2011年11月1日

Bioconductors:

我们很高兴宣布Bioconductor 2.9,包含517个软件包和超过500的最新注解包。有60个新的软件包,许多更新和改进现有的包;从这个版本10包已被移除。与R 2.14.0 Bioconductor 2.9兼容,支持在Linux上,32位和64位Windows, Mac OS。这个版本包括一个Bioconductor更新Amazon Machine Image。访问//www.andersvercelli.com对细节和下载。

内容

• 开始使用Bioconductor 2.9
• 新的软件包
• 新闻从新的和现有的包
• 包被释放

开始使用Bioconductor 2.9

安装Bioconductor 2.9:

1. 安装R 2.14.0。Bioconductor 2.9设计明确了这个版本的R。

2. 按照说明在//www.andersvercelli.com/install/。

新的软件包

有60个新的Bioconductor包在这个版本。

• AGDEX:协议分析的微分表达式

• BiocInstaller:安装/更新Bioconductor和凹口包

• biovizBase:基因组数据的可视化的基本图形工具。

• CellNOpt CellNOptR: R版本,只有布尔特性

• CNAnorm:拷贝数差的归一化法癌症样本。

• cn。拖把:混合泊松的CNV在门店数据检测

• Cormotif:相关主题

• cqn:条件分位数正常化

• 腰带:腰带:燕尾服的最后润色工作流。分析、勘探、操纵和袖扣高温超导数据的可视化。

• 解读:数据库启用代码理想探针杂交利用R

• DEXSeq:推理RNA-Seq微分外显子的使用

• DiffBind:微分绑定ChIP-Seq峰值数据的分析

• dk:双Kolmogorov-Smirnov方案评估多个测试程序。

• 剂量:疾病本体语义和富集分析

• DTA:动态转录组分析

• RNA-Seq EDASeq:探索性数据分析和规范化

• exomeCopy:检测CNV的外显子组/目标排序的数据

• fastseg: fastseg -快速分割算法

• flowType:表现型流式细胞术分析

• flowWorkspace: flowJo工作区导入BioConductor和复制与flowCore flowJo浇注

• GeneExpressionSignature:基于基因表达特征的相似性度量

• ggbio:静态基因组数据的可视化。

• GOFunction: function:推导biologcially相关函数统计上显著的功能

• 石墨:图形交互路径拓扑环境

• 使用时间序列GRENITS:基因调控网络推理

• GWASTools: GWASTools:全基因组关联研究的工具

• htSeqTools:质量控制、可视化和高通量测序数据的处理

• IdMappingRetrieval: ID映射数据检索

• inSilicoDb:访问InSilico数据库

• iontree:数据管理和分析离子阱质谱的离子的树木

• 等压线:恒压的标记msm的分析和定量蛋白质组学数据

• minfi:分析Illumina公司的450 k甲基化数组

• MmPalateMiRNA:小鼠口感microrna的表达分析

• mzXML, mzR:解析器netCDF mzData和mzML文件(质谱数据)

• ncdfFlow: ncdfFlow:一个包,它提供了基于ncdf存储数据流式细胞术。

• NormqPCR:功能正常化RT-qPCR数据

• 诊断:核小体定位方案

• 潘:后协会网络和功能模块推断从丰富的基因表型的扰动

• PREDA:位置相关数据分析

• predictionet:推理预测网络设计(但不限于)基因组数据

• qtbase: R和Qt之间的接口

• qtpaint: Qt-based绘画基础设施

• r3Cseq:分析染色体构象捕获和下一代测序(3 c-seq)

• R RamiGO:朋友可视化界面

• randPack:随机化临床试验的例程

• RCASPAR:包为生存时间预测基于分段基线风险Cox回归模型。

• ReadqPCR:阅读qPCR数据

• 红色:红色:缩小之间的差距分级网络表示法和功能分析。

• REDseq:高通量测序数据的分析处理限制性内切酶消化

• Repitools:外遗传性工具

• ReQON:调整核苷酸的质量

• rqubic:定性biclustering R表达数据分析算法

• RTopper:这个包的目的是执行组基因分析跨多个基因组平台

• stepwiseCM:逐步分类癌症使用临床和分子数据样本

• 横幅:启用流处理大型文件

• 股东价值分析:代理变量分析

• TSSi:转录开始网站识别

• tweeDEseq: RNA-seq数据分析使用Poisson-Tweedie分布的家庭

• VariantAnnotation:注释的基因变异

• zlibbioc: R zlib-1.2.5包装

新闻从新的和现有的包

包维护人员可以添加新闻文件描述更改他们的包。以下包消息是可用的:

a4

1.1.2版本的变化:

• 紧凑的pdf装饰图案

a4Base

更改版本1.1.4:

• 修复在limmaTwoLevels

更改版本1.1.3:

• 更新修订glmnet包

变化的1.1.1版:

• 在BioConductor

a4Classif

更改版本1.1.3:

• 适应新的从glmnet lognet对象

变化的1.1.1版:

• 在BioConductor

a4Core

更改版本1.1.3:

• 去除重复代码glmnet类型的对象;添加topTable方法print.topTableElnet elnet的对象和相应的打印方法

1.1.2版本的变化:

• 添加topTable方法print.topTableLognet lognet的对象和相应的打印方法

变化的1.1.1版:

• 在BioConductor

a4Reporting

变化的1.1.1版:

• 修复glmnet最新版本

ADaCGH2

2.1.3版本的变化(2010-10-06):

• Rmpi在“提高”,而不是“建议”,允许R CMD Mac和Windows。

2.1.2版本的变化(2010-10-04):

• rsprng不再依赖;L 'Ecuyer作为默认的随机数字生成器。

• 使用R C例程的注册机制。

• 减少大小的例子来加快R CMD检查。

• 袜子是默认集群,Rmpi不加载。

更改版本2.1.1 (2010-09-30):

• 输出从limma和snapCGH CGHregions和输入。功能的变化,帮助,vignnette。

• 还可以使用rlecuyer。

• 与r - 2.11(适应不同的“继承”)。

版本2.1.0的变化(2010-09-23):

• 第一个完全BioC工作版本。版本变化!

v1.3.3变化(2011-10-19):

• 增加了更多的”系统。睡眠”,看看我们在Windoze能不崩溃。

1.3.2版本的变化(2011-10-18):

• 添加rlecuyer卸货,以防止问题在R cleanEx CMD检查。

的变化版本1.2.1 (2011-06-06):

• 在stop.na改变了“如果”。正无穷,按Dundan默多克的建议。

affxparser

版本变化1.25.1 (2011-09-27):

• 维护人员的电子邮件更新。

版本变化1.25.0 (2011-04-13):

• 版本号是撞Bioconductor猛击版本。

AnnotationFuncs

1.3版本的变化:

用户可见的明显变化

• 添加函数getOrthologs和auxcillary功能加速直接同源Inparanoid数据库映射。

• 添加参数“简单”为改善与拉普兰人使用“翻译”。

aroma.light

版本变化1.21.2 (2011-10-10):

• 更新robustSmoothSpline(),它使用的新“独特性”计划smooth.spline () R v2.14.0和更新。这是棘手,因为robustSmoothSpline()是一个反复的算法要求选择“独特的”x:年代不会改变在每个迭代中。以前,' signif (x, 6)是用来确定独特的x:年代,使同一组值调用时两次,而这并不是真正的新选择”轮((x -意味着(x)) / tol)”。

1.21.1版本的变化(2011-06-26):

• 添加参数的aspectRatio plotMvsA ()。它可以用来调整“美林投资”参数的范围相对于“阿利姆”的论点。

版本变化1.21.0 (2011-04-13):

• 版本号是撞Bioconductor猛击版本。

ArrayExpressHTS

1.3.1版本的变化:

新功能

• 添加测试数据集,这是一个版本的e - 16190年大地测量学实验

• 添加参考文件夹的正常化

• 添加自动修复参考.fai指数,即染色体重复条目

• 添加自动检测质量的规模

• 添加和自定义选项指定质量量表实验

• 执行性能和内存优化

• 删除选项reference_version美元。由于管道允许处理数据集大型化,一个版本不能适应多个生物范例。管道总是运行在最新版本的参考。支持自定义版本可以添加。

• 添加内存监控

错误修复

• 修正以适应变化,运用界面,准备所需的参考数据和注释。

• 修正以适应变化ENA接口,查询所需的元数据和下载数据集ArrayExpress实验。

• 固定的例子在prepareReference帮助页面

• 没有.sdrf固定ArrayExpressHTSFastQ场景

• 固定的生产最后的校准报告

1.3.0版本版本的变化:

• 没有变化。由于包传播版本改变了。

beadarray

2.4版本的变化:

重大变化

• 运行所需的示例数据例子和装饰图案已经从包中删除。实验数据包beadarrayExampleData为此创建了

• 的映射bead-level ArrayAddress IDs Illumina公司IDs现在由加载同伴注释包。例如illuminaHumanv3.db

• addFeatureData函数添加了简化汇总数据对象的注释

• ggplot2图书馆现在是用于生产箱线图的汇总数据的选项包括列featureData或phenoData情节的因素

• 添加了combinedControlPlot使用ggplot2巩固bead-level控制块成一个图形

• BASH和绿巨人现在可以一次只操作一个数组并接受一个outlier-calling方法作为参数

其他的变化

• 现在使用ggplot2 imageplot函数

• 访问器功能为指标,添加P95价值和信噪比

• 运行时的默认背景校正与useImages = TRUE readIllumina现在medianBackground方法

• getAnnotation注释accessor函数所取代

• setAnnotation注释< -替代方法所取代

• checkPlatform suggestAnnotation功能所取代

• platformSigs对象和包含列表添加了所有知道的ArrayAddressIDs表达平台

• 离群值调用方法,squeezedVarOutlierMethod已经添加,收缩的观测方差bead-type向基于所有bead-types array-section预测方差

• BASH中的错误导致einvasions和dinvasions参数没有被尊重被纠正

• 低层BASH函数(例如BASHDiffuse)将不再计算一个邻居矩阵如果没有提供(因此一个必须提供)

• beadarray以前如果没有离群值去除方法设置的问题总结(重要如果离群值已经被Illumina公司的扫描仪软件)。函数noOutlierMethod提供解决这个问题

• findAllOutliersE findAllOutliersIgnore被弃用,内部使用BASH已被移除

2.3版本的变化:

新功能

• checkRegistration()已经完全重写提供一个更有意义的结果在一个新类,beadRegistrationData

• beadRegistrationData对象可以通过箱线图。

• 总结功能现在有一个默认的信道参数和useSampleFac = FALSE

2.3.6的BUG修复

• 固定问题提供checkRegistration数组参数()

• 固定的问题在readIllumina useImages = TRUE

• 修补错误analyseDirectory()(感谢Juerg Straubhaar)

• 固定问题提供checkRegistration数组参数()

• 固定的问题在readIllumina useImages = TRUE

• 修补错误analyseDirectory()(感谢Juerg Straubhaar)

BUG修复在2.3.5

• 添加支持readIllumina()的文件,使用不是一段作为小数点字符。

BUG修复在2.3.4

• 当使用固定问题结合iScan loc文件数据和生成的邻居,展现imageplot问题和BASH。

在2.3.3 BUG修复

• 停止任何. txt文件目录的存在导致的不良行为readIllumina ()

2.3.2修补缺陷

• readBeadLevelTextFile现在将隔离膜参数(使用)。

• loc正确信息来自巴布文件如果需要。这影响的功能,比如generateNeighbours (), BASH(),绿巨人(),imageplot ()

在2.3.1 BUG修复

• 现在可以通过图像处理函数矩阵包含整数或数值。

• forceIScan参数传递函数调用readIllumina ()

BeadDataPackR

1.5版本的变化:

错误修复

• 珠子与负面坐标现在可以包含在bab文件

• 如果重叠段发现一个警告是印刷和使用完整的loc指数。

• 返回的坐标值readCompressedData()现在的匹配精度的原始文本文件。

相机

2011-28-04版本的变化:

• getpspectra修复bug,同位素峰不正确的标签

2011-24-05版本的变化:

• findIsotopes修复错误,可能导致崩溃,如果maxiso高于3

2011-23-09版本的变化:

• 版本1.9.7

• 在calcIsotopes错误修复,导致groupCorr与calcIso崩溃(rbind误差(resMat…)

• 错误修复与给定xcmsRaw groupCorr

2011-22-08版本的变化:

• 版本1.9.6

• 错误修复plotEICs (pks误差[1]:不正确的尺寸)

2011-20-25版本的变化:

• 版本1.9.9

• 添加了一些“滴= FALSE”修复”错误isomatrix[1]:不正确的数量的维度”的错误

2011-20-10版本的变化:

• 版本1.9.8

• 表extended_adducts_pos正确的规则。csv(质子的质量错误)

2011-12-05版本的变化:

• plotPsSpectrum现在接受额外的参数

2011-04-04版本的变化:

• 在findAdducts修复bug,如果pseudospectrum质量只有NA值列表

2011-02-08版本的变化:

• 版本1.9.5

• 错误修复findIsotopes如果ppm很高可能出现一个峰值是指定为两个或两个以上的同位素峰

• 版本1.9.4

• 添加参数极性xsAnnotate构造函数

• getPeaklist现在getpspectra返回正确的注释负带电离子[M]

• 添加雪作为并行处理的更多的可能

• 添加函数cleanParallel清理了奴隶的过程

ChIPpeakAnno

version 2.2.0变化:

• 找到峰值与双向启动子与汇总统计(peaksNearBDP)。

• 总结主题的发生在峰值(summarizePatternInPeaks)。

• 添加其他IDs带注释的山峰或enrichedGO (addGeneIDs)函数makeVennDiagram支持4路维恩图。

• 丰富基因本体论(去)术语注释的基因可以追溯到峰值。

• 常见问题:http://pgfe.umassmed.edu/ChIPpeakAnno/FAQ.html。

clusterProfiler

的变化版本1.1.22:

• 更新装饰图案。< 2011-07-23 >星期四

的变化版本1.1.21:

• 更新roxygen文档。< 2011-07-23 >坐

的变化版本1.1.20:

• 更新roxygen文档。< 2011-07-19 >结婚

的变化版本1.1.19:

• 改变使用roxygen生成Rd文件。< 2011-07-19 >星期二

的变化版本1.1.18:

• 清理一些代码。< 2011-07-19 >星期二

的变化版本1.1.17:

• 删除依赖GOstats和类别。< 2011-07-18 >星期一

1.1.16版本的变化:

• enrichGO重新实现功能。< 2011-07-18 >星期一

• 添加参数可读,基因id映射到基因的名字。< 2011-07-18 >星期一

1.1.15版本的变化:

• 修改情节groupGOResult法,颜色编码。< 2011-06-15 >结婚

cqn

0.99版本的变化:

• 肿块以及版本添加到Bioconductor猛击分支。

• 写故事。

• 添加额外的手册以及例子。

• 添加数据从蒙哥马利et al。

• 添加名称空间文件。

• 从对cqn补充道。

• 重命名cqn cqn2。

• 添加新闻。Rd文件。

• 添加装饰图案骨架。

• 添加引用文件。

腰带

的变化版本0.99.5:

• 明显的速度提升readCufflinks()对于大型cuffdiff数据集。

• 表写的第一个索引。

• 添加槽直接访问器方法来避免使用槽。

的变化版本0.99.4:

• 第二个测试版Bioconductor和提交

版本变化0.1.3 (2011-08-18):

• 第一个测试版的腰带和提交Bioconductor审查和托管。

DESeq

的变化版本1.6.0:

• 改变分散估计方案来提高处理的异常值(有关详细信息,请参阅装饰图案)

• refactorized工作流和改革和扩大了装饰图案(见有改变用户界面)

• 各种修改和bug修复在装饰图案和新闻(见附件文件)

版本变化1.5.29 (2011-10-10):

• 固定parametricDispersionFit bug。(感谢Alejandro雷耶斯,发现和修复这个。)

版本变化1.5.27 (2011-10-18):

• 方法=“汇集”现在在estimateDispersions违约

• 还说“fitInfo访问器功能

版本变化1.5.24 (2011-08-10):

• fitNbinomGLM不再漠视时停止。适合抛出一个错误

版本变化1.5.23 (2011-07-14):

• 固定的错误再次“nbinomTest”;使用对称的双尾检验(也就是现在。单侧p值翻倍)

• 添加警告的方法=“盲目”如果不习惯一起sharingMode =“只配”

版本变化1.5.22 (2011-07-14):

• 固定错误nbinomTest的分散,导致错误的p值大于1

版本变化1.5.21 (2011-07-14):

• 微小的变化,装饰图案

版本变化1.5.20 (2011-07-07):

• 固定错误“getVarianceStabilizedData”

• 如果参数符合失败更多信息错误消息

1.5.1版本的变化:

• refactorized如何处理分散估计的方式,调整装饰图案

• 装饰图案现在使用数据从pasilla包为例

• glm装饰图案中解释

• “estimateVarianceFunctions”更名为“estimateDispersions”

• estimateDispersions现在存储中间结果在fitInfo槽

• 新功能“estimateDispersion”:“sharingMode”选择新的共享模式“最大”和“gene-est-only”;“fitType”与新配件类型“参数”;这些改变默认值;新方法的pooled-CR edgeR-style CR估计等。

• 几个诊断函数删除

• 很多进一步的微小变化

DEXSeq

2011-10-03版本的变化:

• 改变文档和装饰图案。添加新功能和更多的支持exonids基因名称和奇怪。

2011-07-12版本的变化:

• 并行化可能添加到代码中,以其描述的装饰图案和单外显子基因正常忽略。

2011-07-01版本的变化:

• 函数还说‘estimateSizeFactors’和‘estimatedispersions S4方法,没有更多的问题当加载DESeq和DEXSeq R在同一个会话

剂量

的变化版本0.99.7:

• 固定错误.SemVal_internal

的变化版本0.99.6:

• 用qvalue代替fdrtool计算qvalues。

EDASeq

的变化版本0.99.1:

• 现在read-level EDA基于类BamFileList和FastqFileList Rsamtools。类ShortReadSet不存在了。

• 改变了装饰图案

的变化版本0.99.0:

• 版本号变化Bioconductor提交

的变化版本0.0.6:

• 固定一个bug withinLaneNormalization与不知名的矩阵

• 固定一个bug biasPlot与一个单行道的实验工作

• 添加方法MDPlot和biasBoxplot

• 改变了装饰图案newSeqExpression函数,添加了一个帮助页面

的变化版本0.0.5:

• 修改强迫从SeqExpressionSet CountDataSet治疗两类比较在一个单独的方法

的变化版本0.0.4:

• 添加装饰图案

• 调整xlab FastqQuality箱线图的方法签名

• 改变getOffset和setOffset offst和offst < - < -方法与磨边机的兼容性

的变化版本0.0.3:

• 添加引用文件

• 添加帮助页面

• 添加数据和extdata的例子

刨边机

更改版本测试盒框:

新功能

• 新功能spliceVariants检测替代外显子从exon-level计数数据使用。

• 选择拒绝地区现在是实现精确,和默认的改变从一个基于小概率事件到一个基于尾巴的小概率翻倍。这给更好的结果比原来的条件测试当分散大(尤其是> 1)。贝塔分布近似尾概率也是实现数量很大时,允许的()和使用更少的内存快得多。

• 具体现在使用tagwise。分散在默认情况下,如果发现的对象。

• estimateCRDisp被移除。现在取而代之的是estimateGLMCommonDisp, estimateGLMTrendedDisp estimateGLMTagwiseDisp。

• glmFit变化,自动检测分散估计如果在数据对象。它使用tagwise如果可用,那么趋势,那么常见。

• 添加getPriorN()来计算重量的常见参数可能为了平稳(或稳定)分散估计。用作estimateTagwiseDisp违约和estimateGLMTagwiseDisp。

• 新功能cutWithMinN用于装箱方法。

• 现在glmFit S3泛型函数,glmFit有新方法参数指定合适的算法。

• 现在subsettable DGEGLM对象。

• plotMDS。dge退休,现在DGEList方法定义的plotMDS limma包。一个优势是,情节可以重复使用不同的图形参数没有再计算距离。MDS方法现在也快得多。

• 添加as.data.frame TopTags对象的方法。

• 新功能cpm计算计数每百万方便。

• 将参数添加到dispCoxReidInterpolateTagwise给予更多的调优参数。

• estimateGLMTagwiseDisp现在使用趋势。分散在默认情况下,如果趋势。分散。

• 改变glmLRT确保品质系数参数。

• 改变maPlot所以任何极端logFCs带回更合理的规模。

• estimateGLMCommonDisp现在返回NA当没有残余df而不是返回色散为零。

• 潮流计算当地常见的可能性在dispCoxReidInterpolateTagwise基于移动平均线而不是洛斯。

• binGLMDispersion允许变化趋势色散与少量的基因数据集,但额外的警告。

错误修复

• dispDeviance dispPearson现在给优雅的估计和消息当分散在指定的时间间隔。

• mglmOneWay Bug修复,这是困惑时,参数化设计矩阵包括负值。

• mglmOneWay(因此glmFit)不再产生NA系数时的拟合值是零。

• 变化,以抵消行为estimateGLMCommonDisp, estimateGLMTrendedDisp estimateGLMTagwiseDisp修复bug。更改其他几个功能的修复bug时计算分散体和基因数据集都零计数。

• 错误修复和矩阵mglmSimple偏移量。

• 错误修复时adjustedProfLik完全安装的值为零的一个或多个组。

fabia。

变化在2.0.0版本:

新功能

• spfabia: fabia稀疏数据矩阵的稀疏矩阵格式)和稀疏的向量和矩阵计算代码中加快计算速度。spfabia应用程序:(a)检测>身份的后裔<在下一代测序数据与罕见变异,(b)检测> <在疾病研究中基于共享单体型与罕见变异下一代测序数据

• 为非负分解fabia。(参数:non_negative)

• Rcpp改为C和移除依赖关系

• 改进更新λ(α应该较小,如0.03)

• 介绍了最大数量的行元素(lL)

• 介绍了周期提单当上界nL或将是有效的

• 降低计算复杂度

错误修复

• 更新公式λ:紧缩的近似

• 纠正条件协方差矩阵的逆z

flowFP

• 我们现在要求的长度sampleClasses一样flowFP对象实例的数量。文档显示,但是代码不执行。

• 固定一个错误关于设置sampleClasses flowFPPlex。它错误地分配类仅丛的第一个成员。

• 设置sampleClasses fp或承认现在零或一个长度为零的因素导致删除sampleClasses fp或丛。

• 清理文档flowFP-class flowFPPlex-class。

flowWorkspace

• 0.6.0这个版本支持flowJo XML导入工作区使用,生成9.2版本的Mac OS X版本的flowJo。我们还不支持使用的windows版本生成workpsaces flowJo。

特点:

进口flowJo XML Mac版本的工作空间。(Greg Finak)

工作流转换GatingHierarchy对象。(迈克江)

出口工作流flowJo XML工作区可读的Mac版flowJo (Mose安德烈)

-netCDF支持大型数据集。基于代码由Nisat葛。

已知问题:

• 出口flowJo——flowWorkspace将导出正确的补偿矩阵,但他们需要在flowJo应用手动通过菜单项。

• 导航图之间的人口是车。

• 出口期望获得一个工作流包含补偿视图和转换视图作为第一个工作流的两个动作。

• 从flowJ进口——我们可能不支持所有控制配置。解析代码是基于例子写的。如果你的工作区没有被正确地导入,与作者联系。如果你的工作是不正确,因为它是由进口flowJo对于windows,它不支持。你确定你想导入XML空间而不是.jo或.wsp文件?

• flowJo 8.2 MAC。XML有一些差异和工作区导入r .可能有问题我们已经解决了这些漏洞,我们发现我们没有机会与这个版本广泛的测试。

• 速度——进口可以缓慢和许多盖茨非常大的工作空间。

• 这个版本支持flowJo XML导入工作区使用,生成9.2版本的Mac OS X版本的flowJo。我们还不支持使用的windows版本生成workpsaces flowJo。

geneplotter

版本的变化应用于:

用户可见的变化

• 使用NEWS.Rd

• 的解释参数函数multidensity bw的已经改变了,目的是使行为更加健壮的数据范围或样本大小组织有很大的不同。同时,允许更多的控制,bw现在也可以是一个向量,与元素对应于不同的群体。

GenomicFeatures

1.6版本的变化:

新功能

• 现在可以使用TranscriptDbs作为标准包。前可用功能允许用户创建这些包的最后一个版本。

• 现在可以使用选择TranscriptDb对象

• TranscriptDb对象选择方法提取data.frames可用的注释。用户可以指定键、连同keytype和列的数据,他们希望从注释中提取方案。

• 键现在操作TranscriptDB对象暴露ID类型作为潜在的钥匙

• keytypes将显示哪种IDs可以用作键的选择

• 关口将显示可以提取的数据类型选择

• isActiveSeq已添加到允许整个染色体由用户切换活动/活动。默认情况下,一切都是暴露的,但是如果你希望你现在可以轻松地隐藏你不想看到的一切。子序列,所有你的访问器会表现得好像只有“活跃”的事情出现在数据库中。

用户可见的明显变化

• saveDb loadDb在这里和将取代saveFeatures loadFeatures。名称的改变的原因是,他们派遣(而且应该与更广泛的合作对象类型只是trancriptDb对象(及其相关的数据库)。

错误修复

• ORDER BY子句添加到SQL语句执行更加一致的顺序返回的行。

• bug修复,使数据库建设工作即使在UCSC的模式等的变化,并运用资源。

• bug修复makeFeatureDbFromUCSC使其工作更可靠的(这是有点过于乐观关于UCSC会提供数据)

GenomicRanges

的变化版本1.6.0:

新功能

• setter seqlevels()和seqinfo()有一个新的参数(“力”,默认是假的)迫使目前使用序列水平下降。

• Seqinfo对象现在有一个基因组列,它们可以通过基因组()getter / setter。

• “pgap”方法对c (x =“农庄”,y =“农庄”)。

• 添加比较(= =、< =、复制、独特,等等…)和顺序(顺序,排序,排名)GenomicRanges对象的方法。

• 为GRangesList对象添加“侧面”方法。

• 添加“isDisjoint”和“限制”农庄和GRangesList对象的方法。

• 构造函数添加GRangesList makeGRangesListFromFeatureFragments ()。

• 添加“名称”和“名称<——“GappedAlignments对象的方法。

• 添加的忽视。链的参数的方法:——findOverlaps GRangesList, RangesList——findOverlaps GappedAlignments,任何——findOverlaps, GappedAlignments

• “转变”和“分量”“覆盖”方法的参数GenomicRanges对象现在可以数值向量除了列表。

• 为GappedAlignments对象添加“c”方法。

用户可见的明显变化

• readGappedAlignments()支持2个新的参数:(1)“use.names”(缺省为FALSE)使用查询模板名称(QNAME字段在山姆/ BAM文件)设置返回的对象的名称,和(2)“参数”(默认为空,否则ScanBamParam对象)控制字段和记录都是进口的。readGappedAlignments arg()不支持“它”了。

