2014年4月14日

Bioconductors:

我们很高兴宣布Bioconductor 2.14,包含824个软件包,包200实验数据,超过860的最新注解包。

有77个新的软件包,许多更新和改进现有的包;与R 3.1.0 Bioconductor 2.14兼容,支持在Linux上,32位和64位Windows, Mac OS x这个版本包括一个Bioconductor更新Amazon Machine Image。

访问//www.andersvercelli.com对细节和下载。

内容

• 开始使用Bioconductor 2.14
• 新的软件包
• 新闻从新的和现有的包
• 包被释放

开始使用Bioconductor 2.14

更新或安装Bioconductor 2.14:

1. 安装R 3.1.0。Bioconductor 2.14设计明确了这个版本的R。

2. 按照说明在//www.andersvercelli.com/install/。

新的软件包

有77个新的Bioconductor包在这个版本。

ABSSeq——推断基因的差异表达绝对表达两组之间的差异,利用广义泊松模型占over-dispersion跨样本和基因异质性的微分表达式。

阿尔萨斯——交替最小二乘(或多元曲线分辨率)分析化学数据,特别是用连字符连接数据,第一个方向是保留时间轴,第二光谱轴。包构建在基本als功能als包和增加功能的高通量分析,包括时间窗的定义,集群的配置文件,保留时间校正,等等。

asmn——执行所有样本均值标准化使用原始数据输出从BeadStudio MethyLumiM数据。

分配,分配是一个计算工具来评估途径放松管制/激活状态在个别病人样本。分配了一个灵活的贝叶斯因子分析方法,适应预定路径签名要么来自知识文献或从扰动实验细胞/组织途径签名。放松管制/每个上下文相关的通路激活水平的量化分数,代表病人样本的程度包括途径放松管制/激活签名。

AtlasRDF——查询欧洲生物信息学研究所的基因表达图谱RDF数据使用基因,实验因素(如疾病、细胞类型、复合治疗),途径和蛋白质。还包含一个函数来执行一个浓缩的基因列表本体实验因素(EFO)使用Atlas背景设置。

Basic4Cseq Basic4Cseq是基本的R / Bioconductor包过滤、分析和后续4 c-seq数据的可视化。虚拟片段库可以创建任何BSGenome包,和过滤函数读取和碎片和基本的质量控制都包括在内。附近的片段数据实验的观点可以被可视化为覆盖图基于多尺度方法和中值运行联系资料。

打败——基于模型的单细胞分析甲基化数据

BiocCheck——Bioconductor-specific包检查

biosvd——biosvd包包含函数来减少输入数据集的特性分析空间减少eigenfeature对角化的x eigenassay空间,与eigenfeatures eigenassays独特的正交叠加特性和化验,分别。计算结果应用于数据随后可以检查基于生成的图表,如eigenfeature x的热图分析矩阵和一个酒吧与所有eigenfeatures eigenexpression分数的阴谋。这些图表帮助决定哪些eigenfeatures eigenassays过滤(即。,eigenfeatures代表稳态、噪音或实验工件;或者当应用于数据的方差,eigenfeatures代表steady-scale方差)。可能切除后稳态表达式,steady-scale方差,噪音和实验工件,和后把圣言规范化数据,总结eigensystem生成的html报告,包含其他极地情节的化验和特性,一个表的列表功能可分类的根据他们的坐标,半径和相位在极坐标图,和一个可视化的数据排序根据两个选择eigenfeatures和eigenassays彩色功能/分析注释信息时提供。这给全球的动力学表达式/强度水平,个人特性和化验的机密组织类似的监管和功能或类似的细胞状态和生物表型。

染色体畸变总值的咖啡馆,检测和可视化使用Affymetrix表达式微阵列作为输入

ccrepe——ccrepe(纠正REnormalizaion和排列组合性原则)包的目的是评估的意义一般相似措施组成的数据集。在微生物丰度数据,例如,所有微生物和总丰度;CCREPE设计时考虑到这个约束假定值分配给微生物之间的相似性度量。包有两个功能:ccrepe:计算相似性措施,p和q值的相对含量,虫子在身体一个或两个网站的使用引导和置换矩阵的数据。数控。得分:计算了解共变和co-exclusion模式基于棋盘得分顺序数据的扩展。

ChIPQC——质量量度ChIPseq数据

ChIPseeker——这个包实现函数来检索最近的基因在高峰,注释基因组区域的峰值。实现可视化功能总结基因组注释,距离TSS和重叠峰或基因。

Clomial——Clomial符合二项分布数量从第二代测序数据的多个样本获取相同的肿瘤。训练参数可以推断出的克隆结构解释肿瘤。

cn -大规模鉴定和先进的可视化的守恒的非编码元素集。

COHCAP——这个包提供一个管道来分析解决单核苷酸甲基化数据(Illumina公司450 k甲基化数组,有针对性的BS-Seq,等等)。它提供了质量控制指标、微分为CpG甲基化网站,微分甲基化CpG岛,与基因表达数据的集成,和可视化的甲基化值。

指南针,指南针是一个统计框架,使公正分析抗原t细胞的子集。指南针使用贝叶斯层次框架模型所有观察到的cell-subsets并选择最有可能抗原而加快小细胞计数,经常出现在多参数空间。模型提供了一种后验概率每个细胞的特异性的子集,每个样本,可以用于配置主体的外部刺激免疫反应,如感染或接种疫苗。

compcodeR——这个包提供了广泛的功能比较不同方法获得的结果微分表达式RNAseq数据的分析。它还包含函数模拟计算数据和接口为执行微分表达式分析几个包。

CompGO——这包包含函数来完成一些任务。它可以下载完整的从UCSC基因组数据库,导入请全部文件,标注这些轮回文件区域的基因从上述数据库转储(加上距离),界面与大卫创建功能注释和基因本体浓缩图表基于基因列表(比如从输入生成请全部文件)最后想象和比较这些充实使用有向无环图或散点图。

COPDSexualDimorphism——性dimoprhic和慢性阻塞性肺病微分(SDCD)分析从两个分层回归系数的对比分析。分层可以通过两种方式:由慢性阻塞性肺病状态或性行为。COPD-stratified分析,SDCD分析对比情况下和控制之间的两性异形,而sex-stratified SDCD慢性阻塞性肺病、对比男性和女性之间的微分表达式模式。这个包是与包limma一起使用。

CopyNumber450k——这包包含一组函数,允许CNV打来的Illumina公司450 k甲基化芯片。

CoverageView——这个包提供了一个框架基因组覆盖率可视化的配置文件。它可以用于ChIP-seq实验,但它也可以用于全基因组核小体定位实验或其他类型的实验是很重要的有一个框架,以检查如何覆盖分布在整个基因组

CRISPRseek——包包含输入目标函数来寻找潜在的指导rna序列,选择过滤器指导rna没有限制酶切位点,或没有配对指导rna,全基因组寻找问题症结,分数,排名,取侧翼序列和表示目标和非目标是否位于外显子区域。潜在指导rna与top5总分和注释topN不相干,详细topN不匹配网站,限制酶切位点,搭配指导rna。这个包利用Biostrings和BSgenome包。

DMRcate——新创识别和提取差异甲基化区域(dmr)在人类基因组中使用Illumina公司英飞纳姆HumanMethylation450 BeadChip数组数据。提供了过滤功能探针可能SNPs和cross-hybridisation抱愧蒙羞。包括bedGraph和绘图功能。

DMRforPairs——DMRforPairs允许研究人员比较独特n > = 2样品对甲基化概要文件。n的(成对)比较独特的单一样本DMRforPairs有别于其他现有管道往往比较组样品单CpG位点或地区基础分析。DMRforPairs将感兴趣的区域定义为基因组范围有足够探针位于靠近对方。探测器在一个地区可选注释相同的功能类(es)。评估差异甲基化通过比较个人之间的甲基化值在每个地区样本和(如果不同之处在于足够大),正式测试这种差异统计学意义。

dualKS——这个方案实现了一个基于柯尔莫哥洛夫斯米尔诺夫rank-sum训练算法(即判别analysis-identification区分类)的基因和基因表达数据集分类。这种方法的主要优点之一是它的“多级”问题。也就是说,它可以区分超过2类。

《埃达》——《埃达》可以帮助设计一系列常见的实验如RNA-seq Nanostring化验,RIP-seq和宏基因组测序,使研究人员全面调查实验的影响决策的能力来检测微分丰富。

弯头,弯头一种改进的褶皱变化测试,使用聚类分析和模式识别设置切断限制直接来自intrareplicate没有假定正态分布方差只有2生物复制。肘部也提供了跨平台的一致性一样折叠测试分析。肘部的假阳性和假阴性率低于标准折叠测试时都是评估使用T测试和统计分析微阵列使用12复制(六个复制每一个初始的和最终的条件)。肘部提供了一个null值基于初始条件复制并给出结果的误差范围,允许更好的评价意义。

fastLiquidAssociation——这个包的功能延伸LiquidAssociation为全基因组应用程序包。它集成了一个筛选方法三胞胎的LA分析来减少对高拉值检查,并提供代码用于随后的意义分析。

flowBin——被多路复用的软件结合流式细胞仪数据到多个管与他们之间共同的标记,通过建立共同的垃圾箱在管的常见的标记,然后确定表达式在每个管每本的tube-specific标记。

flowCL -语义标签的流仪细胞群。

flowCyBar——一个包分析使用门流仪数据信息按照人口/社区动态

flowMatch——人口和建筑meta-clusters和模板匹配的细胞从FC样本的集合。

FRGEpistasis -上位的工具分析基于功能的回归模型

加乌乔人——使用遗传算法来确定在异种克隆种群之间的关系如癌症测序样品

GeneOverlap——测试两组基因列表和可视化结果。

geneRxCluster——微分检测基因组基因疗法等网站集成的集群。包提供了一些功能探索基因组插入网站来自两个不同的来源。可能,这两个来源是两个不同的基因治疗载体。向量是首选目标敏感区域的频率更低,激励寻找局部集群的插入和比较集群由集成不同的向量。扫描数据允许的发现空间聚类和计算错误发现率的差异(罗斯福)提供统计方法比较逆转录病毒载体。扫描统计量来比较两个向量使用多个窗口宽度检测聚类差异和计算罗斯福在这里实现。

GenomeInfoDb -包含数据和函数定义,允许翻译不同染色体序列命名约定(例如,“chr1”和“1”),包括一个函数,将序列名称在自然,而不是词典,秩序。

GenomicAlignments -提供高效的容器来存储和操纵短基因组比对(通常是通过调整短期读取参考基因组)。这包括读计数,计算覆盖率,结检测和处理核苷酸比对的内容。

GenomicFiles——这个包提供了并行查询分布式基础设施“按文件”或“的范围”。用户定义的map和reduce函数提供补充数据组合和操作的灵活性。

哥特式——这是一个高c分析包使用累积二项测试来检测远端基因位点之间的交互,更读的机会比预期高c实验。需要映射配对挥动读取列表作为输入,并回馈重要的对于一个给定的基因组中本大小的交互。

GSCA——GSCA作为输入几个激活和抑制基因的列表。GSCA然后搜索的公开的基因表达谱生物环境与指定的丰富的基因表达模式。GSCA提供传统R功能和交互,用户友好的用户界面。

iClusterPlus -综合聚类的多个基因数据使用一个联合潜变量模型

INPower - R包计算敏感性snp的数量和未来的研究

massiR——预测样本的性别基因表达微阵列数据集

MeSHDbi -网的包是统一实现。db, MeSH.AOR。db, MeSH.PCR。db也是接口构建基因——网包(org.MeSH.XXX.db)。loadMeSHDbiPkg导入文件并生成org.MeSH.XXX.db sqlite。

meshr——一组注释地图描述整个网格组装使用的数据网格

梅西纳-梅西纳是一家集算法构造最优健壮的单基因分类器,和微分表达式识别异常值的存在或未知样本子组。方法应用程序在识别导致功能发展为临床试验(包括诊断和预后),和确定微分表达式时的一小部分样本显示不同寻常的表达模式。

metaMS——MS-based代谢组学数据处理和复合注释管道。

metaseqR——提供了一个接口几个正常化RNA-Seq基因表达数据和统计测试包。此外,它创造了几次诊断阴谋,执行combinining荟萃分析的几个统计测试的结果和报告结果以互动的方式。

含羞草-使用Dirichlet-multinomial建模统计数据和β-二项混合物与单细胞分析应用程序。

Mirsynergy——检测协同microrna的监管模块通过重叠社区的扩张。

MLSeq——这个包适用于几个机器学习方法,包括支持向量机,bagSVM,随机森林和购物车,RNA-Seq数据。

mmnet——这个包给实现微生物代谢网络构建和分析。它引入了一个独特的宏基因组系统生物学方法,宏基因组数据映射到KEGG全球代谢途径和构建一个系统性的网络。系统级网络和下一个拓扑分析将是很大的帮助分析各种功能性质,包括metagenome的调控和代谢功能。

NetPathMiner NetPathMiner是一个通用的框架网络路径矿业公司使用网络。它从KGML构造网络,用和BioPAX文件,提供三个网络表征、代谢、反应和基因表达。NetPathMiner发现活动路径和应用机器学习方法总结发现路径简单解释。它还提供了静态的和交互式的可视化网络和路径来帮助手册的调查。

nondetects——模型方法和转嫁一级qPCR实验的结果。

npGSEA——目前的基因集富集方法依赖推理的排列。这些方法计算昂贵,最低可实现的假定值基于排列的数量,而不是在实际观察到的统计数据。我们得到三个参数近似两个基因集富集的排列分布测试数据。我们能够减少计算负担和排列测试的粒度问题与我们的方法,就是在这个包中实现。npGSEA计算基因集富集统计和假定值没有排列的计算成本。它适用于设置在一个或多个感兴趣的基因集。也有内置的绘图功能,帮助用户可视化结果。

