7.1上版本的变化:

• 添加跑龙套进口(2014-04-28 Mon)

的变化版本1.7.0:

• 新的重击,Bioc 3.0

RRHO

1.6.0:()主要文档清理。()添加了两个支持假设RRHO签署pvalue策划()。()添加的比较三个列表使用RRHOCOmparison ()。()添加一个选项在RRHO log10 pvalues。()添加错误处理RRHO这样失败的策划不崩溃计算。

Rsamtools

的变化版本1.17.0:

新功能

• 连环相撞访问整个文件如果没有“这”参数为“ScanBamParam”参数指定的连环相撞。缓冲功能与“yieldSize”可用来管理内存消耗在处理大型BAM文件

• 连环相撞的read_pos_breaks参数重新命名为“cycle_bins”: cycle_bins允许用户区分堆积数量根据用户定义区域内阅读。

• 连环相撞使用PileupParam和ScanBamParam实例来计算连环相撞BAM文件统计;返回一个data.frame列总结信息提取与比对每个基因组的位置重叠

• scanBam, BamSampler-method返回要求和实际yieldSize,总读

• 每个BamFile seqinfo BamFileList-method返回合并seqinfo;seqlevels和seqlengths类似。

• scanBamHeader接受“是什么”参数来控制输入的目标和/或文本部分的标题,并与许多rnames BAM文件要快得多。

用户可见的明显变化

• 重命名- > ApplyPileupsParam PileupParam类和构造函数

• seqinfo BamFile-method订单水平发生在这个文件中,恢复改变了1.15.28 Rsamtools版本(版本1.17.16)。

错误修复

• scanBam (BamSampler(),参数=参数)与“它”参数不再导致元素名称,并尊重产量大小

• applyPileups检查seqlevels跨文件是相同的

• scanFa文档错误表明结束坐标范围之外的序列会被截断;他们是一个错误。

• applyPileups会失败在雪茄插入引用跳过紧随其后,例如,2 i1024n98m丹•加蒂(bug报告)。

Rsubread

的变化版本1.16.0:

新功能

• Subread对准器(对齐功能)能够准确地映射微RNA (microrna)测序读。应该建立一个完整的索引没有差距参考基因组之前映射miRNA-seq读取。

• Subjunc需要至少共识subreads的数量总数的30%提取subreads其实读当报道一击。这提高了映射的准确性。

• 读取featureCounts可以被扩展。

• 最低要求的重叠基地可以指定当分配读取featureCounts特性。

• 默认情况下,Subread和Subjunc对准器不允许超过三个不匹配的校准报告。不过这可以通过“maxMismatches”参数进行调优。

• 大量的bug修复。

rtracklayer

1.26版本的变化:

新功能

• ucscGenomes()检索生物信息

• exportToTabix()的新函数出口一个农庄tabix-indexed标签分隔文件,其中包含所有的元数据列。使用进口,TabixFile特定范围的数据加载到一个农庄。

• 大佬导入/导出/从整数/数字/ RleList现在更有效率,并使用更有效的在有重大影响的文件存储格式,如果可能的话。

用户可见的明显变化

• 现在在BSgenome BSgenome导出方法。

错误修复

• 处理报价在GFF3与规范一致。

rTRMui

1.4版本的变化:

• 改善用户界面和一般的外观和感觉。Fontawesome图标现在使用。固定行为的一些web控件(滑块)。更新教程。数据表是分页(每个页面定制和条目的数量)。

• 目标转录因子选择过程改进。现在所有可能的转录因子添加到一个可搜索的下拉菜单。

RUVSeq

0.1版本的变化:

• 创建S4 RUV *方法政府功能

• 创建装饰图案

• 初始提交Bioconductor

S4Vectors

0.4.0版本的变化

新功能

o添加isSorted()和isStrictlySorted()泛型,加上一些方法。o添加低级wmsg()辅助格式化错误/警告消息。o为平行添加pc()函数c()类似的对象。o添加强迫,向量,DataFrame;只是添加任何mcols列上的强迫,DataFrame行为。o[[列表对象现在接受一个数字——或character-Rle的长度是1。o为Rle添加“droplevels”方法,列表,DataFrame对象。o添加表、数据表和变换,数据表的方法。o添加更好的原型all.equals (S4)对象。