• 一个农庄组织/ GRangesList / GappedAlignments对象的名称不需要是唯一的了。

• 默认情况下,rownames不再设置在返回的DataFrame elementMetadata()在一个农庄组织/ GRangesList GappedAlignments对象。

• “覆盖”的“宽度”参数方法GenomicRanges对象现在必须NULL或数值向量(而不是NULL或列表)。

弃用,已经

• 反对countGenomicOverlaps()赞成summarizeOverlaps ()。

• 反对grg()的农庄()。

错误修复

• 修复bug在pintersect GappedAlignments对象上的操作方法。

genoset

1.0.0

• 对象创建用户级别改变GenoSet, BAFSet和CNSet函数调用一个内部所有输入检查程序和对象生成器函数initGenoSet而不是GenoSet()创建3对象使用“类型”参数。

• 分割函数现在返回DataFrame对象包含一个Rle每样本向量。这给同样的效果的大矩阵与重复数据匹配的尺寸un-segmented数据,但规模相当小。数据集的~ 1 k SNP6数组中的数据远程雷达矩阵是大约0.8%的大小使用这个策略。在所有方面,这些可以被视为在assayData另一个矩阵,但在特殊的情况下是很有用的利用数据runValue和runLength形式。

• 新方法为DataFrame定义允许使用作为assayData元素:colMeans annotatedDataFrameFrom

• 获取从GenoSet基因组信息的方法现在RangedData工作。RangedData GenoSet现在分享一些API使这一切变得更简单。RangedData变得空空的,pos, GenoSet名称、范围、elementLengths。现在chrInfo chrIndices genoPos等可以在对象类型。

• pos和genoPos现在定义为地板的意思是开始和结束的位置。

1.0.6

• 实质性的速度改进boundingIndices()和rangeSampleMeans。

1.1.7

• 添加loadGC函数得到当地GC含量和版本bioC2.9撞

1.1.8

• genomeOrder变得toGenomeOrder目前需要并返回一个GenoSet或RangedData而不是返回索引排序,这样的对象。locData < -现在重组整个GenoSet并确保所有的featureNames匹配。

1.1.9

• 增加了对大的支持。从bigmemory assayDataElements矩阵对象

1.1.10

• API的变化列表操作符“[[”不再使用子集的染色体。它返回到从pData像其他eset中提取一个列。chrIndices获得“空空”说法,作为一个快速的方法得到所需要的指标子集行染色体。

1.1.11

• API添加“[”“k”参数可用于从特定assayDataElement子集。数字和字符“k”s是允许的。assayDataElement (ds, k) (i, j)是一样的ds (i, j, k),但“我”可以RangedData或RangesList。

1.1.12

• assayDataElements可以与水平整数矩阵,将作为因素。请参阅convertToBigMatrix的帮助。

GOSemSim

的变化版本1.11.2:

• 使用方法实现语义相似度计算的剂量。

GRENITS

版本变化0.99.1 (2011-08-07):

• 最初版本!

Heatplus

变化在2.0.0版本:

• 通过annHeatmap2添加行和列注释

• 新功能regHeatmap作为heatmap_2替换

• 新功能annHeatmap作为heatmap_plus替换

• 支持heatmap_2 heatmap_plus将下降(弃用警告)

• 多种协变量连续注释可能(picketPlot)

• 简单的传说也带注释的热图(annHeatmap2)

• 更详细的接口,用于特定的图形参数(annHeatmap2)

• 红绿板作为新的默认(annHeatmap2)

HTqPCR

1.7版本的变化:

新功能

• 添加“几何。的意思是“作为一个正常化的方法。

错误修复

• 检查all-NA特性normalizeCtData rank-invariant方法。

• 修改plotCtCategory处理情况下只有1样本。

• 修改plotCtCategory使颜色更一致。

• 与NAs解决在deltaCt正常化

• 添加警告readCtData如果有NAs输入

htSeqTools

0.99版本的变化:

• IRanges enrichedChrRegions适应适应变化的行为

• 固定错误PeakLocation stdPeakLocation当链信息被存储在变量类型的因素

• 包括调整为每个样本的读取giniCoverage ssdCoverage

• 改善filterDuplReads,使用NegBinom的混合物

• 调整后的行为giniCoverage

• 删除readAlignedBatch、export2Aligned export2SGR export2SAM

的变化版本0.2.7:

• 固定错误filterDuplReads方法“RangedDataList”导致它不传递参数“RangedData”方法

• 改变默认值ppOverAmp =。95 .99 filterDuplReads

• 添加函数rowLogRegLRT

• 固定错误alignPeaks IRanges行为引起的变化。

• 添加函数coverageDiff计算覆盖率两个物体之间的差异

• 固定错误造成regionsCoverage转换类”“对象

• 添加plotChrRegions函数

• 添加enrichedChrRegions函数

• 添加countHitsWindow函数

• 设置xlim stdPeakLocation现在允许

• 情节的方法cmdsFit对象现在自动将两轴相同的规模

• closestGene现在允许类data.frame论点基因组。这避免了在每次调用下载refflat文件。

• 固定错误enrichedRegions导致它崩溃当sample1比sample2染色体

• 固定错误filterDuplReads导致它崩溃当没有读取需要过滤

• 固定错误regionsCoverage导致崩溃的空的染色体

• 删除功能genePlot rangesPlot(搬到包卡斯珀)

• 添加regionsCoverage、gridCoverage stdGrid功能

• 添加chipSeqQC函数

• enrichedRegions试图加载多核库而不是多核。

• 添加ssdCoverage函数

• 添加enrichedRegions RangedDataList对象的方法。这允许比较阅读的比例在岛屿> 2样本。

• 添加islandCounts函数

• filterDuplReads改进内存使用和速度,不再依赖countOverlaps IRanges从包

• 改变调用并行多核:平行于避免混淆与其他包

的变化版本0.2.5:

• 添加参数maxRepeats和ppOverAmp filterDuplReads允许它消除读取出现k倍(之前只允许k = 1),或与一个大型工件的后验概率

• 添加ppEnrichedCounts函数

• 修改enrichedRegions兼容新的IRanges版本

• 添加cmds函数对测序数据执行多维标度

• 确切的假定值计算enrichedRegions现在确切概率法的基础上,而不是模拟,提高速度。simulate.p改变参数。和B值精确。

• 卡方检验p值计算在enrichedRegions大大快(减少到大约25%的以前的实现)

• enrichedRegions现在选择区域与pval < = pvalFilter代替pval < pvalFilter。这允许获得所有地区通过设置pvalFilter = 1。

• 每千碱基enrichedRegions现在返回读取每百万(RPKM),以及原始计数

• 纠正enrichedRegions褶皱变化计算。现在(counts1 / nsample1) / (counts2 / nsample2),而不是(counts1 / (nsample1-counts1)) / (counts2 / (nsample2-counts2))

• 由rangesPlot大幅减少所需的内存

的变化版本0.2.3:

• 固定在enrichedRegions导致它返回一个对象,太多的空间

• rangesPlot现在产生一个警告当没有发现在指定的地区范围,但它仍然会产生一个阴谋

• 添加genePlot方法签名“RangedData”

• genePlot固定问题,忽视了…的观点。

• 固定问题genePlot有时导致它情节额外的剪接变体

• 固定的问题“filterDuplReads”导致返回的对象数量太大的空间

• 添加方法签名(区域= RangedData, sample1 = RangedData, sample2 =‘失踪’)

• 固定错误enrichedRegions当没有被发现。也改变了参数的parallelComp mc。核”,所以方便使用mclapply代替”并行的电话

• 添加函数tabDuplReads

• 固定在filterDuplReads bug RangedData签名造成它过滤两个读取来自不同染色体有相同的开始和结束位置

• 添加extendRanges和filterDuplReads RangedDataList对象的方法。添加mc.cores参数允许并行计算。

• 添加export2SGR RangedDataList对象的方法。

• export2SGR现在使用“覆盖”功能,而不是“堆积”,因为后者已被弃用

• 添加export2aligned RangedDataList对象的方法。添加参数dir。

• alignPeaks现在返回同一个类的一个对象作为输入,而不是总是返回IRangesList对象。

• 添加alignPeaks RangedDataList对象、方法和参数mc.cores允许并行计算。

• readAlignedBatch的重大变化。序列从所有文件现在返回到一个RangedDataList对象。文件是在以前的版本中没有直接保存到磁盘。

• 固定错误rangesPlot导致它绘制读取超过maxFragLength两次

• 固定错误genePlot造成一个错误与单外显子基因

• 添加PeakLocation函数。它产生相同的情节stdPeakLocation除了它不规范坐标。

• 添加在enrichedRegions假定值调整。定义的方法的情况下当sample2失踪。

• readAlignedBatch现在检查存在的文件,并返回一个警告如果他们不。

• 添加listOverlap功能,它允许评估列表如两个ChIP-seq实验之间的重叠,或ChIP-seq vs芯片结果。

• alignPeaks纠正错误,可能导致序列从负索引。

的变化版本0.2.1:

• ReadAlignedBatch现在返回“RangedData”对象。这需要大量的结构性变化,新方法必须定义和许多现有的需要调整。

• 添加方法“filterDuplReads”和“mergeRegions”签名“RangedData”

• stdPeakLocation改为一个泛型函数和定义方法签名data.frame RangedData。

• 添加closestGene RangedData的方法签名。

• 添加enrichedPeaks函数来检测峰值在测序实验。

• 添加enrichedRegions函数来检测显著富集地区测序实验。

• closestGene修改:bioC升级参数多个停止工作后由于findOverlaps函数,弃用重叠函数(用于以前的版本)。

• closestGene:一些rbinds已被做。电话使用本月使用更少的内存。

• closestGene:更好地控制refflat下载文件已被添加。

• closestGene:添加新参数(promoterInOther)。如果是真正的山峰中启动子区域和其他基因将分配给两个基因。只能当多个= TRUE。

的变化版本0.2.0:

• 固定错误alignPeaks导致不工作有一些没有序列的染色体。同时,现在alignPeaks报告估计转变。

• readAlignedBatch删除内存消耗对象后保存到磁盘。这降低了内存需求。

• readAlignedBatch部队染色体的名称由“空空”开始,以确保外部软件兼容。

• 添加装饰图案

• 添加为alignPeaks Rd文件

• 添加export2aligned export2SGR和rangesPlot RangedData和RangedDataList对象的方法。

• export2SGR现在不再需要为IRangesList指定染色体长度和RangedDataList对象。位置读取一直在观察到的范围使用。

的变化版本0.1.2:

• 添加装饰图案

• 出口rangesPlot名称空间。

• 添加函数stdPeakLocation ChIP-Seq情节峰值位置,ChIP-chip实验

• 为genePlot纠正失配参数的通用的定义。也做了微小的变化,提高标签的外观。

• closestGene不工作后升级到2.10 R。

的变化版本0.1.1:

• closestGene现在使用findOverlaps函数而不是弃用“重叠”。

• 转换rangesPlot函数S4。添加方法特点,IRanges IRangesList。

• 转换genePlot函数S4。添加方法IRanges IRangesList和CompressedIRangesList对象(另外的已经存在的一个字符)。

• 添加alignPeaks函数来调整“+”和“-”读入ChipSeq实验

• 现在readAlignedBatch返回一个RangeDataList对象单一一个IRangesList实验,而不是结束。这允许存储链信息,无法完成IRangesList对象。

• 添加export2SAM函数

• 添加export2aligned IRanges的对象的方法

• 在readAlignedBatch添加“配对”选项

• 在readAlignedBatch改变默认类型=“领结”

• 添加genePlot函数

• closestGene有错误时如果落在启动子区域。

• 距离基因添加到clsoestGene函数。

的变化版本0.1.0:

• 添加readAlignedBatch函数

版本0.0.1的变化:

• extendRanges现在输出一个IRangesList对象,而不是一个简单的列表

• 添加export2aligned方法。

• 添加export2SGR IRangesList对象的方法

• 添加closestGene函数。

• “c”换成了“rbind”“enrichedRegions。r”第92行(1.6.0 IRanges所需版本)

• 需要添加“enrichedRegions(多核)。r”和改变mclapply拉普兰人非并行计算

IRanges

的变化版本1.12.0:

新功能

• 添加“重新刊登”方法,适用于框架列表。

• 添加XDoubleViews类与支持XIntegerViews可用的大部分功能。

• c()现在XInteger和XDouble对象(除了XRaw对象)。

• 添加最小,最大,总和,。分钟,。马克斯方法作为视图*功能的同义词。

用户可见的明显变化

• 视图和RleViewsList类不来自IRanges IRangesList类了。

• 使用时在一个列表或一个列表,togroup现在()返回一个整数向量(而不是一个因素)与它在其他对象的一致性(例如在一个分区对象)。

• ()一般从Biostrings IRanges紧凑。

• 减少弃用“多个”“findOverlaps”论证方法。

• 减少弃用“开始”和“对称”从“调整”方法参数范围的对象。

弃用,已经

• 使用as.data.frame()或(,“data.frame”)在一个AtomicList对象是弃用。

• 反对所有强制方法从AtomicList原子向量。这些方法是unlisting对象,它仍然可以完成unlist ()。

• 反对面元类。

• 删除已经重叠()和countOverlap ()。

错误修复

• togroup()在一个列表或不看看名单了推断分组,只有在类似对象的形状。

• 修复重新刊登(IRanges (), IRangesList ())”。

• 解决“rep.int (Rle(),整数(0))”。

• 解决一些长期问题XIntegerViews代码(更好的处理“限制”或空视图、溢出、NAs)。

等压线

版本1.0.0的变化:

• 第一个Bioconductor版本(版本撞1.0.0)!

• 槽reporterMasses名称更名为reporterTagMasses解决冲突与方法reporterMasses获取assayData (ibspectra)[["质量"]]

• 槽reporterNames名称更名为reporterTagNames区分弃用Biobase:: reporterNames

• 还说选择扫描。行”readIBSpectra:读取mgf文件部分大型mgf文件

• 使用一个函数对蛋白质报告:create.reports。R属性。conf将被properties.R取代

的变化版本0.2.5:

• MSnbase支持:添加功能从MSnSet强迫IBSpectra,反之亦然。添加Msnbase建议。

• 支持多个类补充道

• 更新Perl解析器:mascotParser2。pl和pidresParser2。pl代替isobarXParser。pl生成的XML文件可以转换为使用psx2tab2.pl id.csv

• 不利于otion readIBSpectra errornous——固定工作(由于Xavier罗宾)

• 添加属性使用。拿拿淋:使用na量化值

• 各种分析报告美化(由于Xavier罗宾)

• 各种错误修复

的变化版本0.2.4:

• 改进的小插图描述,添加引用(仍然utf - 8错误)

• 添加可能恢复吉祥物逃脱了标题

• 如果排除了w / subsetIBSpectra蛋白质,排除所有的肽,不仅reporter-specific的

• 修复错误引入0.2.3:多个MGFs读时,一个错误的错误发生,并非所有id光谱可以匹配

• 乳胶添加属性“作者”的报告

• 部分的显著调节蛋白质show.significant不再显示默认添加属性。蛋白质使再能

• 添加属性同位素。杂质和fragment.outlier.prob

• 缺陷修正:

• 当类标签包含NAs命名不正确

• 数字类标签没有正确处理

• 添加naRegion噪声模型中

• 现在存储在数据规范化。然后使用这些值正常化。(由于观察克里斯Bielow)

的变化版本0.2.3:

• 指定组合矩阵proteinRatios properties.conf

• 改善IBSpectra日志的创建和标准化

• 解决办法:maplot坠毁在所有钠通道

• NA在PDF报告部分不量化蛋白质的移除

• 允许NA comuptation类标签——他们被忽略的比率

的变化版本0.2.2:

• 质检报告中重新添加比例和强度图

• 当总结属性不正确定义问题警告

• 创建cachedir如果它不存在

• estimateRatio。group_specific_proteins重新命名为quant.w.grouppeptides

• sanitize analysisname uniprotlink,分段乳胶的名字

• 用fancyhdr代替fanctheadings

• require.reporter添加参数。特定于reporterProteins

的变化版本0.2.1:

• 错误修复:as.data.frame生成离子/质量colnames面前“X”

0.2版本的变化:

• 与JPR刊物发表

KEGGgraph

• 2011-08-23 KEGGgraph 1.9.2:更新getKGMLurl和retrieveKGML KGML文件从HTTP页面而不是从FTP服务器,也就是从2011年7月只开放订阅用户。KEGGgraph的KEGG数据库需要支持,用户也可以通过订阅FTP服务的支持。

• 2011-08-23 KEGGgraph 1.9.1:添加parseKGML2DataFrame函数。这个函数是表KGML文件转换成一个数据帧记录节点和边在一个步骤。帮忙用的吗?parseKGML2DataFrame”R命令行。

limma

的变化版本3.10.0:

• 轰()的新函数允许将RNA-Seq实验分析使用标准limma管道。RNA-Seq案例研究被添加到用户的指南。

• 烤治疗(),()和mroast()现在可以估计和工作趋势的差异之前,将它们与ebay ()。

• barcodeplot()和barcodeplot2()合并成一个函数。

• removeBatchEffect()现在可以纠正两个批处理因素。

• S3 plotMDS现在是一个泛型函数。这允许MDS情节与新的标签,而不需要重绘重复距离或比例计算。新的S4类“MDS”从plotMDS保存多维标度信息输出。

• getEAWP()现在得到的表达式rownames探针注释EList对象,如果没有其他探针注释是可用的。

• topRomer()目前基因集通过二级列指定的主要标准,给一个更有意义的假定值与时排名。

• wilcoxGST()现在接受签署或无符号测试统计数据。变化的假定值计算geneSetTest排名时()。只有= FALSE,以避免零假设机率和遵循建议Phipson和史密斯(SAGMB, 2010)。