PECA——计算Probe-level表达变化平均值(PECA)确定微分表达式Affymetrix基因表达微阵列研究或在蛋白质组学研究中使用肽水平分别测宽。

PhenStat——包包含统计分析方法等表型数据的混合模型和Fisher精确检验。

QDNAseq——定量DNA测序染色体畸变。

Rariant——“Rariant”包标识单核苷酸变异从测序数据基于二项分布的差异之间的错配率匹配样本。

Rcpi——Rcpi包提供了一个R / Bioconductor包强调生物信息学的综合集成和chemoinformatics分子药物研发信息平台。

RefNet——分子相互作用与元数据,存档,动态获取

咆哮,确定优先使用APA网站,比较两个生物条件,从已知的替代标准RNA-seq试验得到网站和比对。

rpx——这个包实现一个接口蛋白质组学数据提交给ProteomeXchange财团。

sangerseqR——这个包包含几个工具分析R Sanger测序数据文件,包括阅读.scf和.ab1文件,使basecalls和图绘制色谱图。

sapFinder——sapFinder开发自动化(1)variation-associated数据库建设、数据库搜索(2),(3)后处理,(4)基于html报告生成猎枪蛋白质组学。

savR——解析Illumina公司序列分析查看器(干腊肠)文件,访问数据,并生成QC情节。

scsR——纠正全基因组siRNA屏幕种子脱靶效应介导的。合适的函数来确定有效的种子/ microrna并可视化效果也提供的包。

SomaticSignatures——SomaticSignatures包标识单核苷酸变异的突变特征(SNVs)。

寿司,灵活、定量和综合基因组可发布多层面板数据的可视化

TitanCNA——隐马尔可夫模型部分和预测区域subclonal拷贝数改变(CNA)和杂合性丢失(LOH),并估计在肿瘤细胞克隆集群的prevalenece全基因组测序数据。

trackViewer——情节ChIP-seq RNA-seq、miRNA-seq DNA-seq等门店序列数据,特别是对于大文件。

撤销,撤销是一个无监督的R包反褶积的肿瘤和基质混合表达数据。它检测到标记基因和deconvolutes混合表达数据没有任何先验知识。

unifiedWMWqPCR -这个包实现了统一Wilcoxon-Mann惠特尼qPCR数据的测试。这个修改测试允许测试微分表达式qPCR数据。

VariantFiltering -过滤器使用不同的标准(如继承的遗传变异模型,氨基酸变化结果,最小等位基因频率在人口、强度、剪切位点保护等。

毒蛇——从基因表达数据推断蛋白质的活动,包括毒蛇和msVIPER算法

新闻从新的和现有的包

包维护人员可以添加新闻文件描述更改他们的包。以下包消息是可用的:

ADaCGH2

版本变化2.3.10 (2013-12-27):

• 主要装饰图案的微小改变一个新的部分“为什么ADaCGH2代替手动解决方案”。

• 改变名称空间适应ffbase变化或一点(我们得到的警告“替换之前由ffbase进口::。ff装船时ADaCGH2 " ")

版本变化2.3.9 (2013-11-28):

• 小“基准的变化。pdf”:一致的使用lty和pch的阅读和分析的数据。

版本变化2.3.8 (2013-11-26):

• 微小的变化,“benchmarks.pdf”。

2.3.7版本的变化(2013-11-26):

• 微小的变化,“benchmarks.pdf”。

2.3.6版本的变化(2013-11-24):

• 帮助inputToADaCGH有更详细的部分需要使用正确的mc.cores。

• 使mc.cores默认inputToADaCGH一半核的数量。

• 更多的变化基准。pdf格式,包括链接到所有的数据。

2.3.5版本的变化(2013-11-11):

• 装饰图案的变化:统一benchmark.pdf所有基准测试。

• 澄清帮助pSegment loadBalance和明确说不是HaarSeg默认。

• 注意2.3.3版本和2.3.4从未放在BioC回购。

版本2.3.4的变化(2013-11-09):

• 附加文件重组文件位置(基准,long-vignette)。

• Addedd loadBalance pSegment和pChromPlot函数作为参数,以便用户可以选择使用负载balancing-like分叉和MPI。看到额外的基准装饰图案与结果表。添加代码以长建树锻炼。

2.3.3版本的变化:

• 玩clusterApplyLB。

2.3.2版本的变化(2013-10-22):

• 进口aCGH和snapCGH再次。相应的作者的变化,init。R c代码,和c代码:基本上,所有代码取自这些包不在这里。

2.3.1版本的变化(2013-10-20):

• 添加aCGH和snapCGH代码:新R和C文件,小修改和更新(登记程序,没有部分匹配的参数,等等)

• 名称空间和描述反映不再依赖snapCGH或aCGH。

• 这个版本的作品,经过测试,检查给之前的相同的结果,等。但从未进入BioC回购,2013-10-23我意识到aCGH和snapCGH再次在BioC重击。

版本变化tripwire (2013-10-20):

• 凹凸版新BioC重击。

affxparser

版本变化1.36.0 (2014-04-11):

• 版本号是撞Bioconductor发布版本,目前BioC v2.14 R (> = 3.1.0)。

版本变化1.35.3 (2014-02-28):

• 在释放v1.34.2更新一样。

版本变化1.35.2 (2014-02-28):

• 基于叮当声v3.4补丁融合SDK。

版本变化1.35.1 (2014-02-27):

• 在释放v1.34.1更新一样。

版本变化1.35.0 (2013-10-14):

• 版本号是撞Bioconductor猛击版本。

AllelicImbalance

的变化版本1.2.0:

新功能

• 快getAlleleCounts ()

错误修复

• 固定错误“realCigarPosition”功能,否则可能会产生一个错误。

阿尔萨斯

0.2版本的变化:

• 实现重叠的片段!应该是一个真正的新奇完成10月24日

• 在总结中添加质量标准完成10月20日

• 完整的管道,以便输出是一个强度矩阵完成

• 为一个完整的分析添加包装器函数完成11月20日

• 添加一些parallellization支持在进行中:一些拉普兰人声明已经变成mclapply但最耗费时间的一步,ALS迭代,仍将缓慢。不同时间窗口并行完成,但有些时间窗口需要很少的迭代,其他人需要很多。此外,ALS输出是烦人。还与许多组件可以缓慢的扭曲。

• 的组件添加#估计

annmap

的变化版本1.5.10:

• 改善annmap - 121允许WS基url设置为本地测试

的变化版本1.5.8:

• 改善annmap - 119。向量= TRUE结果现在命名

• 改善annmap - 120 genomeToTranscriptCoords可以处理编码区域

1.5.7版本的变化:

• 错误检查的独特性transcriptToCodingExon、transcriptToCodingRange transcriptToUtrExon transcriptToUtrRange

1.5.6版本的变化:

• 新添加transcriptToUtrExon

• 改进的序列从transcriptToCodingExon删除

1.5.5版本的变化:

• 改善annmap geneToGeneRegionTrack - 115添加方法来生成一个Gviz列表可以传递给plotTracks GeneRegionTrack元素

1.5.4版本的变化:

• BUG annmap - 118 transcriptToCodingRange(…,最后= ' 3 ')返回完整的成绩单翻译成绩单。

• 改善annmap - 114添加额外的日志在使用网络服务

• 改善annmap - 116介绍函数(s)来计算一个基因的编码长度(s) -看到:? nonIntronicGeneLength和nonIntronicTranscriptLength ?。

1.5.3:更正版本的变化

• 改善annmap - 114添加额外的日志在使用网络服务

• 改善annmap - 113添加文档为webservice食谱

• 改进的webservice json data.frame速度的改进

AnnotationDbi

1.26版本的变化:

新特性和API的变化

• 支持新的无模式芯片包允许更灵活的措施实现non-model生物芯片包。

• 支持Inparanoid8对象包含数据从inparanoid的最新版本。这些对象可以通过AnnotationHub。

BUG修复和代码维护

• 和PROSITE映射包含了!这是因为这些映射与现在长已经IPI id。别担心我们有你覆盖。这些id仍将是可用的,选择()的映射是不好的,因为他们可以不存在没有IPI id(我们再也不能得到)。所以对下一个版本如果你尝试使用这些映射将警告。之后,你需要把开关选择()。1.24 * * *。x系列新闻* * *

AnnotationHub

更改版本1.4.0:

新功能

• 添加显示,AnnotationHub-method使用闪亮的

• 增加了支持Inparanoid8对象(反过来支持选择、键列和keytypes)

• 添加本地缓存元数据,极大地提高了性能

重要用户可见的变化

• 元数据论证“列”取代弃用“关口”

错误修复

• 元数据元素()只返回当前的信息中心

aroma.light

变化在2.0.0版本中(2014-04-11):

• 版本号是撞Bioconductor发布版本,目前BioC v2.14 R (> = 3.1.0)。

版本变化1.99.3 (2014-03-31):

• 撞,下一个版本将2.0.0版本。

BaseSpaceR

1.7版本的变化:

新功能

• 改进API的设计和一个清洁工表示BaseSpace数据模型。

• 新的计数<资源>方法。应该使用这些方法的实例数量的一个特定的资源,在当前可见的范围。例如,样品在一个项目的总数。或给定AppResults文件的总数。

• 改进的验证过程。现在可以无缝地使用R SDK从本机应用程序或Web应用程序。新的“AppSessionAuth”在这种情况下类来处理身份验证。它扩展了“AppAuth”类,通过跟踪AppSession Id。用户级构造函数:“authWebClient()”和“authNativeClient()的发电机.AppSessionAuth ()。

• 新的机制来处理BaseSpace服务器响应。“ResponseStatus”类现在用于跟踪HTTP /服务器响应状态和集成在“AppAuth”界面。“x美元showResponse()”现在可以用来打印(JSON)的最后一个来自服务器的响应。

• 与一些Bioconductor数据结构的集成。从BaseSpace BAM数据现在可以方便地映射到“BamFile”对象。

用户可见的明显变化

• authenticateClient()函数删除,取而代之的是“authWebClient()”和“authNativeClient ()”。“AppAuth”实例仅用于桌面应用程序。

错误修复

• 小错误修改身份验证过程。

• 方法派遣现在是用于“listFiles”和“文件”。

BiGGR

更改版本1.1.4:

• 更新后的装饰图案。等式约束对GABA分流和磷酸戊糖途径通量现在用于功能性和整体模拟。

更改版本1.1.3:

• vignette和助理更新文件。FBA和整体抽样现在完成脑代谢物吸收测量数据的集成。

• 添加新功能“sampleFluxEnsemble”可以用来生成一个后通量向量的分布对measuerement错误在某些通量。的一个例子“sampleFluxEnsemble”已经被添加到包装饰图案。

• 添加LIM Glycolysis_TCA模型文件。LIM的示例目录。这个文件包含了模型构建的示例中。

• 固定警告功能buildSBMLFromReactionIDs和createLIMFromSBML分离失踪标识符用逗号。

BiocInstaller

的变化版本1.14.0:

新功能

• biocUpdatePackages更新安装包和他们的依赖关系。

BiocParallel

的变化版本0.5.5:

新功能

• multicoreWorkers()决定了工人的数量基于操作系统(Windows: 1),用户偏好(通过全球选择选项(mc.cores =…)),或系统功能(detectCores ())。

• bpparam()选择一个默认BiocParallelParam,从全球选项或,如果失败,最近注册()的后端。

用户可见的明显变化

• 重命名参数控制在错误恢复BPRESUME

• 默认为并行端(在非windows多核;雪在Windows上)。

错误修复

• 任务bpvec,任何,MulticoreParam-method少于核心评估只定义的核心任务。

的变化版本0.5.2:

新功能

• mclapply (), pvec()只需要长度,(,(mclapply) [[。

• pvectorize()创建了一个并行版本的矢量化函数参数。

• MulticoreParam、SnowParam DoparParam (foreach-derived) SerialParam参数化后端。

• bplapply, bpvec并行评估模型。

• bpstart bpstop, bpisup后端管理。

• bpvec总有一个新的参数,函数来指定如何组合结果。

• 支持BatchJobs端补充说,通过GSOC米歇尔·朗。

用户可见的明显变化

• BPPARM现在用作BiocParallelParam实例传递给函数的参数名称。

• bplapply bpvec现在只在X和BPPARAM调度。

BiocStyle

的变化版本1.2.0:

用户可见的变化

• 删除依赖的helvet乳胶包允许Sweave和knitr相同的字体

• 改善包装装饰图案通过添加段落关于建筑小品文和使用参考书目

• knitr chunk_opts默认错误= FALSE,因此失败在装饰图案处理期间暗示CMD构建和R CMD检查

• Name-mangle \评论与其他乳胶风格标记,以避免冲突

• 介绍\ bioctitle允许充分和短标题(标题)

• 添加BiocStyle::乳胶选项的使用。unsrturl = TRUE”使用“unsrturl”书目默认风格

错误修复

• 避免使用“烫金”乳胶包来规避冲突w / \ \作者的脚注

biomvRCNS

v1.3.3变化:

新功能

• 更新包装饰图案

错误修复

• 删除限制的最大typecode情节,现在使用彩虹()

1.3.2版本的变化:

错误修复

• 修复后返回p

bsseq

0.11版本的变化:

• 转换为使用Authors@R描述文件。

• plotRegion不尊重坳/ lty / lwd论点如果影响而不是通过pData ()。据卡伦Conneelykconnee@emory.edu。

• 修正了先前提出的改变(plotRegion)。报道,蒂姆Triche Jr .(修复tim.triche@gmail.com。

• 固定一个严重的错误在朱利安Roux collapseBSseq报道jroux@uchicago.edu:使用冰毒值而不是为最终对象的浸浸。然而,这将导致返回对象在所有100%的甲基化位点,所以希望用户将自己见过这个。

• 固定一个bug combineList使combineList使用“慢”的代码即使在特殊情况更快的快捷方式是可能的。这个bug修复不改变函数的输出在任何输入,只会让它更快。朱利安Roux报道jroux@uchicago.edu。

bumphunter

1.3.5版本的变化:

• 现在加载TT nearestgene ()。rda为当地环境

• known_transcripts(),因此matchGenes(),主要为NA收益率Refseq /“注释”列(iff有多个给定Entrez Refseq id /基因id)

• 固定的数据/ TT。rda, known_transcripts的新值()

1.3版本的变化:

• 固定名称空间问题。

咖啡馆

的变化版本0.99.2:

• 代码和文件现在限制在80个字符每行的宽度

• 代码现在统一使用4空间缩进

• 装饰图案现在使用BiocStyle风格

的变化版本0.99.1:

• 修复一个缺陷,给了一个错误当策划与染色体组型= TRUE。这是由于一个更新ggbio包中,打破了咖啡馆

• 咖啡馆现在可以使用其它物种人类不再局限于22日自体染色体

相机

1.19.1版本的变化

• 固定错误generateRules函数,在负模式规则与polycharged积极离子并不创建

CellNOptR

版本变化1.10.0 (2014-03-13):

• 错误修复

  • 固定在cutCNOlist输入错误导致失败

  • 输入错误导致失败CNOlist如果方差

• 变化

  • 警告变成readMIDAS和checkSignals函数中的错误

• 新功能

  • 自我循环可以从SIF读取文件

  • readSBMLQual不需要添加虚拟节点了

ChemmineOB

的变化版本1.2.0:

新功能

• 智能搜索

ChemmineR

的变化版本2.16.0:

新功能

• 智慧搜索通过ChemmineOB availible

• 折叠FPset对象

• 通过复合名称支持SQL数据库更新

• 通过ChemmineOB改善结构呈现协调重新生成过程中保留下来

嵌合体

1.5.2版本的变化:

新功能

• prettyPrint函数来生成一个表添加分隔文件输出表单fSet对象的列表。

ChIPpeakAnno

的变化版本2.11.4:

新功能

• 添加选择的shortestDistance annotatePeakInBatch输出参数。

的变化版本14:

新功能

• annotatePeakInBatch提高效率。

ChIPQC

版本1.0.0的变化:

• 最初的版本。

cisPath

v1.3.3变化:

• 改进

1.3.1版本的变化:

• 文档的改进

cleanUpdTSeq

更改版本1.1.3:

新功能

• 任何更改分类为“新特性”(包在积极开发)

错误修复

• 修复bug的“匹配”需要向量参数当使用% %

1.1.2版本的变化:

新功能

• 添加引用

错误修复

• 任何更改分类为“修复”(包在积极开发)

变化的1.1.1版:

新功能

• Re-name本月/ doc目录小品文

错误修复

• 任何更改分类为“修复”(包在积极开发)

1.1.0版本的变化:

新功能

• 新包bioconductor释放

错误修复

• 任何更改分类为“修复”(包在积极开发)

切肉刀

版本变化1.1.8 (2014-03-26):

• 修复missedCleavages > 1。

• 添加“独特”的论点。

• 添加方法、Biostrings IRanges名称空间。

1.1.7版的变化(2014-03-25):

• 错误的手册页。

1.1.5版本的变化(2014-02-25):

• 使用AAStringSetList构造函数列表的字符而不是创建很多AAStringSets大大减少运行时间裂开,AAStringSet-method。

改变版本1.1.4 (2013-12-20):

• 测试:

• 测试移动到测试/ testthat适应testthat 0.8和凹口新政策。

Clomial

版本变化0.99.0 (2014-02-11):

• 由Bioconductor进行审查。

• 创建。

clonotypeR

的变化版本1.2.0:

新功能

• 添加了一个“长”选项yassai_identifier(),在每个氨基酸都是代表。这种解决问题的ID的碰撞,一个标识符可能是由两个不同的clonotypes。

• 增加了一个新的选项clonotype_table()为随机抽样库。

• 增加了一个新的模式common_clonotypes()计算一个库的相对丰度。

• 统一的语法common_clonotypes()和unique_clonotypes ()。

错误修复

• 无限循环在yassai_identifier()时,胚V序列完全缺席CDR3上。

• 纠正输出错误,返回整数(0)“如果胜利边界是一个密码子的边界。

• yassai_identifier():正确编码的名称V和J段。

clusterProfiler

1.11.3版本的变化:

• 现在策划compareClusterResult支持规模9点尺寸,和现在设置为默认。< 2014-01-14,星期二>

• 原来的默认参数通过=“百分比”现在改变“rowPercentage”< 2014-01-14,星期二>

的变化版本1.11.2:

• 删除viewKEGG函数< 2013-11-12,星期二>

• 在装饰图案,演示了如何使用使用可视化KEGG通路pathview包。< 2013-11-12,星期二>

CNAnorm

1.9.2:添加函数CNAnormWorkflow添加窗口加权根据色散(分割)。固定一个bug, plotGenome崩溃如果感兴趣的间隔没有有效值。改变装饰图案,以更好地反映典型的使用和定义基本的和先进的使用。

codelink

的变化版本1.32.0:

• 小修复文档。

• “Bioarray”放弃了旧词(最初用于第一个Codelink平台)描述文件。

指南针

的变化版本0.9.0:

• 第一个版本。

compcodeR

0.99.2:Bug修复

0.99.1:改善compData类的文档

0.2.0:更多的例子,检查和错误消息

0.2.0:更多的选择提供指定的值在数据模拟

0.2.0:改变了颜色的范围的斯皮尔曼相关情节[1]

deepSNV

版本变化1.99.3 (2013-07-25):

更新

• 一些变化海鸥装饰图案

• 重命名参数π。基因和π。backgr makePrior ()

修正

• 固定错误bf2Vcf()当没有变异

版本变化1.99.2 (2013-07-11):

更新

• 更新的引用

• 添加详细的选项bam2R抑制输出

• 改变模式()“整数”loadAllData值()

修正

• 固定的错误当只有一个变体叫做bf2Vcf ()

版本变化1.99.1 (2013-06-25):

更新

• 使用knitr漂亮的小插曲

• 包括海鸥装饰图案

修正

• 删除固定问题bf2Vcf ()

• makePrior()添加背景在所有网站

版本变化1.99.0 (2013-04-30):

更新

• 海鸥新算法

• 通过总结包括VCF输出(deepSNV、价值=“VCF”)

DESeq2

更改版本1.4.0:

• 注意* * * *用法现在扩展模型矩阵时使用betaPrior = TRUE(默认)。因此,水平比较结果应使用“对比”中提取参数()函数的结果。扩展模型矩阵产生收缩日志褶皱变化独立于基础水平的选择。扩展模型矩阵不习惯的情况设计一个交互项因素之间只有2水平。

• 参数的顺序“名称”和“对比”()函数交换,结果表明“对比”应该用于水平的标准比较。不带参数调用的结果()仍将产生相同的比较:最后的最后的褶皱变化设计变量超过第一级的最后一个设计变量。看到了什么?结果更多的细节。

• DESeq()函数将自动取代统计离群值标记时,库克的距离有7个或更多的复制。DESeq()的论点“minReplicatesForReplace”(默认7)用来决定哪些样品有资格获得自动更换。这种默认行为有助于防止过滤基因根据库克的距离当有许多自由度。

的变化版本1.3.58:

• 添加了一个列表()选择“对比”争论的结果()。看到例子吗?结果。

的变化版本1.3.24:

• rlogTransformation()获得一个论点“快”,切换到一个近似的rlog转换。加速是x ~ 2。

• 一种更健壮的beta之前使用方差估计量:大中型企业的贝塔的平方的平均值,而是找到先验方差匹配上分位数的大中型企业的贝塔的绝对值与上层zero-centered正态分布的分位数。

的变化版本1.3.17:

• 可以使用log2褶皱变化之前(beta之前)和获得假定值的似然比检验,虽然默认为测试=“轻轨”仍然是betaPrior = FALSE。

的变化版本1.3.15:

• DESeq()函数将自动取代统计离群值标记时,库克的距离有7个或更多的复制。DESeq()的论点“minReplicatesForReplace”(默认7)用来决定哪些样品有资格获得自动更换。这种默认行为有助于防止过滤基因根据库克的距离当有许多自由度。

• 结果()函数生成一个对象的类“DESeqResults”这是一个简单的“DataFrame”的子类。这个类允许方法是专门为DESeq2结果编写。例如,plotMA()可以被称为一个“DESeqResults”对象。

的变化版本1.3.12:

• 添加了一个检查在nbinomWaldTest确保对数褶皱的变化只是先验估计交互方面,如果交互术语出现在设计公式。

1.3.6版的变化:

• 减少了过滤的库克的截止:最大不再包含实验样本组2只样品,默认F分位数是提高到0.99,一个健壮的分散估计是用来计算库克的距离而不是分散安装。

1.3.5版本的变化:

• 新的参数结果(),“lfcThreshold”和“alternativeHypothesis”,允许测试的日志褶皱变化高于或低于给定的阈值。

• 现在plotMA()函数将椭圆参数传递给()函数的结果。

DEXSeq

2014-03-21版本的变化:

• 主要的代码修改:ExonCountSet DEXSeqDataSet类对象被弃用和替换,DESeqDataSet的一个子类。

• DEXseq现在使用DESeq2包作为内部所有分析引擎和骨干

• ExonCountSet对象的函数和方法都被新功能所取代

• 与其他Bioconductor包DEXSeq现在更好的集成

• 我们现在使用knitr构建装饰图案

DiffBind

的变化版本1.10.0:

• 计数

  • 新:选择计算峰会

  • 新:选择中心峰值与周围固定宽度的峰会

  • 新:分数为峰会(高度、位置)和CPM TMM的价值观

  • 新:过滤器读取映射质量(mapQCth)

  • 新:支持使用summarizeOverlaps PE bam数据

  • 删除:bCalledMask(现在总是正确的)

  • 变化:insertLength fragmentSize

  • 添加:fragmentSize可以为每个样本向量的大小

  • 变化:fragmentSize默认是125个基点

• 策划

  • 颜色变化:基于CRUK配色方案

  • PCA的情节

  • 新:传奇

  • 新:标签参数添加文本标签2 d点的阴谋

  • 维恩图

  • 新:情节重叠不同绑定网站通过指定对比,阈值等。

  • 新:能够直接返回重叠peaksets农庄

  • 新:能够生成新的DBA对象重叠峰组成

  • 新:labelAttributes控制默认标签

  • 新:违约主要和子标题

  • 的热图

  • 解决办法:不要图列向量属性,每一个样本都有一个不同的值

• 一般

  • 新:添加属性值:DBA_ALL_ATTRIBUTES

  • 变化:SN(信号/噪声)FRIP(读入山峰的分数)

  • 变化:“下来”、“损失”和“””

  • 装饰图案

  • 变化:小插图使用BiocStyles和动态生成的数据

  • 变化:基于hg19代替hg18示例数据

  • 变化:从bam文件中读取数据,而不是床上文件示例

  • 新:部分使用DiffBind ChIPQC在一起

  • 新配置默认选项(DBA配置美元):

  • 元数据名称字符串:ID、组织因素,条件,治疗,调用者

  • th:意义阈值

  • bUsePval

  • fragmentSize

  • mapQCth:过滤器读取映射质量

  • 片段(summarizeOverlaps)

• 错误/问题

  • 解决办法:bRemoveDuplicates有一些不可预知的行为

  • 解决办法:chrN_random对chrN被计算

  • 禁用:tamoxifen_GEO。R SRA后不起作用改变了归档数据的格式

easyRNASeq

的变化版本1.99.3:

• 复制1.8.8修复bug的版本。

的变化版本1.99.2:

• 添加缺失的进口

的变化版本1.99.1:

• 固定getBamFileList函数中的缺陷预防报告准确的错误/警告消息。

• 更新包的依赖关系。

的变化版本1.99.0:

• 移植最终变化从Git存储库,这使simpleRNASeq函数功能。

• 撞版本号为1.99的重大变化,因此下一个Bioc版本将easyRNASeq 2.0.0。

的变化版本1.9.7:

• 一样释放1.8.7的变化。

的变化版本1.9.6:

• 移植变化从Git存储库包括进一步细化类和单元测试。

的变化版本1.9.5:

• 自动版本号由Bioc撞

的变化版本1.9.4:

• 镜像版本1.8.6的变化

1.9.3版本的变化:

• 于版本1.8.5反映变化

1.9.2版本的变化:

• 移植版本1.8.4变化发展

• 开始导入新的类从git存储库作为方案的一部分,主要功能重新实现

1.9.1版本的变化:

• 从Bioc插入GenomicAlignments变化

的变化版本1.9.0:

• 没有变化,新的开发版本

EBImage

的变化版本4.6.0:

新功能

• “toRGB”功能方便的灰度RGB转换

• “亮度”模式在“频道”luminance-preserving RGB灰度转换

用户可见的明显变化

• 性能改进:“形象”、“。形象”、“readImage”、“writeImage”、“秀”、“规范化”、“getFrame”、“selectChannel”、“rgbImage”、“colorLabels”、“翻转”/“失败”

• 减少内存占用的readImage

• 当呼吁一个“图像”的对象,”。图像的返回参数而不是Grayscale-coerced副本

• “displayRaster”集“par usr美元的坐标图注释图像像素坐标宽松

错误修复

• “getFrame”、“getNumberOfFrames’和‘colorLabels”支持多维图像

• 妥善处理多维图像的字符数组的构造函数

• 固定“getFrame”和“结合”的单通道彩色图像

• 固定的颜色模式检查“validImageObject”

• 适当的fg。坳”和“bg。上校的颜色处理“砖”

• 更新文档

EDASeq

1.9版本的变化:

• 添加方法plotRLE相对日志表达式(RLE)情节。

埃达

的变化版本0.99.2:

用户可见的明显变化

• 把“新闻。在《埃达》/ Rd”。

• 改变biocViews描述文件。

• 修改文件描述和命名空间。

• 本月《埃达》/ / extdata移动数据。

的变化版本0.99.1:

用户可见的明显变化

• 把“埃达。在《埃达》/小品文Rnw”。

• 删除“图书馆(“埃达”);”文件的人/ EDDA-package.Rd。

• 清理预定义tempates在人文件。

• 使用真不是T和假而不是F。

• 清洁R打破代码少80个字符,删除标签和使用缩进4的倍数空间。

新功能

• 添加biocViews描述文件。

• 为每个函数添加关键字文件。

• 添加“新闻。在《埃达》/本月/ Rd”。

的变化版本0.99.0:

用户可见的明显变化

• 提交《埃达》

刨边机

的变化版本3.6.0:

• 改善治疗的部分。以前经典的磨边机管道允许分数计数的漠视,管道却不。磨边机现在允许分数计数。

• 所有glm-based功能在刨边机现在接受定量observation-level权重。的漠视,拟合函数mglmLS()和mglmSimple()退休,现在的漠视和所有配件由要么mglmLevenberg()或mglmOneWay ()。

• 稳健估计的新功能允许observation-level离群值。特别是新estimateGLMRobustDisp()函数计算一个健壮的分散估计为每一个基因。

• 更小心的计算剩余df的拟合值为零glmQLFTest()和estimateDisp ()。通货紧缩的新代码允许残留df对于更复杂的实验设计。

• 从shRNA-seq processHairpinReads()的新函数分析数据屏幕。

• sumTechReps()的新函数崩溃计数技术复制库。

• 新功能nbinomDeviance()和nbinomUnitDeviance。老deviances.function()函数删除。

• 新功能validDGEList ()。

• rpkm()现在是一个泛型函数,现在试图找到基因长度自动如果可以从DGEList对象的注释信息。

• 构造子集DGEList对象现在选择重置到图书馆新列金额大小。在内部,构造子集DGEList代码、DGEExact DGEGLM, DGELRT和TopTags数据对象使用新的效用函数进行了简化subsetListOfArrays limma包。

• 加强界面和加强面向对象的本质功能,为estimateDisp DGEList方法(),estimateGLMCommonDisp (), estimateGLMTrendedDisp()和estimateGLMTagwiseDisp不再接受抵消,重量或AveLogCPM作为参数。这些数量现在总是从DGEList对象。

• 新章节阅读用户指南对齐、生产统计的表,和如何科学问题转化为对比时使用的漠视。

• camera.DGEList (), roast.DGEList()和mroast.DGEList()现在包括…的观点。

• 的主要计算exactTestByDeviance()现在在c++代码实现。

• 大。数参数已被删除从功能exactTestByDeviance()和exactTestBySmallP ()。

• 新的默认值在dispCoxReid抵消。

• 更加宽容错误检查时色散值计算aveLogCPM ()。

• 现在aveLogCPM()返回一个值,即使所有的计数为零。

• 的函数。fullrank和nonEstimable现在从limma进口。

eiR

更改版本1.4.0:

新功能

• eiCluster现在可以集群数据库的子集

• 使用新特性在ChemmineR存储重复描述符只有一次。

• 嵌入式描述符现在存储在数据库,只在需要的时候矩阵文件写入激光冲徊化创建索引。

升级

• 数据库模式变化使得这个版本不兼容1.2版本较早。现有的数据库需要持久化。

ensemblVEP

更改版本1.4.0:

新功能

• 虚拟子类VECParam67和VEPParam73 VEPParam现在

• 添加助手currentVEP()和supportedVEP ()

• 添加VEPParam75类

修改

• 67年和73年修改VEPParam支持API版本

• 添加槽VEPParam“scriptPath”和“版本”

• 新手册页运行时选项

• 更新biocViews条款

FGNet

2.0版本的变化:

新功能

• 的网络现在可以绘制方面除了基因。

• 在报告中,单击图可以看到旁边的情节在全尺寸术语表(如果屏幕分辨率允许)。

• ToMatrix():添加参数“关键”(选择基因或条款)和“removeFiltered”条款。更名为主要论点(geneTermSets)“结果”。

• IntersectionNetwork()显示一个警告如果没有交集。添加参数的plotAllMg允许选择是否metagroups无关的情节。

• FunctionalNetwork()改变了一个两个主要参数,即原始输出从toMatrix()(列表名称:c (“metagroupsMatrix”、“gtSetsMatrix”,“filteredOut”))。添加参数:eColor提供边缘的颜色,和“加权”画边缘宽度根据共享gene-term集的数量。

• 报告:添加参数的downloadGOtree允许选择是否下载go术语树木png(慢)或提供链接到web工具。

错误修复

• functionalNetwork()现在正确地写“氯”或“毫克”传奇

1.3.1版本的变化:

新功能

• adjMatrix()已经更名为toMatrix ()

• 现在去png树生成时自动下载报告

• functionalNetwork: metagroup /集群传奇订单已更改为字母

错误修复

• 小bug修复

啪嗒啪嗒地响

1.1.6版本的变化:

新功能

• 增加的预期。计数的输出对象。它给预期的原始计数为每个预测(即映射碎片的数量)记录。这些信息也可以在gtf的输出文件。

更改版本1.1.4:

新功能

• 添加一个“OnlyPreprocess”选项来执行只有萨姆输入文件的预处理步骤。这一步写两个文件:一个文件名为“前缀。实例和另一个名为前缀。totalnumread”,“前缀”输入山姆文件的前缀。的前缀。实例的文件可以给选项进行预处理。实例和读取存储在映射的总数的前缀。totalnumread”文件。

• 允许给“NN”(映射总数片段)即使使用sam文件作为输入。这可以用来运行触发器在并行解析山姆NN常数相同的文件。

用户级的变化

• 处理“~”输入路径与路径。扩展功能。

• 给出一个更详细的R与读计数输出。

微小的变化

• 不写个人保险再到预处理文件即.instance文件。在readgroup(在实践中注释行。cpp toStream的一部分)

1.1.2版本的变化:

错误修复

• 从GRangeList切换到普通列表作为元数据列的数量不能GRangeList不同。

fmcsR

的变化版本1.6.0:

新功能

• 添加超时选项

• 允许并行执行批处理计算

FRGEpistasis

的变化版本0.99.5:

• 添加罗斯福控制

的变化版本0.99.4:

• 完成了手册页

• 添加新闻文件

• 更新了描述文件

• 完成了装饰图案

• 更新基因型文件的格式

的变化版本0.99.3:

• 修正了biocViews

的变化版本0.99.1:

• 添加FRGEpistasis装饰图案

计

2.12.1版本的变化:

• 从进口列表中删除pathview容易安装和加载。

gCMAP

版本是1.7.2变化:

• 变化:辅助函数KEGG2cmap、reactome2cmap wiki2cmap go2cmap有两个额外的参数,min.size和马克斯。大小,将输出限制基因集包含成员在指定范围内。

• 变化:方法camera_score现在输出的相关性在列“效果”。

• 错误修复:正确数量的带注释的基因为每组现在返回。

1.7.1上版本的变化:

• 变化:小插曲现在存储在小插图目录。

gCMAPWeb

1.3.2版本的变化:

• BUGFIXMoved‘车’包从“进口”、“依赖”

1.3.1版本的变化:

• CHANGEVignettes现在存储在小插图目录。

geNetClassifier

1.3.1版本的变化:

新功能

• plotAssignments:优化速度和背景颜色改为蓝色。pointSize添加参数。

• plotExpressionProfiles:论点sampleColors补充道。

错误修复

• RUnit和BiocGenerics“暗示”来避免R检查警告

• 导入方法,ebarrays和emfit名称空间来避免R检查警告

• 情节。现在GenesNetwork completelly相当于plotNetwork相同(默认参数)

GenomeInfoDb

的变化版本0.99.14:

用户可见的明显变化

• 重命名:包:Seqnames - > GenomeInfoDb supportedStyles - > genomeStyles makeSeqnameIds - > rankSeqlevels(增加出口)seqnamesOrder - > orderSeqlevels extractSeqnameSet - > extractSeqlevels extractSeqnameSetByGroup - > extractSeqlevelsByGroup findSequenceRenamingMaps - > mapSeqlevels seqnamesInGroup - > seqlevelsInGroup seqnamesStyle - > seqlevelsStyle“seqnameStyle < - seqlevelsStyle < -“- >

的变化版本0.99.7:

用户可见的明显变化

• 重命名:isSupportedSeqnames - > .isSupportedSeqnames supportedSeqnameStyles - > .supportedSeqnameStyles supportedSeqnameMappings - > .supportedSeqnameMappings isSupportedSeqnamesStyle - > .isSupportedSeqnamesStyle

的变化版本0.99.6:

新功能

• 添加新功能()seqnamesInGroup将染色体的特征向量并返回指定的染色体组用户提供的参数。用户还可以给这个物种和风格。seqnamesOrder()内部调用Herve的功能makeSeqnameIds ()

• 从GenomicRanges添加seqnameStyles通用和方法

用户可见的明显变化

• 重命名:testSeqnames - > isSupportedSeqnames

• 移动从GenomicRanges SeqnamesStyle通用,定义一个新的方法,适用于一个特征向量。

弃用,已经

• 反对listAllSupportedStylesBySpecies (), listAllSupportedSeqnameStyles (), supportedOrganisms () supportedSeqnameMappingsWithGroup ()

弃用和内部使用(而不是出口

• 反对supportedSeqnameMappings (), supportedSeqnameStyles (), isSupportedSeqnamesStyle (), issupportedSeqnames ()

的变化版本0.99.1:

用户可见的明显变化

• Seqnames包将函数将从AnnotationDbi GenomicRanges

• 列表9功能从AnnotationDbi supportedSeqnameMappings, findSequenceRenamingMaps, supportedSeqnameStyles, supportedSeqnames, extractSeqnameSet, testSeqnames, isSupportedSeqnamesStyle, listAllSupportedStylesBySpecies listAllSupportedSeqnameStyles。

• makeSeqnameIds从GenomicRanges

• keepStandardChromosomes从GenomicRanges

• 重命名:keepStandardChromosomes - > keepChromosomes

新功能

• 添加新功能:supportedOrganisms () supportedSeqnameMappingsWithGroup () extractSeqnameSetByGroup ()

GenomicAlignments

0.99版本的变化:

新功能

• 报道,BamFile-method使用yieldSize遍历大文件。

• 报道,特征法计算覆盖率从BAM文件。

GenomicFiles

版本1.0.0的变化:

新功能

• 第一个版本的GenomicFiles包

GenomicRanges

的变化版本1.16.0:

新功能

• 为SummarizedExperiment对象添加“子集”的方法。

• 允许DataFrame SummarizedExperiment化验。

• 添加使用。默认mcols arg(假)农庄(),grglist(),和rglist()泛型(又名range-squeezer泛型)。

• 添加强制方法GRangesList RangesList。

• 添加分数()setter GRangesList对象。

• findOverlaps(…,类型=“中”)现在环状染色体。

• 添加的忽视。链的arg农庄组织对象的“排序”的方法。

• 支持命名类似对象的构造子集通过GenomicRanges下标。

• 支持(农庄,= ~分数),即,a formula-based interface for sorting by the mcols.

用户级的重大变化

• 许多功能转移到新的GenomicAlignments包:——GAlignments GAlignmentPairs, GAlignmentsList类。——qnarrow()通用和方法。”——“窄”和“pintersect GAlignments和GAlignmentsList对象的方法。——低级雪茄实用工具。——“findOverlaps”GAlignment *对象的方法。——summarizeOverlaps()通用的和方法,和“summarizeOverlaps计数读取”故事。——findCompatibleOverlaps()和countCompatibleOverlaps ()。——findSpliceOverlaps()通用和方法。——“重叠编码”的东西即GRangesList对象的“encodeOverlaps”方法,flipQuery (), selectEncodingWithCompatibleStrand (), isCompatibleWithSplicing (), isCompatibleWithSkippedExons (), extractSteppedExonRanks (), extractSpannedExonRanks (), extractSkippedExonRanks(),和extractQueryStartInTranscript(),和“OverlapEncodings”装饰图案。

• 重命名”。映射的参数- >。revmap”“降低”的方法。旧的参数名称仍然工作但弃用。

• 移动makeSeqnameIds()函数来新GenomeInfoDb包和重命名rankSeqlevels ()。旧的名字仍然是工作但弃用。

• “链”的方法现在执行更严格的检查,保证总是返回一个因素(或factor-Rle)与“标准链水平”,没有NAs。或失败。

错误修复

• 调整和修复各种“链”方法:特征向量方法和因素不接受NAs了(他们提出一个错误)。——整数的方法和逻辑向量地图NAs *(而不是NA)。——Rle方法对象现在也作用于性格,因素——和integer-Rle对象(除了logical-Rle对象)。

genoset

的变化版本1.16.0:

新功能

• cn2lr现在有方法向量,矩阵,DataFrame (Rle)和允许您中心log2ratio值2副本,或指定的样本的倍性。

弃用,已经

• BAFSet和CNSet类已经从弃用。这些类只增加了对baf的getter / setter方法/远程雷达/ cn。因为这些只包括了一些可能的assayDataElements,最好使用x (i, j, k), k是一个assayDataElement的名字。

• 现在已经发展到已经RangedData-related一切。请使用农庄locData和其他地方。自从genoset包提供了一个通用的API genoset,农庄,RangedData,我希望这将是一个简单的改变。

• sampleNames和featureNames现在un-deprecated。随意使用它们。他们就叫colnames rownames,分别。我定义了自己的rownames和colnames功能。eSet的似乎做了很多额外的工作,和getter第一assayDataElement版本读取,而不是pData fData。我改变了后者,所以BigMatrix assayDataElements将保持不变,直到你真正的意思来访问它们。

GGBase

的变化版本3.25.1:

• probeId plot_EvG将()第一个参数,尝试翻译为y轴标记基因符号

GGtools

4.11版本的变化:

• 提供了评价和calfig培养评价eQTL-based GWAS的预测

• cisAssoc添加了从SummarizedExperiment获得试验数据,从VCF变体

• CisConfig实例keepMapCache现在默认值为TRUE

• 我们现在有cisScores命名对称和transScores分别作用于CisConfig和TransConfig实例

• 添加transeqByCluster()为反式嵌套并发搜索

• 添加TransConfig类来控制反式搜索,并相应地修改transScores

• 添加hmm878,染色质的地图GM12878染色质状态丰富功能的评估

• 添加gffprocess()时使用。cis是用于生成chunk-specific gff3: gffprocess使用外部排序/ grep / tabix统一成一个块tabix-indexed gff3

• pifdr()已经更改,以避免近似的网格和计算装箱排列分数更迅速地使用嘘();旧的行为可恢复与遗留= TRUE

• ciseqByCluster()使用嵌套的并发执行cis搜索

gmapR

的变化版本1.6.0:

新功能

• 添加值距离最近的结束(MDFNE)统计variantSummary的输出。

• 更新GSNAP,数量级比之前的版本快,带来了许多补丁和提供了许多新特性。一个新特性是clip_overlap论点,剪辑重叠结束阅读对变量调用(重要)。

• bam_tally更新,更快,包括支持计数soft-clipped地区。

用户可见的变化

• 改变tallyVariant统计:独特的阅读位置下降;重命名count.pos /计数。底片count.plus /计数。-(更好的名字)

• tallyVariants做得更好的携带Seqinfo BAM的文件。

GOSemSim

的变化版本1.21.3:

• 固定小虫combineMethods < 2013-12-16,我的>

石墨

版本变化1.9.4 (2014-04-04):

• 更新Biocarta KEGG, NCI和Reactome数据。

• 新的数据库:HumanCyc和豹。

Gviz

版本1.8.0的变化:

新功能

• 通常新的HighlightTrack类添加一个突出地区多个轨道。

• 新的OverlayTrack类合并多个追踪到一个面板的面板。

• reverseStrand显示参数允许您的数据相对于负链的阴谋。

• 只是。标签显示参数增加了控制的放置在AnnotationTrack labls和GeneRegionTrack对象。

• 这个盒子。传说显示参数添加传奇的周围有一个盒子在DataTrack对象。

• 扩展。正确的和扩展。离开现在也相对扩张因素(如1和1之间的值)。

• 一个新的形状类型fixedArrow AnnotationTrack和GeneRegionTrack对象,和arrowHeadWidth arrowHeadMaxWidth参数来更好地控制箭头形状。

• 显示参数方案持续修改参数设置。

• 新featureAnnotation groupAnnotation参数来更好的控制功能和集团在AnnotationTracks标签。

• 新exonAnnotation transcriptAnnotation参数来更好地控制GeneRegionTracks外显子和文本标签。

• 新AlignmentsTrack类可视化挥动BAM文件中读取保持一致。

错误修复

• 许多重要的修复。

用户可见的明显变化

• 一些显示参数名称已经修改了,但旧仍应作为别名。

• Overplotting AnnotationTrack和GeneRegionTrack对象已经最小化能够更好地利用α混合。也复合外显子的方式(例如UTR一部分,一部分CDS)策划已经改变了。这些将会合并成一个功能只要外显子标识符是相同的,如果他们可以减少到一个范围智慧min.gapwidth = 1。

gwascat

的变化版本1.7.6:

用户可见的变化

• bindcadd_snv已添加到绑定CADD柯切的et al . 2014 SNVs农庄组织查询

1.7.1上版本的变化:

用户可见的变化

• gwrngs现在序列化和显式地提供全球工作区附件

• gwcat data.frame不生成的附件

1.7.1上变化之前版本

• 2012年5月30日改善makeCurrentGwascat处理chrX和p。适当的值

GWASTools

的变化版本1.9.9:

• 添加块大小支持GDS和扫描文件存储,snp维度

• gdsSubset现在gdsSubsetCheck操作最快的GDS文件的尺寸

的变化版本1.9.8:

• 更新/ bug修复gdsSubset / gdsSubsetCheck -不同的缺失值属性可以设置如果sub.storage类型是不同的。

的变化版本1.9.7:

• 添加gdsSubset GDS和gdsSubsetCheck功能子集文件只包含指定的单核苷酸多态性和从现有的GDS扫描文件

• 更新gdsImputedDosage和gdsCheckImputedDosage占IMPUTE2 gprobs文件有缺失值(字符串指定的三个相等的概率)

