2010年10月18日
Bioconductors:
我们很高兴地宣布Bioconductor 2.7，包括419个软件包。有34个新软件包，以及对现有软件包的许多更新和改进。Bioconductor 2.7兼容r2.12.0版本，支持Linux、Windows 32位、64位、Mac操作系统。访问
有关详情和下载。
内容
- 开始与Bioconductor 2.7
- 新的软件包
- 网站更新
开始与Bioconductor 2.7
要安装Bioconductor 2.7:
安装R 2.12.0。生物导体2.7已经被设计为这个版本的R。
遵循这里的说明:
//www.andersvercelli.com/install/
请访问//www.andersvercelli.com有关详情和下载。
新的软件包
在Bioconductor的这个版本中有34个新包。
ADaCGH2
使用并行计算和ff对象的aCGH实验分析
吸引
方法寻找基因表达模块代表司机在考夫曼的吸引景观
六氯
贝叶斯层次聚类
生命网络
生物网络的功能分析
CGEN
遗传流行病学的病例对照研究
CoGAPS
模式集中的协调基因活性
coRNAi
共敲除RNAi数据分析
CRImage
对细胞进行分类，计算肿瘤细胞数量
DEgraph
图上的两个示例测试
fabia。
双光泽获取的因子分析
农场
基因芯片总结的因子分析
计
通路分析中普遍适用的基因集合富集
GeneGA
基于mRNA二级结构和密码子使用偏差的遗传算法设计基因
HTSanalyzeR
高通量筛选的网络和基因集合富集分析管道。
imageHTS
高通量显微镜为基础的屏幕分析
iSeq
基于隐Ising模型的芯片序列数据贝叶斯分层建模
IsoGeneGUI
微阵列数据剂量反应分析的图形用户界面
莱斯
鉴定Tiling微阵列数据中增强意义的位点
LVSmiRNA
安捷伦miRNA数据的LVS归一化
MBCB
基于模型的珠阵背景校正
MEDIPS
MeDIP-Seq数据分析
Mulcom
多重比较差分表达式和错误发现率计算
netresponse
功能网络分析
特种加工
利用常微分方程(ODE)方法预测基因网络
NuPoP
核小体定位预测
ontoCAT
本体解析
OTUbase
处理OTU数据
PatientGeneSets
Patient-oriented基因片段的分析
R453Plus1Toolbox
导入和分析罗氏基因组测序系统的数据。
RCytoscape
在Cytoscape中显示和操作图形
RDRToolbox
利用Isomap和LLE进行非线性降维。
rmap
连接到转录因子结合位点MAPPER数据库
rnaSeqMap
rnaSeq分析使用xmapcore数据库
SQUADD
用于分析复杂动态系统的逻辑模型方法的标准化定性动态系统软件的附加件
网站更新
Bioconductor网站在上一个发布周期中发生了重大变化。除了包安装信息之外，该网站还为用户和包开发人员提供了大量的帮助资源。2021欧洲杯体育投注开户在导航大量可用包时，一个特别有用的特性是更新的biocViews小部件