• plotMA()现在承认ElistRaw EList适当的对象。

• 默认跨度normalizeCyclicLoess从0.4增加到0.7。速度提高当权重= NULL。

• 韦弗案例研究(11.5节)的用户指南更新和重写。数据类ElistRaw现在Elist快速启动部分中描述的用户指南。其他一些小更新用户指南。

• normalizeBetweenArrays Bug修复()当对象是EListRaw方法=“cyclicloess”。以前这个函数是应用cyclicloess原始强度,然后记录。现在的日志,然后应用cyclicloess。

• Bug修复avereps () EList对象当x美元其他不是空的。

光民

• 英飞纳姆450 k甲基化芯片添加支持,\ nincludes更新颜色偏差纠正和其他相关\ nfunctions。

minfi

0.99版本的变化:

• Bioconductor最初版本。

• 添加新闻文件。

• 错误修复装饰图案。

• readIDAT现在由crlmm出口,这意味着我们可以导入这个函数通过名称空间。

中长期规划

变化的1.1.1版:

• 更新使用新的注释包

• 申请更改列排列(由希瑟·特纳)

MSnbase

的变化版本1.1.28:

• 增加了pgfSweave表明太阳< 2011-10-23 >

的变化版本1.1.27:

• 固定错误readIspyData < 2011-10-07 >星期五

• 删除(unexported)比代码< 2011-10-12 >结婚

• 添加处理描述当MSnSet [' ing < 2011-10-12 >结婚

• 男人错误纠正< 2011-10-14 >星期五

• 改变readMzXMLData readMSData在测试< 2011-10-14 >星期五

• 期待警告在test_io readMzXMLData < 2011-10-14 >星期五

的变化版本1.1.26:

• extractSpectra弃用< 2011-10-05 >结婚

• 小的变化在缓存中。R函数< 2011-10-05 >结婚

• 改变[,extractSpectra extractPrecSpectra更新.cache槽< 2011-10-05 >结婚

• MSnExp显示方法使用.cache当水平= = 1。< 2011-10-05 >结婚

• 完成一级缓存实现:导致平均11.8倍MSnExp显示方法。< 2011-10-05 >结婚

的变化版本1.1.25:

• 添加.cache槽pSet类< 2011-10-03我>

• 添加pSet初始化方法.cache和美元.cache级别设置为' 0 '。< 2011-10-03 >星期一

• 检查水平定义.cache和env锁在pSet有效性的方法。< 2011-10-03 >星期一

• itraqdata更新。RData < 2011-10-03 >星期一

• 弃用readMzXMLData,已经补充道。Rd < 2011-10-03我>

• 改变readMzXMLData readMSData在人< 2011-10-03我>

• 更新显示MSnExp速度< 2011-10-03我>

• 更新支持缓存读取*数据= [0

  1]。< 2011-10-03 >星期一

• 更新precScanNum使用酸式焦磷酸钠(光谱(…),precScanNum)而不是unlist (eapply (assayData (…), precScanNum))保存splectra秩序。< 2011-10-03 >星期一

• 新缓存。用@ R文件。< 2011-10-03 >星期一缓存相关的代码

的变化版本1.1.24:

• readMgfData,扫描不再用于填充acquisitionNum,几个扫描可能是结合上游< 2011-09-26我>

• 添加填补的效用函数。R和出口< 2011-09-27 >星期二

• 新MSnbase-io插曲< 2011-09-28 >结婚

的变化版本1.1.23:

• 固定writeMgfData (MSnExp) < 2011-09-21 >结婚

• readMgfData现在当mz和intensty隔开\ t的骄傲检查员(出口)< 2011-09-21 >结婚

• 显示(“MSnExp”)现在没有保留时间< 2011-09-21 >结婚

• 更新mgf2Spectrum2使它更快的< 2011-09-21 >结婚

• 固定失踪fromFile槽在数据从readMgfData阻止调用创建标题< 2011-09-21 >结婚

• readMgfData现在创建一个基于峰头fData < 2011-09-21 >结婚

• 修改getCurveWidth与质心数据< 2011-09-21 >结婚

• 固定的错误getCurveWidth < 2011-09-21 >结婚

的变化版本1.1.22:

• 删除(内部)吉祥物查询链接列readIspyData输出使用最新版本< 2011-09-12我>

• 填补部分拆除readIspyData < 2011-09-14 >结婚

• 出口readIspyData < 2011-09-20 >星期二

• 删除链接到蛋白质组学团体列表< 2011-09-20 >星期二

• url在描述< 2011-09-20 >星期二

• Spectrum2槽ms1scan重新命名为precScanNum并填充使用mzR::标题()precursorScanNum美元。更新影响的方法/函数和手册页。新的访问器方法precScanNum出口。这种变化是不兼容以前创建的MSnSet对象!< 2011-09-20 >星期二

的变化版本1.1.21:

• 更新的写。< 2011-09-08 >星期四exprs添加fData列

• 写补充道。exprs和readMSnSet单元测试< 2011-09-08 >星期四

的变化版本1.1.20:

• 添加一个readMSnSet函数< 2011-09-08 >星期四

• 添加了一个write.MSnSet (“MSnSet”)方法< 2011-09-08 >星期四

• 装饰图案/人更新——主要是数据导入部分记录readMSData和readMgfData < 2011-09-08 >星期四

• 结合mzR io框架< 2011-09-05我>

• 使用mzR peaksCount和头泛型< 2011-09-05我>

• 添加测试检查readMzXMLData readMSData给相同的输出< 2011-09-05我>

• readMSData补充道。Rd doc文件< 2011-09-05我>

• < 2011-09-07结婚>添加Author@R字段描述

• 压缩/重新保存(使用resaveRdaFiles) itraqdata。RData文件< 2011-09-07 >结婚

的变化版本1.1.18:

• 读取支持mgf文件由Guangchuang Yu < 2011-07-06 >结婚

• as.ExpressionSet补充道。MSnSet和刚毛的方法和更新MSnSet医生< 2011-07-09 >坐

• 固定的读/写mgf兼容性< 2011-09-01 >星期四

• 添加mgf io测试< 2011-09-01 >星期四

• 出口和文档信息及时读/写支持< 2011-09-01 >星期四

• 质心参数添加到rawToSpectrum[1 | 2]直接设置在对象创建readMzXmlData < 2011-09-01 >星期四

• 其他一些小的变化Rd文件< 2011-09-01 >星期四

• 添加警告时检查combineFeatures test_MSnSet verbose = TRUE。R < 2011-09-02 >星期五

的变化版本1.1.17:

• 更新itraqdata手册< 2011-06-27我>

• 固定错误MSnSet有效性方法——味精是初始化时零测试Biobase::: isValidVersion Biobase:: assayDataValidMembers < 2011-07-02 >坐

• 添加t。MSnSet方法< 2011-07-02 >坐

• 文档t。MSnSet方法< 2011-07-05 >星期二

• 测试t-MSnSet < 2011-07-05 >星期二

• 新的“[”-MSnSet方法正确定性槽子集< 2011-07-06 >结婚

• 更新MSnSet有效性检查方法定性dim < 2011-07-06 >结婚

• 现在combineFeatures滴spectrum-specific试验槽< 2011-07-06 >结婚

• 测试“(“-MSnSet < 2011-07-06 >结婚

1.1.16版本的变化:

• 添加addVigs2WinMenu召集.onAttach太阳< 2011-06-26 >

• 添加plotMzDelta段插曲< 2011-06-26太阳>

1.1.15版本的变化:

• 新名称和描述方法ReporterIons < 2011-06-16 >星期四

• 添加validObject()检查< 2011-06-16 >星期四

• 新的removeReporters方法< 2011-06-16 >星期四

• plotMzDelta出口和记录< 2011-06-17 >星期五

的变化版本1.1.14:

• 添加plotMzDelta QC情节(没有出口),由Guangchuang Yu < 2011-06-14 >星期二

• 创造了一个锁着的环境储存氨基酸。酸dataframe < 2011-06-14 >星期二

• TODO plotMzDelta文档和部分小插曲——人们在v 1.1.15,装饰图案在v 1.1.16完成

1.1.13版本的变化:

• 改变pSet[[方法< 2011-06-13我>

• 额外的更新pSet[[方法< 2011-06-13我>

• 添加MSnExp构造子集误差测试< 2011-06-13我>

• 创建新的plotting-dataframe。R文件与前策划效用函数,现在更名为*。头< 2011-06-13我>

1.1.12版本的变化:

• 增加了无形的(零)< 2011-06-08 >结婚都显示方法

• 添加质心参数图。MSnExp < 2011-06-09 >星期四

1.1.11版本的变化:

• 协调MSnExp和频谱图坐标轴标签< 2011-05-18 >结婚

• 添加策划定制段插曲< 2011-05-18 >结婚

• 更新plot2d方法的签名“MSnExp”只有< 2011-05-18 >结婚

• 添加/出口plotDensity方法< 2011-05-18 >结婚

• 开始QC装饰图案部分< 2011-05-18 >结婚

• 添加preprocSelection和preprocSelectionTable功能< 2011-05-18 >结婚

• 在装饰图案TODO文档preprocSelection(表)