• gdsCheckImputedDosage产生可选更新日志文件报告任何缺失的基因型

的变化版本1.9.6:

• 修订anomFilterBAF——更少的着丝粒生成异常,并不真实,纠正一些合并问题(之前它将合并部分真的是不同的宽度)。用户应该意识到这将增加运行时间。

的变化版本1.9.5:

• 删除已不存在的功能。

• 提高效率的gwasExactHW、mendelErr assocTestRegression rbind(减少数量的调用)。

的变化版本1.9.4:

• Bug修复在getChromosome SnpAnnotationDataFrame方法(不知名的“指数”论点的正确的行为)。

1.9.3版本的变化:

• 添加gdsImputedDosage函数。

• GdsGenotypeReader可以返回转置基因型。

1.9.2版本的变化:

• ScanAnnotationDataFrame和ScanAnnotationSQLite允许非整数scanID。

• 修复getAlleleA和getAlleleB GdsGenotypeReader indels。

1.9.1版本的变化:

• 文档现在位于小插曲/文件夹。

• ibdAssignRelationshipsKing补充道。

• 增加了对基因型GDS的支持文件扫描x GdsGenotypeReader snp维度。

HiTC

的变化版本1.7.11:

新功能

• 更新BioC 2.14名称空间

错误修复

• 修复一个缺陷getRestrictionSitesPerChromosome和matchPattern函数(固定= TRUE)。如果错误,所有“N”报告。

1.7.5版本的变化:

新功能

• 更新BioC 2.14

用户可见的明显变化

• 添加合适的。参数在plotIntraDist去除离群值的回归

1.7.4版本的变化:

用户可见的明显变化

• normICE——桅杆的新参数。过滤器,过滤掉normlization之前更稀疏的垃圾箱

• 改变getAnnotatedRestrictionSites和setGenomicFeatures函数的参数

• 更新setGenomicAnnotation函数符合原始HiCNorm方法

错误修复

• isSymmetrix - NA值

• 错误定义的上游和下游getAnnotatedRestrictionSites侧翼地区限制站点

1.7.3版本的变化:

新功能

• 添加新的标准化方法高c数据从胡锦涛et al (HiCNorm)。这种方法是基于线性回归模型之间的交互项和偏见的来源,如GC含量,mappability,片段长度,等看到normLGF (), setGenomicFeatures (), getAnnotatedRestrictionSites ()。

• 添加新的标准化方法高c Imakaev et al . (ICE)的数据。冰的过程是一个迭代的归一化法用于从嗝数据删除任何偏见。

• 添加“总结”HTCexp和HTClist对象的方法

用户可见的明显变化

• 提高质量控制方法使用稀疏的数据基础

• 改变方法选择normPerTrans方法。“的意思是”方法实际上是一个“max”方法

• 更新的出口。my5C列表格式

错误修复

• mapC马克斯(na.rm = TRUE)功能

HTSeqGenie

的变化版本3.13.13:

• 把“不”的工作都留给测试test.sclapply ()

的变化版本3.13.12:

• 现在使用TP53Which()调用测试(而不是which.rds)变体

• 现在构建BioC

的变化版本3.13.11:

• 现在使用TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19。knownGene TP53基因功能缓存文件的版本号,更新TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene时避免错误

的变化版本3.13.10:

• 添加一个可选的配置限制VariantTools变体打电话来某些地区

的变化版本3.13.9:

• NA

的变化版本3.13.8:

• 固定”。向量(x,模式):无效的“模式”的论点”错误通过添加“importFrom指令(BiocGenerics、表)”名称空间

的变化版本3.13.7:

• 使indelRealigner alignReads.do runPipeline由配置值

的变化版本3.13.6:

• 设置gatk。路径选择如果GATK_PATH env将现有文件。这主要是让单元测试知道,GATK安装

3.13.5版本的变化:

• 需要bamtally gmapR修复bug的版本

的变化版本3.13.4:

• 固定错误generateCountFeaturesPlots()后,没有基因筛选。几乎只发生细菌或病毒基因组当每个基因都是点击超过200次

的变化版本3.13.3:

• 现在在summary_coverage.txt fragmentLength储蓄

• 使用金丰fragmentLength估计的加权平均数

• 删除的并行saveCoverage(因为saveCoverage用于并行)

的变化版本3.13.2:

• 激活阅读修剪illumina公司1.5质量使用B作为定性指标

的变化版本3.13.1:

• 不激活的单元测试(test.wrap。callVariants test.wrap.callVariants。平行,test.wrap.callVariants.rmsk_dbsnp) until VariantAnnotation is fixed, to be able to compile HTSeqGenie on BioC servers

的变化版本3.13.0:

• 改变新的开发周期的版本号

HTSFilter

这次1.2.1版本的变化:

• ——小bug修复的integeration DESeq2管道(现在有自动独立筛选可用)——HTSFilter现在接受数据与多因素设计的所有输入类型

illuminaio

版本变化0.6.0 (2014-04-11):

• 版本号是撞Bioconductor发布版本,目前BioC v2.14 R (> = 3.1.0)。

改变0.5.6版(2014-03-10):

• 添加一个引用文件,参见引用(“illuminaio”)。

版本变化0.5.5 (2014-01-19):

• 添加支持加密IDAT文件并不是所有数据字段的长度相同例如HumanHap550 v1。

的变化版本0.5.2 (2013-11-05):

• testData IlluminaDataTestFiles。

• 为加密IDATs添加单元测试。

版本变化0.5.1 (2013-11-04):

• Resshuffled readIDAT_nonenc内部代码,这样寻求()总是前进的基础。

的变化版本0.5.0:

• 版本号是撞Bioconductor猛击版本。

• 没有更新。

inSilicoDb

变化在2.0.0版本:

新功能

• 能够访问InSilico MySafe

• 新方法使它现在可以检查数据的可访问性

• 更好的整合策划数据

• 可能使用扫描和UPC的标准化

其他

• API的变化,检查文档的更多信息

inSilicoMerging

版本1.8.0的变化:

新功能

• 使用命名列表而不是eset可能性,检查merge-method文档的一个例子

错误修复

• 按照相同的顺序测量现在总是在phenoData和exprs

其他

• 先前的“没有”的方法只有当没有指定一批影响去除方法或通过指定NULL。

intansv

这次1.2.1版本的变化:

笔记

• 添加臃肿不堪,softSearch SV预测程序的支持。

• 修改methodsMerge更健壮。

• 修改所有协调methodsMerge读取功能。

等压线

1.9.3版本的变化:

• 允许使用一个组合矩阵的NoiseModel reporterTagNames

• 添加函数getProteinInfoFromTheInternet自动识别Uniprot Entrez ACs。现在设置为默认“protein.info.f”报告中配置。

• 检修isobar-analysis.Rnw

• 使用ltxtables允许最佳的列宽(长时间运行时,然而)

• 使用[[而不是美元的加入列表

• 更好的列和分组描述

• 允许没有proteinInfo报告生成对象

• 设置报告缓存目录“缓存”(而不是“。”)默认情况下

• 1.9.3.2:

• mascotParser2。pl:允许跳过modif-conversion -no-modiconv

• mascotParser2。pl: -lightXML设置为默认值

• 报告生成:设置combn.method =”与。频道”,计算比率对第一通道

• 各种PDF报告改进

• 1.9.3.3:

• 报告表写入表中含有LTxtable报告生成现在需要更长的时间

• 修复在correct.peptide.ratios

• 使用联合蛋白质组peptide-protein映射

• 只使用记者蛋白质映射

• 解决从模板创建的蛋白质组,由肽子集和modif

1.9.2版本的变化:

• 解决问题的NA ' n。光谱的在计算总结比率

• 各种报告的改进:

• 使用变量的列宽度显示类标签

• 添加属性的量化表总结结果表

• 改善放置tikz肽组照片

KEGGgraph

1.21.1版本的变化(2013-10-17):

错误修复

• mergeKEGGgraph现在可以处理NULL对象

• KEGGpathway2Graph消除重复的边缘,这样parseKGML2DataFrame并不失败。(由于保罗·香农的bug报告)

• 保罗·香农KEGGgraph添加一组RUnit测试

limma

的变化版本3.20.0:

• 新功能diffSplice (), topSplice()和plotSplice()提供功能分析微分拼接使用从微阵列或RNA-seq exon-level表达数据。

• 新的Pasilla案例添加到用户的指南,说明微分拼接RNA-seq数据的分析。

• weightedLowess()的新函数的洛斯曲线符合之前的权重。不同于以往的实现洛斯或黄土,邻近点的权值用于计算包含在每个局部回归以及在当地回归本身。

• weightedLoess()现在变成默认的方法使用loessFit()适合黄土曲线当有重量。前面locfit和黄土()方法作为选项。

• 线性模型适合功能lm.series (), mrlm.series()和gls.series()不再下降的尺寸组件的安装对象时只有系数或只是一个基因。以前这样做是不一致在某些情况下,而不是其他人的。现在,始终保持维矩阵组件。

• lmFit功能(),ebay()和tmixture.vector()现在工作即使只有一个基因(一行的数据)。

• subsetListOfArrays()的新函数,用于简化为RGList构造子集代码,MAList, EList, EListRaw和MArrayLM对象。

• tricubeMovingAverage()的新函数时间序列平滑。

• barcodeplot()有一个新的选项来添加浓缩蠕虫情节,利用tricubeMovingAverage ()。

• 新的RGList情节()方法,MAList EList和MArrayLM类对象。在每种情况下,这会产生类似的结果plotMA ()。当使用阴谋()或plotMA MArrayLM对象(),指定的列是现在“系数”的论点,而不是通过“数组”。

• plotMA3by2()现在单通道数据对象以及MAList对象。

• read.idat()的新函数来读取文件从Illumina公司表达beadarrays IDAT格式。

• read.ilmn ctrlpath参数()现在默认为常规探测路径一样。这意味着只有一个路径设置是必需的,如果经常和控制探针概要文件在同一目录中。

• read.ilmn()现在集相同的探针id作为rownames data.frame基因表达矩阵E和注释,提供,调查id是独一无二的。

• beadCountWeights()现在可以使用任一probe-wise标准错误或probe-wise标准差。

• 治疗()有新的参数鲁棒和winsor.tail。p是通过强劲的经验贝叶斯估计。

• topTreat()现在包含…参数传递给topTable ()。

• topTable与confint = TRUE()现在生产基于t分布的置信区间,而不是正态分布。它现在也接受confint的数值参数来指定置信度其他默认的0.95。

• topTable()现在可以作用于一个MArrayLM适合对象缺失的钟表组件,例如由治疗()。

• 烤()和mroast()现在允许指定数组重量和观察权重。

• 相机(),烤()和mroast()现在使用getEAWP()来解释数据对象。这就意味着,他们现在工作在任何类的数据对象lmFit ()。

• 罗默()现在使用propTrueNull(方法=“lfdr”),而不是挂()。这使它的基因数量大时的速度快了许多。

• 看着()现在使用df美元。总从MArrayLM对象。这可以防止df。总从超过总池剩余df的数据集。看着()结果将小幅变化df的数据集。之前很拉赫。

• S3 plotDensities()现在是一个泛型函数对RGList方法,MAList, EListRaw和EList对象。

• S3 plotFB现在是一个泛型函数RGList和EList数据对象与方法。

• 新话题10 genesettests帮助页面。Rd和11 rnaseq.rd。其他10所示的页面。理查德·道金斯被删除。所有主题帮助页面现在都列在“参见”在包的介绍页面访问? limma。

• avereps()从来就没有被应用到RGList或EListRaw对象。现在给了一个错误当应用于这些对象,而不是返回一个矩阵问题的价值。

• Bug修复:fitFDistRobustly()失败,有缺失值或零df值和协变量是零。

• 错误修复:文氏图()不是通过额外的参数(…)情节()当集的数量大于3。

• 错误修复topTreat ()。Rownames p < 1时不正确的命令。

• 错误修复看着(),df处理向量。之前正确地生成符合对象时使用健壮的= TRUE。

• 错误修复squeezeVar ()。以前曾经有一个错误,健壮= TRUE和趋势估计df = FALSE和一些。之前是无限的。

• bug修复topTable()和topTableF () f统计量排序时加上假定值或利物浦。

metagenomeSeq

变化在版本1.5 (2014-04-17):

• 将与biom2MRexperiment biom-format支持,MRexperiment2biom和load_biome功能。

• 添加uniqueFeatures、filterData aggregateByTaxonomy / aggTax plotFeature和calculateEffectiveSamples功能。

• 重命名MRfisher fitPA (presence-absence费舍尔测试)。

• 增加了对标准化的警告

• 发现添加fitDO(优势比测试)和fitMeta(原始metastats)。

• 添加match.call()信息fitZig输出

• 固定失踪E-Step界限

metaMS

的变化版本0.99.8:

• 固定的文档之前修复…

的变化版本0.99.7:

• 固定的不完整GC设置

的变化版本0.99.6:

• 更换粘贴(…,“/”)与file.path runLC.Rnw ()

metaseqR

更改版本1.0.0 (2014-04-11):

新功能

• 函数计算F1-score(或调和平均数的精度和召回)

• 足够成熟和测试从0. x。y版本1.0.0

版本变化0.99.6 (2014-04-09):

新功能

• 例子如何估计统计检验重量的装饰图案

错误修复

• 错误当出口标志基因或外显子过滤器是NULL

版本变化0.99.5 (2014-03-31):

新功能

• 改变报告的目录结构看起来更有条理和职业

• 添加保存和检索的基因模型的能力项列表(计数为每个外显子)在一个.RData文件被重用在另一个分析后,总结基因是最耗时的部分。

错误修复

• 小问题报告

版本变化0.99.4 (2014-03-18):

错误修复

• 删除所有«——作业

• 改变了决定减少进口包描述文件的主要环境

• 添加qvalue包与NBPSeq取决于有一个问题

版本变化0.99.3 (2014-03-17):

新功能

• 功能检查,并警告如果主要metaseqr参数是无效的(运行期间可能防止崩溃)

错误修复

• 小错误修正read2count函数

版本变化0.99.2 (2014-03-14):

新功能

• 只显示前x %的能力重要的基因,以避免过度大报告

错误修复

• 更多的代码和codestyle变化符合Bioconductor的指导方针

版本变化0.99.1 (2014-03-12):

新功能

• 出口能力计算表(原料和规范化)阅读时从BAM文件或规范化

• 许多功能有效的例子

错误修复

• 更多的代码和codestyle变化符合Bioconductor的指导方针

版本变化0.99.0 (2014-02-21):

新功能

• 对黑猩猩的支持

• 我提高了模拟器)模拟长度偏差和ii)更好的选择

错误修复

• 代码变更符合Bioconductor的指导方针

版本变化0.93.0 (2014-02-12):

新功能

• 对拟南芥的支持

• 附加的验证功能

错误修复

• bug影响多级因子分析(单因素,超过两个条件)

• 小bug修复

版本变化0.92.0 (2014-01-25):

新功能

• 函数来估计权重结合假定值基于模拟数据集的数据

错误修复

• 小bug修复

版本变化0.91.0 (2014-01-03):

