- 家
- Bioconductor 2.8释放
2011年4月14日
生物导管：
我们很高兴地宣布Biocumon 2.8，包括466个软件包和500多个最新的注释包。有48个新软件包，以及对现有软件包的许多更新和改进。在以前版本中的两个软件包已被删除。Biocumon 2.8与R 2.13.0兼容，支持Linux，32和64位窗口和Mac OS。访问
有关详细信息和下载。
内容
- Bioconductor 2.8开始
- 新软件包
- 在云中使用Biocumon
Bioconductor 2.8开始
安装Biocumon 2.8：
安装r 2.13.0。Bioconductor 2.8已明确设计为此版本的R.
按照以下说明：
http://biocidodder.org/install/
请访问http://biocidodder.org以获取详细信息和下载。
新软件包
这种生物导体中有48个新包装。
A4
自动化Affymetrix阵列分析伞包
A4Base.
自动化Affymetrix阵列分析基础包
A4Classif.
自动化ydymetrix阵列分析包
A4Core.
自动化Affymetrix阵列分析核心包
a4preproc.
自动化Affymetrix阵列分析预处理包装
A4Reporting.
自动化Affymetrix阵列分析报告包
annotationfuncs.
注释翻译功能
安塔
翻译活动分析
筷子
snp.matrix和x.snp.matrix类
克隆性
克隆性测试
CLST.
通过当地相似阈值进行分类
clstutils.
用于执行分类作业的工具
ClusterProfiler.
基因和基因集群功能性谱的统计分析和鉴别
cn.farms.
复制号估计因子分析
EnvisionQuery.
从Envision BioInformatics数据门户中检索到r
eximir.
R用于归一化EXIQON MIRNA阵列数据的功能
流水
连续流式细胞术的方法
流程图
用于门控流式细胞仪数据的分析图和数据类
盖亚
用于显着染色体像差的基因组分析的R包
Genefu.
基因表达分析的相关功能，特别是在乳腺癌中
Genoset.
提供类似于复制号码分析的表达式的类
GSVA.
基因集变异分析
IBH.
基于相互作用的基因均匀性评估基因名单
反转
基因型数据中的逆转
IPPD.
通过模板匹配对蛋白质质谱法的同位素峰值模式去卷积
乔达
Joda算法使用知识量化基因放松管制
哈哈
很多套索
麦格劳
微生物群落分析GUI
MGSA.
基于模型的基因集分析
MLP.
平均日志P分析
马赛克
基于模型的一个和两个样本分析和推断芯片SEQ
msnbase.
基于MS的蛋白质组学的基础函数和类
ncigraph.
NCI路径数据库的途径
penaodist.
表型距离措施
现象
用于测试基因表达与表型相关性的工具
撤销
卷绕卷材蛋白寡聚化预测
PVAC.
基于PCA的基因滤波倍数滤波器
QRQC
快速阅读质量控制
rnainteract.
估计来自多维特征的成对交互
rsubread.
用于映射下一代测序读取的超快速，灵敏和准确的读取对齐器
SEQBIAS.
高吞吐量测序数据中按位置偏置的估计
SNM
微阵列的监督标准化
Snpstats.
snpmatrix和xsnpmatrix类和方法
SURVCOMP.
生存分析的性能评估和比较
Tdaracne.
从时间课程数据的网络逆向工程
TEQC.
目标捕获实验的质量控制
马托姆大陆
适用于微阵列归一化的快速散点图更平滑
Vega.
用于拷贝数数据分段的R包
在云中使用Biocumon
该释放具有Biocumon Aravon Machine Image（AMI），其允许在弹性计算云（EC2）内轻松访问R和Biocumon。在MPI集群上运行并行的任务很容易，请使用RSTUDIO服务器运行W您的Web浏览器中的r。无需安装。信息可提供：