• 减少plot2d-figure和plotDensity-figure大小使用png < 2011-05-19 >星期四

• 添加plotDensity医生< 2011-05-19 >星期四

• 圆的参数添加到preprocSelection(表)< 2011-05-19 >星期四

• preprocSelection(表)记录和导出的< 2011-05-19 >星期四

• 固定错误情节。Spectrum1 < 2011-05-24 >星期二

• 改变removePeaks setGeneric明确签名< 2011-05-26 >星期四

• 添加MassSpectrometry biocView < 2011-05-27 >星期五

的变化版本1.1.10:

• 小插曲< 2011-05-13 >星期五更新演示

• 添加图参数绘制方法< 2011-05-16我>

• 修复在makeImpuritiesMatrix < 2011-05-16我>

• 添加meanSdPlot MSnSet方法< 2011-05-17 >星期二

• 小整形修复purityCorrect错误消息< 2011-05-17 >星期二

• 添加方法= "和"光谱/ MSnExp正常化< 2011-05-17 >星期二

• 在MSnSet-class错字。Rd纠正< 2011-05-17 >星期二

1.1.9版本的变化:

• 出口normali [s | z] e MSnSet方法,频谱和MSnExp < 2011-05-12 >星期四

• 添加分位数正常化< 2011-05-12 >星期四

• 添加分位数。健壮的正常化< 2011-05-12 >星期四

• 添加vsn2正常化< 2011-05-12 >星期四

• 添加正常化手册< 2011-05-12 >星期四

• 包括正常化段插曲< 2011-05-13 >星期五

• 更多的小插图更新< 2011-05-13 >星期五

• 更新的绘图方法在标题轮MZ < 2011-05-13 >星期五

的变化版本1.1.8:

• 添加writeMgfData从光谱和实验方法< 2011-05-09我>

• 添加writeMgfData手册< 2011-05-09我>

• itraqdata数据集添加和更新装饰图案使用< 2011-05-11 >结婚

• 使用小dummyiTRAQ更新的手册页。mzXML < 2011-05-11 >结婚

• 添加makeImpuritiesMatrix函数< 2011-05-11 >结婚

1.1.7版的变化:

• 记者离子纯度校正方法,男人和测试< 2011-05-09我>

• 更新装饰图案< 2011-05-09我>

1.1.6版本的变化:

• 不完整的分离和光谱计数部分添加到演示插曲< 2011-05-06 >星期五

• 添加bioc-sig-proteomics前言链接< 2011-05-06 >星期五

• 类型在前言中< 2011-05-06 >星期五

1.1.5版本的变化:

• 添加combineFeatures例子演示插曲< 2011-05-05 >星期四

更改版本1.1.4:

• < 2011-05-03 >星期二readIspyData更新返回更新的因素

• 添加unexported /非法combineFeatures函数MSnSets < 2011-05-03 >星期二

• 添加基本测试combineFeatures < 2011-05-03 >星期二

• 添加combineFeatures手册< 2011-05-04 >结婚

• exportig combineFeatures < 2011-05-04 >结婚

更改版本1.1.3:

• 现在as.data.frame.Spectrum列(第一个)mz和(二)强度< 2011-04-27 >结婚

• 出口as.data.frame.Spectrum和强迫< 2011-04-27 >结婚

1.1.2版本的变化:

• 简化量化通用签名——现在只有对象参数< 2011-04-19 >星期二

• 加严格的参数量化方法,更新,添加相关的测试

• 添加说明性的情节MSnbase-demo插曲< 2011-04-19 >星期二的定量方法

• 添加说明性的情节进行数据预处理(removePeaks和清洁)MSnbase-demo插曲< 2011-04-20 >结婚

• 高峰时不发出警告了mz(记者)+ / -以外的扩展宽度(记者)。看到了什么?量化如何手动检查这个。< 2011-04-19 >星期二

• 不发出警告了记者高峰时失踪。看到了什么?量化如何手动检查这个。< 2011-04-20 >结婚

• pSet有效性警告说如果长度(独特(msLevel(对象)))> 1,而不是! = 1。后者触发一个警告新(“MSnExp”)。< 2011-04-20 >结婚

变化的1.1.1版:

• 添加刚毛data.frame和as.data.frame频谱的方法对象< 2011-03-29 >星期二

• 支持uncentroided一光谱图< 2011-03-31清华> < 2011-04-02 >坐

• 支持uncentroided MS1光谱图< 2011-04-02 >坐

• 小修改readIspyData < 2011-04-04我>

• 删除从MSnProcess质心位置,添加到individial频谱实例。有关Velos HCD(剖面)/ CID (uncentroided)数据< 2011-04-04我>

• 相应地修改readMzXmlData < 2011-04-04我>

• 添加validObject(新(…))测试每个类< 2011-04-04我>

• 添加质心(< -)光谱方法和pSet < 2011-04-04我>

• 还说“keepAll参数readIspyData < 2011-04-11我>

Mulcom

1.3.0版本版本的变化:

• Mulcom子例程在C大幅改写。

ncdfFlow

0.1.0

特点:

• netCDF支持大型数据集。

• 支持所有flowSet相关方法

已知问题:

• 写元数据——ncdfFlow允许用户保存整个ncdf ncdfFlowSet对象文件。目前存储的元数据是首次在R和序列化提供原始矢量。它可以失败当元数据大小超过序列化函数的极限。

netresponse

版本变化1.5.14 (2011-10-28):

• 删除编译器包和函数包含在r - 2.14

版本变化1.5.12 (2011-06-29):

• 添加选项read.network

版本变化1.5.11 (2011-06-28):

• 编译器添加

• 从vdp.mixt纠正体重估计

版本变化1.5.09 (2011-06-13):

• 更新toydata

• 计算。重量:现在在log-domain避免偶尔的浮点操作错误

版本变化1.5.08 (2011-05-27):

• 添加情节。pca与椭球函数可视化子网2 d置信区间和注释的颜色

版本变化1.5.04 (2011-05-27):

错误修复

• 固定的离散化名称空间问题

版本变化1.5.02 (2011-05-18):

用户可见的明显变化

• 添加speedup.max加速选项。在detect.responses边缘。只考虑这许多最类似neighborghs合并,相似性评估通过经验互信息估计sqrt (n)箱子其中n是数据样本的大小

• 改变了AIC准则(之前BIC)默认信息。都可以通过信息。标准参数

pdInfoBuilder

1.18版本的变化:

用户可见的变化

• 注释包SNP芯片不再有“fragment_length *”列在featureSet / featureSetCNV表。片段长度现在有自己的表,fragmentLength (SNP探测器)和“fragmentLengthCNV”(CN探测器)。

• Rda pdInfoBuilder > 1.17创建的文件可以通过注释包压缩使用“xz”。

• 在模板固定许可领域。

• 添加一个额外的模板供CRLMM SNP数组的支持。

一品脱的量

版本变化1.5.35 (2011-10-13):

• 固定的错误GenomeModels访问器

版本变化1.5.34 (2011-08-15):

• 改变默认匹配。探测器在screen.cgh.mrna真实;现在还检查匹配。探测器探测器匹配= FALSE

版本变化1.5.33 (2011-08-02):

• 现在人为添加部门信息,如果它丢失,避免中断

版本变化1.5.30 (2011-07-15):

• screen.cgh。分段变成match.probes mrna选项

版本变化1.5.29 (2011-05-09):

错误修复

• 固定plot.ChromosomeModels bug

版本变化1.5.28 (2011-05-09):

错误修复

• 固定一个缺陷预防screeningn虽然存在缺失值

版本变化1.5.06 (2011-04-16):

• 添加report.R解释工具

qpgraph

1.10版本的变化:

新功能

• 估计混合遗传的基因组数据的交互通过混合图形模型理论。

• qpBoundary()来探索稀疏图估计从non-rejection率。

• 协方差矩阵的标定通过Hastie-Tibshirani-Friedman(开支)算法(Hastie Tibshirani弗里德曼,2009年,pg。634),使更快模拟这些矩阵通过qpG2Sigma()比之前的版本在IPF算法的基础上,和大中型企业的部分相关性更快通过qpPAC ()。

• 均匀采样qpRndGraph d-regular图的()与威尔的算法和Wormald (1990)

错误修复

• 妥善处理与雪主节点标识,以便并行计算工作再次与雪> 0.3版本3

战

版本变化1.9.19 (2011-10-29):

• 删除编译器和纠正了编译器函数引用

版本变化1.9.17 (2011-06-27):

• 添加在rpa.online bg校正

• 准确较快方差hyperparameter更新功能(见更新补充道。hyperparameters update.s2)

版本变化1.9.11 (2011-06-02):

• 加速hyperparameter估计;α作为标量

• 删除affinity.method

• 添加分位数。在线归一化法的BUG修复

• α,β更新固定

• 战。适合没有回复更新的α,β:现在纠正。

版本变化1.9.06 (2011-05-29):

• 战。fit-class:之前添加α,β参数的逆伽马探测特定的共轭先验方差

• 修改过的区域。迭代,RPA.update。sigma2以直接利用先验无处不在。

• 添加set.alpha set.beta和更新。hyperparameters、更新。α,更新。β在内部函数

• 添加toydata sample.probeset生成器函数

• 战。剧情:添加比较toydata并通过添加toydata安装数据。对象参数

版本变化1.9.03 (2011-05-14):