新功能

• 函数来创建模拟数据集

• 函数创建错误发现和ROC曲线

错误修复

• 错误的假定值向量命名导致无序假定值limma baySeq当相结合的方法

• 小bug修复

更改版本0.9.1 (2013-11-27):

新功能

• 排列从多个统计假定值相结合的方法

• 更多的互动和紧凑的报告

错误修复

• 缺陷基因外显子滤波器导致删除/记录只有一个外显子

• 严重错误导致错误的基因外显子过滤器过滤掉下的环境

版本变化0.9.0 (2013-11-21):

新功能

• 第一个版本

含羞草

的变化版本0.99.2:

• 添加单元测试

• 通过BiocCheck

• 删除依赖多核。现在平行只有。

的变化版本0.9.12:

• 含羞草现在返回MIMOSAResultList S3类。一个轻量级的包装列表,定义与方法提取罗斯福和pData,getW,男孩旁边分别提取组件的重量和后验概率。

• 打印为MIMOSAResult和MIMOSAResultList

• 提取器为countsTable,适合使用的计数表模型。接受一个参数返回比例或数量。

• 含羞草检查抛出更多的信息警告如果数据过滤被遗忘不正确配对时(例如,当用户不总/复制-控制,例如)。

• volcanoPlot实现MIMOSAResultList

• 清理包警告和笔记。

• 清理进口和依赖。

的变化版本0.9.9:

• Bug修复* *过滤掉空类别的调节变量。* *支持并行多核

• 新闻* *多核支持(通过多核包)将被淘汰,取而代之的是平行包。

的变化版本0.8.0:

• 通过“含羞草”函数模型拟合

• 数据通过一个ExpressionSet表示

• 公式接口支持

• 删除旧代码,包括集成电路类,和依赖关系。

• 新文档

的变化版本0.7.0:

• 第一个版本的含羞草

• 通过.fitMCMC函数模型拟合获得通过

minfi

1.9版本的变化:

• 进口的变化从1.8到1.9。

• withColor参数添加到getProbeType函数,它允许“IGrn”的回归,“吸引力”,“二世”,只有“我”,而是“二世”。

• getControlAddress asList参数添加到返回结果列表。

• 将重塑从依赖进口。

• 戏剧性改善preprocessRaw的内存使用。

• 更新引用,minif纸媒体。

• 固定错误mapToGenome (…mergeManifest = TRUE)由戴尔·沃特金斯dale.watkins@sahmri.com和爱兰歌娜Pettiapetti@genome.wustl.edu。

• 固定错误mapToGenome(资源集)与资源集作为RatioSet CN设置为NULL byAllegra a Petti报道apetti@genome.wustl.edu。

• preprocessFunnorm补充了一句,一种新的预处理方法。

• 改进的速度getAnnotation马丁·摩根mtmorgan@fhcrc.org。

MotifDb

更改版本1.5.9之后:

新功能

• JASPAR_2014补充说,与592年主题

motifStack

1.7.7版本的变化:

新功能

• 任何更改分类为“新特性”(包在积极开发)

• 添加plotMotifLogo ic.scale参数。

错误修复

• 修复bug motifSignature当距离大于最大距离。

• 任何更改分类为“修复”(包在积极开发)

的变化版本1.7.6:

新功能

• 改变签名包括颜色的类集。

错误修复

• 允许motifSignature接受非二进制树。

1.7.5版本的变化:

新功能

• 变化的输出motifStack进一步措施。

错误修复

• 任何更改分类为“修复”(包在积极开发)

1.7.3版本的变化:

新功能

• 从矩阵变化的输出readPCM pcm对象的列表。

错误修复

• 任何更改分类为“修复”(包在积极开发)

版本是1.7.2变化:

新功能

• 任何更改分类为“新特性”(包在积极开发)

错误修复

• 修复bug的改变当使用plotMotifLogoStackWithTree情节布局

1.7.1上版本的变化:

新功能

• 任何更改分类为“新特性”(包在积极开发)

错误修复

• 修复bug留下名字和阴谋的地区

MSnbase

的变化版本1.11.14:

• 更新依赖R > = 3.1(2014-04-05坐)

的变化版本1.11.13:

• 文献[得到

  grep)生态io装饰图案(2014-03-31 Mon)

• 错误在readMSnSet男人(2014-03-31 Mon)

• 更新联系《天方夜谭》中(2014-03-31 Mon)

的变化版本1.11.12:

• 亨德里克•weis固定一个bug readMzTabData报道(2014-03-26结婚)

利用1.11.11版本的变化:

• 预先计算的msx测试数据现在有id数据(2014-03-25星期二)

• 定量的单元测试(2014-03-25星期二)

• 量化方法现在接受label-free方法(2014-03-25星期二)

的变化版本1.11.10:

• 进口mzID[2014-03-20]星期四

• dummyiTRAQ id extdata[2014-03-21]星期五

• 添加MSnExp addIdentificationData方法和MSnSet[2014-03-21]星期五

• 使用数据从pRolocdata (pRoloc)【2014-03-23。孙】

• 添加removeNoId、MSnExp MSnSet方法【2014-03-23。孙】

• 添加idSummary、MSnExp MSnSet方法(2014-03-24 Mon)

• 不产生不同的样品/文件读取原始数据时。pData(。)现在有系统地1行如果没有特别提供的用户。消息也报告的有效性,pSet如果行(pData ()) > 1。(2014-03-24 Mon)

• NAnnotatedDataFrame现在默认的多路1(2014-03-25星期二)

• NAnnotatedDataFrame单元测试(2014-03-25星期二)

的变化版本1.11.9:

• 写。exprs可以有fDataCol或fcol(一致性)(2014-03-17 Mon)

• 修复bug combineFeatures (…, is.character (groupBy))(2014-03-19结婚)

• 固定combineFeatures[2014-03-20]星期四

• 添加示例中,测试和文档为combineFeatures名单(2014-03-20清华)

的变化版本1.11.8:

• 添加冗余处理combineFeatures (vladpetyuk,拉请求# 18)[2014-03-14]星期五

• 更新combineFeatures签名上面容纳变化[2014-03-14]星期五

• 更新单元测试新的testhat 0.8[2014-03-14]星期五

的变化版本1.11.7:

• NA

的变化版本1.11.6:

• 添加相应的xcms功能色谱和xic手册页(2014-02-21星期五)

• 新bpca归责方法[2014-02-27]星期四

• 用选项替换stop_on_error装饰图案(2014-02-27清华)

1.11.5版本的变化:

• 错误在MSnSet droplevels人(2014-01-27 Mon)

• 错误在MSnbase-demo装饰图案(2014-02-20清华)

• 修复BPI的传奇色谱(2014-02-20清华)

的变化版本1.11.4:

• 传递…正常化时扫描(2013-12-08太阳)

• 更新makeMTD容纳新的本体(2013-12-23 Mon)女士

1.11.3版本的变化:

• 更新mzTab示例文件到新的url(2013-11-15星期五)

• 警告mzTab版本(2013-11-15星期五)

的变化版本1.11.2:

• 本月移动/ doc小品文(2013-10-19坐)

1.11.1版本的变化:

• 文档na。rm在combineFeatures Rd(2013-10-18星期五)

的变化版本1.11.0:

• 新的Bioc猛击版本2.14

MSstats

2.1.3版本的变化:

• 修复的groupComparison label-free实验。

• 自动生成进度报告,. txt文件

• 为groupComparison和dataProcessPlots功能添加进展消息。

2.1.1版本的变化:

• 在条件图:1修复bug。基于标签:匹配参考和内源性2。label-free:当有一个观察每组、SD = NA。让它为零。

• 修复bug的热图和比较图:删除NA策划的结果

• 修复bug的label-free groupComparison:如何获得在make.contrast.free subject_nested参数不平等的数量每组

• 修复bug组量化:make.contrast.group。量化为subject_nested参数固定

mzID

1.1.6版本的变化:

• 添加文档

1.1.5版本的变化:

• 现在计算mzR兼容acquisitionNum扫描(由于塞巴斯蒂安·吉布)

• 检查存在本地文件(由于塞巴斯蒂安·吉布)

• XML从依赖进口

更改版本1.1.4:

• 现在计算mzR兼容acquisitionNum扫描(由于Sebastion吉布)

• 各种错误修复

更改版本1.1.3:

• 引入mzIDCollection类来处理多个mzID对象

1.1.2版本的变化:

• 添加的可能性来创建不同的子'classes mzID直接从一个文件没有第一次拥有一个内部xml表示和名称空间

变化的1.1.1版:

• 修复中的多个名字中修改规则将崩溃解析。多个名称以' / '会倒塌

mzR

的变化版本1.9.8:

• 指向相关的wiki页面Rcpp编译器和链接器警告[2014-04-03]星期四

的变化版本1.9.7:

• 修改新biocViews描述文件(s.arora)

的变化版本1.9.6:

• 导入所有Rcpp避免警告反过来依赖< 2014-02-14 >星期五

1.9.3版本的变化:

• 修复一个字符串在坡道。cpp使编译叮当声- 3.4

1.9.2版本的变化:

• 版本撞Rcpp 0.10.6 < 2013-10-30 >结婚

1.9.1版本的变化:

• 小插曲搬到/小插曲< 2013-10-17 >星期四

nondetects

的变化版本0.99.2:

错误修复

• 添加新闻信息文件。

• 添加描述文件版本信息。

的变化版本0.99.1:

错误修复

• 编码风格的变化使包与Bioconductor一致。

• 新的biocViews添加到包中。

• 添加导入的pData Biobase包。

• 添加单元测试。

的变化版本0.99.0:

• 包发布。

npGSEA

的变化版本0.99.0:

• 方案提交给Bioconductor(2014年3月31日)

pathview

1.3.6版的变化:

• 调整节点+ 0.5 x坐标来更好地适应的颜色块在2层原生kegg视图。

1.3.4版本的变化:

• 更新了一些id.type包括一个额外的列,默认ID基因型。

版本4:变化

• 更新korg包含超过600个新添加的物种。Pathview现在可以处理2970个物种。

• 使从pathview返回值,keggview。本地和keggview。看不见图功能。

更改版本1.2.3:

• 在节点修复bug。map函数,产生0值,当所有节点NA的多个基因。

1.2.2版本的变化:

• 固定错误mol.sum函数,产生正确数量的维度或NA的总和。=“中值”等方法。

这次1.2.1版本的变化:

• 固定缺陷疾病基因节点标签”“失踪红疾病通路。为了避免干扰节点着色,所有疾病基因标签设置为黑色。

phyloseq

的变化版本1.7.24:

用户可见的变化

• 添加支持(部分)约束的主坐标分析(帽)。

• 支持/记录选项纵坐标支持下,plot_ordination。

• 这解决了发行312。

• 的纵坐标现在需要一个显式的函数公式论点。

• 这有助于可靠contrained配合要求:

• 帽(提交)

• RDA(部分冗余分析)

• CCA(约束对应分析)

的变化版本1.7.23:

用户可见的变化

• 重构plot_ordination更稳定,错误少,给信息警告。

• 不要指望关键API的变化。现在一些错误信息警告有用的自动切换参数。

• 的类型= ' biplot '选择不再hard-specifies离散的颜色范围。可用默认的调色板。

• 为类型= ' biplot '不变(类群或样品)标签总是第一个出现在一个离散的传奇。

的变化版本1.7.22:

用户可见的变化

• 修订psmelt自动修改数据列名称冲突,与警告

• Udpatedpsmelt医生正式通知用户这些潜在的冲突。

• 307年这个解决问题:https://github.com/joey711/phyloseq/issues/307

的变化版本1.7.21:

用户可见的变化

• 更新import_qiime医生强调它是用于遗留QIIME文件。

• 更快和mem-efficient遗留QIIME和usearch文件的导入。

• 使用数据。表的语法来更好地管理导入的大型文件。

• 现在整个HMPv35进口大约1分钟,mem-swap的低风险。

• 增加依赖data.table

的变化版本1.7.20:

用户可见的变化

• 没有用户可见的变化。未来所有的兼容性的变化。

错误修复

• 单元测试的变化与即将到来的R版本和新testthat。

的变化版本1.7.19:

用户可见的变化

• 文档修改。更快的例子,更新链接。

的变化版本1.7.18:

用户可见的变化

• 修复小错误加权UniFrac禁止并行执行

的变化版本1.7.17:

用户可见的变化

• 添加import_usearch_uc添加首次支持usearch”。加州大学输出表”风格。286地址问题,从UPARSE进口。https://github.com/joey711/phyloseq/issues/286进一步反馈性能,用例,应该公布。

的变化版本1.7.16:

用户可见的变化

• 固定的小错误影响legend-orderplot_network问题288,https://github.com/joey711/phyloseq/issues/288。

的变化版本1.7.15:

用户可见的变化

• tip_glom现在使用标准R聚类工具,并以他们的论点文档和测试更新,以反映变化更简单,速度更快

• merge_taxa现在使用默认丰度来确定achetype。之前任意的。

的变化版本1.7.14:

用户可见的变化

• 小变化在混合模型中装饰图案,修订后的图形

的变化版本1.7.13:

用户可见的变化

• 旧弃用originalUniFrac()内部函数(原始)unifrac算法不再支持。发行66地址:https://github.com/joey711/phyloseq/issues/66

的变化版本1.7.12:

用户可见的变化

• 正式弃用功能使用.Deprecated发行269,https://github.com/joey711/phyloseq/issues/269

• 固定错误界面与素食::费舍尔。α(…,se = TRUE)。素食医生指出,这将返回data.frame,但1.7.10 data.frame没有返回素食版本。phyloseq输出尺寸在加工前没有检查estimate_richness

• 测试和文档中弃用功能所取代。

的变化版本1.7.11:

用户可见的变化

• make_network()中添加警告和错误在275年plot_network如果空图遇到了问题,检查/警告空igraph对象https://github.com/joey711/phyloseq/issues/275

• rarefy_even_depth()消息从猫()消息(),和可选的详细参数添加https://github.com/joey711/phyloseq/issues/263

的变化版本1.7.10:

用户可见的变化

• 修复构建错误来自1.6.2版本中ade4名称空间的变化

• 改变最小ade4 1.6.2版本

• 注释的例子现在包含在文档DPCoA函数

的变化版本1.7.9:

用户可见的变化

• 在新装饰图案固定typo-derived bug。

• 这些变化允许用户从源代码构建没有错误。

的变化版本1.7.8:

用户可见的变化

• 包依赖性减少/澄清:https://github.com/joey711/phyloseq/issues/259应该减少碰撞的机会与其他包,和相关的问题。删除任何激情似火包的依赖关系。

• 取代激情似火:node.age()使用更快的实现,node_ages()似乎快3倍。加速UniFrac()和tip_glom()计算。

1.7.7版本的变化:

用户可见的变化

• 树修复:https://github.com/joey711/phyloseq/issues/235 https://github.com/joey711/phyloseq/issues/255