用户可见的明显变化

o注释,DataTable,向量,来袭,Rle,列表,SimpleList, DataFrame IRanges包的类。o移动isConstant (), classNameForDisplay(),和低级参数检查助手isSingleNumber (), isSingleString(),等等……从IRanges包。o as.data.frame添加、列表法和删除其他不一致,不再需要“as.data.frame”子类的方法列表。o删除无用的,因此可能从未使用聚合,DataTable方法之后的时间序列的API。强迫阿,现在方法传播名单。

错误修复

o修复bug的胁迫时SimpleList列表包含矩阵和数组。o() 0列DataFrame修复子集。日期/时间的修复呈现阿类DataFrame列。

圣诞老人

版本2.1.0的变化(2014-09-12):

注:

• 引用文件补充道。

sapFinder

1.3.0版本版本的变化:

新功能

• *添加吉祥物的支持。

SCAN.UPC

2.7.1版的变化:

修复

• ParseMetaFromGtfFile改进(模糊函数调用,空间在FASTA描述符)

• BrainArray总结/ probesets当探针映射到多个基因

新功能

• 这个包提供了对HTA 2.0 Affymetrix数组的支持

SemDist

的变化版本0.99.0:

• 这是第一个版本的包。目前还没有更新报告。改变未来的版本将被罗列在这。

SeqArray

1.5.2版本的变化:

• 修复错误单倍体基因型(Y染色体)

1.5.1版本的变化:

• 修复一个缺陷在‘seqVCF2GDS过滤列中的值都是缺失的

• 加强“seqVCF.Header”

• 支持链接机制

seqplots

的变化版本0.99.4:

包

• 集群plotHeatmap函数返回报告农庄组织结构

• 冗余参数从绘图功能

• plotHeatmap plotHeatmap函数有“嵌入”参数——允许不使用网格系统图1的热图,打算使用复杂的情节

错误修复

• 主题情节取向正常家属链

• GUI,重新排序的热图方面之前设置包括/排除参数

的变化版本0.99.1:

包

• 广告data.table集群的热图绘图函数返回报告

• getPlotSetArray函数“冗长”参数,控制输出消息和警告

• 引用添加到文档

错误修复

• plotHeatmap SeqPlots-classes尊重和plotAverage通用的方法参数

• 包通过测试和检查32位Windows(策划,因为没有rtrackalyer: BigWigFile支持Win32)

0.99版本的变化:

一般

• 固定情节和热图使用(下游)0 - 0——(上游)轴坐标系统(下游)而不是0 -(固定)(上游+固定)

包

• 包真的引用类系统包括MotifSetup PlotSetArray, PlotSetList PlotSetPair

• 通用的子集和数据操作方法SeqPlots-classes包括“[”,[[”和“unlist”,它允许在类之间进行切换

• 类的自动测试系统,计算和绘图功能

• 所有函数和类文档

• PDF装饰图案引擎取代HTML

• 快速入门小插图添加

GUI

• 自动化GUI测试使用Rselenium包

错误修复

• 问题# 1:一些服务器实例加载空.Rdata文件在启动时

seqTools

0.99.42版本的变化

错误修复

o trimFastq还包括在输出文件记录标识符(=读标题),例如SRR014849.1 EIXKN4201CFU84长度= 93。

0.99.40版本的变化

新功能

o包含这个消息文件中

ShortRead

1.23版本的变化:

新功能

• alphabetScore, PhredQuality-method实现

• 相反,reverseComplement ShortReadQ对象的方法

• srlist,访问srlist数据作为基础R列表。

用户可见的明显变化

• readFastq qualityType = "自动"选择base - 64编码当没有不到59对字符进行编码,和一些编码在大于74。

错误修复

• 报告()打印适配器污染物正确当用户stringsAsFactors = FALSE

• qa(…,示例= FALSE)不再试图联赛“模式”的论点

SNPRelate

的变化版本0.99.2:

• 一个选项来创建一个整数snp。当从叮铃声id

• 一个新的函数snpgdsFst估计置

的变化版本0.99.0:

• 初始提交Bioconductor

• 从Bioconductor凹口

SomaticSignatures

变化在2.0.0版本:

• 主要的折射

• 减少外部dependenies: stringr h5vc h5vcData

specL

的变化版本0.99.23:

用户可见的变化

• specLSet类添加方法:ionlibrary rt.input rt.normalized

• 固定Sys.time()单位信息。

用户UNVISIBLE更改

• genSwathIonLib使用bpmapply

的变化版本0.99.22:

用户可见的变化

• specLSet绘制方法

的变化版本0.99.21:

用户可见的变化

• specLSet类

• 更换打印显示和写。Spectronaut方法specL和specLSet类

的变化版本0.99.20:

用户可见的变化

• 取代mclapply BiocParalle:: bplapply

• 打印方法

• 包括iRTpeptide数据

ssviz

的变化版本0.99.3:

• 改变了乒乓球更通用的(而不是只是piRNAs)

的变化版本0.99.2:

• 添加伪选择getCountMatrix处理bam没有计数信息的文件

• 输出改为“消息”而不是“打印”

的变化版本0.99.1:

• 最初版本的ssviz:小RNA-seq可视化工具和分析工具

STATegRa

版本1.0.0的变化:

• 最初版本multi-omics STATegRa包的数据分析。

TargetSearch

的变化版本1.22.0:

错误修复

• 在quantMatrix修复bug。确保选择质量id匹配库id。添加一个属性表明量化质量也是一个相关质量。

TEQC

3.5.4版本的变化:

• 在“.coverage bug修复。嘘的有关计算累计报道分数(影响值的敏感度。三种输出表和敏感性barplots multiTEQCreport)

• “htmlDuplicatesBarplot”: bug修复也工作现在paired-end数据

3.5.3版本的变化:

• 错误修复的报道。嘘”:报道离群值从直方图中删除如果大纲= FALSE”,但累积的基础分数现在仍然计算基于完整的覆盖率数据(影响范围直方图的橙色线,值的敏感性。三种输出表和敏感性barplots multiTEQCreport)

3.5.2版本的变化:

• 新选项“covthreshold”“TEQCreport”(在“coverage.hist”一样)操纵其重点报道值应该是虚线范围直方图

3.5.1版本的变化:

• 选择jpeg, png和tiff人物“TEQCreport”和“multiTEQCreport”

trackViewer

变化的1.1.1版:

新功能

• addArrowMark与标签

错误修复

• 任何更改分类为“修复”(包在积极开发)

VariantAnnotation

的变化版本1.12.0:

新功能

• 构成了rowData”允许农庄的关口定义的元数据(即。除了paramRangeID关口REF, ALT,等等)。

• 添加isSNV()的函数

• 添加更快的方法,将一组矩阵转换为一个数组

• 添加“c”类型的Rle方法类类保存

• 添加引用文件

• 返工writeVCF():格式和解析基因型字段从C - C -写输出文件分块大型vcf补充道

修改

• 添加“row.names”readVcf ()

• 反对restrictToSNV ();取而代之的是isSNV()的家庭

• 删除使用seqapply ()

• 在块显示信息/基因族群头没有分裂

• 在predictCoding使用mapCoords()()和locateVariants ()

• 反对refLocsToLocalLocs ()

• 传播链在predictCoding ()

• 与splitAsList取代弃用seqsplit () ()

• 确保GT字段,如果存在,首先在VCF输出

• 修改描述作者和维护者与@R提起

• 添加“row.names”信息,VCF-method

错误修复

• 修改()扩展到工作没有信息的字段都是进口的

• 从.splicesites删除重复的行()

• 修复处理的实值NAs基因族群writeVcf omatrix建设()

VariantFiltering

1.2版本的变化:

用户可见的变化

• 添加的位置的计算中的每个变体cDNA(适用时),增加也是一个新的“记录”选项卡中闪亮的应用

• 展示个人的数量“VariantFilteringParam”对象,从输入VCF文件

错误修复

• 闪亮的应用的一些修正

• 替换. gz文件的extdata 'f相应.bgz旧的文件

VariantTools

版本1.8.0的变化:

新功能

• 添加callGenotypes函数注释一组符合二倍体基因型质量,可能等的方式符合gVCF规范。使用的方法有点类似GATK UnifiedGenotyper。

xcms

的变化版本1.41.1:

错误修复

• 修复sampclass代phenoData如果不存在一些组合的因素

• 禁用并行代码手册,以避免问题BioC windows建立农场机器

xps

版本xps-1.25.2

• 更新XPSPreProcessing。cxx重置面具为每个数组初始值(全基因组所需/外显子数组)

版本xps-1.25.1

• 更新XPSPreProcessing。cxx移除numsels = + + numsels -Wsequence-point警告

3.00版本的变化:

yaqcaffy

的变化版本1.25.1:

• 固定的错误在装饰图案的代码块(2014-05-08清华)

包被释放

以下包不再发布:

Resourcerer、rmap virtualArray