• 纠正AffyCompII结果报告

• 在战抛光情节功能。情节和plot-methods

版本变化1.9.02 (2011-04-21):

• 编译器在RPA.sigma2.update betahat补充道。R加快

• 添加钠/南止战。迭代后叛逃affybatch NA值被发现导致崩溃

rqubic

的变化版本1.8.1 (2011-08-02):

• 修复错误的文件

版本变化1.8.0 (2011-07-11):

• 提交Bioconductor

版本变化0.99.1 (2011-08-11):

• 重命名分位数。discritize quantileDiscritize以避免冲突与S3命名方法

版本变化0.99.0 (2011-08-05):

• 重新启动版本索引将提交到Bioc存储库

Rsamtools

的变化版本1.6.0:

新功能

• TabixFile、indexTabix scanTabix yieldTabix指数(分类、压缩)和解析tabix-indexed文件

• bamFlagAND bamFlagAsBitMatrix readBamGappedReads () () ()

• 添加use.names和参数arg游戏readBamGappedAlignments ();这和…args下降。

• PileupFiles、PileupParam applyPileup参观几个BAM文件并计算滑行。

• 为窗口,提供zlib R目前并不这样做

• BamFileList、BcfFileList TabixFileList, FaFileList cla扩展IRanges:: SimpleList,管理文件引用的列表

• razfFa创建随机访问压缩fasta文件。

• 计数和scanBam支持输入大量的记录;countBam核苷酸数现在数字()和主题时舍入误差大。

• 更新samtools 0.1.17

• asBcf和indexBcf强制VCF文件供应量,和索引

• 更新samtools 0.1.18

• scanVcf解析VCF文件;流使用scanVcf、连接方法缺失,scanVcf, TabixFile, *方法选择的子集。使用unpackVcf扩大信息和基因工程领域。

用户可见的明显变化

• ScanBamParam论证“是什么”默认字符(0)(什么)而不是scanBamWhat()(一切)

• bamFlag返回一个默认用户友好的旗帜的描述

错误修复

• scanBam(和readBamGappedAlignments)称为一个无效或字符(0)指数不再段错误。

• scanBcfHeader解析值与嵌入式逗号或=

• scanFa失败,而不是返回不正确的序列,当文件被压缩和文件位置不按顺序访问

• scanBcf解析VCF文件没有基因型信息。

• scanBam称为第一范围没有读取返回无效的结果为后续范围;介绍了svn r57138

• scanBamFlag isPrimaryRead改为isNotPrimaryRead,正确地反映了国旗的含义。

Rsubread

更改版本1.4.0:

新功能

• 发现外显子结点(subjunc功能)。

• 每个基因检测打电话告诉他们是否表达(detectionCall功能)。

• 计算数量的读取落入每个基因或每个外显子(featureCounts功能)。

RTCA

2009-07-13版本的变化:

• combineRTCA(列表):附加列重命名成板。列表项的评估vlues名字。名单上没有名字时,使用一个整数索引从1开始。特别关注部分与名单中指出文档。

• parseRTCA(文件,12月= "。”,phenoData skipWell…):示例添加文档中如何导入预配置的phenoData。细节部分重写文档来描述这个过程的解析。

• RTCA-class: ID添加到RTCA类实验

• Makefile:添加Makefile来简化常见任务检查和安装

• plotGridEffect:以“列”而不是“上校”为模式参数,和呈现方式的标题传奇。文档更新。

• plotRTCA:从包中移除和替换的情节功能。

ShortRead

1.11版本的变化:

新功能

• trimTails削减低质量落后于核苷酸

• trimEnds删除任意(向量)的来信读取或品质

• FastqStreamer遍历fastq文件

• FastqFile FastqFileList代表fastq文件

用户可见的明显变化

• writeFastq论证充分,默认值FALSE,禁用打印的第二次标识符“+”

• srapply要求选项(srapply_fapply =“平行”)或选项(srapply_fapply =“Rmpi”)通过fapply启用并行处理

错误修复

• SolexaRealign、SolexaAlign SolexaResult转置链inforamtion

• 在一些文件FastqSampler段错误

• writeFasta semi-documented论证模式;现在记录和结果dis-allows论证“追加”原本传递给潜在的方法。

TargetSearch

的变化版本1.10.0:

新功能

• 新功能“writeLibText”“tsLib”对象保存在一个文本文件一样(consecuently可以重新导入)。它也可能用于MSP文件转换成一个文本文件。

错误修复

• 添加了一些“滴= FALSE”plotSpectra函数。

• 调用的pdf现在紧随其后的on.exit (dev.off())”以确保设备关闭后意想不到的错误或用户中断。

的变化版本1.8.2:

错误修复

• bug修正错误由于writeMSP TargetSearch对象定义在函数的变化。

1.8.1版本的变化:

错误修复

• “sampleRI”和“概要”函数将返回NA如果minPairCor参数大于样本的数量。

• 改变GUI消息到一个更合适的。

• “FAMEoutliers”失败如果只有一个样本进行了分析。

• “ProfileCleanUP”接受minPairObs参数如“概要”

• 参数minPairObs现在检查,所以不能把一个值低于5“sampleRI”,“档案”,和“ProfileCleanUP”功能。

TEQC

变化在2.0.0版本:

• 新功能“TEQCreport”创建一个html报告标准TEQC分析结果

• 除了床上的文件,现在还可以使用BAM文件作为输入为“get.reads”

• ”得到的。读取”和“。目标“现在只读列从各自的床上文件所需的分析

• 当读IDs包括“# 0/1”和“# 0/2 '(表示1和读过2两),这些字符将被删除从IDs在“get.reads”。“reads2pairs”的原因是,一双读的两个id必须是相同的。

• 这个包现在取决于包Rsamtools和hwriter

• 的铬。barplot”、“fraction.reads。目标”、“insert.size。嘘”和“重复。barplot '现在也可以处理reads2pairs输出有两个元素的singleReads”和“readpairs”

1.1.2版本的变化:

• 错误修复的报道。目标”和“覆盖。GC(在非常大的数据集,覆盖全球平均和标准偏差不计算)

1.1.0版本的变化:

• 解决在“reads2pairs”:当一对读的两个读取映射到不同的染色体,他们将返回“singleReads”元素内的输出(在函数给在错误的阅读对)

• 添加可选参数的马克斯。距离”“reads2pairs”;当一对读的读远的马克斯。经销的基地,他们将被添加到“singleReads元素的输出而不是“readpairs”元素

tigre

版本1.8.0的变化:

新功能

• 直接支持方差Illumina公司从光民珠数组数据。

• 漂亮违约情节风格

错误修复

• 修复块的方差比例模型与TF mRNA测量

1.6.1版本的变化(2011-04-26):

错误修复

• 解决办法:目标排名现在> = 10已知目标(感谢杰克Michaelson报告)

VariantAnnotation

版本1.0.0的变化:

新功能

• readVcf()用于读取和解析成SummarizedExperiment VCF文件

• locateVariants()和predictCoding()识别编码氨基酸的变化产生的变体

• dbSNPFilter()和regionFilter()对加入dbSNP过滤变体或基因组中特定位置

• 访问PolyPhen和预测筛选键(),关口()和选择()方法。看到筛选或? PolyPhen。

错误修复

• 任何更改分类为“修复”(包在积极开发)

xps

的变化版本1.14.0:

版本xps-1.13.10

• 更新xpsQAReport()函数来代替“_”与“_”* .Rnw

版本xps-1.13.9

• 添加质量报告xpsQAReport()函数

• 更新装饰图案xps.Rnw

版本xps-1.13.8

• 添加函数attachProbe (), removeProbe(),等等。

• 添加函数contentGC (), probeSequence ()

• 添加函数inten2GCplot (), plotInten2GC ()

• 更新装饰图案xps.Rnw

版本xps-1.13.7

• 添加函数unitID2symbol ()

• 添加函数plotProbeset ()

• 更新装饰图案xps.Rnw

版本xps-1.13.6

• 更新indexUnits()函数的外显子probesets

• 添加函数symbol2unitID ()

• 添加函数probesetplot ()

版本xps-1.13.5

• 更新script4schemes。R与注释na32包括方案

• 更新script4xps。R和script4exon.R

版本xps-1.13.4

• 搬到5.30/00根版本,更新README

• 小插曲xps更新。Rnw和xpsClasses.Rnw

版本xps-1.13.3

• 正确问题unitID2affyID()在Linux上造成sQuote ()

版本xps-1.13.2

• 添加函数plotXXX ()

• 嘘()函数不再需要attachInten ()

• 添加函数indexUnits (), pmindex (), mmindex ()

• 添加函数probesetID2unitID (), unitID2probesetID(),等等

• 添加函数attachUnitNames (), removeUnitNames ()

• 添加函数attachDataXY (), removeDataXY ()

版本xps-1.13.1

• 更新plotImage()函数画背景图像

包被释放

以下包不再发布:GeneSpring, GeneTraffic, makePlatformDesign, Rdbi, RdbiPgSQL, rflowcyt, Rredland, Ruuid simulatorAPMS。