• 如果一棵树有NA branch-length值,它们被自动设置为0。这发生在phyloseq()和read_tree ()。

• UniFrac计算需要的树。虽然根树不是需要phyloseq对象的一部分,它是一个有用的默认行为选择一个随机的根当UniFrac叫做树拔起,闪烁的通知给用户。

• 精确的从ape-package进口,而不是full-import。小碰撞的机会。精确定义依赖项中列出的名称空间

• 由于前面,phyloseq定义一个占位符“phylo”类,扩展“列表”。这似乎从全面导入匹配的类猿,和是必要的因为猿不出口“phylo”类。

的变化版本1.7.6:

用户可见的变化

• 1.7.4和1.7.5合并分支

1.7.5版本的变化:

新功能

• 指定轴排序plot_heatmap ()

• 指定轴边缘plot_heatmap ()

• 这个地址:发行237发行230

用户可见的变化

• 新的参数plot_heatmap ():taxa.order,sample.order,first.sample,first.taxa

1.7.4版本的变化:

新功能

• 现在import_mothur处理更多的格式

• 阻止.group /添加文档。列表格式

1.7.3版本的变化:

新功能

• 添加phyloseq_to_deseq2()包装器函数和实例计算多个OTU测试使用负二项模型和全球语言监测机构(DESeq2)。

用户可见的变化

• 还添加了新的使用DESeq .Rmd插曲,与结直肠癌的数据

版本是1.7.2变化:

用户可见的变化

• 重新格式化消息(这)文件。

1.7.1上版本的变化:

用户可见的变化

• 限制型心肌病/基于html的小插曲。不再Rnw / Sweave / PDF

• 更新安装程序

钢琴

更改版本1.4.0:

新功能

• 添加参数密谋consensusHeatmap()这画的热图可以抑制但相应的数值矩阵能得救。

• 添加参数cellnote consensusHeatmap(),这样的信息在每个细胞的热图可以选择分数的共识(正如前面),假定值中位数,基因或空的。

• 添加了一个矩阵nGenesMat consensusHeatmap的输出()包含相同的信息打印在热图如果论点cellnote =“ngen”。

• 添加参数columnnames、colorkey colorgrad和cex consensusHeatmap()为更好地控制列标签,切换colorkey的颜色选择和文本大小。

• 介绍了新功能GSAheatmap(),它类似于consensusHeatmap(),但仅一套单基因结果(gsaRes对象)。

错误修复

• 固定一个bug的某些设置runGSA不会输出的数量,和基因的表达下调的基因集。

文档

• 更新consensusHeatmap()手册页根据最新功能的变化。

• 添加了GSAheatmap手册页()。

plethy

更改版本1.1.3:

新功能

• 添加“summaryMeasures”方法。

• 添加实验像绘图功能“plethy::: mvtsplot”

procoil

的变化版本1.13.2:

• 清理包依赖关系和名称空间

• 参考Bioconductor Git-SVN桥

• 小修正装饰图案

pRoloc

的变化版本1.3.19:

• 固定误差引入mclust 4.3(现在返回mclust中的数据输出-在pRoloc看到评论:::gmmOutliers详情)(2014-04-07 Mon)

的变化版本1.3.18:

• getPredictions可以采取职业专用分数(2014-04-04星期五)

的变化版本1.3.17:

• 固定在pRoloc新引入的bug(见1.3.16):::subsetAsDataFrame——谢谢你的单元测试拯救我,再次(2014-03-26结婚)

的变化版本1.3.16:

• pRoloc::: subsetAsDataFrame现在保存原始样本/列名(2014-03-24 Mon)

• 固定的错误信息在使用坳和pch plot2D[2014-03-25]星期二

的变化版本1.3.15:

• 更新pRolocmarkers (mmu)[2014-03-21]星期五

• extdata / * csv搬到pRolocdata【2014-03-23。孙】

• 利用pRolocdata * csv(2014-03-23太阳)

的变化版本1.3.14:

• 删除制表符(2014-03-15坐)

• 添加支持GMM parametrisation phenoDisco (2014-03-17 Mon)

• 消息而不是警告当使用颜色和pch[2014-03-21]星期五

• 删除1复制鼠标标志(2014-03-21星期五)

1.3.13版本的变化:

• 固定一个bug addLegend[2014-03-14]星期五

• 更新测试testthat 0.8[2014-03-14]星期五

• 修复一些警告symnbols取代pRoloc加载和注意的使用:::[2014-03-15]坐

的变化版本1.3.12:

• 添加phenoDisco2测试,允许选择GMM参数(2014-02-26结婚)

• 删除重复的飞标记(2014-02-28星期五)

• 更新联系《天方夜谭》中(2014-03-10 Mon)

1.3.11版本的变化:

• 修改新biocViews年代描述文件。arora [2014-03-04]

1.3.10版本的变化:

• 新phenoDisco ndims参数使用两个以上两个主成分作为输入进行探索分析(2014-01-03 Mon)

• 固定和更新phenoDisco日志(2014-02-03 Mon)

• 增加了支持并行phenoDisco执行。看到BPPARAM论点(2014-02-03 Mon)

• 固定的问题,利用PD和ndims (2014-02-10 Mon)

• 固定电话在PD anyUnknown代码(2014-02-10 Mon)

• 检查重复标记addMarkers[2014-02-14]星期五

更改版本就开始:

• 为新Rcpp撞力重建

的变化版本1.3.8:

• 删除后在mmu核标记(2014-01-21星期二)

• 使用filterNA去除特性与缺失值plot2D[2014-01-21]星期二

• 固定plot2D / addLegend[2014-01-23]星期四

1.3.7版本的变化:

• 固定addLegend使用正确的颜色(顺序)(2014-01-20 Mon)

• 修复错误addMarkers人(2014-01-20 Mon)

• 叠stockpch交错完整和空策划角色(2014-01-20 Mon) 0删除最后stockcol(番茄),谈心得“# FF7F00”(2014-01-20 Mon)

1.3.6版的变化:

• 更新人类标记:保持新的pd。表型标记,验证了丽莎和删除单件(2014-01-14星期二)

• 第一个stockpch是一个19[2014-01-16]星期四

• plot2D (. .,pch) now taken into account for labelled data [2014-01-16 Thu]

• 删除αplot2D论点(2014-01-17星期五)

• 更新plot2D addLegend功能支持多个细胞器组比颜色。以前的版本可用plot2D_v1和addLegend_v1。[2014-01-17]星期五

1.3.5版本的变化:

• pRoloc引文[2014-01-12太阳]

1.3.4版本的变化:

• 新的unknownSet函数(2013-12-11结婚)

• 更新的小插曲占tan2009r1变化(2013-12-16 Mon)

v1.3.3变化:

• 在phenoDisco更新引用。路[2013-11-22]星期五

• 输入错误的小插曲(2013-11-25 Mon)

1.3.2版本的变化:

• 新的标记(2013-11-06结婚)

• 标记vinette[2013-11-15]星期五

• 老鼠标记(2013-11-18 Mon)

1.3.1版本的变化:

• 使用combineFeatures (…, na.rm = TRUE) lopims pipeine[2013-10-22]星期二

• 纠正拼写错误在phenoDisco doc(2013-10-29星期二)

1.3.0版本版本的变化:

• 下一个猛击版本fot Bioc 2.14

PWMEnrich

3.5版本的变化:

• 经过进一步测试恢复PWMEnrich 2。x集团假定值算法

• 介绍了由顶级主题组排序

3.1.4版本的变化:

• 组序列的估计假定值的新方法。注意这将产生不同的假定值比PWMEnrich 2组序列。x !

QDNAseq

更改版本1.0.0 (2014-04-14):

最初版本

• 最初版本Bioconductor 2.14的一部分

qpgraph

1.20版本的变化:

用户可见的变化

• 函数qpRndHMGM()和qpSampleFromHMGM()都已经在前面的版本,现在从包中删除。

• 执行qpGetCliques()函数可以用CTRL + C和现在中断应该允许处理GUI事件。

• qpBoundary()函数与参数对数刻度。bdsize = TRUE现在边界的处理策划大小0通过设置他们1(=日志(1)= 0)策划目的。

新功能

• qpCItest()函数时,假设一个混合GMM回报的方差解释(部分eta-squared)估计。查看更多细节手册页。

错误修复

• 几个相关修正混合gmm和eQTL网络的仿真。

QuasR

更改版本1.4.0:

新功能

• 新的参数mapqMin mapqMaxm qCount, qProfile, qMeth qExportWig允许基于映射选择比对质量

• qAlign收益checkone参数允许检查现有校准没有引发新的阵营,以防失踪的

r3Cseq

1.9.2版本的变化(2013-11-11):

• 固定的错误函数getFragmentsPerWindow“重叠窗口”

的变化版本1.9.1 (2013-10-21):

• 添加plotInteractionsNearViewpoint yLim输入参数

• 添加plotInteractionsNearViewpoint log2截止率的函数

• 固定的转变的互动观点getFragmentsPerWindow染色体中发现的功能

• 固定失踪getBatchReadCountPerWindow输入参数的函数

• 固定的r3CseqInBatch类

RamiGO

的变化版本1.9.5:

• RamiGO现在使用朋友v2可视化作为默认的web服务器。

1.9.1版本的变化:

• 添加引用信息。请引用http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/29/5/666.full

Rariant

版本1.0.0的变化:

• 第一次与Bioconductor稳定版本2.14 (2014 - 04)

rBiopaxParser

2.1.7版本的变化:

• 错误修复:固定setkey biopax解析模型

• 错误修复:固定可能使用id的完整url(例如PathwayCommons)

• 由于数据错误修复:固定参数检查失败。表1.9.2版本。这将是固定的无论如何当数据。1.9.3表。出去了。

2.1.5版本的变化:

• 补丁修正:修正了几个错误有关默认参数biopaxlevel BioPAX版本。

• 包需要R > = 3.0由于数据。表要求Reshape2、要求plyr要求Rcpp。:- (

2.1.3版本的变化:

• 错误修复:从rep_len代表为了继续R < 3.0的支持。

2.1.1版本的变化:

• 注意:这是一个重大更新,可能会引入向后不兼容以前解析数据!

• 速度问题在以前的版本中是很常见的像Reactome的巨型数据库或PathwayCommons,和内部data.frame搜索和替换操作。

• 数据。现在需要和进口rBiopaxParser表包。

• 内部数据模型已经从data.frame转向数据。加快处理rBiopaxParser表。

• “df”biopax对象的位置,一个data.frame对象,消失了。使用“dt”槽,一个数据。表,直接访问biopax数据。

• 如果你工作的“df”槽biopax对象在你当前的代码中,你必须使自己舒适的使用数据。表的语法!

• 所有函数的返回内部数据的一个子集,返回一个数据。现在表对象。

• 深层嵌套的XML实例的长期错误被修正。参见http://permalink.gmane.org/gmane.science.biology.informatics.conductor/48534

• 默认的参数指定Biopax级别(通常称为biopaxlevel)已经改变,现在默认为3。

• 函数selectInstances、getInstanceProperty getReferencedIDs、splitComplex getInstanceClass和许多其他人现在acceps biopax对象或内部data.table兼容。

v1.3.3变化:

• 固定的下载链接。添加链接NCI数据库与固定的XML编码(请参阅http://sourceforge.net/mailarchive/message.php?msg_id=30106560)的讨论

• 添加TemplateReactionRegulation在pathway2RegulatoryGraph策划

• 未来版本将会切换到数据。表支持应对巨大的从Reactome BioPAX数据库等

RDAVIDWebService

更改版本1.1.4:

错误修复

• getFunctionalAnnotationChartFile错误是固定的。现在阈值和计算参数应该是(由于Ulrik Stervbo)

更改版本1.1.3:

微小的变化

• 再次添加到存储库。

1.1.2版本的变化:

代码更改

• 在刚毛(= " data.frame”=“DAVIDFunctionalAnnotationChart”)函数PValue场力数值数据类型(感谢马克·卡尔森)

新功能

• Apache Axis超时参数修改设置/ getTimeOut

• Apache Axis参数修改设置/ getHttpProtocolVersion http协议版本

文档

• 装饰图案故障排除部分添加使用apache axis参数的例子。

变化的1.1.1版:

文档

• 引用文件是包括在内。

• 小更新DAVIDWebService-class DAVIDWebService-package手册页和Roxygen2报价,包括文章的引用。

• 装饰图案的邮件参数调用纠正。

代码更改

• DAVIDWebService初始化邮件参数修改订单(电子邮件、…、url)

依赖关系的变化

• 类别,走了。db, RBGL和rJava包被转移到导入。

• 名称空间文件相应更新。

1.1.0版本的变化:

微小的变化

• 撞x.y y版本。在2.14猛击z奇数

ReactomePA

版本是1.7.2变化:

• 臭虫固定multi-organisms支持< 2013-12-09,我的>

红色的

的变化版本1.12.0:

• 改进交互式布局算法。

• 简化用户界面,添加了一些快捷键。

• 最终的发布周期的弃用功能转移到addGraph / getGraph相关方法。

• 弃用插件生成器的方法已被移除。

RefNet

版本1.0.0的变化:

新功能

• 两组交互,自动从AnnotationHub检索,除了提供的许多PSICQUIC: -格斯坦- 2012:“架构来源于人类的监管网络编码数据”,格斯坦et al, pmid 22955619 - hypoxiasignaling - 2006:“缺氧信号在癌症和方法实施肿瘤回归”,Pouyssgur et al, pmid 16724055

• 这些交互已经表达了在标准RefNet 19-column格式,便于查询。

• a.canonical

• b.canonical

• 关系

• 双向

• detectionMethod

• pmid

• a.organism

• b.organism

• a.common

• a.canonicalIdType

• b.common

• b.canonicalIdType

• cellType

• a.modification

• a.cellularComponent

• b.modification

• b.cellularComponent

• 提供者

• 评论

ReQON

1.9.1版本的变化:

• 小变化的故事。2012年9月4日我们的手稿描述ReQON已经发表在BMC生物信息学。请参考本文进一步ReQON算法的描述和比较与其他质量分数调整算法。如果您使用我们的包,请引用本文。Cabanski CR et al。(2012) ReQON: Bioconductor包调整质量分数从下一代测序数据。BMC生物信息学13 (221)。doi: 10.1186 / 1471-2105-13-221。

Rgraphviz

2.7版本的变化:

• 固定报表纳入Graphviz代码。

rhdf5

的变化版本2.8.0:

新功能

• 新功能h5version实施。

• 新的低水平一般的库函数H5open、H5close H5garbage_collect, H5get_libversion, H5Dset_extent实施。

用户可见的变化

• h5createDataset自动使用分块和压缩。

• 添加一个警告如果块大小等于维度对于大型压缩数据集。

错误修复

• C-stack溢出当阅读大型固定长度的字符串。

• 在i / o错误chunksize或blocksize参数。

• 编译错误由于缺少int返回值。

咆哮

的变化版本0.99.6:

新功能

• 没有新功能,只是采用了建议的消息格式文件

错误修复

• 任何更改分类为“修复”

的方式

1.5.2版本的变化:

• 漂亮的印刷与strwrap (mtd[…])在装饰图案和termMetadata S3印刷方法可读的输出(建议从马丁·摩根)[2014-02-18]星期二

• 使用BiocStyle装饰图案(2014-02-18星期二)

1.5.1版本的变化:

• 分裂去条款(专业:…)而不是id(公关:…)在装饰图案tgnqueryShow块< 2013-10-19 >坐

版本1.5.0的变化:

• 新的2.14 Bioc重击

rpx

的变化版本0.99.9:

• pxref、处理情况下没有任何或未决的出版物(2014-04-01星期二)

的变化版本0.99.8:

• 解决剩下的问题从重命名包(d.tenenbaum)【2014-03-30。孙】

的变化版本0.99.7:

• rpx由于凹口的名字冲突[2014-03-28]

的变化版本0.99.6:

• 更多的拼写错误在装饰图案(2014-03-12结婚)

的变化版本0.99.5:

• 建议,biocView和错误报告的内特·海登(2014-03-12结婚)

• 添加Runit测试(2014-03-12结婚)

• 使用ae字体在装饰图案(2014-03-12结婚)

的变化版本0.99.4:

• 更新参考男人和装饰图案(2014-03-11星期二)

• 拼写错误在装饰图案(2014-03-11星期二)

的变化版本0.99.3:

• 恢复pxannounced空签名修复警告(2014-03-05结婚)

的变化版本0.99.2:

• 更换下载。文件下载getURL lch rss / https < 2014-03-05 >结婚

的变化版本0.99.1:

• 修复pxfiles结束\ r在Windows(2014-03-05结婚)

的变化版本0.99.0:

• 添加了一个装饰图案(2014-03-05结婚)

• 处理无效的标识符(2014-03-05结婚)

rqubic

的变化版本1.8.1 (2011-08-02):

• 修复错误的文件

Rsamtools

的变化版本1.15.0:

新功能

• 阿萨姆邦BAM文件转换为山姆文件

• 直接从. gz razip, bgzip重新压缩文件

• 通过BAM yieldReduce或其他文件,应用一个函数映射到每个块,减少结果的最终表现

用户可见的明显变化

• bgzip默认扩展名改为“.bgz”

• seqinfo, BamFile-method试图返回seqnames自然的顺序,例如,chr1, chr2,…

• yieldSize现在BAM文件查询范围。连续范围首先是输入到记录的总数等于或超过yieldSize . .

• scanFa支持DNA、RNA和AAStringSet返回对象

错误修复

• scanFa返回正确的顺序在最后的文件

• razip压缩小文件

• applyPileups不再崩溃在缺乏一个索引文件

Rsubread

的变化版本1.14.0:

新功能

• featureCounts自动订购结束读如果他们按配对染色体位置输入。它也可以处理读对,只有一个是包含在输入结束。

• featureCounts更健壮的处理不同变体的GTF /人造石铺地面注释文件。

• Subjunc可以检测exon-exon连接位于开始或结束的读取。它可以检测非规范连接(“reportAllJunctions”选项)除了规范的连接,它也可以用来检测嵌合RNA-seq和gDNA-seq数据。

• 现在都对齐(Subread对准器)和subjunc gzip FASTQ BAM文件和输出文件的默认设置。他们接受多个输入文件。

• 断点位置报告连同映射位置的SAM / BAM文件读取的每个融合使用标签包括CC(染色体名称),CP(映射位置),CG(雪茄字符串)和CT(链)。

• 完整的索引(空白)可以建立一个参考基因组进一步加快阅读映射。

• qualityScores()和propmapped()函数被重写。

• 错误修正。

rTANDEM

更改版本就开始:

• 市值别名添加对于大多数功能。

• 现在有一个“输出rtandem函数。路径的参数。错误修复

• 改变缺省参数,防止不生成输出文件的风险。

• 固定一个bug rtandem()的函数不会复杂rTTAXO对象作为参数。

的变化版本1.3.8:

错误修复

• 固定内存泄漏与PTMTreeSearch有关。

• 删除一个不受欢迎的副作用从GetPeptides()函数。

1.3.7版本的变化:

新功能

• rTANDEM现在包括PTMTreeSearch评分算法。

• 新功能为PTMTreeSearch设置默认值的算法。

1.3.5版本的变化:

新功能

• 新的rTResult_s类支持拯救光谱。

• 新功能”一份。图的可视化光谱。

1.3.4版本的变化:

新功能

• rTANDEM现在支持TPP是hrk-score函数。

错误修复

• 固定一个bug k-score函数。

v1.3.3变化:

新功能

• 功能已经实现创建和操作参数对象(S3类rTParam)。这些功能给instrument-specific参数的默认值为某些类型的质谱仪以及通用参数的默认值。

1.3.2版本的变化:

新功能

• rTANDEM现在支持k-score函数。可以通过设置参数的得分,算法“k-score”。

研制

的变化版本1.2.0:

• 介绍了变异为调节子设置富集分析。

rTRM

1.2版本的变化:

• 可以指定任意数量的目标在findTRM ()。这允许使用同一个目标的TFs列表和查询,以识别trm从预测TFBS只使用信息。

• BioGRID数据集更新发布3.2.11(2014年4月)

• getBiogridData()检索默认最新BioGRID释放(www.thebiogrid.org)

圣诞老人

版本变化1.3.10 (2014-03-03):

注:

• 固定小Knet函数中的内存泄漏。

sapFinder

的变化版本0.99.4:

错误修复

• *修复的bug”指数。js”,可能会导致一个令人迷惑的CSS布局的html页面索引。

的变化版本0.99.3:

新功能

• *添加一些BiocViews物品包。*减少测试数据的大小。*让进出口更加大陆。*让包符合bioconductor编码风格。*使用BiocStyle装饰图案。

错误修复

• *修复错误的小插图文件可能会引起包检查崩溃。

的变化版本0.99.2:

错误修复

• *解决一些错误和警告。

的变化版本0.99.0:

• *包发布。

SCAN.UPC

的变化版本2.5.8:

新功能

• 这个包现在提供“通用的”功能UPC正常化任何类型的基因表达数据。这些值可以输入向量或ExpressionSet对象。这意味着Illumina公司BeadChip微阵列的数据或任何其他类型的微阵列可以相对轻松地UPC规范化。也容易通过集成GEOquery包从GEO UPC正常化任何预处理的数据集。

• 这个包现在使用上海广电的作战功能包,让它容易调整基因表达数据批处理效果。可以为任何数据类型的表达式。

• RNA-Sequencing数据现在可以输入矩阵文件和/或标题出现在输入数据文件。

笔记

• SCAN_TwoColor和UPC_TwoColor功能已经发生了变化。他们现在返回ExpressionSet对象。

• SCAN_TwoColor和UPC_TwoColor方法现在整数后缀添加到每个探测有重复名称。

• 现在还UPC_RNASeq函数返回一个ExpressionSet对象。

• 一个错误是固定在UPC_RNASeq NA返回值如果没有注释文件中的条目。

SeqArray

1.3.2版本的变化:

• 更新测试代码,以避免冲突

1.3.1版本的变化:

• 根据VariantAnnotation的新版本更新

shinyTANDEM

更改版本1.1.4:

错误修复

• 更好的错误处理、错误信息和条件缺失的数据。

更改版本1.1.3:

错误修复

• 纠正问题引起的数据之间的不兼容性。表和data.frame构造子集语法。

1.1.2版本的变化:

新功能

• 一份光谱现在可以可视化。

• “结果统计”和“肽视图”选项卡现在都准备好了。

错误修复

• 纠正一个错误的选择蛋白质肽链的数量。

ShortRead

1.21版本的变化:

新功能

• writeFastq可以写(默认这样做)gz-compressed文件

用户可见的明显变化

• 使用BiocParallel而不是srapply srapply标记为“弃用”

• qa、特征法默认类型= " fastq "

• “遗产”的输入格式标记

• alphabetByCycle支持氨基酸字符串集

球形结构

1.11版本的变化:

• 现在使用lme4 R (> = 1.0)

• 默认nbins = 20

• lmer.max新观点。iter允许一个帽lm的迭代的数量

SomaticSignatures

版本1.0.0的变化:

• 第一次与Bioconductor稳定版本2.14 (2014 - 04)

supraHex

的变化版本1.1.17:

新功能

• 添加新功能先进的热图可视化和基于树的分析样本的关系

1.1.2版本的变化:

新功能

• 添加一个新功能“sMapOverlay”训练地图覆盖额外的数据

synapter

1.5.7版本的变化:

• 启用设置数量的错过了分裂(关闭# 53)(2014-03-24 Mon)

1.5.6版本的变化:

• grid.ppm.from的默认值更改为2(5)[2014-03-05]结婚

• 改变分离器在GridDetails的名字”:“(”。“2014-03-07星期五之前)

• 测试对应的Pep3D文件(关闭# 42)[2014-03-19]结婚

1.5.5版本的变化:

• 修复一个缺陷在计算非独特的匹配gridSearch2 (searchGrid的一部分);导致更多的非独特的比赛(一些报道2现在将报告为网格中的细节)[2014-03-05]结婚

• 部分重写gridSearch2 (searchGrid的一部分)更快的网格计算(2014-03-04星期二)

1.5.4版本的变化:

• biocViews更新

1.5.3:更正版本的变化

• 修改findMSeEMRTs (searchGrid的一部分)更快的网格计算(2014-02-28星期五)

• 拼写错误在手动(2014-02-25星期二)

• 取代readFasta Biostrings:: readAAStringSet[2014-02-25]星期二

• 取代消化刀::分裂(2014-02-25星期二)

1.5.1版本的变化:

• 错误在装饰图案(2014-02-18星期二)

版本1.5.0的变化:

• 新的Bioc猛击版本2.14

TargetSearch

的变化版本1.20.0:

错误修复

• 写实际的保留指数的价值,而不是“扶轮”工作ProfileCleanUp。

移行细胞癌

1.3.2版本的变化:

• DESeq2实施太极拳的识别度。

• 从太极拳EBSeq摘除。

• “叠”函数的参数被改变了。

• 固定错误”。testByDeseq”缺失的治疗大小的因素。

• 成对双官能团的分析数据集的策略实施。

• 添加部分描述成对双官能团的分析数据集装饰图案。

tigre

的变化版本1.16.1:

• 更多信息的错误消息

TransView

1.7.4版本的变化:

错误修复

• 删除导入错误引入的版本是1.7.2

1.7.3版本的变化:

错误修复

• 小错误修正

版本是1.7.2变化:

新功能

• annotatePeaks现在分配一个基因峰中心而不是限制峰值

• annotatePeaks接受新参数“参考”,使替代峰值身体基因关联

1.7.1上版本的变化:

错误修复

• 轻微的调整避免农庄data.frame转换后发布的警告消息

unifiedWMWqPCR

的变化版本0.9.9:

用户可见的明显变化

• 第一次提交uWMWqPCR BioConductor。

VariantAnnotation

的变化版本1.10.0:

新功能

• 添加支持# #叠连群VCF头

• 添加“元< - < -”、“基因工程”、“信息< - VCFHeader的替代方法

• 添加标题< - VCF替代方法

• 添加链输出locationVariants ()

• 添加支持writeVcf()处理Rle基因族群的数据矩阵

• readVcf()现在解析基因族群的字段数= G((#等位基因+ 1)*(#等位基因+ 2))/ 2

• writeVcf()现在各种VCF当“指数= TRUE”

• 添加“固定< -,VCFHeader DataFrameList”方法

• 为VCF解读VRanges添加便利的函数

• 添加Rplinkseq测试脚本

• 添加‘isSNV’,‘isInsertion’,‘isDeletion’,‘isIndel’,‘isTransition’,‘isPrecise’,‘isSV’和‘isSubstitution泛型

• 添加‘isSNV’,‘isInsertion’,‘isDeletion’,‘isIndel VRanges和VCF类的方法

• ExpandedVCF和VRanges之间添加匹配方法

• 添加支持VRanges % % TabixFile

修改

• 扩大,VCF-method忽略了广告的标题“广告”基因族群是NULL

• 添加对SIFT.Hsapiens.dbSNP137的支持

• 删除locateVariants chr7-sub.vcf.gz()的依赖

• 修改扩展()来处理“广告”领域“数量”是整数

• 重命名readVRangesFromVCF () readVcfAsVRanges ()

• 消除locateVariants染色体检查循环()和predictCoding()和refLocsToLocalLocs ()

• 修改filterVcf ScanVcfParam()处理范围

• 通过遗传。通过predictCoding()代码”

• 改变默认为readGT row.names = TRUE (), readGeno(),和readInfo ()

• 固定()空VCF现在返回DataFrame列名和数据类型和一个空DataFrame

• 更新biocViews

• 修改“,VCF”来表示空值在XStringSet’。”

• 取代rtracklayer::: pasteCollapse unstrsplit ()

弃用,已经

• 删除已经dbSNPFilter (), regionfilter()和MatrixToSnpMatrix ()

• 反对已经readVcfLongForm ()

错误修复

• 修改expand.geno()处理情况头和基因族群不匹配

• 修改writeVcf()写出rownames”:“字符而不是治疗失踪

• 解决样品名称是如何从“ScanVcfParam”scanVcf ()

• 修复bug, VCF的方法

• 修复bug VRanges - > VCF强制方法

• 修复bug的轻量级读*函数忽略ScanVcfParam样本

• 修复bug在writeVcf()在没有“ALT”存在

VariantFiltering

0.99版本的变化:

用户可见的变化

• 提交第一个版本Bioconductor项目(开始日期:9月26日,2013年)

VariantTools

的变化版本1.6.0:

新功能

• 添加pileupVariants函数作为计算核苷酸的替代tallyVariants使用Rsamtools限速制度,而不是gmapR。在未来,这将使VariantTools gmapR成为独立,但完整的变体统计只会通过tallyVariants可用。

用户可见的变化

• 看到消息gmapR了解tallyVariants输出的变化。

西瓜

1.3.1:感谢几个用户错误报告!

xcms

的变化版本1.39.6:

用户可见的变化

• Massifquant报告每个同位素跟踪的最大强度(峰值)。这是用于交互式参数优化。

错误修复

• 大内存减少并行fillPeaks Jan Stanstrup()谢谢。现在使用一个环境反映gvals很大argList中的每个列表项。

的变化版本1.39.4:

错误修复

• 固定write.cdf(),它的强度补偿+ 1,添加了一个单元测试

的变化版本1.39.3:

错误修复

• 新R-devel检查卸载更好。从mzR挥之不去的坡道代码删除,导入。检查清理其他错误的包。

的变化版本1.39.1:

错误修复

• 更新doubleMatrix c代码,允许更大的姿态矩阵

需要更改

• 本月/ doc搬到小插曲

yaqcaffy

的变化版本1.23.1:

• 本月/ doc搬到小插曲(2013-10-19坐)

包被释放

以下包不再发布:

时间,Agi4x44PreProcess pgUtils